O cultivo de fisális (Physalis peruviana L.) é uma alternativa promissora para os agricultores que se dedicam à produção de frutíferas exóticas, do segmento de \"pequenas frutas\", em decorrrência da valorização do fruto, que possue diversas qualidades organolépticas e funcionais. Entretanto, ainda são escassas as informações sobre a cultura nas condições edafoclimáticas brasileiras, especialmente em relaçao aos processos de maturação dos frutos e das sementes, de modo que possa ser indicado o momento adequado para a colheita, considerando a qualidade dos frutos e das sementes e, não menos importante, o estudo das condições ideais para o teste de germinação das sementes, uma vez que, este teste, além de ser empregado para auxiliar na identificação da maturidade fisiológica das sementes, seus resultados são parâmetro para comparação da qualidade das sementes dos lotes e para a comercialização das sementes. Portanto, a presente pesquisa foi realizada com os objetivos de avaliar as necessidades de luz, temperatura e substrato para o teste de germinação; estudar a maturação dos frutos e das sementes e, a incidência de fungos nas sementes de Physalis peruviana L., segundo o momento do florescimento da planta e a idade dos frutos. Desta forma, a pesquisa foi conduzida entre fevereiro de 2016 e novembro de 2017, nos Laboratórios Análise de Sementes (LAS), de Análise de Imagens (LAI), de Pós-Colheita de Produtos Hortícolas (LPCPH) e de Patologia de Sementes (LPS), pertencentes aos Departamentos de Produção Vegetal e de Fitopatologia e Nematologia, da Escola Superior de Agricultura \"Luiz de Queiroz\", Universidade de São Paulo (USP, ESALQ), em Piracicaba, São Paulo. Para os estudos do teste de germinação das sementes, primeirameite foram avaliados diferentes suprimentos de luz e temperatura, sendo utilizada uma mesa termogradiente regulada com nove intervalos de temperatura (variação de 15 °C a 35 °C) e duas alternadas 20-30 °C e 15-35 °C, com oito horas de fotoperíodo e na ausência total de luz. Após estabelecidos os requerimentos de luz e temperatura, foram estudados os substratos para germinação das sementes: papel mata-borrão (sobre papel), areia (entre areia) e vermiculita (entre vermiculita). Quanto aos estudos da maturação e análise sanitária, foram distinguidos dois momentos de florescimento das plantas, 55 e 105 dias após o transplante (DAT) e, em cada um destes momentos, as flores foram marcadas por ocasião da antese e os respectivos frutos e sementes avaliados aos 45, 60, 75 e 90 dias após (DAA). A germinação das sementes de Physalis peruviana L. ocorre em intervalo amplo de temperatura (15 a 30,2 °C), sendo ideais as temperaturas 25 °C constante e 20-30 °C alternada, com oito horas de luz. O substrato areia (entre areia) é mais adequado e, como alternativa, podem ser utilizados o papel (sobre papel) e a vermiculita (entre vermiculita). As avaliações do teste de germinação podem ser realizadas no 7º dia (primeira contagem) e no 14º dia (contagem final) após a instalação do teste. O momento do florescimento e o estádio de desenvolvimento do fruto têm influência sobre as características qualitativas deste e sobre a maturação das sementes. A idade (em dias após a antese) e as modificações da cor, da massa, do tamanho e do sabor que ocorrem durante o desenvolvimento são parâmetros indicativos da maturidade fisiológica tanto do fruto quanto das sementes, as quais ocorrem aos 75 DAA (55 DAT) e aos 60 DAA (105 DAT). Além disso, os frutos produzidos em Piracicaba, São Paulo, têm padrão para a comercialização e qualidade similar a dos frutos produzidos em outras regiões de cultivo. Os gêneros fúngicos constatados em sementes de Physalis peruviana L. são Alternaria, Aspergillus, Bipolaris, Cladosporium, Epicoccum, Fusarium, Nigrospora e Penicillium, sendo a menor incidência em sementes de 75 DAA. A presença dos fungos não afeta o componente fisiológico das sementes. / The cultivation of cape gooseberry (Physalis peruviana L.) is a promising alternative for the farmers who are dedicated to the production of exotic fruit, the \"small fruits\" segment, due to the valorization of the fruit, which has several organoleptic and functional qualities. However, information about the crop under Brazilian soil and climate conditions is still scarce, especially in relation to the fruit and seed maturation processes, so that the appropriate time for harvest can be indicated, considering the quality of the fruits and seeds and, not least, the study of the ideal conditions for the seed germination test, since this test, besides being used to help in the identification of the physiological maturity of the seeds, yours results are parameter for comparison the seed quality of the lots and for seed marketing. Therefore, the present research was developed out with the objective of evaluating the light, temperature and substrate requirements for the germination test and to study the maturation of fruits and seeds, and the incidence of fungi on seed of Physalis peruviana L., according to the moment of flowering of the plant and fruit age. The research was conducted between february 2016 and november 2017, in the Laboratories of Seeds Analysis (LAS), Analysis of Images (LAI), Post-Harvesting of Horticultural Plants (LPCPH) and Pathology Seeds (LPS), belonging to the Departments of Crop Science and Phytopathology and Nematology, Luiz de Queiroz College of Agriculture, University of São Paulo (USP/ESALQ), in Piracicaba, São Paulo. For the seed germination test, different light and temperature supplies were evaluated first, using a termo-gradient table regulated with nine temperature ranges (ranging from 15 °C to 35 °C) and two alternate 20-30 °C and 15-35 °C, with eight hours of photoperiod and in the total absence of light. After the light and temperature requirements were established, the substrates for seed germination were studied: blotter paper sheets (upon paper), sand (between sand) and vermiculite (between vermiculite). In the maturation and seed health studies, two flowering moments were considered, at 55 and 105 days after transplanting (DAT) of the plants, and in each of these moments, the flowers were marked in the anthesis and the respective fruits and seeds evaluated at 45, 60, 75 and 90 days after anthesis (DAA).The germination of the seeds of Physalis peruviana L. occurs in a wide temperature range (15 to 30,2 °C), with temperatures 25 °C constant and 20-30 °C alternating, with eight hours of light. The sand substrate (between sand) is more suitable and, alternatively, paper and vermiculite may be used. The germination test evaluations can be performed on the 7th day (first count) and on the 14th day (final count) after the test installation. The moment of flowering and the development stage of the fruit influence the qualitative characteristics of the fruit and the maturation of the seeds. The age (in days after anthesis) and changes in color, mass, size and flavor that occur during the development, are indicative parameters of the physiological maturity of both fruit and seeds, which occur at 75 DAA (55 DAT) and at 60 DAA (105 DAT). In addition, fruits produced in Piracicaba, São Paulo, has a commercial pattern and quality similar to the fruits produced in other regions. The fungal genus found in seeds of Physalis peruviana L. are Alternaria, Aspergillus, Bipolaris, Cladosporium, Epicoccum, Fusarium, Nigrospora and Penicillium, the lowest incidence occurring in seeds of 75 DAA. The presence of fungi does not affect the physiological component of the seeds.

A presença de cultivares indesejáveis em lotes de linhagens de milho não é tolerada, pois compromete a eficiência da multiplicação subsequente para a produção comercial de sementes. A detecção das sementes contaminantes é realizada através de testes para determinação da pureza varietal e/ou genética, os quais, geralmente, são baseados em marcadores morfológicos e bioquímicos. Devido à importância dessa determinação, métodos alternativos eficientes vêm sendo avaliados e, entre esses merecem destaque os baseados em polimorfismo de DNA, visando a obtenção de informações mais consistentes. Nesse sentido, esta pesquisa teve como objetivo principal a comparação da eficiência de marcadores morfológicos e microssatélites para avaliação de pureza varietal de linhagens de milho e a determinação do grau de sensibilidade da técnica de microssatélites para detectar a ocorrência de genótipos contaminantes em lotes de sementes. Utilizaram-se quatro linhagens (L1, L2, L3 e L4) fornecidas pela Dow AgroSciences Ltda., misturadas duas a duas, para a obtenção de níveis de contaminação de 0, 1, 2, 5, 10 e 100%. L1 e L3 foram consideradas linhagens puras, enquanto L2 e L4 foram tratadas como genótipos contaminantes. A avaliação mediante o uso de marcadores morfológicos foi realizada utilizando-se descritores para sementes, plântulas e plantas em diferentes estádios de desenvolvimento. Na técnica de microssatélites utilizaram-se iniciadores específicos para amplificar DNA isolado a partir de amostras constituídas por 100 sementes ou 100 pares de folhas de plântulas. As reações de amplificação foram conduzidas via reação da polimerase em cadeia e o programa de amplificação utilizado foi específico para microssatélites. Para a resolução dos fragmentos utilizaram-se os géis de agarose (3,5%) e poliacrilamida (6%). Com a finalidade de verificar a sensibilidade dos microssatélites em detectar a ocorrência de contaminantes, foram realizadas misturas sucessivas do DNA da linhagem denominada contaminante em DNA da linhagem pura, simulando níveis de contaminação de 0%, 0,01%, 0,013%, 0,02%, 0,04%, 0,1%, 0,2%, 1%, 2%, 5%, 10% e 100%. Foi observado que as características morfológicas de sementes, plântulas ou mesmo plantas, não ofereceram segurança suficiente para a detecção de contaminação em amostras de linhagens de milho. Por outro lado, a técnica de microssatélites apresentou maior eficiência e precisão, permitindo a detecção de níveis de contaminação de até 1%, como o uso de amostras constituídas por sementes e também folhas de plântulas. No experimento simulando misturas com DNA de diferentes genótipos (L1 - L2 e L3 - L4), a técnica de microssatélites foi eficiente em detectar de maneira consistente concentrações de 0,1% da amostra contaminante. Assim, a determinação da pureza varietal em lotes de sementes de linhagens de milho é mais eficiente pela utilização de marcadores microssatélites em comparação aos marcadores morfológicos. / Maize inbred lines seed production has been conducted to avoid the presence of varietal contamination since it compromises the subsequent multiplication phases within the commercial seed program. Contaminant seeds are detected through varietal and/or genetic purity determination tests which are usually based on morphological and biochemical markers, depending on the desired effectiveness. Thus, more efficient alternative approaches have been tested, with special emphasis on those based on DNA polymorphism. In that context, the main objective of this research was to compare the efficiency of morphological and microsatellite markers to evaluate varietal purity of maize inbred lines and to determine the sensitiveness of the microsatellite technique to detect the occurrence of contaminant genotypes in seed lots. There were used four inbred lines (L1, L2, L3 and L4) supplied by Dow AgroSciences Ltd., mixed to attain contamination levels of 0, 1, 2, 5, 10 and 100%. L1 and L3 were considered pure strains while L2 and L4 were treated as contaminant genotypes. For the morphological marker evaluation seed, seedling and plant descriptors at different development stages were used. Specific maize primers were used in the microsatellite technique and the DNA was isolated from samples of 100 seeds or 100 pairs of seedling leaves. The DNA amplification reactions were conducted through polymerase chain reaction, with amplification program especially designed for microsatellites, and for fragments resolution, 3.5% agarose and 6% polyacrilamyde gels were used. Successive mixtures among DNA of contaminant line and pure line (0%, 0.01%, 0.013%, 0.02%, 0.04%, 0.1%, 0.2%, 1%, 2%, 5%, 10%, and 100%) were performed to simulate contamination levels with the objective of verify the microssatellite sensitiveness in detecting the occurrence of contaminants. Morphological characteristics of the seeds, seedlings or plants were less reliable to detect contamination in maize inbred lines than the microsatellite technique; this provides more efficient and accurate evaluation of varietal purity of seed lots. Levels with 1% of contamination were detected by the use of seed and seedling leaf samples. The experiment with mixtures of DNA (L1 - L2 and L3 - L4) using microsatellite technique allowed the consistent detection of 0.1% contaminant DNA concentration. Thus, the determination of varietal purity in maize seed lots is more efficient by using microsatellite markers than morphological markers.

Apesar das diversas aptidões de uso do milheto (Pennisetum glaucum (L.) R. Br.), como forragem para pastoreio ou silagem, cobertura do solo e alimentação humana, alguns fatores são limitantes para a expansão do cultivo dessa espécie no Brasil e um dos agravantes é a qualidade física e fisiológica das sementes comercializadas. Assim, este trabalho visou aplicar as técnicas de condicionamento fisiológico, peletização e incorporação de fósforo às sementes para favorecer a implementação e o desenvolvimento da cultura em campo. O experimento envolveu sementes do cultivar BRS 1501, representadas por três lotes, com condicionamento envolvendo água e soluções de PEG6000, enquanto que a peletização foi testada inicialmente com adesivos (PVA, PVP k30, bentonita e Metil celulose) e diferentes produtos em pó com base inerte ou fosforada. As avaliações consistiram de testes físicos iniciais, testes fisiológicos por seis meses de armazenamento, desenvolvimento das plantas em campos com diferentes disponibilidades de fósforo no solo e avaliações químicas de fósforo total e fosfatase ácida em plântulas e plantas de milheto. Não há diferemça significativa na germinação das sementes e emergência das plântulas originadas de sementes pré condicionadas. A peletização das sementes é uma alternativa viável para alteração do volume das sementes sem alterar seu desempenho fisiológico. Em relação à incorporação de fósforo ao pélete das sementes, há efeito significativo no desenvolvimento das plântulas, assim como para a absorção deste macronutriente. Por outro lado, há impacto significativo de materiais e doses específicas sobre a qualidade fisiológica das sementes, principalmente do fosfato bicálcico. / Beside the many aptitudes of the pearl millet (stock feeding, hay, soil layer protection and food in general), some factors limit its expansion in Brazil, being generally, the low physical and physiological seed quality on the market as one of the harshest problems. Thus, this study aimed at applying physiologic conditioning techniques, pelleting and phosphorus application on seeds to improve seedling emergence and crop development in the fields. The experiment used 3 seed lots of BRS 1501 cv, with water and osmotic solution conditioning, while pelleting was tested with 4 different binders (PVA, PVP k30, bentonite and Methil celulose) and different inert and phosphorate powder products. The evaluations consisted of initial phisical tests, followed by physiological tests for 6 months of storage, Field development under 2 different phosphorus soil content and, chemical evaluations as total P content and acid phosphate on pearl millet seedlings and plants. The results show no significant difference on the seedling emergence and germination of physiological conditioned seeds. The seed pelleting was effective on improving seeds volume without harming seed physiologic performance. Regarding phosphorous incorporation through seed pellet, the results show significant effects on the seedling development, as well as it´s absorption. However, with significant impact of specific materials and quantities on the seeds physiologic performance, especially with Bicalcic phosphate.

Intervenções conservacionistas baseadas em receitas generalistas e uniformes têm eficácia comprometida por serem incapazes de incorporar as particularidades de cada ecossistema e as diferentes características regionais da atividade humana. Este trabalho teve como objetivo desenvolver uma metodologia que incorporasse a avaliação espacial do fluxo gênico contemporâneo de plantas ao planejamento territorial de paisagens fragmentadas. Adotou-se o Jatobá (Hymenaea courbaril), espécie zoocórica, como espécie guarda-chuva. Localizada no Pontal do Paranapanema, a área amostral utilizada possui 49km2, que abrigam sete sub-populações de Jatobá e 1,32 km2 de remanescentes florestais divididos em 4 fragmentos. Executamos o censo de árvores adultas e amostragem regular de indivíduos juvenis. Amostrou-se 359 indivíduos, dos quais 75 foram considerados como adultos, todos foram georreferenciados por GPS e genotipados por SSR. Analisando-se três locos de DNA genômico e um de c-DNA, foram realizados 21.225 testes de maternidade, nos quais 62 plantas jovens tiveram suas mães identificadas. A distribuição das distâncias de dispersão de sementes verificada indica que o isolamento para recolonização entre sub-populações ocorre em distâncias superiores a 1600m. Foram localizados 13 fragmentos que permaneceriam em condição de isolamento, mesmo após a recuperação de todas as APPs. Recomenda-se a inclusão do aumento de conectividade destas manchas, bem como do reflorestamento de todas as APPs, na lista de prioridades do planejamento da conservação da biodiversidade desta região. / Conservationist interventions, based on general and uniform protocols, lose effectiveness by being incapable to incorporate the particularities of each ecosystem and the different regional patterns of the human activity. This research meant to develop a method that incorporates the spatial evaluation of the contemporary gene flow of plants to the territorial planning of fragmented landscape. We adopted Hymenaea courbaril as an umbrella species. Located in the Pontal of the Paranapanema (São Paulo State, Brazil), the study area has 49km2, that shelters seven subpopulations of Hymenaea courbaril with 1,32km2 are covered by forest that is separated in four patches. We censused adult trees and also regular seedlings and juveniles were regularly sampled. A total of 359 individuals were identified and georreferencered by GPS and genotyped by SSR. Analyzing 3 loci of genomic DNA and one of c-DNA, we applied a maternity test. 62 young plants had them mothers identified. The distribution of distances of seed dispersal indicates that the isolation for recolonization between subpopulations occurs in distances greater than 1600m, indicating that the connectivity in the studied landscape is very low for Hymenaea courbaril. 13 habitat patches were located in isolation condition, even after the recuperation of all the law-protected riparian-corridor areas. These results emphasized the increase of connectivity of these spots, as well as the restoration in the protected riparian areas, as some of the top priorities in the planning of the biological conservation of this region.

This doctoral dissertation examines alternative appropriation strategies of intellectual property rights (IPRs), developed and adopted by firms. The study argues that the traditional theoretical approach used to address this issue, based on Teece\'s (1986) seminal paper \"Profiting from technological innovation\", is not suitable for non-trivial circumstances, outside the industrial and manufacturing sector and which are ruled by sui generis IPRs. To understand the IPRs appropriation efforts undertaken by firms within these peculiar environments, this study suggests the integration of the Property Rights Theory with the Resource Based View approach to Strategy. It is based on the perspective of Property Rights Economics, particularly on the work of Barzel (1997), who conceptualizes resource as a bundle of attributes for which property rights may be granted. Resting on this definition, which was extended by Foss and Foss (2005, 2006), who argue that the resource owner\'s ability to extract and sustain value depends on whether he holds secure property rights over the relevant attribute, I propose the unbundling of the resource attributes, as a strategy to appropriate value. To test the theoretical propositions, I developed a double case study on the soybean and cottonseed breeding in Brazil. To place the reader in this empirical setting, a chapter explains the organizational, institutional and competitive dimensions of the seed-breeding sector. I carried out the double case study through semi-structured interviews with breeding firms, complemented by some descriptive statistics of official data. The main finding of this dissertation refers to the idea of accessing economic rights to a resource that can be dismembered in few attributes, to which individual property rights are assigned, and then benefit from the superior protection offered by one single relevant attribute. The dissertation ends with some reflections on the implications of this finding, on a general basis and particularly regarding the future of seed breeding in Brazil. / Esta tese de doutorado examina as estratégias de apropriação de direitos de propriedade intelectual (DPIs), desenvolvidas e adotadas pelas firmas. O estudo argumenta que a abordagem teórica tradicional sobre o assunto, que é baseada no trabalho seminal de Teece (1986) \"Lucrando com a inovação tecnológica\", não é adequada para circunstâncias não triviais, fora do setor industrial e manufatureiro, governadas por DPIs sui generis. Para entender os esforços de apropriação de DPIs realizados pelas firmas inseridas nesses ambientes peculiares, este estudo sugere a integração da Teoria de Direitos de Propriedade com a abordagem estratégica da Visão Baseada em Recursos. Baseia-se na perspectiva da Economia dos Direitos de Propriedade, especialmente no trabalho de Barzel (1997), que conceituou os recursos como uma cesta de atributos para os quais individualmente podem ser atribuídos direitos de propriedade. Partindo dessa definição, que foi estendida por Foss e Foss (2005, 2006), com o argumento de que a habilidade do detentor do recurso em extrair e sustentar valor depende se o mesmo detém direitos de propriedade garantidos sobre o atributo relevante, propõe-se o desmembramento dos atributos dos recursos, como estratégia para apropriação de valor. Com o intuito de testar as proposições teóricas eu desenvolvi um estudo de caso duplo que compreende o melhoramento vegetal de soja e algodão no Brasil. Para situar o leitor neste contexto empírico, um dos capítulos da tese explica as dimensões organizacionais, institucionais e competitivas do setor de melhoramento de sementes. O estudo de caso foi conduzido por meio de entrevistas semiestruturadas com obtentores de plantas e complementado com estatísticas descritivas sobre o tema, a partir de dados oficiais. O principal achado da pesquisa refere-se à ideia de que o acesso aos direitos econômicos de um recurso pode ser desmembrado por meio do acesso à alguns atributos relevantes, para os quais podem ser atribuídos direitos de propriedade individuais. Por sua vez um indivíduo ou firma pode se beneficiar da proteção superior conferida por apenas um único atributo relevante do recurso. A tese se encerra com reflexões gerais sobre as implicações deste achado e particularmente em relação ao futuro do melhoramento de plantas no Brasil.

A qualidade das matérias-primas do chocolate depende de uma fermentação eficiente das sementes de cacau, já que é nesta etapa que ocorrem transformações bioquímicas como a liberação de aminoácidos e açúcares redutores que durante a torração irão formar os precursores do sabor do chocolate. O processo fermentativo ocorre espontaneamente e a polpa que envolve os grãos, rica em carboidratos, é o substrato para o desenvolvimento dos microrganismos fermentativos, e a atividade destes resulta na remoção da polpa com produção do mel do cacau, contribuindo para a formação dos aromas e sabores. Existem outros métodos para a retirada da polpa, estando patenteados métodos mecânicos e por ação de enzimas pectinolíticas. Contudo, a utilização dos processos mecânicos existentes não é eficiente e o uso de enzimas ainda não é economicamente viável em larga escala. A melhoria da fermentação vem sendo objeto de pesquisa e se considera que a inoculação de leveduras produtoras de pectinases durante a fermentação poderia contribuir para a eficiência do processo, com obtenção de um produto mais uniforme. Com esse objetivo, nesse trabalho, leveduras de diferentes espécies com potencial produção de enzimas pectinolíticas foram selecionadas e posteriormente avaliadas durante a fermentação e na qualidade final das amêndoas. Os dados obtidos revelaram que leveduras do gênero Kluyveromyces se mostraram as mais eficientes, mas as espécies Candida utilis e Saccharomyces cerevisiae também mostraram bons resultados, enquanto que as fermentações sem a inoculação de leveduras apresentaram baixa eficiência na produção do mel de cacau. A fermentação com K. marxianus (MMIII-41), apresentou elevação de temperatura até 34°C com queda do pH em 2,9 e coloração marrom em suas amêndoas, indicando boa qualidade, enquanto que as fermentações naturais apresentaram valores de temperatura e pH de 29°C e 3,5 e coloração amarelada em suas amêndoas devido à polpa e fibras vegetais aderidas. Durante a prova de corte, a espécie S. cerevisiae mostrou a maior quantidade de amêndoas com coloração marrom, enquanto que a espécie K. marxianus que apresentou o melhor desempenho fermentativo com degradação da fração vicilina evidenciada em gel SDS-PAGE, mostrou somente 14% de amêndoas marrons. É possível concluir que a inoculação de leveduras com produção de enzimas pectinolíticas extracelulares e o revolvimento das sementes durante a fermentação, contribui para uma maior rapidez da fermentação e melhor qualidade das amêndoas. O volume do material fermentado não permitiu alcançar as temperaturas obtidas na maior escala, mesmo assim, de acordo com os resultados obtidos nas avaliações de atividade enzimática, volumes de mel drenados, aspecto externo das sementes após 192 horas, prova de corte e degradação de vicilinas, dentre as espécies pré-selecionadas para atividade pectinolítica, as leveduras K. marxianus, Kluyveromyces fragilis, C. utilis e S. cerevisiae, revelaram, nas condições de fermentação estudadas, ter condições de trazer benefícios a qualidade das amêndoas. / The quality of the raw material of chocolate depends on an efficient fermentation of cocoa beans, as it is at this stage that biochemical transformations occur as the release of amino acids and reducing sugars that during roasting will form the precursors of chocolate flavor. The fermentation process occurs spontaneously and the pulp surrounding the seeds, rich in carbohydrates, is the substrate for the development of fermentative microorganisms, and its activity results in the removal of the pulp and honey production of cocoa, contributing for the formation of aromas and flavors. There are other methods to remove the pulp, and mechanical methods being patented by the action of pectic enzymes. However, the use of existing mechanical processes is not efficient and the use of enzymes is not yet economically viable on a large scale. Improving the fermentation has been the subject of research and considered that the inoculation of yeasts producing pectinase during fermentation could contribute to the efficiency of the process, obtaining a more uniform product. With that goal in this paper, yeasts of different species with potential production of pectic enzymes were selected and then evaluated during the fermentation and the final quality of the beans. The data obtained showed that yeasts Kluyveromyces have shown the most efficient, but the species of Candida utilis and Saccharomyces cerevisiae also showed positive results, whereas the fermentation without yeast inoculation showed low efficiency in the production of honey cocoa. The fermentation with K. marxianus (MMIII-41), showed increase of temperature to 34 ° C with a pH drop to 2.9 in their brown and almonds, indicating good quality, while natural fermentations showed values of pH and temperature of 29°C and 3.5 and yellow coloring in their beans due to pulp and vegetable fibers bonded. During the test cutting, the species S. cerevisiae showed the greatest amount of almonds and brown, while the species K. marxianus which showed the best fermentation performance degradation with the vicilin fraction evidenced by SDS-PAGE, showed only 14% of brown almonds. It was concluded that inoculation with yeast production of extracellular pectic enzymes and revolving seeds during fermentation, contributing to a faster fermentation and a better quality of almonds. The volume of the fermented material is not allowed to reach temperatures obtained on the largest scale yet, according to the results obtained in the enzymatic activity, volumes of honey drained, the external appearance of the seeds after 192 hours, proof of cutting and degradation of vicilin among the species pre-selected for pectinolytic yeasts K.marxianus, Kluyveromyces fragilis, C. utilis and S. cerevisiae, revealed in fermentation conditions studied, be able to benefit the quality of the beans.

A qualidade das matérias-primas do chocolate depende de uma fermentação eficiente das sementes de cacau, já que é nesta etapa que ocorrem transformações bioquímicas como a liberação de aminoácidos e açúcares redutores que durante a torração irão formar os precursores do sabor do chocolate. O processo fermentativo ocorre espontaneamente e a polpa que envolve os grãos, rica em carboidratos, é o substrato para o desenvolvimento dos microrganismos fermentativos, e a atividade destes resulta na remoção da polpa com produção do mel do cacau, contribuindo para a formação dos aromas e sabores. Existem outros métodos para a retirada da polpa, estando patenteados métodos mecânicos e por ação de enzimas pectinolíticas. Contudo, a utilização dos processos mecânicos existentes não é eficiente e o uso de enzimas ainda não é economicamente viável em larga escala. A melhoria da fermentação vem sendo objeto de pesquisa e se considera que a inoculação de leveduras produtoras de pectinases durante a fermentação poderia contribuir para a eficiência do processo, com obtenção de um produto mais uniforme. Com esse objetivo, nesse trabalho, leveduras de diferentes espécies com potencial produção de enzimas pectinolíticas foram selecionadas e posteriormente avaliadas durante a fermentação e na qualidade final das amêndoas. Os dados obtidos revelaram que leveduras do gênero Kluyveromyces se mostraram as mais eficientes, mas as espécies Candida utilis e Saccharomyces cerevisiae também mostraram bons resultados, enquanto que as fermentações sem a inoculação de leveduras apresentaram baixa eficiência na produção do mel de cacau. A fermentação com K. marxianus (MMIII-41), apresentou elevação de temperatura até 34°C com queda do pH em 2,9 e coloração marrom em suas amêndoas, indicando boa qualidade, enquanto que as fermentações naturais apresentaram valores de temperatura e pH de 29°C e 3,5 e coloração amarelada em suas amêndoas devido à polpa e fibras vegetais aderidas. Durante a prova de corte, a espécie S. cerevisiae mostrou a maior quantidade de amêndoas com coloração marrom, enquanto que a espécie K. marxianus que apresentou o melhor desempenho fermentativo com degradação da fração vicilina evidenciada em gel SDS-PAGE, mostrou somente 14% de amêndoas marrons. É possível concluir que a inoculação de leveduras com produção de enzimas pectinolíticas extracelulares e o revolvimento das sementes durante a fermentação, contribui para uma maior rapidez da fermentação e melhor qualidade das amêndoas. O volume do material fermentado não permitiu alcançar as temperaturas obtidas na maior escala, mesmo assim, de acordo com os resultados obtidos nas avaliações de atividade enzimática, volumes de mel drenados, aspecto externo das sementes após 192 horas, prova de corte e degradação de vicilinas, dentre as espécies pré-selecionadas para atividade pectinolítica, as leveduras K. marxianus, Kluyveromyces fragilis, C. utilis e S. cerevisiae, revelaram, nas condições de fermentação estudadas, ter condições de trazer benefícios a qualidade das amêndoas. / The quality of the raw material of chocolate depends on an efficient fermentation of cocoa beans, as it is at this stage that biochemical transformations occur as the release of amino acids and reducing sugars that during roasting will form the precursors of chocolate flavor. The fermentation process occurs spontaneously and the pulp surrounding the seeds, rich in carbohydrates, is the substrate for the development of fermentative microorganisms, and its activity results in the removal of the pulp and honey production of cocoa, contributing for the formation of aromas and flavors. There are other methods to remove the pulp, and mechanical methods being patented by the action of pectic enzymes. However, the use of existing mechanical processes is not efficient and the use of enzymes is not yet economically viable on a large scale. Improving the fermentation has been the subject of research and considered that the inoculation of yeasts producing pectinase during fermentation could contribute to the efficiency of the process, obtaining a more uniform product. With that goal in this paper, yeasts of different species with potential production of pectic enzymes were selected and then evaluated during the fermentation and the final quality of the beans. The data obtained showed that yeasts Kluyveromyces have shown the most efficient, but the species of Candida utilis and Saccharomyces cerevisiae also showed positive results, whereas the fermentation without yeast inoculation showed low efficiency in the production of honey cocoa. The fermentation with K. marxianus (MMIII-41), showed increase of temperature to 34 ° C with a pH drop to 2.9 in their brown and almonds, indicating good quality, while natural fermentations showed values of pH and temperature of 29°C and 3.5 and yellow coloring in their beans due to pulp and vegetable fibers bonded. During the test cutting, the species S. cerevisiae showed the greatest amount of almonds and brown, while the species K. marxianus which showed the best fermentation performance degradation with the vicilin fraction evidenced by SDS-PAGE, showed only 14% of brown almonds. It was concluded that inoculation with yeast production of extracellular pectic enzymes and revolving seeds during fermentation, contributing to a faster fermentation and a better quality of almonds. The volume of the fermented material is not allowed to reach temperatures obtained on the largest scale yet, according to the results obtained in the enzymatic activity, volumes of honey drained, the external appearance of the seeds after 192 hours, proof of cutting and degradation of vicilin among the species pre-selected for pectinolytic yeasts K.marxianus, Kluyveromyces fragilis, C. utilis and S. cerevisiae, revealed in fermentation conditions studied, be able to benefit the quality of the beans.

A utilização de sementes com alto potencial fisiológico é de grande importância para a emergência e desenvolvimento inicial das plântulas em campo. O tamanho das sementes é considerado um dos fatores que afetam o potencial fisiológico de sementes de varias espécies, entre elas a soja. Os objetivos do presente trabalho foram avaliar o efeito do tamanho sobre o potencial fisiológico das sementes de soja e verificar até que ponto a disponibilidade hídrica pode influenciar a germinação das sementes de diferentes tamanhos. Foram utilizados dois cultivares de soja (Anta 82 e M7739 IPro), cada um representado por dois lotes com potenciais fisiológicos distintos. As sementes de cada lote foram classificadas em cinco tamanhos, por meio de peneiras de perfurações oblongas com diferença de 0,4 mm na espessura dos crivos. A pesquisa foi executada em duas etapas: a primeira foi conduzida segundo esquema fatorial 2 lotes x 5 tamanhos (M+0,8, M, M-0,8 e <M-0,8), avaliando-se os tratamentos pelos testes de germinação, envelhecimento acelerado com solução saturada de NaCl, emergência de plântulas, comprimento e massa da matéria seca de plântulas, análise computadorizada de imagens de plântulas (SVIS&reg;), tetrazólio (vigor e viabilidade), determinação da espessura do tegumento por microscopia eletrônica, teor de lignina no tegumento das sementes, além de determinações do teor de água, massa de 1000 sementes e caracterização física das sementes quanto geometria pelo equipamento SAS. A segunda etapa foi conduzida de acordo com esquema fatorial 5 tamanhos x 4 potenciais hídricos do substrato (-0,04, -0,10, -0,20 e -0,40 MPa) e os tratamentos foram avaliados pelos teste de germinação sob variações de disponibilidade hídrica, além de determinação da marcha de absorção de água pelas sementes sob cada potencial hídrico. Os resultados obtidos foram submetidos a análise estatística, com o auxílio do software SISVAR. Os resultados indicaram que sementes de soja de tamanhos inferiores, em mais de 0,8 mm ( < M-0,8mm), à média do lote apresentam menor potencial fisiológico. A redução do potencial hídrico do substrato diminui a velocidade de germinação das sementes de soja, independentemente do tamanho, além disso, sob média e baixa disponibilidade hídrica (-0,10, -0,20 e -0,40 MPa) sementes de tamanho superior, em mais de 0,8mm (M+0,8 mm) em relação à média apresentam menor porcentagem e velocidade de germinação, e sementes de tamanho médio menos 0,8 mm (M-0,8 mm) tem sua porcentagem e velocidade de germinação menos afetadas pela redução do potencial hídrico. / The use of seeds with high physiological potential is of great importance for emergence and early development of seedlings in the field. Seed size affects the physiological potential of various species, including soybeans. This study evaluated the effects of size on the physiological potential of soybean seeds and investigated how water availability influences germination of seeds of different sizes. Two soybean cultivars (Anta 82 and M7739 IPro) were used, each represented by two batches with distinct physiological potentials. The seeds of each batch were classified in five sizes using sieves with oblong perforations of 0.4 mm in thickness. The study was performed in two stages. The first was conducted according to factorial scheme 2 batches x 5 sizes (M+0.8, M, M-0.8 and <M-0.8), evaluating treatments by germination tests, accelerated aging with saturated solution of NaCl, emergence of seedlings, length and mass of the dry matter of seedlings, computerized image analysis of seedlings (SVIS&reg;), tetrazolium (vigor and viability), determination of integument thickness by electron microscopy, lignin content in seed coat, as well as determinations of the water content, mass of 1000 seeds and physical characterization of seed in terms of geometry using the SAS. The second stage was conducted according to factorial 5 sizes x 4 substrate water potentials (-0.04, -0.10, -0.20 and -0.40 MPa) and the treatments were evaluated by the germination test under water availability variations, in addition to determining the water uptake rate by seeds under each hydric potential. The results were subjected to statistical analysis, using the SISVAR software. Soybean seeds of sizes lower than 0.8 mm ( < M-0.8 mm) feature less physiological potential compared to the batch average. The reduction of substrate water potential decreases the germination speed of soybean seeds, regardless of size. Moreover, under low and medium water availability (-0.10, -0.20 and -0.40 MPa), seeds with size higher than 0.8 mm (M+0.8 mm) feature smaller percentage and germination speed in relation to the batch average, while medium-sized seeds, less than 0.8 mm (M-0.8 mm), have percentage and germination speed less affected by reduced water potential.

A presente dissertação teve como objetivo investigar se padrões presentes nas comunidades arbóreas adultas podem ser gerados por diferenças em aspectos relacionados ao nicho de regeneração das espécies. Nosso modelo de estudo foram duas florestas de restinga localizadas na Ilha do Cardoso, litoral sul do estado de São Paulo. A floresta de restinga alta (RA) é uma formação geologicamente mais antiga e possui dossel mais fechado que a floresta de restinga baixa (RB). No Capítulo 1, investigamos se as inversões de abundância das árvores adultas entre RA e RB podem ser geradas devido ao desempenho diferenciado destas espécies ainda na fase de plântula, devido à atuação do filtro ambiental luminosidade. Hipotetizamos que as espécies apresentem pior desempenho no estágio de plântula na floresta em que são menos abundantes como adultos, devido a uma demanda conflitante entre crescimento e sobrevivência. Esperávamos também que a mortalidade por patógenos fosse a principal causa de mortalidade das plântulas na floresta mais sombreada. Realizamos um experimento manipulativo em campo com seis espécies arbóreas, no qual plântulas com um mês após a germinação foram transplantadas nas duas florestas e no viveiro. Acompanhamos o desempenho destas plântulas durante nove meses. Não houve diferenças no desempenho das espécies entre as duas florestas estudadas, exceto na sobrevivência de Clusia criuva (no sentido esperado) e de Tapirira guianensis (sentido oposto ao esperado). Diferente do esperado, a principal causa de mortalidade de todas as espécies foi a herbivoria severa e não foi observado um conflito entre crescimento e sobrevivência. No Capítulo 2 investigamos se as diferenças de tamanho de semente entre as espécies arbóreas zoocóricas podem gerar diferenças nos padrões da comunidade adulta e essas diferenças ocorrem devido à atuação do filtro ambiental da luminosidade ou apenas devido às diferenças de capacidade de dispersão das espécies. Acompanhamos a chuva de sementes das espécies zoocóricas arbóreas durante quatro anos nas duas florestas e verficamos que a capacidade de dispersão ativa está negativamente relacionada ao tamanho de sementes, como é previsto por ambas as hipóteses (filtro ambiental e capacidade dispersão). Além disso, a relação entre a produção média de sementes e o tamanho de sementes apresentou um padrão triangular, de modo que as espécies de sementes grandes apresentam sempre baixas produções. Comparamos os tamanhos médios de sementes e a amplitude de tamanhos de sementes dos indivíduos e espécies estabelecidos como adultos nas duas florestas (DAP>= 5cm). Verificamos que a RA apresenta tamanho médio de semente e amplitude de tamanhos de sementes maiores que a RB. Além disso, a composição florística da RB está aninhada na composição da RA. Assim, hipotetiamos que as diferenças na capacidade de dispersão das espécies, aliadas às diferenças de idade das florestas são responsáveis pela distribuição de tamanho de sementes dos adultos estabelecidos nas duas florestas. Por fim, no capítulo 3, realizamos uma revisão bibliográfica sobre o papel dos microorganismos do solo no nicho de regeneração das espécies arbóreas tropicais. Foram encontrados estudos que abordam apenas a atuação de fungos, seja em interações positivas (fungos micorrízicos) ou negativas (fungos patogênicos). Discutimos os principais fatores e características associadas à mortalidade por patógenos do solo, bem como relações levantadas pelos estudos pioneiros que não foram corroboradas ou testadas / The objective of the current research was to investigate if the existing patterns in the adult tree communities can be generated by differences in the aspect related to the regeneration niche of species. Our model of study were two restinga\'s forests located at the Cardoso Island, on the South coast of São Paulo state. The tall resting forest (TRF) is an older formation, geologically speaking, and it hás closer canopies than the short resting forest (SRF). In the first chapter, we investigated if the abundance inversions of adult trees existing between the TRF and the SRF could be generated due to the differentiated performances of these species at the stage of the seedling, due to the action of the environmental light filter. We assumed as a hypothesis that the species show a worst performance in the stage of seedling in the forest where they are less abundant as adult, due to a trade-off between growth and survival. We expected that the mortality by pathogens was the main cause for the mortality of plants in the more shaded forest. We achieved a manipulative experiment in field with six tree species, in which one-month-old seedlings after germination were transplanted in the two forests and in the nursery. We followed the performance of the species in the two studied forests for nine months. There were no differences in the performance of the two species, except the survival of the Clusia criuva (in the expected way) and of the Tapirira guianensis (opposite to the expected way).Different from what was expected, the main cause of the mortality of all the species was the severe herbivory, and it was not possible to observe a conflict between the growth and the survival of them. In the second chapter, we investigated if the differences in the size of the seeds among the zoochoric tree species can generate differences in the patterns of the adult community and if those differences occur due to an action of the environment lighting filter or only by the differences of the dispersion capacity of the species. We followed the seed rain of the zoochoric tree species for four years in both forests and we could check that the active dispersion capacity of them is negatively related to the size of the seeds, as it can be predicted by both the hypothesis (environmental filter and dispersion capacity). Besides, the relationship between the average production of seeds and the size of the seeds presented a triangular pattern, as species with big seeds always provide low productions. We compared the seeds average sizes and the range of the seeds sizes of the individual plants and of the adult species in both forests (DAP_> 5 cm. We could verify that the TRF presents average size of seeds and range of the seeds\'s sizes that were bigger than in SRF. Furthermore, the SRF floristic composition is nested in the TRF composition. Therefore, we assumed as a hypothesis that the differences in the dispersal capacity of species, plus the age differences of the forests, are responsible for the distribution of the seeds sizes of the adult plants present in both forests. Finally, in chapter 3, we made a literature review about the role of the soil microorganisms in the specific site of the regeneration of the tropical tree species. We found studies that focus only on the action of the fungi as far in positive interactions (mycorrhizal fungi) as in negative ones (pathogenic fungi). We discussed the main factors and the characteristics associated to the mortality caused by the soil pathogens, as well as the relationship proposed by the pioneer studies which were not confirmed nor tested

Diversas características interferem na aceitabilidade de variedades de feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.) no mercado consumidor, como o brilho do tegumento. Geralmente, o feijão com brilho é rejeitado para consumo, pois apresenta difícil cozimento. No entanto, o brilho pode conferir resistência ao ataque de insetos e patógenos à semente, podendo constituir uma vantagem para o melhoramento do feijão. A presença de brilho é devida à expressão do gene Asp (Asper) na forma alélica dominante. Genótipos aspasp, portanto, apresentam tegumento opaco. Outro gene, J (Joker), interfere na expressão da característica, de modo que o alelo recessivo j diminui a intensidade do brilho e altera a coloração do tegumento. J é considerado o precursor de polifenois denominados pró-antocianidinas. Na presença j estes compostos não são sintetizados. No presente trabalho foram genotipadas variedades de feijoeiro crioulas [Serro Azul Brilhante (SAB - tegumento brilhante) e Fosco (SAF - tegumento opaco) e Puebla-152 (P-152 - brilhante)] e a cultivar Diamante Negro (DN - opaco), contrastantes para o brilho do tegumento. Análises fenotípicas, morfológicas e bioquímicas permitiram inferir os genótipos das variedades e avaliar a segregação do brilho em populações derivadas de cruzamentos entre contrastantes: SAF x SAB e P-152 x DN. Os resultados mostraram que as variedades não variam para J, apenas para Asp, sendo que SAB e P-152 carregam Asp e SAF e DN o alelo asp. Em todos os cruzamentos a segregação foi de três brilhantes (Asp) para um opaco (asp) na geração F2 e de cinco brilhantes para três opacos em F3. A partir dos resultados, as variedades foram contrastadas por meio de marcadores de AFLP, analisando-se a similaridade genética e identificando-se bandas diferenciadoras entre as mesmas. A partir disso, foi empregada a metodologia de Bulk Segregant Analysis na população F2 de P-152 x DN, para encontrar marcadores AFLP candidatos ao mapeamento do brilho. Foram encontrados marcadores associados que, no entanto, revelaram serem falsos positivos. Análises utilizando marcadores microssatélites ou análises bioinformáticas de sintenia com a soja poderiam ser realizadas, visando detectar marcadores precisamente ligados à característica / Several characteristics interfere in acceptability of common bean varieties (Phaseolus vulgaris L.) by consumers, like seed coat shininess. Generally, varieties with shiny seed coat are rejected by consumers due to their difficult cooking. However, shininess could confer resistance to insects attak and also pathogens to the seed, giving an advantage for this trait in common bean breeding. The presence of shininess is due the expression of the Asp (Asper) gene in the dominant allelic form. Other gene, J (Joker), interferes on the expression of this characteristic, with j conditioning a less shiny seed coat and changing seed coat color. J is considered the precursor of a class of polyfenols called pro-anthocyanidins. In the presence of j these compounds are not synthesized. In the present work we genotyped common bean landraces [Shiny Serro Azul (SAB shiny seed coat) and Dull Serro Azul (SAF dull seed coat) and Puebla-152 (P-152 shiny)] and the cultivar Diamante Negro (DN dull), contrasting for seed coat shininess. Phenotypic, morphological and biochemical analyses allowed to genotype all varieties and evaluate the segregation of shinines in populations derived from crosses between contrasting genotypes: SAF x SAB and P-152 x DN. Results showed that varieties do not vary for J, only for Asp. SAB and P-152 carry Asp and SAF and DN carry asp. In all crosses segregation was of three shiny (Asp) for one opaque (asp) in F2 and of five shiny for three dull in F3. Based on the results, all varities were contrasted by AFLP markers, analyzing genetic similarity and identifying differencial bands among all of them. Further it was used the Bulk Segregant Analysis method in population F2 of the cross P-152 x DN, aiming to find candidate AFLP markers for shininess mapping. We found markers associated but they revealed to be false positives. Further analyses using microsatellite markers or sinteny comparisons with soybean genome could be done, aiming to find specific markers linked to this trait