Seminario de Título entregado a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Título de Ingeniero en Biotecnología Molecular. / N6-Metiladenosina (m6A) es la modificación química más abundante encontrada en los ARN mensajeros (ARNm) de células eucariontes. Esta modificación regula el metabolismo de los ARNm a diferentes niveles incluidos el corte y empalme de exones, traducción, estabilidad y degradación. Existen tres grupos de proteínas que regulan estos procesos: aquellas que catalizan la adición de la modificación, las proteínas metiltransferasas METTL3 y METTL14, las que remueven la metilación, las desmetilasas FTO y ALKBH5, y finalmente, las que reconocen m6A y actúan como efectoras de esta modificación, las proteínas lectoras YTHDF1,2 y 3. Recientemente se ha descrito la presencia de m6A en el ARN de diferentes virus que replican en el citoplasma, como los virus de la hepatitis C, virus Zika e influenza A, donde la modificación m6A regula la expresión de proteínas virales, estabilidad de los ARN virales (genómicos y mensajeros) y por ende la replicación viral. Sin embargo, se desconoce su rol en la replicación de otros virus de importancia clínica, como el virus respiratorio sincicial humano (VRSh). VRSh es uno de los principales causantes de enfermedades respiratorias en menores de 3 años, adultos mayores e inmunodeprimidos. Es un virus que infecta células del tracto respiratorio replicando en el citoplasma de estas. Posee un ARN genómico de simple hebra de polaridad negativa y actualmente no existen vacunas licenciadas ni tratamientos antivirales para combatir su infección. El objetivo de este trabajo fue determinar si las proteínas que participan en la adición, remoción y reconocimiento de m6A, tienen un impacto en la replicación del VRSh. Para esto, se sobreexpresaron las proteínas metiltransferasas, desmetilasas y lectoras en células HEK293T infectadas con VRSh y se estudió la expresión de la proteína viral de fusión (F) por Western Blot (WB). Además, se cuantificó los niveles del ARNm de F y el ARN genómico intra y extracelular mediante RT-qPCR bajo las mismas condiciones. Los resultados obtenidos muestran que la sobreexpresión de las metiltransferasas disminuyó la expresión de la proteína F y los niveles del ARNg viral, mientras que la sobreexpresión de las desmetilasas tuvo el efecto contrario, sugiriendo que m6A afecta de forma negativa la expresión de proteínas virales y la replicación del genoma de VRSh. Por otra parte, la sobrexpresión de las proteínas YTHDF1, 2 y 3 aumentó los niveles del ARNm de la proteína F, aunque disminuyó los niveles del ARNg del virus. Además, mediante ensayos de inmunoprecipitación de estas proteínas se observó que tanto YTHDF1, 2 y 3 se unen al ARNg de VRSh, sugiriendo que la modificación m6A se encuentra en el ARNg de VRSh. En conjunto, estos resultados sugieren la presencia de m6A en el ARN de VRSh, posiblemente regulando la síntesis de ARN mensajeros y ARN genómico, al igual que la expresión de proteínas virales, mediado por la actividad de las proteínas YTHDF1, 2 y 3. / Octubre 2019

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / RESÚMEN Introducción. El virus respiratorio sincicial (VRS) es el principal agente de infección respiratoria aguda infantil a nivel mundial y nacional. Diversos estudios han asociado patologías previas como factores asociados a la gravedad del cuadro; sin embargo, algunos niños sanos también se enferman gravemente mientras que otros cursan con una enfermedad leve. Ciertos genotipos de VRS han sido asociados con cuadros más graves mientras que otros estudios no encuentran ninguna asociación en particular. Por otro lado la respuesta inmune del hospedero parece ser el factor más relevante en la evolución clínica de los lactantes, según estudios en modelos animales y otros estudios in vitro; pero existen muy poco estudios in vivo en los pacientes afectados. Este trabajo plantea como hipótesis que la gravedad de la primoinfección por VRS en lactantes menores de 1 año se asocia a un perfil de respuesta inmune celular Th1 disminuida y no al genotipo viral. Objetivos. Caracterizar el perfil de la respuesta inmune celular en lactantes hospitalizados por primoinfección respiratoria aguda baja por VRS adquirida en la comunidad en relación a la gravedad de la enfermedad y detectar genotipos virales involucrados. Material y métodos. Se estudiaron 83 lactantes sanos con primoinfección por VRS durante los brotes de invierno de los años 2005 y 2006, los cuales fueron clasificados según su evolución en pacientes graves o leves. Se efectuaron técnicas de inmunotipificación a través de citometría de flujo para cuantificar las subpoblaciones linfocitarias y se midieron algunos marcadores de activación de linfocitos T (LT) y natural killer. También se cuantificaron los niveles de citoquinas de la respuesta de tipo Th1 y Th2 a través de la técnica de ELISA. Las cepas de VRS fueron genotipificadas mediante PCR y análisis filogenéticos del gen G. Resultados. La inmunotipificación demostró una disminución de la población de LT en el grupo de pacientes graves con respecto a lactantes leves y controles sanos. Esta disminución fue manifiesta especialmente en la subpoblación de linfocitos T citotóxicos/supresores (LTc/s). TambienTambién estuvieron disminuidos en el grupo grave los marcadores de linfocitos de memoria CD45RO, el marcador de activación de LT CD25 y el antígeno CD94 en la población natural killer que se asocia al sistema MHC clase I. Los niveles de citoquinas fueron en general bajos, excepto los niveles de IL-6 que fueron mayores en lactantes graves y los niveles de IL-8 mayores en pacientes con VRS con respecto a los controles sanos. Los genotipos del grupo B fueron más prevalentes en el 2005, especialmente del genotipo BA 4 (76,6%) y del grupo A durante el 2006, especialmente el GA2 (77,2%). Sin embargo, no hubo asociación de algún genotipo viral con cuadros clínicos de mayor gravedad. Conclusión: La gravedad del cuadro clínico en la infección por VRS se asocia a una respuesta inmune celular deficiente con un perfil de citoquinas Th1 disminuido y no al genotipo viral. / ABSTRACT Introduction. The respiratory sincicial virus (RSV) is the principal agent of acute infantile respiratory infection on a global and national scale. Several studies have associated previous pathologies as factors associated with the gravity of the clinical disease; nevertheless, some healthy children also fall seriously ill whereas others have a slight illness. Certain genotypes of RSV have been associated with more serious clinical disease whereas other studies do not find any connection in particular. On the other hand the immune response of the host seems to be the most important factor in the clinical evolution of the infants, according to studies in animal models and other studies in vitro; but there are very few studies in vivo in the affected patients. This work raises as hypothesis that the gravity of the primoinfection for RSV in infants younger than 1-yearold is related to a profile of diminished Th1 cellular immune response and not to the viral genotype. Objectives. To characterize the profile of the cellular immune response in infants hospitalized for low acute respiratory primoinfection by RSV acquired in the community in relation to the gravity of the illness and to detect viral genotypes involved. Material and methods. 83 healthy infants with primoinfection by RSV were studied during the winter sprouts of the years 2005 and 2006, which were classified according to their evolution under severe or mild patients. Techniques of immune typification were carried out through flow cytometry to quantify the subpopulations of lymphocytes and some markers of activation of lymphocytes T (LT) and natural killers were measured. Also the levels of cytokines of the response of type Th1 and Th2 were quantified through the ELISA technique. The straines of RSV were genotyped by means of PCR and phylogenetics analysis of the gene G. Results. The immune typification demonstrated a decrease of the LT population in the group of severe patients in comparisson to mild infants and healthy control. This decrease was clear especially in the subpopulation of lymphocytes T cytotoxics/supresors (LTc/s). The markers of lymphocytes of memory CD45RO, the activation marker of LT CD25 and the antigen CD94 in the population of natural killer that is associated to the system MHC class I were also diminished in the severe group. The levels of cytokines were generally low, except the levels of IL-6 that were higher in severe infants and the levels of IL-8 higher in patients with RSV with regard to the healthy control. The genotypes of the group 6 B were more prevalents in 2005, especially of the genotype BA (76,6 %) and of the group A during the year 2006, especially the GA2 (77,2 %). Nevertheless, there was no association of any viral genotype with clinical disease of major gravity. Conclusion: The gravity of the clinical disease in the infection by RSV is associated to an deficient cellular immune response with a diminished profile of cytokines Th1 and not to the viral genotype.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O Vírus Respiratório Sincicial Humano (VRSH) é considerado o principal causador de infecções do trato respiratório inferior, principalmente bronquiolite e pneumonia em crianças e recém nascidos, e tem se mostrado também um importante agente de infecção respiratória aguda em imunocomprometidos. Há uma grande variedade de técnicas disponíveis para o diagnóstico do VRSH, diferindo em termos de sensibilidade, custo e tempo para obtenção dos resultados. Fatores pré-analíticos como coleta e processamento de amostras, podem interferir no resultado final. O presente estudo analisou alguns dos métodos diagnósticos disponíveis para VRSH e verificou se o serviço oferecido ao Hospital São Paulo (HSP) é satisfatório na identificação dos pacientes infectados. Foram analisados dois grupos distintos de pacientes com sintomas de infecção do trato respiratório, no ano de 2008, um composto por crianças da comunidade, menores de 12 anos, atendidas no Núcleo de Assistência a Saúde do Funcionário (NASF) e outro composto por pacientes em programa de transplante, atendidos na enfermaria ou ambulatório de Transplante de Medula Óssea (TMO) do HSP. As amostras de crianças foram submetidas aos métodos de isolamento viral (ISO), imunofluorescência direta (IFD) e reação em cadeia da polimerase precedida por transcrição reversa (RT-PCR), as amostras dos pacientes TMO foram submetidas ainda a teste imunocromatográfico (TI). A comparação entre as técnicas foi realizada utilizando a RT-PCR como padrão ouro. O pico de detecção do VRSH no grupo de crianças ocorreu em Abril, e no grupo de TMO o vírus foi detectado de forma homogênea entre os meses de Março e Junho. Das 128 amostras de crianças, 18 (14%) foram positivas para VRSH em ao menos uma técnica. A positividade para as técnicas de ISO, IFD e RT-PCR foi de 3,1%, 11,7% e 14% respectivamente. O valor do coeficiente kappa para a comparação entre RT-PCR e ISO foi de 0,32 e para a comparação entre RT-PCR e IFD foi de 0,89. Entre as 111 amostras do grupo TMO, 19 (17,1%) foram positivas para VRSH em ao menos uma técnica. A positividade para as técnicas de ISO, TI, IFD e RT-PCR foi de 0,96%, 4%, 10,8% e 12,6% respectivamente. O valor do coeficiente kappa para a comparação entre RT-PCR e ISO foi de 0,13, para a comparação entre RT-PCR e IFD foi de 0,48 e comparando RT-PCR e TI o valor do coeficiente foi de 0,46. Com este trabalho podemos concluir que a baixa sensibilidade da técnica de ISO e do TI não justifica sua utilização na rotina diagnóstica. No grupo de crianças a utilização da técnica de imunofluorescência direta para vigilância epidemiológica é suficiente. Para os pacientes imunossuprimidos a imunofluorescência direta deve ser utilizada para a realização de vigilância, porém, em situações específicas, a RT-PCR deve ser considerada como importante ferramenta para o aumento da taxa de detecção do VRSH. / The human respiratory syncytial virus (HRSV) is considered the main cause of lower respiratory tract infection, mainly bronchiolitis and pneumonia in children and newborn, and has been an important cause of acute respiratory infection in immunocompromised patients. There is much diversity of available techniques for diagnosis of HRSV differing in sensitivity, cost and time to obtain results. Pre-analytical factors such as samples collection and processing, may affect results. This study had analyzed some available methods for HRSV diagnosis and verified if the laboratory services offered to the Sao Paulo Hospital (HSP) are satisfactory in the identification of infected patients. We analyzed two patients groups with respiratory tract infection symptoms in the year 2008, the first one included community children under 12 years old, attended at “Núcleo de Assistência a Saúde do Funcionário (NASF)”, and the second one included patients on transplant program, attended on the bone marrow transplant (BMT) unit of HSP. Children samples were tested by viral isolation (ISO), direct immunofluorescence (DIF) and polymerase chain reaction preceded by reverse transcription (RT-PCR), the immunocompromised patients samples were also tested in a immunochromatographic assay (IT). The comparisons among the techniques were performed using the RT-PCR as gold standard. The detection peak of HRSV in children occurred in April, and in the BMT group the virus was detected evenly between the months of March and June. Of the 128 children samples, 18 (14%) were positive for HRSV in at least one technique. The positivity for ISO, DIF, and RT-PCR was 3.1%, 11.7% and 14% respectively. The kappa coefficient from comparisons between RT-PCR and ISO was 0.32 and 0.89, from RT-PCR and DIF. Among the 111 samples of immunocompromised patients, 19 (17.1%) were positive for HRSV in at least one technique. The positivity for ISO, IT, DIF and RTPCR was 0.96%, 4%, 10.8% and 12.6% respectively. The kappa coefficient from comparison between RT-PCR and ISO was 0.13, 0.48 from RT-PCR and DIF and 0.46 from RT-PCR and IT comparisons. We conclude that the low sensitivity of both viral isolation and immunocromatographic assay do not support its use on routine practice. For the children group, DIF is considered sufficient for epidemiological surveillance. For immunocompromised patients, the DIF should be used for surveillance, but, in some special circumstances, RT-PCR should be considered as an important tool to increase the detection rates of HRSV. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2012-09-05T18:23:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 288.pdf: 434993 bytes, checksum: b2896e2833206d61c3b198e23ecd1f6b (MD5) Previous issue date: 2007 / O Vírus Sincicial Respiratório é considerado o principal agente etiológico das infecções respiratórias agudas do trato inferior em crianças menores de dois anos de idade,sendo a bronquiolite viral aguda a principal delas. Além de causar uma elevada morbidade na fase aguda, a bronquiolite pelo Vírus Sincicial Respiratório tem sido associada aproblemas respiratórios em longo prazo, especialmente, a sibilância recorrente.Este estudo teve como objetivos determinar a taxa de incidência de sibilância recorrente após um quadro de bronquiolite pelo Vírus Sincicial Respiratório em uma amostra de crianças menores de um ano atendidas em Pronto-Socorro e sua eventualassociação com diferentes fatores de risco. A análise dos dados foi realizada por meio do modelo linear generalizado com distribuição de Poisson e função de ligação logarítmica. Setenta e seis crianças foram acompanhadas, por um período de dois anos e meio. (...) As variáveis analisadas como potenciais fatores de risco foram: idade e sexo do paciente, hospitalização à época da bronquiolite, história familiar deasma e de atopia. Na análise multivariada somente sexo e história familiar de asma se mostraram independentemente associados ao desfecho. A taxa de incidência de sibilância recorrente foi 37 por cento maior nas meninas e 41 por cento maior em pacientes com história familiar deasma. Conclusão: Este é o primeiro estudo brasileiro e o terceiro do mundo em desenvolvimento sobre este assunto e mostrou uma importante morbidade respiratória de crianças após um quadro de bronquiolite viral aguda pelo Vírus Sincicial Respiratório.

Orientadora: Karina Alves de Toledo / Banca: Valéria Marta Gomes do Nascimento / Banca: Fátima Pereira de Souza / Resumo: No mundo, estima-se que exista cerca de 12 milhões de casos graves e 3 milhões de casos muito graves de infecção do trato respiratório inferior em crianças anualmente. Dentre os agentes etiológicos destas infecções, o vírus sincicial respiratório humano (hRSV) é a principal causa de internações infantis em países desenvolvidos, agravando os casos de bronquiolite, pneumonia e infecções pulmonares obstrutivas crônicas em pessoas de todas as idades, principalmente crianças e idosos. Estudos preliminares demonstraram que a Quercetina possui ação virucida sobre hRSV, além de inibir sua replicação. Entretanto, não se tem conhecimento do quão promissora é a atividade antiviral de Quercetina sobre o vírus hRSV ou mesmo se esta atividade poderia ser melhorada através de mudanças químicas em sua estrutura molecular. Assim, o objetivo deste trabalho foi estabelecer o índice de seletividade (IS) para Quercetina e seus derivados acetilados durante a infeção por hRSV através de ensaios in vitro. A análise de viabilidade celular através da adição do sal de MTT determinou os valores de CC50 para Quercetina na presença/ausência do vermelho de fenol (85 e 11,4 µM, respectivamente). Dentre as condições testadas, Quercetina apresentou atividade virucida (16-30% de proteção celular) sem apresentar efeitos no pré ou pós-tratamentos. Os valores de CC50 dos compostos derivados Q1 e Q2 foram 37,1 µM e 53,15 µM, respectivamente. O composto Q1 apresentou atividade anti-hRSV nos protocolos virucida e pó... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Worldwide, is estimated that there are about 12 million serious cases and 3 million severe cases of lower respiratory tract infection in children every year. Among the etiological agents of these infections, respiratory syncytial virus (hRSV) is the leading cause of children's hospitalizations in developed countries, aggravating cases of bronchiolitis, pneumonia and chronic obstructive pulmonary infections in people of all ages, especially children and the elderly. Preliminary studies demonstrated that Quercetin has virucidal action on hRSV, and inhibits replication. However, we do not know how promising is the antiviral activity of Quercetin on the hRSV. The objectives of this work is to understand the action of Quercetin and some of its derivatives acetylated on the steps of the replicative cycle of hRSV, determining the selectivity index for each compound. The development of this project will assist in the search for effective compounds in the prevention and/or treatment of hRSV infections. In the cytotoxicity assays, Quercetin showed CC50 values variable depending on the presence/absence of phenol red (11.4 and 85 μM respectively). Among the concentrations tested Quercetin only showed a slight virucidal activity (16-30% concentration 5-10 μM). The CC50 values were derived compounds 37.1 μM for Q1 and Q2 to 53.15 μM. Compound Q1 showed anti-hRSV activity in virucidal and post-treatment protocol (60-90% at 4-8 μM). The Q2 compound showed no anti-hRSV relevant activity. The ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Karina Alves de Toledo / Banca: Aripuanã Sakurada Aranha Watanabe / Banca: Luciane Alarcão Dias-Melício / Resumo: O Vírus Sincicial Respiratório Humano (hRSV) atua como um dos principais agentes etiológicos das mais de 15 milhões de infecções do trato respiratório inferior em crianças e idosos anualmente. A despeito de décadas de inúmeras pesquisas em busca de compostos anti-hRSV, atualmente não existem vacinas ou medicamentos eficazes contra esta infecção viral. Dentre os leucócitos presentes nas vias aéreas de indivíduos acometidos por hRSV, os neutrófilos são predominantes e se mostram em estado de ativação, incluindo a indução da liberação das NETs. As NETs, compostas por DNA e proteínas granulares/nucleares tem sido descritas como eficientes na captura e eliminação de diversos microrganismos. Em relação ao hRSV, o vírus induz a liberação das NETs no tecido pulmonar de indivíduos infectados, mas as consequências desse evento ainda não foram elucidadas. O objetivo deste trabalho foi investigar se as NETs possuem algum efeito anti-hRSV. Para tanto, foram realizados ensaios in vitro e in silico. NETs geradas a partir do estímulo com PMA e avaliadas por eletroforese apresentaram longos fragmentos de DNA e proteínas de peso molecular próximos daqueles determinados para elastase, catepsina G, mieloperoxidase e histonas. As NETs apresentaram índices de citotoxicidade celular abaixo de 50%, com uma CC50 >67μg/mL. Ensaio virucida realizado com diferentes MOIs (0.1, 0.5 e 1.0), mostraram eficiência das NETs (CE50 ≅ 1 e IS ≅ 66). As interações obtidas in silico demonstram forte interação entre... / Abstract: Annualy the Human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) acts as one of the main etiological agents of more than 15 million infections in the lower respiratory tract of children and elderly. Despite decades of extensive research in search of anti-hRSV compounds, there are currently no vaccines or effective drugs against this viral infection. Among the present leukocytes in the airways of individuals affected by hRSV, the neutrophils are predominant and are shown in activation state, including the induction of the release of NETs. NETs, composed by DNA and glanular/nuclear proteins have been described as efficient in capturing and eliminating several microorganisms. Regarding hRSV, the virus induces the release of NETs in the lung tissue of infected individuals, but the consequences of this event have not yet been elucidated. The goal of this study was to investigate whether the NETs have some anti-hRSV effect. For that purpose, assays were performed in vitro and in silico. NETs generated from the stimulation with PMA and evaluated by electrophoresis showed long DNA fragments and proteins of molecular weight close to those determined for elastase, cathepsin G, myeloperoxidase, and histones. The NETs presented cellular cytotoxicity indices below 50%, with CC50 >67µg/mL. Virucide assay performed with different MOIs (0.1, 0.5 and 1.0), showed efficiency of the NETs (CE50 ≅ 1 and IS ≅ 66). The interactions obtained in silico demonstrate strong interaction between elastase and histone proteins with the F-hRSV protein, pre and postfusion, in important regions for the infection/replication of the virus. The data obtained up to date indicate that the NETs have a promising antiviral role and this effect may be related to its direct action in the capture of viral particles and/or interference of the fusion activity of F protein. In conclusion, our results associated with previous literature ... / Mestre

Orientador: Fátima Pereira de Souza / Coorientador: Marcelo Andrés Fossey / Banca: Flavio Augusto Vicente Seixas / Banca: Fernanda Canduri / Banca: Karina Alves de Toledo / Banca: Fernando Alves de Melo / Resumo: O Vírus Respiratório Sincicial Humano (hRSV) é a principal causa de infecções respiratórias agudas em crianças, como bronquiolite e pneumonia. Este Paramyxovirus tem um RNA de fita simples, com 10 genes que codificam 11 proteínas. Um fator importante que contribui para o sucesso da replicação do hRSV é a evasão do sistema imune, processo no qual a proteína não estrutural 1 (NS1) está envolvida. Esta proteína pode atuar por meio da inibição ou neutralização das etapas da cascata do interferon do tipo I, bem como, pelo silenciamento do complexo ribonucleoproteico do hRSV. O conhecimento da interação da proteína NS1 com ligantes é importante na busca de moléculas que possam interferir na função da proteína e consequentemente resultar na redução da replicação do hRSV dentre os quais os flavonóides têm sido descritos como sendo supressores eficazes da replicação viral. Os objetivos deste estudo incluíram a expressão e purificação da proteína NS1, a caracterização da estrutura secundária e estabilidade térmica por dicroísmo circular e a realização do estudo de interação entre NS1 e quercetina por espectroscopia de fluorescência. Foi realizada a purificação da proteína NS1 em resina de afinidade utilizando cromatógrafo líquido ÄKTA (GE HEALTHCARE LIFE SCIENCES). As medidas de dicroísmo circular (CD) permitiram calcular a porcentagem de estruturas secundárias e a temperatura de melting da NS1. A partir das análises das titulações por fluorescência foram calculados a constante de Stern Volmer (Ksv), a constante de ligação (Kb) e o número de ligantes por sítio (n). Os resultados de CD mostraram que a composição da estrutura secundária de NS1 é de 75 % de alfa-hélice, 3% de folha-beta, 10% de voltas e 12% de outras estruturas e a temperatura de melting da NS1 é de cerca de 65°C. Os resultados de fluorescência mostraram que Ksv e Kb foram da ordem de 104 e 105-106M-1, ... / Abstract: Human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) is the major cause of acute respiratory infections in children, like bronchiolitis and pneumonia. This Paramyxovirus has a single strand RNA with 10 genes that codify 11 proteins. An important factor that contributes for the success hRSV replication is the immune system evasion, process wich Non-Structural Protein 1 (NS1) is involved. This protein can act by inhibiting or neutralizing steps of interferon type I pathway, as well as, by silencing the ribonucleoproteic complex of hRSV. The knowledge of NS1 protein interaction with ligands is important in the search for molecules that could interfere with protein function and hence result in a reduction of hRSV replication among them the flavonoids have been reported to be effective in suppressing viral replication. The aim of this study includes expression and purification of NS1 protein, characterization of its secondary structure and thermal stability through circular dicroism and perform fluorescence spectroscopy interaction study between NS1 and Quercetin. NS1 purification was performed using affinity resin coupled to a liquid cromatograph ÄKTA (GE HEALTHCARE LIFE SCIENCES). Circular dicroism spectra and thermal denaturation were carried out to investigate NS1 secondary structure and stability. Through fluorescence spectroscopy titration results it has been calculated the Stern Volmer constant (Ksv), the binding (Kb) constant and number of ligands per site (n). CD analysis shown that secondary structure composition of NS1 is 75% alpha-helix; 3% beta-sheet; 10% turn and 12% others and, melting temperature of NS1 is around 65°C. Fluorescence results shown that Ksv and Kb were in order of 104 and 105-106M-1, respectively. Ksv dependence with temperature indicates that the interaction between NS1 and quercetin is dynamic. The results suggest that this interaction may potentially contribute to block the xiii protein function and thus quercetin may ... / Doutor

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-28Bitstream added on 2015-04-09T12:48:12Z : No. of bitstreams: 1 000811761_20160401.pdf: 128977 bytes, checksum: dea2a8e871c9982dfbafa4187b62fa02 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-04-01T11:49:30Z: 000811761_20160401.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T11:50:31Z : No. of bitstreams: 1 000811761.pdf: 785012 bytes, checksum: d2639de3af3e75addc7def7c6e77f5fb (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Vírus Respiratório Sincicial Humano (hRSV) é a principal causa de infecções respiratórias agudas em crianças, como bronquiolite e pneumonia. Este Paramyxovirus tem um RNA de fita simples, com 10 genes que codificam 11 proteínas. Um fator importante que contribui para o sucesso da replicação do hRSV é a evasão do sistema imune, processo no qual a proteína não estrutural 1 (NS1) está envolvida. Esta proteína pode atuar por meio da inibição ou neutralização das etapas da cascata do interferon do tipo I, bem como, pelo silenciamento do complexo ribonucleoproteico do hRSV. O conhecimento da interação da proteína NS1 com ligantes é importante na busca de moléculas que possam interferir na função da proteína e consequentemente resultar na redução da replicação do hRSV dentre os quais os flavonóides têm sido descritos como sendo supressores eficazes da replicação viral. Os objetivos deste estudo incluíram a expressão e purificação da proteína NS1, a caracterização da estrutura secundária e estabilidade térmica por dicroísmo circular e a realização do estudo de interação entre NS1 e quercetina por espectroscopia de fluorescência. Foi realizada a purificação da proteína NS1 em resina de afinidade utilizando cromatógrafo líquido ÄKTA (GE HEALTHCARE LIFE SCIENCES). As medidas de dicroísmo circular (CD) permitiram calcular a porcentagem de estruturas secundárias e a temperatura de melting da NS1. A partir das análises das titulações por fluorescência foram calculados a constante de Stern Volmer (Ksv), a constante de ligação (Kb) e o número de ligantes por sítio (n). Os resultados de CD mostraram que a composição da estrutura secundária de NS1 é de 75 % de alfa-hélice, 3% de folha-beta, 10% de voltas e 12% de outras estruturas e a temperatura de melting da NS1 é de cerca de 65°C. Os resultados de fluorescência mostraram que Ksv e Kb foram da ordem de 104 e 105-106M-1, ... / Human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) is the major cause of acute respiratory infections in children, like bronchiolitis and pneumonia. This Paramyxovirus has a single strand RNA with 10 genes that codify 11 proteins. An important factor that contributes for the success hRSV replication is the immune system evasion, process wich Non-Structural Protein 1 (NS1) is involved. This protein can act by inhibiting or neutralizing steps of interferon type I pathway, as well as, by silencing the ribonucleoproteic complex of hRSV. The knowledge of NS1 protein interaction with ligands is important in the search for molecules that could interfere with protein function and hence result in a reduction of hRSV replication among them the flavonoids have been reported to be effective in suppressing viral replication. The aim of this study includes expression and purification of NS1 protein, characterization of its secondary structure and thermal stability through circular dicroism and perform fluorescence spectroscopy interaction study between NS1 and Quercetin. NS1 purification was performed using affinity resin coupled to a liquid cromatograph ÄKTA (GE HEALTHCARE LIFE SCIENCES). Circular dicroism spectra and thermal denaturation were carried out to investigate NS1 secondary structure and stability. Through fluorescence spectroscopy titration results it has been calculated the Stern Volmer constant (Ksv), the binding (Kb) constant and number of ligands per site (n). CD analysis shown that secondary structure composition of NS1 is 75% alpha-helix; 3% beta-sheet; 10% turn and 12% others and, melting temperature of NS1 is around 65°C. Fluorescence results shown that Ksv and Kb were in order of 104 and 105-106M-1, respectively. Ksv dependence with temperature indicates that the interaction between NS1 and quercetin is dynamic. The results suggest that this interaction may potentially contribute to block the xiii protein function and thus quercetin may ... / FAPESP: 2010/50211-0

Resumo: Paramyxoviridae, é um vírus envelopado com tamanho médio de 120 a 300nm, de simetria helicoidal, que apresenta um genoma de RNA fita simples não segmentado de polaridade negativa. Este genoma codifica 11 proteínas, dentre as quais as glicoproteínas de membrana que são responsáveis pela infectividade do vírus. A proteína F, em associação com a proteína G e SH, é responsável pela fusão da membrana viral à célula que será infectada, ou seja, esta proteína proporciona a entrada e instalação do vírus na célula. Conhecer a forma de interação das proteínas da membrana viral com a célula que será infectada é importante para propor um mecanismo de inibição deste processo de infecção viral. Existem evidências que os glicosaminoglicanos são potenciais inibidores da infecção causada por vários vírus. A hipótese é de que este processo de inibição ocorra devido à ligação dos glicosaminoglicanos às proteínas da membrana viral, mais especificamente na proteína G, que apresenta um domínio de ligação para heparina, impedindo desta forma, que o vírus se ligue na célula hospedeira e que inicie o processo de infecção. O objetivo deste trabalho foi verificar a atuação de glicosaminoglicanos como potenciais inibidores da infecção viral. Esta análise foi realizada por meio de experimento de cultivo de células Hep2 na presença dos glicosaminoglicanos heparina e dextrana sulfatada que foram inoculadas com o vírus sincicial respiratório do tipo A (RSVA) e analisados por meio das técnicas de PCR e Imunofluorescência Indireta. Os resultados mostraram que a heparina e a dextrana sulfatada apresentam efeito inibitório da infecção viral em cultivo de células Hep2. / Abstract: The respiratory sincicial virus (RSV) is part of Pneumovirus genus of the Paramyxoviridae family, is an enveloped virus with average size of 120 to 300nm, helical symmetry, that presents a genome consisting of a single strand, no segmented, RNA negative. This genome codifies for 11 proteins including the membrane glycoproteins which are responsible for the infectivity of the virus. Protein F in association with protein G and SH is responsible for the fusion of the viral membrane with the cell that will be infected, that is, this protein provides the entrance and the virus to settle in the cell. To know the form of interaction of viral membrane proteins with the cell that will be infected is important to propose a mechanism to inhibit of this process of viral infection. Evidences exist that the glycosaminoglycans are potential inhibitors of the infection caused by some viruses. The hypothesis is that this process of inhibition occurs more specifically due to the interation between glycosaminoglycans and the proteins of the viral membrane, more specifically in protein G, that presents a domain of linking for heparin, avoiding the virus to bind to the host cell and initiating the infection process. The aim of this work was to verify the performance of glycosaminoglycans as inhibitors of the viral infection. This analysis was accomplished through experiments of Hep2 cell culture in the presence of these glycosaminoglycans (heparin and dextran sulfate) that was inoculated with the respiratory sincicial virus type A (RSVA) and analyzed through the technique of PCR and Indirect Imunofluorecence. The results had shown that the heparin and the dextran sulfate presented an inhibitory effect of the viral infection in Hep2 cells culture. / Orientador: Fátima Pereira de Souza / Coorientador: Paula Rahal / Banca: Karina Alves de Toledo / Banca: Paola Jocelan Provazzi Scaranzi / Mestre

Orientador: Fátima Pereira de Souza / Banca: Alexandre Suman de Araujo / Banca: Luiz Paulo Barbour Scott / Resumo: O Vírus Sincicial Respiratório Humano (hRSV) é o maior causador de infecções respiratórias agudas (IRAs) em recém-nascidos e crianças no mundo inteiro. Seu genoma codifica 11 proteínas entre as quais as proteínas de superfície F, G e SH que são responsáveis pela entrada e instalação do vírus na célula do hospedeiro. Entre as proteínas de superfície, pouco se sabe sobre a função da proteína SH. O objetivo do presente estudo foi realizar a modelagem e caracterização da proteína SH e análizar o seu comportamento estrutural em diferentes meios: água e bicamada fosfolipídica. O modelo da proteína SH foi gerado pelo servidor I-Tasser, e suas características funcionais e estruturais analisados pelo PredictProtein e PsiPred. Simulações de Dinâmica Molecular foram realizadas para análise da hidrofobicidade da região central da proteína, do seu comportamento em membrana lipídica e possível formação de oligômeros. Os resultados da predição do modelo da proteína SH resultou em uma estrutura linear com uma alfa-hélice compreendida entre os aminoácido 20-42 e as análises realizadas pelo PsiPred indicaram essa região como sendo uma região transmembrânica. As simulações de Dinâmica Molecular mostraram que, quando em solução, a proteína muda sua conformação linear para globular confirmando a hidrofobicidade do domínio central. A presença da proteína SH sozinha ou das cinco estruturas na bicamada resultou num decréscimo considerável da área por lipídeo, conferindo as cadeias menor mobilidade e um maior alinhamento. As simulações do pentâmero mostraram a passagem de moléculas de água pelo poro em ambiente onde os resíduos de histidinas H22 e H51 apresentaram-se na forma protonada, indicando a dependência desta atividade com o pH do meio. Com base nessas análises foi possível propor uma estrutura terciária e quaternária da proteína SH e, com as análises da formação pentamérica da... / Abstract: The human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) is the major cause of lower respiratory tract illnesses in children and elderly people worldwide. Its genome encodes 11 proteins including the surface protein F, G and SH which are responsible for entry and distribution of virus in the host cell. Among the protein surface, little is known about the function of protein SH. Knowing their structure and function is fundamental to a better understanding of its mechanism. The aim of this study was modeling and caracterization of the RSV SH protein and analysis of structural behavior in different environment : water and phopholipid bilayer for understanding and evaluating the formation of its pentameric structure. The SH protein model was generated by I-TASSER server, and its funcional and structural caracterisct was analyzed by PredictProtein and PsiPred. Molecular Dynimics Simulation were performed for analysis of hidrophobicit of protein central region, studies of the protein behavior on the membrane and pentamer formation. The SH protein model prediction resulted in a linear model with a helix-alpha between amino acid 20-42 and the anlysis performed by PsiPred indicated this region as transmembrane region. Molecular Dynamics Simulation showed that, when in solution,the proteína changes its linear conformations for globular conformation confirming the hydrophobicity of the central domain. The presence of the Sh protein itself or of the pentamer in bilayer resulted in a considerable decrease of the area per lipid, giving the chains less mobility and greater alignment. The pentamer simulation showed passage of water molecules through the pore in an environment where histidine residues H22 and H51 are protonated, indicating the dependence of this activity with the pH of the medium. Based on this analysis, it was proposed the structure tertiary and quaternary of the SH protein and, with the analysis of the ... / Mestre