Thèse d'exercice : Médecine. Hépato-gastroentérologie : Paris 12 : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. f. 54-57.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Sciences de la vie et de la santé : Lille 2 : 2008. / Résumé en français et en anglais. Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. f. 150-175.

Suite à une transplantation, les patients présentent un affaiblissement de leur système immunitaire laissant ainsi place libre aux infections opportunistes et principalement au CMV. L’implication de ce virus dans l’accélération de la mise en place du rejet chronique du greffon reste controversée et largement incomprise. Nos objectifs ont été d’une part de déterminer l’impact de l’infection à CMV du donneur sur la survie du greffon rénal et d’autre part d’identifier certains facteurs liés à la réponse immunitaire de l’hôte pouvant moduler ce risque. Selon nos résultats, l’infection à CMV du donneur est un facteur de risque indépendant de la perte des greffons rénaux, d’autant plus si le receveur est aussi infecté. Le SNP PD-1.3 est un facteur de risque génétique fort de la perte du greffon rénal associé au CMV du donneur et ce résultat est confirmé grâce à une cohorte de validation de patients transplantés pulmonaires. Ce travail suggère un lien fort entre ce SNP et l’épuisement de la réponse immunitaire anti-CMV et met en avant l’importance de la physiopathologie liée au CMV sur l’association clinique observée. / Following a solid organ transplant, and to prevent the risk of rejection, patients take immunosuppressive treatments that weaken their immune system and promote tumors and infections, including cytomegalovirus (CMV). This virus is the cause of clinical infectious syndromes but also many "indirect" effects which are not yet clearly understood. Our objectives were firstly to determine the impact of the CMV donor infection on the renal graft survival and secondly to identify factors related to the immune response of the host which can modulate the risk. We showed that the CMV donor is an independent risk factor for kidney graft loss, especially if the recipient is infected. The SNP PD-1.3 is a strong genetic risk factor for renal graft loss associated with CMV donor and this result is confirmed by a validation cohort of lung transplant patients. This work suggests a strong link between this SNP and the exhaustion of the immune response specific anti -CMV and highlights the importance of the pathophysiology associated with CMV on the observed clinical association.

L’étude du temps de survenue d’un événement représente un champ très important des statistiques. Lorsque l’événement étudié est le décès, on cherche à décrire la survie des individus ainsi que leur taux de mortalité, c’est-à-dire la « force de mortalité » qui s’applique à un instant donné. Les patients atteints d’une maladie chronique présentent en général un excès de mortalité par rapport à une population ne présentant pas la maladie en question. En épidémiologie, l’étude du taux de mortalité en excès des patients, et notamment de l’impact des facteurs pronostiques sur celui-ci, représente donc un enjeu majeur de santé publique. D’un point de vue statistique, la modélisation du taux de mortalité (en excès) implique de prendre en compte les effets potentiellement non-linéaires et dépendants du temps des facteurs pronostiques ainsi que les interactions. Les splines de régression, polynômes par morceaux paramétriques et flexibles, sont des outils particulièrement bien adaptés pour modéliser des effets d’une telle complexité. Toutefois, la flexibilité des splines de régression comporte un risque de sur-ajustement. Pour éviter ce risque, les splines de régression pénalisées ont été proposées dans le cadre des modèles additifs généralisés. Leur principe est le suivant : à chaque spline peuvent être associés un ou plusieurs termes de pénalité contrôlés par des paramètres de lissage. Les paramètres de lissage représentent les degrés de pénalisation souhaités. En pratique, ils sont inconnus et doivent être estimés tout comme les paramètres de régression. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé une méthode permettant de modéliser le taux de mortalité (en excès) à l’aide de splines de régression multidimensionnelles pénalisées. Des splines cubiques restreintes ont été utilisées comme splines unidimensionnelles ou bien comme bases marginales afin de former des splines multidimensionnelles par produits tensoriels. Le processus d’optimisation s’appuie sur deux algorithmes de Newton-Raphson emboîtés. L’estimation des paramètres de lissage est effectuée en optimisant un critère de validation croisée ou bien la vraisemblance marginale des paramètres de lissage par un algorithme de Newton-Raphson dit externe. A paramètres de lissage fixés, les paramètres de régression sont estimés par maximisation de la vraisemblance pénalisée par un algorithme de Newton-Raphson dit interne.Les bonnes propriétés de cette approche en termes de performances statistiques et de stabilité numérique ont ensuite été démontrées par simulation. La méthode a ensuite été implémentée au sein du package R survPen. Enfin, la méthode a été appliquée sur des données réelles afin de répondre aux deux questions épidémiologiques suivantes : l’impact de la défavorisation sociale sur la mortalité en excès des patients atteints d’un cancer du col de l’utérus et l’impact de l’âge courant sur la mortalité en excès des patients atteints de sclérose en plaques / Time-to-event analysis is a very important field in statistics. When the event under study is death, the analysis focuses on the probability of survival of the subjects as well as on their mortality hazard, that is, on the "force of mortality" that applies at any given moment. Patients with a chronic disease usually have an excess mortality compared to a population that does not have the disease. Studying the excess mortality hazard associated with a disease and investigating the impact of prognostic factors on this hazard are important public health issues in epidemiology. From a statistical point of view, modelling the (excess) mortality hazard involves taking into account potentially non-linear and time-dependent effects of prognostic factors as well as their interactions. Regression splines (i.e., parametric and flexible piecewise polynomials) are ideal for dealing with such a complexity. They make it possible to build easily nonlinear effects and, regarding interactions between continuous variables, make it easy to form a multidimensional spline from two or more marginal one-dimensional splines. However, the flexibility of regression splines presents a risk of overfitting. To avoid this risk, penalized regression splines have been proposed as part of generalized additive models. Their principle is to associate each spline with one or more penalty terms controlled by smoothing parameters. The smoothing parameters represent the desired degrees of penalization. In practice, these parameters are unknown and have to be estimated just like the regression parameters. This thesis describes the development of a method to model the (excess) hazard using multidimensional penalized regression splines. Restricted cubic splines were used as one-dimensional splines or marginal bases to form multidimensional splines by tensor products. The optimization process relies on two nested Newton-Raphson algorithms. Smoothing parameter estimation is performed by optimizing a cross-validation criterion or the marginal likelihood of the smoothing parameters with an outer Newton-Raphson algorithm. At fixed smoothing parameters, the regression parameters are estimated by maximizing the penalized likelihood by an inner Newton-Raphson algorithm.The good properties of this approach in terms of statistical performance and numerical stability were then demonstrated through simulation. The described method was then implemented within the R package survPen. Finally, the method was applied to real data to investigate two epidemiological issues: the impact of social deprivation on the excess mortality in cervical cancer patients and the impact of the current age on the excess mortality in multiple sclerosis patients

L'analyse de données d'observation de survie des patients dialysés pose le problème de la modélisation de la modalité de dialyse. Nous avons montré que l'effet associé à une modalité de dialyse sur la survie variait au cours du temps, que l'ajustement sur la variable « insuffisance rénale terminale rapidement progressive (<6 mois) » permettait de débiaiser en partie l'effet observé en faveur de la dialyse péritonéale la 1ère année après 1ère dialyse, et que l'ajustement sur la variable « inscription sur liste d'attente de transplantation rénale » permettait de débiaiser en partie l'effet observé en faveur de l'hémodialyse après la 1ère année. L'analyse en sous-groupe a montré qu'ils existaient des interactions entre l'âge, le diabète, les comorbidités cardiovasculaires et l'effet de la modalité de dialyse sur la survie. Les différents codages de la modalité de dialyse, l'utilisation de scores de propension ou d'un modèle de survie relative ne modifiaient pas ces résultats.

La politique militaire de la France en Afrique est en évolution. La véracité factuelle de ce constat est désormais difficilement contestable. Ce changement s’observe d’abord dans le discours où l’on parle de plus en plus d’anciennes pratiques dépassées et reconnaît que ce qui était politiquement possible et admis il y a vingt ans ne l’est plus aujourd’hui. Ce processus s’incarne ensuite dans la modification des instruments d’action ainsi que dans les modes et les niveaux d’utilisation de ces instruments. Partant de ces considérations, le présent travail se propose d’examiner les facteurs à l’origine de cette évolution. Il part des réponses jusqu’ici proposées pour apporter un éclairage nouveau au sujet des forces et dynamiques à la base des changements annoncés ou observés. Contrairement à la littérature existante qui a jusqu’ici privilégié les approches matérialistes et utilitaristes pour expliquer les transformations entreprises et celles promises dans la politique militaire africaine de la France, cette étude propose, à l’inverse, une perspective inspirée des approches cognitives et axée sur le processus d’apprentissage. Ainsi, plutôt que de voir dans les réformes ici analysées le résultat exclusif de changements structurels ou systémiques survenus dans l’environnement économique, social ou international des États, notre analyse fera davantage valoir que cette transformation a pour l’essentiel été une adaptation faite à la lumière des leçons tirées d’expériences antérieures. Cette analyse s’appuie sur l’Advocacy Coalition Framework. Développée par Paul A Sabatier et ses collègues, il postule que la prise de décision en matière de politique publique peut être mieux comprise comme une compétition entre coalitions de cause, chacune étant constituée d’acteurs provenant d’une multitudes d’institutions (leaders de groupes d’intérêt, agences administratives, chercheurs, journalistes) qui partagent un système de croyances lié à l’action publique et qui s’engagent dans un effort concerté afin de traduire des éléments de leur système de croyances en une politique publique. / France’s military policy in Africa is changing. It is henceforth difficult to contest the factual truth of this statement. This change is firstly observed in discourse where there is increasing reference to old, out-dated practices as well as the recognition that what was politically possible and acceptable twenty years ago is no longer today. This process of change is found secondly in the modification of action tools as well as the way and at which level these tools are implemented. Using these reflections as a starting point, the current study proposes to examine the factors at the root of this evolution. In referring to hypotheses put forth in the past, this study will shed new light on the struggles and dynamics at the base of these predicted or observed changes. Unlike existing literature which has, until now, favoured material and utilitarian approaches to explain the transformations already undertaken and promised in African military politics, this study will suggest a perspective inspired by cognitive approaches and centered on policy learning. Thus, rather than seeing these reforms as the exclusive result of structural or systematic changes which occurred in the economic, social or international environment of the States, our analysis will emphasize that this transformation was mainly an adaptation made following lessons learned over the course of previous experiences. This analysis is founded on the Advocacy Coalition Framework. Developed by Sabatier and Jenkins-Smith, the Advocacy Coalition Framework focuses on the interaction of advocacy coalitions, each composed of actors from various governmental and private organizations who both share a set of normative and causal beliefs and engage in a non-trivial degree of co-ordinated activity over time in order to transform the elements of their beliefs system into public policy.

Le terme analyse de survie fait référence aux méthodes utilisées pour modéliser le temps d'apparition d'un ou plusieurs événements en tenant compte de la censure. L'événement d’intérêt peut être l'apparition, la récidive d'une maladie, ou le décès. Les causes de décès peuvent présenter des valeurs absentes, une situation qui peut être modélisée par des méthodes d’imputation. Dans la première partie de cette thèse nous avons passer en revue les méthodes de gestion des données manquantes. Puis nous avons détaillé les procédures qui permettent une imputation multiple des causes de décès. Nous avons développé ces méthodes dans une cohorte issue d’une étude européenne, l’ERSPC (European Randomized Study of Screening for Prostate Cancer), qui étudiait le dépistage et la mortalité par cancer de la prostate. Nous avons proposé une formulation théorique des règles de Rubin après transformation log-log complémentaire afin de combiner les estimations de survie. De plus, nous mettons à disposition le code R afférent. Dans la deuxième partie, nous présentons les méthodes d'analyse de survie, en proposant une écriture unifiée basée sur les définitions des survies brute et nette, que l’on s'intéresse à toutes les causes de décès ou à une seule cause. Cela implique la prise en compte de la censure qui peut alors être informative. Nous avons considéré les méthodes dites classiques (Kaplan-Meier, Nelson-Aalen, Cox et paramétriques), les méthodes des risques compétitifs (en considérant un modèle multi-états ou un modèle de temps latents), les méthodes dites spécifiques avec correction IPCW (Inverse Ponderation Censoring Weighting) et les méthodes de survie relative. Les méthodes dites classiques reposent sur l'hypothèse de censure non informative. Quand on s'intéresse aux décès de toutes causes, cette hypothèse est souvent valide. En revanche, pour un décès de cause particulière, les décès d'autres causes sont considérés comme une censure, et cette censure par décès d'autres causes est en général informative. Nous introduisons une approche basée sur la méthode IPCW afin de corriger cette censure informative, et nous fournissons une fonction R qui permet d’appliquer cette approche directement. Toutes les méthodes présentées dans ce chapitre sont appliquées aux bases de données complétées par imputation multiple.Enfin, dans une dernière partie nous avons cherché à déterminer le pourcentage de décès expliqué par une ou plusieurs variables en utilisant les fractions attribuables. Nous présentons les formulations théoriques des fractions attribuables, indépendantes du temps puis dépendantes du temps qui s’expriment sous la forme de survie. Nous illustrons ces concepts en utilisant toutes les méthodes de survie de la partie précédente et comparons les résultats. Les estimations obtenues avec les différentes méthodes sont très proches. / The term survival analysis refers to methods used for modeling the time of occurrence of one or more events taking censoring into account. The event of interest may be either the onset or the recurrence of a disease, or death. The causes of death may have missing values, a status that may be modeled by imputation methods.
In the first section of this thesis we made a review of the methods used to deal with these missing data. Then, we detailed the procedures that enable multiple imputation of causes of death. We have developed these methods in a subset of the ERSPC (European Randomized Study of Screening for Prostate Cancer), which studied screening and mortality for prostate cancer. We proposed a theoretical formulation of Rubin rules after a complementary log-log transformation to combine estimates of survival. In addition, we provided the related R code.
In a second section, we presented the survival analysis methods, by proposing a unified writing based on the definitions of crude and net survival, while considering either all-cause or specific cause of death. This involves consideration of censoring which can then be informative. We considered the so-called traditional methods (Kaplan-Meier, Nelson-Aalen, Cox and parametric) methods of competing risks (considering a multistate model or a latent failure time model), methods called specific that are corrected using IPCW (Inverse Ponderation Censoring Weighting) and relative survival methods. The classical methods are based on a non-informative censoring assumption. When we are interested in deaths from all causes, this assumption is often valid. However, for a particular cause of death, other causes of death are considered as a censoring. In this case, censoring by other causes of death is generally considered informative. We introduced an approach based on the IPCW method to correct this informative censoring, and we provided an R function to apply this approach directly. All methods presented in this chapter were applied to datasets completed by multiple imputation.
Finally, in a last part we sought to determine the percentage of deaths explained by one or more variables using attributable fractions. We presented the theoretical formulations of attributable fractions, time-independent and time-dependent that are expressed as survival. We illustrated these concepts using all the survival methods presented in section 2, and compared the results. Estimates obtained with the different methods were very similar.

La politique militaire de la France en Afrique est en évolution. La véracité factuelle de ce constat est désormais difficilement contestable. Ce changement s’observe d’abord dans le discours où l’on parle de plus en plus d’anciennes pratiques dépassées et reconnaît que ce qui était politiquement possible et admis il y a vingt ans ne l’est plus aujourd’hui. Ce processus s’incarne ensuite dans la modification des instruments d’action ainsi que dans les modes et les niveaux d’utilisation de ces instruments. Partant de ces considérations, le présent travail se propose d’examiner les facteurs à l’origine de cette évolution. Il part des réponses jusqu’ici proposées pour apporter un éclairage nouveau au sujet des forces et dynamiques à la base des changements annoncés ou observés. Contrairement à la littérature existante qui a jusqu’ici privilégié les approches matérialistes et utilitaristes pour expliquer les transformations entreprises et celles promises dans la politique militaire africaine de la France, cette étude propose, à l’inverse, une perspective inspirée des approches cognitives et axée sur le processus d’apprentissage. Ainsi, plutôt que de voir dans les réformes ici analysées le résultat exclusif de changements structurels ou systémiques survenus dans l’environnement économique, social ou international des États, notre analyse fera davantage valoir que cette transformation a pour l’essentiel été une adaptation faite à la lumière des leçons tirées d’expériences antérieures. Cette analyse s’appuie sur l’Advocacy Coalition Framework. Développée par Paul A Sabatier et ses collègues, il postule que la prise de décision en matière de politique publique peut être mieux comprise comme une compétition entre coalitions de cause, chacune étant constituée d’acteurs provenant d’une multitudes d’institutions (leaders de groupes d’intérêt, agences administratives, chercheurs, journalistes) qui partagent un système de croyances lié à l’action publique et qui s’engagent dans un effort concerté afin de traduire des éléments de leur système de croyances en une politique publique. / France’s military policy in Africa is changing. It is henceforth difficult to contest the factual truth of this statement. This change is firstly observed in discourse where there is increasing reference to old, out-dated practices as well as the recognition that what was politically possible and acceptable twenty years ago is no longer today. This process of change is found secondly in the modification of action tools as well as the way and at which level these tools are implemented. Using these reflections as a starting point, the current study proposes to examine the factors at the root of this evolution. In referring to hypotheses put forth in the past, this study will shed new light on the struggles and dynamics at the base of these predicted or observed changes. Unlike existing literature which has, until now, favoured material and utilitarian approaches to explain the transformations already undertaken and promised in African military politics, this study will suggest a perspective inspired by cognitive approaches and centered on policy learning. Thus, rather than seeing these reforms as the exclusive result of structural or systematic changes which occurred in the economic, social or international environment of the States, our analysis will emphasize that this transformation was mainly an adaptation made following lessons learned over the course of previous experiences. This analysis is founded on the Advocacy Coalition Framework. Developed by Sabatier and Jenkins-Smith, the Advocacy Coalition Framework focuses on the interaction of advocacy coalitions, each composed of actors from various governmental and private organizations who both share a set of normative and causal beliefs and engage in a non-trivial degree of co-ordinated activity over time in order to transform the elements of their beliefs system into public policy.

Récemment notre laboratoire a démontré la présence des récepteurs de l'endothéline-1 de type ET[indice inférieur A] ainsi que de type ET[indice inférieur B] dans les cellules endothéliales vasculaires humaines (CEVhs). De plus, notre laboratoire a mis en évidence que dans les cellules du muscle lisse vasculaire humain (CMLVhs), les récepteurs de type ET[indice inférieur B] semblent jouer un rôle dans la survie de ce type cellulaire. Dans cette étude, nous voulons donc, vérifier l'hypothèse que le récepteur ET[indice inférieur B] peut jouer un rôle important dans la survie des CEVhs tout comme dans les CMLVhs. Afin de vérifier cette hypothèse, nous avons entamé des études de survie des CEVhs en utilisant en premier temps la technique du marquage a l'annexine V combinée à la microscopie confocal en 3-D lors d'apoptose induite par la génistéine. En deuxième temps, nous avons entamé les mêmes études en utilisant l'ISEL «in situ tunel» combiné à la microscopie à fluorescence. Nos résultats suggèrent que le traitement à l'ET-1 (10[exposant -7]M) semble prévenir l'apoptose induite par la génistéine et que cet effet de l'ET-1 est mimé par le traitement avec l'agoniste sélectif des récepteurs ET[indice inférieur B], l'IRL- 1620. De plus, ces premiers résultats indiquent que le blocage des récepteurs ET[indice inférieur B] par l'antagoniste sélectif du récepteur ET[indice inférieur B], le A192621, prévient 1'effet antiapoptotique de l'ET-1. Par contre, l'activation du récepteur ET[indice inférieur A] seul ne semble pas contribuer à l'effet antiapoptotique de l'ET-1. De plus, nos résultats démontrent que cet effet antiapoptotique du récepteur ET[indice inférieur B] est médié via Pinhibition de l'activation de la caspase 3. En plus, nos résultats montrent que le rolle protecteur du récepteur ET[indice inférieur B] ne dépend pas de la densité de celui-ci. En conclusion, nos résultats démontrent que l'ET-1 possède un effet antiapoptotique dans les CEVhs et que cet effet est médié en grande partie par l'activation des récepteurs ET[indice inférieur B]. Cette étude a permis une meilleure compréhension du rôle de l'ET-1 dans la survie des CEVhs. [Symboles non conformes]

Le diabète de Type 1 est une maladie auto-immune caractérisée par la perte de production d'insuline par les îlots [béta] du pancréas. Les causes menant à la destruction de ces îlots par les cellules T autoréactives sont méconnues. Certains événements tels qu'une infection virale ou des facteurs environnementaux peuvent déclencher cette auto-immunité. Chez le rat BB-DP qui développe un diabète de type 1 semblable à l'homme, une mutation qui affecte les cellules T a été découverte. La mutation nommée lyp amène une perte de survie des cellules T dans la périphérie malgré tous les facteurs de survie des cellules T présents chez l'animal. Cette mutation située sur le chromosome 4 affecte un gène de la famille GIMAP, plus particulièrement la protéine GIMAP5 qui se retrouve tronquée et non fonctionnelle. Des résultats du laboratoire ont démontré une implication de GIMAP5 dans la voie du calcium. La manière par laquelle GIMAP5 joue son rôle dans la survie des lymphocytes T n'est pas connue. Afin de comprendre ces fonctions, nous voulons identifier la localisation cellulaire de GIMAP5 ainsi que ses partenaires d'interaction. Les lignées cellulaires transfectées avec le gène de GIMAP5 étiqueté ont été marquées en fluorescence à l'aide de marqueurs d'organelles et examinées en microscopie confocale afin de déterminer la localisation de GIMAP5. Une étude de double-hybride combinée avec des marquages fluorescents à l'aide d'anticorps fluorescents dirigés contre ces protéines et l'utilisation de la microscopie confocale permettent de vérifier les partenaires d'interaction de GIMAP5. Les cellules T de rats gimap5[indice supérieur lyp/lyp] et sauvages ont été utilisées afin de faire des marquages au Rhod-2 (calcium mitochondrial) et de vérifier l'effet de la mutation sur la capacité des mitochondries à absorber le calcium. Une localisation de GIMAP5 au niveau du RE a été identifiée dans les cellules HEK 293T surexprimant GIMAP5, mais n'as [i.e. n'a] pu être vu chez les lignées de cellules T Jurkats. Les résultats de l'étude de double-hybride ont donné des partenaires d'interaction de faible affinité (avec une cote de D). Les essais de microscopie confocale n'ont pu démontrer cette interaction. Finalement, les mitochondries des cellules T de rats gimap5[indice supérieur lyp/lyp] ont une vitesse d'incorporation du calcium plus lente et un retour à la normale plus lent que les mitochondries des cellules T de rats sauvages. Chez le rat, GIMAP5 semble jouer un rôle au niveau de l'homéostasie du calcium et de l'intégrité des mitochondries, puisque la mutation gimap5[indice supérieur lyp/lyp] apporte une baisse du potentiel membranaire des mitochondries et une baisse de l'accumulation du calcium par ces dernières.Le mécanisme par lequel GIMAP5 régule l'homéostasie du calcium reste encore à élucider.