Le cancer bronchique est la première cause de mortalité par cancer dans le monde, en raison d'un diagnostic à un stade avancé (IIIB et IV) et d'un pronostic sombre. Si les principaux facteurs de risques sont connus depuis de nombreuses décennies comme le tabagisme actif et les expositions professionnelles (amiante), 10 à 20 % de patients sont des non-fumeurs. Dans cette population, les étiologies restent plus controversées. Au niveau histologique, l'adénocarcinome est devenu le type histologique le plus fréquent et son association avec les facteurs de risque (tabagisme, exposition à l'amiante) fait débat. De même, la localisation tumorale est différente selon l'exposition aux différents facteurs de risque. Enfin, la survie du cancer bronchique semble être différente selon le sexe ou le statut tabagique. Suivant les expositions et les populations, les mécanismes de carcinogénèse diffèrent. C'est dans ce contexte, que notre étude a été menée sur une cohorte de 1493 patients atteints de cancer bronchique afin d'identifier des populations à risque et de mieux comprendre les voies de la carcinogénèse bronchique. / Lung cancer is the leading cause of death in the world. Most lung cancer are diagnosed at an advanced stage (IIIB and IV), with a poor prognosis. The main risk factors are well known like active smoking, and occupational exposure (asbestos), but 10 à 20% occur in never smokers. In this population, various studies have been conducted in order to identify possible risk factors, and although many have been identified, none seem to explain more than a small percentage of the cases. According to the histological types, adenocarcinoma is now the more frequent type, and its association with the main risk factors (tobacco exposure, asbestos exposure) is still studied. The tumoral location is associated with the exposure to the risk factors. Finally, the survival seems to be different between gender, and between smokers, and never smokers. All these characteristics are perhaps associated with different pathways of carcinogenesis. In this context, we have analyzed a cohort of 1493 patients with lung cancer in order to identify phenotypic markers, and to understand the mechanisms of the lung carcinogenesis.

Etude à l'aide des outils de transcriptomique de 17 cultures primaires, maintenues à l'état vivant par xénogreffes et cultures cellulaires, et issues de patients ayant présenté un adénocarcinome pancréatique. Par clustering hiérarchique basée sur l'ensemble des gènes du transcriptome tumoral, 5 patients avec dénomination anonyme se sont fortement distingués des autres patients et présentaient de façon similaire des tumeurs peu différenciées sur le plan histologique et une survie péjorative de moins de 8 mois. Dans cette population de « courts survivants », un total de 942 gènes exprimés de façon significativement différentielle a été retrouvé. Parmi ces gènes, 439 gènes sont apparus significativement sous exprimés et 505 gènes significativement surexprimés (fold change ≥2). L'analyse par GO a montré que parmi ces 942 gènes différentiellement exprimés, nous avons retrouvé un enrichissement important chez les courts survivants, des gènes impliqués dans le cycle cellulaire et l'activité mitotique, la réponse cellulaire au stress, le métabolisme cellulaire ainsi que le métabolisme de l'ADN et l'organisation chromosomique. Par ailleurs, nous avons choisi parmi les 17 cultures primaires, les 3 lignées cellulaires les plus sensibles et les 3 les plus résistantes aux drogues selon les résultats des tests de « Chimiogramme ». Plusieurs gènes ont été identifiés comme spécifiquement surexprimés ou sous-exprimés en relation avec une sensibilité ou une résistance particulières des cellules aux drogues utilisées. Nous avons identifié 671 gènes associés à la gemcitabine, 1107 à l'oxaliplatine, 308 au 5-FU et seulement 34 et 46 au docétaxel et au SN38 respectivement. / We developed an efficient strategy in which PDAC samples from 17 consecutive patients were collected by Endoscopic Ultrasound-Guided Fine-Needle Aspiration (EUS-FNA) or surgery and preserved, by an original approach, as breathing tumors by xenografting and as a primary culture of epithelial cells. Transcriptomic analysis was performed from breathing tumors by an Affymetrix approach. We observed a significant heterogeneity in the RNA expression profile of tumors. However, the bioinformatic analysis of this data was able to discriminate between patients with long- and short-term survival corresponding to patients carrying poorly-differentiated PDAC tumors respectively. We identified 942 genes with statically different expression. Among these genes, 439 were under-expressed and 505 genes over-expressed (fold change ≥2) in short survivors. Primary culture of cells allowed us to analyze their relative sensitivity to anticancer drugs in vitro by a "Chemogram", by similarity with the antibiogram for microorganisms, establishing an individual profile of drug sensitivity. As expected, the response was patient-dependent. Interestingly, we also found that the transcriptome analysis predict the sensitivity of cells to the five anticancer drugs the most frequently used to treating patients with PDAC. In conclusion, using this approach, we found that the transcriptomic analysis could predict the sensitivity to anticancer drugs and the clinical outcome of patients with PDAC.

Sur le plan épidémiologique, nous avons chez les patients insuffisants rénaux terminaux : · précisé les modalités de stratification selon leur statut diabétique (type 1, type 2, non diabétique), · décrit en Australie et Nouvelle Zélande (registre ANZDATA) leurs principales caractéristiques épidémiologiques : évolution du taux d'incidence, caractéristiques démographiques et médicales, et mortalité selon le statut diabétique, · évalué la surmortalité en dialyse par rapport à la population générale sans prise en compte du statut diabétique (en France), puis en le prenant en compte (en Australie). · décrit le processus d'accès à la transplantation rénale, selon le statut diabétique. Ces résultats originaux permettent de mieux connaître la population des patients insuffisants rénaux chroniques terminaux traités et diabétiques, notamment de type 2, alors qu'ils représentent plus d'un tiers des patients incidents en dialyse. Concernant la mortalité, ces résultats soulignent le pronostic très péjoratif des patients diabétiques insuffisants rénaux, et plus particulièrement de type 1. Sur le plan analytique, nous avons mis en évidence : · qu'il existait une interaction entre le sexe féminin et le statut diabétique en ce qui concerne la mortalité en dialyse. Cette interaction a été mise en évidence dans différentes cohortes locales, régionales ou nationales, en France et en Australie / Nouvelle Zélande. · que l'impact du diabète n'était pas constant au cours du temps chez les femmes dans les cohortes françaises LSCAL et REIN national (ce qui n'a pas été retrouvé dans le registre ANZDATA). Cet effet délétère sur la survie augmente avec le temps passé après 1ère dialyse.

Nous étudions des marches aléatoires branchantes unidimensionnelles, où une barrière absorbante tue avant qu'ils ne se reproduisent les individus qui la franchissent. Par des méthodes probabilistes, nous obtenons des résultats qui fournissent des informations sur les trajectoires des marches branchantes classiques (sans barrière absorbante). Dans le cas où la barrière est fixée à l'origine, nous estimons la vitesse d'extinction dans les cas critique et sous-critique. Nous affinons ensuite l'étude du cas critique en considérant une barrière du second ordre dont la position est proportionnelle à la puissance 1/3 de la génération. Nous déterminons la valeur limite de la position de la barrière séparant la survie avec probabilité positive de l'extinction presque sûre. Dans le cas d'extinction nous évaluons la probabilité de survie et la queue de distribution de la population totale. Dans la dernière partie de cette thèse, nous nous plaçons dans un cadre un peu différent où la position de la barrière dépend du nombre de générations considérées. Nous obtenons un résultat de déviations modérées sur le déplacement minimal de la marche branchante qui fait apparaître différents régimes, en fonction de la queue de distribution de la loi des déplacements.

Matthews et Farewell (1982, 1985) ont proposé le modèle de risque instantané constant avec un point de rupture pour modéliser les temps de rechute après le traitement « remission induction ». Dans ce mémoire, des études théoriques et simulées des statistiques de score et du test des rapports de vraisemblances sont présentées, afin de tester l'existence d'un temps de rupture dans le modèle de risque instantané constant. Les méthodes d'estimation du point de rupture et des autres paramètres du modèle sont aussi discutées dans la première partie de ce travail, avec une application du modèle sur des données réelles. Le modèle des risques proportionnels avec un point de rupture de Liang et al.(1990) est discuté dans la deuxième moitié du mémoire comme un cas spécial du modèle de Cox avec covariables dépendantes du temps. Les caractéristiques de ce modèle et quelques difficultés d'inférence liées à celui-ci sont également présentées. À titre d'exemple, le modèle est appliqué à une série de données recueillies dans un groupe de patients qui suivent deux traitements différents du cancer du poumon. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Temps de rupture, Modèle de risque constant avec point de rupture, Modèle de Cox avec un point de rupture, Statistique de score, Statistique du test des rapports de vraisemblances.

Les Bernaches du Canada établies en milieu tempéré sont souvent considérées comme une source de nuisances dans plusieurs régions de l'est de l'Amérique du Nord. Dans le sud du Québec, une population nicheuse s'est établie il y a une vingtaine d'années et continue de croître depuis. Les oies et les bernaches sont des oiseaux à forte longévité et la survie est donc un facteur déterminant pour la gestion de ces populations. Le premier objectif de notre étude était de décrire la distribution spatio-temporelle de la récolte des bernaches établies dans le sud du Québec. Notre second objectif consistait à estimer les taux de survie de ces oiseaux et d'évaluer l'effet du sexe et de l'âge sur cette survie ainsi que les variations interannuelles. Notre dernier objectif était d'évaluer l'effet de la date d'éclosion, de l'âge au baguage et de la condition corporelle au baguage sur la survie des juvéniles. Des modèles de capture-marquage-recapture combinant des données de recaptures d'oiseaux vivants et de retours de bagues d'oiseaux abattus ont été élaborés en utilisant les oiseaux bagués comme juvéniles entre 2003 et 2009. La majorité des retours de bagues d'oiseaux abattus par la chasse provenait du Québec. La distribution des retours était concentrée en deux secteurs : aux alentours de Varennes dans le sud du Québec, puis le long de la côte américaine entre le Rhode Island et le Maryland. La récolte comprenait majoritairement des juvéniles dans le premier cas et des jeunes d'un an dans le deuxième cas. Au Québec, la récolte durant la période de chasse hâtive totalise 9 % de la récolte totale. Bien que la différence était légère, la survie des femelles était plus faible que celle des mâles. La survie des juvéniles variait entre les années entre 0.73 (95 % IC 0.43-0.90) et 0.90 (0.74-0.96) et était plus élevée que pour les adultes (0.56 [0.44-0.67] à 0.76 [0.68-0.82]) et les oiseaux d'un an (0.54 [0.45-0.63] à 0.73 [0.64-0.81]). Une relation négative entre la date d'éclosion et la survie des juvéniles a été observée mais il n'y avait pas de relation significative avec la condition corporelle ainsi que l'âge au baguage. En plus de n'avoir qu'à parcourir de courtes distances durant leur migration, l'utilisation prédominante d'habitats non ouverts à la chasse par les groupes familiaux durant l'automne pourrait expliquer la survie élevée des juvéniles. D'autre part, l'utilisation d'habitats ruraux où la pression de chasse est possiblement plus grande, combiné au phénomène de migration de mue pourrait contribuer aux taux de survie plus faibles des adultes non accompagnés de jeunes et des oiseaux d'un an. Le taux de survie observé pour les adultes porte à croire que la croissance de la population est supportée de façon importante par une fécondité élevée. L'importance de l'immigration ainsi que des paramètres de fécondité, dans le taux de croissance de la population restent donc à déterminer. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : âge, Bernache du Canada, Branta canadensis maxima, condition corporelle, date d'éclosion, distribution de la récolte, milieu tempéré, Québec, survie

Reproduction de : Thèse de doctorat : Médecine. Santé publique : Université de Reims : 2009. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. p.254268.

Thèse de doctorat : Biostatistique : Lyon 1 : 2007. / Titre provenant de l'écran titre. 98 réf. bibliogr.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal