Les bactéries à Gram négatif sont caractérisées par une organisation complexe de leur enveloppe,impliquant une membrane interne (ou cytoplasmique), un espace périplasmique et une membrane externe. Si le transport de petits composés chimiques se fait facilement, la sécrétion des protéines et des toxines nécessite par contre l’utilisation de machineries spécialisées : les systèmes de sécrétion.Chez Pseudomonas aeriginosa, une bactérie pathogène opportuniste, le système de sécrétion de Type II, ou sécrétion Xcp, constitue l’une des voies principales de la sécrétion. Ce sécréton Xcp est un complexe macromoléculaire de 12 protéines, nommées XcpAO et XcpPC-ZM, organisé en trois sous-complexes : une plateforme d’assemblage ancrée dans la membrane interne (XcpPC-SF etXcpYL-ZM), un pore localisé dans la membrane externe et formé par multimérisation de la sécrétine XcpQD, et un pseudopilus périplasmique impliquant les pseudopilines XcpTG-XK. Au travers de son introduction bibliographique, ce manuscrit présente les différents constituants de cette machinerie et leur implication dans la sécrétion. Un grand nombre de copies du constituant majoritaire de ce système, XcpTG, s’assemble sous forme d’un pseudopilus dont les cycles d’assemblage –désassemblage, semblables aux mouvements d’un piston, pourraient permettre la sécrétion des substrats à travers la membrane externe. Le travail effectué au cours de cette thèse a pour but d’approfondir la compréhension des conditions d’assemblage du pseudopilus, qui s’avère être une étape cruciale dans la sécrétion. Les résultats obtenus s’articulent autour de la détermination par RMN hétéronucléaire de la structure de XcpTG, le composant majoritaire du pseudopilus etre présente le premier constituant de la machinerie de type II de P. aeruginosa à voir sa structure résolue par RMN. / Gram negative bacteria are characterized by a complex organisation of their cell envelope, with aninner membrane (or cytoplasmic membrane), a periplasmic space and an outer membrane. Incontrast to the transport of chemical compounds, which is preformed usually by porins localized inthe impermeable cell envelop, secretion of proteins and toxins requires specialized machineries: thesecretion systems. In Pseudomonas aeruginosa, an opportunistic pathogen, among the wide rangeof section systems, the Type II secretion system, called Xcp secreton, is a major pathway for therelease of virulence factors. This Xcp secreton is a macromolecular complex involving 12 proteinscalled XcpA0 and XcpPC to XcpZM. This machinery is organized in 3 complexes, the assemblyplatform anchored in the inner membrane (implicating XcpPC,RE,SF,YL and ZM), the pore localizedin the outer membrane and formed by multimerization of the secretin XcpQD, and the periplasmicpseudopilus involving XcpTG-XK matured by the prepilin peptidase XcpAO. The introduction of thismanuscript presents all the components of the type II secretion system and their principal functionin the secretion process. XcpTG, the major components of this system, seems to polymerize to allowtransfer of secretion products across the outer membrane by a piston-like process. The workpresented in this manuscript is underlined by the idea of improving the understanding of themecanism of the type II secretion. The results articulate around the heteronuclear NMR solutionstructure determination of the XcpTG, which represents the first structure obtained for a componentof the type II secretion system of P. aeruginosa.

Dans cette thèse nous avons utilisé les outils du calcul stochastique pour<br />obtenir l'existence et l'unicité de la solution d'un système d'équations aux<br />dérivées partielles non linéaire dont l'origine remonte à l'étude des modèles de particules collantes.<br />Premièrement, on construit deux diffusions dirigées par des browniens indépendants issues de points différents mais dont la dérive est la même fonction qui combine les deux densités de l'une et l'autre diffusions. On montre que le bonne combinaison de la densité et de la vitesse des particules est solution d'un système d'équations aux dérivées partielles appelé système de gaz sans pression avec viscosité.<br />Deuxièmement, On reprend la problématique d'un article de Sheu sur les densités de transition d'une diffusion non dégénéré, on aboutit à une meilleure précision sur les constantes apparaissant dans l'estimation de Sheu.<br />Finalement, on généralise le système de gaz sans pression déjà étudié par A. Dermoune en 2003, en remplaçant le laplacien par un opérateur plus générale. Alors on montre: l'existence d'une solution faible pour une équation différentielles stochastique non linéaire, identification de la dérive et l'unicité de la solution.

Ce manuscrit d'Habilitation à Diriger des Recherches présente des résultats que j'ai obtenus dans le cadre d'activités de recherche menées depuis 2005 en tant que Maître de Conférences à l'Université Paris-Sud XI. Au début de cette période XML ( eXtensible Markup Language) était déjà reconnus comme le standard pour la représentation de données semi structurées. En même temps, XML c'est aussi affirmé comme format de représentation dans le contexte de l'intégration et l'échange de données. Pendant cette période mes intérêts de recherche se sont situés à la confluence des langages des bases de données et langages de programmation, et se sont focalisé sur l'utilisation des systèmes de types pour assurer la sureté et optimisation des programmes manipulant les données XML. Plus en détails, je me suis principalement intéressé à trois axes de recherche: i) optimisation de requêtes et mise à jours XML via la projection de données, ii) vérification de la correction des mappings entre deux schémas XML, iii) algorithmes efficaces pour la vérification d'inclusion entre schémas XML (une propriété qui est à la base des systèmes de types pour requêtes et mises à jour XML). Ce manuscrit d'Habilitation à Diriger des Recherches est consacré à ces trois axes de recherche, et présente le contexte, les motivations et résultats obtenus pour chacun des axes.

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L'intitulé de notre thèse est Systèmes Complexes, outils de CAO et Nanotechnologies. Il concerne l'étude des techniques permettant de configurer un support contenant un nombre très élevé des éléments très simples et interconnectés dans un réseau très complexe, de façon à émuler des systèmes complexes naturels ou artificiels. Dans ce contexte nous proposons une plateforme d'outils CAO qui aide à l'implémentation et à la simulation de ces types de systèmes. Dans un premier temps, nous élaborons un premier outil de cette plateforme permettant d'expérimenter par simulation classique les lois qui gouvernent l'évolution du système cible. Cette simulation permet de valider ou de modifier ces lois avant implémentation dans le nanoréseau. Ensuite, nous utilisons cet outil pour expérimenter divers systèmes complexes tels que des écosystèmes artificiels et des systèmes des particules dans lesquels une géométrie de l'espace-temps relativiste émerge comme une conséquence du type des lois d'interaction des particules.

Diss. Wirtschaftswiss. St. Gallen, 2000 ; Nr. 2442. / Literaturverz.

Today's wireless transceivers require reference signals to translate received and transmitted signals to their desired frequencies. Therefore, they need frequency synthesizers which are typically based on phase-locked-loops (PLLs). Communication standards like GSM or Bluetooth necessiate that the PLLs put out oscillations with high spectral purity and accuracy. Additionally, the oscillation frequency must be adjustable very accurately at low transient time to account for occasional carrier frequency changes. So called Sigma-Delta-fractional-N frequency synthesizers are often employed to fulfil these requirements. However, the number and the locations of the poles of the control loop and hence the loop filter must be chosen properly. Unity gain frequency and phase margin have to be considered as well as the stringent frequency accuracy and the detailed origin of the spurious emissions. The design methodology proposed in this work is based on numerical optimization techniques, a high number of control loop poles and the use of Gm-C-biquads as loop filter building blocks.

La complexité et le nombre toujours plus grandissant des applications, notamment les standards vidéo, nécessite d’étudier des méthodes et outils pour leur déploiement sur des architectures elles aussi toujours plus complexes. En effet, afin d’atteindre les performances requises en matière de temps d’exécution ou consommation énergétique, les architectures modernes proposent des éléments de calculs hétérogènes, où chacun est spécialisé pour une fonction précise. Cette thèse s’appuie sur le modèle flot de données pour la spécification de l’application. Ce modèle permet d’exposer explicitement le parallélisme spatial et temporel de l’application à travers un réseau d’acteurs interconnectés par des canaux de type FIFO. Les acteurs, en charge du calcul, peuvent exhiber un comportement statique ou dynamique. Les derniers standards vidéo contraignent à s’appuyer sur les modèles dynamiques pour obtenir une spécification fonctionnelle. Les besoins de calcul sont alors dépendants des données à traiter. Le déploiement d’une application dynamique ne peut donc se faire à l’aide des approches statiques existantes dans la littérature. L’objectif de cette thèse est de proposer des algorithmes efficaces permettant de déployer à la volée une application flot de données dynamique sur une architecture multiprocesseurs hétérogène. La première contribution est un algorithme qui permet de trouver rapidement une solution de déploiement de l’application. La deuxième contribution est un algorithme basé sur les mouvements pour adapter en cours d’exécution le déploiement en réponse aux aspects dynamiques de l’application. / Modern multimedia applications are subject to an increasing complexity with widespread standards. This has led to the interest in dataflow approach that offers a powerful perspective on parallel com- putations at high level. In the meantime, the emergence of massively parallel architectures has revealed the trend towards heterogeneous Multi-Processor System-on-Chips (MPSoCs) to offer a better perfor- mance and energy tradeoff than their homogeneous counterparts. However, this also imposes challenges to the mapping of multimedia applications on such complex architectures. This thesis presents an adaptive methodology for mapping dataflow applications on heterogeneous MPSoCs. This thesis focuses on video decoders specified in RVC-CAL language, a dedicated dataflow language for video applications. Existing static approaches cannot capture all behaviors in dynamic dataflow applications. Thus, this requires to adapt the mapping according to the input data. The algorithm offers some adaptive parameters combined with our analyt- ical communication model to improve a performance while consider- ing load balancing. We evaluate our algorithms on a set of randomly generated benchmarks and real video decoders like MPEG4-SP and HEVC. Experimental results reveal that our mapping methodology is fast enough (in milliseconds) and the runtime remapping signifi- cantly improves the initial mapping. In the remapping process, we take the migration cost into account because the reconfiguration time also contributes to the overall performance.

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Le travail presente dans cette these consiste a definir les fonctionnalites d'une machine virtuelle ParObj, supportant la notion d'objets concurrents et adaptee aux exigences du parallelisme massifs. Cette these s'inscrit dans le cadre du projet PARX de l'equipe "SYstemes Massivement PAralleles" du LGI qui vise a specifier et a realiser un systeme d'exploitation pour machines paralleles. A travers l'analyse de quelques Systemes Distribues a Objets connus, nous degageons les mecanismes de base que doit supporter ParObj. Nous avons arrete notre etude sur les aspects suivants : structures des entites, gestion des entites, gestion des interactions entre entites, et gestion des ressources. Dans notre approche, nous offrons dans ParObj un support parallele pour des objets passifs et actifs qui peuvent etre a la fois a gros grains (fichier, processus, etc.), et a grains intermediaires (liste chainee, thread, etc.). Pour une gestion encore plus fine du parallelisme, nous supportons aussi la notion d'objet fragmente. Un objet fragmente est un objet qui est decoupe en plusieurs sous-objets independants (fragments de l'objet) de taille quelconque, et qui peuvent etre accedes individuellement, de maniere concurrente.En revanche, nous avons decide de laisser aux compilateurs le soin de gerer les objets a grains fins. De plus, pour eliminer les conflits d'acces aux donnees, nous offrons un mecanisme de synchronisation des objets. L'architecture generale de ParObj est basee sur le modele original a trois niveaux de processus de PARX : le thread (qui est un flot de controle sequentiel a l'interieur d'une tache), la tache (qui est un contexte d'execution), et la Ptache (qui represente un programme parallele a l'execution). Une Ptache definit un domaine de communication et de protection, et assure la correction semantique du programme parallele (synchronisation des taches, controle des protocoles d'echanges, etc.). Au sein d'une Ptache, la protection des objets est assuree grace a des capacites. La localisation d'une entite (qui depend de sa visibilite et de sa reference) est realise grace a un mecanisme original de designation. Les experimentations que nous avons realisees montrent que ce mecanisme est parfaitement adapte a la gestion du parallelisme massif.