This thesis would not be made possible without the generous support of IATA. / Les taxonomies sont une représentation essentielle des connaissances, jouant un rôle central dans de nombreuses applications riches en connaissances. Malgré cela, leur construction est laborieuse que ce soit manuellement ou automatiquement, et l'évaluation quantitative de taxonomies est un sujet négligé. Lorsque les chercheurs se concentrent sur la construction d'une taxonomie à partir de grands corpus non structurés, l'évaluation est faite souvent manuellement, ce qui implique des biais et se traduit souvent par une reproductibilité limitée. Les entreprises qui souhaitent améliorer leur taxonomie manquent souvent d'étalon ou de référence, une sorte de taxonomie bien optimisée pouvant service de référence. Par conséquent, des connaissances et des efforts spécialisés sont nécessaires pour évaluer une taxonomie. Dans ce travail, nous soutenons que l'évaluation d'une taxonomie effectuée automatiquement et de manière reproductible est aussi importante que la génération automatique de telles taxonomies. Nous proposons deux nouvelles méthodes d'évaluation qui produisent des scores moins biaisés: un modèle de classification de la taxonomie extraite d'un corpus étiqueté, et un modèle de langue non supervisé qui sert de source de connaissances pour évaluer les relations hyperonymiques. Nous constatons que nos substituts d'évaluation corrèlent avec les jugements humains et que les modèles de langue pourraient imiter les experts humains dans les tâches riches en connaissances. / Taxonomies are an essential knowledge representation and play an important role in classification and numerous knowledge-rich applications, yet quantitative taxonomy evaluation remains to be overlooked and left much to be desired. While studies focus on automatic taxonomy construction (ATC) for extracting meaningful structures and semantics from large corpora, their evaluation is usually manual and subject to bias and low reproducibility. Companies wishing to improve their domain-focused taxonomies also suffer from lacking ground-truths. In fact, manual taxonomy evaluation requires substantial labour and expert knowledge. As a result, we argue in this thesis that automatic taxonomy evaluation (ATE) is just as important as taxonomy construction. We propose two novel taxonomy evaluation methods for automatic taxonomy scoring, leveraging supervised classification for labelled corpora and unsupervised language modelling as a knowledge source for unlabelled data. We show that our evaluation proxies can exert similar effects and correlate well with human judgments and that language models can imitate human experts on knowledge-rich tasks.

Des études antérieures sur des évènements tels le « World Trade Center », des accidents automobiles ou bien des désastres naturels, ont reconnu le lien entre l'expérience d'évènement potentiellement traumatique (EPT) et le développement et maintien des symptômes du Trouble d'Anxiété Généralisée (TAG). Peu d'études ont tenté de mieux définir et discriminer ce lien en utilisant une taxonomie des EPT et la présence ou l'absence du TAG (inquiétudes, symptômes somatiques) ainsi que les vulnérabilités cognitives associées au TAG (intolérance à l'incertitude, évitement cognitif et attitude négative face aux problèmes). Cette étude a utilisé une taxonomie basée sur trois critères: EPT de type interpersonnel, EPT de type accident et EPT de type catastrophe naturelle pour déterminer la nature du lien entre différents types d'EPT et le TAG, postulant l'existence de liens significatifs entre eux. Un échantillon de 419 participants a été recruté parmi une population adulte dans trois établissements scolaires. Les participants ont répondu à des questionnaires. Des analyses de variance (ANOVA) ainsi que des tests de khi carré, ont été faits pour apporter des réponses aux questions de recherche de la thèse. Les résultats confirment une relation significative entre une taxonomie des traumatismes, les manifestations du TAG et les vulnérabilités cognitives. L'exposition à un cumul d'accidents est impliquée dans l'étiologie du TAG. Les résultats suggèrent que l'exposition à la violence interpersonnelle induit davantage de symptômes somatiques et que ce type d'exposition favorise la tendance à s'inquiéter exagérément. La violence psychologique, par un effet de cumul, augmente également la tendance à s'inquiéter. L'intolérance à l'incertitude a des liens avec l'exposition à des traumatismes interpersonnels et des liens avec l'effet cumulatif d'accidents. L'attitude négative face aux problèmes est en lien avec les traumatismes de violence physique ou sexuelle. L'évitement cognitif est en lien avec les traumatismes interpersonnels, avec la sous-catégorie de violence sexuelle et avec les catastrophes. Il semble que la violence sexuelle ait un grand impact sur les vulnérabilités cognitives dans le TAG et sur la tendance à s'inquiéter.

Recent genomic data indicate that RNA polymerase II (Pol II) function extends beyond conventional transcription of primarily protein-coding genes. Among the five snRNAs required for pre-mRNA splicing, only the U6 snRNA is synthesized by RNA polymerase III (Pol III). Here we address the question of how Pol II coordinates the expression of spliceosome components, including U6. We used chromatin immunoprecipitation (ChIP) and high-resolution mapping by PCR to localize both Pol II and Pol III to snRNA gene regions. We report the surprising finding that Pol II is highly concentrated ∼300 bp upstream of all five active human U6 genes in vivo. The U6 snRNA, an essential component of the spliceosome, is synthesized by Pol III, whereas all other spliceosomal snRNAs are Pol II transcripts. Accordingly, U6 transcripts were terminated in a Pol III-specific manner, and Pol III localized to the transcribed gene regions. However, synthesis of both U6 and U2 snRNAs was α-amanitin-sensitive, indicating a requirement for Pol II activity in the expression of both snRNAs. Moreover, both Pol II and histone tail acetylation marks were lost from U6 promoters upon α-amanitin treatment. The results indicate that Pol II is concentrated at specific genomic regions from which it can regulate Pol III activity by a general mechanism. Consequently, Pol II coordinates expression of all RNA and protein components of the spliceosome.

Des études morphologiques, phylogénétiques et des analyses phytochimiques ont été menées sur neuf espèces de lichens fruticuleux du genre Stereocaulon à partir d'échantillons provenant de zones tropicales (Indonésie, Île de la Réunion) et de zones tempérées (France, Italie). Les divers résultats et la comparaison des observations ont permis de préciser certains éléments pour la classification et la diagnose très délicate de ces lichens et de sélectionner deux espèces pour une analyse plus approfondie de leurs métabolites secondaires. L'étude phytochimique a été conduite sur S. halei et S. montagneanum, qui ont été récolté dans l'île de Sumatra. Parmi la quinzaine de métabolites isolés, certains sont communs à ces deux espèces et correspondent à un depside abondant, l'atranorine et des dérivés mono-aromatiques associés. Des depsidones différencient les deux espèces comme l'acide lobarique et des dérivés dans S. halei, l'acide lobariolcarboxylique étant isolé pour la première fois et caractérisé sous forme de conformères. Dans S. montagneanum, ce sont l'acide stictique et des dérivés qui ont été identifiés. Ces profils métaboliques différents rejoignent les résultats de l'étude phylogénétique qui distingue respectivement S. halei et S. montagneanum dans les sous-genres Aciculisporae et Holostelidium. Malgré des activités inégales, aucun des 6 composés obtenus en quantité suffisante pour des test à visée photoprotective ne montre de résultat remarquable. Certains composés de type mycrosporine ont été caractérisés dans diverses parties du pseudopodétion et pourraient aussi présenter un intérêt pour la compréhension des répartitions métaboliques au sein des lichens tripartites.

Au cours de ce travail de thèse, nous nous sommes intéressés aux études taxonomiques des deux souches TN17 et Fr10 qui sont deux nouvelles espèces du genre Streptomyces dont nous avons proposé les nomenclatures suivantes : Streptomyces lilaceus sp. TN17 et Streptomyces microflavus sp. Fr10. A partir de la souche Streptomyces lilaceus sp. TN17, trois molécules on été purifiées et identifiées par le biais de plusieurs techniques spectroscopiques, il s’agit d’un dérivé de DKP (L-Leu, L-Arg), un dérivé de phtalate le di-(2-éthylhexyl) phtalate et un tértrapeptide cyclique : le 1 - [2 -(cyclopentanecarbonyl-3-phenylpropionyl] – pyrrolidine-2-carboxylique (1-carbamoyl-propyl)-amide. Ces trois molécules présentent des activités antibactériennes et antifongiques. Suite au criblage des souches de bactéries lactiques productrices de bactériocines de la collection de notre laboratoire et leurs caractérisations, nous avons identifié une nouvelle souche de Lactobacillus nommée Lactobacillus plantarum sp.TN635 qui produit une bactériocine « BacTN635 » de 3,8 KDa. Cette dernière a été purifiée à homogénéité, elle possède un spectre d’action très large contre les bactéries à Gram+, à Gram- et contre les champignons filamenteux et unicellulaires. BacTN635 a un effet bactéricide contre Listeria ivanovii BUG 496 et fongistatique contre Candida tropicalis R2 CIP203. / In This Thesis, we are interested in taxonomic studies of two strains TN17 and Fr10 which are two new species of the genus Streptomyces, and we have proposed the following names: Streptomyces lilaceus sp. TN17 and Streptomyces microflavus sp. Fr10. From Streptomyces lilaceus strain sp. TN17, three molecules have been purified and identified by means of several spectroscopic techniques, it is a derivative of DKP (L-Leu, Larg), a derivative of phthalate di-(2-ethylhexyl) phthalate and cyclic peptide 1 - [2 - (cyclopentanecarbonyl-3-phenylpropionyl] - pyrrolidine-2-carboxylic acid (1-carbamoylpropyl)- amide. All three molecules exhibit antibacterial and antifungal activities. A novel strain of lactic acid bacteria was isolated and characterized from a collection of our laboratory. It’s identified as a new strain of Lactobacillus, named Lactobacillus plantarum sp.TN635 producing a new bacteriocin "BacTN635" of 3.8 kDa, purified to homogeneity and spectrum with a very broad action against Gram + and Gram-, filamentous and unicellular fungi. BacTN635 has a bactericidal effect against Listeria ivanovii BUG 496 and fungistatic against Candida tropicalis R2 CIP203.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

The study (MS, diploma thesis) is based on more than 1200 belemnite rostra set from the Lower Cretaceous sediments of locality Štramberk (N Moravia). Investigated rostra come from the collection of Dr. V. Houša, who collected them during the seventies to eighties of the last century, during intensive excavation of the Lower Cretaceous tectonic block named Š-12 "pocket". Belemnite rostra were determined at species and generic levels including 7 species and 18 genera. The majority of belemnite assemblage comes from the Lower Valanginian strata, however, also the Tithonian, Berriasian and Hauterivian taxa are present, what clearly documents the redeposition. The presence of mesohibilitids, known from the Barremian and younger deposits, still remains enigmatic. For better understanding of the redeposition proces, the alveolar infill formed by several generations of sediments, are investigated. Study of these sediments outlines the sedimentary development of the Baška elevation inside the Outer Carpathian system. Preliminary stable isotope data δ18 O and δ13 C received from belemnite rostra show different belemnite life-style during the ontogeny - i.e. juvenile bottom life style and adults inhabiting shallow/warmer waters. Negative values of δ18 O should be correlated with the "Valanginian extinction...

13548805670613-46162052c208770f99e83a586780d16c.txt As the technologies for the realisation of the idea of the Semantic Web have evolved rapidly during past few years, it is possible to use them in variety of applications. As they are designed with the ability to process and analyze semantic information found in the data in mind, they are particularly suitable for the task of enhancing relevance of the document retrieval. In this work, we discuss the possibilities of identifying a suitable subset of the expressing capabilities of the SPARQL querying language and create a component that encapsulates the technical details of its usage. Page 1

This diploma thesis deals with the topic of terminology databases, including the creation of a terminology database that incorporates names of trees in Latin, Italian and Czech language. In the first part lexicography, terminography and terminology, disciplines related to the topic of the thesis, are presented. It includes also the summary of their historical development and introduces some basic notions associated with them, such as term, nomenclature, taxonomy, etc. Basic differences between terminography and lexicography and between terminological dictionaries and databases are briefly presented as well. The practical part describes basic methods and procedures used while creating the terminology database in Microsoft Access 2016. The database is also enclosed with the thesis and contains names of trees in Latin, Czech and Italian and some additional information related to those names.

The present thesis surveys topic of taxonomic diversity and phylogeny of bears (Mammalia, Ursidae) and aspects of its contextual setting under effects of changing conceptual and methodological viewpoints. This problem is studied from several perspectives. The historical perspective is represented by a critical overview of the history of specific and infraspecific classification of bears with special respect to mutual influences of this classification and theoretical concepts of species accepted in particular periods. The perspective of material approach is exemplified by a material-based study of taxonomical and phyletic status of selected Pliocene to Middle Pleistocene ursine taxa. Along with deconstruction of some traditional hypotheses this produced a model explaining species diversification in ursine bears and its discussion in terms of factual relevance of included background concepts. In the pre-evolutionary period the bear species were usually understood broadly, as incipient immanent entities, yet exhibiting obvious certain infraspecific variability. This was established using definitions of varieties (mostly not identifiable with present subspecies or infraspecific taxa) considered as unstable modes of particular species. Although, in the post-Darwinian period, the concept and taxonomic...