Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

A whole genome scan was conducted to identify and fine map QTL regions for ultrasound and carcass merit traits in beef cattle. A total of 465 steers and bulls, genotyped for 4592 SNPs, were analysed for 16 ultrasound and carcass merit traits using interval mapping, single marker regression and Bayesian shrinkage approaches. Thirty QTL and 22 SNPs associated with traits were identified by interval mapping and single marker regression respectively. In Bayesian shrinkage estimation, 218 QTL were identified, wherein 11 of the 30 QTL identified by interval mapping were confirmed. The proportions of QTL variance on the trait variations estimated by Bayesian shrinkage analysis were relatively small. They ranged from 0.1 to 4.8% compared to 6.1 to 11.7% in interval mapping because the QTL in Bayesian approach were adjusted to remove effects of other QTL in the genome. These results are useful for detection of underlying causative QTN variants. / Animal Science

Les agroécosystèmes bananiers aux Antilles, longtemps menés en monocultures intensives, ont pris le virage d’une gestion agro-écologique depuis la mise en place du Plan Banane Durable en 2009. Pour atteindre l’objectif de diminution de l’utilisation des intrants chimiques, l’introduction de plantes de services (PdS) destinées à accomplir des services écosystémiques est à l’étude pour concilier au mieux les enjeux agronomiques et environnementaux. Parmi ces services, la régulation biologique des adventices par les PdS nécessite d’introduire des espèces ayant une bonne aptitude à la compétition pour la lumière vis-à-vis des adventices. Néanmoins la réalisation de ce service ne doit pas engendrer un dis-service vis à vis de la production agricole par les bananiers en provoquant une compétition pour les ressources minérales et hydriques du sol. Une bonne connaissance des processus de compétition aérienne et souterraine mis en place par les PdS est alors indispensable pour raisonner leur utilisation dans le système de culture. Nous avons choisi une approche par traits fonctionnels pour caractériser les espèces de cet agrosystème très anthropisé car l’étude exhaustive de processus écophysiologiques n’est pas adaptée pour le grand panel de plantes de services potentiellement utilisables. Nous faisons l’hypothèse qu’une combinaison de valeur de traits fonctionnels liés à l’acquisition et l’utilisation des ressources du milieu reflète une stratégie de compétition. Les objectifs de cette thèse sont de 1) caractériser un panel d’espèces de PdS potentielles et d’adventices ainsi que deux cultivars de bananiers selon des traits fonctionnels liés à l’acquisition et l’utilisation des ressources aériennes et souterraines, 2) identifier des stratégies de compétition sur la base des combinaisons de valeur de traits obtenus pour chaque espèce et 3) comparer les effets compétitifs des espèces en fonction de leur stratégie de compétition. Cette étude repose sur un travail bibliographique pour identifier les traits d’intérêts, une première expérimentation au champ pour caractériser la stratégie de compétition des différentes espèces par la mesure de traits fonctionnels sur des plantes isolées et en situation de ressources non limitantes et sur une deuxième expérimentation au champ pour caractériser les relations de compétition entre espèces en fonction de leur stratégie respective. L’analyse des résultats a permis de construire deux classifications des espèces en fonction de leur stratégie, l’une basée sur les traits de compétition pour la lumière et l’autre basée sur les traits de compétition pour les ressources du sol. Nos résultats ont permis de distinguer 4 stratégies de compétition aérienne pour la lumière (« ombrage », « obstruction », « étouffement faible », étouffement fort») et 4 stratégies de compétition souterraine pour les ressources du sol (« exploration », « occupation », « exploitation », « neutre »). Les espèces du panel ont été replacées sur les grands axes de différenciation d’espèces de l’écologie opposant des stratégies de conservation et de capture des ressources. Les résultats ne mettent pas en évidence de liens entre stratégies aériennes et souterraines. Ces classifications fonctionnelles peuvent être utilisées pour identifier les espèces les plus adaptées, a priori, au contrôle des adventices dans le système de culture bananier aux Antilles. L’utilisation de traits fonctionnels dans un contexte agronomique a permis d’acquérir une meilleure connaissance des aptitudes des espèces à la compétition et ouvre des perspectives quant à la création d’un outil d’aide au choix des espèces composant des couverts multi-espèces. / Banana agro-ecosystems in the French West Indies have relied for a long time on intensive monocultures. A shift to agroecological management practices have been made since the “Plan Banane Durable” program in 2009. To achieve the aim of reducing the use of chemical inputs, the introduction of cover plants to deliver agroecosystem services under study to reconcile agronomic and environmental issues. These services include the biological control of weeds by cover plants which requires to introduce cover plant species with a good ability to compete for light towards weeds. However the introduction of cover plants should not cause a dis-service by reducing the production of bananas through a competition for mineral and water soil resources. A better knowledge of aboveground and belowground competition process by cover plants is then essential to reason their use in cropping systems. We chose an approach based on functional traits to characterize plant species from this very anthropized agroecosystem because an exhaustive study of the ecophysiological processes underlying competition is not suitable for a large panel of potentially useful cover plant species. We assume that a combination of values of functional traits related to the acquisition and use of resources reflects a strategy of competition. The objectives of this thesis were 1) to characterize a panel of potential cover plant and weed species as well as two banana cultivars according to functional traits related to the acquisition and use of aboveground and belowground resources, 2) identify competition strategies on the basis of the combinations of trait values obtained for each species and 3) comparing the competitive effects of the species as a function of their competition strategies. This study is based on a bibliographic work to identify traits of interest, a first field experiment to characterize the competition strategy of the different species by measuring functional traits on plants grown individually and in non-limiting resources conditions and a second field experiment to characterize the competitive relationships between species according to their respective competitive strategies. The analysis of the results allowed us to build two classifications of species according to their strategy, one based on competitive traits for light and the other one based on the competitive traits for soil resources. Our results allowed to distinguish four aboveground competition strategies for light ("shade", "obstruction," "smothering low”," strong smothering ") and four belowground competition strategies for soil resources (" exploration "," occupation "" exploitation, "" neutral "). The species of the panel were replaced on the main axes of differentiation between species in ecology opposing resource conservation and capture strategies. The results do not show links between aboveground and belowground strategies. These functional classifications can be used to identify the most qualified species, a priori, to be used in banana cropping systems of the French West Indies. The use of functional traits in an agronomic context enabled us to acquire a better knowledge of the species competition abilities and opens perspectives for the establishment of a decision-making tool for the choice of species to include in multi-species cover.

Les diatomées sont des micro-algues largement utilisées pour évaluer la qualité écologique des milieux aquatiques. La grande majorité des indices biotiques utilisant les diatomées sont basés sur la sensibilité à la pollution des espèces. Cela constitue un frein à leur utilisation car l’identification taxonomique au niveau de l’espèce est complexe, longue, coûteuse et source d’erreurs. Afin de rendre le processus d’identification plus simple, des indices biotiques basés sur des niveaux taxonomiques supérieurs à l’espèce, comme le genre, ont été mis au point. Mais la perte d’informations associée à la réduction de la résolution taxonomique est susceptible de rendre ces outils moins efficaces.Une approche alternative et plus récente propose de baser la simplification, non pas sur la taxonomie, mais sur la phylogénie. Cette approche fait implicitement l’hypothèse qu’il existe un signal phylogénétique dans les préférences écologiques des espèces, c’est à dire que deux espèces phylogénétiquement proches sont davantage susceptibles de présenter des réponses écologiques similaires que deux espèces prises au hasard. Si un tel signal existe, il implique une possible redondance phylogénétique dans les outils de bioindication existants, en particuliers ceux basés sur les niveaux taxonomiques les plus fins. L’objectif est de mettre à profit ce signal pour simplifier l’évaluation écologique des milieux aquatiques.Ce travail s’attache à développer cette approche chez les diatomées et se décompose en trois parties. Nous présentons d’abord un nouveau package R entièrement dédié à l’analyse du signal phylogénétique et à l’étude de la distribution des valeurs de traits dans les phylogénies. Nous démontrons ensuite la présence d’un signal phylogénétique pour de nombreux traits écologiques chez les diatomées d’eau douce. Ces traits sont les optimums écologiques de 127 espèces pour un ensemble de paramètres physico-chimiques, mesurés pendant huit ans dans des cours d’eau de l’est de la France. Nous montrons que le signal est variable en fonction des traits mais que la niche écologique des espèces étudiées est, de manière générale, dépendante de la phylogénie. Dans une troisième partie, nous proposons une méthode pour extraire des clusters d’espèces partageant des traits similaires tout en étant phylogénétiquement proches. Nous mettons en œuvre cette méthode sur des données de sensibilités aux pollutions pour démontrer les possibilités de simplification des indices biotiques basés sur les diatomées en prenant en compte la redondance phylogénétique. Nos résultats tendent à montrer que le potentiel de simplification en utilisant la phylogénie comme guide est significatif. / Diatoms are micro-algae commonly used to assess the ecological quality of freshwaters. Most of the biological indices using diatoms are based on species sensitivity to pollutions. This constitutes an obstacle to the use of diatoms in ecological assessment because taxonomical identification at species level is difficult, time consuming, costly and source of errors. To avoid this problem, scientists developed biological indices based on higher taxonomical levels like the genus. However, the loss of information caused by the taxonomical resolution decrease can make these methods less efficient.A more recent alternative proposes to use the phylogeny to simplify ecological assessment methods. This approach makes the implicit hypothesis that there is a phylogenetic signal for species ecological preferences, i.e. that closely related species are more likely to share similar ecological preferences than species taken randomly. If such a signal exists, it may mean that there is a phylogenetic redundancy in bioassessment tools, especially the ones which are based at species level. The aim is to exploit this signal to simplify the biological assessment of aquatic ecosystems.This work aims to develop this approach with diatoms and is divided in three parts. First, we introduce a new R package dedicated to the analysis of the phylogenetic signal and to study traits values patterns in phylogenies. In a second part, we demonstrate the presence of phylogenetic signal for many ecological traits in freshwater diatoms. These traits are the ecological optima of 127 species for a set of physical and chemical parameters. They were estimated from data collected during 8 years in rivers in eastern France. We show that the strength of the signal varied significantly from one trait to another but, overall, diatoms ecological niches are related to the phylogeny. Finally, in a third part, we introduce a new method to extract clusters of species sharing similar traits and being phylogenetically related. We apply this method on pollutions sensitivities data in order to demonstrate the possibility to simplify biological indices based on diatoms by taking account of phylogenetic redundancy. Our results suggest that phylogenetic approaches offer a scope for simplification without an important loss of ecological information.

Os processos de dispersão, sobrevivência da prole e os períodos fenológicos das espécies vegetais, são o resultado tanto de sua história evolutiva quanto de suas adaptações ao ambiente. Para analisar o padrão evolutivo destes processos, foi testada a hipótese de que a similaridade entre espécies aparentadas em relação aos seus atributos reprodutivos (frutos, sementes e a fenologia da floração e frutificação) é maior do que o esperado por mero acaso (alto sinal filogenético), através de testes de Mantel parcial controlando o efeito da forma de vida das espécies. Os resultados revelaram que a maioria dos atributos de sementes, dois atributos dos diásporos (display das cores e a porcentagem de polpa) e o tempo de desenvolvimento dos diásporos, apresentaram um moderado sinal filogenético. Isto sugere que a conservação de atributos de sementes para sobrevivência da prole e a labilidade dos atributos de diásporos buscando dispersões mais efetivas, afetam significativamente o fitness das espécies, além de indicar uma influência do tempo de desenvolvimento dos diásporos nos picos de frutificação. / The processes of dispersal, offspring survival and phenological periods of plant species result both from their evolutionary history and adaptations to the environment. To analyze the evolutionary pattern of these processes, the hypothesis that the similarity among related species in relation to their reproductive traits (fruits, seeds and the phenology of flowering and fruiting) is higher than expected by chance (high phylogenetic signal) was tested through partial Mantel tests, controlling for the effect of species life form. The results revealed that most seed traits, two diaspores traits (color display and pulp percentage) and the time of diaspore development, show moderate phylogenetic signal. This suggests that the conservation of seed traits for offspring survival and the lability of diaspore traits seeking more effective dispersions, significantly affect the species fitness, and it also indicates the influence of the time of diaspore development on the fruiting peaks.

D’après le dernier rapport du groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat (GIEC), le réchauffement climatique devrait se poursuivre au cours du siècle prochain. La température atmosphérique moyenne pourrait augmenter de 0,3°C à 4,8°C avec des valeurs extrêmes allant de 1°C à 6°C en 2100. Ces changements de température auront des conséquences directes et indirectes sur l’ensemble de la biodiversité et plus particulièrement sur les poissons qui sont des animaux poïkilothermes. Dans cette étude, trois espèces ont été choisies en prenant en compte leur stratégie de reproduction et leur différence de tolérance thermique : la truite commune (Salmo trutta), le brochet (Esox lucius) et la carpe commune (Cyprinus carpio). Nous avons, pour chacune des trois espèces, appliqué les mêmes différences de température par rapport à leur température de référence (-4, -2, Tref, +2, +4°C) et étudié les effets sur la survie et le développement des embryons et des larves au cours de l’ensemble de la période d’alimentation endogène. Ce travail a confirmé la loi générale de l’impact de la température sur la période d’incubation (Q10 ~3). La truite commune montre une forte diminution de sa survie lors d’une augmentation de quatre degrés, néanmoins les larves survivantes sont plus grandes et ont un contenu énergétique plus important. La survie des larves de brochet augmente avec la température, ces larves sont les plus grandes et leur contenu énergétique est plus important à la température la plus élevée. La survie de la carpe n’est pas affectée par la température ; néanmoins les larves élevées à basse température sont les plus petites et présentent un faible contenu énergétique. Les résultats de survie pour les premiers stades de vie sont en concordance avec les modélisations des aires de répartition actuelle. Dans le futur, la prise en compte de la niche thermique théorique des premiers stades de vie pourrait permettre d’affiner les prévisions des aires de répartition / According to the latest report of the Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC), global warming is expected to continue over the next century, the average temperature could increase by 0.3 ° C to 4.8 ° C with extreme values ranging from 1 ° C to 6 ° C by 2100. These temperature changes will have direct and indirect consequences on the overall biodiversity and specifically fish which are poikilotherms. In this study three species were selected taking into account their reproductive strategy and their thermal tolerance: brown trout (Salmo trutta), pike (Esox lucius) and common carp (Cyprinus carpio). We have applied for all three species the same temperature range of from their referential temperature (-4, -2, Tref °C, +2, + 4 ° C). To carry out this study, we investigated biological traits related to survival and development during the endogenous feeding period. This work confirmed the general law of the impact of temperature during incubation phase (Q10 ~ 3). For brown trout, the results show a collapse of its population with an increase of four degrees; nevertheless surviving larvae were the longest and had a more energetic content. The survival rate of pike larvae increased when temperature increased, these larvae were the longest and the had more energetic content. The survival of the carp was not affected by temperature; nevertheless, at the lowest temperature (16°C), the larvae were smaller and had a lower energetic content. The survival results for the early stages of life are an agreement with the current distribution models. In view of this study the theoretical thermal niche species of early live stage should be undertaken to continue to refine prediction models from range

Os processos de dispersão, sobrevivência da prole e os períodos fenológicos das espécies vegetais, são o resultado tanto de sua história evolutiva quanto de suas adaptações ao ambiente. Para analisar o padrão evolutivo destes processos, foi testada a hipótese de que a similaridade entre espécies aparentadas em relação aos seus atributos reprodutivos (frutos, sementes e a fenologia da floração e frutificação) é maior do que o esperado por mero acaso (alto sinal filogenético), através de testes de Mantel parcial controlando o efeito da forma de vida das espécies. Os resultados revelaram que a maioria dos atributos de sementes, dois atributos dos diásporos (display das cores e a porcentagem de polpa) e o tempo de desenvolvimento dos diásporos, apresentaram um moderado sinal filogenético. Isto sugere que a conservação de atributos de sementes para sobrevivência da prole e a labilidade dos atributos de diásporos buscando dispersões mais efetivas, afetam significativamente o fitness das espécies, além de indicar uma influência do tempo de desenvolvimento dos diásporos nos picos de frutificação. / The processes of dispersal, offspring survival and phenological periods of plant species result both from their evolutionary history and adaptations to the environment. To analyze the evolutionary pattern of these processes, the hypothesis that the similarity among related species in relation to their reproductive traits (fruits, seeds and the phenology of flowering and fruiting) is higher than expected by chance (high phylogenetic signal) was tested through partial Mantel tests, controlling for the effect of species life form. The results revealed that most seed traits, two diaspores traits (color display and pulp percentage) and the time of diaspore development, show moderate phylogenetic signal. This suggests that the conservation of seed traits for offspring survival and the lability of diaspore traits seeking more effective dispersions, significantly affect the species fitness, and it also indicates the influence of the time of diaspore development on the fruiting peaks.

Dans les prairies subalpines, l’abandon de certaines pratiques agricoles (fertilisation, fauche ou pâturage) ou à l’inverse, leurs intensifications entrainent une altération de la diversité fonctionnelle et spécifique des végétaux, de l’activité microbienne du sol ainsi que de la disponibilité de l’azote du sol et des processus de transformation de l’azote. L’hypothèse émise concerne les changements dans la distribution de la dominance des traits de plantes qui agiraient comme un déterminant important sur la productivité des plantes, la diversité fonctionnelle des micro-organismes du sol et sur les mécanismes des cycles de l’azote (N) et du carbone (C). Les hypothèses testées sont que : (i) l’augmentation de la dominance des traits liés aux stratégies conservatives et exploitatives promeut les espèces bactériennes K et r sélectionnées ; et (ii) ces interactions plantes-micro-organismes établiront les rythmes des cycles de l’N et du C et donc les services écologiques associés. L’approche originale de ce projet consiste en une étude de quatre espèces que l’on retrouve sur les prairies typique des bassins versant agricoles subalpins: deux espèces de monocotylédone et deux espèces dicotylédones, avec une espèce à stratégie conservative et une espèce à stratégie exploitative pour chacun des groupes. Ces plantes seront cultivées avec un sol pauvre en nutriment qui subira ou non un traitement de fertilisation ; ce qui permettra un contrôle de la disponibilité en N du sol. En parallèle, l’étude d’un mésocosme contenant un sol inoculé sera effectuée avec pour objectif de préciser le rôle des micro-organismes dans les mécanismes de rétroaction entre le sol et les plantes. Dans le cadre du projet (VITAL, EU Biodiversa) dans laquelle entre cette étude, ces mêmes espèces seront cultivées dans les Alpes autrichiennes et dans les prairies du Royaume-Unis. In subalpine grasslands, the neglect of some agricultural practices (fertilization, mowing or pasture) or on the contrary, their intensification involve a deterioration of the functional and specific diversity of plant, soil microbial diversity as well as soil nitrogen availability and nitrogen transformation processes. Our overarching hypothesis is that changes in the dominance distribution of plant traits will act as an important determinant of plant productivity, microbial functional diversity and carbon and nitrogen cycling. The hypothesis tested are that: (i) increased dominance of traits linked to conservative or exploitative strategies promotes K and r-selected microbial species; and (ii) these plant-microbial linkages will determine carbon and nitrogen cycling rates, and hence the associated ecosystem services. The original approach of this project consists studying four species from the typical grasslands of subalpine agricultural mountainside basins: two grasses species and two forbs species, with conservative strategiy species and exploitative strategy species for each group. These plants will be cultivated with low nutrient soil which will undergo or not fertilization treatement to control soil nitrogen availability. In a parallel study, mesocoms containing an inoculated soil will be carried out to clarify the role of microbe in plant-soil feedback processes. Thanks to the EU framework of the project (VITAL, EU Biodiversa) in which enters this study, these same species will be cultivated in the Austrian Alps and the United Kingdom grasslands. / Plant communities are strongly linked with soil microbial communities through symbiotic or resource competitive interactions. Plant functional traits have been often used to study these relationships and have highlighted, for example, plant litter or root exudate effects on soil microbial communities. However, few studies have taken into account both leaf and root functional traits to elucidate plant-microbe relationships. My thesis work has focused on functional approach of aboveground and belowground plant traits and microbial functional parameters of nitrogen (N) cycle. My main objective was to understand subtle mechanisms implied in plant-microbes relationships and their impacts on ecosystem functioning. These researches have greatly benefited from experiments based on a gradient of nested scales ranging from individual to ecosystem, with an intermediary step using artificial plant communities in controlled conditions. Methodologies varied from isotope labeling of nitrogen fluxes to enzymatic activities and abundances of key microbial genes of N cycling. I have shown close relationships between plant functional traits and microbial functional parameters. I found that root functional traits were the plant functional traits to be principally implied in relationships with microbial communities related to N cycling, particularly those related to denitrifying activities. I have also shown that ecosystem functioning is the result of the influence of plant and microbial interactions, and that the influence of one or the other was modulated by soil nutrient availability. Finally, my results suggest that responses of plant species to nutrient availability, in turn influence microbial communities related to N cycling to favor either recycling or retention of nitrogen nutrients.

Orientador: Marcelo de Almeida Silva / Banca: Carlos Alexandre Costa Crusciol / Banca: Maria Ines Tiraboschi Ferro / Resumo: A seca é um dos principais fatores limitantes à produtividade agrícola ao redor do mundo. Com a expansão da área de plantio da cana-de-açúcar para regiões brasileiras caracterizadas por apresentarem deficiência hídrica por longos períodos durante o ano, torna-se essencial a obtenção de germoplasma de cana-de-açúcar tolerante a esse estresse. Identificar ferramentas adequadas de seleção e características quantificáveis podem facilitar o processo de melhoramento da cultura para tolerância à seca, visto que há dificuldade em identificar características únicas que possam ser utilizadas para a seleção. O objetivo do presente trabalho foi verificar a habilidade de algumas variáveis morfofisiológicas para distinguir entre tolerantes e susceptíveis quatro cultivares comerciais de cana-de-açúcar sob dois regimes hídricos. O experimento foi conduzido em vasos contendo 22 litros de substrato, em casa de vegetação localizada na Unidade de Pesquisa e Desenvolvimento da APTA Polo Centro-Oeste, Jaú,SP. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, em esquema fatorial 4x2x3 (cultivares x regimes hídricos x épocas de avaliação), com três repetições. Aos 84 dias após a emergência, as cultivares RB72454, RB855453, SP81-3250 e SP83-2847 foram submetidas aos tratamentos de teor de umidade (%): sem deficiência (-D) e com deficiência (+D) promovida por 50% do teor de umidade ideal e avaliadas durante três épocas: 0, 28 e 56 dias após o início dos tratamentos. As variáveis avaliadas foram: altura do colmo, número de folhas verdes, comprimento e largura da folha +3, área foliar, densidade estomática, massa foliar específica, estimativa do conteúdo de clorofila (via SPAD e via espectrofotômetro), máxima eficiência fotoquímica do fotossistema II (Fv/Fm), condutância estomática, conteúdo relativo de água, potencial hídrico foliar e massa... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Drought is one of major limiting factors to agricultural productivity around the world. With the expansion of planting area of sugarcane for Brazilian regions characterized by water stress for long periods during the year, it becomes essential to obtain germplasm of tolerant sugarcane. Identify appropriate tools for selection and quantifiable characteristics can facilitate the process of crop breeding for drought tolerance, since there is difficulty in identifying unique characteristics that can be used for selection. This study aimed to verify the ability of some morphological and physiological variables to distinguish between tolerant and susceptible four sugarcane commercial cultivars under two water regimes. The experiment was carried out in pots containing 22 liters of substrate, in a greenhouse located in the Unit of Research and Development of APTA, Jaú, SP. The experimental design was randomized in factorial 4x2x3 (genotypes x water regimes x evaluation times) with three replicates. At 84 days after emergence, cultivars RB72454, RB855453, SP81-3250 and SP83-2847 were exposed to humidity treatments: no stress (-D) and stress (+ D) promoted by 50% of the ideal humidity and evaluated for three times: 0, 28 and 56 days after the initiation of the treatments (DAT). The variables evaluated were: stalk height, green leaf number, length and width of leaf +3, leaf area, stomatal density, specific leaf mass, estimated chlorophyll content (via SPAD and via spectrophotometer), maximum photochemical efficiency of photosystem II (Fv/Fm), stomatal conductance, relative water content, leaf water potential and dry weight of shoots and roots. We found a higher height of stalk, number of green leaves, leaf area, stomatal density at adaxial and abaxial surfaces, higher maximal photochemical efficiency of photosystem II (Fv/Fm), estimation of chlorophyll content (SPAD index) and leaf water potential... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Les effets des activités humaines sur la qualité et le fonctionnement des sols ont été évalués. En complément de biotests effectués au laboratoire, la composition et les changements de structure des communautés d'arthropodes en sols urbains ont été analysés, afin de comprendre l'influence de la contamination métallique sur les organismes du sol. Par ailleurs, une comparaison entre les sols urbains, agricoles, industriels et forestiers a été réalisée, à travers l'analyse de la composition en espèces et des traits fonctionnels des collemboles. Les analyses de la communauté d'organismes du sol a été réalisée deux fois par an pour évaluer le rôle de la saisonnalité. Les différentes activités anthropiques, qui provoquent des changements au niveau de la couverture végétale, de la quantité de matière organique et de l'accumulation d'éléments et de composés dangereux, altèrent principalement les sols agricoles et urbains. En environnement urbain, les abondances d'organismes du sol ont été fortement réduites pour les niveaux élevés de contamination métallique, tandis que la teneur en matière organique et les conditions climatiques ont joué le rôle principal pour les niveaux de contamination faible et intermédiaire. La communauté des collemboles a montré une forte réduction de la diversité en espèces dans les sols agricoles. La distribution des traits fonctionnels des Collemboles a été principalement influencée par la présence et le type de litière et les apports de contaminants. En particulier, le milieu agricole a favorisé les organismes adaptés à la vie en surface, alors que les sols forestiers ont favorisé les organismes présentant des caractéristiques euedaphiques. Les sols industriels et urbains ont montré la présence d'organismes avec des caractéristiques à la fois épiedaphiques et euedaphiques / The effects of human-mediated activities on soil quality and functioning have been assessed. Composition and changes in arthropod community structure and laboratory bioassays were performed on urban soils in order to understand the roles of metal contamination on soil organism activities and distribution. Then, comparison of urban, agricultural, industrial and forest soils were performed, monitoring Collembola species and functional traits composition, in order to assess if the impact of urban environment is greater than other kinds of anthropization. Soil organism community was analysed twice a years for evaluating the role of seasonality on anthropic impacted soils. The different kinds of anthropization firstly affected the abiotic properties of the sites. Agricultural and urban soils were the most impacted soils by human activities, which cause changes in vegetation cover, organic matter amounts and accumulation of hazardous elements and compounds. Soils organisms responded to soil abiotic modifications. In particular, in urban environment soil organisms were strongly reduced at high level of metal contamination, whereas organic matter content and climatic conditions played the main role at low-intermediate soil contamination. Collembola community showed a strong reduction in species richness in agricultural soils, with a consequent domination of few tolerant species. Collembola functional trait distribution was mainly affected by the presence and the type of litter and inputs of contaminants. In particular, agricultural environment favoured organisms with traits adapted to soil life surface, whereas forest soils favoured organisms with euedaphic characteristics. Industrial and urban soils showed organisms with both epiedaphic and euedaphic characteristics