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Mechanistic studies on transcription activation via DNA looping in a prokaryotic promoter-enhancer system

Vogel, Sabine Katja. Unknown Date (has links) (PDF)
University, Diss., 2004--Heidelberg.
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Improvisationsutveckling genom plankning och transkription

Leopoldson, Max January 2018 (has links)
Inom musikalisk improvisation finns mycket litteratur som tar upp metoder för att utveckla sig som improvisatör. Jag upplever att det i ämnet finns en tvetydig diskurs i huruvida musikern ska bygga sin egen röst gentemot att influeras av andra. I denna studie vill jag hämta inspiration från tre solister vars spel jag ser upp till, genom att lyssna på och lära mig solona (planka), samt skriva ner (transkribera) och analysera vilket språk och vilka improvisationsmetoder solisterna använder i sitt spel. Med hjälp av både litteratur inom improvisationsmetodik och intervjuer med musiker och pedagoger inom jazz hoppas jag få djupare förståelse och komma närmare ett svar på frågan: Är plankning och transkription bra metoder för att bli en bättre improvisatör? I denna studie har jag kommit fram till att plankning och transkription bidrar till nya influenser och tvingar en utanför sin bekvämlighetszon. Dessa metoder är bra komplement till att öva upp sin egen röst. Genom analys och inövning utvecklas nya verktyg att använda i sitt musicerande. Jag anser att man måste få influenser utifrån för att få idéer i sitt eget skapande. Att endast blicka in i sig själv för att hitta inspiration hämmar förståelsen för andra musiker, och förmågan att musicera och improvisera med andra musiker påverkas därefter. Att planka och transkribera för mycket kan dock hämma ens egna musikaliska idéer. Ju mer välutvecklad ens inre röst och instrumentala kunskaper är, desto mer receptiv är man för att hämta inspiration från andra musiker.
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Internt och externt inflytande på en kompositionsprocess

Langørgen, Anders January 2020 (has links)
In my thesis, I have focused on composing by way of adapting motifs from solos I have transcribed, in order to find strong melodies and basslines. I had a hard time selecting the material I would make use of and struggled with balancing what I created myself and what I drew upon from outside sources. Hence the thesis' title, Internal and external influence on a composition process, where I use the terms “internal” and “external” to illustrate two sources I based my composing upon. At the beginning of the process, I was heavily emphasizing the use of external material, to detach myself from my habits and hopefully write innovative music. The result was a harmony rich with dissonance that conflicted with my personal taste. I realized that I needed to abandon this principle and find a balance where external material merely inspired me but was directed by my internal inclinations. / <p>Langørgen, Anders, "Iwazaru"; 2019. Langørgen, Anders, "Ankh"; 2020. Langørgen, Anders, "Baron Wry"; 2020. Langørgen, Anders, "Plasma Cherub"; 2020.</p><p>Sebastian Jonsson – sopran- och altsaxofon, Mattias Olofsson – gitarr, Max Agnas – piano, Edvin Fridolfsson – trummor, Anders Langørgen – kontrabas.</p>
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Spela cello på trombon : Interpretation av Benedetto Marcellos Cellosonat i F-dur

Fridolfsson, Elias January 2022 (has links)
I detta konstnärliga självständiga arbete undersöks olika verktyg och metoder som hjälp i ett interpretationsarbete. Arbetet inkluderar en musikalisk analys av Benedetto Marcellos Cellosonat i F-dur samt ett jämförande av olika instrumentalisters inspelningar av detta stycke. Syftet med detta arbete är att som trombonist analysera och interpretera Benedetto Marcellos Cellosonat i F-dur. I bakgrundsdelen presenteras fakta om Marcello. En kortfattad historik om hur han levde och livnärde sig i 1600-talets Venedig. Det presenteras även en kort bakgrund om begreppet interpretation, vad det betyder och hur det används inom musiken. Resultatet visar att en musikalisk analys är till god hjälp för en musikers interpretation. Det ger en djupare förståelse om vad tonerna står för. Även att lyssna på olika interpreters tolkningar visade sig vara nyttig för att få inspiration samt en bredare referensram. Resultatet innebär att jag vet hur jag kan gå tillväga vid framtida interpretationsarbeten. / <p>Repertoar:Henri Tomasi - TrombonkonsertAstor Piazolla - Svit ur Maria de Buenos Aires (arr av Steven Verhelst)Benedetto Marcello - Cellosonat i F-dur (arr av Sven och Johanna Fridolfsson)Medverkande:Elias Fridolfsson, TrombonKatarina Ström-Harg, PianoJonathan Jennesjö, TrumpetAnna Lindberg, TrumpetEelis Malmivirta, HornHilda Melin, HornHjalmar Ljungberg, TrombonKristian Prestbø, TubaDaniel Caesar, SlagverkEskil Hamrin, SlagverkCornelia Vogel, ViolinEmma Alriksson, ViolinChristine Söderlund, ViolinLouise Rosenholm, ViolaIsela Halonen, ViolaJohanna Fridolfsson, ViolaLavinia Scarpelli, CelloAgnes Wall Ströberg, CelloJakob Ulmestrand, Kontrabas</p>
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Zur Einführung. Symposion 2: Notation - Transkription - Exekution

Riethmüller, Albrecht 20 December 2019 (has links)
No description available.
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Komposition som underlag för solistiskt trumspel : Att använda en låt som inspiration vid trumsolon

Öhman, Filip January 2023 (has links)
In this thesis three different drum solos are studied which clearly has the composition as a basis. They are transcribed and analyzed in how they use the compositions in their solo playing. These ways of soloing will be the underline to create different practices. These practices were made to implement these solo techniques into my own playing. This thesis also studied which compositions that can be easy or hard for a drummer to have as a basis, and why. This study was presented as a concert with a piano trio. The result shows the importance of structure. The solo doesn’t need to reflect the specific song, but it needs to create its own structure to make it more coherent for the listener. This perspective opened a lot of possibilities for me as a soloist, but also showed that it’s the start of a long path in development. / <p>Repertoar:</p><p>Blues on Sunday - Joshua Redman</p><p>Long Ago and Far Away - Jerome Kern</p><p>Duke Ellington's Sound of Love - Charles Mingus</p><p>Introspection - Thelonious Monk</p><p>Stepp, min Stepp - Jan Johansson</p><p>Konrads Hopp om Livet - Fredrik Ljungkvist</p><p>Medverkande:</p><p>David Stener - Piano</p><p>Olle Lannér Risenfors - Kontrabas</p><p>Filip Öhman - Trummor</p><p>Transkriptioner:</p><p>Roy Haynes solo på In Walked Bud, Thelonious Monk Quartet. Misterioso. Riverside Records; 1958 </p><p>Frankie Dunlops solo på Played Twice, Thelonious Monk. Big Band and Quartet in Concert. Columbia Records; 1964</p><p>Konsert:</p><p>Ljudfil på examenskonserten i lilla salen 20/2-2023</p>
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Transkription för det personliga uttrycket : En jämföresle av hur olika transkriptionsprocesser kan berika det personliga uttrycket inom jazzimprovisation / Transcription for personal expression : A comparrison of how different transcription processes can enrich personal expression in jazz improvisation

Liljestrand, Arvid January 2023 (has links)
I detta arbete undersöker jag hur olika transkriptionsmetoder påverkar möjligheten att utveckla mitt konstnärliga uttryck. Med hjälp av två olika metoder har två improvisationer av jazzsaxofonisten Melissa Aldana transkriberats och analyserats. Dessa improvisationer användes sedan som inspiration för inspelningen av två egna improvisationer där målet var att beblanda Aldanas konstnärliga uttryck och gestik med mitt eget uttryck på ett autentiskt vis. En jämförelseanalys gjordes sedan av improvisationerna för att belysa den effekt respektive transkriptionsmetod haft på mitt konstnärliga uttryck.Detta arbete har bidragit till en ökad förståelse för de fördelar och nackdelar som olika transkriptionsmetoder tillför. Det har också gett mig nya insikter i hur jag kan fortsätta arbeta för att utveckla mitt eget uttryck inom jazzimprovisation
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The impact of DNA sequence and chromatin on transcription in \(Trypanosoma\) \(brucei\) / Der Einfluss der DNA-Sequenz und der Chromatinstruktur auf die Transkription in \(Trypanosoma\) \(brucei\)

Wedel, Carolin January 2018 (has links) (PDF)
For cellular viability, transcription is a fundamental process. Hereby, the DNA plays the most elemental and highly versatile role. It has long been known that promoters contain conserved and often well-defined motifs, which dictate the site of transcription initiation by providing binding sites for regulatory proteins. However, research within the last decade revealed that it is promoters lacking conserved promoter motifs and transcribing constitutively expressed genes that constitute the majority of promoters in eukaryotes. While the process of transcription initiation is well studied, whether defined DNA sequence motifs are required for the transcription of constitutively expressed genes in eukaryotes remains unknown. In the highly divergent protozoan parasite Trypanosoma brucei, most of the proteincoding genes are organized in large polycistronic transcription units. The genes within one polycistronic transcription unit are generally unrelated and transcribed by a common transcription start site for which no RNA polymerase II promoter motifs have been identified so far. Thus, it is assumed that transcription initiation is not regulated but how transcription is initiated in T. brucei is not known. This study aimed to investigate the requirement of DNA sequence motifs and chromatin structures for transcription initiation in an organism lacking transcriptional regulation. To this end, I performed a systematic analysis to investigate the dependence of transcription initiation on the DNA sequence. I was able to identify GT-rich promoter elements required for directional transcription initiation and targeted deposition of the histone variant H2A.Z, a conserved component during transcription initiation. Furthermore, nucleosome positioning data in this work provide evidence that sites of transcription initiation are rather characterized by broad regions of open and more accessible chromatin than narrow nucleosome depleted regions as it is the case in other eukaryotes. These findings highlight the importance of chromatin during transcription initiation. Polycistronic RNA in T. brucei is separated by adding an independently transcribed miniexon during trans-splicing. The data in this work suggest that nucleosome occupancy plays an important role during RNA maturation by slowing down the progressing polymerase and thereby facilitating the choice of the proper splice site during trans-splicing. Overall, this work investigated the role of the DNA sequence during transcription initiation and nucleosome positioning in a highly divergent eukaryote. Furthermore, the findings shed light on the conservation of the requirement of DNA motifs during transcription initiation and the regulatory potential of chromatin during RNA maturation. The findings improve the understanding of gene expression regulation in T. brucei, a eukaryotic parasite lacking transcriptional Regulation. / Die Transkription ist ein entscheidender Prozess in der Zelle und die DNA-Sequenz nimmt hierbei eine elementare Rolle ein. Promotoren beinhalten spezifische und konservierte DNASequenzen und vermitteln den Start der Transkription durch die Rekrutierung spezifischer Proteine. Jedoch haben Forschungen im vergangenen Jahrzehnt gezeigt, dass die Mehrzahl der Promotoren in eukaryotischen Genomen keine konservierten Promotormotive aufweisen und häufig konstitutiv exprimierte Gene transkribieren. Obgleich der Prozess der Transkriptionsinitiation im Allgemeinen gut erforscht ist, konnte bisher nicht nachgewiesen werden, ob ein definiertes DNA-Motiv während der Transkription von konstitutiv exprimierten Genes erforderlich ist. In dem eukaryotischen und einzelligen Parasiten Trypanosoma brucei ist die Mehrzahl der proteinkodierenden Gene in lange polycistronische Transkriptionseinheiten arrangiert. Diese werden von einem gemeinsamen Transkriptionsstart durch die RNA Polymerase II transkribiert, allerdings konnten hier bisher keine Promotormotive identifiziert werden. Aus diesem Grund besteht die Annahme, dass Transkription keiner Regulation unterliegt. Allgemein ist der Prozess der Transkriptionsinitiation in T. brucei bisher nur wenig verstanden. Um den Zusammenhang zwischen DNA-Motiven und konstitutiver Genexpression näher zu untersuchen und Schlussfolgerungen über die DNA-Sequenz-Abhängigkeit der Transkriptionsinitiation zu ziehen, habe ich eine systematische Analyse in T. brucei durchgeführt. Ich konnte GT-reiche Promotorelemente innerhalb dieser Regionen identifizieren, die sowohl eine gerichtete Transkriptionsinitiation, als auch den gezielten Einbau der Histonvariante H2A.Z in Nukleosomen nahe der Transkriptionsstartstelle vermittelt haben. Des Weiteren zeigten Nukleosomenpositionierungsdaten, dass in Trypanosomen die Transkripitonsstartstellen nicht die charakteristische, nukleosomendepletierte Region, wie für andere Organismen beschrieben, sondern eine offene Chromatinstruktur enthalten. Zusätzlich konnte ich zeigen, dass die Chromatinstruktur eine wichtige Rolle während der mRNAProzessierung spielt. In T. brucei wird die polycistronische pre-mRNA durch das Anfügen eines Miniexons während des sogenannten trans-Splicens in individuelle mRNAs aufgetrennt. Die Daten dieser Arbeit belegen, dass die Anreicherung von Nukleosomen eine Verlangsamung der transkribierenden Polymerase bewirken und sie somit die richtige Wahl der Splicestelle gewährleisten. Zusammenfassend wurde in dieser Arbeit die Rolle der DNA Sequenz während der Transkriptionsinitiation und Nukleosomenpositionierung in einem divergenten Eukaryoten untersucht. Die Erkenntnisse bringen mehr Licht in die Konservierung der Notwendigkeit eines DNA-Motivs während der Transkriptionsinitiation und das regulatorische Potential der Chromatinstruktur während der RNA-Reifung. Zudem verbessern sie das Verständnis der Genexpressionsregulation in T. brucei, einem eukaryotischen Parasiten, der ohne transkriptionelle Regulation überlebt.
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MYC shapes the composition of RNA polymerase II through direct recruitment of transcription elongation factors / MYC beeinflusst die Zusammensetzung der RNA-Polymerase II durch die direkte Rekrutierung von Transkriptions-Elongationsfaktoren

Hofstetter, Julia Eva Ines January 2022 (has links) (PDF)
The transcription factor MYC is a onco-protein, found to be deregulated in many human cancers. High MYC levels correlate with an aggressive tumor outcome and poor survival rates. Despite MYC being discovered as an oncogene already in the 1970s, how MYC regulates transcription of its target genes, which are involved in cellular growth and proliferation, is not fully understood yet. In this study, the question how MYC influences factors interacting with the RNA polymerase II ensuring productive transcription of its target genes was addressed using quantitative mass spectrometry. By comparing the interactome of RNA polymerase II under varying MYC levels, several potential factors involved in transcriptional elongation were identified. Furthermore, the question which of those factors interact with MYC was answered by employing quantitative mass spectrometry of MYC itself. Thereby, the direct interaction of MYC with the transcription elongation factor SPT5, a subunit of the DRB-sensitivity inducing factor, was discovered and analyzed in greater detail. SPT5 was shown to be recruited to chromatin by MYC. In addition, the interaction site of MYC on SPT5 was narrowed down to its evolutionary conserved NGN-domain, which is the known binding site for SPT4, the earlier characterized second subunit of the DRB-sensitivity inducing factor. This finding suggests a model in which MYC and SPT4 compete for binding the NGN-domain of SPT5. Investigations of the SPT5-interacting region on MYC showed binding of SPT5 to MYC’s N-terminus including MYC-boxes 0, I and II. In order to analyze proteins interacting specifically with the N-terminal region of MYC, a truncated MYC-mutant was used for quantitative mass spectrometric analysis uncovering reduced binding for several proteins including the well-known interactor TRRAP and TRRAP-associated complexes. Summarized, ... / Bei dem Transkriptionsfaktor MYC handelt es sich um ein Onkoprotein, welches in einer Vielzahl der menschlichen Krebserkrankungen in erhöhter Konzentration vorliegt, was wiederum mit einem schweren Krankheitsverlauf einhergeht. Bereits in den 1970iger Jahren wurde das Protein MYC als ein Onkoprotein identifiziert, aber wie es die Transkription seiner großen Bandbreite an Zielgenen, welche für Zellwachstum und -proliferation verantwortlich sind, reguliert, ist bisher noch nicht eindeutig geklärt. In dieser Arbeit wurde die zentrale Frage untersucht, wie MYC die Proteine beeinflusst, die mit der RNA-Polymerase II interagieren, um dadurch eine schnelle und produktive Transkription seiner Zielgene zu ermöglichen. Hierfür wurden mittels der Durchführung massenspektrometrischer Untersuchungen Proteine, die in der An- und Abwesenheit von MYC mit der RNA-Polymerase II interagieren, identifiziert, was eine MYC-bedingte Änderung einiger Elongationsfaktoren im Interaktom der RNA-Polymerase II aufzeigte. Des Weiteren wurden ebenfalls unter Zuhilfenahme massenspektrometrischer Analysen Proteine bestimmt, die mit MYC selbst interagieren. Hierdurch konnte die bisher unbeschriebene, direkte Interaktion zwischen MYC und SPT5, der großen Untereinheit des DRB-sensitivity inducing factors, aufgedeckt und näher analysiert werden. Es konnte gezeigt werden, dass MYC SPT5 zum Chromatin rekrutiert. Weiter konnte nachgewiesen werden, dass MYC mit der evolutionär konservierten NGN-Domäne von SPT5 interagiert, an welche auch SPT4, die zweite Untereinheit des DRB-sensitivity inducing factors, bindet. Dies resultiert in dem Modell, dass MYC mit SPT4 um die Bindestelle auf SPT5 konkurriert und durch dieses ersetzt werden kann. Die Nähere Untersuchung der Bindestelle von SPT5 auf MYC zeigte eine Binderegion im N-terminalen Bereich von MYC auf, der die MYC-Boxen 0, I und II miteinschließt. Um Proteine zu identifiziert, die selektiv mit dem N-terminalen Bereich von MYC interagieren, ...
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The role of BRCA1 and DCP1A in the coordination of transcription and replication in neuroblastoma / Die Rolle von BRCA1 und DCP1A in der Koordination von Transkription und Replikation im Neuroblastom

Kalb, Jacqueline January 2021 (has links) (PDF)
The deregulation of the MYC oncoprotein family plays a major role in tumorigenesis and tumour maintenance of many human tumours. Because of their structure and nuclear localisation, they are defined as undruggable targets which makes it difficult to find direct therapeutic approaches. An alternative approach for targeting MYC-driven tumours is the identification and targeting of partner proteins which score as essential in a synthetic lethality screen. Neuroblastoma, an aggressive entity of MYCN-driven tumours coming along with a bad prognosis, are dependent on the tumour suppressor protein BRCA1 as synthetic lethal data showed. BRCA1 is recruited to promoter regions in a MYCN-dependent manner. The aim of this study was to characterise the role of BRCA1 in neuroblastoma with molecular biological methods. BRCA1 prevents the accumulation of RNA Polymerase II (RNAPII) at the promoter region. Its absence results in the formation of DNA/RNA-hybrids, so called R-loops, and DNA damage. To prevent the accumulation of RNAPII, the cell uses DCP1A, a decapping factor known for its cytoplasmatic and nuclear role in mRNA decay. It is the priming factor in the removal of the protective 5’CAP of mRNA, which leads to degradation by exonucleases. BRCA1 is necessary for the chromatin recruitment of DCP1A and its proximity to RNAPII. Cells showed upon acute activation of MYCN a higher dependency on DCP1A. Its activity prevents the deregulation of transcription and leads to proper coordination of transcription and replication. The deregulation of transcription in the absence of DCP1A results in replication fork stalling and leads to activation of the Ataxia telangiectasia and Rad3 related (ATR) kinase. The result is a disturbed cell proliferation to the point of increased apoptosis. The activation of the ATR kinase pathway in the situation where DCP1A is knocked down and MYCN is activated, makes those cells more vulnerable for the treatment with ATR inhibitors. In summary, the tumour suppressor protein BRCA1 and the decapping factor DCP1A, mainly known for its function in the cytoplasm, have a new nuclear role in a MYCN-dependent context. This study shows their essentiality in the coordination of transcription and replication which leads to an unrestrained growth of tumour cells if uncontrolled. / Die MYC Onkoproteine spielen in einer Vielzahl humaner Tumore eine entscheidende Rolle und sind in fast allen Fällen dereguliert. Aufgrund ihrer Struktur und Lokalisation im Zellkern gelten sie für die Arzneimittelentwicklung als therapeutisch schwer angreifbar. Der Ansatz der synthetischen Lethalität ist es, Partnerproteine zu finden, die gerade für MYC-getriebene Tumore essenziell sind und diese zu inhibieren. Neuroblastome, die in einer besonders aggressiven Entität durch eine MYCN-Amplifikation getrieben sind und damit mit einer schlechten Prognose einhergehen, sind abhängig vom Tumorsupressor BRCA1, wie Daten zur synthetischen Lethalität zeigten. BRCA1 wird in Abhängigkeit von MYCN zu Promotoren rekrutiert. Diese Arbeit diente daher der Charakterisierung der Funktionalität von BRCA1 im Neuroblastom. BRCA1 verhindert die Akkumulation von RNA Polymerase II (RNAPII) in der Promoterregion. Ist BRCA1 nicht präsent, führt dies zur Bildung von DNA/RNA-Hybriden, sogenannten R-loops, und zu DNA Schäden. Um die Akkumulation von RNAPII zu verhindern, nutzt die Zelle DCP1A, einen Decapping Faktor, der sowohl im Cytoplasma als auch im Nukleus eine Rolle im mRNA Abbau spielt. DCP1A entfernt den schützenden 5’CAP der mRNA, wodurch diese von Exonukleasen abgebaut wird. BRCA1 ist notwendig für die Chromatin Bindung von DCP1A und die Rekrutierung zu RNAPII. Zellen mit einer akuten Aktivierung des MYCN Onkoproteins zeigen eine erhöhte Abhängigkeit von DCP1A. DCP1A verhindert eine Deregulation der Transkription, um Transkription mit Replikation erfolgreich zu koordinieren. Andernfalls führt dies beim Verlust von DCP1A zur Blockierung von Replikationsgabeln und der Aktivierung der Ataxia telangiectasia and Rad3 related (ATR) Kinase führt. In der Folge ist das Zellwachstum gestört und Zellen gehen vermehrt in Apoptose. Die Aktivierung des ATR Signalweges beim Verlust von DCP1A und MYCN Aktivierung verhindert vorerst den Zelltod, wodurch diese Zellen jedoch sensitiver auf die Inhibition von ATR reagieren. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass BRCA1 als Tumorsupressor und DCP1A als Decapping Faktor, hauptsächlich beschrieben als cytoplasmatisches Protein, eine entscheidende nukleäre Rolle in der Situation einer akuten Aktivierung von MYCN spielen. Dort sind sie essenziell um Transkription mit Replikation zu koordinieren und damit zu einem ungebremsten Wachstum der Tumorzellen beizutragen.

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