Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2017-10-18T16:17:18Z No. of bitstreams: 1 Tese_ICS_Maiara Lanna Souza Bacelar Bouzas.pdf: 6615022 bytes, checksum: 3b1d853f23d17726b5f73a1afa40310d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-18T16:17:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_ICS_Maiara Lanna Souza Bacelar Bouzas.pdf: 6615022 bytes, checksum: 3b1d853f23d17726b5f73a1afa40310d (MD5) / FAPESB;CNPq / Os vírus são grandes contribuintes para a morbidade e mortalidade da infecção respiratória aguda (IRA) em todo o mundo e entre eles, o vírus sincicial respiratório (VSR) é um dos agentes etiológicos mais comuns sendo responsáveis por condições clínicas como bronquiolite e pneumonia. OBJETIVOS: Descrever a frequência, a sazonalidade e a idade de infecção pelo VSR subtipo A e B (VSR-A e VSR-B) entre crianças com infecção respiratória aguda em uma cidade tropical. MÉTODOS: Estudo transversal prospectivo realizado em emergência pediátrica na cidade de Salvador, nordeste do Brasil. Crianças com idade entre 6-23 meses com IRA foram avaliadas entre Setembro/2009 e Outubro/2013. Os critérios de exclusão foram ter sido transferido de outro hospital ou relatar episódio anterior de chiado. Foram coletados dados demográficos e clínicos juntamente com o aspirado nasofaríngeo (ANF) para diagnóstico do VSR-A e VSR-B pelo método do PCR. RESULTADOS: Entre as 1.154 crianças avaliadas, 504 (43,7%) relataram episódio anterior de sibilância, 16 (1,4%) não tiveram amostras de ANF coletadas satisfatoriamente, 11 (1,0%) foram transferidos de outro hospital, e os pais ou responsáveis de 63 (5,4%) não consentiram com a participação. Assim, este grupo de estudo foi composto por 560 casos. No total, 139 (24,8%) casos tiveram VSR detectado no ANF. VSR-A foi encontrado em 74 (13,2%), VSR-B em 67 (12,0%) e 2 (0,4%) crianças estavam co-infectadas. VSR-A foi mais frequente de agosto a janeiro, em comparação com o período de fevereiro a julho (18,2% vs. 6,4%, p <0,001). VSR-B foi mais frequentemente encontrado (p <0,001) entre março e junho (36,0%) do que de julho a outubro (1,0%) ou entre novembro e fevereiro (1,6%). VSR-A foi mais comum em crianças acima de 1 ano de idade (17,8% vs. 1,8%; p = 0,021). CONCLUSÃO: Um quarto dos pacientes teve VSR detectado. A distribuição dos casos de VSR-A e VSR-B por mês foi notavelmente diferente. VSR-A foi mais frequente em crianças acima de 1 ano de vida. Diretrizes para a imunoprofilaxia contra o VSR devem ser revistas especificamente para a região tropical.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O Vírus Respiratório Sincicial Humano (VRSH) é considerado o principal causador de infecções do trato respiratório inferior, principalmente bronquiolite e pneumonia em crianças e recém nascidos, e tem se mostrado também um importante agente de infecção respiratória aguda em imunocomprometidos. Há uma grande variedade de técnicas disponíveis para o diagnóstico do VRSH, diferindo em termos de sensibilidade, custo e tempo para obtenção dos resultados. Fatores pré-analíticos como coleta e processamento de amostras, podem interferir no resultado final. O presente estudo analisou alguns dos métodos diagnósticos disponíveis para VRSH e verificou se o serviço oferecido ao Hospital São Paulo (HSP) é satisfatório na identificação dos pacientes infectados. Foram analisados dois grupos distintos de pacientes com sintomas de infecção do trato respiratório, no ano de 2008, um composto por crianças da comunidade, menores de 12 anos, atendidas no Núcleo de Assistência a Saúde do Funcionário (NASF) e outro composto por pacientes em programa de transplante, atendidos na enfermaria ou ambulatório de Transplante de Medula Óssea (TMO) do HSP. As amostras de crianças foram submetidas aos métodos de isolamento viral (ISO), imunofluorescência direta (IFD) e reação em cadeia da polimerase precedida por transcrição reversa (RT-PCR), as amostras dos pacientes TMO foram submetidas ainda a teste imunocromatográfico (TI). A comparação entre as técnicas foi realizada utilizando a RT-PCR como padrão ouro. O pico de detecção do VRSH no grupo de crianças ocorreu em Abril, e no grupo de TMO o vírus foi detectado de forma homogênea entre os meses de Março e Junho. Das 128 amostras de crianças, 18 (14%) foram positivas para VRSH em ao menos uma técnica. A positividade para as técnicas de ISO, IFD e RT-PCR foi de 3,1%, 11,7% e 14% respectivamente. O valor do coeficiente kappa para a comparação entre RT-PCR e ISO foi de 0,32 e para a comparação entre RT-PCR e IFD foi de 0,89. Entre as 111 amostras do grupo TMO, 19 (17,1%) foram positivas para VRSH em ao menos uma técnica. A positividade para as técnicas de ISO, TI, IFD e RT-PCR foi de 0,96%, 4%, 10,8% e 12,6% respectivamente. O valor do coeficiente kappa para a comparação entre RT-PCR e ISO foi de 0,13, para a comparação entre RT-PCR e IFD foi de 0,48 e comparando RT-PCR e TI o valor do coeficiente foi de 0,46. Com este trabalho podemos concluir que a baixa sensibilidade da técnica de ISO e do TI não justifica sua utilização na rotina diagnóstica. No grupo de crianças a utilização da técnica de imunofluorescência direta para vigilância epidemiológica é suficiente. Para os pacientes imunossuprimidos a imunofluorescência direta deve ser utilizada para a realização de vigilância, porém, em situações específicas, a RT-PCR deve ser considerada como importante ferramenta para o aumento da taxa de detecção do VRSH. / The human respiratory syncytial virus (HRSV) is considered the main cause of lower respiratory tract infection, mainly bronchiolitis and pneumonia in children and newborn, and has been an important cause of acute respiratory infection in immunocompromised patients. There is much diversity of available techniques for diagnosis of HRSV differing in sensitivity, cost and time to obtain results. Pre-analytical factors such as samples collection and processing, may affect results. This study had analyzed some available methods for HRSV diagnosis and verified if the laboratory services offered to the Sao Paulo Hospital (HSP) are satisfactory in the identification of infected patients. We analyzed two patients groups with respiratory tract infection symptoms in the year 2008, the first one included community children under 12 years old, attended at “Núcleo de Assistência a Saúde do Funcionário (NASF)”, and the second one included patients on transplant program, attended on the bone marrow transplant (BMT) unit of HSP. Children samples were tested by viral isolation (ISO), direct immunofluorescence (DIF) and polymerase chain reaction preceded by reverse transcription (RT-PCR), the immunocompromised patients samples were also tested in a immunochromatographic assay (IT). The comparisons among the techniques were performed using the RT-PCR as gold standard. The detection peak of HRSV in children occurred in April, and in the BMT group the virus was detected evenly between the months of March and June. Of the 128 children samples, 18 (14%) were positive for HRSV in at least one technique. The positivity for ISO, DIF, and RT-PCR was 3.1%, 11.7% and 14% respectively. The kappa coefficient from comparisons between RT-PCR and ISO was 0.32 and 0.89, from RT-PCR and DIF. Among the 111 samples of immunocompromised patients, 19 (17.1%) were positive for HRSV in at least one technique. The positivity for ISO, IT, DIF and RTPCR was 0.96%, 4%, 10.8% and 12.6% respectively. The kappa coefficient from comparison between RT-PCR and ISO was 0.13, 0.48 from RT-PCR and DIF and 0.46 from RT-PCR and IT comparisons. We conclude that the low sensitivity of both viral isolation and immunocromatographic assay do not support its use on routine practice. For the children group, DIF is considered sufficient for epidemiological surveillance. For immunocompromised patients, the DIF should be used for surveillance, but, in some special circumstances, RT-PCR should be considered as an important tool to increase the detection rates of HRSV. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by LUCIA HELENA DE ALMEIDA TESTA null (luciatesta2011@gmail.com) on 2016-03-07T22:13:50Z No. of bitstreams: 1 Infecção viral respiratória comunitária e hospitalar em pacientes submetidos a transplante de células tronco hematopoiéticas.pdf: 1140941 bytes, checksum: 93b0313920244f35bff64660455608c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-03-09T14:00:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 testa_lha_me_bot.pdf: 1140941 bytes, checksum: 93b0313920244f35bff64660455608c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-09T14:00:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 testa_lha_me_bot.pdf: 1140941 bytes, checksum: 93b0313920244f35bff64660455608c7 (MD5) Previous issue date: 2016-02-03 / As infecções por vírus respiratórios (VR) são causas importantes de mortalidade em pacientes submetidos a Transplante de Células-Tronco Hematopoiéticas (TCTH) especialmente no período anterior à pega do enxerto. Estas infecções também podem ser adquiridas dentro dos hospitais, possivelmente transmitida por contato com profissionais de saúde ou cuidadores infectados, ou com objetos ou superfícies contaminadas. Portanto, é importante caracterizar o tipo de transmissão para que medidas rigorosas de controle possam ser implantadas. Objetivos: Analisar os casos de infecção por vírus respiratórios (VR) nos pacientes submetidos a TCTH entre agosto de 2010 a dezembro de 2013 e caracterizar os tipos de transmissão durante esse período. Método: O presente estudo foi realizado no Hospital Amaral Carvalho de Jahu nas unidades de internação e ambulatório de TCTH e na unidade de hematologia, incluindo pacientes com diagnóstico comprovado de VR por imunofluorescência ou PCR multiplex em amostras de lavado nasal. A transmissão foi definida como hospitalar na ausência de sintomas respiratórios à admissão e diagnóstico de VR comprovado laboratorialmente após cinco dias da internação ou até cinco dias após a alta hospitalar. Resultados: Durante este período 187 pacientes tiveram 214 episódios de infecção por VR. Cento e oitenta e três (85,5%) foram considerados infecção comunitária e 31 (14,5%) episódios foram considerados infecção hospitalar, sendo que 17 (7,9 %) episódios ocorreram na unidade de TCTH e 21 (9,8 %) episódios na unidade de hematologia (p=NS). A permanência hospitalar por mais de 23 dias se associou a transmissão hospitalar (p=<0,001) e o ano de 2013 mostrou uma queda significante desse tipo de transmissão (p=0,04). O VSR foi o VR com maior frequência de progressão para pneumonia. Conclusão: Concluímos que a higienização das mãos, coleta de lavado nasal (LN) antes das internações para o transplante de células tronco hematopoiéticas (TCTH), isolamento de contato para os pacientes com vírus respiratório positivo, busca ativa de sintomas e a educação continuada para os pacientes, familiares e profissionais da saúde devem ser contínua para o controle das infecções por VR nas unidades de TCTH. A maioria dessas medidas são de baixo custo e altamente efetivas. Cuidadores, contactuantes domiciliares e profissionais de saúde devem aderir às medidas de controle para garantir a segurança dos pacientes. / Introduction: Community-acquired respiratory viruses (RV) are the most frequent etiologic agents causing acute respiratory infections (ARI) in humans. These agents have a wide antigenic range, universal distribution, affect people in all age groups, and may cause various clinical syndromes involving both the upper and lower respiratory tract. These respiratory infections are major causes of mortality in patients undergoing hematopoietic stem cell transplantation (HSCT), especially in the period prior to engraftment. These infections may also be acquired in hospitals, possibly transmitted by contact with infected health professionals or patient caregivers, or with contaminated objects or surfaces. Since 2008, a continued education program was started at the HSCT Program of Amaral Carvalho Foundation aiming to improve the control of RV transmission. Patients, caregivers, donors, family members and employees are invited to participate in the activities. Objectives: To review the cases of RV infections in patients undergoing HSCT from August 2010 to December 2013, characterize the type of transmission, if community- or hospital-acquired during this period, and determine the morbidity and mortality of RV infections. Methods: The study was conducted at the HSCT Service of Amaral Carvalho Hospital, analyzing the charts of HSCT recipients with RV infection diagnosed by immunofluorescent assay or multiplex PCR. Medical data and images from patients admitted to the HSCT and hematology wards, as well as from patients assisted at the outpatient clinic were retrospectively reviewed. Hospital transmission was defined when the interval between hospital admission and the first symptoms was more than five days, or when the interval between patient discharge and the first symptoms was up to five days. Results: During this period, 187 patients had 214 episodes of VRI. Thirty-one episodes (14.5%) were considered hospital-acquired. Rates of hospital transmission were similar between HSCT unit (7,9%) and the hematology ward (9,8%). Hospital stay for more than 23 days was associated with hospital transmission (p=0.001) and a significant decrease in this type of transmission was observed in 2013 (p=0.04). VSR was the RV with the highest frequency of progression to pneumonia (42%). Conclusion: We conclude that hand hygiene, nasal lavage collection (LN) before hospitalizations for hematopoietic stem cell transplantation (HSCT), contact isolation for patients with positive respiratory virus, active pursuit of symptoms and continuing education for patients, family and healthcare professionals should be continuous for the control of infections in HSCT VR units. Most of these policies have low cost and are highly effective. Caregivers, household contacts and health professionals must comply with the control policies to ensure the safety of patients.

Orientador: Clarisse Martins Machado / Resumo: As infecções por vírus respiratórios (VR) são causas importantes de mortalidade em pacientes submetidos a Transplante de Células-Tronco Hematopoiéticas (TCTH) especialmente no período anterior à pega do enxerto. Estas infecções também podem ser adquiridas dentro dos hospitais, possivelmente transmitida por contato com profissionais de saúde ou cuidadores infectados, ou com objetos ou superfícies contaminadas. Portanto, é importante caracterizar o tipo de transmissão para que medidas rigorosas de controle possam ser implantadas. Objetivos: Analisar os casos de infecção por vírus respiratórios (VR) nos pacientes submetidos a TCTH entre agosto de 2010 a dezembro de 2013 e caracterizar os tipos de transmissão durante esse período. Método: O presente estudo foi realizado no Hospital Amaral Carvalho de Jahu nas unidades de internação e ambulatório de TCTH e na unidade de hematologia, incluindo pacientes com diagnóstico comprovado de VR por imunofluorescência ou PCR multiplex em amostras de lavado nasal. A transmissão foi definida como hospitalar na ausência de sintomas respiratórios à admissão e diagnóstico de VR comprovado laboratorialmente após cinco dias da internação ou até cinco dias após a alta hospitalar. Resultados: Durante este período 187 pacientes tiveram 214 episódios de infecção por VR. Cento e oitenta e três (85,5%) foram considerados infecção comunitária e 31 (14,5%) episódios foram considerados infecção hospitalar, sendo que 17 (7,9 %) episódios oc... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Introduction: Community-acquired respiratory viruses (RV) are the most frequent etiologic agents causing acute respiratory infections (ARI) in humans. These agents have a wide antigenic range, universal distribution, affect people in all age groups, and may cause various clinical syndromes involving both the upper and lower respiratory tract. These respiratory infections are major causes of mortality in patients undergoing hematopoietic stem cell transplantation (HSCT), especially in the period prior to engraftment. These infections may also be acquired in hospitals, possibly transmitted by contact with infected health professionals or patient caregivers, or with contaminated objects or surfaces. Since 2008, a continued education program was started at the HSCT Program of Amaral Carvalho Foundation aiming to improve the control of RV transmission. Patients, caregivers, donors, family members and employees are invited to participate in the activities. Objectives: To review the cases of RV infections in patients undergoing HSCT from August 2010 to December 2013, characterize the type of transmission, if community- or hospital-acquired during this period, and determine the morbidity and mortality of RV infections. Methods: The study was conducted at the HSCT Service of Amaral Carvalho Hospital, analyzing the charts of HSCT recipients with RV infection diagnosed by immunofluorescent assay or multiplex PCR. Medical data and images from patients admitted to the HSC... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-10-23T17:32:31Z No. of bitstreams: 1 Juliana Rebouças de Oliveira Etiologia da pneumonia adquirida....pdf: 2505145 bytes, checksum: d0d9c1cc48dc6e014855686844968a82 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-23T17:32:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Juliana Rebouças de Oliveira Etiologia da pneumonia adquirida....pdf: 2505145 bytes, checksum: d0d9c1cc48dc6e014855686844968a82 (MD5) Previous issue date: 2012 / Universidade Federal da Bahia. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / Pneumonia adquirida na comunidade (PAC) é uma das principais causas de hospitalização e óbito em crianças menores de cinco anos, na maioria dos países em desenvolvimento. O controle da PAC depende do entendimento adequado da importância dos agentes etiológicos, o quê tem sido dificultado pela ausência de métodos sensíveis, específicos e disponíveis, para estabelecer a etiologia dos casos. Derrame pleural (DP) é a complicação mais frequente da PAC. A atual compreensão é de que DP ocorre em infecções bacterianas piogênicas, informação essa decorrente do uso restrito de métodos tradicionais e pouco sensíveis que investigam apenas etiologia bacteriana em crianças com PAC e DP. Objetivo principal deste estudo foi determinar a etiologia da PAC em crianças hospitalizadas com DP utilizando métodos abrangentes para investigação etiológica. Desenho do estudo: realizado estudo observacional prospectivo do tipo corte transversal realizado em um hospital público, Centro Pediátrico Professor Hosannah de Oliveira (Salvador-Bahia). Material e métodos: a coleta de dados ocorreu entre setembro de 2003 a maio de 2005. Crianças previamente saudáveis com idade inferior a cinco anos, hospitalizadas com PAC, foram incluídas neste estudo. Resultados: das 277 crianças selecionadas, 206 (74%) tiveram o diagnóstico de pneumonia confirmado pela radiografia de tórax avaliada por um especialista em radiologia pediátrica. A etiologia foi estabelecida em 165 (80%) crianças; nas quais foram encontrados, infecção bacteriana em 20%, viral 48,5% e co-infecção vírus-bactéria em 31,5%. Derrame pleural (DP) foi descrito em 25 casos (12%). Entre as crianças com DP, a etiologia foi estabelecida em 18 casos (72%) sendo infecção bacteriana 28%, viral 50% e viral-bacteriana 22%. Entre todos os 25 casos com DP, a frequência por grupos etiológicos foram: bacteriana 20%, viral 36%, viral-bacteriana 16% e não identificado 28%. Conclusão: infecção exclusivamente viral foi identificada em um terço das crianças internadas com PAC e DP, portanto, quando se faz ampla investigação etiológica para vírus e bactérias, DP não está associado a apenas infecções bacterianas. Estes resultados levantam a necessidade de investigar a etiologia do DP de forma abrangente, procurando agentes virais e bactérianos, pelo uso de métodos moleculares / Community-acquired pneumonia (CAP) is a major cause of hospitalization and death among children under five years old in most developing countries. The control of CAP depends on the appropriate understanding of the matter of etiologic agents, what has been impaired by the lack of sensitive, specific and available diagnostic methods to establish the etiology. Pleural effusion (PE) is the most frequent complication of CAP. The current understanding is that SD occurs mainly in pyogenic bacterial infections. Such idea is probably due to limited use of diagnostic methods that are traditional and less sensitive, and merely investigate bacterial etiology in children with CAP and PE. The main objective of this study was to determine the etiology of CAP in hospitalized children with PE using comprehensive methods for investigating the etiology. We conducted a prospective cross-sectional observational study, performed at a public hospital, the Professor Hosannah de Oliveira Pediatric Center (Salvador-Bahia-Brazil). Data collection occurred between September 2003 and May 2005.Previously healthy children younger than five years, hospitalized with CAP were included in this study. Results: among 277 children selected, 206 (74%) had diagnosis of pneumonia confirmed by chest radiographs evaluated by a specialist in pediatric radiology. The etiology was confirmed in 80% children, in which we found: bacterial infection in 20%, viral infection in 48.5% and co-infection viral-bacterial in 31.5%. Pleural effusion (PE) was reported in 25 cases (12%). Among children with PE, the etiology was established in 18 cases (72%), being bacterial infection in 28%, viral infection in 50% and viral-bacterial infection in 22%. Among all 25 cases with PE, the frequencies by etiological groups were: 20% bacterial, 36% viral, 16% bacterial-viral and 28% unidentified. Conclusion: Viral infection was identified in only one third of children hospitalized with CAP and PE; so when extensive etiologic investigation for viruses and bacteria is performed, PE is not associated exclusively with bacterial infections. These results raise the need to investigate the etiology of PE in a comprehensive way, looking for viral and bacterial agents, including the use of molecular methods.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-01-16Bitstream added on 2014-06-13T19:55:49Z : No. of bitstreams: 1 sabbag_mp_me_sjrp.pdf: 582990 bytes, checksum: a674199278bb87518fc43d93309aefd1 (MD5) / As infecções respiratórias agudas (IRAs) constituem a principal causa de mortalidade infantil no mundo, e o Vírus Respiratório Sincicial Humano (hRSV – Human Respiratory Syncytial Virus) é um dos principais agentes etiológicos das IRAs. Este vírus pertencente à família Paramyxoviridae, é envelopado, de simetria helicoidal, cujo genoma é RNA de fita simples não segmentada. A infectividade do vírus está relacionada com suas proteínas de membrana e dentre elas a glicoproteína G, que é responsável pela ligação do vírus à célula hospedeira e conseqüente instalação da infecção. Esta glicoproteína exerce um importante papel como antígeno de reconhecimento, sendo alvo para identificação do RSV através de anticorpos. Existem evidências de que esta proteína se liga a receptores glicosilados na célula hospedeira, porém ainda não foi descrito um receptor para a proteína G na célula. Para elucidar estes mecanismos de interação, foram realizados estudos experimentais e teóricos desta proteína. Os domínios solúveis da região N-terminal (1 a 38 aa) e C-terminal (67 a 298 aa), com 231 aminoácidos da glicoproteína G do hRSV foram clonados e a região N-terminal foi expressa em bactéria BL21 pLysS. Em paralelo, foi realizada a caracterização teórica desta proteína, e foram avaliados os possíveis sítios de interação da mesma com glicosaminoglicanos (heparina). Foram obtidos dois modelos teóricos para a proteína G do hRSV, bem como dois modelos de interação com heparina, determinando portanto, um possível sítio de ocorrência de interação. O conhecimento da estrutura da proteína G é de grande importância para elucidar a composição da estrutura e os mecanismos de interação com potenciais ligantes e deste modo, em um passo posterior, propor mecanismos de reconhecimento celular pelo hRSV, através de glicosaminoglicanos / Acute Respiratory Infections (ARI) are the leading cause of infant mortality in the world, and the Human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) is one of the main agents of ARI. This virus belongs to Paramyxoviridae family, has a lipidic envelope, helical symmetry and its genome is a single-stranded RNA. The viral infectivity is related to its membrane proteins and among them the G glycoprotein, which is responsible for binding the virus to the host cell and consequent infection. This glycoprotein plays an important role as antigen recognition, being the target for hRSV identification through antibodies. There are evidences that this protein binds to host cell glycosylated receptors, but it has not been described a receptor for G protein in the cell yet. To elucidate these interaction mechanisms and understand the process of viral infectivity, we performed experimental and theoretical studies of this protein. The soluble domains of the N-terminal (1-38 aa) and C-terminal regions (67-298 aa), with 231 amino acids of the hRSV G glycoprotein have been cloned and the N-terminal region was expressed in BL21 pLysS bacteria. In a later trial these peptides will be purified and biophysical tests will be done. It was also performed a theoretical characterization of this protein, to assess the possible interaction sites with glycosaminoglycan (heparin). It were obtained two theoretical models for the hRSV G protein as well as two interaction models with heparin, in order to determine a possible site of occurrence of interaction. Knowledge of G protein structure is of great importance to elucidate the mechanism of viral infectivity and interaction mechanisms with potential ligants, and the results obtained in this work will allow us, in a later step, to propose mechanisms of cellular recognition by hRSV through glycosaminoglycans

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-01-27Bitstream added on 2014-06-13T20:29:20Z : No. of bitstreams: 1 cravo_hlp_me_sjrp.pdf: 853824 bytes, checksum: 43cbe13f547f1fdf2dfdfbf56e696a9a (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Vírus Sincicial Respiratório Humano (hRSV) foi identificado em 1957 e mesmo após vários anos de investigação, nenhuma vacina foi desenvolvida. Acredita-se que a chave de inibição da ação viral são suas glicoproteínas de membrana, em especial a proteína de fusão (F), que com auxílio da proteína de ligação (G), é responsável pela instalação do hRSV na célula hospedeira. Há evidências experimentais de que compostos como flavonóides e glicosaminoglicanos podem diminuir a infecção viral, sendo então a proteína F um bom alvo para a ação destes compostos. O presente estudo utilizou de ferramentas de bioinformática para verificar as possíveis regiões de interação da proteína F com a Heparina Sulfatada e Flavonóides. Os programas de bioinformática foram utilizados para: modelagem dos compostos, caracterização e previsão da estrutura secundária da proteína, modelagem da estrutura terciária e docking molecular entre o modelo da proteína F e as estruturas tridimensionais dos Flavonóides e da Heparina Sulfatada. Modelos válidos foram obtidos para as estruturas tridimensionais dos flavonóides e para o modelo completo da proteína F. As características da proteína incluem um alto nível de conservação na seqüência de aminoácidos e, especialmente, em seus sítios de ligação. O docking da proteína com a Heparina, e o virtual screening da biblioteca de Flavonóides e a estrutura da proteína, resultaram em sítios de interação com grande potencial de inibição, uma vez que concordam com evidências experimentais descritos na literatura. A Heparina liga-se ao sítio de clivagem II, importante região para obtenção da atividade de fusão da proteína. Os Flavonóides podem se ligar a região hidrofóbica que desestabiliza... / Human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) was identified in 1957 and even after several years of research, no vaccine has been developed yet. It is believed that the key to the inhibition of viral action is its membrane glycoproteins, including the Fusion Protein (F), responsible for the installation of the hRSV in the host cell. There are evidences that compounds such as flavonoids and glycosaminoglycans can decrease the viral infection, and F protein can be a good target for the action of these compounds. The present study checked the possible sites of interaction between F protein and heparin and flavonoids, using computational tools. Bioinformatics programs were used for: modeling compounds, characterization and prediction of protein secondary structure, tertiary structure modeling and the docking between the protein model and the structures of flavonoids and sulfated heparin. Valid models were obtained for flavonoids structures and the complete model of F protein. The characteristics of the protein include a high level of conservation in amino acid sequence and especially in its binding sites. The heparin docking and virtual screening of flavonoids resulted in interaction sites with great potential for inhibition, since they agree with other studies and experimental evidence of F protein inhibition. This study shows that compounds such as sulfated heparin and flavonoids interact in important sites of F protein. Heparin binds to the cleavage site II and flavonoids can bind to the hydrophobic site that destabilizes the formation of the six-helix-bundle region. Both regions are important for conformational changes that F protein undergoes to get its fusion activity. Docking showed that molecular interactions are likely to occur and selected the best candidates for a possible inhibitor. These evidences... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Prof. Dr. Nelson A. Rosário Filho / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Saúde da Criança e do Adolescente. Defesa: Curitiba, 12/12/2014 / Inclui referências / Área de concentração: Alergia, imunologia e pneumonia pedátrica / Resumo: O vírus sincicial respiratório humano (VSR) é considerado o principal agente isolado de infecções respiratórias na infância. Quase a totalidade das crianças aos 2 ano de idade já foram infectadas pelo VSR. Prematuros, crianças com broncodisplasia pulmonar e os cardiopatas compõe os grupos de risco para infecções mais graves, hospitalizações e óbito em infecções agudas pelo VSR. Fatores ambientais e sociais como desmame precoce, tabagismo passivo, permanência em creches, aglomerações domiciliares, convívio com crianças escolares e baixo nível de escolaridade dos pais, aumentam a gravidade da infecção. O estudo tem por objetivo verificar a incidência de infecções graves pelo VSR em crianças prematuras. Acompanhou-se 103 prematuros durante 1 ano após a alta da unidade de terapia intensiva (UTI) neonatal do Hospital de Clínicas da Universidade Federal do Paraná As avaliações clínicas foram mensais. Contatos telefônicos com as famílias ocorriam semanalmente e toda vez que fosse identificada uma intercorrência respiratória realizava-se um consulta não programada. Nos quadros de infecções do trato respiratório inferior (ITRI) a pesquisa de vírus respiratórios (VSR, adenovírus, metapneumovírus, influenza A e B, parainfluenza 1,2,3, bocavírus e coronavírus) no lavado nasofaríngeo (LNF) era realizada pelo método de reação em cadeia de polimerase (PCR). Foram avaliados 136 episódios de ITRI. Em 20 episódios houve necessidade de internamento sendo 8 em UTI. Foi pesquisado vírus em 125 amostras do LNF. O VSR foi o mais frequentemente encontrado em 33,4% das amostras isoladamente ou em co-detecções. O Bocavírus foi o segundo vírus mais detectado (23,4%). O VSR foi detectado em amostras de 45% das crianças que internaram em enfermaria e na UTI. As variáveis sociais, econômicas e ambientais não mostraram-se significativas para ITRI grave no grupo estudado. Houve codetecção em 36% das amostras. Cerca de 10% dos pacientes acompanhados apresentaram sibilância recorrente (mais que 3 episódios) durante o período. A incidência de infecções graves pelo VSR na população estudada foi de 8,73%. Não comprovou-e a associação de variáveis ambientais e sociais com a gravidade do quadros respiratórios causados pelo VSR. Palavras-chave: Infecções por vírus respiratório sincicial. Vírus respiratórios. Infecções respiratórias. Prematuro. / Abstract: The human respiratory syncytial virus (RSV) is the main agent isolated from respiratory infections in childhood. Almost all children 2 years of age have been infected with RSV. Premature infants, children with bronchopulmonary dysplasia and heart disease are the risk groups for severe infections, hospitalizations and death in acute RSV infections. Environmental and social factors such as cessation of breastfeeding, passive smoking, stay in daycare, home crowded, contact with school siblings and low levels of parental education, increase the severity of infection. The study aims to determine the incidence of severe RSV infections in premature infants. Followed up 103 premature infants for 1 year after discharge from the intensive care unit (ICU) of the Clinics Hospital of the Federal University of Paraná. Clinical assessments were monthly. Telephone contacts with families occurred weekly and every time it was identified a respiratory complication a non-scheduled visit was realized. In lower respiratory tract infections (LRTI) the research of respiratory viruses (RSV, adenovirus, metapneumovirus, influenza A and B, parainfluenza 1,2,3, bocavirus and coronavirus) in nasopharyngeal lavage (LNF) was performed by the method polymerase chain reaction (PCR) There were 136 episodes of LRTI. Hospitalization was need in 20 episodes of LRTI and in 8 cases need ICU admission. Viruses were screened in 125 samples of LNF. The RSV was most often found in 33.4% of samples alone or in co-detections. Bocavirus was the second most frequently detected virus (23.4%). RSV was detected in samples from 45% of children who were hospitalized. Social, economic and environmental variables were not significant for severe LRTI in the group studied. There was co-detection in 36% of samples. About 10% of patients had recurrent wheezing (more than 3 episodes) during the period. The incidence of severe RSV infections in the study population was 8.73%. The association of environmental and social variables with the severity of respiratory symptoms caused by RSV was not confirmed. Keywords: Respiratory syncytial virus infections. Respiratory viruses. Respiratory tract infections. Infant, Premature.

Respiratory syncytial virus is well recognized as the most important pathogen accounting for acute respiratory disease in infants and young children, mainly bronchiolitis and pneumonia. Two major antigenic subgroups, A and B, have been identified; however, there is a disagreement between the severity of the disease caused by them. This study investigated a possible association between RSV subgroups and severity of the cases. Reverse transcriptionpolymerase chain reaction was used to characterize 128 RSV nasopharyngeal specimens from children less than five years old experiencing acute respiratory disease. It was possible to subgroup 64.1% samples in RSV A (64) and RSV B (18). Severity was measured by clinical evaluation associated with demographic factors. For RSV A-infected patients, 53.1% were hospitalized, whereas for RSV B it was 27.8%. Around 35.0% of the patients presented risk factors for severity. The hospitalization happened for 47.6% of RSV A patients and for 18.2% of RSV B, for children without risk factors. It was observed a trend for RSV B infection to be milder than RSV A. Even though RSV A infected patients were more likely to require hospitalization than those infected by RSV B, including cases without underlying condition and prematurity, the disease severity could not to be attributed to the RSV subgroups. / O vírus respiratório sincicial (VRS) é referido como o principal agente viral de doença respiratória aguda (DRA) em recém nascidos e lactentes, causando principalmente bronquiolite e pneumonia. Dois subgrupos antigênicos, A e B, são conhecidos, entretanto há divergências a respeito da gravidade da doença causada por esses subgrupos. Para tentar caracterizar 128 amostras de VRS obtidas de crianças menores de cinco anos de idade com DRA, foi utilizada a transcrição reversa da reação em cadeia pela polimerase (RT-PCR). Desta maneira, foram subgrupadas 64,1% (82/128) das amostras, sendo 64 VRS A e 18 VRS B. No período de estudo o VRS A predominou sobre o B e em quatro anos observou-se a cocirculação alternada de ambos, sendo o VRS B mais detectado em dois deles. O critério de gravidade foi definido com base nas informações clínicas e nos dados demográficos obtidos das crianças infectadas. Dentre os pacientes com infecção pelo VRS A, a taxa de hospitalização foi de 53,1% (34/64) e para o VRS B de 27,8% (5/18) (p=0,067; OR=2,947; RR=1,250; IC 95%=0,940-9,235; mediana de idade: 2,1 e 3 meses, respectivamente). Das crianças infectadas pelo VRS A, 59,4% (38/64) eram <6 meses de idade, enquanto que para o VRS B esse percentual foi de 55,6% (10/18). Todavia, dentre os infectados pelo VRS B nenhum era <1 mês. Aproximadamente 35,0% (29/82) das crianças apresentaram doença de base e prematuridade. Quando se excluiu esses fatores de risco e procedeu à uma análise, observou-se uma taxa de hospitalização de 47,6% (20/42) e 18,2% (2/11), respectivamente para os casos de VRS A e B (p=0,097, OR=4,091; RR=1,281; IC 95%=0,788-21,249). Concluindo, não foi observada diferença estatística para gravidade clínica entre os subgrupos do VRS, mas apenas uma tendência de doença mais branda pelo VRS B. Embora pacientes infectados pelo VRS A tenham sido mais hospitalizados do que os infectados pelo VRS B, inclusive os casos sem doença de base e prematuridade, a gravidade da doença não pôde ser atribuída aos subgrupos do VRS. / Mestre em Imunologia e Parasitologia Aplicadas

Neste projeto caracterizamos a interação da nucleoproteína viral (N) do Vírus Respiratório Sincicial Humano (HRSV) com as proteínas PRMT5 e WDR77, que constituem o metilosomo celular. Confirmamos que essa interação ocorre através de co-imunoprecipitação em células humanas, e de interação in vitro dessas proteínas purificadas. Demonstramos a co-localização dessas proteínas na célula através de microscopias de imunofluorescência e confocal. Inibindo ou aumentando a expressão de PRMT5 não observamos impacto na replicação viral. Verificamos que ocorre metilação em N tanto em resíduos de argininas como de lisinas, com anticorpos específicos para essas modificações, e por espectrometria de massas, indicando significado funcional. Com essa evidência testamos o efeito de inibidores de metilação e demetilação, em argininas e lisinas. Obtivemos efeito inibitório significativo da replicação do HRSV com um inibidor de metilação de lisina, UNC0646, indicando que a interação N-metilossomo tem potencial como alvo terapêutico contra HRSV. / In this project we had as objective to characterize the interaction observed previously in the laboratory of viral nucleoprotein (N) with PRMT5 and WDR77 proteins that constitute the cell metilosome. We confirmed that this interaction occurs through co-imunoprecipitation in human cells and in vitro interaction of these purified proteins. We also demonstrated the co-localization of these proteins in inclusion bodies, by immunofluorescence and confocal microscopy. Inhibiting or enhancing PRMT5 expression we didnt see effect on viral replication. Our results show that methylation occurs in both arginine and lysine residues, through reactivity with antibodies specific to these modifications, and analysis by mass spectrometry. We tested the effect of arginine and lysine methylation and de-methylation inhibitors in viral replication. We obtained significant inhibitory effect on HRSV replication with a lysine methylation inhibitor, UNC0646, indicating that N-metilossome interaction has the potential to be exploited as a therapeutic target in developing antiviral drugs.