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Dynamique des forces motiles et brisure de symétrie chez la cellule migrante / Dynamics of motile forces and symmetry breaking in the migrating cell

Hennig, Katharina 17 October 2018 (has links)
La motilité cellulaire directionnelle au cours du développement de l'organisme et des tissus, l'homéostasie et la maladie nécessite une rupture de symétrie. Ce processus repose sur la capacité des cellules individuelles à établir une polarité avant-arrière, et peut se produire en l'absence de signaux externes. L'initiation de la migration a été attribuée à la polarisation spontanée des composants du cytosquelette, tandis que l'évolution spatio-temporelle des forces du cytosquelette résultant de l'interaction mécanique cellule-substrat continue n'a pas encore été résolue. Ici, nous établissons un test de migration microfabriqué unidimensionnel qui imite un environnement fibrillaire complexe in vivo tout en étant compatible avec les mesures de force à haute résolution, la microscopie quantitative et l'optogénétique. La quantification des paramètres morphométriques et mécaniques révèle un comportement de stick-slip générique initié par un détachement stochastique des contacts adhésifs d'un côté de la cellule dépendant de la contractilité, qui est suffisant pour conduire la motilité cellulaire directionnelle en absence de polarité du cytosquelette préétablie ou de gradients morphogènes. Un modèle théorique valide le rôle crucial de la dynamique d'adhésion au cours de la rupture de symétrie spontanée, en proposant que le phénomène examiné puisse émerger indépendamment d'un système auto-polarisant complexe. / Directional cell motility during organism and tissue development, homeostasis and disease requires symmetry breaking. This process relies on the ability of single cells to establish a front-rear polarity, and can occur in absence of external cues. The initiation of migration has been attributed to the spontaneous polarization of cytoskeleton components, while the spatio- temporal evolution of cytoskeletal forces arising from continuous mechanical cell-substrate interaction has yet to be resolved. Here, we establish a one- dimensional microfabricated migration assay that mimics complex in vivo fibrillar environment while being compatible with high-resolution force measurements, quantitative microscopy, and optogenetics. Quantification of morphometric and mechanical parameters reveals a generic stick-slip behavior initiated by contractility-dependent stochastic detachment of adhesive contacts at one side of the cell, which is sufficient to drive directional cell motility in absence of pre-established cytoskeleton polarity or morphogen gradients. A theoretical model validates the crucial role of adhesion dynamics during spontaneous symmetry breaking, proposing that the examined phenomenon can emerge independently of a complex self-polarizing system.
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Diversité génétique de la vigueur initiale et de la tolérance au stress hydrique chez le riz (Orysa Sativa.L) : identification de caractères morphogénétiques, métaboliques et hydrique pour les études génétiques. / Rice (Oryza sativa. L) genetic diversity for early vigor and drought tolerance at the vegetative stage : identification of morphogenetic, metabolic and hydraulic traits towards genetic studies

Rebolledo, Maria Camila 28 March 2012 (has links)
La vigueur initiale (accumulation de biomasse aérienne) est déterminante pour un rapide établissement de la culture et l'accès aux ressources, contribuant ainsi à un évitement du stress hydrique. Cette thèse vise à caractériser la diversité phénotypique chez le riz (Oriza Sativa.L) des traits constituant la vigueur initiale et sa plasticité sous stress hydrique. L'étude à démontrée que la vigueur initiale dépend de caractères relatifs aux forces de puits et à la demande en assimilats carbonés, tels que le taux de développement (DR), le tallage et la taille potentielle des feuilles. Une relation négative entre DR et la taille des feuilles a été observée et reliée à des différences d'utilisation des sucres par la plante au niveau des organes source et puits. En particulier des plantes à fort DR ont montré la tendance à stocker très peu d'amidon dans les feuilles source, inversement aux génotypes à grande feuilles. Sous stress hydrique des faibles tolérances à la sécheresse ont été liés à des réductions des activités des organes puits. Cette étude a montré l'existence d'une grande diversité génétique pour des trais liés à la tolérance au stress hydrique chez le riz. De plus des fortes réductions de croissance sous stress ont été observées pour les génotypes vigoureux. En effet de forts DR étaient aussi associés à une forte sensibilité du taux de transpiration foliaire (fermeture stomatique) et à une faible efficience d'utilisation de l'eau sous stress, de plus les génotypes à grandes feuilles ont montré un fort taux de sénescence foliaire. La diversité phénotypique observée dans le panel des riz Japonica est prometteuse pour des analyses génétiques d'association permettant l'amélioration de la tolérance au stress hydrique du riz ; cependant, les éventuelles limitations génétiques liées aux relations négatives observées entre vigueur initiale et tolérance au stress hydrique et donc, la facilité d'une co-sélection pour ces deux caractères complexes, devront être explorées. / Early vigour (ie.shoot biomass accumulation) is essential for rapid crop establishment, resource acquisition and can thus contribute to drought avoidance. This work aims at characterizing the diversity of component traits constituting early vigor and its plasticity under drought for rice (Oriza Sativa L.). This study demonstrated that sink dynamics: Developmental Rate (DR, inverse of phyllochron, in °C.d-1); tillering capacity and potential leaf size which together constitute incremental demand for assimilates are mayor drivers of early vigor. A tradeoff between DR and leaf size was explained by differences in carbon concentrations in source and sink leaves, in particular high DR genotypes stored low starch in source leaves compared to large leaf genotypes under well watered conditions. Low drought tolerance was related to a reduction in sink activity under drought. This study demonstrates that rice has a great genetic diversity in terms of drought tolerance. Under drought both high DR and large leaves vigorous genotypes had the strongest growth reduction. Indeed, DR was associated to high stomatal sensibility to drought and low WUE, while large leaves genotypes showed high leaf senescence rates. Finally, the phenotypic diversity observed within the studied japonica panel is promising for genetic association studies in order to improve rice drought resistance. The genetic limitations of the negative, phenotypic linkages observed between early vigor and drought tolerance, and thus the easiness to co-select for both traits will have to be explored.
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Modification des traits d'histoire de vie au cours de l’hybridation et analyse des mécanismes moléculaires sous- jacents chez les parasites plathelminthes du genre Schistosoma / Life history traits modification during hybridization and underlying molecular mechanisms in platyhelminthes parasites of the genus Schistosoma

Kincaid Smith, Julien 20 November 2018 (has links)
Les changements globaux ont en partie pour effet de modifier les aires de répartition géographique des espèces. Les interactions nouvelles entre espèces n’ayant jamais été en contact peuvent potentiellement mener à des cas atypiques de reproduction, notamment l’hybridation. Ce phénomène peut avoir des implications épidémiologiques fortes car il peut conduire à la genèse de pathogènes hybrides. La combinaison du matériel génétique d’espèces distinctes peut conférer de meilleures capacités à la progéniture (vigueur hybride ou hétérosis), pouvant à terme potentiellement mener à des changements adaptatifs et à l'émergence de pathogènes dans des zones non endémiques, ce qui en fait une menace émergente à l’échelle mondiale. Ce travail de thèse se focalise sur la schistosomiase, seconde maladie parasitaire humaine et sa récente émergence en Europe (Corse, France). Après l’identification et la caractérisation génomique d’un parasite hybride entre deux agents distincts de la maladie, S. haematobium chez l’homme et S. bovis chez les bovins, nous avons mené une approche intégrative afin de caractériser à plusieurs échelles les capacités invasives et la virulence de tels parasites. A partir de souches du terrain, nous avons mis en place un protocole d’évolution expérimentale visant à générer des hybrides de première et deuxième générations au laboratoire. Nous avons analysé les modifications de traits d’histoire de vie de ces parasites ainsi que les conséquences moléculaires (génomique et transcriptomique) de ce « clash génomique » et nous montrons que l’hybridation peut être une force évolutive majeure pour les parasites. / Global changes contribute in modifying species geographical distribution. New interactions between species that have never been in contact before can potentially lead to atypical cases of reproduction, including hybridization. This phenomenon can have strong epidemiological consequences as it can potentially lead to the genesis of hybrid pathogens. The combination of genetic material of distinct species can confer increased capacities to the offspring (hybrid vigor or heterosis), eventually leading to adaptive changes and the emergence of pathogens in non-endemic areas, making them an emerging global threat. This thesis work focuses on schistosomiasis, the second human parasitic disease after malaria and its recent emergence in Europe (Corsica, France). After the identification and genomic characterization of a hybrid parasite between two distinct agents of the disease, S. haematobium in humans and S. bovis in cattle, we conducted an integrative approach to characterize at several scales the invasive capacities and virulence of such parasites. Starting from the field, we set up an experimental evolution protocol aimed at generating first- and second-generation hybrids in the laboratory. We analysed life history trait modifications of these parasites as well as the molecular consequences (genomics and transcriptomics) of this "genomic clash" and we show that hybridization can be a major evolutionary force for parasites.
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Mathematical modelling and integration of complex biological data : analysis of the heterosis phenomenon in yeast / Modélisation mathématique et intégration de données biologiques complexes : analyse du phénomène d’hétérosis chez la levure

Petrizzelli, Marianyela 08 July 2019 (has links)
Le cadre général de cette thèse est la question de la relation génotype-phénotype, abordée à travers l'analyse du phénomène d'hétérosis chez la levure, dans une approche associant biologie, mathématiques et statistiques. Antérieurement à ce travail, un très gros jeu de données hétérogènes, correspondant à différents niveaux d'organisation (protéomique, caractères de fermentation et traits d'histoire de vie), avait été recueilli sur un dispositif demi-diallèle entre 11 souches appartenant à deux espèces. Ce type de données est idéalement adapté pour la modélisation multi-échelle et pour tester des modèles de prédiction de la variation de phénotypes intégrés à partir de caractères protéiques et métaboliques (flux), tout en tenant compte des structures de dépendance entre variables et entre observations. J’ai d'abord décomposé, pour chaque caractère, la variance génétique totale en variances des effets additifs, de consanguinité et d'hétérosis, et j’ai montré que la distribution de ces composantes permettait de définir des groupes bien tranchés de protéines dans lesquels se plaçaient la plupart des caractères de fermentation et de traits d'histoire de vie. Au sein de ces groupes, les corrélations entre les variances des effets d'hétérosis et de consanguinité pouvaient être positives, négatives ou nulles, ce qui a constitué la première mise en évidence expérimentale d’un découplage possible entre les deux phénomènes. Le second volet de la thèse a consisté à interfacer les données de protéomique quantitative avec un modèle stœchiométrique du métabolisme carboné central de la levure, en utilisant une approche de modélisation à base de contraintes. M'appuyant sur un algorithme récent, j’ai cherché, dans l'espace des solutions possibles, celle qui minimisait la distance entre le vecteur de flux et le vecteur des abondances observées des protéines. J’ai ainsi pu prédire un ensemble de flux et comparer les patrons de corrélations entre caractères à plusieurs niveaux d'intégration. Les données révèlent deux grandes familles de caractères de fermentation ou de traits d'histoire de vie dont l'interprétation biochimique est cohérente en termes de trade-off, et qui n'avaient pas été mises en évidence à partir des seules données de protéomique quantitative. L'ensemble de mes travaux permet de mieux comprendre l'évolution de la relation entre génotype et phénotype. / The general framework of this thesis is the issue of the genotype-phenotype relationship, through the analysis of the heterosis phenomenon in yeast, in an approach combining biology, mathematics and statistics. Prior to this work, a very large set of heterogeneous data, corresponding to different levels of organization (proteomics, fermentation and life history traits), had been collected on a semi-diallel design involving 11 strains belonging to two species. This type of data is ideally suited for multi-scale modelling and for testing models for predicting the variation of integrated phenotypes from protein and metabolic (flux) traits, taking into account dependence patterns between variables and between observations. I first decomposed, for each trait, the total genetic variance into variances of additive, inbreeding and heterosis effects, and showed that the distribution of these components made it possible to define well-defined groups of proteins in which most of the characters of fermentation and life history traits took place. Within these groups, the correlations between the variances of heterosis and inbreeding effects could be positive, negative or null, which was the first experimental demonstration of a possible decoupling between the two phenomena. The second part of the thesis consisted of interfacing quantitative proteomic data with the yeast genome-scale metabolic model using a constraint-based modelling approach. Using a recent algorithm, I looked, in the space of possible solutions, for the one that minimized the distance between the flux vector and the vector of the observed abundances of proteins. I was able to predict unobserved fluxes, and to compare correlation patterns at different integration levels. Data allowed to distinguish between two major types of fermentation or life history traits whose biochemical interpretation is consistent in terms of trade-off, and which had not been highlighted from quantitative proteomic data alone. Altogether, my thesis work allows a better understanding of the evolution of the genotype-phenotype map.
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Rôle de la nutrition azotée dans le contrôle de l’allocation de la biomasse d’une vigne greffée : validation par marquage isotopique et modélisation / Nitrogen nutrition involvement in the control of biomass allocation in grafted grapevines : validation by isotope labeling and modeling

Lecourt, Julien 09 December 2013 (has links)
Les recherches sur les interactions porte-greffe/greffon chez la vigne en relation avec l’environnement perdurent depuis plusieurs décennies, mais les mécanismes physiologiques sous-jacents de la vigueur conférée sont toujours incompris. Ce manque de connaissance constitue un frein dans le développement des porte-greffes existants pour contrôler la vigueur et la productivité, ou dans la recherche de nouveaux génotypes de porte-greffe mieux adaptés aux conditions futures de production. L’objectif de ce travail est de comprendre par une approche de biologie intégrative couplant expérimentation et modélisation comment le porte-greffe interagit spécifiquement avec son greffon (et vice versa) pour modifier dès les premières étapes du greffage, les caractéristiques physiologiques de la plante entière afin de coordonner le développement et la croissance des parties aériennes avec celle des parties racinaires. L’azote étant considéré comme un élément-clef de contrôle de la croissance et de l’allocation de la biomasse au sein d’une plante, un accent particulier est porté sur le rôle de la nutrition azotée dans le contrôle trophique de la croissance du couple porte-greffe/greffon. Un travail expérimental en serre a été mené pour caractériser par marquage isotopique les flux d’azote (15N) et de carbone à l’échelle de la plante entière au sein de deux combinaisons de porte-greffe/greffon au stade végétatif : l’une conférant une forte vigueur (CS/1103P), l’autre une faible vigueur (CS/RGM), en réponse à une variation de la disponibilité externe en nitrate. Cette étude sur le couplage entre fonctions d’acquisition et d’utilisation des ressources azotées et carbonées a été complétée par un phénotypage dynamique de la croissance aérienne, de la répartition de biomasse entre les organes et de la composition biochimique et minérale des principaux organes de la plante. Nous avons ainsi pu appréhender les signaux de communication entre la partie aérienne et la partie racinaire de la vigne greffée, ce qui a abouti à l’élaboration d’un modèle conceptuel simplifié du fonctionnement de la vigne greffée. Une première version d’un modèle mécaniste basé sur un formalisme source-puits prenant en compte l’acquisition et l’allocation de C et N au sein de deux compartiments aérien et racinaire, ainsi que leur plasticité vis-à-vis de la disponibilité exogène et endogène en ressources a été élaborée. A terme, le modèle devrait permettre d’identifier des paramètres génétiques clef au niveau racinaire explicitant les différences de croissance et vigueur conférée observées selon les combinaisons porte-greffe/greffon / Research on rootstock/scion interactions in grapevine in relation to the environment persisted for several decades, but the physiological mechanisms determining the rootstock effect on scion vigour are still misunderstood. This lack of knowledge hampers the development of existing rootstocks to control the vigor and productivity, or research new rootstock genotypes better adapted to future conditions of production. The objective of this work is to understand by an integrative biology approach coupling experimentation and modeling how the rootstock interacts specifically with the scion (and vice versa) to change in the early stages of grafting , the physiological characteristics of the whole plant to coordinate the development and growth of the aerial parts with the root parties. Nitrogen is considered a key element in the control of the growth and the biomass allocation within a plant, and a particular emphasis is placed on the role of nitrogen nutrition in the nutritional control of the grafted grapevine growth. Experimental work was conducted in a greenhouse to characterize by isotopic labeling nitrogen (15N) and carbon flow within the whole plant for two rootstock/scion combinations at vegetative stage : one giving a strong vigour (CS/1103P), the other a low vigour (CS / RGM), in response to a change in the external nitrate availability. This study on the coupling between acquisition functions and use of nitrogenous and carbonaceous resources was completed by a dynamic phenotyping aerial growth, the distribution of biomass between the organs and the biochemical and mineral composition of the principal organs of plant. We were able to understand the communication signals between the aerial part and the root part of grafted vines, which led to the development of a simplified conceptual model of the functioning of the grafted vines. A first version of a mechanistic model based on a source-sink formalism taking into account the acquisition and allocation of C and N in both aerial and root compartments and their plasticity to the availability of exogenous and endogenous resource was developed.
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La rétroactivité en droit public français / Retroactivity in french public law

Ferrari, Sébastien 10 December 2011 (has links)
Phénomène répandu, mais mal connu, la rétroactivité consiste à retraiter au présent les effets de droit produits dans le passé. Alors même qu’elle porte atteinte aux situations antérieurement constituées, la rétroactivité connaît des applications nombreuses et disparates en droit public. L’utilisation qu’en font le législateur, l’autorité administrative et le juge obéit à une logique propre à chacun d’eux. Cette disparité se traduit à la fois dans les mécanismes mis en oeuvre et dans les contraintes qui pèsent respectivement sur les acteurs de la rétroactivité. Le polymorphisme du phénomène n’empêche pas de réaliser une théorie générale de la rétroactivité. La notion de rétroactivité, ainsi que la fonction qu’elle est appelée à remplir au sein de l’ordre juridique, présentent une cohérence suffisante pour faire l’objet d’une analyse unitaire. D’abord, la rétroactivité se définit comme l’opération par laquelle l’entrée en vigueur de la norme juridique est anticipée dans le temps. L’action dans le temps des normes juridiques étant fonction de leur structure logique, cette dernière est également un élément constitutif de la notion de rétroactivité. Ensuite, la rétroactivité offre un cadre normatif au sein duquel les effets de droit produits dans le passé vont être retraités en vue d’obtenir un résultat déterminé. La rétroactivité permet à l’autorité publique de réaliser plusieurs opérations normatives sur le passé de l’ordonnancement juridique au cours d’une période déterminée, dite « période intermédiaire ». Ainsi comprise, la rétroactivité assure une triple fonction d’unification, de correction et de stabilisation des effets survenus au cours de cette période intermédiaire. / Spread phenomenon, but not well known, retroactivity consists in reprocessing at the present legal effects, which have occurred in the past. While at the same time it undermines the situations previously set up, retroactivity knows many and disparate applications in public law. The use that the legislator, the administrative authority and the judge make of it obeys a logic that is peculiar to each one of them. This disparity is conveyed both in the mechanisms implemented and the constraints weighing respectively on the actors of retroactivity. The polymorphism of the phenomenon does not prevent from carrying out a general theory of retroactivity. Concept of retroactivity, as well as the function which it carries out within the legal order, present a sufficient coherence to be the subject of a common analysis. First, retroactivity can be defined as the operation by which the entry into force of legal norms is anticipated in time. The action in time of the legal norms being related to their logical structure, the latter is also a component of the concept of retroactivity. Second, retroactivity offers a normative framework in which legal effects, which occurred in the past, will be reprocessed in order to obtain a given result. Retroactivity makes it possible for the public authority to carry out several normative operations on the past of the legal order during one determined period, called “intermediate period”. Thus understood, retroactivity ensures a triple function of unification, correction and stabilization of the legal effects which have occurred during this intermediate period.
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L'entrée en vigueur de la loi / Entry into force of Statutes

Raptopoulos, Themistoklis 06 December 2018 (has links)
L’objet de cette étude est de mettre en évidence les traits distinctifs de l’institution que désigne le terme « entrée en vigueur de la loi ». Il s’agit d’un ensemble de règles et de pratiques correspondantes qui permettent aux acteurs du système juridique de déterminer avec précision le moment à compter duquel devient obligatoire toute nouvelle loi. Pour qu’une telle détermination soit possible, le système juridique doit consacrer au moins une règle de droit commun, à savoir une règle qui permet de déterminer, à défaut de disposition contraire, la date d’entrée en vigueur de toute nouvelle loi. La consécration d’une telle règle présuppose l’existence d’un critère qui permet de déterminer avec précision le moment où la procédure d’édiction chaque nouvelle loi est achevée. En droit positif français, ce critère est la promulgation. Pour rendre compte de cette fonction de la promulgation, il importe de distinguer entre deux séries de conditions d’entrée en vigueur : les conditions particulières, dont dépend l’entrée en vigueur des lois d’après les règles du droit positif, et les conditions générales, dont la réunion est nécessaire pour qu’il soit en premier lieu possible de consacrer des règles d’entrée en vigueur. Concernant les conditions particulières, l’étude des règles de droit commun montre que, contrairement à une idée communément admise, la publication n’est pas une condition nécessaire de l’entrée en vigueur des lois. S’agissant des conditions générales, il s’avère que l’institution de l’entrée en vigueur présuppose une conception volontariste de la loi et un haut degré de formalisation de la procédure de son édiction. / This study aims at identifying the distinctive features of what is commonly referred to as “entry into force of statutes”. This term refers to a nexus of rules and practices that enable the agents of a legal system to determine in a precise manner the moment every statute becomes legally binding. For that to be possible, there must be at least one general rule that applies to any statute lacking a commencement clause. The existence of such a rule depends on the presence of a criterion that allows establishing the precise moment every bill becomes an enacted statute. In France, the relevant criterion is the formal act, known as promulgation, by which the Head of State signs a bill into law. In order to fully grasp the function thus performed by the act of promulgation, a distinction must be made between two kinds of conditions that can be said to be necessary for a statute’s entry into force. On the one hand, there are the specific conditions set out by the relevant rules of a legal system. On the other hand, there are some more fundamental conditions that a legal system must necessarily meet in order to provide for a general rule governing the entry into force of its statutes. As regards the conditions set out by the relevant rules of the French legal system, it turns out that, contrary to a commonly held idea, the rules in question do not make prior publication a necessary condition for the entry into force of statutes. As regards the aforementioned necessary conditions, it appears that the relevant rules and practices presuppose a voluntarist conception of law and, subsequently, a high level of formalism in the procedure followed for the enactment of statutes.
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Propriétés radiatives des couronnes de Noyers (Juglans nigra x J. regia) et croissance des pousses annuelles - Influence de la géométrie du feuillage, de la position des pousses et de leur climat radiatif

Parveaud, Claude-Eric 11 March 2006 (has links) (PDF)
La modélisation du développement architectural des arbres en réponse aux facteurs environnementaux est un thème de recherche en plein essor grâce au développement récent de méthodes informatiques adéquates. Cependant, l'utilisation de couronnes 3D est fortement contrainte par la difficulté à collecter les données architecturales et géométriques nécessaires à leur reconstruction. Par ailleurs, la compréhension partielle des processus fonctionnels contrôlant la croissance des pousses au sein des couronnes limite actuellement l'analyse et la modélisation des processus impliqués. La confrontation des connaissances acquises sur la variabilité architecturale et morphologique du Noyer d'une part, et celles acquises sur la physiologie de sa croissance d'autre part offre la possibilité de mieux comprendre le développement de la couronne. A partir de mesures et d'échantillonnage de la topologie et de la géométrie de Noyers hybrides âgés de 7 à 9 ans, nous avons analysé l'impact sur l'interception de la lumière de variables nécessaires à la reconstruction de plantes virtuelles mais dont la mesure nécessite un travail long et difficile qui rend indispensable l'utilisation de méthodes d'extrapolation. Puis, nous avons quantifié la part de variance des variables de croissance qui peut être attribuée à la lumière interceptée vis-à-vis d'autres facteurs tels que la position topologique. Nos résultats quantifient les biais introduit par l'utilisation de relations allométriques et de lois statistiques pour reconstruire des couronnes tridimensionnelles de différentes tailles. Nous avons montré que l'agrégation du feuillage au sein de la couronne, y compris à l'échelle des feuilles (composées de folioles), détermine fortement les propriétés radiatives des couronnes reconstruites. Grâce à une approche corrélative et statistique, un effet de la lumière interceptée par les pousses mères sur la croissance des pousses filles a été mis en évidence. Les fortes corrélations observées entre d'une part la vigueur des pousses (quantifiée par un indice) et la longueur du chemin entre le collet et les pousses et d'autre part leur croissance suggèrent un rôle de l'architecture hydraulique
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Méthode de caractérisation systémique du fonctionnement de la vigne à partir de l'évaluation des effets combinés du milieu et des pratiques culturales pour prévoir les types de vins

Coulon, Cécile 11 May 2012 (has links) (PDF)
Les viticulteurs doivent adapter leurs pratiques culturales en prenant en compte l'évolution du contexte réglementaire et climatique. La modélisation du système de production viticole peut les y aider. Elle permet la construction d'outils d'aide à la décision pour les viticulteurs et les techniciens de la filière viti-vinicole. Pour les chercheurs et ingénieurs, elle sert aussi de support pour tester des scénarios prospectifs dans le cadre de ce contexte changeant. Dans une approche systémique, la modélisation doit intégrer les facteurs du milieu, les facteurs humains et la qualité des produits, ce qui constitue un enjeu important. Pour répondre à ce dernier, cette thèse a pour objectif de proposer une démarche méthodologique et de la tester. Nous avons élaboré le concept 'd'itinéraire de fonctionnement' qui permet de modéliser le fonctionnement de la vigne dans son milieu, en fonction des effets combinés du sol, du sous-sol, de l'environnement paysager et des pratiques culturales. Ces variables étant de nature différente, et présentant une certaine part d'incertitude, nous avons choisi des méthodes mathématiques appropriées pour les agréger. Ces agrégations se basent sur de la connaissance experte et de l'extraction de connaissance venant des bases de données. Après une caractérisation, les itinéraires de fonctionnement ont été mis en relation avec les types de produit raisin/vin identifiés par des viticulteurs et techniciens. La modélisation et l'application du concept d'itinéraire de fonctionnement s'appuient sur des données recueillies sur des parcelles du vignoble. L'application du concept d'itinéraire de fonctionnement de la vigne, sur des parcelles d'étude, a permis de montrer qu'il était possible de caractériser, de manière simple et opérationnelle, le fonctionnement de la vigne dans son ensemble et de le relier à des types de produit raisin/vin. Les résultats valident une application en deux étapes : dans un premier temps, la caractérisation de variables évaluant le niveau de développement végétatif et la précocité des parcelles, et dans un second temps, l'évaluation de l'impact des conditions d'alimentation hydrique. Les variables de fonctionnement de la vigne peuvent être prédites. Les conditions d'alimentation hydrique le sont en fonction de modèles existants. La méthode proposée pour évaluer la vigueur de la vigne a mis en évidence la présence d'interactions entre les facteurs du milieu et les pratiques culturales. Nos résultats montrent, que lorsque l'ensemble des facteurs sont pris en compte, un modèle basé uniquement sur une connaissance experte et des relations directes issues de la bibliographie ne peut pas être performant pour prédire les variables de fonctionnement. La méthode de modélisation que nous proposons intègre, en plus, l'effet des interactions entre les variables Les résultats de cette étude permettront aux viticulteurs de choisir les pratiques culturales les mieux adaptées aux facteurs du milieu et au type de vin souhaité. Cette méthode est applicable aussi bien pour les zones d'appellation que pour les zones de production de vins génériques.
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Facteurs de risque de la mortalité des agneaux D'man élevés dans les oasis tunisiennes : relations avec les aptitudes maternelles et la vigueur du nouveau-né / The risks factors of mortality of D'man lambs elevated in Tunisian oases : relationships with maternal aptitudes and newborn vigor

Chniter, Mohamed 27 September 2013 (has links)
Les ovins D’man sont élevés dans les oasis tunisiennes selon un rythme accéléré permettant d’avoir trois agnelages en deux ans. En plus des effets directs du mode d’élevage et d’environnement exercés sur les brebis D’man, la prolificité élevée pose question quant à la survie, la croissance et le bien-être des agneaux. L’objectif de ce travail est de déterminer les facteurs de risque qui affectent la survie et la croissance chez les agneaux D’man élevés dans les oasis de Gabès. Dans une première étape, le travail a traité les facteurs de risque d’ordre zootechnique et environnemental sur la base des données concernant 1189 agneaux élevés à la ferme de l’OEP de Gabès. En moyenne, un taux de mortalité égal à 13,4% a été observé de la naissance au sevrage dont 41% pendant les 10 premiers jours de vie, 29% entre 10 et 30 jours et 30% entre 30 et 70 jours. Le taux de mortalité est plus élevé chez les agneaux nés en hiver (23,5%) par comparaison au printemps (12,3%), l’automne (10,2%) et l’été (9,5%). A cause de leur poids léger, les agneaux issus des portées multiples (triples et quadruples) ont un taux de mortalité plus élevé (52,2%) comparés à ceux issus des portées simples et doubles ayant un poids de naissance medium (24,4%) ou lourd (1,8%). Les agneaux nés en printemps sont plus lourds à la naissance, à 30 et 70 jours et par conséquent ont des vitesses de croissance plus importantes par comparaison aux agneaux nés en hiver, en automne et en été. Le poids à la naissance et les vitesses de croissance sont également influencés par la taille de portée et l’âge de la brebis. Le faible poids à la naissance (≤ 1,5 kg), les portées multiples (quadruples et quintuples) et les agnelages d’hiver sont les principaux facteurs de risque pour la survie et la croissance des agneaux D’man. / D’man ewes are reared in Tunisian oases under an accelerated management system allowing breeders to have three lambing periods every two years. High prolificacy may accentuate the detrimental effects of an accelerated lambing system through problems which affect growth, welfare and survival. Therefore, the aim of the present study was to determine the risk factors of lamb mortality in this prolific breed maintained under intensive management in Tunisian oases. In a first step, growth and mortality rates are reported using records of 1189 lambs collected between 2004 and 2009 from an accelerated lambing system to determine risk factors according to characteristics of the animals and the environment. Results showed that overall mortality from birth to 70 days of age was 13.4%. Of all the total losses, 41% of the lambs died within 10 days of birth, 29% died between 10 and 30 days of age and 30% between 30 and 70 days. Mortality rate was significantly higher in winter (23.5%) than in spring (12.3%), autumn (10.2%) and summer (9.5%). Lambs in the low-weight category died more frequently (52.2%) than lambs from medium-weight (24.4%) to high-weight (1.8%) categories. Lambs born in spring were consistently the heaviest at birth, at 30 and 70 days of age with the greatest average daily gains compared to those born in winter, autumn and summer. Birth weights were affected by litter size and ewe age, and lambs from older ewes (2-10 years) grew faster than lambs born from young ewes (1 year). The principal risk factors identified were season (winter), birth type (multiple) and weight class (≤ 1.5 kg).

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