La quantification de l’utilisation des antimicrobiens (UAM) est un élément clé des programmes de surveillance de la résistance aux antimicrobiens. Cette thèse a pour objectif général d’évaluer plusieurs méthodes de quantification de l’UAM dans les fermes laitières québécoises. Plus précisément, elle vise à définir un indicateur adapté au contexte canadien pour rapporter l’UAM chez les bovins, à déterminer le taux d’UAM annuel moyen dans les fermes laitières québécoises et à comparer différentes méthodes de quantification afin d’identifier une méthode potentielle de surveillance de l’UAM dans les fermes laitières québécoises. Une étude observationnelle de cohorte a été menée à partir du recrutement de 101 producteurs laitiers du Québec. Un inventaire des antimicrobiens utilisés a été réalisé pendant un an pour chaque ferme à partir de la collecte (1) des emballages de médicaments utilisés pour traiter les bovins et (2) des factures de meunerie détaillant les quantités d’aliments médicamenteux livrées. Le taux d’UAM a été estimé en nombre de doses définies par 100 vache-années. Les doses définies n’existaient pas pour les bovins au Canada et ont été développées : dose journalière (DDDbovCA) et dose pour un traitement complet (DCDbovCA). Étant donnée l’utilisation de formulations à action prolongée en production laitière (comme les intra-mammaires au tarissement), l’unité DCDbovCA a été privilégiée pour les analyses. Un taux moyen de 537 DCDbovCA/100 vache-années a été observé, soit 537 traitements antibiotiques administrés annuellement dans un troupeau standard de 100 vaches laitières. La voie d’administration intra-mammaire était la plus utilisée. Les antimicrobiens d’importance critique les plus prioritaires en médecine humaine représentaient 17,5% de l’utilisation totale. Une faible proportion de fermes utilisait des antimicrobiens médicalement importants dans l’alimentation des animaux. L’incidence des maladies n’expliquait que partiellement la variance de l’utilisation totale. D’autres facteurs restent à déterminer pour expliquer les pratiques d’UAM dans les fermes laitières québécoises. Les données issues de plusieurs méthodes de quantification ont été comparées aux données de l’étude observationnelle. Pour les médicaments vétérinaires d’une part, le taux d’UAM estimé à partir des factures vétérinaires décrivait de façon presque parfaite le taux d’UAM réel (coefficient de corrélation de concordance, CCC = 0,83) alors que les méthodes utilisant les données du programme gouvernemental « Amélioration de la santé animale au Québec » ou des registres de traitements complétés à la ferme performaient moins bien. Pour les aliments médicamenteux d’autre part, le taux d’UAM estimé à partir des prescriptions vétérinaires pour aliments médicamenteux ou à partir des informations obtenues lors d’une entrevue individuelle avec le producteur corrélait bien le taux d’UAM réel (CCC = 0,66 et 0,73 respectivement). Le projet a permis de quantifier l’UAM annuelle dans les fermes laitières québécoises (par catégorie d’antimicrobiens et voie d’administration) en utilisant un nouvel indicateur de mesure (DCDbovCA). De plus, ce projet démontre la validité des données issues des factures et prescriptions vétérinaires pour quantifier l’UAM dans les troupeaux laitiers québécois. Le logiciel de facturation utilisé par la majorité des médecins vétérinaires praticiens du Québec pourrait servir au développement d’un système provincial de surveillance et de benchmarking de l’UAM. / Quantification of antimicrobial usage (AMU) is a key component of surveillance programs on antimicrobial resistance. The general objective of this thesis was to assess different quantification methods of the AMU in Québec dairy farms. More specifically, the project was designed to define a metric adapted to the Canadian context for AMU reports in cattle, to determine the mean annual AMU rate in Québec dairy herds, and to compare several quantification methods in order to identify a potential method suitable for AMU surveillance in Québec dairy farms. An observational cohort study was conducted from the recruitment of 101 Québec dairy producers. Antimicrobials used to treat dairy cattle were quantified over one year using a garbage can audit involving the collect of (1) veterinary drugs into a receptacle and (2) medicated feed delivered on the farm from feed mills invoices. The AMU rate was estimated in number of defined doses per 100 cow-years. Defined doses were not available in Canada for cattle and were assigned as part of the project: daily doses (DDDbovCA) and course doses (DCDbovCA). Due to usage of long-acting products in dairy cattle (such as intramammary formulations for dry cows), the DCDbovCA unit was preferred for analyses. Overall, an estimated mean of 537 DCDbovCA/100 cow-years was observed, meaning that an average of 537 antimicrobial treatments were administered annually in a standard 100-cow herd. The intramammary route during lactation was the most frequently observed. Highest priority critically important antimicrobials accounted for 17.5% of the total usage. A low proportion of farms used medically important antimicrobials in animal feed. Incidence of diseases explained only partially the variance in total AMU rate. Other factors have to be determined to explain the AMU in Québec dairy farms. Data from several quantification methods were compared to the observational study data. First, for veterinary drugs, the AMU rate estimated from veterinary sales described almost perfectly the actual AMU rate (concordance correlation coefficient, CCC = 0.83), whereas other methods using data from the governmental program “Amélioration de la santé animale au Québec” or from treatment records completed on the farm were not as reliable. Second, for medicated feed, the AMU rate estimated from veterinary prescriptions for medicated feed or from information obtained by individual interviews with producers were well correlated with the actual AMU rate (CCC = 0.66 and 0.73, respectively). Quantification of AMU was successfully performed by antimicrobial category and by route of administration in Québec dairy farms over one year using a newly defined unit of measure (DCDbovCA). This project demonstrates the validity of the data extracted from veterinary invoices and prescriptions to quantify the AMU in Québec dairy herds. The billing software used by most of Québec veterinary practitioners could be used to develop a monitoring and benchmarking system of the AMU at the provincial level.

In a well-functioning medicine supply chain management system, procurement forms an integral part that needs to be closely monitored and integrated with other functions. Good procurement practices in the public health sector ensure that good quality efficacious medicines are distributed in the country in the right quantities and at reasonable costs. Pharmaceutical procurement is a major determinant of drug availability and total health costs. It is indicated that medicine expenditure represents the single largest expenditure after salaries and accounts for approximately 20 to 40% of the total healthcare budget, and up to 90% of household budgets in the Sub-Saharan region (MSH, 2012:1). Moreover, effective and efficient public sector procurement systems are essential for the achievement of millennium development goals and the promotion of sustainable development (WHO, 2011:2). The general aim of the study was to evaluate the current status of procurement and supply chain management systems in the public healthcare hospitals in Lesotho. The study set out to understand the policies, guidelines and practices governing medicine procurement in the public hospitals in Lesotho, and also to outline the impact of procurement activities on the overall operation and effectiveness of the healthcare services. A descriptive, cross-sectional study was conducted, focusing on all levels of medicine procurement and supply management systems in all public hospitals in Lesotho. The study period stretched over nine months, from January 2014 to September 2014. The study population was inclusive of 17 public healthcare hospitals in the country and the central medical store (CMS). The findings revealed that all hospitals studied (n=17) perform the functions of selection, procurement, quantification, ordering, inventory management, distribution as well as utilisation. Although an essential medicine list (EML) and standard treatment guidelines (STGs) are available for use, public hospitals do not adhere to the use of EML and STGs for medicine procurement (n=17). Therefore, procurement is not limited to medicines on the EML, it is based on the intensity of healthcare services provided, and public hospitals often request medicines that do not occur on the EML, but are necessary to address the different diseases and public health priorities in respective facilities. According to the Ministry of Health, all public facilities are mandated to procure medicines from the CMS. Public hospitals use their allocated funds for medicine to buy from the CMS, which will, in turn, procure medicines on behalf of the government and distribute to the hospitals as per request, since procurement is pooled at a central level (MOH, 2011:62). However, it was observed that only government facilities (n=11) procure medicines from the CMS only. Facilities that are owned by the Christian health association of Lesotho (CHAL) procure medicines from other places concurrently (n=6). Moreover, CHAL hospitals (n=6) indicated that they are not fully mandated to procure medicines only from the CMS; they can also procure from other agencies based on stock-outs at the CMS, price differences and urgency of obtaining the medicines required. Therefore, procurement practices at government and CHAL hospitals are not similar. The total expenditure on medicines for government hospitals was 7 088 754.50 Maloti and 121 338 713.05 Maloti in the years 2010/2011 and 2011/2012, respectively. The total expenditure for CHAL hospitals was 2 520 590 Maloti and 3 577 360 Maloti in 2010/2011 and 2011/2012, respectively. According to the findings, variance of budget and expenditure for government hospitals were 15 623 446.50 Maloti in 2010/2011 and 9 490 341.22 Maloti in 2011/2012. Variance of the budget and expenditure for CHAL Hospitals were 912 570 million Maloti in 2010/2011 and 922 640 million Maloti in 2011/2012. Most hospitals showed a variance of above 50% in 2010/2011. However, in 2011/2012, a shift pattern was observed indicating an improvement in the utilisation of funds allocated. This shift pattern may indicate a possible improvement in procurement practices, including the quantification and budgeting and commitment to procurement plans. Pharmaceutical management systems require sound policies and a legal framework that will provide a solid foundation for the systems. It is equally important that these policies and regulations are periodically updated to ensure that they address the current health situation in the country and are in line with international standards (MSH, 2012:4). However, some documents are very outdated, and therefore they do not reflect the current health situation in the country as well as procurement trends internationally, and these include national medicine policy, EML and STGs. In conclusion, the medicine procurement system in public hospitals should be strengthened and should incorporate continuous supportive supervision in order to facilitate and encourage adherence to good procurement practices, and therefore the constant availability of good quality, cost-effective essential medicines in the country. / MPharm (Pharmacy Practice), North-West University, Potchefstroom Campus, 2015

In a well-functioning medicine supply chain management system, procurement forms an integral part that needs to be closely monitored and integrated with other functions. Good procurement practices in the public health sector ensure that good quality efficacious medicines are distributed in the country in the right quantities and at reasonable costs. Pharmaceutical procurement is a major determinant of drug availability and total health costs. It is indicated that medicine expenditure represents the single largest expenditure after salaries and accounts for approximately 20 to 40% of the total healthcare budget, and up to 90% of household budgets in the Sub-Saharan region (MSH, 2012:1). Moreover, effective and efficient public sector procurement systems are essential for the achievement of millennium development goals and the promotion of sustainable development (WHO, 2011:2). The general aim of the study was to evaluate the current status of procurement and supply chain management systems in the public healthcare hospitals in Lesotho. The study set out to understand the policies, guidelines and practices governing medicine procurement in the public hospitals in Lesotho, and also to outline the impact of procurement activities on the overall operation and effectiveness of the healthcare services. A descriptive, cross-sectional study was conducted, focusing on all levels of medicine procurement and supply management systems in all public hospitals in Lesotho. The study period stretched over nine months, from January 2014 to September 2014. The study population was inclusive of 17 public healthcare hospitals in the country and the central medical store (CMS). The findings revealed that all hospitals studied (n=17) perform the functions of selection, procurement, quantification, ordering, inventory management, distribution as well as utilisation. Although an essential medicine list (EML) and standard treatment guidelines (STGs) are available for use, public hospitals do not adhere to the use of EML and STGs for medicine procurement (n=17). Therefore, procurement is not limited to medicines on the EML, it is based on the intensity of healthcare services provided, and public hospitals often request medicines that do not occur on the EML, but are necessary to address the different diseases and public health priorities in respective facilities. According to the Ministry of Health, all public facilities are mandated to procure medicines from the CMS. Public hospitals use their allocated funds for medicine to buy from the CMS, which will, in turn, procure medicines on behalf of the government and distribute to the hospitals as per request, since procurement is pooled at a central level (MOH, 2011:62). However, it was observed that only government facilities (n=11) procure medicines from the CMS only. Facilities that are owned by the Christian health association of Lesotho (CHAL) procure medicines from other places concurrently (n=6). Moreover, CHAL hospitals (n=6) indicated that they are not fully mandated to procure medicines only from the CMS; they can also procure from other agencies based on stock-outs at the CMS, price differences and urgency of obtaining the medicines required. Therefore, procurement practices at government and CHAL hospitals are not similar. The total expenditure on medicines for government hospitals was 7 088 754.50 Maloti and 121 338 713.05 Maloti in the years 2010/2011 and 2011/2012, respectively. The total expenditure for CHAL hospitals was 2 520 590 Maloti and 3 577 360 Maloti in 2010/2011 and 2011/2012, respectively. According to the findings, variance of budget and expenditure for government hospitals were 15 623 446.50 Maloti in 2010/2011 and 9 490 341.22 Maloti in 2011/2012. Variance of the budget and expenditure for CHAL Hospitals were 912 570 million Maloti in 2010/2011 and 922 640 million Maloti in 2011/2012. Most hospitals showed a variance of above 50% in 2010/2011. However, in 2011/2012, a shift pattern was observed indicating an improvement in the utilisation of funds allocated. This shift pattern may indicate a possible improvement in procurement practices, including the quantification and budgeting and commitment to procurement plans. Pharmaceutical management systems require sound policies and a legal framework that will provide a solid foundation for the systems. It is equally important that these policies and regulations are periodically updated to ensure that they address the current health situation in the country and are in line with international standards (MSH, 2012:4). However, some documents are very outdated, and therefore they do not reflect the current health situation in the country as well as procurement trends internationally, and these include national medicine policy, EML and STGs. In conclusion, the medicine procurement system in public hospitals should be strengthened and should incorporate continuous supportive supervision in order to facilitate and encourage adherence to good procurement practices, and therefore the constant availability of good quality, cost-effective essential medicines in the country. / MPharm (Pharmacy Practice), North-West University, Potchefstroom Campus, 2015

Ce mémoire propose un algorithme de compression sans perte des indices binaires d'un quantificateur algébrique encastré utilisé par le codec AMR-WB+ pour encoder certaines des trames d'un signal audio. Une étude détaillée des statistiques a été menée dans le but de développer un algorithme efficace de compression et réduire par conséquent la longueur moyenne du code binaire utilisé par le codec AMR-WB+. En se basant sur cette étude des statistiques, deux techniques ont été combinées : l'encodage par plage et l'encodage par contexte qui se sont montrés très efficaces pour estimer les probabilités des différents indices. En utilisant l'encodage arithmétique en version entière pour générer le code binaire, l'algorithme proposé permet de réduire sans perte jusqu'à 10% de la longueur du code utilisé par le AMR-WB+ tout en respectant la contrainte d'une application temps réel destinée à des terminaux GSM.

This thesis is concerned with the debate between absolutists and relativists about generality. Absolutists about quantification contend that we can quantify over absolutely everything; relativists deny this. The introduction motivates and elucidates the dispute. More familiar, restrictionist versions of relativism, according to which the range of quantifiers is always subject to restriction, are distinguished from the view defended in this thesis, an expansionist version of relativism, according to which the range of quantifiers is always open to expansion. The remainder of the thesis is split into three parts. Part I focuses on generality. Chapter 2 is concerned with the semantics of quantifiers. Unlike the restrictionist, the expansionist need not disagree with the absolutist about the semantics of quantifier domain restriction. It is argued that the threat of a certain form of semantic pessimism, used as an objection against restrictionism, also arises, in some cases, for absolutism, but is avoided by expansionism. Chapter 3 is primarily engaged in a defensive project, responding to a number of objections in the literature: the objection that the relativist is unable to coherently state her view, the objection that absolute generality is needed in logic and philosophy, and the objection that relativism is unable to accommodate ‘kind generalisations’. To meet these objections, suitable schematic and modal resources are introduced and relativism is given a precise formulation. Part II concerns issues in the philosophy of mathematics pertinent to the absolutism/relativism debate. Chapter 4 draws on the modal and schematic resources introduced in the previous chapter to regiment and generalise the key argument for relativism based on the set-theoretic paradoxes. Chapter 5 argues that relativism permits a natural motivation for Zermelo-Fraenkel set theory. A new, bi-modal axiomatisation of the iterative conception of set is presented. It is argued that such a theory improves on both its non-modal and modal rivals. Part III aims to meet a thus far unfulfilled explanatory burden facing expansionist relativism. The final chapter draws on principles from metasemantics to offer a positive account of how universes of discourse may be expanded, and assesses the prospects for a novel argument for relativism on this basis.

In this thesis we consider two great challenges in computer simulations of partial differential equations: multiscale data, varying over multiple scales in space and time, and data uncertainty, due to lack of or inexact measurements. We develop a multiscale method based on a coarse scale correction, using localized fine scale computations. We prove that the error in the solution produced by the multiscale method decays independently of the fine scale variation in the data or the computational domain. We consider the following aspects of multiscale methods: continuous and discontinuous underlying numerical methods, adaptivity, convection-diffusion problems, Petrov-Galerkin formulation, and complex geometries. For uncertainty quantification problems we consider the estimation of p-quantiles and failure probability. We use spatial a posteriori error estimates to develop and improve variance reduction techniques for Monte Carlo methods. We improve standard Monte Carlo methods for computing p-quantiles and multilevel Monte Carlo methods for computing failure probability.

Nous avons mis au point un système expérimental modèle d'adhésion spécifique entre deux surfaces fluides sur lesquelles diffusent des protéines de type ligand-récepteur. Nous avons notamment voulu relier la mesure d'une énergie d'adhésion macroscopique à son moteur microscopique, la formation de liens spécifiques. Pour mesurer une énergie macroscopique d'adhésion, nous avons utilisé des gouttelettes d'émulsion. Lorsqu'elles adhèrent, les gouttelettes se déforment. Le gain de surface permet d'accéder à l'énergie d'adhésion. Comme moteur de l'adhésion spécifique, nous avons utilisé le couple modèle streptavidine/biotine. Les gouttelettes d'émulsion sont fonctionnalisées avec ces protéines ligantes. Amenées par gravité en présence de bicouches lipidiques supportées fluides dont une fraction des lipides porte les protéines réceptrices, les gouttelettes adhèrent spécifiquement aux bicouches lipidiques. Nous avons mené une étude statique de cette adhésion. Grâce à différentes techniques de fluorescence (épifluorescence, FCS (Fluorescence Correlation Spectroscopy), dosages en retour) nous avons quantifié le nombre de protéines mises en jeu dans nos patches adhésifs afin de le comparer à l'énergie de déformation de la goutte. Nous avons pu observer que l'énergie d'adhésion est proportionnelle à l'énergie d'un lien. Par ailleurs, des mesures en RICM (Reflection Iterference Contrast Microscopy) nous ont permis d'étudier la dynamique de croissance du patch adhésif. Nous avons pu mettre en évidence une croissance diffusive et quasistatique de la zone de contact. En jouant sur les quantités de protéines mises en jeu ainsi que sur leur nature (longueur des liens), nous avons exploré les différentes situations statiques et dynamiques de l'adhésion dans notre système modèle. Nous avons notamment mis en évidence les effets de compressibilité des films adhésifs qui apportent de nouvelles clés pour envisager l'adhésion cellulaire.

Les salmonelles sont l'une des causes les plus importantes de maladie transmise par les produits laitiers crus. L'appréciation du risque associé à la consommation de ces produits est nécessaire et la méthode la plus appropriée pour réaliser ce but est l'utilisation du processus d'analyse de risque qui associe les microbes pathogènes dans l'aliment au problème de santé publique. Le but principal de cette thèse est donc d'évaluer quantitativement le risque de salmonellose humaine lié à la consommation de Camembert fromage au lait cru. Les lacunes qui sont en général identifiées pour l'appréciation des risques sont le manque de données quantitatives sur les microbes pathogènes contaminant les aliments. Donc, comme premier objectif de cette thèse, nous avons developeé une méthode rapide, sensible et fiable pour la quantification des salmonelles dans le lait artificiellement contaminé. La méthode a combiné les principes de la méthode du nombre-le plus-probable (NPP) avec une analyse PCR en temps réel. Avec cette analyse (NPP-PCR en temps réel) fiable niveau de la contamination (1- 5 ufc/mL) du lait peut être énuméré après 8 h d'enrichissement non-sélectif dans l'eau peptone tamponée. Toutes les valeurs de nombre le plus probable ont bien correspondu au niveau estimé de contamination des salmonelles inoculées dans des échantillons de lait. Afin d'évaluer l'utilité de cette analyse de quantification, nous l'avons appliquée aux échantillons naturellement contaminés de lait de tank d'exploitations laitières situées dans l'Ouest de la France. Huit (2,68%) des 299 échantillons de lait de tank étaient trouvés positifs, avec des comptes estimés de nombre plus probable s'étendant de 3,7 à 79,2 /mL de lait. En dépit des problèmes d'inhibition observés avec quelques échantillons de lait, l'application de l'analyse par PCR en temps réel pour mesurer des salmonelles dans le lait cru s'est avérée être rapide, facile à exécuter et extrêmement sensible. Dans l'appréciation des risques potentiels liés aux salmonelles dans le lait cru et les produits à base de lait cru il était nécessaire d'examiner la vii capacité des salmonelles à se développer dans le lait. Par conséquent, nous présentons dans cette thèse des modèles primaires et secondaires décrivant mathématiquement la croissance des salmonelles (S. Typhimurium et S. Montevideo) dans le lait à température constante pendant différentes périodes d'incubation. Le modèle logistique avec délai a été employé pour décrire la croissance des salmonelles en fonction du temps. Les taux de croissance spécifiques de S. Typhimurium et de S. Montevideo différent selon le sérotype et la température. Les taux de croissance maximum ont été alors modélisés en fonction de la température en utilisant le modèle cardinal secondaire de Rosso. Les valeurs cardinales obtenues avec S. Typhimurium et S. Montevideo étaient: Tmin 3,02, 3,40 ; Topt 38,44, 38,55 et Tmax 44,51, 46,97°C, respectivement. À la température optimum de croissance (Topt) les taux de croissance maximum étaient 1,36 et 1,39 log10 ufc/h-1 pour S. Typhimurium et S. Montevideo respectivement. Les modèles primaires et secondaires ont permis de bons ajustements aux données de croissance avec un pseudo R2 = 0.97-0.99. Un modèle d'appréciation du risque de salmonellose humaine liée à la consommation de Camembert au lait cru est présentée qui est basée sur les résultats des objectifs précédemment mentionnés dans cette thèse. Différentes distributions ont été posées en hypothèse pour des paramètres du modèle et une simulation de Monte Carlo a été employée pour modeler le processus et pour mesurer le risque lié à la consommation de la portion de 25 g du fromage. Le 99th percentile du nombre de cellules de salmonelles dans les portions de 25 g de fromage était 5 cellules à l'heure de la consommation, correspondant à 0,2 cellule des salmonelles par gramme. Le risque de salmonellose par portion de 25 g est compris entre 0 et 1,2 × 10-7 avec une médiane de 7,4 × 10-8. Pour 100 millions de portions de 25g, le nombre de cas de salmonellose prévue par le modèle est en moyenne de 7,4. Quand la prévalence est réduite dans le modèle d'un facteur de 10, le nombre de cas par 100 millions de portions est réduit à moins de 1 cas. En dépit des limites et des données manquantes, nous avons démontré l'avantage de l'appréciation du viii risque non seulement comme outil d'évaluation de risque mais également comme dispositif d'aide à la prise de décision et à la gestion des risques.

L'objectif de cette recherche est de définir les significations du N (nom) fois au travers des principales constructions qui l'utilisent en français contemporain, et d‟expliquer la formation des expressions dérivées autrefois, des fois (que), parfois, quelquefois, toutefois, une fois (que). Examiné sous l'angle du lexique, le mot fois est un substantif féminin, qui, précédé d'un déterminant, se constitue en groupe nominal (GN). Le N fois dénote un comptage d'occurrences, c'est-à-dire d'unités de discours, qui sont le plus souvent des processus verbaux ou des prédicats. Il s'agit donc d‟unités linguistiques ce qui explique que fois apparaît dans des contextes divers. Nous avons classé les principales constructions en fonction des déterminants relevés dans le GN fois. D'une part, les GN composés des adjectifs cardinaux ou quantificateurs + fois permettent de compter des occurrences du langage et ont une fonction adverbiale de quantification ; si les occurrences comptées sont des processus verbaux, ils portent en sus une notion temporelle à valeur itérative ou fréquentielle. Avec les autres déterminants (article défini et indéfini, adjectif démonstratif, quantificateurs universels tous les et chaque), fois est un nom temporel qui tend à se standardiser. Les expressions dérivées évoluent sémantiquement et produisent une forme adverbiale préalable à d'autres transformations. Nous pouvons ainsi identifier le groupe des adverbiaux de quantification, le plus ancien, qui a facilité l'apparition des expressions dérivées, et un groupe plus récent où fois apparaît comme un nom temporel au même titre que jour, instant ou moment.

Histone post-translational modifications (PTMs), as the histone code assumes, are related with regulation of gene transcription, an important mechanism of cells in the differentiation process. Many PTMs are simultaneously present in histone proteins, and changes in the PTM stoichiometric ratios can have several effects, like changes in the chromatin structure leading to a transcriptionally active or repressive state. Significant progresses were made to map variations of histone PTMs by mass spectrometry (MS), and although many protocols were developed there are still some drawbacks. Incomplete and side reactions were identified, which can directly affect the quantification of histone PTMs, because both (incomplete and side reactions) can be misinterpreted as endogenous histone post translational modifications. Therefore, a protocol for derivatization of histones with no noticeable undesired reactions (<10%) was required. In this thesis a new chemical modification methodology is presented, which allows the improvement of sequence coverage by acylation with propionic anhydride of lysine residues and N-terminal (free ε- and α- amino groups) and trypsin digestion. more than 95% of complete reaction was achieved with the new derivatization methodology. This strategy (chemical derivatization of histones), in combination with bottom-up MS approach, allows the quantification of lysine methylation (Kme) and acetylation (Kac) in histones from Saccharomyces cerevisiae (S.cerevisiae), mouse embryonic stem cells (mESCs) and human cell lines. The results showed histone H3 PTM pattern as the most variable profile regarding histone Kme and Kac across the three different organisms and experimental conditions. Therefore, it was concluded that quantification of H3 PTM pattern can be used to examine changes in chromatin states when cells are subjected to any kind of perturbation.