Un premier pan de ma thèse concerne deux différents mécanismes de sauvetage du Y par le X. Premièrement, j'ai participé à une controverse sur la compensation de dosage chez les mammifères. Une hypothèse avait été proposée dans les années 60 par Susumo Ohno, proposant un mécanisme de compensation en deux temps. Chez les mâles, la perte de nombreux gènes sur le Y entraîne un déséquilibre de dosage car ces gènes qui étaient précédemment présents en deux copies sont devenus unicopie, soit une division d'expression par deux. Selon l'hypothèse d'Ohno, chez les mammifères en réponse à cela le X aurait doublé son expression, mais dans les deux sexes menant ainsi à une expression trop élevée chez les femelles. Ce deuxième problème de dosage aurait alors été résolu par la mise en place d'une inactivation aléatoire de l'un des deux X chez les femelles. Tandis que la deuxième partie de l'hypothèse d'Ohno, l'inactivation du X, a été très étudiée, la première partie est restée spéculative jusqu'aux années 2000. En étudiant des données d'expression du X humain j'ai pu montrer, de manière concomitante avec d'autres auteurs, que la première partie de l'hypothèse d'Ohno n'est pas totalement vraie car seule une partie des gènes sont sur-exprimés. J'ai ensuite participé à l'écriture d'une revue visant à donner une explication alternative à la compensation de dosage pour l'évolution de l'inactivation du X chez les femelles mammifères. Deuxièmement, j'ai étudié la présence de conversion génique X-Y dans plusieurs gènes, au sein de nombreuses espèces de primates. Mes travaux me mènent à discuter le fait que ce type d'évènement soit effectivement favorisé par la sélection. Je pose l'hypothèse que ces conversions géniques ont été maintenues de manière neutre. Ces deux travaux ne vont pas dans le sens d'un chromosome X sauvant le Y avec beaucoup de zèle. Dans un dernier temps, m'éloignant des espèces modèles, j'ai étudié les chromosomes sexuels particuliers d'une algue brune : Ectocarpus siliculosus. Cela m'a permis de vérifier si le scénario évolutif actuel des chromosomes sexuels est toujours valide dans un groupe d'eucaryotes séparé des animaux depuis plus d'un milliard d'années / The first part of my thesis concerns two different mechanisms of the Y being rescued by the X. Firstly, I contributed to a controversy on mammalian dosage compensation. During the 60s Susumo Ohno hypothesized a two-step dosage compensation mechanism. In males, the high loss of Y-linked genes led to a dosage imbalance: these genes were previously present in two allelic copies and became unicopy, meaning that their expression has been halved. According to Ohno’s hypothesis, in response to this imbalance the mammalian X would have doubled its expression in the two sexes, resulting in a to high expression in females. This second dosage imbalance would have been resolved by the random inactivation of one of the two Xs in females. Whereas the second part of Ohno’s hypothesis, the X-chromosome inactivation, has been well studied, the first part remained speculative until the 2000s. I studied human X-linked expression data and was able to show, concomitantly with other authors, that the first part of Ohno’s hypothesis is not totally true as only some of the X-linked genes are hyperexpressed. I later participated in the writing of a review aiming to give an alternative hypothesis for the evolution of X-chromosome inactivation in mammalian females than dosage compensation. Secondly, I studied signatures of X-Y gene conversion in several genes within numerous primate species. Myresults led me to discuss if these events were indeed selected for. I hypothesize that these gene conversion events occurred in a neutral manner. These two different studies suggest that the X chromosome may not be as much a help for the Y as has been suggested. Lastly, moving away from model species, I studied the peculiar sex chromosomes of a brown alga: Ectocarpus siliculosus. This work allowed me to test if the current hypotheses on sex chromosome evolution still hold in a eukaryotic group that diverged from animals more than one billion years ago

Yarrowia lipolytica appartient à un groupe de levures qui a divergé très tôt dans l'arbre des hémiascomycètes. Cette levure est capable d'utiliser, comme seule source de carbone, des substrats hydrophobes très variés et est capable de synthétiser de nouveaux acides gras libres à partir de composés non hydrophobes. Ces caractéristiques font de Y. lipolytica un modèle de levure hémiascomycète pour l'étude du métabolisme des lipides. Sa capacité oléagineuse est facilitée par l'expansion de familles de protéines ayant eu lieu au cours de l'évolution après la divergence du clade Yarrowia. En effet, parmi les 204 gènes impliqués dans le métabolisme des lipides dans Y. lipolytica, plus de 67% sont regroupés dans 30 familles multigéniques avec un maximum de 16 membres pour la famille de la lipase. Le récent séquençage de génomes 5 dans le clade Yarrowia a permis de comparer leur contenu génétique. L'étude des familles de gènes du métabolisme des lipides a permis de mettre en évidence les mécanismes impliqués dans l'évolution de ce clade. Toutes les fonctions nécessaires pour le métabolisme des lipides sont présentes dans toutes les espèces étudiées, avec au moins un gène par famille, même pour les espèces qui ont de 500 à 1000 moins de gènes que Y. lipolytica. Ces espèces se sont d'ailleurs révélées être toutes oléagineuses, grâce à des études physiologiques. Les familles de gènes observées proviennent de multiples duplications de gènes dont chaque exemplaire évolue indépendamment par différents processus de sub- ou neofonctionalisations, fixations, pseudogénisations ou pertes. Les contractions et expansions de familles de protéines, l'expression des gènes, la synténie et la localisation relative des gènes dans le génome ont été étudiés. Plus particulièrement, la pression de sélection agissant sur ces familles de gènes a été comparée à celles agissant sur le reste du génome. La combinaison de ces approches, physiologie, génomique et transcriptomique, a permis d'améliorer la compréhension du métabolisme lipidique, de son évolution et de la régulation des gènes dans un clade des levures oléagineuses. / Yarrowia lipolytica belongs to a group of yeasts that have diverged very early from most other hemiascomycetous yeasts. This yeast is able to use various hydrophobic substrates as unique carbon source and to synthesize new free fatty acid from non hydrophobic compounds. These characteristics make Y. lipolytica a known oleaginous model for the lipid metabolism survey of yeasts. Its oleaginous capacity is facilitated by protein family expansions that occurred across evolution after the divergence of the Yarrowia clade. Indeed, among 190 genes involved in the lipid metabolism in Y. lipolytica, more than 67% are grouped into 30 multigenic families with up to 16 members in the lipase family. The recent sequencing of 5 genomes within the Yarrowia clade enabled to compare their gene content. The study of gene families of the lipid metabolism allowed to highlight the evolutionary mechanisms involved in this clade. All the functions necessary to lipid metabolism are present in all species studied with at least one gene per family even for species that have 500 to 1,000 fewer genes than Y. lipolytica. These species are also found to be all oleaginous through physiological studies. The observed gene families derive from multiple gene duplications of which each copy evolves independently by different processes of sub- or neofunctionalisation, fixation, pseudogenization or loss. Contractions and expansions of protein families, gene expression, synteny and relative localisation of genes in the genome were investigated. More particularly, the selection pressure acting on these gene families was compared with those acting on the rest of the genome. The combination of these approaches, physiology, genomics and transcriptomics, has improved the comprehension of the lipid metabolism, its evolution and gene regulation within a clade of oleaginous yeasts.

L’évolution sociologique dans les deux pays au cours de ces cinquante dernières années a été rapide. Les conceptions de la famille ont évolué dans le temps et dans l'espace, selon les époques et selon les sociétés avec le développement de la famille nucléaire. Depuis longtemps le mariage est considéré comme une chaine entre l’homme et la femme pour créer la famille. Aujourd’hui en France, le mariage n’est pas la seule voie pour créer des relations entre les hommes et les femmes, et surtout pour créer une famille ou pour avoir des relations sexuelles. Il existe plusieurs modes de vie en famille. Les sociétés contemporaines se caractérisent par le pluralisme. Familles en mariage, familles hors mariage. En Iran selon la loi, la coutume du mariage reste la voie unique des relations entre les hommes et les femmes.En fait, ce qui dans chaque société représente une menace forte pour la famille, c’est l’individualisme exagéré et les familles désunies. L’individualisme extrême peut être analysé comme une cause de dérobade pour les individus ce qui a pour effet de rendre les protagonistes inattentifs au concept social de la famille et ne lui permet plus de jouer son rôle de vecteur des valeurs sociales telles que l’éducation des enfants, la transmission de la culture et de la morale sociale de la famille. Dans notre thèse nous expliquons quelle est la place sociale du mariage en Iran et la place de la religion au sujet du mariage, nous faisons une comparaison entre les deux droits, nous parlons de la loi Chiite qui, grâce à sa flexibilité, peut être un outil pour faire avancer les réformes du droit de la famille et du mariage et nous aider à résoudre les problématiques actuelles de la société dues au cadre religieux.En Iran, pour protéger la famille, des réformes sont nécessaires. Avec les évolutions sociales la famille a changé, il est donc indispensable pour le bon fonctionnement de la société que la loi se mette en harmonie avec ces évolutions. Ces changements de forme de société sont en marche depuis plus de 30 ans mais la loi, elle, n’a presque pas évoluée. Notre étude approfondie des deux systèmes juridiques, notre comparaison et notre regard croisé peuvent être une aide précieuse à une évolution, respectueuse de nos valeurs, aujourd’hui nécessaire. / The sociological evolution in both countries over the past 50 years has been fast. The concept of family has evolved through time and place, based on different periods and different societies along with the development of nuclear family. For a long time marriage has been considered as a way for men and women to build a family. Today in France, marriage is not the only way to build up a relationship between men and women and especially to start a family or sexual relationships. There exist various family life styles. Contemporary societies are characterized by pluralism: marriage-based families, non marriage-based families. According to the law in Iran, the custom of marriage is the only way for men and women to be on a relationship.In fact, what is considered as a great menace to the family in each society is the exaggerated individualism and split families. Extreme individualism can be analyzed as a factor for individuals to evade responsibilities. Consequently people become indifferent to the social concept of family and do not play their role as vectors of the social values anymore, like educating the children, the transmission of the culture and of the social morals of the family.In our thesis we will talk about the social status of marriage in Iran and the standing of religion regarding marriage, we will make a comparison between Iranian and French Law, talk about the Shiite law which, thanks to its flexibility, can be a tool for advancing the reforms of family and marriage rights and for helping solve the current problems of Iranian society based on a religious framework.In Iran reforms are necessary to protect families. The family has been changed throughout social evolutions; therefore for society to function properly, it is absolutely necessary for the law to be in keeping with these evolutions. These changes of society structure started more than 30 years ago but the law has barely evolved. This detailed and thorough study of the two legal systems, their comparative analysis can be a great help towards promoting today necessary but reverent evolution of our values.

La domestication des plantes a débuté il y a quelques milliers d’années quand les hommes se sont sédentarisés. Ils ont sélectionné les plantes sauvages portant des caractères phénotypiques d’intérêt pour la consommation et production humaine. Ce processus évolutif a par conséquent modifié le patrimoine génétique des espèces domestiquées. Cette thèse se penche sur les traces génétiques induites par la domestication chez trois espèces de Solanacées : l’aubergine (Solanummelongena), le piment (Capsicum annuum) et la tomate (S. lycopersicum). En effet, si les caractères phénotypiques des plantes cultivées ont été sélectionnés depuis des milliers d’années, les conséquences moléculaires d’une telle sélection restent peu étudiées à l'échelle du génome. Cette étude est basée sur des données de diversité et d’expression de gènes (RNAseq). En utilisant des méthodes comparatives entre des variétés cultivées et leurs espèces sauvages apparentées, j’a iétudié, à l’échelle intra-spécifique, d’une part les histoires démographiques de chacune des espèces,et d’autre part les changements de diversité nucléotidique et d’expression des gènes dus à la domestication. La comparaison de ces trois événements indépendants de domestication, offre l’opportunité de décrypter les changements génétiques qui convergent chez ces trois espèces lors du processus de sélection humaine.Suite à une introduction qui pose le cadre de cette étude et présente l’état de l’art, le premier chapitre, s’inscrit dans un ouvrage portant sur la génomique des populations d’espèces modèles. Il propose une synthèse des connaissances accumulées en plus d’un siècle de recherche sur l’espèce modèle qu’est la tomate (S. lycopersicum). Ce chapitre permet également de compléter le contexte scientifique dans lequel cette thèse s’inscrit, notamment, en retraçant l’importance que les espèces sauvages apparentées ont eu dans l’amélioration de l’adaptabilité des variétés cultivées actuelles.L’hypothèse du deuxième chapitre révèle la convergence des changements démographiques entre les trois espèces malgré leurs événements indépendants de domestication. L’étude comparée d’inférences de scénarios démographiques a permis de reconstruire l’histoire démographique de chaque espèce cultivée. Ces inférences ont aussi facilité l’estimation des paramètres tels que les flux migratoires entre les espèces sauvages et cultivées, la force des goulots d’étranglement liés à l’intensité de la sélection humaine et la durée des événements de domestication. Ce chapitre permet de démontrer que les changements démographiques liés à la domestication dépendent de l’état de sympatrie ou d’allopatrie des variétés cultivées avec leurs sauvages apparentées. Les connaissances quant à la datation des événements de domestication de nos trois espèces restent très faibles, et les inférences ont permis d’établir des estimations de durée de domestication relativement précise. Ces nouvelles connaissances apportent une plus-value à cette étude pour nos trois espèces et nous invitent à s’interroger sur les différents compartiments du génome qui ont été sélectionnées et modifiées lors de la domestication.Le troisième chapitre teste l’hypothèse d’une convergence évolutive des changements moléculaires, notamment transcriptionnels, induits par la domestication et l’amélioration moderne.La comparaison des variétés cultivées à leurs espèces sauvages apparentées permet d’évaluer la convergence des mécanismes de régulation et d’adaptation liés à la domestication. C’est en testant la corrélation entre les traces génétiques (diversité nucléotidique) de sélection et les changements d’expression des gènes observés chez les variétés cultivées que l’hypothèse de départ a été validée.Cette analyse montre que la domestication, au-delà même de changements nucléotidiques, a modifié l’expression des gènes chez les trois espèces. / Domestication started thousand years ago when human shifted from hunter-gatherer to agrarian societies. They started selecting wild plants for phenotypes related to consumption andyield. This evolutionary process induced changes in the gene pool of domesticated plants. This thesis focuses on genetic footprints induced by domestication within a trio of Solanaceae species: the eggplant (Solanum melongena), the pepper (Capsicum annuum) and the tomato (S. lycopersicum).Crop plants have been selected for thousand years on phenotypic traits, but the molecularconsequences of such selection remain unknown at the genome-wide scale. The study was performed on a RNAseq data set; using comparative methods between crops and their wild relatives,I studied, at the intra-specific scale, the demographic history, and, both the nucleotide diversity and the gene expression changes due to domestication. Comparing these three independent events ofdomestication, is a great opportunity to decipher the interspecific genetic changes, converging for the three species, during the human selection process.The first chapter is a book chapter about population genomics in model species. It details thestate of art of hundred years of research on tomato as model species (S. lycopersicum). Tomato is amodel species in genetics, as well as in population genomics thanks to the important collection of genomic data that have been accumulating over years. Tomato has the strongest economic importance within the trio of studied species. By highlighting the importance of crop wild relative species for adaptability improvement of modern cultivars, this chapter describes the scientific context of this thesis work.The two next chapters are following these researches and show the importance to both conserve and study the crop wild relative species.In the second chapter, I hypothesize that demographic changes within the three species experience a convergence, despite their independent domestication events. The comparative studyof demographic inferences allows the reconstruction of each domesticated species demographichistory. Theses inferences facilitate the parameter estimations such as the migration rate between crop and wild, the bottleneck strength paired with the human selection and the duration of thedomestication events. This chapter reveals a common bottleneck phenomenon as well as migration rate dependent to the allopatric or sympatric state of the crops with their wild relatives. Knowledge concerning the domestication events dating, for each of the three species, remain poorly studied and this thesis work discloses relative domestication time durations.These new insights bring valuable knowledge to the three species and induce a questioning on thedifferent genome parts that are selected and modified through domestication.The third chapter, test the hypothesis of a convergent evolution of molecular changes,especially transcriptional, induced by domestication and modern breeding. The comparative analysis of crop plants and their wild relatives assesses the convergence of regulation and adaptation mechanisms due to domestication. By testing the correlation between the selection footprints on genes and the gene expression changes in crop compared to their wild relative species, the previous hypothesis was confirmed. This analysis implies that domestication modified gene expression in the three species beyond only nucleotide polymorphisms. The ortholog analysis of our species genes, confirmed that domestication facilitated the fruit development and plant growth but relaxed selective pressure on genes of plant defense and environmental stresses tolerance. Demonstrating demographic changes and molecular footprints of domestication, my PhD thesis highlights several proofs of convergence.

L’évolution du vivant est un concept majeur pour les sciences biologiques contemporaines, mais également un objet d’enseignement complexe. En France, l'évolution du vivant est introduit dès l’école primaire. Cet enseignement ne devient explicite qu’en fin de la scolarité obligatoire. Cette étude vise à mieux comprendre comment les conceptions de collégiens français sur l’évolution du vivant se modifient tout au long du collège et comment leurs conceptions du hasard peuvent influencer leur acceptation et leur compréhension de ce concept. Pour cela, un questionnaire, UnRESt est élaboré et permet d’étudier les conceptions de plus de 1600 collégiens de l'évolution du vivant et du hasard, et d’établir les relations éventuelles entre ces deux types de conceptions. Il est construit sur la base des résultats obtenus dans des études exploratoires (questionnaire ouvert, discussion à visée philosophique). L’étude révèle que, quel que soit le niveau de classe, la moitié des collégiens interrogés acceptent l’évolution du vivant, et un tiers d’entre eux semblent avoir une compréhension en désaccord avec une pensée évolutionniste. Selon les espèces étudiées, une vision explicative 'transformiste' subsiste chez les élèves. L’étude révèle également que l’acceptation et la compréhension de l’évolution du vivant sont en lien avec les conceptions du hasard. En particulier, les résultats témoignent d’un obstacle dans l’utilisation du mot hasard au sens de contingence, ainsi qu’une influence de leur vision du hasard ‘probabliste’ sur leur compréhension des mécanismes d’évolution. Cette recherche appelle à laisser une place plus importante au hasard dans l’enseignement au collège. / Evolution of living species is a major concept for the contemporary biological sciences, but also a complex object of teaching. In France, the evolution of living species starts in primary school. This teaching becomes well identified only at the end of compulsory schooling. This study aims a better understanding on the change of the conceptions of secondary school students along junior high school and how their conceptions of randomness can influence their acceptation and their understunding of this concept. Consequently, a questionnaire, UnRESt has been elaborated to study the mainstream conceptions of more than 1600 students about the evolution of living and randomness and to find potential links between these two types of conceptions. The UnRESt ingineering is based on exploratory studies (open-ended questions, philosophical discussion). The study shows that a half of the students accept the evolution of living species and a third of them seems to have an understanding in opposition with an evolutionist understanding. According to the species studied, a ‘transformist’ vision is favoured by student. They highlights also that the acceptation and the understanding of the evolution are related to the students’ conceptions of randomness. More specifically, the results show an obstacle in the use of the word randomness with the meaning of contingency and an influence of their vision of ‘probabilist’ randomness on their understanding of the evolution mechanisms. The research concludes on the place to give to the scientific concept of randomness in the teaching in secondary school.

Le principal objectif de ce travail est d'étudier les propriétés multi-longueurs d'onde d'un échantillon de galaxies pour mieux comprendre leur formation et leur évolution. J'ai utilisé les observations du Herschel en complément de données multi-longueurs d'onde dans le champ. J'ai réalisé une extraction des sources ponctuelles. Des catalogues de sources ont été générés en utilisant la méthode de l'ajustement de PSF. J'ai utilisé des catalogues SPIRE pour rechercher des candidats de galaxies SMG subissant les effets d'une lentille gravitationnelle. J'ai identifié 6 sources dans la liste principale et 55 sources dans une liste supplémentaire. En utilisant des ajustements de SEDs, j'ai ensuite estimé la distribution de redshifts de ces sources, et avons ensuite mené une analyse pour contraindre les propriétés des poussières. J'ai trouvé qu'il est très probable que ces sources soient des systèmes lensés. Mentionnons que parmi nos candidates, j'ai découvert une source rouge unique dont la SED en infrarouge lointain croît et qui semble être une galaxie sub-mm (SMG) fortement lensée à haut redshift. Ce genre de sources est rare et la plupart sont découvertes par hasard. J'ai soumis des propositions photométriques et spectroscopiques pour mesurer le redshift de cette source, en utilisant des observations continues avec IRAM-Nika2, NOEMA et SMA et des observations spectroscopiques avec le télescope de 30m de l'IRAM, NOEMA et GEMINI-nord. Les observations ont permis de mesurer le redshift de la lentille et de la galaxie lensée. Une autre observation sera exécutée avant la fin de l'année. Les résultats sont très prometteurs mais j'ai encore besoin de plus de données. / The main aim of this work is to study the multi-wavelength properties of a sample of galaxies to better understand their formation and evolution. I used the new observations from GALEX and \textit{Herschel} in combination with multi-wavelength data available in the field. I made point source catalogs extracted from the observations of GALEX, and \textit{Herschel} SPIRE and PACS bands using the method of the PSF fitting. Then I used Monte Carlo simulations to quantify the quality of the photometry process and the catalogs.Then I used SPIRE catalogs to search for candidate gravitationally lensed SMGs at high redshift. I identified 6 sources sources in a main list, and 55 sources in a supplementary list. Using SED fitting, performed with CIGALE code, I estimated the redshift distributions of these sources, and constrained their dust properties. I found that, it is very likely that we have gravitationally lensing systems. It should be mentioned that within our candidates we have discovered a unique red source with a rising Far-IR SED, which appears to be a strongly lensed submillimeter galaxies at z~5.2. This kind of sources are quite rare on the sky and are serendipitously discovered. I proposed some followup photometric and spectroscopy observation to measure the redshift of this sources, using for instance continuum observations with IRAM-Nika2, NOEMA, and SMA, and spectroscopic observation with IRAM 30m telescope, NOEMA, and GEMINI-North. The GEMINI-North observations succeeded in measuring the redshifts of the lens and of the lensed galaxy. One more will be executed at the end of this year. The results is quite promising, but more data are needed.

Le genre Mucor appartient au phylum des Mucoromycota, un groupe issu de l’une des lignées ayant divergé très tôt dans l'évolution des espèces fongiques (early diverging lineages). Ces groupes restent encore très peu connus par rapport aux Ascomycètes et Basidiomycètes. Le genre Mucor est un genre d'espèces saprophytes, avec cependant une certaine diversité au niveau du mode de vie. Il existe en effet au sein du genre, des endophytes de plantes (comme M. endophyticus) ou encore des pathogènes opportunistes d'animaux (comme les espèces thermophiles M. circinelloides ou M. indicus). Le genre est ubiquiste mais il existe des associations à certains habitats qui semblent dénoter une certaine spécialisation. L’objectif de cette thèse était de mieux connaître les potentialités génétiques du genre Mucor lui permettant ce mode de vie ubiquiste, son potentiel d'adaptation mais également de mieux comprendre l'existence au sein du genre d'espèces semblant s'être spécialisées en colonisant préférentiellement ou exclusivement certains habitats comme le fromage. Afin d'atteindre cet objectif des études transcriptomiques et génomiques comparées ont été menées dans le cadre de cette thèse, afin de déterminer les principales caractéristiques des génomes de Mucor aussi bien structurelles que fonctionnelles, identifier les similitudes au niveau des espèces étudiées et aussi leur spécificités et en fonction des modes de vie/habitats et déterminer s'il existe chez les espèces fréquemment rencontrées dans les fromages (et notamment pour celles considérées comme technologiques) des traces d'adaptation voire de domestication. / The genus Mucor belongs to the phylum Mucoromycota; a group that derived from the lineages that diverged early in the evolution of fungal species (early diverging lineages). These groups have been less well studied and are less well understood in comparison to Ascomycetes and Basidiomycetes. The genus Mucor is composed of saprophytic species, but also encompasses species with diverse lifestyles.For example, it includes plant endophytes (such as M. endophyticus) or opportunistic animal pathogens (such as the thermophilic species M. circinelloides or M. indicus). The genus is ubiquitous but there are some associations with specific habitats which seem to indicate specialisation. The aim of this thesis is to better understand the genetic potential of the genus Mucor in particular, to decipher how it maintains this ubiquitous lifestyle, its capacity to adapt to diverses habitats and to better understand the existence within the genus of species that may have undergone specialization allowing them to preferentially or exclusively colonise certain habitats, such as cheese. In order to achieve this, we have performed comparative transcriptomic and genomic studies in order to determine the main structural and functional characteristics of the Mucor genomes, identify similarities among the species studied and also assess whether there exist specific genetic associations with lifestyle/habitat and determine whether the species frequently found in cheese (in particular those species considered as technological) harbour imprints of adaptation or even domestication.

Alors que l’accès à l’éducation est au cœur du développement, le fait qu’une éducation soutenue et de qualité soit un facteur critique pour l’émancipation d’individus et de sociétés entières ne fait plus l’objet de débats. En effet, la myriade d’avantages liés à une éducation de masse soutenue et de qualité présuppose qu’elle soit à la portée de tous, comme il est décrit dans l’objectif 2 de l’Education pour tous et les buts 2 et 3 des Objectifs du millénaire pour le développement. L’Ouganda étant l’un des premiers pays d’Afrique Subsaharienne à introduire l’éducation primaire et secondaire universelle, respectivement en 1997 et 2007, cette thèse s’attache à comprendre jusqu’à quel point ces politiques de démocratisation de l’éducation ont permis de réduire les inégalités d’accès à l’école secondaire. Ce travail utilise principalement les données des enquêtes nationales de ménages de 2005/2006 et 2009/2010 qui procurent des informations sur le profil éducatif des membres du ménage ainsi que d’autres caractéristiques qui, selon les études préalables influent sur les parcours scolaires. Par le moyen de modèles multivariés pertinents, il a été possible de décrire l’évolution des inégalités d’accès à l’école secondaire, de transition du primaire au secondaire, et d’accès aux internats, ce pour l’ensemble des enfants de 13 à 24 ans. L’universalisation de l’éducation au niveau primaire comme secondaire n’a ni pu améliorer l’achèvement du cycle primaire ni réduire les inégalités d’accès au secondaire. En effet, achever le cycle primaire et accéder au secondaire demeurent principalement la prérogative d’enfants issus de milieux socio-économiques privilégiés, de zones urbaines et de la région centrale. Lorsque le chef de ménage n’est pas lui-même allé au secondaire, ou que le ménage se situe en deçà du 25e percentile de revenus, lorsqu’il est en milieu rural, ou situé dans l’Est, l’Ouest ou le Nord du pays, ses jeunes membres demeurent largement exclus du cycle secondaire. En outre, alors que les internats (dont certains sont des écoles publiques) sont connus pour offrir une éducation de meilleure qualité qui permettrait la mobilité sociale pour les enfants défavorisés, ils sont généralement inaccessibles aux pauvres selon la politique sur les internats ce qui accroît les inégalités d'accès à l'enseignement secondaire de qualité. Alors que les inégalités d’accès au niveau secondaire pour tous les enfants persistent, la transition du primaire au secondaire, pour les enfants de milieux socio-économiques les moins aisés, semble plus difficile dans le passé récent qu’auparavant, ce qui implique que la plupart des enfants qui se trouvaient dans un cercle vicieux du désavantage, très probablement y demeureront. / While access to basic education is at the heart of development, the fact that sustained and meaningful education is critical for emancipation of the individual and entire society is no longer a matter of debate. Indeed, the myriad of advantages associated with sustained and quality mass education presuppose that it should be enjoyed by all as espoused in Education for All Goal 2 and Millennium Development Goals 2 and 3. Since Uganda was one of the first countries in Sub-Saharan Africa to introduce universal primary and secondary education in 1997 and 2007 respectively, this study endeavored to understand the extent to which the said democratization of education has eclipsed inequalities in accessing secondary schooling. This study largely used Uganda National Household Survey data for 2005/6 and 2009/10 that had information on schooling profiles of the household population and other characteristics that have been found to explain schooling outcome differentials. Through appropriate multivariate models, it was possible to map the evolution of inequalities in accessing secondary schooling for all children aged 13-24, making a transition for the ones that completed primary and accessing boarding facilities. Universalizing education at both levels has failed both to enhance completion of primary and dampen inequalities in accessing secondary schooling. Indeed, completion of primary and transition to secondary remain a prerogative of largely children from better socio-economic backgrounds, urban areas and the central region. Children in households below the 25th top percentile of household income, those in the rural, East, West and North, and those under household heads with less than secondary education, remain largely excluded from secondary schooling. Besides, whereas boarding schools (some of which are government schools) are known to offer better quality education that would enable social mobility for disadvantaged children, they are largely inaccessible to the poor as a matter of policy and this exacerbates inequalities in accessing quality secondary schooling. While inequalities in accessing secondary education for all eligible children have largely persisted, making a transition by children from poorer socio-economic backgrounds seems to be more difficult in the recent past than before implying that most children previously entangled in a vicious cycle of disadvantage, are most likely to remain so.

Les nébuleuses planétaires (NP) sont le produit de l'évolution d'étoiles de masses intermédiaires après leur expansion sphérique à la fin de leurs vies. Il a été estimé observationnellement que 80 % des NP ont des formes non-sphériques. Une fraction si élevée est déroutante et a mobilisé la communauté de recherche sur les NP pendant plus de trente ans. Un scénario qui permettrait de justifier les formes observées serait que les étoiles progénitrices de noyaux de NP (NNP) ne sont pas simples, mais possèdent un compagnon. Les formes des nébuleuses seraient ainsi le résultat de l'interaction avec le compagnon. La fraction si élevée de NP non-sphériques impliquerait donc une fraction élevée de NNP binaires, faisant de la parité stellaire un canal de formation privilégié pour les NP. Après avoir présenté l'état de connaissance actuelle concernant la formation et la mise en forme des NP, je présente mes travaux visant à détecter un excès infrarouge qui serait la signature de la présence d'un compagnon orbitant le NNP. La première partie de ce projet consiste en l'analyse de données et photométrie acquises par moi-même. Dans la deuxième partie je présente une tentative d'utilisation de jeux de données d'archives : la campagne optique Sloan Digital Sky Survey Data Release 7 et la version étendue de la base de données assemblée par Frew (2008). Je présente aussi les résultats d'une analyse de vitesses radiales de spectres VLT/UVES pour 14 NNP dans le but de détecter des compagnons spectroscopiques. Finalement j'expose les détails d'une analyse de photométrie de données optiques dans le but de détecter des compagnons orbitant autour de NNP en utilisant la technique de variabilité photométrique. Le résultat principal de cette thèse réside dans les analyses d'excès infrarouge proche que je combine avec des données publiées précédemment. Je conclus que si la fraction détectée d'excès infrarouge proche est attribuée à la présence de compagnons stellaires, alors la fraction binaire de NNP est plus grande que celle attendue en se basant sur la population binaire de progéniteurs de la séquence principale et ainsi conclus que la multiplicité stellaire est un canal de formation privilégié pour la formation des NP. Je clos en soulignant la nécessité d'un échantillon d'étude d'environ 150 objets pour réduire l'incertitude sur la fraction binaire et appuyer les conclusions statistiques de ce résultat. / Planetary nebulae (PNe) are the products of the evolution of intermediate mass stars that have expanded spherically at the end of their lives. Observationally, it has been estimated that 80% of them have non-spherical shapes. Such a high fraction is puzzling and has occupied the PN community for more than 30 years. One scenario that would allow to justify the observed shapes is that a comparable fraction of the progenitors of central stars of PN (CSPN) are not single, but possess a companion. The shape of the nebulae would then be the result of an interaction with this companion. The high fraction of non-spherical PNe would thus imply a high fraction of binary CSPN, making binarity a preferred channel for PN formation. After presenting the current state of knowledge regarding PN formation and shaping and reviewing the diverse efforts to find binaries in PNe, I present my work to detect a near-infrared excess that would be the signature of the presence of cool companions. The first part of the project consists in the analysis of data and photometry acquired and conducted by myself. The second part details an attempt to make use of archived datasets: the Sloan Digital Sky Survey Data Release 7 optical survey and the extended database assembled by Frew (2008). I also present results from a radial velocity analysis of VLT/UVES spectra for 14 objects aiming to the detection of spectroscopic companions. Finally I give details of the analysis of optical photometry data from our observations associated to the detection of companions around CSPN using the photometric variability technique. The main result of this thesis is from the near-infrared excess studies which I combine with previously-published data. I conclude that the if the detected red and NIR flux excess is indicative of a stellar companion then the binary fraction is larger than what we may expect based on the main-sequence progenitor population binary fraction and therefore conclude that binarity is a preferential channel for the formation of PN. I finish by underlining the need for a sample size of ∼ 150 objects to decrease the uncertainty on the PN population binary fraction and increase the statistical significance of this result.

Nous apprenons très jeunes une quantité de règles nous permettant d'interagir avec d'autres personnes: des conventions sociales. Elles diffèrent des autres types d'apprentissage dans le sens où les premières personnes à les avoir utilisées n'ont fait qu'un choix arbitraire parmi plusieurs alternatives possibles: le côté de la route où conduire, la forme d'une prise électrique, ou inventer de nouveaux mots. À cause de celà, lorsqu'une nouvelle convention se crée au sein d'une population d'individus interagissant entre eux, de nombreuses alternatives peuvent apparaître et conduire à une situation complexe où plusieurs conventions équivalentes coexistent en compétition. Il peut devenir difficile de les retenir toutes, comment faisons-nous pour trouver un accord efficacement ? Nous exerçons communément un contrôle actif sur nos situations d'apprentissage, en par exemple sélectionnant des activités qui ne soient ni trop simples ni trop complexes. Il a été montré que ce type de comportement, dans des cas comme l'apprentissage sensori-moteur, aide à apprendre mieux, plus vite, et avec moins d'exemples. Est-ce que de tels mécanismes pourraient aussi influencer la négociation de conventions sociales? Le lexique est un exemple particulier de convention sociale: quels mots associer avec tel objet ou tel sens? Une classe de modèles computationels, les Language Games, montrent qu'il est possible pour une population d'individus de construire un langage commun via une série d'interactions par paires. En particulier, le modèle appelé Naming Game met l'accent sur la formation du lexique reliant mots et sens, et montre une typique explosion de la complexité avant de commencer à écarter les conventions synonymes ou homonymes et arriver à un consensus. Dans cette thèse, nous introduisons l'idée de l'apprentissage actif et du contrôle actif de la croissance de la complexité dans le Naming Game, sous la forme d'une politique de choix du sujet de conversation, applicable à chaque interaction. Différentes stratégies sont introduites, et ont des impacts différents sur à la fois le temps nécessaire pour converger vers un consensus et la quantité de mémoire nécessaire à chaque individu. Premièrement, nous limitons artificiellement la mémoire des agents pour éviter l'explosion de complexité locale. Quelques stratégies sont présentées, certaines ayant des propriétés similaires au cas standard en termes de temps de convergence. Dans un deuxième temps, nous formalisons ce que les agents doivent optimiser, en se basant sur une représentation de l'état moyen de la population. Deux stratégies inspirées de cette notion permettent de limiter les besoins en mémoire sans avoir à contraindre le système, et en prime permettent de converger plus rapidement. Nous montrons ensuite que la dynamique obtenue est proche d'un comportement théorique optimal, exprimé comme une borne inférieure au temps de convergence. Finalement, nous avons mis en place une expérience utilisateur en ligne sous forme de jeu pour collecter des données sur le comportement d'utilisateurs réels placés dans le cadre du modèle. Les résultats suggèrent qu'ils ont effectivement une politique active de choix de sujet de conversation, en comparaison avec un choix aléatoire.Les contributions de ce travail de thèse incluent aussi une classification des modèles de Naming Games existants, et un cadriciel open-source pour les simuler. / Social conventions are learned mostly at a young age, but are quite different from other domains, like for example sensorimotor skills. The first people to define conventions just picked an arbitrary alternative between several options: a side of the road to drive on, the design of an electric plug, or inventing a new word. Because of this, while setting a new convention in a population of interacting individuals, many competing options can arise, and lead to a situation of growing complexity if many parallel inventions happen. How do we deal with this issue?Humans often exhert an active control on their learning situation, by for example selecting activities that are neither too complex nor too simple. This behavior, in cases like sensorimotor learning, has been shown to help learn faster, better, and with fewer examples. Could such mechanisms also have an impact on the negotiation of social conventions ? A particular example of social convention is the lexicon: which words we associated with given meanings. Computational models of language emergence, called the Language Games, showed that it is possible for a population of agents to build a common language through only pairwise interactions. In particular, the Naming Game model focuses on the formation of the lexicon mapping words and meanings, and shows a typical burst of complexity before starting to discard options and find a final consensus. In this thesis, we introduce the idea of active learning and active control of complexity growth in the Naming Game, in the form of a topic choice policy: agents can choose the meaning they want to talk about in each interaction. Several strategies were introduced, and have a different impact on both the time needed to converge to a consensus and the amount of memory needed by individual agents. Firstly, we artificially constrain the memory of agents to avoid the local complexity burst. A few strategies are presented, some of which can have similar convergence speed as in the standard case. Secondly, we formalize what agents need to optimize, based on a representation of the average state of the population. A couple of strategies inspired by this notion help keep the memory usage low without having constraints, but also result in a faster convergence process. We then show that the obtained dynamics are close to an optimal behavior, expressed analytically as a lower bound to convergence time. Eventually, we designed an online user experiment to collect data on how humans would behave in the same model, which shows that they do have an active topic choice policy, and do not choose randomly. Contributions from this thesis also include a classification of the existing Naming Game models and an open-source framework to simulate them.