Streptococcus agalactiae (streptocoque du groupe B, SGB) est un commensal fréquent des voies intestinale et génito-urinaire dans la population humaine mais constitue une des causes principales d'infections néonatales. Dans le même temps, SGB est connu comme pathogène vétérinaire, responsable de mastites bovines à l'origine de pertes économiques importantes dans plusieurs pays comme le Portugal. L'objectif de ma thèse était d'analyser au niveau génomique les bases de l'adaptation spécifique de SGB à ses hôtes humains et bovins et de l'établissement des lignées plus pathogènes. La comparaison des profils génomiques des souches isolées de nouveau-nés infectés et de leurs mères nous a permis de montrer que la transmission de SGB de mère à enfant est accompagnée dans certains cas par l'acquisition de mutations pathoadaptives. Par ailleurs, l'analyse des séquences génomiques de plus de 600 souches appartenant au complexe clonal (CC) 17, hypervirulent et spécifique à l'hôté humain, nous a permis de caractériser les forces évolutives agissant sur ce complexe. Finalement, l'étude de la colonisation des fermes laitières portugaises par un seul clone CC61 depuis plus de 20 ans a mis en évidence que la régulation spécifique de l'import du fer/manganèse est une stratégie d'adaptation récurrente dans l’environnement bovin. En conclusion, les résultats que nous présentons améliorent notre compréhension de l'adaptation chez les espèces hôte-généralistes, en apportant des idées utiles qui pourront spécifiquement aider à améliorer le contrôle et le traitement des infections de SGB mondialement. / Streptococcus agalactiae (group B Streptococcus, GBS) is a commensal of the intestinal and genitourinary tracts in the human population, while also a leading cause of neonatal infections. Likewise, GBS remains a serious concern in many countries as frequently responsible for bovine mastitis. Therefore, the purpose of my PhD project was to use state-of-the-art whole-genome approaches to decipher the host-specific adaptation and pathogenesis of GBS in both humans and bovines. By comparing the genomic profile of strains from infected newborns and their mothers we showed that the transmission of GBS from mother to child is accompanied in particular instances by the acquisition of specific pathoadaptive mutations. Moreover, from the study of the evolutionary forces acting on the human-specific and hypervirulent clonal complex (CC) 17, we reveal that various systems can evolve to improve the ability of GBS to survive in the human host. Functions related to metabolism, cell adhesion, regulation and immune evasion were among the most preferentially affected in GBS strains from human origin. Conversely, colonization of Portuguese dairy farms by one single CC61 clone for over 20 years highlighted that the specific regulation of iron/manganese uptake is a recurrent adaptive strategy in the bovine environment.

Les dunes de sable sont des formes très présentes en milieu marin. Comprendre l'évolution des dunes est un enjeu important pour prévoir les caractéristiques de l'écoulement, les flux sédimentaires, et les variations de la bathymétrie. Les dunes sous-marines représentent un risque pour les activités humaines, a fortiori avec l'intérêt croissant pour les énergies marines renouvelables, pour la navigation, ou l'industrie offshore. Bien que la connaissance des dunes représente un intérêt scientifique et opérationnel de premier ordre, les processus physiques conduisant leur évolution sont toujours mal compris. En outre, la prévision de leurs caractéristiques géométriques et de leur dynamique basée essentiellement sur des formules empiriques reste peu précise. Dans ce travail de thèse, un modèle numérique est d'abord utilisée pour modéliser les dunes soumises à un écoulement stationnaire. Les simulations reproduisent l'évolution d'un fond faiblement perturbé jusqu'à un champ de dunes en équilibre avec l'écoulement et apportent des connaissances approfondies sur les processus physiques mis en jeu. Ensuite, les résultats d'un ensemble de campagnes de mesures réalisées dans la passe sud du bassin d'Arcachon permettent d'étudier la dynamique des dunes tidales in situ et relier leur asymétrie et leur migration aux résiduels de transport sédimentaire. Enfin, l'application du modèle numérique avec les conditions de forçages extraites des campagnes de mesures permet de reproduire la dynamique des dunes tidales ainsi que la génération de rides d'un ordre de grandeur comparable aux rides surimposées observées in situ. Ces résultats ouvrent des perspectives intéressantes en vue du développement d'un modèle opérationnel de prévision de la dynamique des dunes tidales. / Sand dunes are ubiquitous beforms in nature within subaqueous environments. Understanding dune evolution is important issue to accurately predict the ow circulation, sediment uxes and bathymetric variations in sandy subaqueous environments. Sand dunes may pose a significant risk for offshore activities in coastal environments, especially with the growing development of renewable marine energy, for navigation or the offshore industry. Although sand dunes represent a great scientific and operational interest, their evolution is still poorly understood due to their complex behavior. The aim of the thesis work was to study the physical processes driving the evolution of subaqueous sand dunes and to understand their in situ dynamics within tidal environments. First, a numerical model was employed to simulate sand dunes under stationary current conditions. The simulations reproduced the morphodynamic evolution of a slightly perturbed bed until a steady sand dune field in equilibrium with the ow. The results offered a deeper understanding of the physical processes driving the bed evolution to equilibrium. Second, an array of in situ measurements was carried out into the Arcachon inlet, in southwest France, to study the dynamics of tidal sand dunes. For the first time their asymmetry and migration rates were linked to the sediment uxes residuals on a spring-neap tidal cycle. Finally, the numerical model was adapted both to simulate the dynamics of tidal sand dunes, and generate bedforms of the same order of magnitude as the in situ dune-superimposed ripples starting from a at bed. These results open promising perspectives for the development of a numerical tool capable of predicting the behavior of sand dunes within tidal environments.

Une bonne compréhension des facteurs influençant la dynamique de population est cruciale aussi bien en gestion des espèces invasives qu’en conservation des espèces en déclin. Les modèles classiques de dynamique de population sont basés sur la notion de densité dépendance et font souvent la supposition que la population est homogène. Cette supposition est rarement vraie. Les modèles structurés par âge sont une amélioration et considèrent les différences en âge entre individus ; pourtant la différence en âge n’est pas la seule différence individuelle qui est importante. Très peu de modèles considèrent d’autres sources de différences. L’objectif principal de cette thèse est donc d’explorer les causes et conséquences de trois sources de différences entre individus : les différences en génotype, les différences en phénotype et les différences entre cohortes. Pour ce faire, la population de mouflon d’Amérique (Ovis canadensis) de Ram Mountain, Alberta, Canada, est utilisée comme modèle d’étude. Cette population est suivie individuellement depuis plus de 40 ans et des informations aussi bien phénotypiques que génotypiques sont disponibles pour la grande majorité des individus. La chasse au trophée peut imposer de fortes pressions sélectives sur certains traits et peut conduire à des changements évolutifs si ces traits sont héritables. Les effets anthropiques sur l’évolution dans la nature sont d’un grand intérêt pour la biologie de l’évolution et de la conservation parce que les pressions sélectives exercées par l’homme peuvent être plus fortes que celles imposées par les prédateurs naturels. Bien qu’il existe de nombreux exemples de changements phénotypiques induits par l’homme dans les populations de poissons exploités, très peu d’études ont les données nécessaires pour tester les changements génétiques liés aux récoltes chez les mammifères. J’ai utilisé de nouvelles méthodes statistiques combinant une généalogie profonde, des mesures morphologiques répétées et un changement des règlements de chasse pour montrer que l’évolution d’un trait morphologique ciblé par la chasse au trophée est possible (Chapitre 2). Contrairement à ce qui a longtemps été supposé, les changements évolutifs peuvent survenir relativement rapidement. Ces changements rapides en phénotype ont le potentiel d’avoir un impact sur des processus écologiques. Ces impacts de l’évolution sur l’écologie ont récemment captivé l’attention des scientifiques et mené à l’émergence de l’étude de la dynamique éco-évolutive. Une synthèse des connaissances actuelles de ce domaine d’étude est faite (Chapitre 3) et le manque d’études empiriques en nature est souligné. La majorité des études de dynamique éco-évolutive ont été faites en laboratoire. Parmi celles faites en nature, peu font la distinction entre changements évolutifs et plastiques. Pourtant, cette distinction est cruciale pour bien comprendre l’importance des changements en traits sur les processus écologiques. J’ai donc quantifié l’effet des changements évolutifs et non évolutifs en masse corporelle sur la survie, le recrutement et le taux de croissance de population et comparé leurs importances aux effets des changements en structure d’âge, de densité et de climat (Chapitre 4). J’ai ainsi pu montrer que l’impact sur la dynamique de la population des changements en masse peut être aussi important que celui des changements en densité et en structure d’âge. Les changements évolutifs contribuent beaucoup moins aux changements en taux de croissance que les changements plastiques, mais leur importance augmente avec la durée de la période d’observation. Les effets cohorte sont une autre source importante de variabilité interindividuelle. Les différences dans l’environnement de naissance peuvent avoir des conséquences à long terme sur la performance individuelle et donc sur la dynamique de la population. J’ai quantifié les effets à long terme de l’année de naissance sur la survie et la probabilité de se reproduire, et j’en ai exploré les causes environnementales (Chapitre 5). Mon étude a révélé que les conditions à la naissance expliquent jusqu’à 34% de la variabilité de la capacité à sevrer un agneau et que les différences entre les cohortes étaient principalement dues à la densité à la naissance. J’ai ensuite exploré les mécanismes par lesquels l’environnement à la naissance conduit à des effets à long terme sur la valeur adaptative (Chapitre 6). L’analyse de piste révèle à la fois un effet à long terme sur la masse adulte et un effet direct de la densité à la naissance sur le succès reproducteur à vie. En somme, les résultats de ma thèse suggèrent que les différences interindividuelles peuvent avoir des impacts majeurs sur la dynamique des populations et que leurs causes sont complexes et multiples. Mes recherches contribuent ainsi à mieux comprendre l’impact des pressions anthropiques sur les traits et l’importance de ce genre de changement évolutif en trait sur le taux de croissance de population. De plus, mes recherches apportent une meilleure compréhension mécanistique des effets cohorte et de la manière dont ils pourraient induire un délai dans la réponse d’une population aux changements environnementaux.

Chez les animaux sexués, les stratégies d'appariement et de dispersion sont influencées par de nombreux facteurs de l'environnement. Certains facteurs sont communs, ce qui suggère que ces deux stratégies n'évoluent pas indépendamment. Parmi ces facteurs, la structure génétique des populations pourrait jouer un rôle important dans cette évolution conjointe. Par une approche théorique, j'ai étudié l'évolution de la différence de dispersion entre les sexes en lien avec les stratégies d'appariement (monogamie, monoandrie, polyandrie). En monoandrie et polyandrie, stratégies où les deux sexes ont des nombres de partenaires différents, la compétition entre apparentés et la variation spatiale du succès reproducteur plus importante chez les mâles que les femelles, favorisent l'évolution d'une dispersion biaisée en faveur des mâles. Je me suis aussi intéressé à la place des gènes dans le génome et j'ai montré que la localisation de gènes de dispersion sur les chromosomes sexuels peut, à elle-seule, faire évoluer un différentiel de dispersion entre les sexes. J'ai exploré cette dernière possibilité dans le cadre de conflits génomiques potentiels. Parallèlement à cette approche théorique, j'ai effectué une étude expérimentale chez le lézard vivipare (Zootoca vivipara). J'ai recherché le rôle d'un effet maternel, médié par la corticostérone, sur le lien entre la stratégie d'appariement des femelles et la stratégie de dispersion de leurs jeunes. Je me suis aussi intéressé au coût de l'accouplement via la transmission de pathogènes entre partenaires. Mes résultats suggèrent l'absence d'effet direct des accouplements multiples sur la communauté bactérienne cloacale. / In sexually reproducing animals, dispersal and mating strategies are influenced by many environmental factors, some of these factors being common, which suggests that these two strategies could evolve jointly. Among these factors, population genetic structure could play a great role on this joint evolution. Using a theoretical approach, I studied how mating strategies (monogamy, monoandry, polyandry) can influence the evolution of sex-biased dispersal, with a particular focus on processes linked to relatedness. In monoandry and polyandry, i.e., strategies where both sexes have different numbers of mates, kin competition and a larger spatial variation in male than female reproductive success can lead to a male-biased dispersal. I have also investigated the importance of gene position in the genome and showed a link between dispersal genes and sex chromosomes can produce sex-biased dispersal. I have discussed this evolution of dispersal gene on sex chromosomes under a possible genomic conflict. In parallel to these theoretical studies, I have conducted an experimental study in the common lizard (Zootoca vivipara). I have investigated the role of maternal effect, through the influence of corticosterone, in the relationship between the mating strategy of females and the dispersal strategy of their offspring. I also tested experimentally the transmission of bacteria through mating in relation to the possible cost of transmission of pathogens. While I did not found any direct effect of multiple mating on cloacal bacterial community, my results suggest an effect due to a female response, which opens a new perspective in the study of the consequences of mating strategies.

Les propriétés globales des galaxies montrent une forte évolution du taux de formation stellaire et de la densité de masse stellaire à l'époque de l'assemblage des galaxies précédent le pic de formation stellaire dans l'univers, produite par plusieurs processus physiques concurrents (fusion, accrétion, rétroaction, environnement, ...). Les propriétés morphologiques des galaxies ont aussi fortement évolué à la même époque. Dans cette thèse, j'étudie comment l'évolution des propriétés morphologique est reliée aux propriétés spectrophotométriques des galaxies depuis z ~ 6. Les données spectroscopiques obtenues au sein du VIMOS Ultra Deep Survey (VUDS), un nouveau sondage spectroscopique unique de ~ 10000 galaxies entre redshift z~2 et z~6 qui fournissent un excellent moyen de sonder l'évolution galactique à travers cette époque cosmique. A partir des mes résultats, je conclus que les différentes propriétés morphologiques de galaxies à formation stellaire aux redshifts 2<z<6 montrent qu'il existe plusieurs façons pour les galaxies de se former. La grande diversité de tailles, la fraction importante de super-amas d'étoiles et de gaz très lumineux indiquant des fusions et ceux moins lumineux résultant probablement d'instabilités dans la formation des disques galactiques, avec la prévalence de galaxies irrégulières couvrant un grand domaine de masse stellaire et formation stellaire, pointent ensemble un scénario ou l'assemblage des galaxies procéde de différents méchanismes physiques. La formation des galaxies apparait plus complexe qu'un scénario simple impliquant la formation d'un disque avec de l'accrétion de gaz pourrait le faire croire. / The global properties of galaxies show a strong evolution of the star formation rate and stellar mass density at the epoch of galaxy assembly, driven by several competing physical processes (merging, accretion, feedback, environment,...). The morphological properties of galaxies are also strongly evolving over the same timescales. I investigate how the evolution of the morphological properties is connected to the spectrophotometric properties of galaxies since z~6. The spectroscopic data obtained within the VIMOS Ultra Deep Survey (VUDS), a new unique spectroscopic survey of ~10000 galaxies between redshifts z~2 and z~6 conducted at the ESO-VLT, combined with the available Hubble Space Telescope imaging surveys such as COSMOS or CANDELS provide a great way of probing galactic evolution across this cosmic epoch.From the results that I have obtained, I conclude that the different morphological properties of star-forming galaxies at 2<z<6 show that there are several mechanisms that take part in galaxy formation. The great diversity in galaxy sizes, the high number of bright two clump systems as well as faint multi-clump systems indicating merger and disk instabilities processes, respectively, and the wide range in physical properties that are populated by irregular galaxies all point to a diverse history for galaxy formation. This suggests that forming galaxies is far more complex that the simple explanation of evolution from gas accretion alone.

Les voies de signalisation Wnt jouent un rôle important dans divers processus de l’embryogenèse des métazoaires. Par exemple, les signaux WNT sont requis pour l’établissement de la polarité cellulaire, les mouvements de tissus ou la mise en place de la polarité antéropostérieure. La signalisation Wnt tire son nom des protéines WNTs qui sont des protéines secrétées capables de signaler via leurs récepteurs membranaires FRIZZLED (FZD). Une interaction WNT-FZD peut déclencher au moins trois cascades de signalisation distinctes, selon le contexte cellulaire et les couples WNT-FZD impliqués. Chez l'homme, la dérégulation des voies de signalisation Wnt conduit, au cours du développement, à des maladies congénitales, ou chez l'adulte, à des cancers. La compréhension de la diversité numéraire des wnt et des fonctions biologiques qu’ils exercent représente donc un challenge contemporain qu’il est nécessaire de relever, non seulement au titre de l’acquisition de nouvelles connaissances, mais aussi en vue du développement de nouvelles approches à but de diagnostic ou de thérapie. Lors de ma thèse, je me suis dans un premier temps attaché à décrire les patrons d’expression temporels et spatiaux de l’ensemble des gènes wnt et fzd présents chez l’oursin Paracentrotus lividus. L’oursin, comme l’homme, appartient au phylum des deutérostomiens. De plus, son développement est simple et ses embryons se prêtent à l’expérimentation, du fait de multiples approches disponibles pour ce modèle. Par ailleurs, contrairement au lignage des vertébrés, celui de l’oursin n’a pas subi de duplications complète de génome, exhibant ainsi la même diversité de familles de gènes, mais avec moins de redondance au sein de ces dernières, ce qui facilite leur analyse. Etudier les mécanismes qui régissent l'embryogénèse de l’oursin permet donc d’apporter des informations quant aux mécanismes régissant celle des deuterostomes. Mes résultats mettent en évidence que les ligands wnt et les récepteurs fzd sont exprimés de façon dynamique au cours de l’embryogenèse de P. lividus. Fait intéressant, jusqu’à la gastrulation, les gènes codant les récepteurs FZD, présentent des patrons d’expressions distincts, leur somme couvrant néanmoins la très vaste majorité des territoires embryonnaires. Ainsi, cette étude a permis d’établir un catalogue des compatibilités spatio-temporelles potentielles entre les protéines WNT et FZD durant l’embryogenèse d’un deutérostomien, ainsi que des hypothèses quant aux rôles possibles jouées par ces protéines durant ce processus. Dans un second temps, je me suis intéressé à retracer l’évolution des protéines WNT, et à déterminer s’il existait une fonction intrinsèque ancestrale des WNT qui soit conservée, parmi les métazoaires. Pour cela, j’ai d’une part analysé la composition des répertoires wnt de dix-sept espèces de métazoaires, la séquence primaire des protéines qu’ils encodent, la position relative des wnt au sein de leurs génomes respectifs et, pour certaines espèces, l’environnement génomique des wnt. D’autre part, j’ai contribué à vérifier si trois ligands WNT d’éponge et une séquence ancestrale, calculée à partir d’un échantillon de séquences de métazoaires, étaient capable d’activer les voies de signalisation Wnt lorsqu’exprimées chez trois animaux planulozoaires (cnidaires et bilatériens). Les données obtenues au cours de cette étude ont permis d’établir un modèle de diversification de la famille de gènes wnt chez les métazoaires et ont révélé l’existence de fonctions intrinsèques conservées parmi les ligands WNT. / The Wnt signaling pathways play crucial roles during several processes of metazoan embryogenesis. For instance Wnt signaling is involved in morphogenetic movements as well as cell polarity and anteroposterior polarity establishment. Wnt signaling takes its name from the WNT proteins, which are secreted molecules that signal through their cognate receptors, the FRIZZLED (FZD) proteins. A WNT-FZD interaction may trigger several distinct intracellular signaling cascades, depending on the cellular context and the WNT-FZD couples involved. In humans, a deregulation of WNT signaling during embryonic development or adult life leads to congenital diseases and cancers, respectively. Understanding the great diversity of wnt genes and their biological functions is thus a modern-day challenge, which needs to be addressed, not only to foster general knowledge, but also to allow the identification of novel therapeutic targets and approaches towards future new medical applications.In the course of my Ph.D., I first aimed at describing the spatial and temporal expression patterns of all wnt and fzd genes present in the sea urchin, Paracentrotus lividus. Like humans, sea urchins belong to the deuterostome phyla. In addition, the early development of the sea urchin is relatively simple and is easy to interfere with, thanks to the experimental approaches available for this model. Moreover, the sea urchin lineage did not undergo whole genome duplications, unlike humans, exhibiting the same diversity of gene families, but with less redundancy within the subfamilies, thereby facilitating functional analyses. Thus, studying the mechanisms that drive sea urchin embryogenesis represent a valuable asset to provide insights into the conserved mechanisms controlling the development of deuterostomes. My results show that wnt and fzd genes are expressed in a dynamic fashion throughout P. lividus embryogenesis. Interestingly, until the gastrulation, the genes encoding FZD receptors are expressed in distinct territories that, taken together, cover almost the entire embryo. Accordingly, this work allowed me to establish a catalog of possible WNT-FZD couples likely to form during the embryogenesis of a deuterostome animal, based on the compatibility of their respective spatiotemporal distribution, and to further provide insights into the potential biological functions of these WNT and FZD proteins during this process. The second goal of my Ph.D. was to reconstruct the evolution of the WNT proteins and to determine whether an ancestral intrinsic function of WNTs is conserved within metazoans. To this end, I analyzed the composition of the wnt repertoires of seventeen metazoan species, the primary sequences of the WNT proteins they encode, the relative positions of the wnts within their respective genomes, and, for selected species, the genomic environment of their wnts. In addition, I investigated whether three sponge WNT ligands and an ancestral WNT sequence, which was calculated from a sample of metazoan WNT sequences, are able to trigger Wnt signaling pathways, when expressed in three planulozoan (cnidarian and bilaterian) species. The data obtained during this study allows me to propose a model for the diversification of wnt genes in metazoans and revealed conserved intrinsic functional capabilities for the WNT ligands.

L'évolution des génomes peut être observée à plusieurs échelles, chaque échelle révélant des processus évolutifs différents. A l'échelle de séquences ADN, il s'agit d'insertions, délétions et substitutions de nucléotides. Si l'on s'intéresse aux gènes composant les génomes, il s'agit de duplications, pertes et transferts horizontaux de gènes. Et à plus large échelle, on observe des réarrangements chromosomiques modifiant l'agencement des gènes sur les chromosomes. Reconstruire l'histoire évolutive des génomes implique donc de comprendre et de modéliser tous les processus à l'œuvre, ce qui reste hors de notre portée. A la place, les efforts de modélisation ont exploré deux directions principales. D'un côté, les méthodes de reconstruction phylogénétique se sont concentrées sur l'évolution des séquences, certaines intégrant l'évolution des familles de gènes. D'un autre côté, les réarrangements chromosomiques ont été très largement étudiés, donnant naissance à de nombreux modèles d'évolution de l'architecture des génomes. Ces deux voies de modélisation se sont rarement rencontrées jusqu'à récemment. Au cours de ma thèse, j'ai développé un modèle d'évolution de l'architecture des génomes prenant en compte l'évolution des gènes et des séquences. Ce modèle rend possible une reconstruction probabiliste de l'histoire évolutive d'adjacences et de l'ordre des gènes de génomes ancestraux en tenant compte à la fois d'évènements modifiant le contenu en gènes des génomes (duplications et pertes de gènes), et d'évènements modifiant l'architecture des génomes (les réarrangements chromosomiques). Intégrer l'information phylogénétique à la reconstruction d'ordres des gènes permet de reconstruire des histoires évolutives plus complètes. Inversement, la reconstruction d'ordres des gènes ancestraux peut aussi apporter une information complémentaire à la phylogénie et peut être utilisée comme un critère pour évaluer la qualité d'arbres de gènes, ouvrant la voie à un modèle et une reconstruction intégrative / Genomes evolve through processes that modify their content and organization at different scales, ranging from the substitution, insertion or deletion of a single nucleotide to the duplication, loss or transfer of a gene and to large scale chromosomal rearrangements. Extant genomes are the result of a combination of many such processes, which makes it difficult to reconstruct the overall picture of genome evolution. As a result, most models and methods focus on one scale and use only one kind of data, such as gene orders or sequence alignments. Most phylogenetic reconstruction methods focus on the evolution of sequences. Recently, some of these methods have been extended to integrate gene family evolution. Chromosomal rearrangements have also been extensively studied, leading to the development of many models for the evolution of the architecture of genomes. These two ways to model genome evolution have not exchanged much so far, mainly because of computational issues. In this thesis, I present a new model of evolution for the architecture of genomes that accounts for the evolution of gene families. With this model, one can reconstruct the evolutionary history of gene adjacencies and gene order accounting for events that modify the gene content of genomes (duplications and losses of genes) and for events that modify the architecture of genomes (chromosomal rearrangements). Integrating these two types of information in a single model yields more accurate evolutionary histories. Moreover, we show that reconstructing ancestral gene orders can provide feedback on the quality of gene trees thus paving the way for an integrative model and reconstruction method

Les hommes semblent dotés d'une capacité fascinante : celle d'attribuer des croyances et des désirs aux autres afin d'expliquer leur comportement. Cette capacité, appelée Théorie de l'Esprit, nous permet de résoudre un problème complexe : à partir de la seule observation de leurs faits et gestes, nous déduisons les états mentaux qui poussent les autres à agir. Dans cette thèse, nous formalisons ce problème et en proposons une solution se fondant sur l'inférence bayésienne. Nous appliquons ce cadre théorique à deux situations particulières : l'attribution de croyances récursives en situations d'interaction sociale et l'apprentissage des préférences des autres. En combinant modèles computationnels et expériences comportementales, nous abordons avec une nouvelle perspective certaines questions fondamentales soulevées par l'étude de la Théorie de l'Esprit. Sommes-nous optimaux lorsque nous attribuons des croyances et des préférences aux autres ? Employons-nous des processus spécifiques quand nous interagissons avec d'autres personnes ? Quelles sont les contraintes évolutionnaires qui ont donné forme à notre Théorie de l'Esprit ? Cette capacité est-elle spécifiquement humaine ? Comment la Théorie de l'Esprit est-elle affectée dans l'autisme ? / Human beings have this surprising ability – coined Theory of Mind (ToM) – to reason about the mind of others and interpret their behaviour in terms of beliefs and desires. In this thesis, we focus on two critical aspects of ToM: (1) our ability to attribute recursive beliefs of the type “I think that you think that I think...” in the context of social interactions, (2) our ability to infer other people’s personal characteristics or preferences from observing their choices. This computational characterization of mechanisms at play in ToM provides new tools to address important questions such as: What is specific about learning in a context of social interactions? Are we optimal in our inference about others’ preferences or beliefs? Can we identify evolutionary constraints that may have shaped our current sophistication in ToM? Are these processes uniquely human? In which ways is ToM affected in disorders involving difficulties with social interactions? We investigated these questions combining computational modelling and behavioural experiments. The results of our studies offer significant advances in the description of the computational mechanisms underlying social cognition in humans and in non-human primates. Moreover, applying our paradigms to people from the autistic spectrum disorder allowed us to characterize what makes social cognition in autism so different.

La prise en charge de l’aphasie en phase aiguë de l’accident vasculaire cérébral a été au centre de mon activité d’orthophoniste à l’assistance publique pendant 20 ans. Au cours de ces années, j’ai pu développer une activité de recherche en parallèle de mon activité clinique. En particulier, je me suis intéressée à l’évaluation et à la prise en charge très précoce de l’aphasie dans le contexte d’AVC en phase très aiguë. Un outil d’évaluation de l’aphasie a pu être élaboré dans le service, et a ensuite été le centre de plusieurs travaux : son adaptation dans d’autres langues, la comparaison de l’aphasie et le l’hémiplégie, la détermination de profils aphasiologiques types… Le champ de l’aphasiologie est très vaste et il reste de nombreux axes de recherche à approfondir. Notre outil d’évaluation de phase aiguë pourrait participer à apporter la preuve du bénéfice d’une prise en charge précoce de l’aphasie, et pourrait également permettre de proposer une nouvelle classification des aphasies. / The management of aphasia in the acute phase of stroke has been the focus of my speech therapist activity in a public hospital for 20 years. During these years I have been able to develop a research activity in parallel with my clinical activity. In particular, I was interested in the assessment and the treatment of aphasia in the context of the very acute phase of stroke. An assessment tool for aphasia has been developed in the stroke unit, and was then the center of several studies: its adaptation into other languages, the comparison of aphasia and hemiplegia, determining aphasiological profiles kinds...The field of aphasiology is very broad and there are still many areas of research to pursue. Our screening tool of aphasia could participate to prove the benefit of an early treatment of aphasia, and could also allow proposing a new classification of aphasia.

Une plante peut être totalement protégée d'un agent pathogène grâce à un gène majeur de résistance, mais ce dernier peut être rapidement contourné suite à l'apparition et à la propagation de variants pathogènes adaptés. Cette thèse s'intéresse aux mécanismes évolutifs permettant le ralentissement de ce contournement chez les virus de plantes en agissant sur deux forces évolutives majeures, la dérive génétique et la sélection, depuis le niveau de l'hôte jusqu'à celui de la parcelle. D'abord, un modèle épidémiologique stochastique de type SI au niveau d'une parcelle agricole a montré que la dérive génétique pouvait être particulièrement bénéfique au rendement agricole lorsque l'adaptation du virus au gène majeur induit un coût de fitness intermédiaire dans les plantes sensibles. Ensuite, la conception et la validation d'un modèle basé sur des équations déterministes de Lotka-Volterra et des processus stochastiques Dirichlet-multinomiaux a permis de distinguer les effets de la dérive génétique et ceux de la sélection sur des données temporelles de compétition intra-plante entre variants viraux, et de mettre en évidence le contrôle génétique de ces effets par les plantes. Enfin, une analyse de la corrélation entre ces estimations des intensités de dérive génétique et de sélection et une estimation expérimentale de la durabilité d'un gène majeur a montré qu'une forte dérive génétique lors des stades précoces de l'infection augmentait la durabilité du gène majeur. Ces résultats ouvrent des perspectives pour une gestion plus durable de la résistance des plantes, par la sélection de variétés de plantes induisant une forte dérive génétique sur les populations d'agents pathogènes / Plants can be fully protected from their pathogens when they carry major resistance genes, but the efficiency of these genes is limited by the emergence and spread of adapted, resistance-breaking pathogen variants. This thesis studies how evolutionary forces imposed by the plants on pathogen populations may increase the durability of major resistance genes. Using plant viruses as a biological model, this thesis investigates the effect of genetic drift and selection, from the within-host to the host population level. Firstly, a stochastic epidemiological SI model at the field level showed that genetic drift could be particularly beneficial for crop yield when the fitness cost associated with virus adaptation to resistance was intermediate in susceptible plants. Then, the design and validation of a mechanistic-statistical model based on deterministic Lotka-Volterra equations and stochastic Dirichlet-multinomial processes allowed to disentangle the effects of genetic drift from those of selection on temporal data of within-host competition between virus variants. The intensities of genetic drift and selection acting on virus populations were shown to be controlled genetically by the hosts. Finally, a correlation analysis between these estimations of genetic drift and selection intensities and an experimental estimation of the durability of a major resistance gene showed that strong genetic drift during the early stages of plant infection led to an increase in resistance durability. These results open new perspectives for more durable management of plant resistance, by breeding plant varieties inducing strong genetic drift on pathogen populations