Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-30Bitstream added on 2014-06-13T20:29:20Z : No. of bitstreams: 1 ribeiro_nf_me_sjrp.pdf: 225441 bytes, checksum: 7f1bfa1626302be5ede2d3155f2d4c2b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Neste trabalho foi analisada uma rede unidimensional composta por sistemas massamola com um potencial de Rosen-Morse on site. Esse tipo de rede é usado para estudar propriedades termodinâmicas do DNA, particularmente sua desnaturação térmica. No contexto do presente trabalho, o potencial de Rosen-Morse simula as ligações de hidrogênio entre a dupla fita da molécula. A partir do gráfico do estiramento médio dos pares de base versus temperatura se observou a desnaturação térmica do sistema. Esse resultado mostra que é possível obter transição de fase com um potencial sem uma barreira infinita, porém assimétrico. Outro resultado obtido é a forma da curva, que mostrou uma transição ligeiramente mais abrupta em comparação com a curva de transição feita para o potencial de Morse on site usado no modelo original de Peyrard-Bishop. Esse comportamento é encontrado em modelos que buscam uma melhor aproximação entre o modelo e os resultados experimentais de desnaturação térmica para o DNA / In this work, it was analyzed a one-dimensional lattice formed by mass-spring systems with an additional Rosen-Morse potential on site. This kind of lattice is used to study thermodynamic properties of DNA, in particular the thermal denaturation. In the context of this work, the Rosen-Morse potential simulates the hydrogen bounds between the double helix of the DNA. The graphic of the average base pairs stretching in function of temperature gives information about the thermal denaturation of the macromolecule. This result shows that it is possible to obtain phase transition using an asymmetric potential on site without an infinite barrier. The graphic also showed a sharp denaturation in comparison with the transition curve obtained when the Morse potential on site is used in the original Peyrard- Bishop model. This behavior improves the model

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2016-10-10T12:36:43Z No. of bitstreams: 1 TeseGHM.pdf: 1501036 bytes, checksum: c01a6f35eb3f6b3347f3be5bfed6db93 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2016-10-11T14:25:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseGHM.pdf: 1501036 bytes, checksum: c01a6f35eb3f6b3347f3be5bfed6db93 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2016-10-11T14:25:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseGHM.pdf: 1501036 bytes, checksum: c01a6f35eb3f6b3347f3be5bfed6db93 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-11T19:59:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseGHM.pdf: 1501036 bytes, checksum: c01a6f35eb3f6b3347f3be5bfed6db93 (MD5) Previous issue date: 2015-01-16 / Não recebi financiamento / The analysis of DNA for the purpose of obtaining genetic profile has become essential for criminal investigation and judicial procedure. Since the origins of the techniques of human identification, nothing has been discovered with greater discriminatory power, between two randomly chosen individuals. Genetic proof has assumed great importance in the courts, however, for the operators of law this whole theme is cloaked in great mystery. The objective of this study was to obtain, and to offer to the operators of Law, a general view on the utilization of genetic profiles, and their consequences for the system, and Brazilian society. However, this powerful tool of human identification, DNA and its interconnections, has been thrust forward by very recent advances, in such volume as to alter in a significant way procedures and results, being obliged to follow the paths beaten by scientists, for a simplified form to put into order the information which has directed the forensic genetics to it's current point in time. A review of human identification was made until the discovery of DNA, its structure, evolution and development. The procedures and the various techniques were analyzed, which were being perfected for the obtaining results from the collecting of biological traces at the crime scene to the laboratory analysis, culminating with automatization by PCR and the elaboration of a genetic profile. DNA in the Forensic world, it's birth and consecration were examined. The presence of the instruments available for working the markets, bestowing greater means of discrimination, the STR tests, the future of the SNPs, the sequence of the second generation, and the obtaining of phenotypic characteristics, were duly dealt with. It was analysed, since its origin and implantation up to the current time, the working of the more significant Genetic Profile Data Banks, its technical and legal concerns, as well as the situation in Brazil, with its advances and obstacles, to become part of the forensic DNA community. Experiments in the testing of carbonized human bones were carried out, for identification in criminal procedure, with full details of the materials utilized, methodology, laboratory equipment and software for analyzing the results, ending up with a conclusive result. Following on the exploratory part was carried out through visits to the most expressive world DNA centres, located in the USA, France, the United Kingdom and Brazil, aimed at by means of interviews to discuss this topic, from technical to ethical aspects, and of the data banks to the operations of the system. Finally, in the discussion, the points observed in the centres of excellence, the results of the interviews, and the possible advantages of each system, in a totally fractioned global posture, were addressed. / A análise do DNA com a finalidade de obtenção de perfil genético tornou-se imprescindível para a investigação criminal e a persecução judicial. Desde os primórdios das técnicas de identificação humana, nada havia sido descoberto com maior poder discriminatório entre dois indivíduos escolhidos ao acaso. A prova genética assumiu grande importância nos tribunais, no entanto, para os operadores do direito, toda essa temática se reveste de grande mistério. O objetivo deste estudo foi obter, e poder oferecer aos operadores do Direito, uma visão geral sobre a utilização de perfis genéticos, e suas consequências para o sistema e a sociedade brasileira. No entanto, essa poderosa ferramenta de identificação humana, o DNA e suas interligações, vêm sendo impulsionada por recentíssimos avanços, de tal monta a alterar de forma significativa procedimentos e resultados, obrigando percorrer os caminhos trilhados pelos cientistas, para de forma simplificada ordenar as informações que nortearam a genética forense até nossos dias. Fez-se uma revisita à identificação humana, até a descoberta do DNA, sua estrutura, evolução e desdobramento. Foram analisados os procedimentos, e as várias técnicas, que foram sendo aperfeiçoadas, para obtenção de resultados desde a coleta de vestígios biológicos na cena do crime, até a análise laboratorial, culminando com a automatização pela PCR e a elaboração de um perfil genético. Examinou-se o DNA no mundo Forense, seu nascimento e consagração. A presença do instrumental à disposição para trabalhar marcadores, conferindo maior poder de discriminação, o exame dos STRs (Short Tandem Repeats), o futuro com SNPs, o sequenciamento de segunda geração e a obtenção de características fenotípicas foram devidamente abordadas. Verificou-se, desde sua origem e implantação até nossos dias, o funcionamento dos Bancos de Perfis Genéticos mais significativos, sua problemática técnica e legal, assim como a situação do Brasil, com seus avanços e entraves para fazer parte da comunidade forense do DNA. Realizou-se experimentalmente o exame de ossos humanos carbonizados, para identificação em procedimento criminal, com detalhamento dos materiais utilizados, metodologia, equipamentos laboratoriais e software para análise de resultados, finalizando com resultado conclusivo. Na parte exploratória vivencial deste trabalho, foram realizadas visitas aos mais expressivos centros mundiais de DNA, localizados no EUA, França, Reino Unido e Brasil, objetivando por meio de entrevistas discutir a temática, da técnica à ética, e dos bancos de dados à operacionalidade do sistema. Finalmente, na discussão foram abordados os pontos observados nos centros de excelência, o resultado das entrevistas, e as possíveis vantagens de cada sistema, em uma totalmente fracionada postura global.

Orientador: Maria Helena Andrade Santana / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-08T14:24:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Torre_LucimaraGazioladela_D.pdf: 28769884 bytes, checksum: 485f026c87d2f5b4fb99e642474200d0 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Este trabalho visa o desenvolvimento tecnológico de uma vacina gênica, destinada ao combate à tuberculose, na qual o DNA encontra-se veiculado em lipossomas. Foram enfocados três aspectos principais: 1.A preparação e caracterização de estruturas lipídicas funcionais veiculando o DNA, projetadas para atenderem aos requisitos de imunização contra a tuberculose; 2. Complexação do DNA com peptídio sintético promotor de transporte nuclear e veiculação na estrutura lipossomal que se mostrou mais promissora nos ensaios in vitro e in vivo realizados no CPT-RP. 3. Análise do escalonamento da produção da estrutura lipossomal mais promissora para subsequente veiculação do DNA. Duas estruturas lipossomais foram compostas por lipídios com as seguintes funcionalidades: estrutural, de incorporação do DNA e atração eletrostática com a superfície das células, de intensificação da liberação do DNA no citoplasma celular. Foram preparadas pelo método da desidratação-rehidratação, gerando DRVs (¿dehydrated-hydrated vesicles¿). O DNA foi associado à essas estruturas, localizando-se no interior, [DRV(DNA)] ou prefencialmente na sua superfície [DRV-DNA]. A terceira estrutura, um agregado lipídico não lipossomal designado por lipoplexo, foi preparado na ausência do lipídio estrutural, contendo o DNA associado em toda a sua superfície. As estruturas foram caracterizadas através do seu diâmetro hidrodinâmico e distribuição de tamanhos, razão de cargas para completa incorporação do DNA, carga superficial, transição de fases, acessibilidade de sonda de fluorescência ao DNA e morfologia. O peptídio sintético com seqüência não convencional foi associado à estrutura DRV-DNA. O escalonamento da produção de lipossomas foi analisado através de dados experimentais e simulação matemática da cinética de produção de lipossomas em sistema multitubular. Dos resultados conclui-se que a estrutura DRV-DNA é promissora para a produção de vacina contra a tuberculose tanto pela sua efetividade biológica quanto do ponto de vista tecnológico / Abstract: This work contributes to the technological development of a gene vaccine against tuberculosis, where DNA is transported within liposomes. The three main aspects focused on were: 1. Functional lipid structures for DNA delivery were prepared and characterized in the attempt to obtain immunization standards against tuberculosis; 2. The best lipid structure was chosen from in vitro and in vivo assays performed in the ¿Centro de Pesquisas em Tuberculose de Ribeirão Preto¿ ¿ CPT-RP. A synthetic peptide that promotes nuclear transport was complexed to DNA and included into the best lipid structure. 3. Scale up analysis for the production of the best lipid structure that was used for DNA delivery. Two types of liposomes were composed by lipids with the following properties: (i) structure, (ii) DNA incorporation and electrostatic attraction with cell surface, and (iii) helper, that facilitates the DNA release to the citosol. These structures were prepared by the dehydrated-hydrated method, generating DRVs (dehydrated-hydrated vesicles). The DNA was associated in the inner compartment, [DRV(DNA)], or mostly at the surface [DRV-DNA] of these structures. The third structure, a lipid aggregate that does not form liposomes and was named lipoplex, was prepared in the absence of the structural lipid, used in previous preparations, which contained DNA associated with all of the aggregate¿s surface. The physico-chemical characterization of the structures were based on the hydrodynamic diameter and size distribution of the lipid particles, charge ratio for DNA incorporation into the lipid structure, surface charge, phase transition temperatures, the fluorescent probe accessibility to DNA and morphology of the particles. A synthetic peptide, with non-conventional sequence was associated to the DRV-DNA structure. The scale up for the liposome production was analyzed through the acquisition of experimental data and mathematical simulation of the liposomes production in a multitubular system. The results demonstrate that the incorporation of DNA into a lipid structure is very promising as a tuberculosis vaccine, especially in regards to the complexation of DNA with empty DRVs. The technological aspects of scaling up also confirm the viability of preformed liposomes production / Doutorado / Desenvolvimento de Processos Biotecnologicos / Doutor em Engenharia Química

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-29Bitstream added on 2014-06-13T18:08:49Z : No. of bitstreams: 1 slade_gg_me_sjrp.pdf: 1409630 bytes, checksum: 016bbc3e589fef407db769347efaba7e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A dinâmica do DNA apresenta movimentos de grande amplitude e localizados ao longo da cadeia que, mesmo na sua temperatura biológica, são capazes de abrir um único par de bases. Com o objetivo de compreender essa dinâmica, discutimos a formação e a estabilidade de soluções espacialmente localizadas e periódicas no tempo, breathers, no modelo de Peyrard-Bishop. O limite anticontínuo é utilizado para gerar o breather, então no início o acoplamento entre os osciladores é nulo. Depois de construir o breather, nós utilizamos a teoria de Floquet para estudar sua estabilidade. Os resultados foram analisados pelos multiplicadores de Floquet e a dinâmica energética do sistema. Teste com diferentes frequências do breather e intervalos de acoplamento foram feitos; esses parâmetros estão intimamente relacionados com a energia do sistema. / A dinâmica do DNA apresenta movimentos de grande amplitude e localizados ao longo da cadeia que, mesmo na sua temperatura biológica, são capazes de abrir um único par de bases. Com o objetivo de compreender essa dinâmica, discutimos a formação e a estabilidade de soluções espacialmente localizadas e periódicas no tempo, breathers, no modelo de Peyrard-Bishop. O limite anticontínuo é utilizado para gerar o breather, então no início o acoplamento entre os osciladores é nulo. Depois de construir o breather, nós utilizamos a teoria de Floquet para estudar sua estabilidade. Os resultados foram analisados pelos multiplicadores de Floquet e a dinâmica energética do sistema. Teste com diferentes frequências do breather e intervalos de acoplamento foram feitos; esses parâmetros estão intimamente relacionados com a energia do sistema.