La toxoplasmose, dûe au parasite Toxoplasma gondii, est une zoonose dite à cycle complexe car le pathogène fait intervenir plusieurs espèces pour assurer sa transmission. Les félidés sont les hôtes définitifs de T. gondii et, lorsqu’ils sont infectés, peuvent excréter des millions d’oocystes dans l’environnement. L’ensemble des animaux à sang chaud, y compris l’homme, constituent les hôtes intermédiaires. L'infection des différents hôtes s'effectuent par transmission verticale ou via l'ingestion de tissus animaux contaminés ou d'oocystes présents dans l'environnement.Les objectifs de ma thèse étaient i) de mesurer la fréquence et la distribution spatiale des oocystes de T. gondii dans l’environnement en milieu rural, ii) d'estimer la prévalence et la distribution spatiale de l’infection dans la communauté locale de rongeurs, iii) de déterminer les principaux facteurs responsables de la structuration spatiale de la contamination environnementale et enfin, iv) d’évaluer l'importance de l'environnement en tant que source de contamination tant pour les animaux que pour l’homme.Nous avons mis en évidence une forte contamination des sols (29%) distribuée sur l'ensemble de la zone et, avons révélé un gradient spatial similaire de diminution de la contamination avec la distance aux bâtiments au niveau des sols et dans la communauté de rongeurs. Le modèle de simulation multi-agents a permis d'expliciter le rôle prépondérant de la configuration de l'habitat humain, qui de par son effet sur la structuration spatiale des populations de chats domestiques, détermine la fréquence et la distribution des points chauds de contamination. Par conséquent, en milieu rural, l'importante contamination des sols au niveau des fermes suggère que le risque d’infection pour l’homme est élevé, indirectement à travers la consommation de viande issue d’animaux d’élevage infectés, mais aussi directement via l’ingestion d’oocystes présents sur les substrats manipulés lors de diverses activités. / Toxoplasmosis, caused by the parasite T. gondii, is a zoonosis with a complex life cycle as the pathogen requires several different species to achieve it cycle. Felids, in particular domestic cats, are the definitive hosts of the parasite and when infected they can shed millions of oocysts in the environment. All warm blooded animals, including humans, are potential intermediate hosts. Host species can be infected through vertical transmission or by ingesting contaminated tissues or oocysts present on environmental substrates.My goals were: I) to precisely measure the frequency and spatial distribution of the environmental contamination to T. gondii in a rural area, ii) to estimate the prevalence and the spatial distribution of the parasite in the local community of rodents, iii) to identify the main factors driving the spatial structure of the environmental contamination and finally, iv) to assess the importance of the environment as a transmission source for animals and humans.First, we found a high frequency of contaminated soil samples (29%) that were largely distributed across the whole area, and, we found a similar spatial gradient of decreasing contamination with increasing distances from buildings for soils and rodents. Altogether, the results obtained allowed to identify and rank the determinants of the spatio-temporal dynamics of the environmental contamination to T. gondii. The agent-based model showed the primary role of the spatial configuration of human habitat, which, through its impact on the spatial structure of domestic cat populations, determines the frequency and distribution of the hot spots of soil contamination. Thus, in rural areas, the high level of contamination within and around agricultural buildings suggests that infection risks for humans are important, either indirectly through the consumption of contaminated meat or directly due to the ingestion of oocysts contaminating earth, water or vegetables.

Ce document est dédié à la modélisation dynamique des interactions hôtes-parasites. Il porte sur deux modèles biologiques très différents, mais étudiés à l’aide de modèles épidémiologiques standards construits à partir de systèmes dynamiques à compartiments. La première contribution est l’implémentation d’un modèle ‘micro-parasites’ pour étudier la transmission du parasite protozoaire Trypanosoma cruzi, agent étiologique de la trypanosomiase américaine (ou ‘maladie de Chagas’), au sein d’une communauté d’hôtes synanthropiques et domestiques. L’analyse du modèle mathématique montre pour la première fois dans ce système biologique un effet de dilution associé aux hôtes aviaires, ainsi que la possibilité de réduire la transmission à l’homme par modification de la composition de la communauté d’hôtes domestiques. La seconde contribution porte sur la dynamique des ‘parasites génomiques’ que sont les éléments transposables. En utilisant les analogies entre concepts de génomique et d’écologie proposées par l’approche d’ « Écologie du génome », il a été possible d’adapter des modèles développés pour les ‘macro-parasites’ à la dynamique d’éléments transposables de classe 1, les retro-transposons. L’analyse de cesmodèles permet de formuler des hypothèses sur l’importance relative de la démographie des hôtes, de la distribution du nombre de copies entre les individus et des mécanismes moléculaires de silencing de ces éléments, sur leurpersistance au sein de population d’hôtes se reproduisant de façon asexuée. / This document is dedicated to the dynamic modeling of host-parasite interactions. It is about two distant biological models, who are studied using standard epidemiological models built from dynamic compartmental models. The first contribution is the implementation of a 'micro-parasites' model to study the transmission of the protozoan parasite Trypanosoma cruzi, the etiological agent of American trypanosomiasis (or 'Chagas' disease), within a host community of synanthropic and domestic animals. The analysis of the mathematical model shows for the first time in this biological system a dilution effect associated with avian hosts, as well as the possibility of reducing the transmission to humans by modifying the composition of the domestic host communities. The second contribution deals with the dynamics of the "genomic parasites" that are the transposable elements. Using the analogies between genomics and ecology concepts proposed by the "Genome Ecology" approach, it was possible to adapt models developed for 'macro-parasites' to the dynamics of transposable elements of class 1, retro-transposons. The analysis of these models makes it possible toformulate hypotheses on the relative importance of the host demography, the distribution of the number of copies between individuals and the molecular mechanisms of silencing of these elements, on their persistence within the population of hosts reproducing asexually.

Introduction :Les anticoagulants oraux soulèvent des problématiques majeures en termes de risque hémorragique et de bon usage. L’informatisation du dossier médical offre la possibilité d’accéder à de grandes bases de données que l’on peut exploiter de manière automatisée. L’objectif de ce travail est de montrer comment la réutilisation de données peut permettre d’étudier des problématiques liées aux anticoagulants et accompagner une démarche d’assurance de la qualité des soins. MéthodesCe travail a été réalisé sur les données informatisées (97 355 séjours) d’un centre hospitalier général. Pour chaque séjour nous disposons des données diagnostiques, biologiques, médicamenteuses, administratives et des courriers de sortie. Ce travail est organisé autour de 3 axes :Axe I. L’objectif est d’évaluer la qualité de la détection des facteurs pouvant majorer l’effet anticoagulant des antivitamines K (AVK), à l’aide de règles développées au cours de du projet européen PSIP (convention de subvention n° 216130). Une revue des cas sur une année a permis de calculer la valeur prédictive positive et la sensibilité des règles. Axe II. Nous avons réalisé une étude de cohorte historique sur les données de 2007 à 2012 pour déterminer les éléments majeurs impliqués dans l’élévation du risque hémorragique sous AVK dans la réalité clinique. Les cas étaient les séjours présentant une élévation de l’INR au-delà de 5, les témoins n’en présentaient pas. Axe III. Nous avons mis la réutilisation de données au service de l’étude de la qualité des prescriptions. D’une part nous avons évalué le suivi des recommandations de traitement du risque thromboembolique dans la fibrillation atriale (FA) chez la personne âgée, d’autre part nous avons étudié les modalités de prescription des anticoagulants oraux directs (AOD).Résultats : Axe I : La valeur prédictive positive des règles de détection des facteurs favorisant l’élévation de l’INR sous AVK est de 22,4%, leur sensibilité est de 84,6%. Les règles les plus contributives sont les règles de détection d’un syndrome infectieux et de l’administration d’amiodarone. Axe II : Les facteurs majeurs d’élévation du risque hémorragique sous AVK mis en évidence par l’étude de cohorte sont le syndrome infectieux, le cancer, l’hyprotidémie et l’insuffisance hépatique. Axe III : Le taux de suivi des recommandations dans la fibrillation atriale chez le sujet âgé est de 47.8%. Seuls 45% des patients reçoivent des anticoagulants oraux, 22,9% ne reçoivent aucun traitement antithrombotique et 32,1% reçoivent des antiagrégants plaquettaires. Les AOD sont quant à eux prescrits à des posologies inadaptées chez 15 à 31,4% des patients, respectivement pour le dabigatran et le rivaroxaban. Ces erreurs sont principalement des sous-dosages en AOD dans la FA de la personne âgée (82.6%). Discussion : L’informatisation des dossiers médicaux a permis la constitution de grandes bases de données médico-administratives, qui peuvent être utilisées à des fins variées comme nous le montrons dans ce travail. Dans le premier axe nous avons montré que des systèmes d’aide à la décision à base de règles permettent de caractériser les facteurs impliqués dans les surdosages en AVK avec une bonne sensibilité mais avec une faible valeur prédictive positive. Le second axe a montré que l’on pouvait utiliser ces données à des fins exploratoires pour identifier les facteurs liés à l’élévation de l’INR chez les patients recevant des AVK en pratique réelle. Le troisième axe montre que les systèmes à base de règles peuvent aussi être utilisés pour identifier des prescriptions inappropriées à des fins d’amélioration de la qualité des soins. Dans le domaine de l’anticoagulation ce travail ouvre des perspectives innovantes en vue de l’amélioration de la qualité des soins. / Introduction :Oral anticoagulants raise major issues in terms of bleeding risk and appropriate use. The computerization of medical records offers the ability to access large databases that can be explored automatically. The objective of this work is to show how routinely collected data can be reused to study issues related to anticoagulants in a supportive approach to quality of care.MethodsThis work was carried out on the electronic data (97,355 records) of a community hospital. For each inpatient stay we have diagnostic, biological, drug and administrative data, and the discharge letters. This work is organized around three axes:Axis I. The objective is to evaluate the accuracy of the detection of factors that may increase the anticoagulant effect of vitamin K antagonists (VKA), using rules developed in the PSIP european project (grant agreement N° 216130). A case review on one year enabled the calculation of the positive predictive value and sensitivity of the rules. Axis II. We conducted a cohort study on data from 2007 to 2012 to determine the major elements involved in raising the risk of bleeding related to VKA in clinical reality. Cases were the stays with an elevation of the INR beyond 5, the controls did not have.Axis III. We made data reuse serve a study of the quality of the prescriptions. On the one hand we assessed treatment of the thromboembolic risk recommendations in atrial fibrillation (AF) in the elderly, on the other hand we investigated the prescription of direct oral anticoagulants.Results : Axis I : The positive predictive value of the rules intended to detect the factors favoring the elevation of INR in case of treatment with VKA is 22.4%, the sensitivity is 84.6%. The main contributive rules are the ones intended to detect an infectious syndrome and amiodarone.Axis II : The major factor increasing the INR with VKA treatment highlighted by the cohort study are infectious syndrome, cancer, hepatic insufficiency and hypoprotidemia. The recommendations compliance rate in atrial fibrillation in the elderly is 47.8%. Only 45% of patients receive oral anticoagulants, 22.9% do not receive antithrombotic treatment at all and 32.1% received platelet aggregation inhibitors. Direct oral anticoagulants are prescribed at inadequate dosages in 15 to 31.4% of patients, respectively for dabigatran and rivaroxaban. These errors are mainly underdosages in the elderly with atrial fibrillation (82.6%).Discussion : The computerization of medical records has led to the creation of large medical databases, which can be used for various purposes as we show in this work. In the first work axis we have shown that rule-based decision support systems detect the contributing factors for VKA overdose with a good sensitivity but a low positive predictive value. The second line shows that we could use the data for exploratory purposes to identify factors associated with increased INR in patients receiving VKA in “real life practice”. The third line shows that the rule-based systems can also be used to identify inappropriate prescribing for the purpose of improving the quality of care. In the field of anticoagulation this work opens up innovative perspectives for improving the quality of care.

Les contacts face-à-face entre individus permettent de caractériser les réseaux sociaux et jouent un rôle prépondérant dans la compréhension des mécanismes de propagation des épidémies dans une population. De récentes avancées technologiques ont rendu possible l'acquisition de données précises sur les interactions humaines. Cette thèse présente, dans un premier temps, l'analyse de données de contacts collectées trois années de suite (2011, 2012 et 2013) dans un lycée français entre des étudiants de classes préparatoires. L'analyse a montré que la plupart des contacts se produisent entre étudiants de même classe et que les structures des contacts sont très similaires d'un jour sur l'autre. Dans un second temps, on compare différentes méthodes de collecte de données qui permettent d'obtenir des informations de nature différente (par exemple existence d'un contact face-à-face vs existence d'une amitié).L'utilisation de données rapportant les amitiés entre les étudiants ne permet pas d'obtenir une bonne estimation du réseau de contact (i.e., les amitiés ne correspondent pas forcément à des contacts face-à-face et vice versa) résultant en une sous-estimation du risque épidémique dans cette population.Dans la dernière partie, nous essayons de reproduire les biais provenant du réseau d'amitié en échantillonnant le réseau de contact. Ceci pourrait nous donner des indications sur comment compenser ces biais et comment utiliser des données incomplètes pour obtenir des prédictions fiables sur le risque épidémique. / Face-to-face contacts between individuals contribute to shape social networks and play an important role in determining how infectious diseases can spread within a population. Recently, technological advances have made it possible to obtain accurate data on human interactions.This thesis first presents the analysis of contact data collected three years in a row (2011, 2012 and 2013) in a French high school among students of "classes préparatoires" (i.e., studies taking place after high school and preparing for admission to higher education colleges). The analysis showed that most contacts occur within students of same classes and that contact patterns are very similar from one day to the next.Then, we compare different methods of data collection which allow to gather information of different nature (for instance existence of a face-to-face contact vs existence of a friendship).The use of data reporting friendships does not allow to obtain a good estimation of the contact network (i.e., friendships do not correspond necessarily to face-to-face contacts and vice versa) resulting in an underestimation of the epidemic risk in that population.Finally, we try to reproduce the biases coming from the friendship network by sampling the contact network. This might give hints on how to compensate these biases and how to use the information contained in incomplete data sets to obtain accurate predictions of the epidemic risk.

Nous avons exploré la diversité génétique du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) pour caractériser et comprendre les graves épidémies de flétrissement bactérien qui sévissent à Madagascar. Une large collection de souches (n=1224; 75 sites) est constituée. Les souches sont assignées aux phylotypes I, III, et la grande majorité associée à l'épidémie appartiennent au groupe IIB-1 (‘Brown rot’ des anglo-saxons) signalé pour la première fois à Madagascar. L'approche MLVA (RS2-MLVA9) a révélé leur apparenté aux souches IIB-1 distribuées mondialement, suggérant ainsi une introduction malheureuse à Madagascar. Trois populations clonales se propagent par des tubercules infectées. Le génotypage des souches du phylotype III, avec le schéma hautement résolutif RS3-MLVA16 que nous avons développé, a révélé une forte diversité génétique structurée géographiquement en onze populations clonales bien différenciées. Cette structure reflète un caractère endémique des populations suggérant l'absence de transmission par tubercules. Les souches malgaches sont différentes de celles d'Afrique continentale. Les souches IIB-1 et III présentent deux modèles épidémiologiques différents. Les variétés de pomme de terre cultivées à Madagascar n'ont montré aucune résistance génétique vis-à-vis du panel de souches malgaches. Cependant, dans nos conditions expérimentales les accessions 720118 et 800934 sont résistantes aux souches I-31 non détectées pour l'instant à Madagascar, mais prévalentes dans l'océan Indien. Nous disposons ainsi d'un outil robuste pouvant être appliqué à l'étude du phylotype III, d'une vue globale de la structure des populations et d'épidémiologie du ceRs. / This thesis is exploring genetic diversity, population structure and molecular epidemiology of the Ralstonia solanacearum species complex (Rssc) causing potato bacterial wilt outbreaks in Madagascar. We characterized a large collection of strains (n=1224; 75 sites) collected from potato production areas. Surprisingly, the large outbreaks were associated with IIB-1 strains (Brown rot) while a few were associated with phylotypes I and III. This is the first report of phylotype IIB-1 in Madagascar. The IIB-1 strains were genotyped based on MLVA (RS2-MLVA9). And Malagasy phylotype IIB-1 clustered with worldwide distributed strains. Fine scale genetic investigation suggested three clonal populations that were introduced and spread through latently infected tuber-seeds. Phylotype III strains were genotyped with the highly discriminatory RS3-MLVA16 scheme we developed. Genetic population analyses revealed a high genetic diversity within phylotype III strains that geographically structured into 11 clonal populations. This support the endemic character of the phylotype III population in Madagascar and suggests no transmission with potato tubers. Malagasy strains were distinct from continental African strains. A clear-cut epidemiological profile is shown between IIB-1 and III strains. Genetically, no bacterial wilt resistance properties were shown for the most popular Malagasy potato cultivars, except two cultivars: 720118 and 800934 that showed strong resistance to phylotype I-31 strain that are predominantly distributed in the Indian Ocean. This study offered tool to genotype phylotype III strains and gives an insights into population structure and epidemiology of the Rssc.

Acinetobacter baumannii est un pathogène opportuniste qui prend une importance clinique croissante du fait de l’acquisition de multi-résistance. Nous avons étudié chez A. baumannii les caractéristiques et la régulation des intégrons de classe 1 (IM1) qui sont des systèmes génétiques favorisant l’acquisition, l’expression et la dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques. Nous avons montré qu’il existe une prédominance des promoteurs des cassettes Pc fort in vivo dans une collection d’isolats cliniques et d’environnement hospitalier et in silico dans les IM1 chez A. baumannii. Nous avons aussi montré que l’expression des Pc chez A. baumannii est 4 fois plus faible que chez E. coli, quel que soit le variant de Pc. Deux explications sont possibles pour la sélection des Pc forts chez A. baumannii : (i) la nécessité d’avoir un niveau d’expression suffisant en clinique pour survivre à la pression de sélection antibiotique et (ii) la nécessité d’une régulation de l’expression de l’intégrase, représentant un coût biologique important. En effet, A. baumannii ne possède pas le système de répression par LexA existant chez E. coli. Nos résultats ouvrent le champ de l’étude de la régulation des IM1 chez A. baumannii et ainsi l’identification de nouvelles voies d’action pour lutter contre l’antibio-résistance / Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen of increasing clinical importance due to the acquisition of multi-resistance. We studied in A. baumannii the characteristics and regulation of class 1 integrons (IM1), which are genetic systems that favor the acquisition, expression and dissemination of antibiotic resistance genes. We have shown that there is a predominance of strong Pc cassette promoters, in vivo, in a collection of clinical and hospital environment isolates, and in silico, from A. baumannii IM1 published in NCBI. We have also shown that the expression of Pc in A. baumannii is 4-fold lower than in E. coli, regardless of the Pc variant. Explanations that can be raised for the selection of strong Pc in A. baumannii are: (i) the need for a sufficient level of antibiotic resistance expression to survive the selection pressure in clinical environment; and (ii) the need for regulation of the integrase expression, which is of significant biological cost. Indeed A. baumannii does not have the LexA repression system existing in E. coli. Our results open the field of the study of IM1 regulation in A. baumannii and thus the identification of new pathways to fight antibiotic resistance.

Les réactions d'hypersensibilité immédiate survenant au cours de l'anesthésie demeurent un sujet de préoccupation majeure pour les anesthésistes. Le médicament le plus fréquemment responsable d'une anaphylaxie sont les curares. Le but de ce travail est de préciser l'épidémiologie actuelle et d'identifier certains facteurs environnementaux susceptibles d'expliquer la fréquence élevée des réactions allergiques aux curares qui peuvent survenir en l'absence de toute exposition préalable. Dans la première partie de la thèse, une enquête nationale décrivant l'épidémiologie des réactions anaphylactiques peranesthésiques entre 2005 et 2007 en France. Elle a confirmé l'intérêt du dosage d'IgE spécifique anti-curare. La survenue de réactions d'hypersensibilité immédiate allergique à l'induction anesthésique lors d'une première exposition aux curares a conduit à évoquer l'existence d'une sensibilisation croisée avec des substances présentes dans l'environnement et possédant un ammonium quaternaire. Différentes hypothèses ont été proposées, notamment une exposition aux produits cosmétiques et/ou désinfectants, une exposition à des antigènes de type phosphorylcholine rencontrés dans les levures, ou certains parasites. Dans la deuxième partie de la thèse, deux populations professionnelles, des apprentis coiffeurs exposés à des agents chimiques contenant des ions ammoniums, et des boulanger-pâtissiers exposés à des allergènes de levures et de parasites, ont été comparées avec la population générale à la recherche de différences concernant la prévalence des anticorps IgE spécifique anti-curare. Au terme de ce travail, l'exposition à des produits cosmétiques chez les coiffeurs apparaît comme un facteur de risque de développer des anticorps IgE spécifique anti-curare, démontrant pour la première fois l'hypothèse du lien entre l'exposition répétée aux produits cosmétiques contenant l'ammonium quaternaire et la sensibilisation croisée aux curares / Immediate hypersensitivity reactions occurring during anesthesia remains a major concern for anesthesiologists. The drugs most frequently responsible for anaphylaxis are neuromuscular blocking agents (NMBAs). The purpose of this study is to determine the current epidemiology and to identify environmental factors that may explain the high frequency of allergic reactions to neuromuscular blocking agents that can occur without any prior exposure. In the first part of the thesis, a national survey describing the epidemiology of anaphylaxis during anesthesia between 2005 and 2007 in France was carried out. The value of testing specific IgE against NMBA was confirmed.The occurrence of immediate allergic hypersensitivity reaction when first exposure to an NMBA during induction led to evoke the existence of cross-sensitization with substances present in environment and having a quaternary ammonium compound. Different hypotheses have been proposed including exposure to cosmetics and / or disinfectants, exposure to antigens encountered in phosphorylcholine yeasts, or parasites, or exposure to a derivative opiate, pholcodine. In the second part of the thesis, two occupational populations, hairdressers apprentice exposed to chemical agents containing ammonium ions, baker and pastry maker exposed to allergens yeast and parasites were compared with the general population to search for differences regarding the prevalence of specific IgE antibody against NMBA. At the end of this work, hairdressers exposed to cosmetics agents appears to be a risk factor for developing specific IgE antibodies against NMBA and we demonstrated for the first time the hypothesis of the ross-sensitization between repeated exposures to cosmetics products containing quaternary ammonium and NMBAs

Introduction : L'arrêt cardiaque (AC) est considéré comme un problème majeur de santé publique. Prévenir les arrêts cardiaques, les décès consécutifs et optimiser leur prise en charge sont les objectifs partagés à la fois par les professionnels de l’urgence et les décideurs des politiques de santé publique. A l’heure de la territorialisation prenant en compte les besoins des populations, très peu d’études ont été consacrées aux variations d’incidence induites par la localisation géographique des arrêts cardiaques et les caractéristiques socio-économiques des patients. L’objectif de cette thèse est d'identifier, à partir des données du registre national des arrêts cardiaques RéAC, dans les trois départements de la petite couronne d’Ile-de-France, des clusters de communes présentant une incidence élevée ou faible en matière d’arrêt cardiaque, puis de les caractériser à partir des facteurs socio-économiques qui peuvent leur être associés. Matériel et Méthodes : Nous avons étudié les données d’arrêt cardiaque des trois départements d’Ile-de-France composant la petite couronne francilienne. Nous avons ainsi travaillé sur un ensemble de 123 communes. Les données relatives aux arrêts cardiaques ont été extraites du registre français des arrêts cardiaques RéAC. Des données socioéconomiques ont été collectées pour chacune de ces communes auprès de l’Institut National de la Statistique et des Etudes Economiques (INSEE). En termes de méthodes, nous avons eu recours à une double approche sur le plan statistique, combinant des méthodes bayésiennes afin d’étudier les variations géographiques d'incidence des arrêts cardiaques et des statistiques de scan en vue d’identifier des clusters de communes selon le niveau d’incidence des arrêts cardiaques. Enfin, nous avons caractérisé et comparé ces clusters de communes selon des facteurs socioéconomiques. Résultats : Nous avons inclus 3.414 arrêts cardiaques sur une période de deux ans, entre août 2013 et août 2015. De fortes variations géographiques - significatives - ont été observées parmi 123 municipalités : 34 présentaient un risque d'incidence élevé et 37 présentaient un risque faible. Les statistiques de scan ont permis d’identifier 7 clusters significatifs sur le plan de l’incidence des arrêts cardiaques, dont 3 clusters à faible incidence (le risque relatif variait de 0,23 à 0,54) et 4 clusters à forte incidence (avec un risque relatif de 1,43 à 2). Les clusters de municipalités ayant une incidence élevée d'AC se caractérisent par un statut socioéconomique inférieur à celui des autres (clusters d'incidence d’arrêt cardiaque faible ou normale). L'analyse a montré des relations statistiquement significatives entre les facteurs de défaveur sociale et une incidence élevée. Discussion : L’analyse des taux d’incidence standardisés et lissés dans la zone de la petite couronne parisienne révèle l’existence d’une forte hétérogénéité en termes d’incidence des arrêts cardiaques. L’utilisation des statistiques de scan nous a permis d’identifier 7 clusters significatifs, dont 4 de sur-incidence et 3 de sous-incidence. Ces résultats, les premiers en France sur cette thématique, confirment ceux déjà existants dans la littérature internationale montrant une hétérogénéité spatiale de l'incidence de l'arrêt cardiaque et l’importance de certains facteurs socio-économiques. Enfin, le recours aux statistiques de scan, différente des méthodes généralement utilisées, permet de mettre en évidence l'existence de zones à haut risque d’arrêt cardiaque [...] / Cardiac arrest (CA) is considered a major public health problem. Preventing cardiac arrest and subsequent deaths and optimizing their management are objectives shared by both emergency professionals and public health policy makers. At a time when territorialization is taking into account the needs of populations, very few studies have been devoted to the variations in incidence induced by the geographical location of cardiac arrests and the socio-economic characteristics of patients. The objective of this thesis is to identify, based on data from the national register of cardiac arrests RéAC, in the three departments of the inner suburbs of Ile-de-France, clusters of municipalities with a high or low incidence of cardiac arrest, and then to characterize them based on the socio-economic factors that can be associated with them. Equipment and Methods: We studied cardiac arrest data from the three departments of Ile-de-France that make up the inner suburbs of the Paris region. We have worked on a total of 123 municipalities. Data on cardiac arrests were extracted from the French register of cardiac arrests RéAC. Socio-economic data were collected for each of these municipalities from the Institut National de la Statistique et des Etudes Economiques (INSEE). In terms of methods, we used a statistically twofold approach, combining Bayesian methods to study geographical variations in the incidence of cardiac arrest and CT statistics to identify clusters of communes according to the incidence level of cardiac arrest. Finally, we characterized and compared these clusters of municipalities according to socio-economic factors.

Les entérobactéries productrices de carbapénèmases peuvent être responsables d’impasses thérapeutiques puisque ces souches sont multirésistantes aux antibiotiques. La colistine, un antibiotique de la famille des polymyxines, fait partie des molécules de derniers recours potentiellement utilisables pour le traitement des patients infectés par ces souches. Son utilisation est ainsi en augmentation constante mais des résistances émergent.Ce travail a contribué à l’amélioration du diagnostic de la résistance à la colistine par le développement de deux nouveaux outils diagnostiques : un test rapide, le Rapid Polymyxin NP test et un milieu de culture sélectif, la gélose SuperPolymyxin. Il a permis d’identifier de nouvelles mutations chromosomiques au sein des gènes pmrA, pmrB, phoP, phoQ, mgrB et crrB responsables de l’acquisition de résistances et d’hétérorésistance à la colistine chez K. pneumoniae et K. oxytoca. Il a révélé que les mutations chromosomiques et les résistances plasmidiques étaient additionnelles et pouvaient entraîner l’acquisition d’un haut niveau de résistance à la colistine chez E. coli. Il a permis d’identifier une épidémie de souches de K. pneumoniae productrices de la carbapénèmase OXA-48 et résistantes à la colistine en France en 2014. Il a démontré que Hafnia était un genre d’entérobactéries présentant une résistance naturelle de bas niveau à la colistine. Enfin, il a permis de proposer une option thérapeutique, le ceftazidime/avibactam en association ou non avec l’aztréonam, pour traiter les patients infectés par les souches de K. pneumoniae productrices de carbapénèmases et résistantes à la colistine.Ce travail a ainsi contribué à améliorer les connaissances sur la résistance à la colistine chez les BGN au niveau du diagnostic, des mécanismes de résistance acquis, des résistances naturelles, et de l’épidémiologie et a permis de proposer des combinaisons d’antibiotiques actives in vitro sur les souches de K. pneumoniae productrices de carbapénèmases et résistantes à la colistine. / Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae may be responsible for therapeutic impasses since these strains are multidrug-resistant. Colistin, an antibiotic of the polymyxin family, is one of the last-resort molecules potentially usable for the treatment of patients infected with these strains. Its use is thus constantly increasing but resistances emerge.This work contributed to improve the diagnosis of colistin resistance by developing two new diagnostic tools: a rapid test, the Rapid Polymyxin NP test and a selective culture medium, the SuperPolymyxin agar. It identified new chromosomal mutations within the pmrA, pmrB, phoP, phoQ, mgrB and crrB genes responsible for the acquisition of colistin resistance and heteroresistance in K. pneumoniae and K. oxytoca. It revealed that chromosomal mutations and plasmid resistance were additional and could lead to the acquisition of a high level of colistin resistance in E. coli. It identified an outbreak caused by colistin-resistant OXA-48-producing K. pneumoniae strains in France in 2014. It demonstrated that Hafnia was a genus of enterobacteria with low-level intrinsic resistance to colistin. Finally, it suggested a therapeutic option, the ceftazidime / avibactam in combination or not with aztreonam, to treat patients infected with colistin-resistant and carbapenemase-producing K. pneumoniae.This work has significantly contributed to improve the knowledge of colistin resistance in Gram negatives in diagnostic, in characterization of acquired or intrinsic resistance mechanisms, and in epidemiology.

L’anorexie mentale est une pathologie affectant à la fois la santé mentale et la santé physique. Les formes les plus sévères alors qu’elles nécessitent des soins hospitaliers longs, ont un taux d’échappement aux soins très élevé (20% des adolescents et 60% des adultes) et sont celles présentant le plus mauvais pronostic. Or cet échappement aux soins (ou sortie prématurée) génère à la fois des rechutes et une chronicisation. Si le devenir à long terme de ces patients est documenté, les études centrées sur les formes les plus sévères sont peu nombreuses, et parmi elles, celles prenant en compte simultanément les aspects somatiques et psychiques de leur évolution sont quasi inexistantes. C’est pourquoi, après une mise au point sur les données épidémiologiques, concernant l’anorexie mentale, nous avons choisi de centrer notre travail de thèse sur d’une part la recherche de facteurs expliquant l’échappement aux soins, et pouvant devenir des cibles thérapeutiques, et d’autre part le devenir physique et psychique de ces sujets dix ans après une hospitalisation.La première étude portant sur 180 patients issus de dix centres français prenant en charge des patients anorexiques sévères, s’est appuyé sur une étude d’épidémiologie clinique prospective multicentrique appelée EVALHOSPITAM. Notre objectif était d’identifier des facteurs prédictifs de l’échappement prématuré aux soins lors d’une hospitalisation pour anorexie mentale. En effet, la prise en compte de tels facteurs dès l’admission permettrait peut-être de diminuer l’échappement prématuré aux soins en cours d’hospitalisation, et par là contribuerait à améliorer le pronostic de ces sujets. La seconde étude expose les résultats d’une étude de devenir de ces patients hospitalisés à l’adolescence neuf années en moyenne après une hospitalisation. Notre travail se centre sur le devenir somatique à long terme de patients ayant souffert d’anorexie mentale, son lien avec le devenir psychique et une comparaison avec un échantillon issu de la population générale de même âge et de même sexe. / Anorexia nervosa is a disease that affects both mental and physical health. The most severe forms as they require long hospital care, with a drop-out rate very high (20% of adolescents and 60% of adults) are those with the worst prognosis. But this drop-out (or early exit) generates both relapse and a chronicisation. If the long-term outcome of these patients is documented, studies focusing on the most severe forms are few, and among them, those taking into account both the somatic and psychic aspects of their outcome are almost nonexistent. That’s why, after focusing on epidemiological data on anorexia nervosa, we chose to focus our thesis on first the search for factors explaining the drop-out and may become therapeutic targets, and second the physical and psychological outcome of these subjects ten years after hospitalization.The first study of 180 patients from ten centers taking care of severe anorexic patients, relied on a prospective clinical multicenter epidemiological study called EVALHOSPITAM. Our objective was to identify predictors of drop-out during hospitalization for anorexia nervosa. Indeed, taking into account such factors upon admission might help reduce drop-out during hospitalization, and thus help to improve the prognosis of these subjects.The second study presents the results of an outcome study of patients hospitalized during adolescence on average nine years before. Our work focuses on the somatic outcome of long-term patients who suffered from anorexia nervosa, its link to psychiatric outcome and finally a comparison with a sample from the general population of the same age and sex.