Les Chlamydiaceae sont une famille de bactéries relativement récente dans la systématique microbienne. Deux bactéries sont principalement associées à des pathologies de l'homme, soit Chlamydia trachomatis et Chlamydophila pneumoniae. C. trachomatis est la première maladie à déclaration obligatoire au Québec et l'infection sexuellement transmissible (ITS) le plus fréquemment rencontré dans le monde. Mon projet consistait au développement d'une méthode de"Multi Locus Sequence Typing" (MLST) pour C. trachomatis à partir d'isolats cliniques, sans passer par la culture cellulaire, et ce grâce au PCR (réaction en chaîne de la polymérase) multiplex niché. L'objectif ultime de cette technique est de mieux connaître l'épidémiologie de la bactérie, pour pouvoir comprendre la résistance et la persistance aux antibiotiques et l'origine géographique commune, par exemple. Outre les 15 isolats de référence, 115 isolats d'origines diverses (38 ITS de l'Estrie, 54 ITS de l'Afrique et 22 trachomes de l'Afrique) ont été testés par PCR multiplex niché puis séquencés. Globalement, les 130 isolats se séparent en 29 séquences-types différentes, dont 17 ne sont retrouvées qu'une seule fois. Ces STs se regroupent en 4 complexes clonaux distincts. De plus, les isolats sont séparés selon le type d'infection qu'ils causent, soit l'ITS, le trachome ou la lymphogranulomatose vénérienne. Dans son ensemble, l'évaluation de la pertinence et de la qualité de la nouvelle technique MLST montre une force discriminatoire de 90,1%, qui est dans les normes de qualité pour une technique d'épidémiologie moléculaire. Un index d'association de 3,809 pour le schéma complet est trouvé, et un de 2,447 lorsque le calcul est refait avec un exemplaire de chaque ST seulement, indiquant une population clonale forte. Finalement, un ratio d[indice inférieur N]/d[indice inférieur S] variant entre 0.145 et 0.773 pour les gènes choisis pour le schéma MLST démontre que les gènes sélectionnés ne sont pas soumis à une pression de sélection positive. Toutes ces données tendent à prouver que le nouveau schéma MLST est une technique discriminante, qui va permettre de faire des liens épidémiologiques intéressants pour C. trachomatis. De plus, au cours de ce projet, des analyses de certains isolats de C. trachomatis ont montré des caractéristiques nouvelles au niveau du génotype ompA.Les 22 isolats de trachome de la Tanzanie (Afrique) ainsi que 5 isolats ITS des Îles Comores ont cette particularité. Il s'agit selon la séquence d'un génotype A variant. Des analyses supplémentaires restent à faire pour caractériser complètement le génotype.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

L’insuffisance rénale chronique (IRC) cause des anomalies biochimiques, osseuses et vasculaires. L’association entre IRC et fractures reste controversée, alors que les travaux antérieurs ont été restreints à l’étude de certains sites fracturaires et aux patients âgés. En outre, la performance de modalités d’imagerie ou scores de prédiction pour prédire les fractures en IRC fut peu étudiée. Les objectifs de ce mémoire sont donc d’évaluer l’impact de l’IRC légère à modérée sur : 1) la prévalence du statut fracturaire ; 2) l’incidence des fractures selon l’âge et le sexe; 3) la prédiction des fractures par l’échographie calcanéale (QUS); et 4) la performance de scores de prédiction clinique (FRAX, Garvan, QFracture). Nous avons analysé la cohorte CARTaGENE, incluant 19 990 Québécois âgés entre 40 et 69 ans. La fonction rénale fut estimée au recrutement. Les fractures furent identifiées de façon prévalente (autorapportées par questionnaire) et incidente (données médico-administratives). Nous n’avons pas observé d’association entre l’IRC et la prévalence du statut fracturaire après ajustement. Nous avons toutefois observé que l’IRC légère à modérée est associée à une augmentation de l’incidence des fractures à tous sites durant un suivi médian de 70 mois, particulièrement chez les jeunes et les hommes. Nous avons constaté que le QUS discrimine les fractures similairement en IRC et non-IRC, mais les sous-estime en IRC stade 3. Enfin, nous avons observé que la discrimination et la calibration des fractures par FRAX et QFracture étaient similaires en non-IRC et IRC, mais que le score Garvan menait à une discrimination plus faible et une sous-estimation en IRC stade 3. Ces travaux suggèrent un impact de l’IRC sur l’incidence fracturaire et la performance des outils prédictifs. Ils sensibilisent donc les cliniciens à l’impact fracturaire précoce de l’IRC et aux limites de certains outils prédictifs dans cette population. / Chronic Kidney Disease (CKD) causes biochemical, bone and vascular abnormalities. The association of nonterminal CKD with fracture remains controversial as previous studies focused on select fracture sites and were restricted to older patients. Furthermore, the fracture predictive performance of imaging methods and prediction tools has not been thoroughly studied. Thus, our objectives were to assess the impact of non-terminal CKD on : 1) fracture status prevalence; 2) fracture incidence by age and sex; 3) the performance of calcaneal quantitative ultrasonography (QUS) to predict fracture risk and; 4) the performance of three fracture prediction tools (FRAX, Garvan, QFracture). We analyzed the CARTaGENE cohort, which includes 19,990 participants aged 40 to 69 years from the province of Quebec, Canada. Renal function was estimated at baseline. Fractures were assessed at baseline (selfreported by health questionnaire) and during a follow-up of 70 months (medico-administrative data). We did not observe an association between non-terminal CKD and prevalent fracture status after adjustment for potential confounders. In contrast, we found that non-terminal CKD was associated with increased fracture incidence at any site, especially in younger patients and in men. Additionally, we observed that non-terminal CKD did not modify significantly the discriminative ability of QUS for fracture incidence but did lead to an underestimation of fracture incidence in patients with CKD stage 3. Finally, we found that FRAX and QFracture had similar discrimination and calibration for fractures in patients with and without non-terminal CKD while Garvan had lower discrimination and led to fracture underestimation in CKD stage 3. These findings suggest that non-terminal CKD is associated with increased fracture incidence and decreased performance of some fracture prediction tools. They therefore highlight the early effect of CKD on fracture risk and the limitations of some fracture prediction tools in this population.

La sténose aortique est la maladie valvulaire nécessitant le plus d’interventions et la troisième maladie cardiovasculaire la plus répandue après l’hypertension artérielle systémique et la maladie coronarienne dans les pays à haut revenu. La prévalence de la sténose aortique augmentant avec l’âge et les pays à haut revenu faisant face au phénomène du vieillissement populationnel, la maladie peut potentiellement devenir un fardeau de santé publique majeur. Cependant, les données sur le fardeau épidémiologique de la sténose aortique sont contradictoires, certaines études faisant état d'une augmentation de l'incidence et d'autres suggérant plutôt une diminution. De plus, le traitement de la sténose aortique fait face à un changement de paradigme majeur avec l’introduction de l’implantation valvulaire aortique par voie percutanée. L’introduction de cette intervention a changé la prise en charge de patients autrefois inopérables ou à haut risque chirurgical. Le fardeau de la sténose aortique dans la province peut donc être influencé à la fois par des tendances démographiques et par l’évolution du traitement de la maladie. Face à l’hétérogénéité de l’évolution du fardeau de la sténose aortique ailleurs dans le monde et au changement de la prise en charge de la maladie dans les dernières années, il est impératif d’évaluer l’évolution du fardeau de la sténose aortique au Québec. L’hypothèse principale est que, à la suite de l’augmentation de la prévalence de facteurs de risque cardiométaboliques dans les pays à haut revenu et au vieillissement de la population de la province, le fardeau de la sténose aortique dans la province de Québec a augmenté entre les années financières 2000-2001 et 2015- 2016. L'objectif principal de l'étude est donc d'examiner l'évolution de la prévalence, de l'incidence, de la mortalité toute-cause et de l'utilisation des interventions valvulaires aortiques au Québec entre les années financières 2000-2001 à 2015- 2016. / Aortic stenosis is the third most common cardiovascular disease in high income countries after arterial hypertension and coronary artery disease and is the valvular disease that requires the most interventions. The prevalence of aortic stenosis has been shown to increase with age and is becoming a major public health concern. However, data on the epidemiological burden of AS are contradictory, with some studies reporting an increase in incidence and others rather suggesting a decrease. The treatment of aortic stenosis faces a major paradigm shift with the introduction of percutaneous aortic valve implantation. The introduction of this procedure has changed the management of patients who were previously inoperable or at high surgical risk. The burden of aortic stenosis in the province can therefore be influenced both by demographic factors and by changes in aortic stenosis management. Faced with the heterogeneity of the evolution of the burden of aortic stenosis elsewhere in the world and the change in the management of the disease in recent years, it is imperative to assess the evolution of the burden of aortic stenosis in the province of Quebec. The main hypothesis of the study is that, because of the increasing prevalence of cardiometabolic risk factors in high-income countries and the aging of the province's population, the burden of aortic stenosis has increased in the province of Quebec between the fiscal years 2000-2001 and 2015-2016. The main objective of the study is therefore to examine the evolution of the prevalence, incidence, all-cause mortality and use of aortic valve interventions in the province of Quebec from the fiscal years 2000-2001 to 2015-2016.

L’impact des programmes de vaccination repose, en partie, sur la proportion des personnes ciblées qui reçoivent les vaccins recommandés, soit la couverture vaccinale. Au Québec dans les dix dernières années, le programme de vaccination chez les enfants avant l’âge de 24 mois a subi plusieurs changements, qui peuvent avoir eu un impact sur les couvertures vaccinales et les retards vaccinaux. Un retard vaccinal à une visite influence l’administration à temps des doses subséquentes. Plusieurs études ont documenté l’impact d’un retard à la première visite sur le statut vaccinal, mais l’impact des retards aux autres visites a été peu décrit. Depuis 2006, des enquêtes postales sont réalisées à tous les deux ans auprès d’enfants de 1 an et 2 ans afin d’évaluer la couverture vaccinale. Ces enquêtes prévoient jusqu’à 4 contacts auprès des participants potentiels pour maximiser la participation ainsi qu’une validation auprès des vaccinateurs des données vaccinales obtenues avec le carnet pour les enfants avec un statut vaccinal incomplet. Nous avons utilisé les données des enquêtes de 2006 à 2016 afin d’évaluer l’impact de l’ajout de nouveaux vaccins, des retards vaccinaux et des méthodes de collecte de l’information vaccinale sur l’estimation de la couverture vaccinale. Les analyses ont été réalisées auprès de 7183 enfants nés au Québec, dont 3508 enfants de la cohorte 2 ans. Nous avons observé que la couverture vaccinale à 24 mois pour les antigènes présents au calendrier depuis 2006 n’a pas diminué avec l’ajout des nouveaux antigènes et qu’elle a même augmenté pour les enquêtes réalisées en 2014 et 2016. En 2016, la couverture vaccinale à l’âge de 24 mois pour les antigènes déjà au programme était de 88,3 % et de 78,2 % lorsque tous les antigènes étaient considérés. La couverture vaccinale pour les nouveaux antigènes augmentait progressivement après leur introduction, mais demeurait inférieure à celle pour les antigènes déjà au programme. Nous avons également observé que la prévalence des retards vaccinaux augmentait selon les visites prévues à 2, 4, 6 et 12 mois et que l’impact des retards vaccinaux sur le statut vaccinal à l’âge de 24 mois était important pour les visites de vaccination après celle de 2 mois. Parmi les enfants avec un statut vaccinal incomplet à 24 mois, 16,1 % étaient attribuables à un retard à 2 mois, 10,6 % à un retard à 4 mois, 14,0 % à un retard à 6 mois et 31,8 % à un retard à 12 mois. Toutefois, environ les trois quarts des enfants qui présentaient un retard à la visite de 2 mois avaient un retard à une visite subséquente. Des facteurs associés à un statut vaccinal incomplet à 24 mois et à la présence de retards vaccinaux ont été identifiés afin de définir les populations les plus vulnérables qui pourraient bénéficier d’un suivi particulier. En se basant seulement sur les données du carnet, la couverture vaccinale aurait été sous-estimée de 5,5 % à 23,7 % dépendamment de l’année de l’enquête. Nous avons aussi comparé la couverture vaccinale à 24 mois entre les répondants à chacune des 4 étapes de la collecte des données. La proportion d’enfants complètement vaccinés était significativement plus élevée de 7,8 % chez les enfants des parents ayant répondu au 1er contact comparativement à ceux ayant répondu au 3e contact, mais seulement 2,1 % plus élevée que celle estimée parmi tous les répondants. L’ajout de répondants à chacune des étapes a permis d’augmenter le taux de réponse de l’enquête, mais a eu un impact limité sur la validité des estimés. Pour terminer, les enquêtes de couverture vaccinale sont essentielles pour évaluer la pénétration des programmes de vaccination et leur évolution dans le temps. L’évaluation des retards vaccinaux permet d’avoir un meilleur portrait de la vulnérabilité de la population. Il faudrait également considérer les autres visites dans la planification des interventions visant à réduire les délais dans l’administration des vaccins en plus de la visite de 2 mois. La validation des données de vaccination auprès d’autres sources doit être poursuivie afin de limiter la possibilité d’un biais d’information, mais peut être restreinte aux enfants avec un statut incomplet. Afin de mieux évaluer les bénéfices de réaliser plusieurs tentatives de contacts, il serait utile que les enquêtes de couverture vaccinales similaires à celle réalisée dans le cadre de ce projet présentent la couverture vaccinale estimée auprès des répondants à chacune des étapes. / The impact of vaccination programs depends upon the proportion of the target population who have received the recommended vaccines, i.e. vaccination coverage. In Quebec (Canada), during the last ten years, many new vaccines were added in the vaccination schedule for children under 24 months of age and this may have decreased the vaccination coverage and increased vaccine delays. Vaccine delay at one visit had an impact of on-time administration of subsequent doses. Many studies had shown that vaccine delays at first vaccines on the vaccination status, but there are scarce data regarding the impact of vaccine delays at other visits. Since 2006, vaccination coverage surveys are conducted every two years among children aged 1 and 2 years of age. These studies included up to four attemps to contact eligible individuals and data from vaccine booklets were supplemented by data from vaccine providers for children with missing doses. We used data collected from 2006 to 2016 to evaluate the impact of the addition of new vaccines in the early childhood schedule, the impact of vaccine delays and the impact of methods used to collect vaccination information. Analyses were realised with the 7183 children born in Québec; including 3508 children from the 2-year cohort. We observed that vaccination coverage by 24 months did not decrease with the addition of new vaccines for antigens included in the schedule since 2006 and was in fact higher in 2014 and 2016. In 2016, vaccination coverage for antigens in the schedule since 2006 was of 88.3% and of 78.2% including all recommended antigens. The vaccination coverage for new antigens increased rapidly after their introduction but remained lower than vaccination coverage for antigens in the schedule since 2006. We observed that the prevalence of vaccine delays increased by vaccination visits at 2, 4, 6 and 12 months and that the impact of vaccine delays on incomplete vaccination status by 24 months was important for delays after the 2-month visit. Among children with an incomplete vaccination status by 24 months, 16.1% were attributable with a first vaccine delay (2 mois), 10.6% at 4 months, 14.0% at 6 months and 31.8% at 12 months. However, about 75% of children with a vaccine delay at 2 months also had vaccine delays at later visits. Factors associated with an incomplete vaccination status by 24 months and with vaccine delays were assessed to identify more vulnerable populations who may required a particular follow-up. Without validation among vaccine providers in our study, the vaccination coverage by 24 months would have been underestimated from 5.5% to 23.7 depending on the survey year. We have compared vaccination coverage by 24 months between each contacts among potential respondents. We observed that the proportion fully vaccinated by 24 months of age was significantly 7.8% higher in children whose parents responded to the first rather than the third contact, but it was only 2.1% higher when comparing respondents to contact 1 and all respondents. Conducting multiple contact attempts increased the overall response rate, but had limited impact on the validity of estimates. To conclude, vaccination coverage studies are essential to evaluate the impact of vaccination programs and trends over the years. Monitoring of vaccine delays provide more information regarding the susceptibility of the population. Intervention to improve timeliness should address delays at each visit and not only focus on the first visit. In addition, validation of vaccination data among other sources is necessary to limit the presence of information bias in vaccination coverage studies, but may be restricted to children incompletely vaccinated. To better evaluate the benefit of multiple contacts it would be useful for future similar vaccination surveys to present the coverage obtained from respondants to each contact.

Objectifs. La vaccination des nouveau-nés contre le rotavirus est recommandée par l'OMS dans les pays où un impact significatif de santé publique est à prévoir, chaque pays doit établir le fardeau des maladies liées au rotavirus et établir le coût-bénéfice potentiel de l'implantation de la vaccination. Le fardeau du rotavirus n'est pas encore bien déterminé au Canada et au Québec, les données épidémiologiques disponibles incluent rarement l'impact sur les unités d'observation pédiatrique de courte durée, les urgences et les visites externes de façon simultanée. L'objectif principal de cette étude est de déterminer le fardeau de la gastro-entérite aiguë liée au rotavirus (GEAR) sur l'ensemble du système de santé de la région de l'Estrie. Méthode. Il s'agit d'une étude de cohorte rétrospective qui incluait les enfants < 5 ans consultant en Estrie pour gastro-entérite aiguë (GEA) selon les codes CIM-9/10 correspondants de novembre 2002 à octobre 2008. Les données d'hospitalisations et de l'urgence provenaient de l'entrepôt de données cliniques CIRESSS du CHUS, celles des consultations externes de la RAMQ. La recherche de rotavirus n'étant pas systématique, nous avons utilisé deux méthodes d'estimation indirecte reconnues (Winter Residual Estimation et méthodes des coefficients de Brandt) pour extrapoler les taux de GEAR. Résultats. Sur les 6 années d'étude, ont été recensées 1435 hospitalisations (hospitalisations standard : 598, hospitalisations de moins de 24h : 837), 3631 consultations à l'urgence et 6220 consultations externes pour GEA. La part liée au rotavirus selon les méthodes de Brandt et WRE était respectivement de 404 à 666 hospitalisations, 1009 à 1361 consultations à l'urgence et 1613 à 1687 consultations ambulatoires. Pour la population des enfants de moins de 5 ans en Estrie les taux d'incidence annuels d'hospitalisations pour GEAR étaient estimés entre 45 et 74/10000, pour les passages à l'urgence entre 113 à 152/10000 et pour les consultations externes entre 180 à 188/10000. La courbe épidémique objectivait un pic annuel survenant durant les mois de mars et d'avril. La majorité d'enfants hospitalisés pour GEAR avaient moins de 2 ans (65%). La durée médiane d'hospitalisation en unité standard était de 53 heures et plus de 90% des enfants hospitalisés ont bénéficié d'une réhydratation par voie intraveineuse. Nous avons identifié 83 GEA nosocomiales. Il n'y a eu aucun décès lié à la GEA pendant l'étude. Conclusion. La plupart des études rétrospectives disponibles sous-estiment le poids de la maladie en omettant les hospitalisations de courte durée. De plus, il s'agit de la première étude au Canada évaluant de façon globale le fardeau de la maladie liée au rotavirus sur l'ensemble du système de santé. Les résultats de cette étude pourront servir à l'évaluation de l'intégration du vaccin anti rotavirus au programme d'immunisation du Québec.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.