Les bâtiments à faible consommation d'énergie connaissent, ces dernières années, un grand intérêt étant donné le rôle important qu'ils jouent dans la diminution des émissions de gaz à effet de serre d'une part, et la flambée des prix des combustibles, d'autre part. Néanmoins, dans de nombreux cas la réalisation de ce type de bâtiments n'atteint pas les performances escomptées. Ce problème est dû en grande partie à : 1) la perte d'informations tout au long du cycle de vie du bâtiment, 2) la non évaluation régulière des décisions prises par les acteurs intervenants. Le commissionnement en tant que processus de contrôle qualité joue un rôle important dans le bon déroulement du processus de réalisation de bâtiments à faible consommation d'énergie. Cette recherche vise à développer une méthodologie dont l'objectif est d'assister les personnes responsables de cette mission dans la définition de plans de commissionnement adaptés à leurs projets. Nous avons réalisé en premier, un état de l'art de la réalisation des bâtiments à faible consommation d'énergie, que nous avons par la suite confronté à la réalité à travers une enquête auprès des acteurs du bâtiment et d'étude de cas réels. Cette étape nous a permis de formuler une hypothèse concernant la nécessité d'un commissionnement "évolutif" -adapté aux particularités de chaque projet - et de décrire une méthodologie globale d'assistance à la conception des bâtiments à faible consommation d'énergie, qui intègre une aide à la décision, une gestion de l'information et un commissionnement "évolutif" qui vient vérifier le bon déroulement des deux premiers. Pour mettre en application cette méthodologie, une boîte à outils a été développée. Elle est constituée de : 1) un outil dit "statique" qui permet de définir un premier plan de commissionnent générique qui répond aux caractéristiques d'un projet, à partir d'une base de données exhaustives de tâches de commissionnement, 2) un outil dit "dynamique" basé sur les probabilités, qui permet de mettre à jour le plan de commissionnement initial (générique), en l'adaptant au projet en cours. Cette mise à jour permet de prendre en compte les particularités et imprévus rencontrés lors de la réalisation d'un projet, rendant ainsi le plan de commissionnement plus précis. Une expérimentation, dans un cas réel, du premier outil et des applications du second ont été faites pour montrer leurs possibilités et leurs limites. Les résultats font apparaître deux points importants : 1) l'intérêt d'avoir un plan de commissionnement structuré et évolutif pour vérifier la qualité de la réalisation des bâtiments à faible consommation d'énergie et assurer ainsi l'atteinte des performances souhaitées, 2) l'intérêt d'utiliser un outil probabiliste tel que les réseaux Bayésiens pour anticiper les dérives et prendre en charge les imprévus rencontrés lors de ce processus vivant. Cette méthodologie représente une base pour le développement d'outils d'assistance à la définition de plans de commissionnement "évolutifs" pour le neuf et l'existant, et tous les secteurs du bâtiment

En écologie évolutive, les comportements de reproduction sont particulièrement intéressants de part leur impact sur le succès reproducteur et donc leur lien étroit avec la valeur sélective individuelle. En s'appuyant sur des suivis individuels à long-terme de populations naturelles d'un rongeur hibernant et d'un oiseau marin migrateur, cette thèse a eu pour objectif 1) de déterminer la présence de sélection de parentèle et le lien entre l'environnement social et la philopatrie chez le spermophile du Columbia (Urocitellus columbianus) et 2) d'estimer le potentiel évolutif de la phénologie de la migration et la reproduction chez la sterne pierregarin (Sterna hirundo).Alors que la dispersion à longue distance a été largement étudiée chez de nombreux taxa, notre compréhension des mouvements au sein d'une colonie, en particulier en tenant compte de l'environnement social, reste limitée. Pourtant l'organisation spatiale des individus apparentés peut être fortement liée à l'évolution de la coopération, qui a pour condition nécessaire la présence de sélection de parentèle. Les travaux de cette thèse montrent que les femelles spermophiles du Columbia coopérant avec des apparentées ont une valeur sélective inclusive plus élevée que les autres femelles, révélant une forte influence de la sélection de parentèle. Les femelles sont fortement philopatriques au sein de la colonie et les mouvements à courte distance semblent liés à un partage de l'espace avec les apparentées. La philopatrie et les ajustements spatiaux permettent une forte proximité entre apparentées, qui est à la base de leur coopération. Ces résultats ouvrent des perspectives prometteuses pour explorer les mécanismes proximaux et ultimes de la coopération, en particulier en lien avec l'évolution des personnalités.Dans le contexte des changements climatiques, de nombreuses études chez les oiseaux documentent un avancement de la phénologie. L'étude d'une population déclinante de sternes pierregarins montrant un retard progressif des dates de ponte soulève l'importance d'évaluer les changements évolutifs attendus ainsi que les contraintes évolutives pour la phénologie de la migration et de la reproduction. Ces travaux montrent une diminution des variances phénotypique et génétique additive de la date d'arrivée de la migration printanière avec l'avancement du stade reproducteur. Ce résultat révèle un cas original de forte sélection passée pour la canalisation d'un trait comportemental, pouvant représenter une contrainte évolutive pour ce caractère. En outre, alors que la phénologie de la reproduction est classiquement considérée comme un caractère femelle-spécifique, l'analyse révèle un effet environnemental indirect du mâle sur la date de ponte, lié à la nécessité d'une synchronisation entre les partenaires pour l'arrivée de la migration printanière. Malgré d'une part l'absence de contraintes génétiques et d'autre part une héritabilité et une variance génétique additive significatives, les changements évolutifs attendus pour des dates de ponte plus précoces sont restreints du fait d'une sélection faible. De même, le potentiel évolutif de la date d'arrivée de la migration est limité. Des recherches futures explorant la plasticité phénotypique et la désynchronisation entre la phénologie des sternes et de leurs proies pourraient expliquer le retard de la phénologie de la reproduction en contraste avec nos prédictions. / In evolutionary ecology, behaviours associated with reproduction are particularly interesting because of their impact on reproductive success, and thus their close link to individual fitness. Using long-term individual monitoring of natural populations of a hibernating rodent and a migratory seabird, the aims of this PhD were 1) to determine presence of kin selection and relationship between social environment and philopatry in Columbian ground squirrels (Urocitellus columbianus) and 2) estimate the evolutionary potential of the migratory and reproductive phenology in common terns (Sterna hirundo).While long-distance dispersal has been well studied in numerous taxa, our understanding of within-colony movements is still limited, particularly with respect to the social environment. However, spatial organization of kin can be strongly related to the evolution of nepotistic cooperation, which requires kin selection as a necessary condition. My studies show that female Columbian ground squirrels that cooperate with kin have higher inclusive fitness, revealing a strong influence of kin selection. Females are strongly philopatric within the colony and short-distance movements seemed to be linked to sharing of space with kin. Philopatry and spatial accommodation promote strong proximity between kin, which is the basis of their cooperation. These results offer promising research perspectives for the exploration of proximate and ultimate mechanisms of cooperation, particularly linked with the evolution of personality.In the context of climate change, numerous studies in birds document advances of avian phenology. The study of a declining population of common terns exhibiting a progressive delay of laying dates indicates the importance of evaluating expected evolutionary changes, as well as constraints on migratory and reproductive phenology. My studies found a decrease of the phenotypic and additive genetic variances in arrival date from spring migration with advancing reproductive stage. This result reveals an original case of strong past selection for canalization of a behavioural trait, perhaps representing an evolutionary constraint. Also, while phenology of reproduction is classically considered a female-specific trait, analyses show an indirect environmental effect of male on laying date, linked to the need of partners to be synchronized when arriving from spring migration. In spite of, on one hand, lack of genetic constraints, and on the other hand, significant heritability and genetic variance, expected evolutionary changes for earlier laying dates are limited due to a weak selection. Similarly, the evolutionary potential of arrival date from spring migration is limited. Future research exploring phenotypic plasticity and the mismatch between the phenology of terns and their prey might explain the delay of the reproduction phenology, in contrast with our expectations.

Les insectes parasitoïdes effectuent leur développement aux dépens d'un autre organisme, un hôte. La qualité des hôtes va directement influencer le développement et la survie des parasitoïdes. Le nombre de descendants produits par les femelles dépend donc de leur capacité à localiser les hôtes et à déterminer leur qualité. Aussi, lorsqu'elles sont en situation de compétition et que les hôtes en question se trouvent être en quantité limitée, elles devront adapter leurs stratégies de ponte de manière à maximiser leur succès reproducteur. L'objectif de cette thèse est d'étudier les stratégies de ponte des femelles d'une espèce de parasitoïde solitaire, Anisopteromalus calandrae en situation de compétition intraspécifique. Chez les espèces solitaires, en partie à cause de combats larvaires mortels, un seul adulte pourra émerger d'un hôte donné, et ce, quel que soit le nombre d'oeufs initialement pondus. Nous nous sommes intéressés à ces combats en étudiant les facteurs biotiques pouvant affecter leur issue. Chez cette espèce, les larves femelles sont de meilleures compétitrices que ne le sont les mâles. Plus l'intervalle de temps entre deux pontes augmente, plus le deuxième individu pondu risque de se faire éliminer. Ainsi, chez cette espèce, les femelles sont capables de distinguer les différentes catégories d'hôtes auxquelles elles sont confrontées. Premièrement, le choix entre hôtes parasités et non parasités dépend de la stratégie de la femelle, à savoir si elle les utilise pour la ponte ou pour se nourrir. Cette stratégie est elle-même modulée par son état physiologique (âge, réserves nutritives...). Deuxièmement, lorsque les femelles sont confrontées à des hôtes déjà parasités, elles pondent préférentiellement sur ceux récemment parasités, hôtes sur lesquels leurs descendants ont la plus grande probabilité de survivre. L'origine de cette discrimination est dûe à l'évolution du profil cuticulaire de l'hôte au cours du temps après parasitisme. De plus, lorsque les oeufs présents sur les hôtes parasités ont atteint un certain stade de développement, les femelles sont capables de reconnaitre leur sexe. Elles vont ainsi avoir tendance à pondre plus de mâles lorsque des oeufs femelles sont déjà pondus. Toutefois, elles évitent de les pondre directement sur des hôtes déjà parasités par un oeuf femelle, les mâles ayant peu de chances de remporter le combat. L'aspect adaptatif de ces stratégies ainsi que les mécanismes sous-jacents sont discutés.

Si dans la Voie Lactée les populations d'étoiles B et Be sont relativement bien connues, il n'en est pas de même pour celles des Nuages de Magellan. Les Grand et Petit Nuages de Magellan sont des galaxies satellites de notre Galaxie et sont connus pour être déficientes en métaux. Nous avons alors observé de grands échantillons d'étoiles chaudes des Nuages de Magellan avec le spectrographe multi-objets GIRAFFE du VLT afin d'étudier les effets de la sous-abondance en métaux sur ce type d'étoile. Nous retraçons dans cette thèse la création des catalogues astrométriques et photométriques et les processus de sélection des étoiles B et Be. Puis nous traitons de la détermination de leurs paramètres fondamentaux et nous examinons les conséquences de la métallicité sur les vitesses de rotation. Nous montrons les premières déterminations des distributions des vitesses sur la ZAMS des étoiles Be et leurs implications sur les proportions et le comportement de ces étoiles. Puis, nous comparons les statuts évolutifs des étoiles Be des Nuages de Magellan et de la Voie Lactée et nous donnons des éléments de réponses aux différences constatées. Enfin, nous donnons une estimation des abondances en surface du carbone et montrons que celles-ci diffèrent que les étoiles soient des rotateurs lents (étoiles B) ou des rotateurs rapides (étoiles Be).<br />Dans la seconde partie de cette thèse, nous exposons diverses études complémentaires telles que la cartographie d'objets à émission dans les Nuages de Magellan avec la caméra grand champ de l'ESO en mode spectroscopique ou encore l'étude d'étoiles chaudes de jeunes amas ouverts de la Voie Lactée. La découverte de variabilité photométrique à court-terme dans les étoiles Be et de binaires dans les Nuages de Magellan ainsi qu'une étude des raies nébulaires sont aussi présentées dans cette partie.

La viviparité, qui consiste à mettre au monde directement des jeunes vivants, a évolué de nombreuses fois à partir de l'oviparité, qui consiste à pondre des oeufs, en particulier chez les lézards et les serpents (les squamates). Ce groupe est celui où l'on observe le plus grand nombre d'évolutions indépendantes de la viviparité, ainsi que des évolutions récentes et à des niveaux taxonomiques faibles. Le lézard vivipare est une des rares espèces au sein de laquelle l'oviparité et la viviparité coexistent. J'ai donc utilisé cette espèce pour mon étude sur les coûts et les bénéfices de la viviparité. Je me suis d'abord intéressée aux ajustements de l'investissement dans la reproduction ainsi qu'aux coûts de la gestation. J'ai observé une absence d'ajustement post-ovulatoire de la taille de portée, de la masse de portée et de la masse du jeune. Cependant, j'ai montré que les femelles ajustent ces paramètres en fonction de leur environnement pendant la vitellogenèse, ainsi qu'en fonction de leur corpulence et de leur date de mise bas de l'année passée. J'ai ensuite étudié les coûts de la gestation de manière expérimentale, en contrôlant les accouplements, en manipulant la taille de portée, et en comparant des femelles ovipares à des femelles vivipares. Ces études ont mis en évidence, selon le contexte, des effets de la gestation sur le système immunitaire, sur le comportement de thermorégulation, sur l'endurance, et sur la perte de poids des femelles ; mais pas d'effet sur leur survie après la mise bas. L'étude comparative a montré que les coûts de la reproduction sont plus importants pour les femelles ovipares que les vivipares avant la gestation. Par ailleurs, la gestation est une période non seulement associée à des coûts mais aussi à des effets maternels. J'ai montré que la croissance des jeunes après la naissance dépend de la taille de portée pendant la gestation. Cependant, comme c'est souvent le cas, le mécanisme de cet effet maternel n'est pas connu. Afin de mettre en évidence les facteurs à l'origine des effets maternels, j'ai développé une approche expérimentale qui repose sur l'incubation in vitro d'embryons de lézards vivipares. Les résultats préliminaires sont prometteurs étant donné que ce processus permet d'obtenir des jeunes vivants. Finalement, j'ai montré l'existence d'effets de l'âge grand-maternel chez les lézards vivipares. Il s'agit de la première mise en évidence d'effets de l'âge grand-maternel en populations naturelles.

Les applications en temps réel, telles que les systèmes de conférence multi-utilisateurs, ont des exigences de qualité de service élevées pour garantir une qualité d'expérience décente. De nos jours, la plupart de ces conférences sont effectuées sur des appareils sans fil. Ainsi, les appareils mobiles hétérogènes et la dynamique du réseau doivent être correctement gérés pour fournir une bonne qualité d’expérience. Dans cette thèse, nous proposons deux algorithmes pour construire et gérer des sessions de conférence basées sur un réseau défini par logiciel qui utilise à la fois la distribution multicast et l’adaptation de flux. Le premier algorithme configure la conférence téléphonique en créant des arborescences de multidiffusion pour chaque participant. Ensuite, il place de manière optimale les emplacements et les règles d’adaptation des flux sur le réseau afin de minimiser la consommation de bande passante. Nous avons créé deux versions de cet algorithme: le premier, basé sur les arborescences les plus courtes, minimise la latence, tandis que le second, basé sur les arborescences, minimise la consommation de bande passante. Le deuxième algorithme adapte les arborescences de multidiffusion en fonction des modifications du réseau qui se produisent pendant un appel. Il ne recalcule pas les arbres, mais ne déplace que les emplacements et les règles d’adaptation des flux. Cela nécessite un calcul très faible au niveau du contrôleur, ce qui rend notre proposition rapide et hautement réactive. Des résultats de simulation étendus confirment l'efficacité de notre solution en termes de temps de traitement et d'économies de bande passante par rapport aux systèmes de conférence existants basés sur une unité de contrôle multipoint et une multidiffusion de couche d'application. / Real-time applications, such as Multi-party conferencing systems, have strong Quality of Service requirements for ensuring a decent Quality of Experience. Nowadays, most of these conferences are performed on wireless devices. Thus, heterogeneous mobile devices and network dynamics must be properly managed to provide a good quality of experience. In this thesis, we propose two algorithms for building and maintaining conference sessions based on Software-Defined Network that uses both multicast distribution and streams adaptation. The first algorithm set up the conference call by building multicast trees for each participant. Then, it optimally places the stream adaptation locations and rules inside the network in order to minimize the bandwidth consumption. We have created two versions of this algorithm: the first one, based on the shortest path trees is minimizing the latency, while the second one, based on spanning trees is minimizing the bandwidth consumption. The second algorithm adapts the multicast trees according to the network changes occurring during a call. It does not recompute the trees, but only relocates the locations and rules of stream adaptation. It requires very low computation at the controller, thus making our proposal fast and highly reactive. Extensive simulation results confirm the efficiency of our solution in terms of processing time and bandwidth savings compared to existing conferencing systems based on a Multipoint Control Unit and Application Layer Multicast.

Il s’agit dans cette étude des processus créatifs des systèmes automatiques et autogénératifs. Notre problématique se base sur le paradoxe suivant : comment est-il possible à un système automatique et autopoïétique de créer quelque chose de doté d’une valeur esthétique ? Peut-on parler d’une poïétique et d’une esthétique propres aux systèmes autogénératifs ? Si cela est possible, en quel sens peut-il avoir ? Et quels seraient les implications et les enjeux ? Comment faire concilier la conscience, l’intentionnalité, l’émotion, la subjectivité, l’intelligence créative et la libre décision avec l’automatisation et la programmation algorithmique ? En s’appuyant sur un échantillon de neuf artistes, et à partir d’une approche inductivo-déductive, nous avons essayé de réfléchir sur les liens nécessaires entre : automatisation, autonomie, auto génération et énaction. Nous nous sommes rendu compte qu’il y avait une évolution continue qui dirigeait toute l’histoire de l’instrumentalisation dans l’art. Cette médiation, toujours en évolution, a finalement abouti à un changement qualitatif, c'est-à-dire à un passage de paradigme du faire au paradigme du faire faire avec lequel les processus d’automatisation, d’autonomisation, d’autogénération et d’énaction se sont devenus de plus en plus déterminants pour l’acte de création artistique.Le paradigme du faire faire est un paradigme d’automatisation, d’autogénération, d’autopoïèse et d’émergence dans lequel, l’« artiste » ne génère plus directement l’œuvre, mais plutôt il instaure le contexte de son auto génération. Cette autogénérativité progressive prendra des formes et des degrés multiples, à commencer par la générativité combinatoire, exploratoire, adaptative et transformationnelle…, à travers les quelles, le triangle créatif traditionnel s’est trouvé inopérationnel, et par conséquent, la théorie de l’art condamnée à changer ses catégories.Dans ce contexte de changement paradigmatique, une « nouvelle hybridation homme-machine », une « créativité collective et distribuée » ou une « auto générativité éco systémique » se présentaient comme des pistes possibles vers des nouvelles pratiques créatives énactives, vers des nouvelles aventures de théorisation et de réflexions esthétiques ? / The purpose of this study is the creative processes of automatic and self-generating systems. The raised issue is based on the following paradox: how is it possible for an automatic and autopoietic system to create something that has an aesthetic value? Can we speak of poietic and aesthetic that are characteristics of self-generating systems? If possible, in what sense it is. And what would the implications and the stakes be. How to reconcile consciousness, intentionality emotion, with automation and algorithmic programming? Based on a sample of nine artists, and from a deductive-inductive approach, we have tried to reflect on the necessary links between: automation, autonomy, self-generation and énaction. We have come to realize that there is a continuous evolution that runs the entire history of the instrumentalization of art. This mediation, always evolving, has eventually led to a qualitative change. That is to a passage from a paradigm of do to a paradigm of make do with which the processes of automation, self-generation and enaction have become increasing crucial to the act of artistic creation. The make do paradigm is a paradigm of autopoiesis and emergence, in which, the artist no longer generates directly the work of art, but rather establishes the context of its self-generation. This progressive self-generation takes multiple forms and degrees, beginning with the combinatorial, explaratory, adaptive and transformational generativity through which the traditional creative triangle is found inoperative, and therefore the theory of advance art has changed its categories. In this context of paradigmatic change, à “new hybridization Human-Machine”, a “collective and distributed creativity” or “ecosystem auto-generativity” have become possible leads to new enactive and creative practices, to new adventures of aesthetic theory.

La Dynamique de la Persistance Identitaire se veut, à travers l'autoportrait plastique, une analyse des notions du moi et du surmoi. L'autoportrait soulève pour la majorité des artistes, des plus anciens aux plus novateurs, la question de l'identité à travers l'apparence, le caractère, mais aussi des origines sociales et culturelles et son exacerbation amène à un narcissisme qui fut le moteur de l'activité de nombreux maîtres parmi les plus illustres. Se remémorer certaines périodes de la vie, des souvenirs heureux ou malheureux de situations vécues, conduit à l'introspection, où le temps est une notion majeure artistique et nécessaire à la structuration psychologique d'un individu. De nombreux artistes se sont penchés sur leur image en employant de nombreuses techniques plastiques traditionnelles et, depuis peu, expérimentales (expériences tridimensionnelles). Ces représentations, à l'aide des nouveaux outils informatiques accessibles à tous, sont désormais modifiables à volonté, apportant un choix illimité d'altérations réversibles en mode uniquement virtuel. Dans un travail initial (Evolution Identitaire) ce dessein interroge l'autoportrait de l'auteur à l'aide de dessins unicolores éclairés de rehauts de blancs ou chaque visage apparaît trait par trait pour constituer l'individu. La Dynamique de la Persistance Identitaire remet en question ces trente et un visages représentés le plus objectivement possible pour dévier de l'image réelle à l'image rêvée, par la technique du Makeover, très utilisé sur internet et donnant ainsi une possibilité de reconquête de l'identité, à la recherche d'une esthétique optimisée, adaptée au choix de l'artiste: deux cent dix-sept dessins, toutes réalisations confondues, sont ainsi conçus. Cet ensemble est diffusé à travers une exposition et une vidéo et il est adaptable à plusieurs espaces sous trois formes complémentaires :une double frise chronologique en parallèle d'autoportraits format A4 sur un papier légèrement teinté où sont confrontées représentations objectives et subjectives des formes suivant les critères des lois de la Gestalt. une vidéo projection ou les visages se dévoilent progressivement, donnant ainsi naissance à une technique dite "dessin évolutif', proche de l'animation, et donnant vie à l'individu avec le morphing en étape ultime qui dévoile avec fluidité un nouveau visage rectifié selon les désirs de l'auteur, une longue frise chronologique format A2 blanc où l'image vécue est couplée et confronté à l'image idéalisée, sur une même représentation, par deux couleurs différentes pour signifier les corrections accomplies. Cette recherche devrait être complétée, dans l'avenir, toujours avec pour moteur la recherche de réalisations d'autoportraits tridimensionnels, à l'aide de technologies pointues, telles anamorphoses et imprimante 3D. / Dynamics of identity Persistence wants, through the plastic self-portrait, an analysis of the concepts of ego and superego. Self Portrait raises for the majority of artists, from the oldest to the most innovative, the question of identity through the appearance, character, but also social and cultural origins and exacerbation leads to a narcissism that was the engine the activity of man y of Art masters. Remember certain periods of life, happy or unhappy memories of life situations, leads to introspection, where time is a necessary artistic and psychological structuring an individual major concept. Many artists have focused on their image using many traditional engineering plastics and, more recently, experimental (three-dimensional experiments). These representations using new tools accessible to all are now modified at will, bringing unlimited choice reversible alterations only virtual mode. In initial work (Identity Evolution) this design questions the portrait of the author with one colored drawings illuminated highlights of each face appears white or line by line to form the individual. Dynamics of identity Persistence puts into these thirty questions and faces presented as objectively as possible to deviate from the actual image to the perfect picture, the technique Makeover, widely used on the Internet and giving an opportunity to reconquer identity, the search for an aesthetic optimized, adapted to the choice of the artist: two hundred and seventeen drawings, ail outputs combined, are well designed. This package is distributed through an exhibition and a video that is adaptable to many spaces in three complementary ways:-A double timeline of self-portraits in parallel on A4 paper with a lightly tinted face objective and subjective representations of forms depending on the requirements of Gestalt's laws. -A video projection where faces are gradually revealed, giving rise to " evolutionary drawing " , close to the animation technique, and giving life to the individual with the morphing ultimate step reveals a new face smoothly corrected according to the wishes of the author. -A long white frieze chronological format A2 where the image is coupled lived and confronted with the idealized image, on the same representation by two different colors to signify the completed corrections. This research should be completed in the future, always with engine research achievements of three-dimensional self-portraits, with pointed and such anamorphic 30 printer technologies.

L’alternance de périodes glaciaires et interglaciaires durant les 20 derniers Ma a mené à des changements environnementaux répétés au niveau du plateau continental antarctique. C’est dans ce contexte que les téléostéens de la famille des Nototheniidae se sont adaptés et diversifiés à travers plusieurs vagues de radiations (dont les Trematominae), dominant l’Ichtyofaune australe. Parmi les Nototheniidae, le groupe « Trematomus » (genres Cryothenia, Pagothenia, Trematomus et Indonotothenia) est celui où l’on observe la plus grande diversité chromosomique, avec des nombres diploïdes de chromosomes allant de 24 à 58, impliquant de nombreux réarrangements ayant accompagné les spéciations. Nous avons cherché à caractériser ces remaniements chromosomiques. Avec un caryotype ancestral inféré de 2n = 48, une conservation des unités chromosomiques entre espèces, et une constance des tailles de génome, l’hypothèse de réarrangements structuraux sans polyploïdisation préalable est la plus probable. Afin de reconstruire l’histoire évolutive de ces événements, nous avons recherché les homologies chromosomiques interspécifiques. Ceci nous a permis de reconstituer les remaniements (majoritairement des fusions) que nous avons repositionnés sur la phylogénie résolue des « Trematomus ». Contrairement à ce qui a été publié pour le genre Notothenia, nos résultats suggèrent des acquisitions multiples et indépendantes. Les éléments transposables (ETs) peuvent être impliqués dans les remaniements chromosomiques par le biais de recombinaisons ectopiques. Ils participent alors à la diversification des lignées au cours de l’évolution. En raison de leur régulation épigénétique, leur mobilisation massive peut être induite en cas de variations environnementales importantes. Nous nous sommes intéressés à trois super-familles d’ETs (DIRS, Gypsy and Copia) dans ces génomes. Les DIRS1 ont montré des patrons d’insertions en points chauds dans les régions centromériques et péricentromériques. Etant donné leur mode de transposition décrit et leur propension à s’insérer dans des copies préexistantes, nous proposons un rôle des éléments DIRS1 comme facilitateurs des fusions observées lors de la diversification des « Trematomus ». / In the last 20 My, multiple glacial-interglacial cycles led to strong and repeated environmental changes on the Antarctic continental shelf. In this changing environment, nototheniid fishes diversified through several rounds of species radiation (one of which within Trematominae), and now constitute the dominant group in Antarctic teleosts. Among Nototheniidae, the group « Trematomus » (genera Cryothenia, Pagothenia, Trematomus and Indonotothenia) exhibits the highest chromosomal diversity, with diploid chromosome numbers ranging between 24 and 58, involving many rearrangements probably linked to speciation. We characterized the nature of these chromosomal repatternings. With an inferred ancestral state of 2n = 48 acrocentric chromosomes, a conserved number of chromosomal structural units, and a constancy of the genomes sizes we measured; the hypothesis of structural modifications is favored rather than a whole genome duplication associated to drastic reductions. In order to reconstruct an evolutionary scenario of such chromosomal rearrangements accompanying the trematomine diversification, we identified interspecific chromosomal homologies. This allowed us to reconstruct the rearrangements events (mostly centric and tandem fusions). We plotted them on a phylogeny we reconstructed based on our own ddRAD-seq data. Contrary to what was reported for the Notothenia, our results are in favor of independent acquisitions. Transposable elements (TEs) can lead to chromosomal rearrangements through ectopic recombination events, hinting at a role as drivers of specific-lineage diversification. Moreover, due to their epigenetic regulation, TEs can be mobilized when thermic changes occur. We focused on three retrotransposon superfamilies (DIRS, Gypsy and Copia) in nototheniid genomes. The DIRS1 showed unexpected accumulation patterns of insertion in the centromeric and pericentromeric regions. Given the mechanism of DIRS1 transposition and their tendency to sometimes insert on pre-existing copies (homing), we suggest a role of DIRS1 elements as facilitators of the fusions that occurred during the trematomine radiation.

L’explosion du nombre de séquences permet à la phylogénomique, c’est-à-dire l’étude des liens de parenté entre espèces à partir de grands alignements multi-gènes, de prendre son essor. C’est incontestablement un moyen de pallier aux erreurs stochastiques des phylogénies simple gène, mais de nombreux problèmes demeurent malgré les progrès réalisés dans la modélisation du processus évolutif. Dans cette thèse, nous nous attachons à caractériser certains aspects du mauvais ajustement du modèle aux données, et à étudier leur impact sur l’exactitude de l’inférence. Contrairement à l’hétérotachie, la variation au cours du temps du processus de substitution en acides aminés a reçu peu d’attention jusqu’alors. Non seulement nous montrons que cette hétérogénéité est largement répandue chez les animaux, mais aussi que son existence peut nuire à la qualité de l’inférence phylogénomique. Ainsi en l’absence d’un modèle adéquat, la suppression des colonnes hétérogènes, mal gérées par le modèle, peut faire disparaître un artéfact de reconstruction. Dans un cadre phylogénomique, les techniques de séquençage utilisées impliquent souvent que tous les gènes ne sont pas présents pour toutes les espèces. La controverse sur l’impact de la quantité de cellules vides a récemment été réactualisée, mais la majorité des études sur les données manquantes sont faites sur de petits jeux de séquences simulées. Nous nous sommes donc intéressés à quantifier cet impact dans le cas d’un large alignement de données réelles. Pour un taux raisonnable de données manquantes, il appert que l’incomplétude de l’alignement affecte moins l’exactitude de l’inférence que le choix du modèle. Au contraire, l’ajout d’une séquence incomplète mais qui casse une longue branche peut restaurer, au moins partiellement, une phylogénie erronée. Comme les violations de modèle constituent toujours la limitation majeure dans l’exactitude de l’inférence phylogénétique, l’amélioration de l’échantillonnage des espèces et des gènes reste une alternative utile en l’absence d’un modèle adéquat. Nous avons donc développé un logiciel de sélection de séquences qui construit des jeux de données reproductibles, en se basant sur la quantité de données présentes, la vitesse d’évolution et les biais de composition. Lors de cette étude nous avons montré que l’expertise humaine apporte pour l’instant encore un savoir incontournable. Les différentes analyses réalisées pour cette thèse concluent à l’importance primordiale du modèle évolutif. / The explosion of sequence number allows for phylogenomics, the study of species relationships based on large multi-gene alignments, to flourish. Without any doubt, phylogenomics is essentially an efficient way to eliminate the problems of single gene phylogenies due to stochastic errors, but numerous problems remain despite obvious progress realized in modeling evolutionary process. In this PhD-thesis, we are trying to characterize some consequences of a poor model fit and to study their impact on the accuracy of the phylogenetic inference. In contrast to heterotachy, the variation in the amino acid substitution process over time did not attract so far a lot of attention. We demonstrate that this heterogeneity is frequently observed within animals, but also that its existence can interfere with the quality of phylogenomic inference. In absence of an adequate model, the elimination of heterogeneous columns, which are poorly handled by the model, can eliminate an artefactual reconstruction. In a phylogenomic framework, the sequencing strategies often result in a situation where some genes are absent for some species. The issue about the impact of the quantity of empty cells was recently relaunched, but the majority of studies on missing data is performed on small datasets of simulated sequences. Therefore, we were interested on measuring the impact in the case of a large alignment of real data. With a reasonable amount of missing data, it seems that the accuracy of the inference is influenced rather by the choice of the model than the incompleteness of the alignment. For example, the addition of an incomplete sequence that breaks a long branch can at least partially re-establish an artefactual phylogeny. Because, model violations are always representing the major limitation of the accuracy of the phylogenetic inference, the improvement of species and gene sampling remains a useful alternative in the absence of an adequate model. Therefore, we developed a sequence-selection software, which allows the reproducible construction of datasets, based on the quantity of data, their evolutionary speed and their compositional bias. During this study, we did realize that the human expertise still furnishes an indispensable knowledge. The various analyses performed in the course of this PhD thesis agree on the primordial importance of the model of sequence evolution.