建構與發展海峽兩岸的整合可能模式，涉及層面至深且廣，包括政治、經濟、軍事、外交、文化、社會、心理等諸多面向，這些因素又交互影響、彼此牽引。整合理論用來探討海峽兩岸整合時，對如何實現、預測、或解釋整合現象，應具備那些變數，無論是聯邦主義學派（federalism）、交流學派（communication）或新功能主義學派（neo-functionalism），迄今仍無一致性看法。因此，運用各學派的整合理論，在時空環境的配合，發展適用於海峽兩岸整合的理論架構與邏輯，排除解決影響整合的主要變數，始能朝海峽兩岸整合發展。 海峽兩岸從1991年起，開展了「民間性、事務性、功能性、技術性」的交往與協商，卻無顯著突破與進展，兩岸間仍充滿敵意，尤其在1995年、1996年，中華人民共和國公然針對中華民國發動導彈威懾，使海峽兩岸關係急劇倒退，幾導致軍事衝突危機。 以「和平方式」進行的整合，歐洲可說是國際整合最成功的案例，由歐盟整合進程所得經驗顯示，會員國間成立的不只是功能性的「專門機構」，同時包括一般性和政治性的「超國家機制」，如歐洲議會。質言之，是以經濟整合帶動政治整合。 綜合整合理論觀點，並參照歐洲整合進程，可將歐洲整合的途徑歸納為「共同體途徑」、「政府間合作途徑」及「不同速度整合途徑」三個途徑，而歐洲整合成功的主要關鍵又可歸納為「超國家主義與政府間主義的整合機制」、「求同存異的整合原則」及「階段性整合模式」。 在借鑑歐洲整合經驗時，海峽兩岸經貿、文化交流每年均大幅成長，但政治關係卻未同步發展，緊張情勢也無改善跡象，整合理論的「外溢」效應，無法解釋海峽兩岸關係的變遷。回顧中華民國與中華人民共和國間的爭議，國家定位與統、獨立場，是必須首要釐清的問題。 中國擁有五千年的文化歷史承傳，從歷代王朝的更迭興替史實，可以具體發現，都是以興兵作戰方式，以達江山統一的政治目的。對人類歷史來說，以「和平方式」所發展的「非武力」式整合，是創造人類最大的和平與安全。海峽兩岸整合的建構與發展，「歐洲整合」是值得參考與借境的。歐洲各國可以基於人類的和平與安全發展需要，以一種「非武力」方式來進行歐洲的整合工程，台海兩岸中國人，佔世界人口四分之一，以中國人的智慧，應該也可以創造一種「非武力」式的整合。因此，在推動海峽兩岸整合工程，就有些基本原則必須遵循，一是「暫時擱置主權爭議問題」，二是「共同追求海峽兩岸的經濟繁榮」，三是「共同努力維持和平穩定環境」。 「一國兩制」是1970年代設計產物，雖可運用於港、澳地區，但港、澳是條約割讓地收回問題，與台海兩岸的問題性質完全不同。為促進海峽兩岸的雙贏、互惠、互利，應先「擱置主權爭議問題」，共同以「構建海峽兩岸整合為目標與願景」，將主權爭議留在未來的時間去解決。 從政治與經濟面向探討海峽兩岸整合時，如果兩岸真的要「合」在一起，而不是五十餘年來所謂的「統一問題」或「一個中國原則」問題，就要在「暫時擱置主權爭議」、「共同追求經濟繁榮與發展」、「共同努力維持和平穩定環境」大原則下，來創造海峽兩岸整合的能動性，並以「第三種主體樣態」為整合發展的追求願景，在「有目標而無時間表」的趨同力量下，共同推動海峽兩岸的整合工程。 「綜合性安全（comprehensive security）」已漸為亞太區域所重視，其安全面向已擺脫傳統的軍事安全，包括非軍事因素，將「綜合性安全」觀念，運用在海峽兩岸的整合發展，將極有助於外交與軍事面向的整合，使海峽兩岸整合呈現出「跨越式」發展。 國際因素自然會影響海峽兩岸的關係，其中又以美國因素最為重要，但外部因素都比不上中華民國與中華人民共和國彼此間的互動來得重要。假如海峽兩岸政府都有準備接受一個妥協性的解決方案，而不是一定要完全滿意的方案作為過渡措施，對中華人民共和國言，應有足夠的共識供其稍加軟化其堅持，以做為會談的開端，而非一味主張中華民國不願也不會接受的「一中原則」。讓雙方得以展開協商的妥協性基礎，可以藉由讓中華人民共和國接受中華民國正式宣布不尋求獨立的承諾，只要雙方能找出一個取代「一中原則」的會談前提。另一方面，中華民國應努力與中華人民共和國展開談判，直到達成協議為止，在談判過程中，雙方都必須承諾不使用武力，且對協議的達成不應設有時間表。 長遠的解決方案必須找出雙方都能接受的「整合模式」，且所構成的新政治單元（第三種主體樣態）中的兩個既存政府，均得以擁有海外代表，並與他國建立關係。將來可能達成的整合模式，必須獲得中華人民共和國與中華民國雙方的同意，且任何一方都要有75％以上人民的同意，才能生效。 自1979年始，近二十年的交流互動所呈現的事實，海峽兩岸的交流互動會受到政治因素及其他突發狀況之影響而出現上升或下降的變化。因此，政治因素是海峽兩岸推動整合工程影響極大的因素，交流互動的發展，若無政治因素的支持，是無法呈現正成長的。 在推動海峽兩岸整合工程，建構與發展「第三種主體樣態」的基本前提，是海峽兩岸都有極強烈的意願，以「和平方式」來推動整合的進程，彼此間的任何衝突，是透過談判、協商的方式來解決，海峽兩岸間要建立這個共識，首先要結束敵對狀態，共同在國際間宣誓，並以國際締造和平的一貫方式－「簽署海峽兩岸和平協定」，以為海峽兩岸開展和平整合工程的進程，最低限度應以「類國際關係」或「域際關係」以做為推動整合工程的關係架構基礎，並以「第三種主體樣態」來共同建構與發展未來海峽兩岸整合的願景。至於要用多少時間來達成這個「政治願景」，則應視整個整合的進程與共識而定。因此，不論「政治願景」的建構時間有多長，台海地區的安定、和平是必然的基礎，同時更可為穩定亞太地區情勢，做出極大貢獻。 美國政府鼓勵海峽兩岸從事有助於兩岸的對話，並為這種步驟背書，主要著眼是維護美國在亞太地區、台海兩岸地區的重大利益；然美國的利益絕無法超過海峽兩岸兩個政治實體的利益，故就維護海峽兩岸彼此間的利益言，海峽兩岸是須要和平穩定的環境，以為經濟發展的基礎。因之，由和平對話進展至「海峽兩岸和平協定」的簽署，將是符合國際體系的期望與利益。為解決這種情況，海峽兩岸整合應堅持以和平方式，並採「經濟整合與政治整合的雙軌並行非等速」的整合模式與進程，並應先簽署「海峽兩岸和平協定」，以確保整合工程是以和平方式進行。 關於「世界上只有一個中國、台灣與大陸同屬一個中國」這句語，到底是指「主權歸屬」的涵義，還是指的是「領土完整」的涵義。對一個傳統的國家而言，「主權」與「領土」兩者是重疊的，但是對於分裂國家而言，則不必然重疊，對分裂國家言，台灣屬於中國的主權，但是並不屬於中華人民共和國的主權，因為中華人民共和國並不等於中國。台灣與中國大陸都屬於「整個中國」的一部分，而「整個中國」的主權屬於兩岸所有的人民。「台灣屬於中國，但不屬於中華人民共和國政權；中華民國的政府固然不能代表整個中國，中華人民共和國政府也無權代表整個中國；台灣地區與中國大陸地區均是中國領土的一部分；中國等於中國大陸地區加上台灣地區」。「誰的中國？」，應該是「中國是海峽兩岸人民的中國」。 有沒有一個辦法可以讓中華民國在國際間獲得主體性，但是又不會造成「整個中國」的分割？傳統平面的「主權排他性」思考，是不可能找出答案，但如果用「垂直性思考」，可能就會找到建設性的答案。如果了解在WTO架構中，歐盟十五個國家卻擁有十六個會員體，這第十六個就是「歐洲共同體」，從WTO實際運作中，就可以了解這個「第十六個主體」所具有的法律意義。 台海兩岸用整合的方式來追求未來，在相關的領域中建立共同體，一方面可以使海峽兩岸在「合」的方面建構起來；另一方面也可以在國際間解決海峽兩岸的共同出現。如果海峽兩岸能夠達成協議，創造一個除了海峽兩岸以外的「第三種主體樣態」，也就是在國際組織中海峽兩岸有三個主體存在，一個是中華人民共和國，一個是中華民國，另一個就是由海峽兩岸所共組成的「第三種主體樣態」。「第三種主體樣態」的意義是海峽兩岸對對方的主體尊重，但又展現出共屬一主體的雙重思維。換言之，就是「互為主體、共享主體」的觀念。如此海峽兩岸可以在相互尊重的基礎上，展開合作，共同創造海峽兩岸整合的能動性。 「第三種主體樣態」的權利與義務，是否會隨著海峽兩岸整合的程度而逐漸加重？是否會隨著雙方整合的深廣化，由「第三種主體樣態」逐漸取代海峽兩岸的主體性？畢竟整合進程是充滿能動性的動態發展，則留待未來的時間去證明。 海峽兩岸願意朝整合發展，並承諾共同建構與發展「第三種主體樣態」，自然要相互依存與信任共識。中華民國必須做出不從「整合式的中國」分裂出去，中華人民共和國則必須承諾放棄以武力解決其所稱的「台灣問題」，並以和平方式建構「第三種主體樣態」的「整合式的中國」。海峽兩岸的相互依存與信任，是海峽兩岸整合催化劑，建立一個「有目標而無時間表」的海峽兩岸整合方向，是雙方所能達到的最佳平衡點，是海峽兩岸共同創造雙贏的戰略機遇，而「第三種主體樣態」與「整合式中國」的概念，就是海峽兩岸雙贏的基本點。 在借鑑歐洲整合經驗探討，並輔以整合理論從政治、經濟、外交、軍事、社會、文化等面向探討海峽兩岸整合可能模式時，所顯現的事實上是「惟有海峽兩岸在趨於一同，甚或整合為一個『第三種主體樣態』時，在全球化不可逆轉的趨勢中，始有具有競爭的充分能動性，方能成為全球範圍內的首要競爭者；若走向永久分裂及兵戎相見，均將弱化競爭效能，甚且倒退二、三十年」。因此，海峽兩岸的整合具有「合者兩利、分者兩害」關係，必須揚棄「統」、「獨」鬥爭，並放棄「一個中國原則」，以建構、發展「第三種主體樣態」為追求整合願景，在「有目標而無時間表」的動態整合進程，創造屬於海峽兩岸人民的世紀。