中國大陸於一九八七年十月「十三大」由趙紫陽首次提出以「轉變政府職能」為原則的機構改革新思路，並分別於一九八八年、一九九三年及一九九八年進行以「職能轉變」為主的機構改革，然而在一九九三年前後機構改革過程中，政府企業管理部門進行「職能轉變」實踐「政全分開」政策時卻出現政策扭曲的「翻牌公司」現象。由於極權／意識型態研究模式強調由上往下的領導運作，較無法完全解釋此一現象，本研究乃嘗試以理性選擇研究途徑來分析及解釋，期望能使得既定事實的呈現更加完整，並使理論風貌更加多元。 本研究共分為五章，第一章緒論旨在說明本研究動機與目的、研究方法與限制、研究範圍與架構作一完整說明，並檢閱有關中共機構改革之研究文獻及說明其研究成果與限制。第二章理性選擇研究途徑的探討旨在說明理性選擇途徑的基本內涵與思辯、與極權／意識型態研究途徑之比較及為何運用理性選擇途徑來分析「翻牌公司」現象。第三章中共國務院機構改革的背景旨在說明國務院機構改革的法律基礎、機構改革的概念與特點。第四章機構改革過程中的「翻牌公司」現象旨在應用理性選擇理論中有關個人自利、效用極大化及期望值利益團體的概念，來說明自一九九三年以後大量出現之「翻牌公司」現象的各個分析單佳，並說明「翻牌公司」現象中各分析單住約互動過程。第五章結論部分則說研究發現加以說明，並提出後續研究之建議及前瞻未來展望。 經由本研究整理論述，由理性選擇研究途徑所建構出來的架構，似乎可以更真實地解釋一九九三年前後機構改革過程中所出現的「翻牌公司」現象，及各分析單位的效用偏好與行動策略，跳脫既定的解釋模式並得出更真切的觀察，對於長期以來多以極權／意識型態模式解釋及研究中國大陸的方法提供了另一個分析架構。「翻牌公司」的現象顯然與機構改革方案、政府職能轉變、實現政企分開、減少政府對企業的干預等構想相違背，根本不符合市場經濟體制所要求的企業角色定位，也根本扭曲了中國大陸機構改革的初衷。解決「翻牌公司」的根本途徑，除機構改革外，還有賴整個經濟體制的配套改革、建立完備的產權制度，形成公平合理的收入分配機制、競爭性市場機制和體制，以及完備民主與法制，才能有效地結束利益主體的行為。 關鍵字：國務院、機構改革、職能轉變、政企分開、翻牌公司、理性選擇研究途徑、極權／意識型態研究途徑

近來公共行政學術與實務朝向多元的發展與範圍的擴大，就前者而言，學術上的多元雖引起學科認同危機的疑慮，卻開啟了學派與科際交流的大門，為行政學術注入活水，也為理性論辯提供制度性的基礎；就後者而言，在有效治理與解決社會問題的要求下，政府必需尋求非政府部門組織與行動者的合作以共同承擔公共責任。另方面，在經過行為主義的浪潮後，社會科學界再度對「制度」（institutions）在人類社會中所扮演的角色重新審視，這主要表現在「制度」界定並影響社會互動的過程及結果。這股研究風潮在「新制度理論」（new institution）的名稱下並無一體系性的研究立場與策略，但都分享了對制度研究的高度興趣的共識，值此時刻，上述公共行政學術與實務的趨勢，提供了新制度理論引介的契機。基此，本論文乃針對新制度理論內涵作一引介，並提出一多元制度分析架構以為個案分析用。第一章部分：提出本文之研究架構與方法，並對多元分歧的〞制度〞定義作一說明與界定，此外，針對現行農田水利會的性格與特質作一簡述。第二章部分：在於對社會科學領域中新制度理論的發展作一歷史性的分析，分別探討其科際發展背景，並引用核心假設、主要論題、政策意涵與相關問題四個面向來對此思潮內部分歧的二大研究途徑：理性選擇途徑與社會文化途徑的差異作一比較，並進而探討二者是否有共量與對話的可能。第三章部分：有鑑於新制度理論內部的分歧，學者們曾提出不少理論模式以為整合，本文則分別從知識旨趣、理性概念與行動邏輯的概念探討提出另一研究途徑－－溝通理性途徑，加上前述二途徑而成為多元的制度分析架構。而在分析層次方面，在就制度論制度的前提下，根據其活動範圍大小、時間歷程、客觀強制力大小而區分為制度變遷、制度改革與制度設計三層次，彼此以鑲鍖的方式存在而具有內在連繫性。第四章部分：本章依多元制度分析架構對塯公農田水利會作一個案分析，從灌溉系統的問題本質、系絡特性、與實際運作規則對其制度的源起、發展維持、轉型替代作一說明。而在農田水利會制度改革過程中，相關行動者彼此的策略性結盟、隱喻使用及論証的提出等各項行動，不僅有其自利的動機，更有其象徵意義。最後分別由交易成本、社會文化與溝通對話面向，對於改革過程中所提出的改制案、現行案及水利聯盟案作一比較分析，而塯公水利會的組織特色又適合何種制度架構亦有必要探討。第五章部分：在於對新制度理論目前發展作一評估，探討其在社會科學領域中〞進步的意義，及水利會的改革歷程所透露出的訊息為何？最後，則是對新制度理論未來研究方向提出一說明。