O alho é uma hortaliça importante não só pelo atrativo culinário, como também pelo grande número de propriedades medicinais. A utilização efetiva de recursos genéticos, conservados em bancos de germoplasma, em programas de melhoramento depende de criteriosa caracterização, utilizando em combinação caracteres agromorfológicos e marcadores moleculares. Neste estudo, 16 novos locos microssatélites específicos para a espécie foram desenvolvidos, 10 polimórficos. Os bancos de germoplasma de alho, das instituições IAC, ESALQ e Embrapa, foram caracterizados utilizando 17 locos microssatélites polimórficos, sete deles disponíveis na literatura. A maioria dos locos foi considerada moderado a altamente informativo, com PIC médio de 0,545 e máximo de 0,851. Foram encontrados 90 alelos, com riqueza alélica média de 2,258 alelos por loco e índice de Shannon de 1,176. A coleção da Embrapa apresentou destaque, com maior número de alelos privados e genótipos multi locos (MLGs). Os 151 acessos avaliados foram representados por 65 MLGs. A estratégia M foi utilizada para definição de uma coleção nuclear, que foi constituída por 16 acessos, com cobertura de 100% dos alelos e mínima redundância. O GST geral foi de 0,200 e para MLGs de 0,068, indicando alta diferenciação genética dentro dos bancos de germoplasma, e GIS de 0,195, indicando excesso de heterozigotos, comum em espécies de propagação vegetativa como o alho. A estruturação genética dos MLGs resultou na distinção de dois subgrupos pelo método Bayesiano, consistente com os agrupamentos observados no dendrograma e PCA. Os grupos formados apresentaram coerência com a classificação de acessos de acordo com o ciclo fenológico, em nobres e seminobres. Os marcadores microssatélites desenvolvidos neste trabalho são ferramentas valiosas para estudos de diversidade genética, conservação de germoplasma, mapeamento genético e associativo e espera-se que sejam úteis em futuros programas de melhoramento da espécie. / Garlic is an important crop not only for its culinary attractiveness, but also because of a huge number of medicinal properties. The genetic resources in germplasm require characterization by morphological traits and molecular markers to be effectively used in breeding programs. A novel set of 16 SSR loci specific to garlic were developed. Ten loci were polymorphic, moderate to highly informative, with an average PIC of 0.545 and maximum of 0.851. A total of 151 accessions of garlic from three Brazilian germplam, IAC, ESALQ, and Embrapa, were evaluated for genetic diversity using 10 novel polymorphic SSR loci and other 7 available in the literature. A total of 90 alleles were detected, the average allelic richness was 2.258 alleles per locus and the Shannon index 1.176. The Embrapa collection had the vast majority of private alleles and multi locus genotypes (MLGs). The whole collection was reduced to 65 MLGs. The M strategy were used to define a core collection, 16 accessions were selected with 100% coverage of alleles and minimum redundancy. Overall GST was 0.200 and for MLGs, 0.068, indicating a high genetic differentiation within collections, and GIS was 0.195, indicating an excess of heterozygosity, which was expected as garlic is vegetatively propagated. MLGs were structured in two subgroups by Bayesian approach, consistent with the clustering based on genetic distances and PCA. The groups were coherent with the classification of accessions according to phenology (noble and semi-noble). The new SSR loci are tools for future studies of genetic diversity, germplasm conservation, mapping, and associative genetics, and hopefully will shed light on garlic breeding programs.

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2018-09-17T22:06:41Z No. of bitstreams: 1 Disserta??o de Mestrado - Washington.pdf: 1852656 bytes, checksum: 454b1394baec4b0dbe61bc22fcf2e3ee (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-17T22:06:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Disserta??o de Mestrado - Washington.pdf: 1852656 bytes, checksum: 454b1394baec4b0dbe61bc22fcf2e3ee (MD5) Previous issue date: 2018-02-06 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The fungi Lasiodiplodia theobromae and Neofusicoccum parvum are pathogens responsible for reducing mango yield due to dieback, which both cause in the culture. Inheritance studies and variability in accessions for fungal diseases in mango, in general, are quite limited, despite their importance for the development of cultivars. The goals of this study were1) to evaluate the inheritance of resistance to dieback disease caused by L. theobromae and N. parvumin three crossings, and 2) evaluate 75mango accessions for resistance to these fungi to support mango breeding programs. Young branches containing young leaves were selected, and suspension of 103 conidia/mL of L. theobromae or N. parvum was sprayed, separately. After inoculation, leaves were protected in a plastic wet chamber for 48 hours. The infection was estimated by taking the branches without symptoms/total number of inoculated branches. Plants without disease symptoms in more than 90% of the brancheswere considered as resistant. Monogenic resistance, conferred by recessive alleles, was observed for L. theobromae for the three crossings evaluated, despite the 13:3 segregation detected for 'Keitt' x 'Tommy Atkins'. For N. parvum, recessive resistance with 3:1 monogenic segregation was observed in the crossing 'Keitt' x 'Tommy Atkins', and 9:7 epistatic segregation was observed in the crossing ?Haden? x ?Tommy Atkins? and ?Espada x ?Tommy Atkins?. ?Apple DCG?, ?Ataulfo?, ?Da porta?, ?Dashehari?, ?Espada?, ?Haden?, ?Haden 2H?, ?Heidi?, ?Irwin?, ?Keitt?, ?Kent?, ?N?ldica?, ?Recife? and ?Smith? were resistant to both pathogens, being promising for breeding programs. 'Rosa' are resistant to L. theobromae, and susceptible to N. parvum. 'Tommy Atkins', the most grown cultivar in the S?o Francisco valley, was susceptible to both pathogens.The mono or digenic inheritance observed in the present study indicates the possibility of selection in the F2 generation and identification of plants with double resistance to L. theobromae and N. parvum in mango trees. / Os fungos Lasiodiplodia theobromae e Neofusicoccum parvum s?o pat?genos que podem limitar a produ??o da mangueira devido a doen?a morte-descendente, que ambos ocasionam na cultura. Estudos de heran?a da resist?ncia e da variabilidade em acessos para doen?as f?ngicasem mangueira, em geral, s?o bastante limitados, apesar da sua import?ncia para o desenvolvimento de cultivares. Este estudo teve como objetivos 1) avaliar a heran?a da resist?ncia ? doen?a morte-descendente causadas por L. theobromae e N. parvumem tr?s cruzamentos, e 2) avaliar 75acessos de mangueira para resist?ncia aos dois fungos, para apoiar programas de melhoramento da cultura. Foram selecionados ramos jovens contendo folhas jovens para aplica??o, com aux?lio de pulverizador manual, de suspens?o de con?dios de 103 con?dios/mL de L. theobromae ou N. parvum. Ap?s a inocula??o, as folhas foram protegidas em c?mara ?mida de pl?stico durante 48 horas. A infec??o foi estimada tomando-se ramos sem sintomas / n?mero total de ramos inoculados. As plantas sem sintomas de doen?a em mais de 90% dos ramos, em diferentes per?odos de inocula??o, foram consideradas resistentes.Foi observada resist?ncia monog?nica conferida por alelos recessivos para L. theobromae, para os tr?s cruzamentos avaliados, apesar da segrega??o 13:3 para ?Keitt? x ?Tommy Atkins?. Para N. parvum foi observada resist?ncia recessiva com segrega??o monog?nica 3:1 no cruzamento ?Keitt? x ?Tommy Atkins? e segrega??o epist?tica 9:7 nos cruzamentos ?Haden? x ?Tommy Atkins? e ?Espada x ?Tommy Atkins?. Os acessos ?Apple DCG?, ?Ataulfo?, ?Da porta?, ?Dashehari?, ?Espada?, ?Haden?, ?Haden 2H?, ?Heidi?, ?Irwin?, ?Keitt?, ?Kent?, ?N?ldica?, ?Recife? e ?Smith?apresentaram resist?ncia aos dois pat?genos, sendo bastante promissoras para programas de melhoramento. ?Rosa? apresentou resist?ncia a L. theobromae, sendo considerada suscet?vel ao N. parvum. ?Tommy Atkins?, a mais cultivada no vale do S?o Francisco, foi suscept?vel a ambos os pat?genos. A heran?a mono ou dig?nica observada no presente estudo indica a possibilidade de sele??o na gera??o imediata aos cruzamentos, bem como a possibilidade da identifica??o de plantas com resist?ncia dupla a L. theobromae e N. parvum em mangueira.

A expansão desordenada do processo de urbanização e da malha rodoviária sem a construção de corredores ecológicos que permitam a transposição segura de várias espécies de animais silvestres contribui para os elevados índices de mortalidade observados na atualidade e constitui uma ameaça para o declínio populacional de espécies, como o cachorro-do-mato (Cerdocyon thous). Estima-se que o número de animais vitimados por atropelamentos chegue a aproximadamente 450 milhões de animais/ano nas diversas espécies, sendo: 400 milhões de pequenos vertebrados, 3 milhões de grandes vertebrados e aproximadamente 47 milhões de vertebrados de médio porte, a partir do estabelecimento de uma taxa média de 1,7 milhões de quilômetros à malha rodoviária do território brasileiro, levando-se em consideração a ampla diferença entre rodovias e estradas de asfalto e terra, pertencentes às esferas federal, estadual, e municipal. Uma estratégia para a conservação ex situ é o estudo da biologia da reprodução da espécie Cerdocyon thous é a criopreservação de seu patrimônio genético através da formação de um Banco de Germoplasma Animal, onde se contemplou o estudo do sistema reprodutor feminino de cinco espécimes por descrição morfológica e ultraestrutural, cultivo e criopreservação celular (fibroblastos). Foram utilizadas 7 (sete) fêmeas de Cerdocyon thous, (n=7), das quais 2 (duas) eram vítimas de atropelamento (Km 215 da Rodovia Anhanguera, Pirassununga - SP), tendo seus sistemas reprodutores dissecados e analisados macroscopicamente. Os respectivos animais foram encontrados em datas distintas em período que compreende os meses de janeiro a julho do ano de 2015 com sinais de evisceração e um destes apresentava avançado estágio de decomposição. Foi realizado o estudo biométrico dos animais, onde se constatou que as fêmeas encontradas eram adultas. Os achados foram compilados por meio de técnicas histológicas (Hematoxilina-Eosina, Tricrômico de Massom, Reativo de Schiff ou \"PAS\" e Alcian Blue) e microscopia eletrônica de varredura. A partir da observação macroscópica do sistema reprodutor feminino da espécie em questão, constatou-se que o formato dos ovários apresenta forma similar a um grão de feijão e tubas uterinas com comprimentos variáveis entre 5 a 8 cm para os espécimes analisados. Constatou-se também, a presença de um útero bicornuado com aproximadamente 3 cm de comprimento e cornos uterinos compridos e estreitos (9 a 11 cm de comprimento); Como já observado em estudos realizados em outras espécies (domésticas e silvestres), a cérvix dos espécimes de Cerdocyon thous analisados faz comunicação entre o útero e a vagina. A vagina apresenta musculatura alongada e circular e a vulva uma conformação anatômica densa com clitóris bastante pronunciado. Microscopicamente, foram observados que os ovários apresentavam folículos primordiais formados por um ovócito e por células foliculares achatadas, bem como a presença de folículos primários unilaminares, este último constituído por um ovócito envolvido por uma camada de células da granulosa. A análise por microscopia eletrônica de varredura evidenciou a superfície ovariana, com característica irregular. As tubas uterinas apresentaram-se com epitélio de revestimento constituído de células ciliadas e células secretoras não ciliadas. Através de análise por microscopia eletrônica de varredura, foi possível verificar que parte da parede da tuba uterina apresentou uma mucosa intensamente \"pregueada\". Microscopicamente, o útero apresentou uma parede relativamente espessa e, externamente uma camada serosa, constituída de mesotélio e tecido conjuntivo e, dependendo da porção do órgão (adventícia), constituída de tecido conjuntivo sem revestimento de mesotélio e microscopia eletrônica de varredura que evidenciou a superfície luminal, ilustrando a disposição dobrada do endométrio e a presença de fibras de músculo liso. A cérvix se apresentou com epitélio colunar simples, secretor de muco e por análise de microscopia eletrônica de varredura, foram observadas poucas fibras de músculo liso. Quanto à vagina, foi observado epitélio pavimentoso estratificado sobre um tecido conjuntivo denso, onde se constatou por microscopia eletrônica de varredura, a região de transição entre a cérvix e a vagina, onde se evidenciou a lâmina própria da mucosa vaginal, constituída por um tecido conjuntivo frouxo e, mais externamente, uma parede densa, constituída por uma camada muscular composta de fibras musculares lisas. A vulva e o clitóris foram observados recobertos por um epitélio pavimentoso estratificado com uma delgada camada de células queratinizadas na superfície. No que diz respeito à criação de uma linhagem celular (fibroblastos) para o enriquecimento de banco de germoplasma, os resultados demonstraram que as células de Cerdocyon thous apresentaram uma baixa capacidade clonogênica, especialmente quando comparadas ao cão doméstico. Por serem espécimes silvestres de histórico desconhecido (idade, hábitos alimentares), tais fatores poderiam implicar no tamanho dos telômeros das células (fibroblastos) e, consequentemente, ser um impedimento para uma satisfatória proliferação celular. Assim, o presente estudo teve caráter preservacionista, visando à conservação em longo prazo dos recursos genéticos desta espécie pertencente aos biomas brasileiros, sendo de grande relevância e os achados aqui contidos, um ponto de partida para a realização e continuidade de novas pesquisas com abordagem sobre a espécie em questão. / The disorderly expansion of the urbanization process and the road network without building ecological corridors that allow for the safe implementation of various species of wild animals contributes to the high mortality rates observed today and is a threat to the population decline of species such as the Creb-eating fox (Cerdocyon thous). It is estimated that the number of animals victims of road kill reach approximately 450 million animals / year in different species, of which: 400 million small vertebrates, 3 million of large vertebrates and approximately 47 million medium-sized vertebrates, from establishment of an average rate of 1.7 million kilometers of road network of Brazil, taking into account the wide difference between highways and asphalt roads and land belonging to the federal, state, and municipal. A strategy for ex situ conservation is the study of Cerdocyon thous species reproductive biology is cryopreservation of their genetic heritage through the formation of an Animal Germplasm Bank, where he contemplated the study of the female reproductive system of five specimens for morphological description and ultrastructural, cell culture and cryopreservation (fibroblasts). They used seven (7) female Cerdocyon thous (n = 7), of which two (2) were victims of running over (Km 215 of Anhanguera Highway, Pirassununga - SP) and their reproductive systems dissected and analyzed macroscopically. Their animals were found on different dates in a period comprising the months of January to July 2015 with evisceration signals and one of these had advanced stage of decomposition. biometric study of animals, which demonstrated that adult females were found, was performed. The findings were compiled by histological techniques (hematoxylin-eosin, Masson\'s Trichrome, Schiff Reactive or \"PAS\" and Alcian Blue) and scanning electron microscopy. From macroscopic observation of the female reproductive system of the species concerned, it was found that the shape of the ovaries features similar to a grain of beans and uterine tubes with lengths ranging from 5-8 cm for the analyzed specimens. It was also found the presence of a bicorn uterus approximately 3 cm and narrow uterine horns (9-11 cm); as noted in studies in other species (domestic and wild), the cervix of Cerdocyon thous specimens analyzed is communication between the uterus and vagina. The vagina has lengthened and circular muscle and the vulva a dense anatomical conformation quite pronounced clitoris. Microscopically, it was observed that the ovaries had primordial follicles formed by a flattened oocyte and follicular cells, as well as the presence of unilaminares primary follicles, the latter consisting of an oocyte surrounded by a layer of granulosa cells. Analysis by scanning electron microscopy revealed the ovarian surface with irregular feature. The oviducts presented with epithelium composed of ciliated and non-ciliated secretory cells. Through analysis by scanning electron microscopy, we found that part of the oviduct wall showed a mucosa intensely \"pleated\". Microscopically, the uterus showed a relatively thick wall and externally a serous layer consisting of mesothelium and connective tissue and, depending on the body portion (adventitious), composed of connective tissue without mesothelium coating and scanning electron microscopy which showed the surface luminal illustrating the folded disposition of the endometrium and the presence of smooth muscle fibers. The cervix is presented with simple columnar epithelium, mucus secreting and analytical scanning electron microscopy; a few smooth muscle fibers were observed. As the vagina was observed stratified squamous epithelium on a dense connective tissue, where it was found by scanning electron microscopy, the transition region between the cervix and the vagina, where it showed the lamina propria of the vaginal mucosa, consisting of a connective tissue loose and more externally a thick wall consisting of a muscular layer composed of smooth muscle fibers. The vulva and clitoris were observed covered by a stratified epithelium with a thin layer of keratinized cells on the surface. As regards the establishment of a cell line (fibroblasts) to the genebank enrichment, the results showed that cells had a lower Cerdocyon thous clonogenic capacity, especially when compared to the domestic dog. Being wild specimens of unknown history (age, diet), such factors could lead to the size of the telomeres of cells (fibroblasts) and thus be a hindrance to a satisfactory cell proliferation. Thus, the present study was preservationist character, aiming at long-term conservation of genetic resources of the species belonging to the Brazilian biomes, being of great importance and the findings contained herein, the starting point for the implementation and continuity of new research approach the species in question.

Os efeitos negativos da ocorrência de baixas temperaturas sobre o arroz são de difícil controle e manejo, por ser um fator imprevisível. Embora não seja uma tarefa fácil, em diversas regiões do mundo, já foram desenvolvidas cultivares com adequada tolerância ao frio. O caminho para o desenvolvimento de cultivares deve envolver, a adoção de várias estratégias para tornar o processo de melhoramento desse caráter ágil e preciso. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética existente entre os acessos de arroz da subespécie Japonica do Banco de Germoplasma da ESALQ/USP e caracterizá-los a fim de identificar fontes de tolerância ao frio durante a fase reprodutiva. O trabalho foi conduzido em dois anos agrícolas sendo o primeiro experimento em 2013 e o segundo em 2014. No primeiro experimento, foi feita a identificação da diversidade genética por caracteres agromorfológicos e a avaliação do seu rendimento em condições de estresse por baixas temperaturas na fase reprodutiva. A divergência genética entre os acessos foi quantificada por meio de análises estatísticas multivariadas, sendo que foi utilizada a distância generalizada de Mahalanobis. O método de agrupamento utilizado foi o algoritmo de otimização de Tocher e foi feita análise de componentes principais para determinar as variáveis que mais contribuíram para a variabilidade dos acessos. No segundo experimento, os genótipos que apresentaram bom desempenho foram avaliados novamente a fim de identificar aqueles tolerantes ao frio na fase reprodutiva. Foi observada a presença de variabilidade genética para os caracteres avaliados. No primeiro experimento, os acessos japoneses apresentaram em média maior rendimento e massa de mil grãos e menor esterilidade quando comparados com as cultivares comerciais, indicando possível existência de fontes de tolerância ao frio na fase reprodutiva. Considerando simultaneamente as variáveis analisadas, de acordo com o algoritmo de otimização de Tocher, os acessos e cultivares foram reunidos em 37 grupos de similaridade. Os genótipos avaliados no segundo experimento apresentaram elevada esterilidade (próxima a 100%). No entanto, deve-se destacar que foram registradas temperaturas críticas baixas (inferiores a 15°C) ao longo de quase todo o ciclo, especialmente durante o período reprodutivo. / Being an unpredictable factor, the negative effects of occurrence of low temperatures on rice are difficult to control and managed. Although it is not an easy task, in various regions of the world, cultivars have been developed with adequate cold tolerance. The path to the development of cultivars should involve the adoption of various strategies to make the process of improvement of this character more agile and precise. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity among rice accessions of Japonica subspecies of the Germplasm Bank of ESALQ / USP and characterize them morphological in order to identify sources of cold tolerance during the reproductive phase. The work was conducted in two years with the first trial in 2013 and the second in 2014. In the first trial, the identification of the genetic diversity of agronomic characters and the evaluation of its performance under stress conditions by low temperatures in the reproductive phase. The genetic divergence among accessions was quantified by means of multivariate statistical analysis, using the Mahalanobis distance. The clustering method used was Tocher optimization algorithm and it was also performed made principal component analysis to determine the variables that contributed the most to the variability of accessions. In the second trial, the genotypes that performed better were evaluated again in order to identify those that were cold tolerant in the reproductive phase. It was observed the presence of genetic variability for all the characters. In the first trial, the Japanese accessions showed on average higher yield and thousand grain weight, and also less sterility compared to commercial cultivars, which may indicate the existence of cold tolerance sources in the reproductive phase. Considering the variables analyzed, according to the Tocher optimization algorithm, accessions and cultivars were divided into 37 groups of similarity. The genotypes used in the second test showed high sterility (close to 100%). However, it should be noted that low critical temperatures were recorded (below 15 ° C) over almost the entire cycle, especially during the breeding season.

Uma coleção nuclear consiste de um grupo de acessos selecionados para representar a diversidade genética de uma coleção com um mínimo de redundância. Essa estratégia permite priorizar e concentrar a aplicação de recursos de modo a formar uma base de informações mais completa sobre este conjunto de acessos. O objetivo deste estudo foi o desenvolvimento da coleção nuclear de soja e a validação da mesma, utilizando cinco estratégias de amostragem. Foram reunidas todas as informações disponíveis dos dados de passaporte e de caracterização e avaliação de 18 caracteres quantitativos de 15.559 acessos da subcoleção de germoplasma de Glycine max (L.) Merrill, do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos (USDA). A intensidade de amostragem para todas as estratégias foi de 10,28%, resultando em 1.600 acessos para cada coleção base obtida. A primeira coleção nuclear foi obtida pela amostragem ao acaso (estratégia A). As outras quatro coleções nucleares foram obtidas através da combinação de dois procedimentos para a escolha do numero de acessos em cada grupo (proporcional e logarítmico) e de dois procedimentos para a escolha dos acessos em cada grupo (amostragem ao acaso e amostragem baseada na analise multivariada dos caracteres quantitativos), gerando as seguintes estratégias: proporcional (P), logarítmica (L), proporcional multivariada (PMV) e logarítmica multivariada (LMV). As estimativas de parâmetros (médias, variâncias e amplitudes de variação), os testes estatísticos e as distribuições de freqüências indicaram haver diferenças entre as cinco coleções nucleares, quando comparados com a coleção base. Porém todas são consideradas aceitáveis para representar a coleção base, visto que mais que 70% das médias e amplitudes das características não foram significativamente diferentes das médias e amplitudes da coleção base. A coleção nuclear desenvolvida pela estratégia A foi a que melhor representou a estrutura genética da coleção base em termos estatísticos. Porém, este tipo de amostragem pode não incluir os acessos cuja proporção na coleção base é pequena. As estratégias P e L, embora não maximizem a representatividade das coleções nucleares em termos estatísticos, atendem melhor aos requisitos do melhoramento genético quanto à preservação da variabilidade. Neste sentido, as estratégias PMV e LMV produziram as duas melhores coleções nucleares, com uma ligeira superioridade da primeira. Estas se caracterizam por manter a máxima variabilidade e o mínimo de redundância dos acessos. Assim, optou-se por formar uma coleação nuclear composta de 1.600 acessos, utilizando a estratégia PMV. / A core collection is a group of accessions selected to represent the genetic variability of the entire germplasm collection of a species with minimum redundancy. Core collection construction is strategic because it allows prioritization of assessment, characterization and resource application in a manageable group of accessions of a species. The main objective of this study was to develop and validate a soybean core collection using five sampling strategies. All the available information was gathered from passport and characterization (qualitative) data and 18 quantitative traits from 15,558 accessions of the Glycine max (L.) Merrill germplasm subcollection from the United States Department of Agriculture (USDA). The sampling intensity for all the strategies was 10.28% resulting in 1,600 accessions for each entire collection obtained. The first core collection was obtained by random sampling (strategy R). The other four core collection were obtained by the combination of two procedures to choose the number of accession in each group (proportion and logarithm) and two procedures to choose the accessions in each group (random sampling and sampling based on multivariate analysis of the quantitative traits) that generated the following strategies: proportional (P), logarithmic (L), proportional multivariate (MVP) and logarithmic multivariate (MVL). The parameter estimates (means, variances and variation amplitudes), the statistical tests and frequency distributions indicated that there were differences among the five core collections compared with the entire collection. But all were considered acceptable to represent the entire collection because more than 70% of the means and amplitudes of the characteristics were not significantly different from the means and amplitudes of the entire collection. The core collection developed by strategy R best represented the genetic structure of the base collection in statistical terms. But this type of sampling may not include the accession whose proportion is small in the entire collection. Strategies P and L, while not maximizing the representativeness of the core collection in statistical terms, were superior in terms of variability preservation for breeding purposes. In this sense, the MVP and MVL strategies produced the two best core collections with the first being slightly superior. The MVP sampling strategy was characterized by maintaining the maximum variability and minimum redundancy of the accessions, and therefore, was chosen to form the soybean core collection consisting of 1,600 accessions.

O mapeamento associativo em soja tem sido recentemente utilizado como alternativa para o mapeamento de locos envolvidos no controle de características quantitativas em plantas. Dentre as vantagens, a técnica possibilita explorar a variabilidade genética disponível em bancos de germoplasma, permitindo maior resolução para a identificação de novos locos e alelos envolvidos no controle de características quantitativas. Um painel associativo composto por 89 genótipos provenientes de diversas regiões do mundo foi caracterizado em relação a 20 características fenotípicas e 114 marcadores moleculares microssatélites. Foram identificados 905 alelos, com média de 7,94 alelos/loco além de ampla variabilidade fenotípica, incluindo materiais mais produtivos em relação às testemunhas comerciais. Para associação entre marcadores e fenótipos, foi utilizada a abordagem de modelo linear misto (MLM), o qual incorpora informações de estrutura populacional e parentesco. Dos 114 marcadores utilizados, 78 foram responsáveis por 285 associações significativas com base nos diferentes métodos de correção para múltiplos testes, sendo 29 marcadores associados a uma única característica. As características produtividade de grãos, massa de 100 sementes, teor de óleo e teor de proteína foram associadas a 36 marcadores, sendo 30% destas associações previamente descritas na literatura. Algumas destas associações foram selecionadas para verificar o efeito alélico sobre o genótipo observado, gerando informações preliminares para a aplicação futura de seleção assistida por marcadores (SAM). O tamanho dos blocos de ligação foram estimados em ~20 cM (r2 < 0,05) e ~2 cM (r2 < 0,1), sugerindo a necessidade de 140 ou 1.300 marcadores para saturação completa do genoma no caso do painel associativo analisado. Os resultados obtidos deverão ser investigados futuramente a fim de confirmar as associações em diferentes populações. / Association mapping has recently been used in soybean as an alternative to linkage mapping of loci controlling quantitative traits. Among the advantages, the technique allows to explore the genetic diversity available in germplasm banks, which may result in greater resolution for the identification of new loci and alleles. An association panel comprising 89 genotypes from different regions of the world was characterized with using 20 phenotypic traits and 114 microsatellite markers. A total of 905 alleles were identified, with an average of 7.94 alleles / locus, besides a wide phenotypic variability, including more productive genotypes when compared to the commercial checks. Association between markers and phenotypes was performed using a mixed linear approach (MLM), which incorporates information regarding population structure and kinship. Among the 114 markers used, 78 were responsible for 285 significant associations based on different criteria to correct for multiple tests, and 29 markers were associated with a single trait. Seed yield, 100 seeds weight, oil and protein content were associated with 36 markers, with 30% of these associations previously reported in the literature. Some of these associations were selected to determine the allelic effects over the traits, in order to generate preliminary data for marker assisted selections (MAS). Estimated size of haplotype blocks were ~20 cM (r2 <0.05) and ~2 cM (r2 <0.1), suggesting that 140 or 1,300 markers would be necessary to cover the association panel\'s genome. Future studies should confirm marker-trait associations here found using different populations.

A cultura da batata-doce assume papel importante no cenário agrícola nacional por ser considerada uma espécie altamente versátil, que consegue suprir as necessidades nutricionais da população, além de atualmente ser foco da cadeia de produção do etanol, pelo seu elevado teor de amido. Apesar da importância dessa cultura, ela é pouco estudada e, no que se refere ao melhoramento genético dessa espécie, os estudos são ainda mais escassos. Essa falta de informações acerca dos genótipos mais adaptados às condições de determinada região é um dos principais problemas enfrentados pelos produtores de batata-doce que não conseguem atingir o máximo de produtividade, pois as variedades utilizadas não conseguem expressar o seu potencial. Visando a aceleração dos programas de melhoramento, surge como alternativa a realização da seleção precoce, podendo-se realizar o descarte de materiais com características desfavoráveis nas primeiras gerações clonais. Para auxiliar na seleção precoce, a utilização de técnicas multivariadas como a análise GGE Biplot é de fundamental importância para se atingir sucesso na seleção. Dessa forma, os objetivos do presente trabalho foram (a) avaliar a eficiência da seleção precoce em batata-doce, bem como identificar possíveis correlações entre características morfológicas, para auxiliar na seleção de genótipos superiores; (b) identificar genótipos produtivos e que apresentem características de raiz favoráveis para o mercado e com elevado teor de amido para serem utilizados em futuros programas de melhoramento. Os experimentos foram realizados em casa de vegetação, onde foram avaliados em três épocas distintas, além de uma vez a campo para a mensuração dos caracteres relacionados à produção e ao teor de amido. Pelos resultados observados, nota-se que a utilização da técnica de seleção precoce em batata-doce pode não ser eficiente pelo comportamento que os genótipos assumiram no decorrer das avaliações, já que a correlação entre épocas foi muito baixa ou até mesmo inexistente, o que dificulta a seleção em etapas iniciais do programa. Porém, com relação às correlações entre as características em uma mesma época, nota-se que várias delas apresentaram correlações positivas, levando à interpretação de que se selecionarmos para uma determinada característica, automaticamente selecionaremos para outra correlacionada a esta. Os resultados para os caracteres produtivos indicam que existem genótipos que apresentam elevado potencial produtivo, superior à média nacional e também apresentam características desejáveis na forma e tamanho das raízes tuberosas. Além dessas características, algumas contêm elevado teor de amido, o que é altamente desejável para a indústria de biocombustíveis. Pode-se concluir que a técnica de seleção precoce não é recomendável para a cultura, mas existem características altamente correlacionadas em uma época específica. Existem genótipos que podem ser utilizados em programas de melhoramento, tanto pelo seu elevado potencial produtivo e características de raiz desejáveis quanto pela concentração de amido. / The culture of sweet potato plays an important role in the national agricultural scenario because it is considered a highly versatile species that can meet the nutritional needs of the population, in addition to currently being the focus of the ethanol supply chain, for their high starch content. Despite the importance of this crop, it is little studied and, in relation to the genetic improvement of this species, studies are still more scarce. This lack of information about the genotypes most adapted to the conditions of a given region is one of the main problems faced by sweet potato producers who fail to achieve maximum productivity, as the varieties used can not express their potential. Aiming at the acceleration of plant breeding programs, the alternative of performing early selection arises, and the disposal of materials with unfavorable characteristics can be carried out in the first clonal generations. And to assist in the early selection, using multivariate techniques such as GGE Biplot analysis is crucial to achieving success. Thus, the objectives of this study were (a) to evaluate the efficiency of early selection in sweet potatoes, as well as to identify possible correlations between morphological characteristics, in order to assist in the selection of superior genotypes; (b) to identifying productive genotypes that exhibit favorable root characteristics for the market and with high starch content for use in future breeding programs. The experiments were conducted both in greenhouse and in field conditions, where the traits related to production and starch content were assessed at three different times and one time, respectively. The results indicate that the use of the early selection technique in sweet potatoes may not be efficient, on the basis of the behavior shown by the genotypes in the assessments, since the correlation between assessment times was very low or even non-existent, making it difficult for selection to be applied in the initial stages of the program. However, regarding the correlations between the characteristics in the same assessment instance, it can be noted that several of them had positive correlations, implying that, if a particular feature is selected for, that automatically selects for others correlated to this. The results for the productive characters indicate that there are genotypes that have high yield potential, higher than the national average and that also have desirable characteristics regarding the shape and size of the tuberous roots. In addition to these features, some accessions have high starch content, which is highly desirable for the biofuel industry. It can be concluded that the early selection technique is not recommended for this crop, but there are nonetheless highly correlated characters at particular times. There are genotypes that can be utilized in breeding programs, both for their high yield potential associated to desirable root characteristics and for the concentration of starch.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T16:09:00Z No. of bitstreams: 1 Carla Sibere Nogueira Ribeiro.pdf: 1627886 bytes, checksum: d308c35b334df86939e3a2810d83adf2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T16:09:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carla Sibere Nogueira Ribeiro.pdf: 1627886 bytes, checksum: d308c35b334df86939e3a2810d83adf2 (MD5) Previous issue date: 2008-08-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Cotton (G. hirsutum L.) has the most important natural textile fiber in the world. The Gossypium remainders in Pernambuco state are in risk of disappearing due to ecological and agricultural process. The study of species in situ, about they genetic and morphological characteristics gives support in order to find and implement preservation options. The aims of this work was characterize the genetic variability of G. hirsutum e G. barbadense accesses of Sertão, Agreste and Zona da Mata of Pernambuco state by morphological and molecular marks. On the in situ study were evaluated 82 accesses in the 29 counties during expedition in 2005 and 2006 by interview and observation about morphological and phenological characters, and condition of conservation. The identified plants uses were: medical, ornamental and for confection of lamp wick. The genetic erosion risk observed were: change and loss of cultural human habit, animal pastry and environmental depredate. In the molecular study was used fifteen pair of microssatelites primers in order to evaluate the allelic frequency, genetic diversity and genetic distance by Nei statistical. The average of heterozygosis expected (He) that correspond the genetic diversity was 0.321, it was biggest for upland cotton (0.481). For the three studied biomes on the Sertão and the Agreste where predominate of the upland cottonthe He had highest value, 0.548 e 0.444, respectively. The average of inbreeding index was 0.806, highest for G. barbadense (0.968). Cluster shoed an interspecific hybrid between G. barbadense and G. hirsutum (PE 0553). On the morphological characterization ex situ were evaluated 38 morphological characters and nine fiber characters of 72 Gossypium accesses PE0553 (G. barbadense), PE0516 (upland cotton) and PE0524 (moco cotton) were the most morphological divergent and showedmore variability for studied characters. The majority of accesses of three types of cotton shoed good index for fiber being what herbaceous cotton were better about fiber uniformity, reflectance, resistance and percentage of fiber. The information obtained on morphological and molecular cauterization Gossypium genus on Pernambuco state showed high genetic diversity that should be conserving in order gives genes to breeding programs. / O algodoeiro (G. hirsutum L.) possui a mais importante fibra têxtil natural no mundo. Os remanescentes de Gossypium no Estado de Pernambuco correm sérios riscos de desaparecerem em decorrência de fatores ecológicos e agrícolas. O estudo das espécies in situ, em relação suas características genéticas e morfológicas, contribui potencialmente à implantação de medidas de manejo e preservação de espécies naturalizadas. O presente trabalho teve por objetivo caracterizar a variabilidade genética de acessos de G.hirsutum e G. barbadense do Agreste, Sertão e Zona da Mata do Estado de Pernambuco, por meio de marcadores morfológicos e moleculares. No estudo in situ, avaliou-se os 82 acessos durante expedições em 29 municípios nos anos 2005 e 2006, investigando-se por entrevistas e observações, sobre caracteres morfológicos, fenológicos e de conservação. Os usos das plantas identificados foram: medicinal, asséptico, ornamental e confecção de pavios de lamparina. Os riscos de erosão genética constatados foram: mudança e abandono de hábitos culturais, pastejo e depredação do ambiente. Na análise molecular, utilizou-se quinze pares de primers microssatélites para avaliar freqüências alélicas, diversidade genética e distância entreos genótipos pelas estatísticas de Nei. A heterozigosidade média esperada (He), que correspondem a diversidade genética, foi 0,321, sendo mais alta para o algodoeiro mocó (0,481). Considerando-se os três biomas estudados, no Sertão e no Agreste, locais em que predominou algodoeiro mocó, tiveram os maior valore de He, 0,548 e 0,444, respectivamente. O coeficiente de endogamia média foi de 0,806, tendo sido mais elevado em G. barbadense (0,968). O agrupamento revelou um híbrido interespecífico entre G. barbadense e G. hirsutum (PE 0553). Na caracterização morfológica ex situ, avaliou-se 38 caracteres morfológicos e nove caracteres de fibra, de 72 acessos de Gossypium. Dos três tipos de algodoeiros caracterizados, constatouse maior diversidade morfológica nos acessos de algodoeiro mocó. Os acessos PE0553 (G. barbadense), PE0516 (algodoeiro herbáceo) e PE0524 (algodoeiro mocó) foram os mais divergentes morfologicamente, apresentando maior variabilidade nos descritores avaliados. A maioria dos acessos dos três tipos de algodoeiros revelaram índices satisfatórios de características intrínsecas de fibra, sendo que os algodoeiros herbáceos foram superiores em relação ao índice de uniformidade de fibra, reflectância,resistência e percentagem de fibra. As informações obtidas na caracterização molecular e morfológica mostraram elevada diversidade genética nos acessos de Gossypium, no Estado de Pernambuco, que deve ser conservada para servir de fonte de genes para os programas de melhoramento genético.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-07T18:00:48Z No. of bitstreams: 1 Eva Maria Rodrigues Costa.pdf: 711267 bytes, checksum: a86bd11ae168a3d37f4a02c1f445907c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-07T18:00:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eva Maria Rodrigues Costa.pdf: 711267 bytes, checksum: a86bd11ae168a3d37f4a02c1f445907c (MD5) Previous issue date: 2010-02-24 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The genetic divergence assessement provides important information for breeding programs. In the present study, the genetic diversity among lines from Embrapa Mid-North’s Cowpea Germoplasm Active Bank (BAG) was evaluated morphoagronomically 57 cowpea lines. The experiment was carried out in august/2009. Field plots were arranged in a randomized block design with three replicates containing 57 of cowpea lines. The lines The behaviour of accessions was evaluated by univariate and multivariate analyses, with dissimilarities obtained by the generalized distance of Mahalanobis (D2) and the grouping technique by the UPGMA method. The genetic distances between pairs of lines ranged from 1.21 to 221.35. The lines IT89KD-245 indicated as the most divergent should through quantitative characteristics be included as parental in intercross programs. Were formed four groups by UPGMA method. The characteristics which most contributed to genetic divergence were total weight of a hundred grain (49.7 %), length of the pod (16.7 %), length of the grain (12.0 %) and number of grains per pod (9.7 %). The lines were studied to verify the efficiency of dissimilarity measures and to discriminate genotypes, based on 26 multicategoric variables. The lines IT98K-491-4 e IT00K- 898-5; IT99K-494-6 e IT98K-131-2; IT99K-718-6 e IT89KD-245; IT99K-494-6 e IT97K-568-14 e IT98K-128-3 e IT99K-718-6 confirming these genotypes as the most similar among the evaluated for quality characteristics. Based in these characteristics the lines formed eleven groups by Tocher method. Through analyzing morphoagronomical traits were possible identify genetic divergence among lines studies. Were evaluated by SSR marker 32 african lines cowpea using 10 SSR locos that generating 24 polymorphic bands. The data matrix was analyzed by UPGMA (Unweighted Pair Group using mathematical averages) using NTSYs 2.1 program. The accessions were distributed in eight clusters, and the lines IT00K-1217-2 e IT00K-718-6; IT99K-316-2, IT98K-205-8 e IT98K-506-1; IT98K-1111-1, IT00K-491-7, IT93K-625 e IT96D-610; IT97K-568-18 e T89KD-260; IT99K-1060, IT00K-1263-2 e IT00K-1263-1, presented high similarity to each other. The average polymorphism information content (PIC) was 0.2552, in the range of 0.0587 - 0.4188 for VM36 and VM39 locos. The lines IT87D-1627 was confirmed as the most divergent of all, could be use as parental in crosses for purposes. The SSR results of the underscore their potential in elucidating patterns of germplasm diversity of cowpea from Embrapa Mid- North’s BAG. / A avaliação da divergência genética fornece informações importantes aos programas de melhoramento. Com o objetivo de caracterizar a diversidade genética entre linhagens de feijão-caupi do Banco Ativo de Germoplasma (BAG), da Embrapa Meio-Norte, foram caracterizados morfoagronomicamente 57 linhagens. O plantio foi realizado em agosto de 2009. O experimento foi em blocos ao acaso, com três repetições, contendo 57 linhagens. As linhagens foram avaliadas por meio de análise univariada e multivariada, com dissimilaridade obtida por meio da distância de Mahalanobis (D2), e utilizando o método de agrupamento UPGMA. As distâncias entre os pares formados pelas linhagens, oscilou entre 1,21 a 221,35. A linhagem IT89KD-245 foi considerada a mais divergente entre os genótipos estudados por meio das características quantitativas, podendo ser indicado como parental em programas que envolvem cruzamentos. Foram formados quatro grupos pelo método UPGMA. As características que mais contribuíram para a divergência foram: peso de cem grãos (49,7 %), comprimento da vagem (16,7 %), comprimento do grão (12,0 %) e número de grãos por vagem (9,7 %). As linhagens foram avaliadas através das medidas de dissimilaridade com base em 26 variáveis multicategóricas. As linhagens IT98K-491-4 e IT00K-898-5; IT99K-494-6 e IT98K-131-2; IT99K-718-6 e IT89KD-245; IT99K-494-6 e IT97K-568-14 e IT98K-128-3 e IT99K-718-6 foram as mais similares através dos caracteres qualitativos. Baseado nestas características foram formados onze grupos entre as linhagens estudadas pelo método de Tocher. Através da caracterização morfoagronômica foi possível quantificar a divergência genética presente nas linhagens estudadas. Foram caracterizadas por meio de marcadores SSR 32 linhagens africanas de feijão-caupi, que geraram 24 bandas polimórficas, a partir de 10 locos de microssatélites. Os resultados obtidos foram analisados pelo método UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean) com o auxílio do programa NTSYs versão 2.1. O dendrograma gerado apresentou oito grupos de linhagens. As linhagens IT00K-1217-2 e IT00K-718-6; IT99K-316-2, IT98K-205-8 e IT98K-506-1; IT98K-1111-1, IT00K-491-7, IT93K-625 e IT96D-610; IT97K-568-18 e T89KD-260; IT99K-1060, IT00K-1263-2 e IT00K-1263-1 apresentaram alta similaridade entre si. O conteúdo de informação polimórfica (PIC) médio para os dez marcadores microssatélites foi de 0,2552, com valores variando entre 0,0587 para o loco VM36 e 0,4188 para o loco VM39. A linhagem IT87D-1627 foi considerada a mais divergente, devendo assim, ser indicada para programas de hibridação para a obtenção de populações segregantes e, possivelmente, de genótipos superiores. Os resultados dos marcadores SSR, confirmam o seu potencial na caracterização da diversidade genética em germoplasma de feijão caupi.

Orientador: José Roberto Môro / Banca: João Carlos de Oliveira / Banca: Antonio Sérgio Ferraudo / Banca: José Antonio Alberto da Silva / Banca: Jair Costa Nachtigal / Resumo: A pupunheira tem um potencial econômico e social muito grande, sendo a palmeira mais importante na América pré-colombiana, constituindo junto com o milho e a mandioca, a base da alimentação dos povos primitivos. Os principais produtos extraídos são o palmito e os frutos para o consumo humano direto, alimento animal, farinhas para consumo humano e óleo vegetal. Os objetivos do presente trabalho foram de utilizar uma lista de descritores morfológicos recomendada, para discriminar primeiramente as raças Pará e Putumayo e após sua validação estatística, verificar também a existência da raça Solimões, que até hoje tem sido negada. Foram aplicadas técnicas estatísticas univariadas e multivariadas na tentativa de discriminar as raças. Dos 42 descritores iniciais, 25 apresentaram diferenças significativas entre as raças e 15 tiveram aproximação normal. A análise discriminante mostrou que a raça Pará possuía 15% das plantas mal classificadas e Putumayo 14%, já com a seleção de desenvolmer para componentes principais, as percentagens foram 9 e 19%, respectivamente, para as duas raças. A população de Manacapuru, não formou grupo nas duas primeiras análises de agrupamento e nem com componentes principais. As três análises em conjunto, conseguiram discriminar as raças Pará, Putumayo e Solimões, sendo os descritores mais importantes nesta discriminação e classificação das raças: número de espigas por cacho, comprimento da ráquis, peso dos frutos, espessura das cascas, facilidade para descascar os frutos, peso das cascas, sabor dos frutos, espessura da polpa, distância morfológica dos frutos e peso das sementes. / Abstract: The peach palm has a economic and social potential very great being the palm most important in the América pre-Colombian, contribuiting together with the maize and the cassava in the indenous feeds. The target of the present work was: to use a morphological descriptor list recommended, to discriminate between two landraces and descriptors validation , to verify the existence of solimoes landraces. Univariated and multivariated statistical techniques were used to attemp discriminate the landraces. Form fort yone initial descriptors, twenty five had presented significant difference between the landraces and fifteen had presented normal approach. The discriminant analysis have showed that Pará landrace possessed fifteen percent of the plant badly c1assified and Putumayo about fourteen percent to it. In the analysis of principal component, the percentages were nine and nineteen percent, respectively, for the two landraces. Manacapuru population did not form c1usterin in the two first one analysis of and nor with principal components. Three joint analysis in the set had obtained to discriminate the Pará, Putumayo and Solimoes landraces and the discrimnant analysis with three landraces, c1assified Manacapuru of the Putumayo landrace inside. The most important descriptors in the discrimination between landraces were: numbers of ears per raceme, raquis length, fruit weight, thickness of fruits bark, facility to peel fruits, weight of fruit bark, fruit flavor, pulp thickness, morphological distance between fruits and seed weight. / Doutor