Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-04-18T20:10:31Z No. of bitstreams: 1 2010 - Cec?lia de Souza Ant?nio.pdf: 1613209 bytes, checksum: e560fdd88ef8707b79c6d4b0120730ec (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T20:10:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010 - Cec?lia de Souza Ant?nio.pdf: 1613209 bytes, checksum: e560fdd88ef8707b79c6d4b0120730ec (MD5) Previous issue date: 2010-04-20 / CAPES / The sugar cane is one of the major agricultural products in Brazil. The crop is able to associate with diazotrophic bacteria (fix nitrogen from the air), that may be located inside the plant tissue (entophytic). The diazotrophic bacteria are capable of promoting growth of sugar cane by means of biological nitrogen fixation (BNF) or production of hormones. But little is known about populations of these bacteria present in sugar cane. This work aimed to study diversity of the population and identify the isolates by molecular and physiological methods, as well as to assess the effectiveness of some isolates to promote plant growth of sugar cane in the field. In solid potato media, there were observed the formation of seven groups, with 95% of similarity, showing the great colonies morphology variation. Many isolates showed similar characteristics to the genus Gluconacetobacter, when analyzed in semi-solid LGI-P media and solid Potato-P and LGI-P media. Two isolates were most efficient in the endolar synthesis with production over 49 ?g/mL. All isolates were classified as Gram negative. Of the 36 isolates, 27.5% were similar to the standard strain RB 11366 (Burkholderia tropica), 45% to BR 11281 strain (Gluconacetobacter diazotrophicus) and 5% to the other patterns BR 11335 (Herbaspirillum seropedicae), BR 11504 (Herbaspirillum rubrisubalbicans) and BR 11145 (Azospirillum amazonense). Through the comparison of the sequencing of 16S rDNA with the NCBI GenBank isolate 215 was identified as belonging to species Gluconacetobacter diazotrophicus, the 179-1a belonging to Burkholderia tropica and the isolated 151-B, 211-A, and 219 to the gender Burkholderia. The inoculated strains 160-1 and 215 promoted an increase in the straw dry biomass (up to 0.7 Mg ha-1) and total nitrogen of flag leaf (above 69,7 kg ha-1), respectively in the tested varieties RB 72454 and RB 918,639. Only the 160-1 isolate was able to promote increase in biomass in the RB 867515 variety. Stalk yield was higher for the variety RB 918639 with 191.96 Mg ha-1. / A cana-de-a??car ? um dos principais produtos agr?colas do Brasil. A cultura ? capaz de se associar as bact?rias diazotr?ficas (fixam nitrog?nio do ar), que podem estar no interior do tecido da planta (endof?ticas). As bact?rias diazotr?ficas endof?ticas s?o capazes de promover o crescimento da cana-de-a??car por meio da fixa??o biol?gica do nitrog?nio (FBN) ou pela produ??o de fitorm?nios. Mas pouco se conhece sobre as popula??es presentes destas bact?rias em cana-de-a??car. O presente trabalho visou estudar a diversidade da popula??o e identificar estes isolados, atrav?s de m?todos moleculares e fisiol?gicos, assim como avaliar a efici?ncia de alguns isolados na promo??o de crescimento vegetal de plantas de cana-de-a??car no campo. Foi observada em meio s?lido Batata, com 95% de similaridade, a forma??o de sete grupos mostrando a grande varia??o morfol?gica de col?nias neste meio testado. Muitos isolados apresentaram caracter?sticas similares ao g?nero Gluconacetobacter, quando analisados em meio semi-s?lido LGI-P e s?lido Batata-P e LGI-P. Dois isolados foram mais eficientes na s?ntese de ind?les com produ??es acima de 49 ?g/mL. Todos os isolados foram classificados como Gram negativos. Dos 36 isolados avaliados, 27,5% foram semelhantes ? estirpe padr?o RB 11366 (Burkholderia tropica); 45% a BR 11281 (Gluconacetobacter diazotrophicus) e 5% aos demais padr?es BR 11335 (Herbaspirillum seropedicae), BR 11504 (Herbaspirillum rubrisubalbicans) e BR 11145 (Azospirillum amazonense). Atrav?s da compara??o do seq?enciamento do gene 16S rDNA com o NCBI GenBank o isolado 215 foi identificado com pertencente a esp?cie de Gluconacetobacter diazotrophicus , o 179-1A com pertencente a esp?cie Burkholderia tropica e os isolados 151-B, 211-A e 219 ao g?nero Burkholderia. As estirpes 160-1 e 215 inoculadas promoveram aumento na produ??o de biomassa seca da palha (acima de 0,7 Mg.ha-1) e nitrog?nio total da folha bandeira (acima de 69,7 kg.ha-1), respectivamente nas variedades RB 72454 e RB 918639 testadas. Apenas o isolado 160-1 foi capaz de promover um aumento de biomassa seca na variedade RB 867515. A produ??o de colmos foi maior para a variedade RB918639 com 191,96 Mg.ha-1.

A microbiota intestinal é um ecossistema complexo que geralmente vive em harmonia com seu hospedeiro. É essencial para o desenvolvimento e funcionamento adequado do sistema imunológico da mucosa durante o início da vida, um processo que atualmente é conhecido por ser importante para a imunidade de adultos. A microbiota intestinal compreende aproximadamente 1000 espécies, das quais 80% não são cultiváveis. Tendo em vista a importância de se conhecer a microbiota humana e a utilização da ferramenta da construção da biblioteca genômica RNAr 16S ser relativamente recente, esse estudo tem como objetivo analisar diferentes protocolos para avaliar o uso desta ferramenta para o estudo da microbiota intestinal humana. Para a realização dos ensaios experimentais, o DNA extraído de fezes de seis crianças, em diferentes faixas etárias, foi utilizado para a criação de um pool, o qual foi utilizado nos ensaios de PCR. As bibliotecas RNAr 16S foram construídas utilizando 2 pares de iniciadores bactéria-específicos 27F-1492R e 63F-1387R, variando o tempo de desnaturação inicial de cada reação de amplificação do gene RNAr 16S entre 5 e 10 minutos, e 1 par de iniciadores 341F-518R. Os clones foram selecionados aleatoriamente, parcialmente sequenciados e analisados com base em banco de dados do gene RNAr 16S. A diversidade da microbiota foi menor quando os iniciadores 63F-1387R foram utilizados, em comparação aos resultados dos iniciadores 27F-1492R, no entanto, apenas o par de iniciadores 63F-1387R identificou Bifidobacterium sp., gênero importante para o desenvolvimento da microbiota intestinal humana. Não houve diferenças significativas na diversidade quando o tempo de desnaturação inicial da reação de PCR foi estendido para 10 minutos. Com o uso do par de iniciadores 341F-518R mostrou uma diversidade satisfatória, uma maior riqueza, quando comparada com os outros pares de iniciadores e detectou a presença de Bifidobacterium sp. Os dados obtidos sugerem que mais de um par de iniciadores deve ser empregado para o estudo da microbiota fecal quando se utilizar a biblioteca de RNAr 16S como ferramenta. / The intestinal microbiota is a complex ecosystem that usually lives in harmony with its host. It is essential for the development and proper functioning of the mucosal immune system during beginning of the life, a process that is currently known to be important for overall immunity of adults. The intestinal microbiota comprises about 1000 species, 80% of which are not cultivable. Given the importance of understanding the human microbiota and that the use of the tool library construction genomic 16S rRNA is relatively recent, this study aims to analyze different protocols to evaluate the use of this tool to study of the human intestinal microbiota. To perform the experimental tests, the DNA extracted from feces of six children, in different age groups, was used for the creation of a pool, which was used in the PCR assays. The 16S rRNA libraries were constructed using 2 pairs of primers specific-bacterium 27F-1492R and 63F-1387R, varying the denaturation time of each initial amplification reaction between 5 and 10 minutes, and the pair of primers 341F - 518R.The clones were randomly selected, partially sequenced and analyzed based on database 16S rRNA gene. The diversity of the microbiota was lower when the primers 63F - 1387R were used when compared with the results of the primers 27F - 1492R. However, only the pair 63F - 1387R was able to identified Bifidobacterium spp., important genus for the development of the microbiota from human gut. No significant differences in diversity were observed when the time of initial denaturation of the PCR reaction was extended to 10 minutes. By using the pair of primers 341F - 518R a satisfactory diversity, with detection of Bifidobacterium spp., and greater richness were observed, compared with the other pairs of primer. The data suggests that more than one pair of primers should be used for the study of fecal microbiota when using the library of 16S rRNA as a tool.

Objetivou-se neste trabalho avaliar a remoção e degradação de surfactante aniônico alquilbenzeno linear sulfonado (LAS) em esgoto sanitário do município de São Carlos – SP empregando o reator anaeróbio de leito granular expandido (EGSB - Expanded Granular Sludge Bed) em escala piloto, com TDH de 36 horas e temperatura mesofílica (±35ºC), instalado na ETE de São Carlos. Análises físico-químicas e cromatográficas foram realizadas para a caracterização do esgoto sanitário e monitoramento do reator EGSB. Foi observado no esgoto sanitário concentração de DQO bruta e LAS de 653,50 ± 169,30 mg L-1 e 6,189 ± 3,25 mg L-1, respectivamente. Em relação ao Ferro e metais potencialmente tóxicos, foram observados no esgoto sanitário os seguintes compostos: Cádmio, Chumbo, Ferro, Manganês, Níquel e Zinco. Em relação aos compostos recalcitrantes foram observados Butil Benzenosulfonamida, Ácido Hexadecanóico, Limoneno, Terpineno, Fenol, Álcool Feniletílico, Indolizina, Cafeína e Isobutil Octadecil Ftalato. O reator EGSB foi monitorado durante 314 dias e observou-se para DQO afluente e efluente, respectivamente, 265,82 ± 82,36 mg L-1 e 63,24 ± 40,67 mg L-1. Em relação ao LAS observou-se 7,35 ± 3,76 mg L-1 e 3,32 ± 3,08 mg L-1, respectivamente. Verificou-se 60,37 ± 29,84% de remoção de LAS. Observou-se durante toda operação pH próximo a neutralidade (7,26 ± 0,31), alcalinidade total efluente de 234,61 ± 64,39 mgCaCO3 L-1 e ácidos orgânicos voláteis efluente de 88,26 ± 23,68 mg L-1. Por meio do balanço de massa constatou-se que 56,2% do LAS foram removidos, compreendendo 12,8% por adsorção e 43,4% por biodegradação. Ao longo da operação do EGSB observou-se desestruturação e diminuição do tamanho médio dos grânulos, tal fato corrobora com a maior concentração efluente de sólidos totais e sólidos totais voláteis no primeiro mês e ao final da operação em comparação com a média geral de sólidos efluentes. Foram identificados por meio da plataforma Illumina MiSeq, 18 gêneros relacionados a degradação do LAS, tais como Synergistes, Syntrophorhabdus, Syntrophus, Clostridium, Geobacter e Desulfovibrio. / This study purpose was to evaluate the Anionic Surfactant Linear Alkylbenzene Sulfonate (LAS) in sanitary sewage from the city of São Carlos using an anaerobic expanded granular sludge bed reactor (EGSB), at pilot scale, with 36 hours TDH and (± 35ºC) mesophilic temperature, installed at São Carlos wastewater treatment station. Physical-chemical and chromatographic analyzes were performed for sanitary sewage characterization and EGSB reactor monitoring. It was observed an amount of 653,50 ± 169,30 mg L-1 in the raw sewage COD and an amount of 6,189 ± 3,25 mg L-1 in LAS. Regarding the potentially toxic metals, the following compounds were observed in the sanitary sewage: Cadmium, Lead, Iron, Manganese, Nickel and Zinc. Concerning recalcitrant compounds, Butyl Benzenesulfonamide, Hexadecanoic Acid, Limonene, Terpinene, Phenol, Phenylethyl Alcohol, Indolizine, Caffeine and Isobutyl Octadecyl Phthalate were observed. The EGSB reactor was monitored for 314 days and was observed for affluent and effluent COD, respectively, 265.82 ± 82.36 mg L-1 and 63.24 ± 40.67 mg L-1. In relation to LAS, were observed 7.35 ± 3.76 mg L-1 and 3.32 ± 3.08 mg L-1, respectively. There was 60.37 ± 29.84% LAS removal. It was observed, during the whole operation, pH close to neutrality (7.26 ± 0.31), total effluent alkalinity of 234.61 ± 64.39 mg.CaCO3.L-1 and volatile organic acids effluent of 88.26 ± 23, 68 mg L-1. By mass balance it was verified that 56,2% of the LAS were removed, comprising 12,8% by adsorption and 43,4% by biodegradation. During the EGSB operation, it was observed a disintegration and a decrease in the average granules size, fact that corroborates with higher total solids effluent concentration and total volatile solids in the first month and at the end of the operation compared to general effluent solids average. 18 genres related to LAS degradation were identified through the Illumina MiSeq platform, such as Synergistes, Syntrophorhabdus, Syntrophus, Clostridium, Geobacter and Desulfovibrio.

Forest biomes cover approximately 38 million km2 worldwide, from which one third represent tropical and subtropical forests. Among these biomes, the Amazon forest is one of the most important for its roles in global climate regulation and dueling high levels of plant, animal and microbial diversity. The Amazon forest represents 60% of Brazilian territory and has been constantly threatened by the expansion of agricultural and animal husbandry areas. The reduction of the biodiversity levels in the Amazon may result in unforeseen impacts on the stability of the biome. The role of the microorganisms in this process is unknown. In general, the knowledge about the microbial diversity and community structure in the Amazon forest, as well the drivers of these community are poorly understood. It has been observed in the Brazilian Atlantic forest that the bacterial communities associated to the phyllosphere, dermosphere and rhizosphere of several tree species are unique and depend on the plant taxon. In order to unravel the drivers of the bacterial communities associated to plants of the Amazon forest in specific microenvironments, we evaluated the bacterial communities associated with the phyllosphere, litter and rhizospheric soil of nine tree species at three time points in a pristine Amazon forest in Brazil, using high-throughput sequencing of 16S rRNA genes. Our results showed that bacterial alpha diversity in the rhizosphere is higher than in the phyllosphere. However, the phyllosphere showed higher levels of heterogeneity (i.e. higher beta diversity). We also observed that an extreme drought during the ENSO 2015-2016 affected mainly the phyllosphere bacterial communities, inducing decreases in alpha diversity and increases in beta diversity. Our results also showed that plant species and plant functional traits are important drivers of the bacterial communities in the Amazon forest. In general, our data indicate that even though plant species is an important determinant of phyllosphere, litter and rhizospheric soil bacterial community structures, extreme climatic events (such as drought) may induce significant changes in bacterial diversity and community structure of the Amazon forest trees, with possible changes in functionality. / Biomas flroestais cobrem aproximadamente 38 milhões de km2 do globo terrestre, dos quais um terço é representado por florestas tropicais e subtropicais. Dentre esses biomas, a floresta Amazônica é uma das mais importantes, uma vez que possui papéis chave na regulação climética e na manutenção da diversidade vegetal, animal e microbiana. A floresta Amazônica representa 60 % do território brasileiro e tem sido constantemente ameaçada pela expanção da agricultura e pecuária. A redução dos níveis de biodiversidade na floresta Amazônica podem resultar em impactos graves e desconhecidos na estabilidade do bioma, uma vez que es papéis desempenhados por microganismos são desconhecidos. Em geral, a diversidade e estrutura da comunidade microbiana na floresta Amazônica, bem como os fatores que moldam essas comunidade são pouco estudados. Tem sido observado na Mata Atlântica que comunidades bacterianas associadas a filosfera, dermosfera e rizosfera de diversas espécies vegetais são únicas e dependentes da espécie vegetal. Com o intuito de revelar quais são os fatores moduladores das comunidades bacterianas associadas a espécies vegetais em micro-ambientes específicos da floresta Amazônica, nós avaliamos a comunidade bacteriana associada a filosfera, serapilheira e solo rizosférico de nove espécies vegetais em três épocas ao longo de um ano em uma parcela natural de floresta Amazônica no Brasil, utilizando plataforma de sequenciamento de alto rendimento do gene 16S rRNA. Nossos resultados destacam que alfa diversidade bateriana na rizosfera é maior que na filosfera. Contudo, a filosfera apresentou alto níveis de heterogeneidade, (altos valores de beta diversidade). Nós também observamos que a extreme seca ocasionada durante o evento climático ENSO 2015-2016 afetou principalmente as comunidade bacterianas na filosfera, induzindo a diminuição da alfa diversidade e o aumento da beta diversidade. Nossos resultados também mostraram que a espécie vegetal e parâmetros funcionais relaciados a espécie vegetal foram importantes moduladores das comunidades bacterianas na floresta Amazônica. Em geral, nossos dados indicam que a embora a espécie vegetal seja um importante determinante das comunidades bacterianas associadas a filosfera, serapilhiera e solo rizosférico, eventos climáticos extremos (tal como secas severas) podem induzir significantes mudanças na diversidade e estrutura das comunidades bacterianas das espécies vegetais da floresta Amazônica, com possíveis mudanças na funcionalidade.

Hospital infections are the most frequent complications occurring in hospitalized patients, especially in trauma hospitals, where the seriousness of the injury is predictive factor for the emergence of infections. This study evaluated the profile of infection in the Emergency Unit of Agreste (UEA) through data from CCIH and analysis of clinical samples. The antimicrobial resistance profile was determined too. Isolates have been subjected to 16S rRNA sequencing and analysis in GenBank and RDP. Among 271 patients analyzed, 154 (57%) exhibited positivity in culture (PC). Automobile accidents were the main causes of hospitalization (47,2%). The median of hospitalization was 26 days. PC patients were 10 days more than the median. The use of urinary catheter was 15±13 days, being more 9,5 days in patients PC, on average. Of the 252 PC, 43 were isolated over a microorganism, totaling 269 bacteria and 26 yeasts. Pseudomonas aeruginosa (16,9%) and Acinetobacter baumannii (12,9%) were more frequent. Antimicrobial empirical therapy was made by 76,6% of patients, being 58,1% by cephalosporins. Vancomycin (100%) and chloramphenicol (82,4%) were the most sensitive between the antimicrobial Gram positive cocci, and carbapenems (90,1%) among Gram negative bacilli. The results of UEA compared to international monitoring programmes exhibited greater resistance. However, there were similarities with the Brazilian program RM Network and even greater sensitivity of P. aeruginosa to cefepime and carbapenems. Two-hundred-two sequenced microorganisms were identified by BLASTn at GenBank and RDP banks. They provided identification, respectively: 88,1% and 88,6% in species; 7,9% and 6,4% on genus; 3,5% and 4% in family; and 0,5% and 1% in class. There was agreement among banks in 84,7% to species; 93,7% in genus and 99% in family. The microorganisms most frequently were P. aeruginosa (22,8%), A. baumannii (18,8%) and Klebsiella pneumoniae (11,9%). Among the rarest microorganisms are Brevibacillus agri, Acinetobacter radioresistens, Corynebacterium amycolatum, Corynebacterium striatum, Pseudomonas cedrina subsp. fulgida, Pseudomonas putida and Staphylococcus sciuri. In some cases there was a high similarity between different species not allowing assignment of identification. The differentiation was accomplished through the creation of consensus sequences with reference sequences for CLUSTALW alignment for each microorganism that has similarity. Among 10 cases identified only as Klebsiella, 7 were K. pneumoniae, 2 K. granulomatis and 1 without definition. Eleven Enterobacteriaceae were defined as: 3 Escherichia coli, 2 Enterobacter cancerogenus, 2 Enterobacter sp., 2 group E. coli / Shigella and 2 without definition in genus. The 2 sequences with the same score to Serratia marcescens, Pseudomonas fluorescens strains were identified as S. marcescens. Identification by sequencing is superior to phenotypic tests, especially for atypical biochemist profile, slow growth, rare species and microorganisms of difficult cultivation. Despite difficulties for service deployment and the need for caution in attributing identification, sequencing remains as a promising technique for use in routine laboratories, guiding proper medical team for a better management of the patient. / As infecções hospitalares são as mais frequentes complicações ocorridas em pacientes hospitalizados principalmente em hospitais de trauma, onde a gravidade da lesão é fator preditivo para o surgimento de infecções. O presente estudo avaliou o perfil das infecções na Unidade de Emergência do Agreste (UEA) através de dados da CCIH e análise de amostras clínicas. O perfil de resistência aos antimicrobianos também foi determinado. Os isolados foram submetidos ao sequenciamento do gene rRNA 16S e análise no bancos GenBank e RDP para identificação. Dos 271 pacientes analisados, 154 (57%) exibiram positividade em cultura (CP). Acidentes automobilísticos foram os principais motivos de internação (47,2%). A mediana de internação foi de 26 dias, sendo 10 dias a mais em pacientes CP. O uso de sonda vesical foi de 15±13 dias, sendo 9,5 dias a mais em pacientes CP, em média. Das 252 CP, em 43 foram isolados mais de um microrganismo, totalizando 269 bactérias e 26 leveduras. Pseudomonas aeruginosa (16,9%) e Acinetobacter baumannii (12,9%) foram os mais frequentes. Estavam em uso empírico de antimicrobianos, 76,6% dos pacientes, sendo 58,1% por cefalosporinas. A vancomicina (100%) e o cloranfenicol (82,4%) foram os antimicrobianos de melhor atividade frente aos Gram positivos, e os carbapenêmicos (90,1%), entre Gram negativos. Os resultados da UEA, comparados aos programas de vigilância internacionais, exibiram maior resistência. No entanto, houve semelhanças com o programa brasileiro Rede RM, e ainda maior sensibilidade de P.aeruginosa frente aos carbapenêmicos e cefepime. Dos 202 microrganismos sequenciados, a atribuição de identificação por BLASTn nos bancos genéticos GenBank e RDP forneceram identificação, respectivamente de 88,1% e 88,6% em espécie; 7,9% e 6,4% em gênero; 3,5% e 4% em família e 0,5% e 1% em classe. Houve concordância entre os bancos de 84,7% em espécie; 93,7% em gênero e 99% em família. Os microrganismos mais frequentes foram P. aeruginosa (22,8%), A. baumannii (18,8%) e Klebsiella pneumoniae (11,9%). Entre os mais raros estão Brevibacillus agri, Acinetobacter radioresistens, Corynebacterium amycolatum e Corynebacterium striatum, Pseudomonas cedrina subsp. fulgida, Pseudomonas putida e Staphylococcus sciuri. Em alguns casos, houve elevada similaridade entre diferentes espécies, não permitindo a atribuição de identificação. A diferenciação foi realizada através da criação de sequências consenso de referência por alinhamento no CLUSTALW para cada microrganismo que apresentou similaridade. Dos 10 casos determinados somente como Klebsiella, 7 eram K. pneumoniae, 2 K. granulomatis e 1 sem definição. Das 11 Enterobacteriaceae, 3 foram Escherichia coli, 2 Enterobacter cancerogenus, 2 Enterobacter sp., 2 E. coli / Shigella e 2 sem definição. As 2 sequências com mesma pontuação para Serratia marcescens e Pseudomonas fluorescens foram identificadas como S. marcescens. A identificação por sequenciamento é superior aos testes fenotípicos, sobretudo para isolados com perfil bioquímico atípico, crescimento lento, espécies raras e microrganismos de difícil cultivo. Apesar das dificuldades para implantação do serviço e a necessidade de cautela na atribuição de identificação, o sequenciamento permanece como uma técnica promissora para a utilização em laboratórios de rotina, orientando adequadamente a equipe médica para um melhor manejo do paciente.

Made available in DSpace on 2015-04-01T14:16:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1597259 bytes, checksum: eaba4f2d4108bede1b543c3806717952 (MD5) Previous issue date: 2013-05-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Bacteria play a fundamental role in the health of corals. The interest in the study of microorganisms associated with corals has increased since the confirmation that they can be pathogenic or mutualistic. In the coastal reefs of the State of Paraiba the cases of the pigmentation changes of scleractinian Siderastrea stellata, that probably occurs in the process of coral bleaching, are observed. The aim of this work was to analyze the density and diversity of culturable bacteria associated with healthy and with pattern pigmentation altered (pink) colonies of coral S. stellata of coral reefs of Cabo Branco, João Pessoa - PB, as well as the physico-chemical and microbiological parameters of seawater in the study area over one year. Among the environmental variables (temperature, salinity, pH, dissolved oxygen, turbidity) of the reefs and beach water of Cabo Branco, only turbidity showed higher differences among the sites studied. The thermotolerant fecal coliforms, enterococci and Escherichia coli of seawater at the study sites were within the limits recommended for saline water class I (CONAMA 274/00). In general, the values of density of total heterotrophic bacteria and Vibrio spp. were significantly higher in the seawater during the months of December, January and February. According to the results of the partial sequencing of the 16S rRNA gene was found that bacteria isolated from healthy and pink S. stellata belonged to the classes Alpha-Proteobacteria and Gamma-Proteobacteria, and the variety of genera of bacteria were very different among the isolates from the two colonies. The high percentage of Vibrio spp., bacteria that are usually related to the diseases of corals, were observed among the isolates from pink colony. / Bactérias desempenham um papel fundamental na saúde dos corais. Devido à confirmação de que elas podem ser patogênicas ou mutualistas, aumentou o interesse no estudo de microrganismos associados aos corais. Nos recifes costeiros do Estado da Paraíba observam-se casos de alteração de pigmentação no escleractíneo Siderastrea stellata, que provavelmente ocorre no processo de branqueamento de corais. Neste trabalho objetivou-se analisar a quantidade e diversidade de bactérias cultiváveis associadas ao coral S. stellata sadio e com coloração alterada (roxo) dos recifes de corais de Cabo Branco, João Pessoa PB, bem como os parâmetros físico-químicos e microbiológicos de água do mar da área estudada durante um ano. Entre as variáveis ambientais (temperatura, salinidade, pH, oxigênio dissolvido, turbidez) da água dos recifes e da praia de Cabo Branco apenas a turbidez apresentou maiores diferenças entre os locais estudados. Na base das análises de coliformes termotolerantes, Escherichia coli e enterococos foi constatado que a água dos locais analisados se enquadra dentro dos parâmetros para águas salinas de classe I (CONAMA 274/00). Em geral, os valores da densidade de bactérias totais e Vibrio spp. foram significativamente maiores em água do mar nos meses de dezembro, janeiro e fevereiro. Na base de dados de sequenciamento parcial do gene RNAr 16S foi constatado que as bactérias isoladas de S. stellata sadia e roxa pertenceram ás classes de Alfa-proteobactéria e Gama-proteobactéria, sendo que a variedade dos gêneros de bactérias foi bastante distinta entre os isolados das duas colônias. Os isolados da colônia roxa apresentaram um alto percentual de Vibrio spp., que são bactérias geralmente relacionadas com as doenças de corais.

Os insetos da subfamília Triatominae Jeannel, 1919 de Reduviidae (Hemiptera: Heteroptera: Reduviidae), também conhecidos como barbeiros, constituem um grupo amplamente distribuído pela região Neotropical que comporta hoje, 142 espécies ocorrentes e uma fóssil, distribuídas em 18 gêneros, são insetos hematófagos estritos em todas as fases da vida e reconhecidos vetores da Doença de Chagas. Essa enfermidade é considerada um dos mais importantes problemas de saúde na América Latina, com cerca de 12 a 14 milhões de indivíduos chagásicos, 60 milhões vivendo em risco e cerca de 20.000 caso/ano em 18 países da América do Sul e Central. Neste estudo foram analisadas seqüências de nucleotídeos dos genes 16S e CitB mitocondrial em populações de triatomíneos, dos gêneros Panstrongylus Berg, 1879, Rhodnius Stål, 1859 e Triatoma Laporte, 1832, mantidos em colônias no insetário Serviço Especial de Saúde de Araraquara (SESA) - SP, comparando-as com seqüências dos mesmos genes disponíveis no GenBank. Os fragmentos obtidos variaram de 311 a 317 pb (16S) e 393 pb (CitB). Observou-se baixa variação intra-específica entre as distâncias genéticas do gene 16S, enquanto o gene CitB mostrou-se mais polimórfico, podendo ser utilizado para estudos de populações geográficas. As seqüências geradas foram alinhadas com seqüências dos mesmos genes para outros triatomíneos e também de Arilus cristatus Linaeus, 1763 (Hemiptera: Reduviidae: Harpactorinae) (16S e CitB) e Oncerotrachelus sp. Stål, 1868 (Hemiptera: Reduviidae: Saicinae) (16S). As relações entre as espécies foram avaliadas pelos métodos de Distância (Neighbor Joining), Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança. As análises de fragmentos para os dois genes demonstraram a parafilia de Rhodniini e Triatomini, confirmando resultados anteriores. Evidenciou-se a possível origem dos "Triatomas" Neotropicais a partir de derivações de Triatomas Neárticos, verificada pela estreita relação genética de Panstrongylus e Triatoma vitticeps (Stål, 1859) com o ramo Norte-Centro Americano de Triatoma; por meio das relações com T. protracta (Uhler, 1894), Dipetalogaster maxima (Uhler, 1894) e T. dimidiata Latreille, 1811. É dada a conhecer a primeira seqüência de bases nitrogenadas de fragmentos do gene 16S para Triatoma sherlocki Papa, Jurberg, Carcavallo, Cerqueira e Barata, 2002. Os resultados mostraram a utilidade de 16S e CitB como marcadores moleculares de espécies e de populações de triatomíneos e sua importância em questões de sistemática e taxonomia, no entanto, exigem um alto grau de segurança e controle de contaminação. Há necessidade de novos estudos envolvendo outros marcadores e o uso de caracteres sistemáticos clássicos de morfologia, ecologia e comportamento, indispensáveis para decisões sistemáticas adequadas uma vez, que teriam impacto não apenas sistemático mas, para as estratégias de controle. As colônias de triatomíneos do SESA revelaram-se importante fonte de material para estudos sistemáticos de triatomíneos, pois compreendem amostras significativas de várias populações triatomínicas da América, principalmente de espécies consideradas vetores principais do mal de Chagas como Triatoma infestans (Klug, 1834), Panstrongylus megistus (Burmeister, 1835), Rhodnius prolixus Stål, 1859 e Triatoma brasiliensis Neiva, 1911. Algumas questões sistemáticas relativas a origem e relacionamento filogenético dos triatomíneos continuam em aberto; novos reagrupamentos serão necessários para que a Subfamília continue válida; Análises mais completas, com a inclusão de representantes das tribos Alberproseniini, Bolboderini e Cavernicolini, são ainda necessárias. / The insects of the Triatominae subfamily Jeannel, 1919 of Reduviidae (Hemiptera: Heteroptera), also known as triatomine bugs, constitute a widely distributed group in the Neotropical region and including 142 current species and a fossil one, distributed in 18 genera. They are strict hematophagic insects in all phases of their life cicle and recognized vectors of the Chagas disease. This disease is considered one of the most serious Health problem in Latin America, with about 12 the 14 million of chagasic individuals, 60 million people living at risk and about 20,000 cases/year in 18 Central and South American countries. In this study mitocondrial 16S and CytB nucleotide sequences were analyzed in populations of triatomine bugs of the genera Panstrongylus Berg, 1879, Rhodnius Stål, 1859 and Triatoma Laporte, 1832 from colonies maintained in the Insectary of Special Health Service of Araraquara - SESA (acronym in Portuguese), Araraquara- SP, comparing them with sequences of the same available genes deposited in the GenBank. The obtained fragments varied from 311 to 317 bp (16S gene) and 393 pb (CytB). Low intra-specific variation among the genetic distance of the 16S gene, while the CytB gene revealed a higher polymorphism, being able to be used in geographic population studies. The generated sequences were aligned with sequences of the same genes for other triatomine bugs and also with Arilus cristatus Linaeus, 1763 (16S and CytB) and Oncerotrachelus sp Stål, 1868 (16S). The relationships among the species had been evaluated by the methods of Distance (Neighbor Joining), Maximum Parsimony and Maximum Likelihood. The analyses of fragments for the two genes had demonstrated the paraphily of Rhodniini and Triatomini, confirming previous results. It was hypothesized the possible origin of the Neotropical "Triatomas" from derivations of Nearctic triatomes, verified for the narrow genetic relation of Panstrongylus and Triatoma vitticeps (Stål, 1859) with the North-Center American branch of Triatoma by the relationships with T. protracta (Uhler, 1894), D. maxima (Uhler, 1894) and T. dimidiata Latreille, 1811. It is known the first sequence of nitrogen bases of fragments of the 16S gene for Triatoma sherlocki Papa, Jurberg, Carcavallo, Cerqueira e Barata, 2002. The results had shown the utility of 16S and CytB as markers of species and of triatomine populations and their importance in systematic and taxonomy questions. However, demands one high degree of security and control of contamination. There is a necessity of new studies involving other molecular markers and the use of classic systematic characters of morphology, ecology and behavior, indispensable for systematic decisions adjusted a time, that would have not only systematic impact but, for the control strategies. The colonies of triatomine of the SESA had shown important source of material for systematic studies of this kind of insect, since they include significant samples of triatomine populations of America, mainly of species considered the main vectors of the Chagas disease such as Triatoma infestans (Klug, 1834), Panstrongylus megistus (Burmeister, 1835), Rhodnius prolixus Stål, 1859 and Triatoma brasiliensis Neiva, 1911. Some systematic questions related to the origin and phylogenetic relationship of the triatomine bugs have kept opened; new regroupings will be necessary so that the Subfamily continues valid; more complete analyses, with the inclusion of representative members of the Alberproseniini, Bolboderini and Cavernicolini tribes, are still necessary.

Objetivou-se neste trabalho avaliar a remoção e degradação de surfactante aniônico alquilbenzeno linear sulfonado (LAS) em esgoto sanitário do município de São Carlos – SP empregando o reator anaeróbio de leito granular expandido (EGSB - Expanded Granular Sludge Bed) em escala piloto, com TDH de 36 horas e temperatura mesofílica (±35ºC), instalado na ETE de São Carlos. Análises físico-químicas e cromatográficas foram realizadas para a caracterização do esgoto sanitário e monitoramento do reator EGSB. Foi observado no esgoto sanitário concentração de DQO bruta e LAS de 653,50 ± 169,30 mg L-1 e 6,189 ± 3,25 mg L-1, respectivamente. Em relação ao Ferro e metais potencialmente tóxicos, foram observados no esgoto sanitário os seguintes compostos: Cádmio, Chumbo, Ferro, Manganês, Níquel e Zinco. Em relação aos compostos recalcitrantes foram observados Butil Benzenosulfonamida, Ácido Hexadecanóico, Limoneno, Terpineno, Fenol, Álcool Feniletílico, Indolizina, Cafeína e Isobutil Octadecil Ftalato. O reator EGSB foi monitorado durante 314 dias e observou-se para DQO afluente e efluente, respectivamente, 265,82 ± 82,36 mg L-1 e 63,24 ± 40,67 mg L-1. Em relação ao LAS observou-se 7,35 ± 3,76 mg L-1 e 3,32 ± 3,08 mg L-1, respectivamente. Verificou-se 60,37 ± 29,84% de remoção de LAS. Observou-se durante toda operação pH próximo a neutralidade (7,26 ± 0,31), alcalinidade total efluente de 234,61 ± 64,39 mgCaCO3 L-1 e ácidos orgânicos voláteis efluente de 88,26 ± 23,68 mg L-1. Por meio do balanço de massa constatou-se que 56,2% do LAS foram removidos, compreendendo 12,8% por adsorção e 43,4% por biodegradação. Ao longo da operação do EGSB observou-se desestruturação e diminuição do tamanho médio dos grânulos, tal fato corrobora com a maior concentração efluente de sólidos totais e sólidos totais voláteis no primeiro mês e ao final da operação em comparação com a média geral de sólidos efluentes. Foram identificados por meio da plataforma Illumina MiSeq, 18 gêneros relacionados a degradação do LAS, tais como Synergistes, Syntrophorhabdus, Syntrophus, Clostridium, Geobacter e Desulfovibrio. / This study purpose was to evaluate the Anionic Surfactant Linear Alkylbenzene Sulfonate (LAS) in sanitary sewage from the city of São Carlos using an anaerobic expanded granular sludge bed reactor (EGSB), at pilot scale, with 36 hours TDH and (± 35ºC) mesophilic temperature, installed at São Carlos wastewater treatment station. Physical-chemical and chromatographic analyzes were performed for sanitary sewage characterization and EGSB reactor monitoring. It was observed an amount of 653,50 ± 169,30 mg L-1 in the raw sewage COD and an amount of 6,189 ± 3,25 mg L-1 in LAS. Regarding the potentially toxic metals, the following compounds were observed in the sanitary sewage: Cadmium, Lead, Iron, Manganese, Nickel and Zinc. Concerning recalcitrant compounds, Butyl Benzenesulfonamide, Hexadecanoic Acid, Limonene, Terpinene, Phenol, Phenylethyl Alcohol, Indolizine, Caffeine and Isobutyl Octadecyl Phthalate were observed. The EGSB reactor was monitored for 314 days and was observed for affluent and effluent COD, respectively, 265.82 ± 82.36 mg L-1 and 63.24 ± 40.67 mg L-1. In relation to LAS, were observed 7.35 ± 3.76 mg L-1 and 3.32 ± 3.08 mg L-1, respectively. There was 60.37 ± 29.84% LAS removal. It was observed, during the whole operation, pH close to neutrality (7.26 ± 0.31), total effluent alkalinity of 234.61 ± 64.39 mg.CaCO3.L-1 and volatile organic acids effluent of 88.26 ± 23, 68 mg L-1. By mass balance it was verified that 56,2% of the LAS were removed, comprising 12,8% by adsorption and 43,4% by biodegradation. During the EGSB operation, it was observed a disintegration and a decrease in the average granules size, fact that corroborates with higher total solids effluent concentration and total volatile solids in the first month and at the end of the operation compared to general effluent solids average. 18 genres related to LAS degradation were identified through the Illumina MiSeq platform, such as Synergistes, Syntrophorhabdus, Syntrophus, Clostridium, Geobacter and Desulfovibrio.

Submitted by Haroudo Xavier Filho (haroudo.xavierfo@ufpe.br) on 2016-03-04T16:25:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Roger Dissertação Mestrado 2014_ versão Final biblioteca_ Entregue_.pdf: 1359994 bytes, checksum: ce3bbcf3906e6cb72bdfea9a7b7e7d06 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-04T16:25:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Roger Dissertação Mestrado 2014_ versão Final biblioteca_ Entregue_.pdf: 1359994 bytes, checksum: ce3bbcf3906e6cb72bdfea9a7b7e7d06 (MD5) Previous issue date: 2014-02-20 / CAPES / CNPq / FINEP / O gênero Shewanella é um representante da classe das Gammaproteobactérias, família Shewanellaceae, compondo um grupo de bactérias gram-negativas, móveis, baciliforme, oxidase positiva, comumente encontrada em ambiente marinho e isolada do trato digestivo de animais aquáticos. Devido a suas características vem sendo amplamente testado como probiótico na carcinicultura. Estes têm sido utilizados na aquicultura para o controle biológico, aumento da taxa de conversão alimentar e sistema imune dos camarões. Este estudo teve por objetivo identificar potenciais bactérias probióticas retiradas do hepatopâncreas e estômago do camarão cultivado em sistema heterotrófico, avaliar as relações filogenéticas das cepas com o gênero Shewanella e caracteriza-las através de análisesmorfológicas, bioquímicas, produção de biofilme e antibiograma. A partir do cultivo heterotrófico de Litopenaeus vannamei, foram selecionadas as cepasIPA-S.51, IPA-S.111 e IPA-S.252para identificação através do sequenciamento parcial do gene 16S rRNA e comparados ao GenBank – NCBI e RDP - Seqmatch. As cepas foram alinhadas a 45 espécies do gênero Shewanella e avaliadas filogeneticamente utilizando os métodos Neighbor-Joining, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. Quanto àsanálises morfológicas foram avaliadas parâmetros de acordo com a similaridade a padrões estabelecidos. Os testes bioquímicos foram realizados com o auxílio dos kits BACTRAY I, BACTRAY II e BACTRAY III (Labroclin®), totalizando 30 testes bioquímicos. A avaliação da capacidade de formação de biofilme foi realizada segundo Christensen e colaboradores. No antibiograma as cepas bacterianas foram submetidas a 13 antibióticos distintos segundo à técnica de Kirby e Bauer, com três repetições. O sequenciamento das cepas revelou alta similaridade a espécie Shewanella algae, utilizando o GenBank e o RDP-seqmath. A Inferência Bayesiana apresentou maior aporte estatístico e fidelidade dentre os métodos analisados. A Shewanella upenei apresentou alta similaridade as cepas estudadas, assim como a S. algae. As análises filogenéticas não descartam a hipótese de novas espécies para IPA-S.51, IPA-S.111 e IPAS. 252. As cepas estudadas foram sensíveis aos antibióticos Ampicilina/Subactan, Ofloxacina e Tetraciclina. A caracterização fenotípica fortalece a hipótese de especiação para as cepas testadas. Portanto, a capacidade de formação de biofilme, adicionada ao alto potencial enzimático e antagonismo a patógenos, característico do gênero Shewanella, tornam estas cepas potenciais probióticos para carcinicultura. / The genus Shewanella is one representant of Gammoproteobacteria class, family Shewanellaceae, being part of gram-negative bacteria group, mobile, bacilliform, oxidasepositive, commonly found on marine environments and isolated from the digestive tract of aquatic animals. Due to its characteristics, some tests as probiotics are being carried out in carciniculture. They are being used on aquaculture for biological control, augmentations on feed conversion rates and immune system of shrimps. This study has as objective identify potentials probiotics bacteria found in the hepatopancreas and stomach of shrimps cultivated on heterotrophic based system, evaluating the strain phylogenetic relationships with Shewanella genus and characterizing them through morphological and biochemical analysis, biofilm production and antibiogram. The strains IPA-S.51, IPA-S.111 e IPA-S.252 were selected from the heterotrophic cultivation of Litopenaeus vannamei, identified through partial 16S rRNA sequencing and compared to GenBank – NCBI and RDP - Seqmatch.The strains were aligned to 45 species of Shewanella genus and phylogenetically evaluated using Neighbor-Joining,Maximum-Likelihood estimation and Bayesian Inference.Regarding the morphological analysis parameters were evaluated according with established standard similarities. The biochemical tests were conducted with the assistance of BACTRAY I, BACTRAY II and BACTRAY III (Labroclin®) kits, totalizing 30 biochemical tests.The Biofilm capacity evaluation was made according Christensen et al. Regarding the antibiogram, the bacterial strains had undergone 13 distinct antibiotics according Kirby and Bauer, with three repetitions. The strains sequencing showed high similarity to Shewanella algae species, using GenBank and RDP-seqmath.The Bayesian inference displayed higher statistic contribution e fidelity among the other methods.The Shewanella upenei showed high similarity to the strains in study also as Shewanella algae.The phylogenetic analysis does not exclude the hypothesis of IPA-S.51, IPA-S.111 e IPA-S.252 being new species.The strains studied were sensitives to the antibiotics Ampicillin/Sulbactam, Ofloxacin, Tetracyclin. The phenotypic characterization of the strains supports the hypothesis of speciation. Thus, the capacity of biofilm formation plus the high enzymatic potential and antagonism interactions to pathogens, characteristics found in the Shewanella genus, make these strains potential probiotics to carciniculture.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-03-16T15:01:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) CAROLINA KROPNICZKI GOUVEIA - DISSERTAÇÃO.pdf: 1168935 bytes, checksum: ec9fc0cb4665cb4641bd7162f5449c56 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-16T15:01:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) CAROLINA KROPNICZKI GOUVEIA - DISSERTAÇÃO.pdf: 1168935 bytes, checksum: ec9fc0cb4665cb4641bd7162f5449c56 (MD5) Previous issue date: 2012 / A produção de camarões marinhos na região Nordeste do Brasil vem crescendo principalmente pela introdução da espécie Litopenaeus vannamei. Adicionadas à dieta ou diretamente na água, as bactérias probióticas têm sido utilizadas para controle biológico e aumento da digestibilidade alimentar e do sistema imune dos animais, elevando a lucratividade dos empreendimentos dedicados à carcinicultura. A influência de enzimas exógenas de bactérias na digestão dos camarões não está bem elucidada e ainda existe uma grande lacuna no que diz respeito a aspectos nutricionais tanto dos microrganismos, quanto dos animais cultivados. Dessa forma, objetivou-se avaliar as atividades proteolítica e amilolítica de cepas bacterianas isoladas do hepatopâncreas e estômago do L. vannamei e identificar as bactérias produtoras destas enzimas pelo sequenciamento do gene 16S rRNA. Para estudo do ambiente em tanques heterotróficos experimentais utilizando dois probióticos comerciais (HP1 e HP2) e em tanques controles heterotrófico (Het) e autotrófico (Aut), amostras de água foram tomadas ao final do experimento para contagem de bactérias heterotróficas, autotróficas e víbrios por plaqueamento em meios específicos. As médias de população bacteriana foram submetidas à análise de variância (ANOVA) complementada pelo teste de Tukey (p<0,05). Dos órgãos das amostras de camarão (n=3) foram retirados os materiais internos para isolamento das cepas bacterianas e seleção in vitro pela capacidade de produção de enzimas digestivas. Uma cepa de Bacillus subtilis (ATCC 6633) foi utilizada como testemunha na identificação utilizando os inicializadores universais para o domínio bactéria fD1 (Forward) e rD1 (Reverse). A população de bactérias heterotróficas foi mais representativa quando comparada às de autotróficas e víbrios, e o experimento Het atingiu a maior média (1,91x107 UFC/mL). As menores cargas de víbrios foram encontradas nos tanques experimentais HP1 e HP2 com médias de 2,46x104 e 2,00x104 UFC/mL, respectivamente. De 64 cepas isoladas, 11 possuíram índices enzimáticos satisfatórios (IE ≥ 2,0) para a produção de protease e amilase. Os amplicons após sequenciamento do DNA apresentaram tamanho maior que 1,4Kb e homologia com o GenBank e RDP, identificando bactérias como Bacillus subtilis e Shewanella algae. O incremento da população heterotrófica está relacionado à adição de melaço como fonte de carbono no sistema de cultivo e nos experimentos com os probióticos comerciais, a carga vibrionácea foi reduzida. A técnica de sequenciamento do gene 16S rRNA utilizando os primers fD1 e rD1 foi eficiente na caracterização bacteriana a nível de espécie e até subespécie, revelando a presença de bactérias com potencial para utilização como probiótico. / The marine shrimps cash crop in the Northeast region of Brazil is raising due to the introduction of Litopenaus vannamei. The probiotics bacteria added in the diet or directly in the water have been used for biological control and augmentations in the alimental digestibility and in the immune system, increasing the profits of enterprises related to carciniculture. The influence of bacterial exogenic enzymes on shrimp digestion is not clear and still has a gap concerning the nutrition aspects of shrimps and microorganisms. Therefore, this study had as objective the evaluations of proteolytic and amylolytic activities of bacterial strains isolated from hepatopancreas and stomach of L. vannamei and identify the bacteria responsible for enzymes production by sequencing the 16S rRNA gene. For environmental study in heterotrophic tanks using two commercial probiotics (HP1 e HP2) and in heterotrophic (Het) and autotrophic (Aut) control tanks, water samples were collected at the end of the experiment in order to count the autotrophic and heterotrophic bacteria and vibrio by plating in specific media. The means of bacterial population were submitted to variance analysis (ANOVA) and complemented by Tukey’s test (p<0.05). Internal materials were extracted from shrimp organs samples (n=3) in order to isolate the bacterial strains and “in vitro” selection due to its capacity to produce digestive enzymes. One strain of Bacillus subtilis (ATCC 6633) was used as witness on the identification using the universal primers fD1 (Forward) e rD1 (Reverse). The population of heterotrophic bacteria was more representative compared with autotrophic and vibrio population and the Het experiment presented the greatest mean (1,91x107 CFU.mL-1). The minor loads of vibrio were found in the experimental tanks HP1 and HP2 with means 2,46x104 e 2,00x104 CFU.mL-1 respectively. From sixty four strains, only eleven showed satisfactory enzymatic index (EI ≥ 2.0) to protease and amylase production. The amplicons after the DNA sequencing showed sizes bigger than 1,4Kb and homology with GenBank e RDP, identifying bacteria as Bacillus subtilis and Shewanella algae. The increment of heterotrophic population is related with the addition of molasses as carbon source in the crop system and the vibrio load were reduced in the experiments with commercial probiotics. The sequencing technique of 16S rRNA gene using fD1 and rD1 were efficient in the characterization of bacteria at the level of species and even at the level of subspecies, revealing the presence of bacteria with potential use as probiotic.