The Crepidotaceae (Imai) Singer (Basidiomycetes: Agaricales) represents a proposed family of saprophytic fungi containing five agaricoid (Crepidotus, Tubaria, Melanomphalia, Simocybe, Pleurotellus) and four cyphelloid (Episphaeria, Phaeosolenia, Pellidiscus, Chromocyphella) genera. Several contemporary classification systems exist that delegate some or all of these genera to other agaric families. Phylogenetic relationships for the most prevalent genera in the Crepidotaceae were investigated using nuclear large subunit ribosomal DNA (LSU rDNA) sequences. Parsimony analysis of the molecular data supports the Singer classification of Crepidotus, Melanomphalia, and Simocybe as a single monophyletic unit within the Agaricales. The affinities of the genus Tubaria remain uncertain. Crepidotus (Fr.) Staude is the largest and most phenotypically variable genus in the Crepidotaceae. Sequencing of the LSU rDNA region for a cross-section of morphologically diverse species suggests that Crepidotus is not a monophyletic genus. Analysis of morphological characters for 23 Crepidotus taxa shows that characters traditionally applied for infrageneric classification of Crepidotus are homoplasic in origin, but that less commonly emphasized characters such as spore shape and ultrastructure of spore wall ornamentation may be indicative of monophyletic clades for this complex. A unique pattern of basidiospore dormancy and germination, unknown in any other species of agaric, is reported for 11 species of Crepidotus. Similar patterns were also encountered in species of Simocybe and Melanomphalia. In these species an endogenous period of spore dormancy of four to six months is followed by an activation period where the factors necessary for subsequent germination appear to involve a minimal nutritional component, water, and exposure to light. / Master of Science

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Coccidiodomycosis is a systemic infection, predominantly pulmonary, caused by the geophilic and dimorphic fungi, Coccidioides immitis and Coccidioides posadasii. In Brazil, coccidioidomycosis is associated with semi-arid areas in the Northeastern region of this country, which is considered one of the endemic areas of this disease in South America. These pathogens are morphologically indistinguishable species, but they exhibit molecular differences. Different molecular techniques have been described for the characterization of these species. The nuclear ribosomal DNA (rDNA) from Coccidioides spp. has been described as an important molecular marker for the identification, taxonomy and phylogeny. Currently, there are still shortages of maps for epidemiological approaches in order to direct the correlation between populations of Coccidioides spp. and the outbreaks of coccidiomycosis. Given the above, this study aimed at performing the molecular identification of 18 clinical and environmental isolates of C. posadasii, from Northeastern Brazil, maintained in the fungal collection of the Specialized Medical Mycology Center (CEMM), through PCR, as well as, to analyze the genetic diversity of these isolates by sequencing of 18S-28S regions of nuclear rDNA. The identification of the isolates was performed through PCR, using specific primers Coi9-1F and Coi9-R. The sequencing of the 18S-28S rDNA regions was performed through the method of chain termination by dideoxynucleotides, using the kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). The results confirmed the identification of all strains included in this study as belonging to the species C. posadasii. The phylogenetic tree based on 18S-28S rDNA region of C. posadasii from CEMM and Coccidioides spp. from Genbank. reveals the formation of a unique cluster encompassing the following strains CEMM 05-2-063, CEMM 05-2-064, CEMM 05-2-066 and CEMM 05-2-065, in a properly sustained branch, which apparently seems to group these isolates according to their geographical origin. The strains of C. posadasii showed lower genetic divergence in the ITS1 and ITS2 regions, when compared to strains of C. immitis. Analyses did not detect differences between strains of clinical origin and those of environmental origin. Further studies involving the analysis of fast evolving markers, such as microsatellites, can provide evidences to determine whether the groups found in this study are derived from a lineage of clonal reproduction. / A coccidioidomicose à uma infecÃÃo sistÃmica, predominantemente pulmonar, causada pelos fungos dimÃrficos e geofÃlicos, Coccidioides immitis e Coccidioides posadasii. No Brasil, a coccidioidomicose està associada a locais situados na zona semi-Ãrida da regiÃo Nordeste, considerada uma das Ãreas endÃmicas da doenÃa na AmÃrica do Sul. Estes patÃgenos consistem em espÃcies morfologicamente indistinguÃveis, mas que exibem diferenÃas moleculares peculiares. O DNA ribossÃmico nuclear (rDNA) de Coccidioides spp. tem sido apontado como importante marcador molecular utilizado na identificaÃÃo, taxonomia e filogenia. Atualmente, ainda hà escassez de mapas de abordagens epidemiolÃgicas para direcionar a correlaÃÃo entre as populaÃÃes de Coccidioides spp. com os surtos de coccidioidomicose. Diante do exposto, este estudo teve por objetivo, realizar a identificaÃÃo molecular de 18 isolados clÃnicos e ambientais de C. posadasii, oriundos do Nordeste brasileiro, mantidos na Micoteca do Centro Especializado em Micologia MÃdica (CEMM), atravÃs da tÃcnica de PCR, bem como, analisar a diversidade genÃtica destes isolados por meio do seqÃenciamento das regiÃes 18S-28S do rDNA nuclear. A identificaÃÃo dos isolados foi realizada por PCR utilizando os primers especÃficos Coi9-1F e Coi9-R. O sequenciamento das regiÃes 18S-28S rDNA foi realizado pelo mÃtodo da terminaÃÃo da cadeia pelo didesoxinucleotÃdeo, usando-se o kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). Os resultados confirmaram a identificaÃÃo de todas as cepas incluÃdas neste estudo, como pertencentes à espÃcie C. posadasii. A Ãrvore filogenÃtica, baseada na regiÃo 18S-28S rDNA de C. posadasii do CEMM, juntamente com sequÃncias de Coccidioides spp. depositadas no Genbank. revela a formaÃÃo de um cluster exclusivo englobando as cepas CEMM 05-2-063, CEMM 05-2-064, CEMM 05-2-065 e CEMM 05-2-066, em um ramo adequadamente sustentado, que aparentemente parece agrupar estes isolados segundo sua origem geogrÃfica. As cepas de C. posadasii apresentaram menor Ãndice de divergÃncia genÃtica nas regiÃes ITS1 e ITS2, quando comparadas Ãs cepas de C. immitis A anÃlise nÃo detectou diferenÃas entre as cepas de origem clÃnica e as de origem ambiental. Estudos posteriores envolvendo a anÃlise de marcadores de evoluÃÃo mais rÃpida, os microssatÃlites, podem fornecer evidÃncias para determinar se os agrupamentos encontrados neste estudo sÃo resultantes de uma linhagem de reproduÃÃo clonal.

Submitted by Angela Maria de Oliveira (amolivei@uepg.br) on 2017-10-19T19:19:13Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Rafael Bonfim de Almeida.pdf: 1398729 bytes, checksum: b49f522af530568d079f7e0bdc9a7372 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-19T19:19:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Rafael Bonfim de Almeida.pdf: 1398729 bytes, checksum: b49f522af530568d079f7e0bdc9a7372 (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A grande quantidade de dados filogenéticos que vêm sendo disponibilizados, principalmente de caráter molecular, com os avanços de técnicas de obtenção, amplificação e sequenciamento de moléculas de DNA, RNA e proteínas, oferece uma nova perspectiva para a resolução de relações filogenéticas de grupos problemáticos. Porém, esta crescente quantidade de dados necessita de estratégia de integração e análise conjunta tanto entre os dados moleculares a per se quanto com outros dados anteriores, como dados morfológicos, citogenéticos, etológicos, entre outros. Uma alternativa recente para essa integração e metanálise filogenética é a abordagem de construção de super árvores, que consiste no princípio de agrupamento de filogenias independentes menores que possuem táxons terminais em comum em uma filogenia maior, construída com maior número de caracteres, com maior número de táxons terminais, sendo, portanto uma importante ferramenta para inferências mais acuradas quanto à sistemática, evolução, biologia, etologia, biogeografia e citogenética já que oferece uma perspectiva mais ampla do grupo em estudo. Neste estudo, dois grupos problemáticos quanto à sistemática filogenética foram escolhidos e analisados sob a perspectiva da abordagem de construção de super árvore. Para a subfamília Galerucinae sensu lato foi realizada uma filogenia molecular para espécies de Alticinae com ênfase na tribo Oedionychini a partir do alinhamento das sequências do segmento de expansão 2 (D2) do gene nuclear para 28S rDNA (28S-D2) e o gene mitocondrial para a subunidade I do Citocromo Oxidase C (COI), sendo essa filogenia juncionada com sequências associadas a bancos de dados e utilizadas em estudos filogenéticos anteriores. Posteriormente essa filogenia molecular foi integrada a uma super árvore construída para Galerucinae sensu lato. A super árvore recuperou a monofilia de Galerucinae com um grupo Alticinae parafilético. Para a ordem Siluriformes (Teleostei: Ostariophysi) foi construída uma super árvore baseada tanto em dados morfológicos quanto dados moleculares, contendo todas as famílias do grupo na topologia final. A topologia final recuperou a monofilia de Siluriformes, com Diplomystidae sendo o silurídeo mais basal e grupo-irmão do restante dos Eusiluroidei. / The large amount of phylogenetic data that are being available, with predominance of molecular, with the recent advances in techniques to obtainment, amplification and sequencing of DNA molecules, RNA and proteins, offer a new perspective for solving phylogenetic relationships of problem groups. However, this increased amount of data requires integration strategies and combined analysis of data, gathering the molecular per se with other previous data, such as morphological, cytological, ethological, and others. A recent alternative for this integration and phylogenetic meta-analysis is the Supertree Construction approach, that in principle consists in a gathering of independent smaller phylogenies that have some terminal taxa in common into a larger phylogeny, built with more characters, major number of terminal taxa, being an important tool for more accurate inferences about the systematics, evolution, biology, ethology, biogeography, cytogenetics, and others, once it offers a broader perspective of the study group. In this study, two problematic groups about their phylogenetic systematics were selected and analyzed under the perspective of the Supertree Construction approach. For subfamily Galerucinae sensu lato was performed a molecular phylogeny for Alticinae species with emphasis on the segment Oedionychini, based on alignment of the sequences of expansion segment 2 (D2) of nuclear 28S rDNA gene (28SD2), and the mitochondrial gene for the subunit I of cytochrome oxidase c (COI), being this phylogenies gather with other data used in previous phylogenetic studies. Later, this molecular phylogeny was incorporated into a supertree, constructed for Galerucinae sensu lato. The supertree recovered the monophyly of a Galerucinae group, and paraphyletic Alticinae. To order Siluriformes (Teleostei: Ostariophysi) was built a supertree based on both, morphological and molecular data, containing all families recognized for the group. The final topology recovered the monophyly of Siluriformes with Diplomystidae being the most basal catfish and sister group of the rest of Eusiluroidei.

In dieser Arbeit wurde die progenetische Evolution der Dinophilidae innerhalb der Eunicida („Polychaeta“, Annelida) sowie der Ursprung weiterer vermutlich progenetischer Arten des Euniciden-Taxons „Dorvilleidae“ (Parapodrilus psammophilus und Microdorvillea sp. n.) mit Hilfe molekularer Daten untersucht. Ein etwa 1800 bp langer Abschnitt der 18S-rDNA wurde erfolgreich von den in Tabelle 1 aufgeführten Arten (s. S. 5-7), mit Ausnahme von Ophryotrocha puerilis und Pusillotrocha akessoni, sequenziert. Von der 28S-rDNA wurde ein etwa 2250 bp langer Abschnitt von Trilobodrilus heideri, Protodorvillea kefersteinii, Eunice sp. und Hyalinoecia tubicola sequenziert. Von den folgenden Arten wurden 488 bzw. 482 bp der CO I bestimmt: Rheomorpha neiswestonovae, Trilobodrilus axi, Trilobodrilus heideri, Ophryotrocha gracilis, Ophryotrocha puerilis, Protodorvillea kefersteinii, Schistomeringos rudolphi, Eunice sp., Marphysa sanguinea, Lumbrineris funchalensis, Hyalinoecia tubicola, Potamodrilus fluviatilis und Sabella crassicornis. Zusätzliche Sequenzen der 18S-rDNA, der 28S-rDNA und der CO I wurden der Datenbank GenBank entnommen. Weitere Sequenzen der 28S-rDNA und der CO I wurden freundlicherweise von Frau Jördens zur Verfügung gestellt. Vor den phylogenetischen Analysen wurden Bereiche unterschiedlicher Variabilität definiert. Unterschiede zwischen den Substitutions-, Transitions-, Transversions- und allgemeinen Mutationsraten sowohl untereinander als auch zwischen den Variabilitätsbereichen sowie Sättigungen wurden ermittelt. Das phylogenetische Signal wurde mittels Likelihood Mapping verdeutlicht. Phylogenetische Analysen der einzelnen Gene sowie in Kombination der beiden nukleären ribosomalen Gene und aller drei Gene wurden durchgeführt. Dabei wurden die Parsimonie-, die ML- und die Bayes´sche Analyse parallel angewendet. Soweit möglich wurden Signifikanztests durchgeführt. Die zum einen die beiden Hypothesen der Monophylie der Eunicida mit und ohne Dinophilidae gegeneinander und zum anderen die beste Lösung gegen diese beiden Hypothesen und die Hypothese einer Monophylie der Taxa der ehemaligen „Archiannelida“ verglichen. Die Voruntersuchungen an den Datensätzen der einzelnen Gene zeigen bei den drei Genen deutliche Unterschiede der Substitutionsraten sowohl zwischen den einzelnen Variabilitätsbereichen als auch untereinander. Die Muster in den beiden Genen der 28S‑rDNA und der 18S-rDNA sind sich relativ ähnlich, allerdings ist die 28S‑rDNA variabler. Die CO I unterscheidet sich deutlich von den beiden anderen Genen in ihrem Muster und in ihrer Variabilität. Es wurde in allen drei Analysen Substitutionsmodelle gewählt die diese Unterschiede adäquat berücksichtigten. In der ML- und der Bayes´schen Analyse wurden die Modelle mittels dem Programm Modeltest bzw. MrModeltest bestimmt. In den Analysen der einzelnen Gene zeichnet sich die 18S-rDNA für diese Fragestellungen durch die beste Auflösung aus. Dieses ist auf die niedrige Variabilität sowie die große Anzahl an OTUs zurückzuführen. Die 28S-rDNA ist in der Auflösung wesentlich besser als die CO I und etwa so gut wie die 18S-rDNA. Die CO I alleine ist für Fragestellungen, die die Phylogenie der höheren taxonomischen Einheiten der Polychaeten betreffen, nicht geeignet. Die Kombination meherer Gene führte ebenfalls zu einer Verbesserung der Auflösung. Dabei wird die Auflösung mit steigender Zahl der Gene besser. Auch in diesen Analysen unterstützen die „posterior probabilities“ mehr Gruppen mit signifikanten Werten und sind immer höher als die BS-Werte. Es konnte gezeigt werden, dass die Verwendung der besten Phylogenie der ML-Analyse als Startbaum in der Bayes´schen Analyse schneller und sicherer ins stabile optimale Gleichgewicht führt. Es wird daher empfohlen, diese Option wenigstens als Test für die Etablierung des stabilen optimalen Gleichgewichtes in zukünftigen Analysen zu verwenden. Die molekularen Daten lehnen eine nähere Verwandtschaft der Dinophilidae zu den Eunicida sowie zu den Taxa der ehemaligen „Archiannelida“ mit hoher Wahrscheinlichkeit, allerdings nicht signifikant, ab. Eine mögliche Verwandtschaft zu einem in die Analysen nicht eingegangenem Taxon der Eunicida kann nicht ausgeschlossen werden, da die Monophylie der Eunicida nur in den Analysen aller drei Gene bestätigt wird. Ebenfalls kann eine nähere Verwandtschaft der Dinophilidae zu einem anderen Taxon der „Polychaeta“ nicht mit signifikanter Unterstützung nachgewiesen werden. Da weder die molekularen noch die morphologischen Daten zurzeit eine eindeutige systematische Einordnung der Dinophilidae innerhalb der „Polychaeta“ erlauben, sollten die Dinophilidae wieder als eigenständiges Taxon innerhalb der „Polychaeta“ geführt und keinem anderen Taxon zugeordnet werden. Der progenetische Urspung der Dinophilidae ist aufgrund morphologischer Untersuchungen gut belegt. Die enge Verwandtschaft sowohl von Parapodrilus psammophilus als auch Microdorvillea sp. n. zu großen kiefertragenden Dorvilleiden mit polytrochen Larven wird mit signifikanten Werten in allen Analysen unterstützt. Die molekularen Daten unterstützen somit die vermutete progenetische Evolution von wenigstens Parapodrilus psammophilus. Dadurch dass die Dinophilidae mit hoher Wahrscheinlichkeit nicht in die „Dorvilleidae“ oder Eunicida eingeordnet werden können, ist auch die systematische Einordnung der Gattungen ohne muskulöses Pharynx-Organ (Apodotrocha und Apharyngtus) in die „Dorvilleidae“ nicht mehr mit eindeutiger Sicherheit gegeben. Sie wurden aufgrund der gleichen morphologischen Merkmale wie die Dinophilidae den „Dorvilleidae“ zu geordnet. Die molekular-phylogenetischen Analysen unterstützen nur in den kombinierten Analysen aller drei Gene die Monophylie der Eunicida. Dieser ist wahrscheinlich auf die „explosive Radiation“ dieses Taxons sowie der Taxa der Polychaeten im Allgemeinen zurückzuführen. Die nahe Verwandtschaft von Eunicidae und Onuphidae wird in allen Analysen, außer in denen mit der CO I, signifikant unterstützt. Die molekularen Daten unterstützen eine Monophylie der „Dorvilleidae“ nicht. Da der ctenognathe Kieferapparat der „Dorvilleidae“ sehr wahrscheinlich ein plesiomorphes Merkmal innerhalb der Eunicida ist, wird das Taxon auch morphologisch durch kein autapomorphes Merkmal charakterisiert. Die „Dorvilleidae“ sollten deshalb als parapyhletisch innerhalb der Eunicida betrachtet werden und mit Anführungsstrichen geführt werden. Die systematische Position der Histriobdellidae innerhalb der Eunicida kann basierend auf den Analysen der 18S-rDNA nicht eindeutig geklärt werden. Allerdings legt die Analyse, die eine Monophylie der Eunicida ohne Dinophilidae erzwingt, eine Verwandtschaft mit Ophryotrocha gracilis nahe. Zukünftige molekular-phylogenetische Analysen sowohl die Phylogenie der Annelida und im Besonderen der Eunicida als auch die systematische Einordnung der Dinophilidae betreffend sollten vor allem bei den Genen der 28S-rDNA und CO I noch mehr Taxa und Arten umfassen, um der geringen Auflösung der basalen Verzweigungen in allen Analysen und Problemen wie der „long branch attraction“ in zwei der Analysen mit der 28S-rDNA besser zu begegnen. Ferner sollte der Datensatz noch um andere Gene, wie zum Beispiel dem Elongationsfaktor 1a oder den Histonen, mit einer möglichst großen Zahl an Taxa erweitert werden.

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