L'émergence et la réémergence d'arboviroses au niveau mondial sont responsables de pathologies pouvant causer le décès des personnes infectées et elles sont transmises par des moustiques vecteurs. En l'absence de prophylaxies efficaces, les moyens de lutte actuels reposent essentiellement sur l'utilisation d'insecticides, mais ces derniers sont nocifs pour les écosystèmes et des résistances apparaissent chez la plupart des vecteurs. Il devient nécessaire de développer des moyens de lutte alternatifs. La découverte du potentiel antiviral de certaines bactéries symbiotiques des moustiques a ouvert de nouvelles voies pour le développement de la lutte biologique. Mon projet de thèse porte sur l'étude des mécanismes déclenchés dans l'interaction tripartite entre le moustique tigre Aedes albopictus, ses deux souches de Wolbachia, wAlbA et wAlbB, et deux arbovirus (Chikungunya et Dengue) dont il est un vecteur avéré. Originaire d'Asie du Sud Est, il est devenu une préoccupation majeure de santé publique, notamment pour son fort pouvoir invasif, ayant colonisé les quatre autres continents, ainsi que pour son statut de vecteur de nombreux arbovirus et certaines filaires. Les résultats de nos travaux ont montré un potentiel antiviral de la bactérie chez les moustiques infectés par Wolbachia en comparaison des moustiques aposymbiotiques. Les analyses du protéome et du transcriptome ont permis d'identifier certains mécanismes cellulaires et moléculaires du moustique spécifiquement modulés par la présence de Wolbachia ou des arbovirus, mais aussi deux partenaires microbiens simultanément. Ces approches ont permis de mettre en évidence le rôle important du métabolisme dans le maintien de l'intégrité cellulaire et du système immunitaire pour contrôler l'infection virale. En outre, nos résultats révèlent un patron de compétition entre bactérie et arbovirus contribuant à la compréhension du phénomène interférence observé chez les moustiques / The emergence and reemergence of arboviruses in the world are responsible for pathologies that can cause the death of infected and they are transmitted by mosquitoes. In absence of effective prophylaxis, current control methods are essentially based on the use of insecticides, but they are harmful to ecosystems and resistances appear in most vectors. It becomes necessary to develop alternative means of control. Discovery of the antiviral potential of some symbiotic bacteria mosquito has opened new avenues for the development of biological control. My PhD project focuses on the study of mechanisms triggered in the tripartite interaction between the Asian tiger mosquito, Aedes albopictus, two strains of Wolbachia, and wAlbA wAlbB and two Arbovirus (Chikungunya and Dengue) of which he is a proven vector. Native to Southeast Asia, it has become a major public health concern, particularly for its highly invasive, have colonized the four other continents, as well as its status vector many arboviruses and some wire. The results of our work has shown antiviral potential of bacteria in mosquitoes infected with Wolbachia in comparison aposymbiotic mosquitoes. The analyzes of the proteome and transcriptome have identified certain cellular and molecular mechanisms of mosquito specifically modulated by the presence of Wolbachia or arboviruses, but also two microbial partners simultaneously. These approaches have helped to highlight the important role of metabolism in maintaining cell integrity and immune system to control the viral infection. In addition, our results reveal a pattern competition between bacteria and arbovirus contributing to understanding the phenomenon interference observed in mosquitoes

Το πρόβλημα της ρύπανσης του εδάφους και του υδροφόρου ορίζοντα έχει πάρει ανησυχητικές διαστάσεις τις τελευταίες δεκαετίες. Η βιομηχανική ανάπτυξη πέρα απο τις θετικές συνέπειες που έχει για την ζωή των ανθρώπων, έχει δυστυχώς επιφέρει προβλήματα ρύπανσης του υπεδάφους και του υδροφόρου ορίζοντα με επικίνδυνες οργανικές ενώσεις. Η αλόγιστη και ανεύθυνη διαχείριση και διάθεση των αποβλήτων έχει αρνητικές και συχνά μη αντιστρεπτές συνέπειες για το οικοσύστημα και την δημόσια υγεία. Ανάμεσα στις μεθόδους για την αντιμετώπιση του προβλήματος της ρύπανσης του εδάφους και των υπογείων υδάτων, οι βιολογικές μέθοδοι κερδίζουν ολοένα έδαφος λόγω του χαμηλού κόστους, της αποτελεσματικότητας και του ελάχιστου αριθμού παραπροϊόντων. Οι βιολογικές μέθοδοι αποσκοπούν στην αποκατάσταση των εδαφών με την χρήση γηγενών μικροοργανισμών του εδάφους. Η κινητική ανάπτυξης των μικροοργανισμών στο έδαφος διαφέρει σημαντικά από την κινητική ανάπτυξης όταν οι μικροοργανισμοί αιωρούνται σε καλά αναδευόμενα περιβάλλοντα. Η συγκεκριμένη εργασία έχει σαν στόχο να μελετηθεί η κινητική ανάπτυξης ενός γηγενούς βακτηριακού πληθυσμού, του Pseudomonas fluorescens κατά την βιοαποδόμηση της φαινόλης σε κατάλληλη πειραματική διάταξη, χρησιμοποιώντας ως πρότυπο πορώδες μέσο πυριτική άμμο (SiO2) η οποία αποτελεί ένα από τα βασικότερα συστατικά του εδάφους. Η φαινόλη είναι μία αρωματική ένωση η οποία χρησιμοποιείται συχνά στην βιομηχανία για την παρασκευή χρωμάτων, πλαστικών και φαρμάκων. Εξαιτίας της ευρείας χρήσης της, συναντάται συχνά στο έδαφος και τον υδροφόρο ορίζοντα. Για τον σκοπό αυτό έγιναν αρχικά πειράματα σε διαφορικές κλίνες άμμου με πηγή άνθρακα την γλυκόζη έτσι ώστε να αναπτυχθεί η κατάλληλη πειραματική διάταξη και διαδικασία για την περαιτέρω μελέτη της κινητικής ανάπτυξης του μικροοργανισμού Pseudomonas fluorescens. Στην συνέχεια μελετήθηκε η κινητική ανάπτυξης του μικροοργανισμού χρησιμοποιώντας ως πηγή άνθρακα την φαινόλη σε κλίνες άμμου. Παράλληλα έγιναν και πειράματα διαλείποντος έργου για την μελέτη της κινητικής ανάπτυξης του συγκεκριμένου μικροοργανισμού σε υγρές καλλιέργειες με θρεπτικό υπόστρωμα τόσο την γλυκόζη όσο και την φαινόλη. Σκοπός των πειραμάτων αυτών ήταν ο προσδιορισμός των κινητικών παραμέτρων. Τέλος αναπτύχθηκε κατάλληλο θεωρητικό μοντέλο για την προσομοίωση της κινητικής ανάπτυξης ενός βακτηριακού πληθυσμού στην μικροσκοπική κλίμακα. Απώτερος στόχος του θεωρητικού μοντέλου σε συνδυασμό με τα πειραματικά αποτελέσματα είναι να γίνει αποσαφήνιση των μηχανισμών αποδόμησης τοξικών ρύπων στην μικροσκοπική κλίμακα απο γηγενή βακτήρια και να αναπτυχθούν απλά κριτήρια για την πρόβλεψη και τον σχεδιασμό αποτελεσματικών μεθόδων αντιμετώπισης περιπτώσεων ρύπανσης του υπεδάφους και του υδροφόρου ορίζοντα. / The problem of soil and groundwater contamination has been increasing in the last few decades. Industrial growth is usually accompanied by pollution of groundwater with hazardous organic compounds. Irresponsible disposal of organic compounds into the soil has serious adverse consequences for the ecosystem and public health. Among methods that have been proposed for remediation of contaminated soils, biological methods using microorganisms which are indigenous in soil, are preferable because of their low cost, effectiveness and the low production of byproducts. Growth kinetics of microorganisms in soil differs significantly from growth kinetics of microorganisms suspended in a well-mixed stirred tank reactor. The aim of the present work was the experimental study of growth kinetics of a soilindigenous strain of the bacterium Pseudomonas fluorescens in sand packs (model soil) during the biodegradation of phenol. Phenol is an aromatic organic compound, which is widely used in industry, e.g. in paints, plastics, pharmaceuticals and many other products. Due to its extensive use, phenol is a common pollutant, especially in soil and groundwater. Experiments were initially conducted in sand packs, using glucose as a carbon source. The purpose of these experiments was the setup and test of the experimental procedure. Further experiments of growth kinetics in sand packs were conducted using phenol as a carbon source. In order to determine the growth kinetic parameters of Pseudomonas fluorescens for glucose and phenol biodegradation, batch experiments in liquid cultures were conducted. Finally, a hybrid simulator was developed for the theoretical investigation of growth kinetics of a bacterial population consisted a biofilm in microscale. The further aim of the theoretical simulator combined with the experimental results, was the elucidation of biodegradation mechanisms of toxic compounds by soil-indigenous bacteria in microscale, in order simple criteria for the prediction and remediation of polluted soils and groundwater to be developed.

Les biofilms bactériens se développent sur toute interface liquide-solide dès que les conditions sont favorables. Ils correspondent à des assemblages de microcolonies qui baignent dans une matrice extracellulaire polymérique. Parmi les facteurs contrôlant le développement des biofilms, l’hydrodynamique est un paramètre clé qui affecte la morphologie et la composition du biofilm. Nous nous intéressons plus particulièrement dans cette thèse à l'influence du gradient de vitesse pariétal sur la formation du biofilm. Pour cela, nous utilisons un réacteur Couette-Poiseuille qui permet de travailler sous écoulement laminaire stable dans différentes conditions d'écoulement. Les biofilms obtenus après circulation d'eaux usées, sont prélevés sur des coupons et visualisés par microscopie confocale à balayage laser. Différents paramètres caractérisant la morphologie du biofilm sont déterminés après reconstruction 3D de leur structure à l'aide du modeleur GOCAD. Nous montrons que le transport convectif constitue une étape essentielle dans la formation initiale du biofilm, et qu'un gradient pariétal nul permet d'inhiber le développement de celui-ci / Bacterial biofilms develop on any solid-liquid interface whenever conditions are appropriate. They correspond to microcolony assemblages embedded in an extracellular matrix. Among the factors controlling biofilm growth, hydrodynamics is a key parameter affecting both biofilm morphology and composition. In this thesis we investigate the influence of hydrodynamics, and more precisely the wall shear rate effect on biofilm development. For this purpose, a Couette-Poiseuille reactor, allowing to work under stable laminar flow with different flow velocities, was used. Biofilms grown from urban wastewater on coupon surfaces were observed with confocal scanning microscopy. A 3D modeling using GOCAD software was established, thus allowing the determination of various biofilms structural characteristics. The results show the essential role of convective mass transport in biofilm formation, actually a zero wall shear rate inhibited bacterial deposition, and hence biofilm growth

Les Escherichia coli producteur de Shiga-toxines (STEC) sont des bactéries pathogènes majeures en santé publique. Elles sont à l'origine d'épidémies de colites hémorragiques et d'une centaine de cas de syndrome hémolytique et urémique par an, en France. Une classification des STEC (plus de 200 sérotypes) a été établie sur la base d'évaluations du risque par l'étude de marqueurs moléculaires directement impliqués dans la virulence, et l'analyse de données épidémiologiques. La virulence n'est cependant pas toujours clairement associée à des facteurs connus ou suffisamment décrits. L'hypothèse des travaux de thèse a été que le niveau de risque associé aux souches pourrait non seulement s'expliquer par le profil de virulence mais également par des spécificités dans les propriétés métaboliques des sérotypes dont les capacités de résistance aux anti-microbiens. Peu de données sont disponibles sur la physiologie des STEC, hormis les propriétés métaboliques exploitées dans le développement de milieux de culture spécifiques. La grande majorité des études se sont concentrées sur le sérogroupe O157 et très peu sur les non-O157.L'objectif de ce travail a été d'approfondir les connaissances sur les capacités métaboliques des souches de STEC afin d'étudier les relations avec le niveau de risque associé aux souches. Ce travail a été divisé en trois parties : (i) l'étude de la résistance au tellurite de potassium (K2TeO3), un oxyanion fortement dommageable pour les membranes, (ii) l'étude des profils de métabolisation de substrats carbonés et (iii) l'étude des capacités de résistance aux antibiotiques et autres antimicrobiens. Une grande variabilité dans les profils de résistance au K2TeO3 a été observée, ainsi qu'un phénomène d'émergence de mutants spontanés. L'utilisation du tellurite pour la détection des STEC peut induire une sous-estimation de leur prévalence. Les classifications des souches en fonction de leur niveau de risque ont pu cependant être reliées à des profils métaboliques particuliers dont la capacité de résistance à certains antimicrobiens. Ces données ont permis d'observer des évolutions verticales spécifiques de certains sérogroupes mais également certaines convergences évolutives inter-sérogroupes. Ces travaux devraient permettre de faire évoluer la spécificité des méthodologies d'identification et de classification des STEC. Ces données pourront être employées par les gestionnaires du risque pour une identification plus fine des STEC pathogènes / Shiga-toxin producing Escherichia coli (STEC) are major human pathogenic bacteria. These bacteria can cause hemorrhagic diarrheal diseases and Haemolytic and Uremic Syndromes. A risk assessment of more than 200 STEC serotypes has been performed using molecular markers of virulence and epidemiological datasets. However, virulence is not always associated with known or sufficiently described factors, questioning the reliability of such classifications. The hypothesis of this PhD work was that risk levels associated with STEC strains should be related not only to virulence specificities but also other metabolic properties such as a specialization for particular C-sources or resistances towards various antimicrobials. Few data were available on STEC physiology, with the exception of datasets regarding the metabolic properties exploited for the development of specific culture media. The aim of this work was to improve knowledge on STEC metabolic capacities and investigate relationships with their respective risk level. This work was divided into three parts: (i) a study of potassium tellurite (K2TeO3) resistance, an oxyanion highly toxic for cell membranes, (ii) a study of carbon metabolic profiles, and (iii) an exhaustive study of antibiotic and other antimicrobial resistances. A great variability in K2TeO3 resistance profiles was observed, as well as a phenomenon leading to the emergence of significant numbers of spontaneous mutants. The use of tellurite for STEC detection was found to lead to an underestimation of their prevalence in food products. Specific metabolic profiles including resistance to certain antimicrobial substances were found related to STEC classifications into risk levels. These data allowed us to observe specific vertical evolutions of these phenotypes per serogroup but some intergroup evolutionary convergences were also observed. These datasets led to the proposal of novel STEC detection and identification schemes. These schemes can be used by risk assessment managers for a better appreciation of STEC risk hazards among food and environmental samples

L’exposition aux polluants environnementaux a été associée à de nombreux désordres métaboliques, immunitaires et reproductifs ainsi qu’à divers cancers. De plus en plus de travaux, indiquent que le microbiote intestinal, qui joue un rôle majeur dans l’immunité et le métabolisme de l’hôte, interagit avec les xénobiotiques dont les polluants organiques persistants (POPs) et les contaminants néoformés dans les aliments. Cette interaction peut avoir des conséquences toxicologiques importantes via la modification des fonctions du microbiote intestinal mais également via la métabolisation des xénobiotiques, entraînant une potentielle altération de l'homéostasie de l'hôte. Dans le cadre de cette thèse, nous avons démontré, en modèle in vitro, qu’une exposition aigüe du microbiote intestinal humain au benzo[a]pyrène (hydrocarbure aromatique polycyclique) a entraîné une altération des fonctions du microbiote intestinal au niveau du volatolome et du métatranscriptome microbien. Cependant, dans nos conditions expérimentales, aucun impact sur la structure microbienne n'a été observé. L’Homme étant continuellement exposé à un panel de composés chimiques environnementaux, nous avons par la suite étudié l'impact de divers POPs et produits néoformés dans les aliments sur le microbiote intestinal humain. Des familles de gènes ainsi que des composés volatiles microbiens ont été identifiés comme altérés après l’exposition, conduisant à une perturbation de l'activité microbienne. Nous avons finalement démontré que l'interaction microbiote-polluant pourrait conduire à l'établissement d'un état pro-inflammatoire modéré dans l'intestin avec une libération de cytokine IL-8 par les cellules épithéliales intestinales. Ces résultats appuient le concept émergent selon lequel les contaminants alimentaires pourraient altérer les activités du microbiote intestinal. / Exposure to environmental pollutants has been associated with various life-threatening disorders, including dysregulation of the immune and reproductive systems, metabolic diseases and various cancers. Growing evidences indicate that the gut microbiota, which plays major roles in host metabolic and immune functions, interacts with xenobiotics including persistent organic pollutants (POPs) and foodborne chemicals. The toxicological relevance of the gut microbiota-pollutant interplay is of great concern for the host since the chemicals may disrupt the gut microbiota functions leading to a potential impairment of the host homeostasis. During this PhD thesis, we demonstrated that in vitro acute exposure of the human gut microbiota with benzo[a]pyrene (polycyclic aromatic hydrocarbon) led to an impairment of the gut microbiota functions with a specific shift of the microbial volatolome and metatranscriptome. However, in our experimental conditions, no impact on the microbial structure was observed. Since humans are exposed to a wide range of environmental chemicals we investigated the impact of various POPs and foodborne chemicals on the human gut microbiota. We identified microbial volatiles and gene families that shifted after this exposure leading to an imbalance of the microbial activity. Furthermore, we demonstrated that the interaction between the pollutants and the gut microbiota lead to a significant release of pro-inflammatory IL-8 cytokine by the intestinal epithelial cells which may contribute to the establishment of a low-grade inflammatory state in the gut. All together, these data support the emerging concept that food pollutants could alter the gut microbiota activities.

Lors de travaux, la mise en suspension des spores d’Aspergillus constitue un facteur de risque reconnu dans le développement d’une aspergillose invasive. Durant l’année 2015, un pavillon de 6000 m2 (60 lits) de notre établissement a été entièrement déconstruit. L’objectif principal de cette étude a été d’évaluer l’association entre la concentration des spores d’Aspergillus fumigatus (AF) dans l’environnement extérieur et intérieur des pavillons, mais également avec la coexistence de cas cliniques, afin de proposer des recommandations d’amélioration (pratiques & techniques). Pour cela, durant 11 mois, une surveillance prospective de la contamination à Aspergillus fumigatus (AF) de l’air extérieur et intérieur par impaction sur gélose, mais aussi une investigation épidémiologique des patients à risque ont été mis en place. Au total, 3885 prélèvements d’air ont été réalisés (1744 extérieurs et 2141 intérieurs) permettant, par calcul des ratios de contamination (extérieurs vs intérieurs), de confirmer une efficacité des mesures de précautions pour réduire l’aérocontamination. Des prélèvements extérieurs continus des spores d’Aspergillacées (spore/m3/jour) ont également été réalisés par un capteur Hirst. Ce capteur, mais aussi le suivi des conditions météorologiques se sont révélés être des systèmes d’alerte utiles pour prévenir les pics de contamination. Enfin, 394 (383 environnementaux, 11 cliniques) isolats d’AF sensibles aux antifongiques ont été génotypés (MLVA). L’analyse des génotypes a montré 7 génotypes similaires entre des isolats d’AF cliniques et environnementaux confirmant un rôle de l’environnement hospitalier dans l’infection ou la colonisation des patients / Invasive aspergillosis (IA) due to Aspergillus has been associated with building construction, which may increase spores emission nearby immunocompromised patients. In 2015, one blocks of 6,000 m2 (60 beds) form our hospital has been entirely demolished. The aim of this study was to evaluate possible association between concentration of A. fumigatus (AF) spores in the outdoor and indoor environment and also with the clinical cases in order to propose some improvements in actuals methods and practices. A daily surveillance of fungal contamination was implemented during 11-months. Environmental survey was realized by air samplings, outdoor and indoor, with an automatic agar sampler. In parallel, surveillance of IA infection cases was conducted by epidemiological investigation. A total of 3885 air samples (1744 outdoor samples and 2141 indoor samples) were collected, allowing calculation of ratios (outdoor vs indoor) to confirm efficacy of preventives measures applied to reduce indoor aerocontamination. Outdoor continuous sampling of Aspergillaceae spores (spore/m3/day) was also realized by a Hirst collector. This collector was useful as alarm system to detect contamination peaks. Similarly, monitoring of meteorological parameters seems to be an interesting tool, to prevent Aspergillus peaks. Finally, 394 isolates of AF, susceptible to antifungals (383 environmental and 11 clinical isolates) were genotyped using MLVA. Analysis of genotypes showed 7 similar genotypes shared by environmental and clinical isolates, suggesting that clinical colonization and/or infection may originate from the hospital environment

Les bactéries sont une composante indissociable des réseaux de distribution d’eau potable qui, en les colonisant, forment des communautés complexes. Il est émis l’hypothèse que des variations de structure et de composition de ce microbiome pourraient refléter des changements de la qualité de l’eau liés à différents phénomènes (stagnation, biocorrosion, changement de pression, ...). Une importante campagne de prélèvements menée sur le réseau d’eau potable de Paris a permis d’apprécier la dynamique de ces communautés bactériennes selon trois méthodes différentes : la description de la communauté par metabarcoding, la culture de la flore hétérotrophe totale et la quantification par PCR de trois pathogènes opportunistes, Mycobacterium spp. L. pneumophila, et P. aeruginosa. Cette étude a mis en évidence une certaine diversité au sein des communautés bactériennes de l’eau potable malgré une prédominance des genres Hyphomicrobium et Phreatobacter. Les méthodes de culture et de PCR quantitative mettent également à jour l’importance écologique du genre Mycobacterium. L’intégration aux analyses des paramètres spatio-temporels et physico-chimiques de l’eau potable a permis de constater une relative stabilité des communautés bactériennes. Cependant, suite à d’importants évènements climatiques, des variations dans la structure des communautés sont visibles sans conséquence sur la qualité sanitaire de l’eau. Ces travaux suggèrent que l’utilisation en parallèle de différentes méthodologies, et notamment l’apport du metabarcoding, permet d’améliorer la connaissance sur le réseau de distribution d’eau potable et de mieux observer des changements fins, invisibles aux méthodes classiques. / Bacteria are an indivisible component of drinking water distribution systems which, by colonizing them, form complex communities. It is assumed that variations in the structure and composition of this microbiome could reflect a change in water quality related to different events (stagnation, biocorrosion, pressure change, etc.). A major sampling campaign was conducted within the Paris drinking water distribution systems allowing to assess the diversity and the dynamic of these bacterial communities using three different methods: description of the community by metabarcoding, heterotrophic plate count and quantification by PCR of three opportunistic pathogens, Mycobacterium spp. L. pneumophila, and P. aeruginosa. This study revealed some diversity within the drinking water bacterial communities. Culture and quantitative PCR methods also reveal the ecological importance of the Mycobacterium genus. The integration of spatio-temporal and physico-chemical parameters of drinking water into analyses has highlighted a relative stability of bacterial communities. However, variations in the structure of the communities are visible following important climatic events, without consequences on the sanitary quality of the water. Altogether, our work suggests that the use in parallel of different methodologies, particularly metabarcoding, has improved our knowledge of the bacterial communities within the Paris drinking water distribution systems and better observe subtle changes, invisible to conventional methods.

La plasticité génomique de Staphylococcus aureus lui permet d’acquérir des gènes codant des facteurs de virulence mais aussi des gènes de résistance aux antibiotiques, notamment la cassette de résistance à la méticilline (SCCmec). La résistance à la méticilline est d’abord apparue dans des souches hospitalières à l’origine de grands clones pandémiques nosocomiaux, puis a ensuite émergé en milieu communautaire chez des souches virulentes possédant la leucocidine de Panton-Valentine. Nous avons observé en 2002, en milieu hospitalier et communautaire, l’émergence inquiétante de S. aureus résistant à la méticilline (SARM) portant le gène tst de la toxine du choc toxique staphylococcique (TSST-1). Notre travail a consisté à : (i) l’élaboration de nouveaux outils contribuant à la description de clones de SARM, notamment d’un outil de typage de la cassette SCCmec, (ii) la caractérisation phénotypique et moléculaire de ce nouveau clone, (iii) l’étude de l’épidémiologie de ce clone, (iv) l’exploration de la pathogénie de ce clone en recherchant les propriétés génétiques qui lui confèrent une telle virulence et épidémicité, et notamment en identifiant le rôle de la TSST-1. Le clone de SARM tst+ est un clone épidémique de fond génétique ST5 en Multi Locus Sequence yping, atteignant principalement les sujets jeunes, et responsable d’infections variées à la fois toxiniques et suppuratives. Il est doté d’une cassette SCCmec atypique de type I tronquée dont le rôle dans le potentiel épidémique et de virulence de ce clone reste à déterminer. Enfin, la TSST-1 ne semble pas jouer un rôle déterminant, direct ou indirect, dans la pathogénie pléiotropique de ce clone / The plasticity of the Staphylococcus aureus genome confers to this specie the ability to gain accessory genes encoding virulence factors as well as antibiotic resistance determinants such as Staphylococcal cassette chromosome mec SCCmec that encodes methicillin-resistance. Methicillin resistance first emerged in hospital-acquired strains originally of successful nosocomial pandemic clones, and is also risen in virulent community-acquired strains containing the Panton-Valentine leucocidin. In 2002, we observed the worrying emergence of a new methicillin-resistant S. aureus (MRSA) clone that contains the tst gene encoding toxic shock syndrome toxin (TSST-1) responsible for both hospital and community-acquired infections. Our study was focused on: (i) new tools for MRSA description, mainly on a SCCmec typing tool, (ii) the characterisation of this new clone by molecular and phenotypic methods, (iii) the epidemiology of this clone, (iv) the pathogenic potential of this clone and the investigation of the genetic features that enhance transmission and virulence, particularly the role of TSST-1. The tst+ MRSA clone is an epidemic clone of genetic background ST5 by multilocus sequence typing that occurs mainly in young people and is responsible for a wide diversity of clinical syndromes including toxin-mediated and suppurative diseases. This clone harbours a peculiar cassette “truncated SCCmec type I” which could play an important role in virulence and transmission but are still under investigation. TSST-1 does not play a determining role (either directly or indirectly) in the pleiotropic pathogenesis of this clone

Les plantes dans leur environnement établissent des interactions avec des micro-organismes du sol. Parmi ces interactions nous pouvons distinguer les symbioses associatives mettant en jeu des bactéries PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria). L’impact de ces microorganismes phytobénéfiques (Azospirillum, Pseudomonas…) sur le métabolisme de la plante hôte est encore mal connu. Le modèle d’étude que nous avons choisi dans le cadre de ce travail est Zea mays L. qui peut établir de nombreuses symbioses associatives avec des PGPR. Pour étudier les effets de ces micro-organismes sur le maïs, deux approches ont été développées faisant notamment appel à des outils de profilage métabolique pour i) déterminer l’impact de la simple inoculation micro-organismes sur le métabolisme secondaire racinaire et des parties aériennes de la plante hôte, et ii) évaluer les effets physiologiques de consortia microbiens comprenant Azsopirillum, Pseudomonas et Glomus. Les résultats de ce travail démontrent la place prépondérante des composés de type benzoxazinoide (benzoxazolinone et benzoxazinone) dans les interactions et la modulation de leur synthèse induite par les inocula. Par ailleurs nos travaux mettent également en évidence que la réponse métabolique de la plante à l’interaction avec les micro-organismes est dépendante de l’espèce et de la souche bactérienne considérée suggérant ainsi un phénomène de reconnaissance entre les deux organismes / In environment, plant performed some interactions with soil microorganisms. From these interactions, associative symbiosis involving PGPR bacteria (Plant Growth Promoting Rhizobacteria) can be considerate. Impact of phytobenefic microorganisms (Azospirillum, Pseudomonas…) leading to associatives interactions, on host plant metabolisms, still poorly understood. Zea mays L. was choose as study model because it can enter in various associatives symbiosis with Plant growth Promoting Rhizobacteria. To study effects of these microorganisms on maize, two approaches were developed thanks to metabolite profiling tools to (i) determine the impact of a single microorganism inoculation on host plant roots and shoots secondary metabolisms and (ii) evaluate physiological effect of microbial consortia including Azospirillum, Pseudomonas and Glomus species. Results of this work showed the major place of benzoxazinoids compounds (benzoxazolinone and benzoxazinone) in plant/microbe interaction and their synthesis modulation induced by inocula. Besides, our works brings to light that the metabolic answer of the plant to the interaction with microorganisms is dependent on species and bacterial strain suggesting a recognition phenomenon between both organisms

Le secteur du tri des déchets est en pleine expansion. De par la nature de leurs activités, les centres de tri des déchets sont une source d’émission de bioaérosols dont l’exposition peut entrainer diverses troubles sur la santé des travailleurs. La composition des bioaérosols dans les centres de tri est peu documentée. Dans ce contexte, les objectifs de la thèse étaient de caractériser et de déployer dans un centre de tri (pour un suivi d’un an) une méthode d’analyse de la biodiversité microbienne dans les bioaérosols par séquençage à haut débit. Les travaux ont permis de connaitre les avantages et les limites de plusieurs méthodes d’analyse de la biodiversité et de mettre en lumière la nécessité de standardiser un processus de mesure dans le cadre d’études de comparaison. Le suivi de la biodiversité microbienne dans les bioaérosols émis en centre de tri a permis de mettre en évidence la grande complexité et la variabilité des taxons bactériens et fongiques à différents postes de l’entreprise. L’analyse statistique a mis en évidence le caractère multifactoriel de la variation et de la composition des bioaérosols émis en environnement professionnel. La quantité importante de données a permis d’améliorer les connaissances sur la composition des bioaérosols émis en centre de tri des déchets et sur la stratégie de prélèvement à adopter pour une évaluation du risque biologique représentative de l’entreprise / The waste sorting activities is constantly increasing. Due to the nature of their activities, waste sorting plants are a source of bioaerosol emissions whose exposure can lead to various health problems for workers. The composition of bioaerosols in sorting centers is poorly documented. In this context, the aims of the thesis were to characterize and deploy in a sorting center (for a follow- up of one year) a method of analysis of microbial biodiversity in bioaerosols using high throughput sequencing. The work provided information about the advantages and the limits of several methods of analysis of the biodiversity and highlighted the need to standardize a process of measurements for comparative studies. The monitoring of microbial biodiversity in bioaerosols emitted in a sorting plant revealed the high complexity and the variability of bacterial and fungal taxa at different places in the company. Statistical analysis highlighted the multifactorial nature of the variation and composition of bioaerosols emitted in this occupational environment. The large amount of collected data improved the knowledge on the composition of bioaerosols emitted in the waste sorting plant and the sampling strategy to be conducted for a representative biological risk assessment in the company