Al voltant d‘unes 1.400 espècies del gènere Culicoides Latreille, 1809 (Diptera: Ceratopogonidae) s’han descrit a nivell mundial, algunes de les quals són conegudes com a transmissores de protozous, filàries i virus que poden afectar tant a humans com a animals domèstics i/o salvatges. El virus de la Llengua Blava i el recent descobert virus Schmallenberg són responsables de malalties infeccioses no contagioses, detectades en remugants domèstics i salvatges, transmeses per espècies del gènere Culicoides. Al llarg d’aquesta tesi doctoral podem diferenciar dos eixos de recerca que ens permeten millorar en el coneixement de la epidemiologia de les malalties de la Llengua Blava (LB) i Schmallenberg (SB). El primer eix de recerca proporciona una millora en el coneixement de la diversitat, morfologia i distribució de les espècies de Culicoides a la Península Ibèrica. Les dades obtingudes a través de la morfologia i la seqüenciació del ADN ens han permès detectar la presència de 26 espècies no identificades prèviament a l’àrea d’estudi. En aquesta àrea dues zones ecològiques s’han pogut diferenciar, la zona del nord amb espècies amb distribució típica del nord paleàritc europeu, i la zona del sud amb espècies amb una distribució típica del sud paleàrtic. Un anàlisi concís de les característiques morfològiques i les seqüències d’ADN es va realitzar als individus pertanyents als grups Pulicaris i Punctatus. Els resultats obtinguts revelen la presència de dues noves espècies dins el subgènere Culicoides: C. cryptipulicaris i C. quasipulicaris, ambues espècies es troben estretament relacionades filogenèticament a altres espècies de Culicoides que actuen com a vectors de malalties a Europa. El segon eix de recerca està dirigit a caracteritzar les comunitats de Culcioides presents a diverses àrees naturals habitades per diferents espècies de remugants salvatges localitzades al llarg de la Península Ibèrica. Els resultats mostren que a escala local, la presència de les principals espècies vectores dels virus de la LB i SB en les àrees de remugants salvatges coincideix amb la de les granges sentinella properes. Les dades suggereixen que aquestes espècies podrien tenir un paper destacat com a vectors pont de diferents patògens entre remugants domèstics i salvatges. Els resultats donarien suport a la hipòtesi de que els remugants salvatges podrien actuar com a reservori de la LB i SB, i posteriorment estar involucrats en la reintroducció d’aquestes malalties a les granges de remugants domèstics. En aquest context, és essencial el coneixement precís dels hàbits alimentaris de les comunitats de Culicoides en contacte amb remugants salvatges. / Around 1,400 species of biting midges of the genus Culicoides Latreille, 1809 (Diptera: Ceratopogonidae), have been described in the world, some of these are well known transmitters of protozoa, filarial worms and viruses that affect humans and domestic and/or wild animals. The Bluetongue virus (BTV) and the recently emerged Schmallenberg virus (SBV) are responsible of important infectious, non-contagious, insect-borne viral diseases found in domestic and wild ruminants and transmitted by Culicoides spp. Two research axes are distinguished in the doctoral thesis to improve our comprehension on the epidemiology of Bluetongue (BT) and Schmallenberg (SB) diseases. The first research axe provides an improvement on the knowledge of the diversity, morphology and distribution of Culicoides species in the Iberian Peninsula. Data derived from morphology and sequencing allowed to detect the presence of 26 species not recorded previously in the surveillance area. Two eco-zones were detected in the region; the northern had species with typical northern Palaearctic European distribution whereas the southern one had species with typical southern Palaearctic distribution. A concise analysis of morphological traits and DNA sequencing was performed on specimens of the Pulicaris and Punctatus groups. Results revealed the presence of two new species in the subgenus Culicoides: C. cryptipulicaris and C. quasipulicaris, both species phylogenetically closely related to other Culicoides acting as diseases-vectors in Europe. The second research axe aimed at characterizing Culicoides midge communities in natural ecosystems inhabited by different wild ruminants along the Iberian Peninsula. The results showed that at a local scale, the presence of major BTV and SBV vector species in areas with wild ruminants was coincident with that of the nearest sentinel farms. Data suggested certain species could play a prominent role as bridge vectors for different pathogens between wild and domestic ruminants. Results support the hypothesis that wild ruminants act as reservoir for BT and SB, and could eventually be involved in the reintroduction of such diseases into livestock farms. In this context, it is essential to define precisely the bloodfeeding behaviour of Culicoides communities in contact with wild ruminants.

El objetivo de la presente tesis fue investigar el efecto de la luz de diferente longitud de onda y el fotoperiodo durante el desarrollo temprano, el ritmo de eclosión y la actividad locomotora de larvas de pez cebra. Además, el estudio de un sincronizador adicional (alimento) con diferente periodo permitió evaluar los ritmos de alimentación en dos especies. Finalmente, se describió en el pez cebra adulto los ritmos diarios de genes implicados en la diferenciación sexual. Objetivos Específicos 1 Determinar la ontogenia de la expresión de genes reloj (clock1, bmal1, per1b, per2, dbp) larvas de zebrafish sometidos a ciclos de luz-oscuridad de 12:12 horas, y diferente espectro (LDW, LDB, LDR, DD). 2 Investigar la influencia de varias condiciones de iluminación de diferente longitud de onda, sobre la ontogenia de la actividad locomotora de larvas de pez cebra. 3 Determinar el efecto de los cambios de iluminación de diferente espectro de luz (LDW, LDB, LDR) sobre la actividad locomotora de larvas de zebrafish y la presencia de foto receptores capaces de mediar la respuesta a la luz. 4 Describir la existencia de ritmo de eclosión y la sincronización de embriones a diferentes ciclos de luz (LD, DL1, DL2, LL, DD). 5 Evaluar la existencia de actividad anticipatoria a la comida cuando proporcionada de manera periódica en el pez cebra y el pez hipogeo bajo condiciones oscuridad continua y la capacidad de re-sincronización y la presencia de desplazamientos progresivos de la fase. 6 Describir la variación diaria en la expresión de genes involucrados en la diferenciación sexual en macho y hembra de pez cebra adultos. Metodología 1 Los embriones se mantuvieron en condiciones de LD 12:12 horas LDW (blanco), LDB (azul) and LDR (rojo). Las larvas se muestrearon el 0,3,7 dpf a ZT3,9,15,21,3. Se extrajo el ARN y se medio la expresión de los genes con qPCR. 2 Embriones fueron mantenidos en LDW, LDB, LDR. Las larvas se grabaron con una cámara y los videos analizados con un software de seguimiento. 3 Larvas mantenidas bajo LDW, LDB, LDR fueron grabada hasta el 11 dpf con una cámara. El 3 dpf se muestrearon y se analizó la existencia de expresión de los genes con PCR. 4 Embriones bajo LD,DL1,DL2,LL y DD a 28°C. Fueron visualizado cada dos horas para calcular la tasa de eclosión 5 Pez cebra y pez de cueva en DD fueron alimentados en manera periódica con comederos automáticos. Se utilizaron fotocélulas de rayo infrarrojo para la grabación de la actividad locomotora y el software “el Temps” para la representación de los datos. 6 Machos y hembras en ciclo LD 12:12, y 28 ºC, fueron muestreados durante un día ZT2,6,10,14,18,22. cerebro y gónadas, Se midieron lo genes de interés en cerebro y gónadas con qPCR. Conclusiones. 1 La ontogenia de la expresión de los genes reloj se desarrolla de manera diferente dependiendo de los ciclos de luz y también de la longitud de onda. Los genes del bucle negativo (per1b and per2) parecen desarrollar antes la ritmicidad, durante el desarrollo, respeto a aquellos del bucle positivo (clock and bmal) que no resulta dependiente de la luz. 2 La actividad locomotora está influenciada por los ciclos de luz, no mostrando ninguna ritmicidad bajo oscuridad continua. El diferente espectro de la luz influye en el inicio de la ritmicidad de las larvas a diferentes momentos. 3 El incremento de la actividad locomotora debido al cambio de iluminación de los ciclos de luz y del diferente espectro está relacionado con la presencia de varios fotorreceptores no visuales presentes desde el día 3 dpf. 4 La eclosión del pez cebra tiene un ritmo diario y está sincronizada a los ciclos de luz-oscuridad. La fase de este ritmo depende del tipo de ciclo de iluminación. 5 La actividad de anticipación al alimento es de origen endógeno en las dos especies. El pez cebra tiene una elevada plasticidad en el encarrilamiento de su ritmo a ciclos de comida de periodo diferente de 24 horas y presenta resincronización gradual tras retrasar la hora de alimentación. 6 La expresión de genes involucrados en la diferenciación sexual en adultos varia durante el día y la fase depende del ciclo de luz y del sexo. / Summary of Doctoral Thesis entitled “Impact of lighting conditions and feeding cycles on rhythms of early development, behaviour and sexual differentiation in zebrafish Danio rerio”. The aim of the present thesis was to investigate the effect of light of different wavelength and photoperiod on early development, hatching rhythms and locomotor activity of zebrafish larvae. Morover, the study of an additional zeitgeber (food) permitted to evaluate the feeding rhythms synchronized to different feeding period in adult zebrafish and cavefish blind specie. Finally we aims to describe in adult zebrafish, the daily rhythms of genes involved on sexual differentiation. In the present Doctoral thesis the specific objectives were established: 1 To determine the ontogeny of zebrafish larvae clock genes expression (clock1, bmal1, per1b, per2 dbp) under light-dark cycle of 12:12 hours and different spectrum (LDW, LDB, LDR, DD). 2 To investigate the influence of several lighting conditions of different wavelength on the ontogeny of locomotor activity of zebrafish larvae. 3 To determine the effect of illumination changes of different light spectrum (LDW, LDB, LDR) on locomotor activity of zebrafish larvae and the presence of photo receptors capable to mediate the response to light. 4 To describe the existence of hatching rhythms and embryo synchronization to different light cycle (LD, DL 1, DL2, LL, DD). 5 To evaluate the existence of feeding anticipatory activity when food is periodically provided in zebrafish and cavefish under continuous dark conditions. Evaluate the ability of the fish to re-synchronize when feeding time is delayed. 6 To describe the daily variation in the expression of genes involved in sexual differentiation into male and female zebrafish adults. Methodology 1. Embryos were maintained under LD 12:12 LDW (white), LDB (blue) and LDR (red). Larvae were sampled at 0,3,7 dpf and different time point ZT3,9,15,21. RNA was extracted and the gene expression analyzed with qPCR. 2. Embryos were kept in LDW, LDB, LDR. The larvae were recorded with a video camera and analyzed with specialized tracking software. 3. The larvae kept under LDW, LDB, LDR were recorded until 11 dpf with a camera. At 3 dpf were sampled and the presence of gene expression analyzed by PCR. 4. Embryos under LD, DL, DL, LL and DD at 28 ° C. They were visually analyzed every two hours to calculate hatching rate. 5. Zebrafish and cavefish were fed periodically with automatic feeder. Photocell with infrared beam were used to record the locomotor activity and a software "El Temps" used for data representation. 6 Zebrafish males and females maintained under cycle LD 12:12, and 28 degrees, were sampled during a day at different time point ZT2,6,10,14,18,22. The expression genes were measured in gonads and brain of both sexes with qPCR. Conclusions. 1. The ontogeny of clock genes expression develops differently depending on the light cycles and the wavelength of the light. The genes of the negative loop (per1b and per2) develop rhythmicity before, during development, respect those positive loop (clock and bmal). 2. The locomotor activity is strongly influenced by light cycles, showing no rhythmicity under continuous darkness. The different spectrum of light induces the asynchronous start of locomotor rhythmicity in larvae. 3. The locomotor activity increment as response of illumination change of different spectrum of the light cycles is related to the presence of several non visual photoreceptors already at 3 dpf. 4. Zebrafish hatch rhythmically during the light phase, appearing strongly synchronized to light-dark cycles. The phase of this rhythm at constant temperature depends on the lighting cycle. 5. The feeding anticipatory activity has endogenous origin in both species. The oscillator appears to posses: high plasticity in the synchronization of its rhythm to feeding cycle different of 24-hour and ability to re-synchronize when feeding time is delayed. 6. The expression of genes involved in sexual differentiation in adults varies during the day and the phase depends on the light cycle and sex.

Los Phoridae constituyen una familia muy diversa del orden Diptera, de la que se conocen más de 3.400 especies distribuidas en 240 géneros. Es una de las familias de Diptera con mayor diversidad de formas de vida larvaria, con especies saprófagas, depredadoras, fungívoras, parásitas o parasitoides. Los adultos de algunas especies pueden ser utilizados para el control biológico de plagas (hormigas), constituyen plagas de cultivos de hongos o pueden utilizarse en entomología forense. Este trabajo tiene tres objetivos básicos. Primero ampliar el conocimiento faunístico y taxonómico de los Phoridae en nuestro país. Segundo, llevar a cabo un estudio ecológico de esta familia analizando la estructura de la comunidad y su dinámica estacional, estratificación vertical en la vegetación y ritmos nictemerales. Tercero, evaluar la efectividad de distintos métodos de muestreo. El área muestreada de estudio es el Parque Natural del Montseny (Barcelona y Girona), declarado por la UNESCO como reserva de la biosfera. Se seleccionaron hábitats a diferentes altitudes que se diferencian por las condiciones ambientales y composición y estructura de la vegetación: el hayedo, con tres parcelas que se diferenciaban en el grado de humedad, y las landas culminales. El muestreo se realizó durante un año utilizando métodos de captura indirectos (interceptores de vuelo, trampas de agua, trampas de caída, trampas de emergencia y trampas de luz) y directos (biocenómetro, batidos y mangueos). Se capturaron un total de 14.032 Phoridae, identificando 165 especies pertenecientes a 15 géneros. Diez especies son nuevas para la ciencia, 42 son nuevas citas para la Península Ibérica y 71 para España peninsular. Los resultados ecológicos indican que la familia Phoridae es una de las más abundantes dentro de los Diptera. El hayedo está dominado por unas pocas especies, en su mayoría saprófagas, destacando Megaselia pectoralis, M. subpleuralis y M. pectorella, mientras que en las landas, las especies dominantes pertenecen a distintos grupos tróficos, destacando Megaselia pusilla, M. pumila, M. diversa y M. superciliata. Los saprófagos dominan en todas las estaciones, aunque en primavera disminuyen por el aumento de los polífagos y zoófagos. El rendimiento del esfuerzo de muestreo ha sido superior en el hayedo seco, aunque en ninguna zona el muestreo ha sido completo. La mayoría de las especies capturadas son de distribución europea o paleártica. Los dos hábitats (hayedo y landa) difirieron en la composición de la comunidad de Phoridae, tanto en el espacio como en el tiempo. La densidad y riqueza de Phoridae fue superior en el hayedo que en la landa, mientras que la uniformidad fue mayor en las landas que en el hayedo. El periodo de máxima actividad de la familia se produjo en verano, La temperatura fue la variable climática que mejor explicó la dinámica de la familia a lo largo del año, mientras que la precipitación contribuyó poco. La mayor parte de las especies del hayedo presentaron un ciclo bivoltino, con un pico primaveral y otro estival, mientras que en las landas son univoltinas, con un pico estival. En invierno se registró la presencia de especies psicrófilas del género Triphleba. El periodo de máxima actividad diario se produjo en las horas centrales del día, aunque encontramos especies con hábitos nocturnos o crepusculares como Megaselia diversa. La abundancia y riqueza de Phoridae en el hayedo es superior en los estratos herbáceo y arbustivo que en el arbóreo. Las trampas de agua fueron el método más efectivo para la captura de Phoridae. Concluimos, que la elevada abundancia y riqueza de esta familia, junto con su diversidad de formas de vida, hacen de ella una candidata excepcional para futuros estudios evaluativos conservacionistas de espacios naturales. / The Phoridae are a highly diverse family of the Diptera, with more than 3.400 known species in 240 genera. It has one of the highest diversity of larval life forms among Diptera, with saprophagous, predators, fungivorous, and parasites or parasitoids species. Several species can be used for biological control of ant pests, in some cases they are pests in mushroom farms, or can be used in forensic enthomology. This Thesis has three main objectives. First increase the fauna and taxonomic knowledge of the Phoridae in our country. Second, analyze the ecology of this family, mainly the community structure and temporal dinamic, vertical stratification across vegetation, and the nictemeral rhythms. Third, assess the effectivity of different sampling methods. The study area was the Montseny Natural Park, located between Barcelona and Girona (Catalonia, Spain), which is an UNESCO biosphere reserve. Several habitats that differed in environmental conditions and in the composition and structure of vegetation have been selected: Beech (Fagus sylvatica L.) forest, with three stands differing in water availability, and a highland heathland, located in the summit of the mountain range. Sampling was carried out for one year using both indirect (flight interception, water, pitfall, emergence and light traps) and direct (biocenometer, beating tray and sweep-net capture) sampling methods. We captured 14.032 phorids, identifying 165 species belonging to 15 genera. Ten species are new to Science, 42 species are new citations to the Iberian Peninsula, while 71 species are new to continental Spain. Our ecological results point out that the Phoridae is one of the most abundance families amongst the Diptera. Beech stands are dominated by a few species, most of which are saprophagous, with Megaselia pectoralis, M. subpleuralis and M. pectorella being the most important species. In the heathland, dominant species belong to different trophic groups with Megaselia pusilla, M. pumila, M. diversa and M. superciliata being the most important species. Saprophagous forms dominate in all habitats but their relative abundance decreases in spring due to the appearance of polyphagous and zoophagous. Sampling effort yield was greater in the driest beech stand than in the remainder sites, though sampling was not complete in any study site. Most studied species have a European or Palearctic distribution. Both habitats (beech forest and heathland) differed in composition of the Phoridae community, both in space and through season. Density and specific richness was higher but uniformity was lower in the beech forest than in the heathland. Overall, the highest activity of the family occurred in summer. Temperature was the climatic variable that best explained the dinamic of this family through the year, while rainfall had a low influence. Most species in the beech forest had a bivoltine cycle, with two maximums in spring and in summer, while heathland species have and univoltine cycle with their maximum activity concentrated in summer. In winter, we found psycrophilic species of the genus Triphleba. The daily maximum activity was at midday, although several species, such as M. diversa, had a nocturnal or crepuscular activity. In the beech forest, abundance and species richness was higher in the herb and shrub layer than in the tree canopy. Water traps was comparatively the most effective sampling method for the Phoridae. We conclude that the high abundance and richness of the phorids together with its high life forms diversity, makes it a suitable candidate for evaluative conservation studies of natural sites.

La búsqueda de fuentes naturales podría ser una alternativa viable para prevenir o tratar infecciones bacterianas, así mejorando la salud de los animales y obteniendo productos de origen animal más seguros. Esta Tesis se elaboró con el objetivo de evaluar la capacidad de reducir la adhesión bacteriana, en concreto de Escherichia coli enterotoxigénica (ETEC) K88 por parte de diferentes fuentes naturales, para prevenir colibacilosis en lechones. Las fuentes naturales seleccionadas consistieron en productos de origen vegetal (salvado de trigo, cascarilla de soja, pulpa de remolacha, algarroba (vaina+semilla, semilla), goma guar, arándanos, inulina, fructooligosacáridos y champiñones), de origen lácteo (casein glicomacropéptido) y subproductos de origen microbiano (mananoligosacáridos, el extracto de la fermentación de Aspergillus oryzae y exopolisacáridos), los cuales podrían ser considerados como candidatos para ser incluidos en las dietas de los lechones. La hipótesis sobre el papel anti-adhesivo del salvado de trigo (WB) en contra de enteropatógenos derivó de resultados previos de nuestro grupo y ha sido confirmado en los primeros dos ensayos de la presente Tesis. Por esta razón, consideramos que el WB merecía un fraccionamiento adicional para elucidar las moléculas anti-adhesivas involucradas en el reconocimiento de ETEC K88. Además, esta Tesis pretendió explorar la actividad anti-biofilm del WB en un modelo in vitro bien conocido de Staphylococcus aureus, pero también en su posible interferencia con los sistemas de comunicación bacteriana o, también conocidos como sistemas quorum sensing (QS). Con el fin de alcanzar estos objetivos principales, una serie de cuatro ensayos fueron diseñados. Los resultados expuestos en esta Tesis indican que los extractos solubles de casein glicomacropeptido, exopolisacáridos, algarroba (vaina+semilla) y WB podrían considerarse como posibles fuentes naturales para el desarrollo de nuevos aditivos para ser incorporados en las dietas de los lechones al destete y prevenir la colibacilosis post-destete. El interés particular fijado en las propiedades anti-adhesivas del WB llevó al fraccionamiento para comprender mejor el reconocimiento molecular (MW) del proceso de bloqueo que tiene lugar. El fraccionamiento del WB por peso molecular y cromatografía de exclusión molecular reveló que la actividad de bloqueo se mantiene en la fracción >300 kDa. La identificación por espectrometría de masas de algunas de las bandas más relevantes de bajo MW en esta fracción, reveló la presencia de varios inhibidores de proteasa que podrían estar implicados en los efectos de bloqueo presentados en contra de ETEC K88. Finalmente, se encontró que el extracto soluble de WB y la fracción >300 kDa fueron capaces de inhibir la formación de biofilm y también de destruir el biofilm previamente formado por parte de S. aureus. En ese mismo ensayo se demostró que el WB así como la fracciones >300 kDa y <300 kDa contienen cierta actividad lactanasa capaz de reducir la concentración de AHL en el medio. Toda la información recogida puede considerarse para el desarrollo de nuevos agentes anti-adhesion, anti-biofilm y quorum quenching a partir del salvado de trigo para prevenir infecciones bacterianas. / Looking for natural sources may be a feasible alternative to prevent or treat bacterial infections, thus enhancing animal health and obtaining safer animal products. This Thesis was devised with the aim of screening among natural sources their ability to reduce bacterial adhesion, in particular against enterotoxigenic Eschericha coli (ETEC) K88, to prevent colibacillosis in young pigs. The selected natural sources consisted of products of vegetable origin (wheat bran, soybean hulls, sugar beep pulp, locust bean and gum, guar gum. cranberry, inulin, fructooligosaccharides and mushrooms), dairy (casein glycomacropeptide) and microbial by-products (mannan-oligosaccharides, the fermented extract of Aspergillus oryzae and exopolysaccharides), which could be considered as candidates to be included in a piglet’s diet. The hypothesis on the anti-adhesive role of wheat bran (WB) against enteropathogens derived from previous results from our group and was subsequently confirmed in the first two trials of the current Thesis. For this reason we considered that WB deserved further fractionation to elucidate the putative anti-adhesive molecules involved in the ETEC K88 recognition. Moreover, this Thesis professed into exploring the anti-biofilm activity of WB in an in vitro well-known biofilm model of Staphylococcus aureus, but also in its possible interference with bacterial quorum-sensing (QS) systems. In order to achieve these main objectives a set of four trials were designed. Results exposed in this Thesis indicate that soluble extract of casein glycomacropeptide, exopolysaccharides, locust bean and WB should be considered as possible natural sources for the development of new additives to be included in weaned piglet’s diets and prevent post-weaning collibacillosis. The particular interest set on WB anti-adhesive properties led to the fractionation to gain understanding of the molecular recognition of the blocking process that takes place. The fractionation of WB by molecular weight (MW) and size-exclusion chromatography revealed that blocking activity is retained in the >300-kDa fraction. The identification of some relevant bands of low MW in this fraction by mass spectrometry revealed the presence of various protease inhibitors that could be implicated in the reported blocking effects against ETEC K88. Finally, it was found that the soluble extract of WB and the >300-kDa fraction were able to inhibit the biofilm formation and also the destruction the biofilm previously formed by S. aureus. In the same trials was demonstrated that WB as well as the >300 kDa and the <300 kDa contain certain lactanase activity able to reduce AHL concentration in the medium. All the gathered information can eventually pave the way for the development of novel anti-adhesion, anti-biofilm and quorum quenching therapeutic agents from wheat bran to prevent bacterial pathogenesis.

La presente tesis doctoral tiene como objetivos principales valorar el efecto del tipo de carbohidratos en el alimento sobre el engrasamiento de la canal, en dos razas porcinas: el cerdo ibérico y el landrace. En una primera fase experimental se utilizaron 48 cerdos (88,4 kg PV), 24 Ibéricos y 24 Landrace, a los que se administraron dos raciones que diferían en las principales fuentes de carbohidratos: maíz (Dieta MZ), altamente digestible, o maíz-sorgo y bellota (Dieta SB), más resistente a la digestión enzimática y con mayor tendencia a ser fermentada. Cuando los animales alcanzaron un peso vivo medio de 110 kg, se sacrificó a la mitad. La segunda fase se llevó a cabo con los 24 animales restantes, 12 ibéricos y 12 landrace (108 kg PV). Se mantuvieron los tratamientos dietéticos, incrementando el aporte de bellota en la dieta SB en detrimento del maíz. El sacrificio se realizó a un peso vivo medio de 135 kg.Durante el periodo experimental, los cerdos ibéricos manifestaron una superior ingestión voluntaria (entre un 25 y 35%: P < 0.01), que les impuso los peores índices de transformación. Entre dietas experimentales no se observaron diferencias en los rendimientos productivos, salvo en la segunda fase experimental donde el incremento del aporte de bellota provocó un descenso de la ingestión voluntaria (P = 0,08). La digestibilidad ileal de la materia orgánica fue superior en los cerdos landrace que en los ibéricos (P < 0,05) y con la dieta MZ que con la SB (P < 0.01). La fermentación en el tracto digestivo posterior de los animales permitió compensar en parte estas diferencias, salvo en el caso del cerdo ibérico alimentado con SB, que continuó presentando los menores coeficientes de digestibilidad para el tracto digestivo total. Esta incapacidad por parte del cerdo ibérico para fermentar todo el substrato alcanzaba su intestino grueso vino determinada, principalmente, por la superior velocidad de tránsito de la digesta en su compartimento digestivo, calculada con el marcador inerte. Todas estas diferencias entre razas y entre dietas afectaron a la extensión y tipo de fermentación en el intestino grueso. En concreto, se observaron diferencias en la concentración y el perfil de ácidos grasos volátiles. También en la concentración de bases púricas, como medida cuantitativa de la flora microbiana presente, y en la actividad enzimática de esta flora microbiana frente a diferentes substratos de carbohidratos. En general, los cerdos landrace tuvieron una mayor presencia microbiana en el ciego (P < 0,05), y menor en el colon (P < 0.05) que los cerdos ibéricos. Sin embargo, la flora microbiana presente en el ciego de los cerdos ibéricos presentó una mayor actividad in vitro frente a todos los substratos de carbohidratos analizados.Con referencia al engrasamiento, los cerdos ibéricos presentaron una mayor actividad enzimática lipogénica que los cerdos landrace, tanto en el depósito subcutáneo como en el intramuscular. Estos resultados se correspondieron con un superior (P < 0,001) espesor de la grasa dorsal y contenido de grasa intramuscular. Además, la grasa del cerdo ibérico se caracterizó por tener un menor contenido de AG poliinsaturados y superior de monoinsaturados. Entre dietas, no hubo diferencias importantes salvo una tendencia (P = 0,07) en el espesor de la grasa subcutánea dorsal, superior para la ración MZ que para la SB. Como conclusión, es evidente la participación genética en muchas de las diferencias que definen al cerdo ibérico y al landrace. Sin embargo, el tipo de carbohidratos de la ración puede promover en cada raza diferentes estrategias digestivas para su aprovechamiento. Como resultado, también podrían tener cierta influencia en el metabolismo lipídico, aunque de forma diferente para cada raza. / This current thesis has as main objectives to assess the effect of the source of dietary carbohydrates on the carcasse fatness in two different swine breeds: the Iberian and the Landrace pigs. In one first experimental phase 48 pigs were used (88.4 kg LW), 24 Iberian and 24 Landrace, which were fed with two experimental diets differing in the main sources of carbohydrates: maize (Diet MZ), highly digestible, or maize-sorghum and acorn (Diet SB), more resistant to the enzymatic digestion and with a higher tendency to be fermented. When animals reached an average body weight of 110 kg, the half of them were slaughtered. The second experimental phase were developed with the rest of pigs, 12 iberian and 12 landrace (108 kg LW). Dietary treatments were maintained, increasing the proportion of acorn in the diet SB in spite of maize. Pigs were slaughtered at an average body weight of 135 kg.Along the experimental period, Iberian pigs showed a higher voluntary feed intake (about 30%: P < 0.01), promoting worse feed:gain ratios. Between experimental diets were not observed differences in productive performances, except for a lower feed intake in pigs fed diet SB in the second experimental phase (P = 0,08), when acorn proportion was increased. Ileal digestibility of the organic matter was higher in landrace than in iberian pigs (P < 0,05) and in diet MZ than in SB (P < 0.01). Fermentation in hindgut allowed to compensate these differences in part, except for Iberian pigs fed diet SB, which showed the lowest digestibility coefficients in the whole of the digestive tract. The lower ability to ferment the whole of the substrate that reached the hindgut by Iberian pig was mainly associated to the lower transit time of digesta throughout its digestive compartment, calculated based on an indigestible flow marker.All these differences between breeds and diets affected to the extent and type of fermentation in the hindgut. In particular, differences were observed in the volatile fatty acids concentration and profile. Differences were also observed in purine bases concentration, as a quantitative value of the microflora, and in enzymatic activity of this microflora against different carbohydrate substrates. Landrace pigs showed a higher microflora concentration in caecum (P < 0,05), and lower in colon (P < 0.05) than Iberian pigs. However, microflora in caecum of Iberian pigs showed a higher in vitro activity against all carbohydrate substrates analysed. In reference to the fatness, Iberian pigs showed a higher lipogenic enzymatic activity than Landrace ones in both, subcutaneous and intramuscular depots. These results were associated with a higher (P < 0.001) backfat thickness and intramuscular fat content. Moreover, the Iberian pig fat had a lower polyunsaturated and higher monounsaturated FA contents. Between diets, there were not differences except for a tendency (P = 0,07) in backfat thickness, higher for diet MZ than for diet SB. In conclusion, it is evident a genetic contribution in many differences between Iberian and Landrace pigs. However, the type of dietary carbohydrates can promote in each breed different digestive strategies to their digestion. As a result, carbohydrates also could influence in lipid metabolism, although in different way depending on breed.

Une perte locale ou globale de l’information épigénétique est souvent un facteur significatif dans les désordres génétiques notamment dans les cancers car elle mène à une dérégulation de l’expression des gènes.Un couplage direct a été mis en évidence par mon équipe entre les mécanismes de transcription des récepteurs à l’acide rétinoïque (RAR) et de son corégulateur, la CREB Binding Protein (CBP) dans le cas de la méthylation des îlots CpG, via la réparation par excision de base (BER) par la Thymine DNA glycosylase (TDG) des mésappariements G : U/T. Ces mésappariements G : U/T, produits lors de la déamination des paires G: meC (cytosine méthylée) dans les îlots CpG, contribuent à une déméthylation de l’ADN. TDG possède une activité de cofacteur de transcription et peut aussi interagir avec le facteur de transcription RARα et avec le coactivateur transcriptionnel CBP. TDG joue donc un rôle essentiel dans les processus de différenciation et de développement. Le complexe formé par CBP, TDG et RAR constitue donc le premier lien entre la réparation d’ADN par excision de base, la transcription, et l’épigenèse et est ainsi une nouvelle voie de régulation de l'intégrité et de l'expression génomique. Mon projet de recherche a pour but une caractérisation fonctionnelle de la régulation du complexe CBP/TDG/RAR et de son rôle dans la régulation épigénétique de la transcription. En parallèle nous avons étudiés les mécanismes épigénomiques in vivo par l’utilisation d’un modèle du stress prénatal chez le rat. Par ailleurs, grâce à mon expertise en analyse transcriptomique, j’ai participé à cinq collaborations portant sur l’étude des mécanismes de défense innés de l’organisme face à une infection bactérienne à Streptococcus pneumoniae, l’exploration des gènes régulés par HMGA1 et par TAF6delta à l’échelle génomique. / The packaging of eukaryotic DNA into chromatin represents an essential organizational and an important regulatory feature. Chromatin structure can specifically contribute positively or negatively to the correct assembly of transcription factors (TFs) and their activity. So a local and/or global loss of epigenetic information is often a significant factor in genetic disorders including cancers because it leads to a deregulation of gene expression. Unfortunaly the modifications occurring at this level of the chromosome, are ample and only in part understood. Direct coupling has been highlighted by my team between mechanisms of transcription by retinoic acid receptor (RAR) and its coregulator, the CREB Binding Protein (CBP) and mechanisms of excision repair (BER) by the Thymine DNA Glycosylase (TDG). TDG acts as a coactivator of transcription factors RAR and also like a transcription factor. TDG thus playing an essential role in the process of differentiation and development.Furthermore, TDG has a potency to repair G: T mismatches, produced by deamination of G: meC (methylated cytosine) in CpG islands, to restore a G: C pair so TDG contributes to indirect demethylation of DNA. In addition, the malignant transformation associated with mutations of CBP and its homologue, p300, could be due to dysfunction of major signaling pathways that require CBP as coactivators, such as retinoic acid pathway. The CBP-RAR-TDG complex is the first link between DNA repair by base excision, transcription, and epigenetic and is thus a new way of regulating the integrity and gene expression. The aim of our work is to characterize functional complex CBP-TDG-RAR in transcriptional regulation and epigenetics. The ultimate aim of my work is the understanding of genomic plasticity induced by the CBP-TDG complex and its role in oncogenesis. I also studied the epigenomics mecanisms of prenatal stress in the rat. Moreover, I used my expertise in microarrays expereriment and transcriptome analyse to work on severals projects about the study of innate defense against Streptococcus pneumoniae bacterial infection, the study of HMGA1 regulated genes and TAF6delta regulated genes at wide genome level.

Cuatro especies de tortugas marinas anidan en la isla de Bioko (Guinea Ecuatorial): la tortuga verde, Chelonia mydas, la tortuga laúd, Dermochelys coriacea, la tortuga olivácea, Lepidochelys olivacea, y la carey, Eretmochelys imbricata. Estas especies realizan sus puestas de huevos en unos 20 kilómetros de playas en el sur de la isla. Debido a la existencia de amenazas de origen humano, es necesario obtener una evaluación del estado de conservación de esta población de tortugas marinas para aplicar medidas efectivas de conservación. En el presente trabajo estudiamos la biología de puesta de las cuatro especies citadas a partir de un programa de marcaje sobre las hembras nidificantes, de muestreos diarios y de recuento de nidos durante dos temporadas de puesta consecutivas, desde octubre de 1996 hasta 1997 y desde septiembre de 1997 hasta marzo de 1998. El área de estudio está formada por seis playas de arena negra volcánica. Las condiciones ambientales en esta zona son extremas, dándose lluvia intensa y tormentas durante todo el año, excepto en una breve estación seca entre enero y febrero. Los dos objetivos principales del presente estudio fueron la descripción de la población de hembras nidificantes y el estudio de su rendimiento reproductivo a partir del análisis y variación del éxito de eclosión. Las recapturas de tortugas marcadas fuera de Bioko nos permitieron analizar también los movimientos migratorios de las tortugas nidificantes hacia sus áreas de alimentación. Dentro del primer objetivo, estudiamos la duración de la temporada de puesta, la distribución de tallas y la estimación del número de hembras nidificantes. La temporada de puesta transcurre desde noviembre hasta febrero, con un pico en diciembre-enero, tanto para las tortugas verdes como para las tortugas laúd y las oliváceas. Las tortugas carey llegarían al área de estudio en el mes de diciembre. Se han detectado emergencias esporádicas de tortuga verde y tortuga laúd fuera de la temporada de puesta descrita. Encontramos una segregación en la distribución de especies, con las tortugas verdes anidando preferentemente en las playas occidentales, con mayor pendiente, y las tortugas laúd en las orientales. Además, las verdes anidaron preferentemente en la zona de vegetación, cuando ésta era accesible. Las tortugas verdes medidas (LCC media= 98.3 &#61617; 6.1; N= 196) fueron, en conjunto, más pequeñas que las de la mayoría de poblaciones nidificantes de esta especie. Las tortugas laúd medidas en Bioko (LCC media= 157.93 &#61617; 14.96) fueron de tallas similares a las de otras poblaciones. Las tortugas oliváceas (LCC media= 71.65 &#61617; 6.42) parecen ser más grandes que las de otras áreas de puesta. Las tortugas verdes de mayor talla parecen llegar antes a anidar en el sur de Bioko. La estimación de tortugas verdes en el área de estudio se realizó a través de un programa de marcaje y recaptura de hembras nidificantes. Empleamos el número medio de puestas por tortuga (2.99&#61617; 1.82) para obtener una estima de 555 (256-<1681) tortugas verdes en la temporada 1996-97. Debido al reducido marcaje, obtuvimos rangos de las poblaciones de las otras especies de tortugas marinas nidificantes en Bioko empleando valores de número medio de puestas por tortuga y por temporada extraídos de la literatura. El número de tortugas laúd nidificantes en la primera temporada osciló entre 114 y 168. El número de nidos de tortuga verde contabilizados en 1997-98 (1257) comparado con el de la temporada anterior (1671) sugiere que no se produjo un cambio importante en el tamaño poblacional tanto para las tortugas verdes como para las tortugas laúd. Aunque para esta segunda especie, el rango estimado en 1997-98 fue ligeramente superior (156-230 tortugas). Las otras dos especies fueron bastante menos abundantes, entre 19 y 43 tortugas oliváceas y entre 4 y 10 tortugas carey. Un muestreo reciente realizado en el área de estudio por otros investigadores no ha mostrado cambios importantes en el número de nidos de tortugas verdes, oliváceas y carey, aunque sí ha evidenciado un aumento significativo del número de puestas de tortuga laúd. El sur de Bioko parece albergar una de las más importantes áreas de puesta para la tortuga verde en la costa atlántica africana, siendo también un área de puesta importante para la tortuga laúd. Aunque se necesita mayor precisión en las estimas, nuestros resultados parecen suficientes para condicionar la toma de decisiones inmediatas sobre la conservación de estas especies y para realizar comparaciones con estudios futuros en la zona. Abordamos el segundo objetivo a partir de la descripción de los datos relacionados con la producción de neonatos y del análisis de factores bióticos y abióticos que pudieron afectar a estos datos; centrándonos básicamente en la especie de tortuga marina más abundante: la tortuga verde. Para esta especie, el tamaño medio de puesta (número de huevos por nido) fue de 104.3 &#61617; 30.9 (N= 119) en la temporada de 1996-97 y de 112.7 &#61617; 31.5 (N= 83) en la temporada siguiente, sin encontrarse diferencias estadísticamente significativas entre ambas temporadas. Encontramos cierta relación entre el tamaño de puesta y la talla de las tortugas. Los periodos de incubación medios para los nidos de tortuga verde en cada una de las temporadas de estudio fueron superiores a los registrados en la mayoría de las poblaciones nidificantes de esta especie por todo el mundo, debido probablemente a las especiales condiciones climáticas del sur de Bioko. Los porcentajes de éxito de eclosión obtenidos fueron, para 1996-97: 64.3%&#61617; 25.4, N= 119, y para 1997-98: 75.2%&#61617; 20.7, N= 83. Encontramos una diferencia significativa entre las dos temporadas, probablemente debido a las diferentes condiciones ambientales registradas. Los porcentajes de éxito de eclosión en el área de estudio fueron similares o ligeramente inferiores a los de otras poblaciones en otras áreas. Observamos que las tormentas esporádicas, las cuales producen reducciones bruscas de la temperatura de incubación, pudieron haber tenido un mayor impacto sobre el desarrollo de los huevos que los factores bióticos y abióticos que definen la temperatura de incubación a lo largo de todo el periodo de puesta. Sin embargo, se deben muestrear más temporadas y controlar otros factores para confirmar los resultados obtenidos. En el presente estudio, identificamos una larga lista de depredadores naturales de las tortugas marinas, de los cuales sólo los cangrejos del género Ocypode parecen tener un efecto significativo sobre los huevos y neonatos. Aunque la tortuga verde es una especie protegida, es explotada en Bioko para consumo humano. Una estimación aproximada del número de neonatos producidos que puedan alcanzar la madurez sexual, a partir de los datos tomados en la temporada 1996-97, reflejó una sobre explotación evidente dadas las capturas que se vienen realizando. Respecto al tercer objetivo, encontramos una dispersión en los movimientos migratorios hacia diferentes áreas de alimentación, tras la puesta. La bahía de Corisco para ser un área de alimentación importante para la tortuga verdes del sur de Bioko.Los resultados obtenidos en el presente estudio deben ser interpretados como un punto de partida para futuros estudios que confirmen las conclusiones descritas. / Four sea turtle species nest in 19.4 km of the south coast of Bioko Island (Equatorial Guinea): Chelonia mydas (green turtle), Dermochelys coriacea (leatherbback), Lepidochelys olivacea and Eretmochelys imbricata. The present study summarizes the main aspects of their nesting biology, based on tagging of adult females, nightly surveys and nest census during two nesting seasons. Reproductive success and post-nesting movements are also studied.Main nesting season occurred from October to February, with a peak in December-January. We found some nesting segregation between the two predominant species depending on the characteristics of the beaches. Over 555 (256-<1681) green turtle nesting females were estimated through the mean number of nests (2.99± 1.82) laid by 196 turtles tagged in the 1996-97 season. Nesting leatherbacks ranged from 114 to 230 females. No substantial change in green and leatherback nesting populations were observed in the 1997-98 season. Thus, Bioko Island seems to host one of the most important nesting areas for the green turtle in the atlantic coast of Africa, being also important for leatherbacks. Mean nest size was 107.6&#61617; 31.1 eggs (N= 216). Mean incubation period (66.15&#61617; 11.15 days in 1996-97, and 61.81 &#61617; 6.85 days in 1997-98) was found to be higher than those recorded in other green turtle populations all over the world. Significant difference in the hatching success between seasons (1996-97: 64.27&#61617; 25.35, N= 119; 1997-98: 75.16&#61617; 20.67, N= 83) was found, probably due to the different climatic conditions registered. Sporadic storms might have higher impact on the egg development than biotic and abiotic factors affecting the incubation temperature along the incubation period. Although green turtle is a protected species, nests and adult females are exploited in Bioko, even though our evaluation of the number of hatchlings that could reach to sexual maturity showed an overexploitation of this resource. Recaptures of tagged turtles showed a dispersal to several foraging areas, being Corisco Bay (Equatorial Guinea) an important foraging area for Bioko nesting green turtles. Further studies must be carried out at Bioko sea turtle nesting beaches to confirm the conclusions set forth here.

Se ha llevado a cabo un estudio sobre el parasitismo branquial de 91 dentones (Dentex dentex, Pisces, Sparidae). Dicha muestra se compuso de 61 dentones salvajes capturados mediante palangre procedentes de aguas de Mallorca y canal de Menorca, y 30 dentones cautivos procedentes de una jaula situada en el puerto de Mallorca. Se encontraron un total de ocho especies parásitas, un dinoflagélido (Amyllodinium ocellatum), un monogénido (Microcotyle erythrini), un udonélido (Udonella caligorum), un trematodo digenea (Stephanostomum sp. metacercariae), tres copépodos (Caligus productus, Caligus diaphanus y Clavellotis fallax) y un isópodo (Gnathia vorax, praniza larvae). De dichas especies únicamente el dinoflagélido apareció en la muestra de peces cautivos, hallándose el resto de parásitos encontrados en la muestra de peces salvajes. El udonélido Udonella caligorum fue hallado como hiperparásito o foronte de los tres copépodos. Se describen, las prevalencias, intensidades y abundancias medias, así como otros parámetros ecológicos, igualmente se estudia la distribución espacial de cada parásito sobre el tejido branquial. Se discute el hipotético daño que las infecciones producidas por estos parásitos podrían causar en peces cultivados en el área de estudio. No se han podido establecer correlaciones positivas entre los diferentes parásitos y las condiciones de peso/talla del hospedador, no pudiendo concluir por lo tanto, que el número de parásitos aumente según lo hace el tamaño del hospedador. Sólo aparecieron correlaciones positivas entre los cáligos y C. diaphanus y C. fallax. Al ordenar los hospedadores por grupos de peso y estudiar las prevalencias, intensidades y abundancias medias de cada parásito, no se ha encontrado un patrón de comportamiento constante de los diferentes parásitos a lo largo de los grupos de peso. También se estudia qué ocurre con el parasitismo según la talla de los hospedadores, pues es este factor el que muestra la edad del animal. No se observaron diferencias de peso significativas en los hospedadores atribuibles a la carga de parásitos soportada. Por último se examinan cómo se asocian los diferentes parásitos en combinaciones multiparásitas. / A preliminary study of the gill parasites from 91 common dentex (Dentex dentex, Pisces, Sparidae) was developed. Sample was formed by 61 wild fishes caught in waters of Mallorca and Menorca channel (Balearic Islands) and 30 farmed fishes from a cage located in the harbour of Mallorca. Eight parasite species were found: one dinoflagellate (Amyllodinium ocellatum), one monogenean (Microcotyle erythrini), one udonellidean (Udonella caligorum), one digenean trematode (Stephanostomum sp. metacercariae), three copepods (Caligus productus, Caligus diaphanus and Clavellotis fallax) and one isopod (Gnathia vorax, praniza larvae). The udonellidean U. caligorum was found as a hyperparasite or phoront of the three copepods. Prevalence, mean intensity and abundance and other ecological parameters as well as the spatial site of each parasite in the gill tissue are described. It also discusses the hypothetical damage that infections might cause in sea cage-farmed common dentex from the same area through interaction between wild and farmed common dentex populations. Positive correlations among the different parasites and the host conditions (size/weight) have not been found, so we could not affirm that the number of parasites increases with host body size. We only found positive correlations between both caligid copepods and between C. diaphanus and C. fallax. After grouping hosts in weight classes and studying the prevalence, mean intensity and abundance of each parasite, any of them showed a constant behavior pattern along such weight classes. Host size and parasitism is analyzed in order to know the possible relationship between parasitism and host age. No significative differences on host weight in relation with the parasitic burden were detected. The multiparasitic combinations are also examined.

El molusco bivalvo Pinna nobilis, perteneciente al orden Pterioida, es una especie endémica del Mar Mediterráneo, que suele habitar en las praderas de fanerógamas marinas, donde vive semienterrado, anclado mediante los filamentos del biso. Se trata del molusco más grande del Mediterráneo, ya que puede superar los 80 cm de longitud. El deterioro generalizado de las zonas costeras ha afectado también a esta especie, que ha sido incluida en el Anexo II de la directiva de hábitats, el Anexo IV del Convenio de Barcelona y el Anexo II del Catálogo Nacional de Especies Amenazadas. El presente proyecto de Tesis supone una nueva aportación sobre las características de las poblaciones de esta especie en su medio natural desde un enfoque dinámico, abordando el cambio en el tiempo de una densa población localizada en la ensenada de Moraira (Alicante). Además, se ha profundizado en el estudio de aspectos de su biología y fisiología como el sistema de fijación al sustrato, que ha sido descrito en profundidad, así como la actividad de las valvas y el estudio de la abertura ponderada de las mismas. Por último, se ha estudiado la morfometría dinámica de las valvas, un aspecto muy característico de esta especie, capaz de reconstruir la concha de una forma original, después de grandes procesos de erosión anterior, sin que su característica forma triangular se pierda en el proceso.Los resultados han destacado la gran importancia del hidrodinamismo en la estructura de la población y la existencia de importantes diferencias en la densidad de individuos y la media de tamaños, que aumentan con el incremento de la profundidad. Asimismo, se han observado diferencias muy importantes en las tasas de mortalidad y crecimiento, según la cota de profundidad donde habitan los individuos. El gran número de filamentos que unen al animal al fondo, más de 20.000 y las diversas estrategias de fijación, que se caracterizan por ser muy elaboradas, han hecho suponer que la fijación al sustrato es fundamental para la supervivencia de los individuos, en respuesta a estrés hidrodinámico.El estudio de la actividad de las valvas ha puesto en evidencia que esta especie realiza ciclos circadianos y circalunares, siguiendo estrechamente la posición del Sol y la Luna, de forma que en términos generales, Pinna nobilis cierra las valvas por la noche, excepto cuando la luna está presente en el cielo con el disco iluminado por encima del 50%.Finalmente, el estudio de la morfometría dinámica de la concha ha permitido detectar una serie de registros internos que sirven para estudiar la edad y el crecimiento de los individuos. Además, el descubrimiento de un proceso continuo de neoformación de la concha, mediado por procesos de erosión y reconstrucción anterior, supone una explicación a las causas del polimorfismo de esta especie. A este respecto, se aporta por primera vez una explicación soportada por numerosas pruebas, a la forma papyracea de la concha descrita por Czihak y Dierl (1961).

En este trabajo se aborda el estudio de los foraminíferos de la albufera de Torreblanca desde un triple punto de vista: taxonómico, ecológico y tafonómico. Se estudió el contenido en foraminíferos de 46 muestras, cada una de ellas con un volumen fijo de 3 cm3 de sedimento. Las muestras fueron recogidas por raspado superficial en 9 puntos de muestreo situados en las lagunas de aguas salobres permanentes, originadas por la extracción industrial de turba en el sector norte del Prat de Cabanes-Torreblanca. En dos de estos puntos se realizó un muestreo mensual a lo largo del año 1993, mientras que de los restantes se recogieron muestras en los meses de enero, mayo y agosto. Paralelamente se llevó a cabo la medición de una serie de parámetros físico-químicos en el agua de las lagunas entre los que se incluyó la temperatura, salinidad, alcalinidad, el pH y el contenido en oxígeno y diversos iones. El método de tinción con rosa de Bengala permitió separar las asociaciones formadas por foraminíferos vivos en el momento del muestreo (biocenosis) de aquellas constituidas por foraminíferos muertos o caparazones vacíos (tanatocenosis).Se han encontrado en total 18 especies de foraminíferos repartidas en 6 órdenes distintos, algunas de las cuales (Disconorbis bulbosus, Laminononion tumidum, Turrispirillina sp. o aff. Physalidia sp.) no se han citado con anterioridad en ambientes restringidos. Los foraminíferos de caparazón calcáreo hialino son predominantes, en particular Trichohyalus aguayoi y D. bulbosus y en menor medida Spirillina vivipara, aff. Physalidia sp. y Ammonia beccarii var. tepida. Como es frecuente en ambientes parálicos, las asociaciones de foraminíferos se caracterizan por una densidad muy variable, una baja diversidad y la abundancia de ejemplares de tamaño reducido y de especies pequeñas. Tanto el estrecho rango de variación de los parámetros ambientales entre las distintas estaciones de muestreo como el amplio rango de tolerancia de los foraminíferos de ambientes restringidos impiden la delimitación de subambientes en el área de estudio a partir de las asociaciones de foraminíferos y explican el, en general, bajo nivel de correlación entre éstas y dichas variables ambientales. Los datos son compatibles con un modelo según el cual las distintas especies no compiten entre sí si no que reaccionan de forma conjunta ante un mismo factor, fluctuando de manera aperiódica y asincrónica con las mismas especies de agregados vecinos. Las distintas técnicas estadísticas empleadas (análisis cluster, de componentes principales, y de correlación) permiten diferenciar dos asociaciones de especies: la primera asociación podría estar ligada a una mayor influencia continental e incluye especies relacionadas con ambientes de marjal alto o medio, como T. aguayoi, Trochammina inflata, Jadammina macrescens y Haplophragmoides wilberti; la segunda asociación podría estar ligada a una mayor influencia marina e incluye especies relacionadas con ambientes de marjal bajo, como A. beccarii var. tepida, Elphidium sp. y Miliammina fusca.Los procesos tafonómicos que actúan sobre los caparazones de foraminíferos y que se han puesto de manifiesto son: distorsión tafonómica, que da lugar a alteraciones de tipo mecánico, precipitado de CaCO3 sobre la superficie de las conchas calcáreas, rellenos sedimentarios y de pirita, bioerosión, crecimientos cristalinos y encostramientos biogénicos. El entorno geológico, constituido mayoritariamente por materiales calcáreos determina las condiciones físico-químicas del agua de las lagunas (pH básico y alta alcalinidad), que favorecen la conservación de las conchas de CaCO3, mientras que existe un proceso de destrucción diferencial de las conchas de pared aglutinada sobre base orgánica. La alta afinidad entre biocenosis y tanatocenosis es la esperable en ambientes restringidos como las lagunas costeras con un bajo hidrodinamismo, en las que la mezcla de caparazones de procedencias distintas o el transporte no son factores importantes. / The benthic foraminifera of the Cabanes-Torreblanca coastal lagoon (Comunitat Valenciana, Spain) have been studied following taxonomical, ecological and taphonomical approaches. Nine sampling localities were chosen in the northern sector of the brackish lagoon. In seven of them, three seasonal surface samplings were carried out (January, May and August), whereas in the two remaining sites, sampling was done monthly through the year 1993. Additionally, different environmental variables (temperature, salinity, alkalinity, pH, oxygen and ionic content) were analyzed. The Rose Bengal staining method allowed the distinction between the living and dead assemblages.Eighteen species have been identified, some of which (Disconorbis bulbosus, Laminononion tumidum, Turrispirillina sp. or aff. Physalidia sp.) not previously recorded in restricted environments. The calcareous foraminifera are dominant, in particular Trichohyalus aguayoi and D. bulbosus and, to a lesser extent Spirillina vivipara, aff. Physalidia sp. and Ammonia beccarii var. tepida. As usual in paralic environments, highly variable density, low diversity and abundance of small-sized forms characterize the assemblages. Both the environmental homogeneity in the lagoon and the characteristic wide tolerance range of the foraminifera from restricted environments prevent the distinction of sub-environments within the study area based on foraminiferal assemblages, and explain the low correlation between environmental variables and foraminifers. Nevertheless, the different statistical techniques employed (cluster analysis, PCA, correlation) reveal two main assemblages. The first one might be linked to a greater continental influence and includes high or middle marsh species like T. aguayoi, Trochammina inflata, Jadammina macrescens and Haplophragmoides wilberti, whereas the second one might be related to the marine influence and comprises low marsh species like A. beccarii var. tepida, Elphidium sp. and Miliammina fusca.The main taphonomic processes identified are mechanical alterations, deposits of CaCO3 crusts on calcareous shells, sedimentary and pyrite infillings, bioerosion, crystalline growths and biogenic encrustations. The geological setting, mainly constituted by calcareous limestones, determines the low pH and the high alkalinity of the lagoon water, thus preventing CaCO3 dissolution and preserving calcareous shells. The affinity between living and dead assemblages is high, as expected in low energy environments in which transport and shell mixing are not important factors.