This portfolio contains the work completed over three years of the Doctorate in Clinical Psychology training programme. The aim of this portfolio is to give the reader an overview of the experiences and development of the author over the course of training. The portfolio is divided into two volumes. Volume One is a public hardbound document and will be held in the University of Surrey library. Volume Two contains more confidential material and is therefore private. Volume Two will be stored in the psychology department at the University of Surrey. Both volumes are divided into dossiers: academic, clinical and research. In this volume, the academic dossier contains a literature review, an essay, two problem based learning (PBL) reflective accounts, and two summaries of personal and professional development (PPD) process accounts. The clinical dossier contains a summary of the placements over the three years of training and summaries of the five clinical case reports. The research dossier contains the service related research project (SRRP) and evidence of having disseminated the research findings, the major research project CMRP) , a research log, and the abstract of a qualitative research project.

This thesis is essentially concerned with the impact of having an atypical appearance and how stigmatising appearance-related comments can be managed. The first section is a literature review which examines the psychosocial issues associated with paediatric plastic surgery.

La déficience intellectuelle (DI) touche environ 1% de la population. La DI est très hétérogène sur le plan génétique puisque plus de 1000 gènes ont été identifiés jusqu’à présent. Le séquençage haut débit de l’ADN permet aujourd’hui d’analyser la totalité des gènes d’un individu (exome) ou la totalité de son génome. Ces approches représentent donc une opportunité pour apporter un diagnostic aux patients atteints de DI et leurs famillles et pour identifier de nouveaux gènes responsables de DI. Dans un premier temps, nous avons mis en place l’exome en diagnostic au CHU de Nantes. L’analyse d’une cohorte de 424 cas index a permis de poser un diagnostic dans 38,4% des cas. Nous avons ainsi confirmé l’efficacité de l’exome dans le diagnostic étiologique de la DI. Des analyses d’exomes en trio au sein du protocole de recherche HUGODIMS nous ont ensuite permis d’identifier 24 patients porteurs de variants faux-sens de novo dans un nouveau gène, TRRAP, avec un phénotype variable allant de la DI isolée à l’autisme avec ou sans DI jusqu’à des formes syndromiques avec malformations. Certains patients restent cependant sans diagnostic après une analyse d’exome. Nous avons donc réalisé 7 génomes en trio et nous avons identifié avec certitude la cause génétique pour 4 patients. L’étude du génome représente donc l’avenir proche du diagnostic de la DI et de la recherche de nouveaux gènes responsables de DI, mais des défis technologiques subsistent pour traiter ces données notamment en terme de stockage informatique et d’analyses bio-informatiques. / Intellectual disability (ID) as a worldwide prevalence of about 1%. Genetics causes of ID are very heterogeneous and more than 1000 genes have been identified so far. Recent advances in DNA high-throughput sequencing allow now to sequence all the genes of an individual (exome) or its whole genome. Those approaches are thus an opportunity to increase the efficiency of the diagnosis of ID and for the identification of new disease-causing genes. First, we implemented exome sequencing in a diagnostic setting at the Nantes university hospital. We analyzed 424 probands and we solved 38.4% of cases, confirming the efficiency of exome sequencing for reducing diagnostic odyssey. Trio exome analysis then allowed us to identify 24 patients carrying de novo missense variants in a new genes, TRRAP, with a phenotype ranging from isolated ID or autism to a syndromic disorder with malformations. Given that about half of the patients remain without a diagnosis after exome analysis, we sequenced 7 genomes in trio. We found the molecular cause for 4 of those patients. Genome sequencing thus represents the near future for the diagnosis of ID and to uncover new disease-causing genes, but technological challenges still need to be addressed, notably in term of informatics storage and bioinformatics analysis.

It has been well established that copy number variation contributes substantially to genetic variation within human populations. However, the extent to which de novo and inherited copy number variants (CNVs) underlie human disease is not well known. In this thesis, I investigate the role of de novo and inherited CNVs in a wide range of developmental abnormalities. First, I compare disease associated and apparently benign CNVs for structural differences, with the aim of identifying distinguishing features of disease causing CNVs. I identified significant enrichments of protein-coding genes, protein-coding genes associated with disease in OMIM and miRNAs amongst disease associated disease. Conversely, inherited CNVs observed in healthy individuals show depletions of these features. Following this, I employ functional enrichment approaches to identify the copy number variable genes within these de novo CNVs that contribute to the patient’s developmental abnormalities. I predict candidate genes for 143 different developmental abnormalities, with 65% of the candidate genes not having been previously associated with disease in OMIM. Through examining the distribution of these candidate genes within the patient’s CNVs, I found evidence of extensive pleiotropy and epistasis as well as a small number of simple additive effects. Finally, I extend my analyses to examine the role of inherited CNVs as the underlying cause of human developmental disorders. I implicate inherited CNVs and their overlapping copy number variable genes in the underlying causes of 45 human developmental abnormalities. Additionally, I re-examine the patients possessing both de novo CNVs and inherited CNVs using functional enrichment analyses. I reveal significant enrichments for a greater number of human developmental abnormalities when combining both the de novo and inherited CNVs, suggesting it is de novo mutations in combination with the inherited genomic background that are responsible for many instances of human developmental abnormalities.

L’hyperactivité du DSM est un dispositif anthropologique qui capture l’agitation de l’enfance pour naturaliser un effet de norme. Il s’agira dans un premier temps de démontrer le peu de scientificité du DSM et de la psychiatrie biologique dont il est l’instrument. L’hyperactivité est à ce propos paradigmatique ; son absence de consistance clinique en démontre la portée idéologique. La société, sous sa forme d’organisation néolibérale, tente de domestiquer l’humain à travers une normativité implacable ; la liberté de l’individu est réduite à celle d’un consentement à la norme. L’école, depuis qu’elle est obligatoire, est un des lieux stratégiques de normalisation des subjectivités. Quelles sont les caractéristiques de l’école qui relaie l’idéologie néolibérale ? Cette école est devenue école des performances ; elle produit des dispositifs pédagogiques soumis à l’idéologie de l’évaluation. Ce qui est visé là n’est plus un savoir à situer dans sa dimension sociale, mais la production de compétences/aptitudes individuelles. Ces nouveaux dispositifs pédagogiques opèrent un forçage sur la subjectivité des enfants en mécanisant le rapport au savoir. A ce forçage répond une protestation du sujet, qui peut engager le corps dans une agitation. Psychiatrie biologique et école des performances se connectent de nos jours via le paradigme du handicap, qui unifie ces deux champs, pour capter cette agitation dans les filets de l’hyperactivité. L’Autre que fait consister les dispositifs néolibéraux a un effet dé subjectivant ; il empêche le sujet de s’appuyer sur un symptôme pour trouver un appui dans la structure. Cet Autre projette le sujet du côté de la pulsion au point de ne pas pouvoir la traiter par l’opération de déchiffrement du savoir inconscient. L’agitation de l’enfant serait ainsi à situer entre symptôme et acting out. Mais reste toujours, via le transfert, à interroger la part du sujet qui est là convoqué dans son rapport à l’Autre et à la jouissance. / DSM hyperactivity is an anthropological device in so much that it captures the agitation of childhood in order to naturalize a normative effect. Hyperactivity is in this respect a paradigm of the scientisme of biological psychiatry of which DSM is the tool ; the absence of clinical substance is a testament to its ideological range. Society in its neo-liberal form has a tendency to domesticate humankind through implacable normality in which individual freedoms are reduced to normative consent. Since becoming mandatory, primary school has been one of the strategic sites of the normalisation of individual subjectivities. What are the distinctive features found in schooling that serve neo-liberal ideology ? Schooling has become the school of performances. It produces pedagogical devices subject to the ideology of evaluation. The target is no longer knowledge to be situated in a social dimension, but rather the production of individual skills and aptitudes. These new pedagogical devices force down on the subjectivity of children by making the link to knowledge a mechanical one. Such pressure meets with the subject’s protestation, which can lead to physical agitation. Today, biological psychiatry and performance led schooling connect through the paradigm of handicap, uniting the two fields and capturing agitation in the net of hyperactivity. The Other as the embodiment of neo-liberal devices has an effect on subjectivity : the subject can no longer gain support from a symptom in order to find his or her balance in the structure. Agitation in the child could therefore be situated between symptom and acting out. Nevertheless, there remains the ability to examine through transfer the part of the subject thus summoned in relation to the big Other and to jouissance.

Cette recherche a pour objectif de mieux comprendre le rôle du risque perçu dans la prise de décision d'adopter un comportement sanitaire recommandé. Particulièrement, basée sur (i) les études sur les jeux de hasard et d'argent, (ii) le concept de risque perçu à la fois dans le domaine de la psychologie du consommateur et de la santé publique, (iii) les travaux de Rothman et ses collègues sur le cadrage des messages sanitaires et (iv) les modèles de changement de comportement sanitaire, cette étude contribue à répondre à la problématique suivante : En quoi le risque perçu à adopter un comportement de jeu responsable influence-t-il l'évaluation et l'adoption de ce comportement sanitaire? Alors qu'il n'existe pas à notre connaissance de mesure du risque perçu à adopter un comportement de jeu responsable, cette recherche vise à développer un index mesurant le risque perçu à adopter un tel comportement sanitaire. En suivant les recommandations de Churchill, Rossiter, Jarvis et ses collègues et Mackenzie et ses collègues concernant le développement d’un instrument de mesure, nous avons conduit une étude qualitative (n = 22 joueurs) dans le but de conceptualiser précisément le concept de risque perçu à adopter un comportement de jeu responsable. Trois études quantitatives (n = 605 joueurs) ont permis d’évaluer la stabilité ainsi que la validité discriminante et prédictive de la mesure. Les résultats montrent que l’index du risque perçu à adopter un comportement de jeu responsable est une mesure valide et fiable formée de cinq dimensions : le risque perçu de (i) vivre moins d’excitation, (ii) moins se socialiser, (iii) gagner moins d’argent, (iv) vaincre moins et (v) moins se distraire du quotidien. Les résultats suggèrent que les joueurs perçoivent le comportement de jeu responsable comme une alternative risquée à la pratique des jeux de hasard et d’argent car il ne leur serait pas possible d’assouvir pleinement leurs motivations de jeu. De plus, les résultats montrent que le risque perçu à adopter un comportement de jeu responsable joue un rôle clé dans la décision d’adopter ou non un tel comportement sanitaire recommandé. / This research aims at better understanding the role of the perceived risk in decision-making process to adopt recommended health behavior. Particularly, built on (i) existing gambling studies, the concept of perceived risk both in consumer psychology and in health research, (iii) Rothman and colleagues’ works on health framed-messages and (iv) models of health behavior change, this study contributes to address a specific issue: In what extent does the perceived risk of adopting responsible gambling behavior influence the evaluation and the adoption of such a health behavior? Whereas, to the best of our knowledge, there is no measurement instrument of the perceived risks of adopting responsible gambling behavior, this research aims at developing a measurement index measuring the perceived risks of adopting such a health behavior. Following Churchill’s, Rossiter's, Jarvis and colleagues’ and Mackenzie and colleagues’ recommendations regarding the development of measurement instruments, we conducted a quantitative study (n = 22 gamblers) in order to thoroughly conceptualize the concept of perceived risks of adopting a responsible gambling behavior. Three quantitative studies (n = 605 gamblers) allowed assessing the stability, the predictive and discriminant validity of the measure. Results show that the perceived risks of adopting responsible gambling behavior index is a valid and reliable measure formed of five dimensions: perceived risk of (i) living less excitement, (ii) having less socialization, earning less money, (iv) winning less money and, finally, (v) having less distraction from daily life. Results suggest that gamblers perceive responsible gambling as a risky alternative to gambling because they would not be able to fully satisfy their gambling motivations. Moreover, the perceived risk of adopting responsible gambling behavior play a key role in gamblers' decision to adopt such recommended health behavior.

Introduction : En France, le TDA/H de l'adulte reste aujourd'hui encore controversé. L'absence de consensus sur l'existence même du trouble en tant qu'entité diagnostique singulière, et les nombreux débats idéologiques dont il est l'objet, placent le TDA/H dans un flou théorique, avec pour conséquence, une méconnaissance du trouble chez l'adulte, une négligence diagnostique et une prise en charge limitée voire inexistante de cette population. Or, le TDA/H engendre une multitude d'impacts psychologiques et fonctionnels considérables, provoquant une souffrance psychologique, et des altérations fonctionnelles variées. L'abondance de données sur le TDA/H de l'enfant, en contraste avec la pauvreté des études françaises sur le trouble chez l'adulte, souligne l'importance d'apports spécifiques à cette population. Cette recherche s'inscrit dans une approche intégrative du TDA/H de l'adulte, réunissant une méthodologie quantitative à la fois catégorielle et dimensionnelle. Nous avons étudié la dimension impulsive du TDA/H, à travers les prévalences des comorbidités psychiatriques et addictives, les troubles du contrôle des impulsions, et l'aspect dimensionnel de deux traits de personnalité (impulsivité et recherche de sensations) chez des adultes présentant un Trouble Déficit de l'Attention avec ou sans Hyperactivité (TDA/H).Méthode : 199 adultes âgés entre 18 et 65 ans (m= 34.3 ans) issus de consultations psychiatriques spécialisées du TDA/H de l'adulte, ont été diagnostiqués (hétéroévaluation) par une approche à la fois catégorielle (DSM-IV-T-R) et dimensionnelle (ASRS-v1.1 ; CAARS ; WURS-61). Les 199 participants ont été répartis en deux groupes, en fonction de la forme présentée. A savoir, soit une forme inattentive prédominante (TDA/n=83), soit une forme mixte (TDAH/n=116). La prévalence de troubles psychiatriques et addictifs (MINI) et de troubles du contrôle des impulsions (MIDI) associés au TDA/H, a été évaluée dans les deux groupes. De plus, deux traits de personnalité, à savoir l'impulsivité (BIS-11 ; EIFD) et la recherche de sensations (ERS), ainsi que l'altération du fonctionnement global (WFIRS-SR) ont été évalués par le biais d'une approche dimensionnelle (autoévaluations). Résultats : Les résultats de prévalence des comorbidités ont conclu à une prépondérance des troubles de l'humeur (spécifiquement la dysthymie), et des troubles anxieux (spécifiquement l'anxiété généralisée). On relève par ailleurs, pour les troubles addictifs, des prévalences majoritaires de troubles du contrôle des impulsions (spécifiquement l'achat pathologique), suivies par les troubles liés à l'usage de substances psychoactives (spécifiquement l'abus d'alcool), et les troubles du comportement alimentaire (spécifiquement la boulimie). La catégorisation diagnostique distinguant les deux groupes, a conclu à l'absence de différence significative concernant la prévalence des comorbidités. Seule le nombre moyen de comorbidités addictives a distingué les deux groupes (TDAH > TDA). Concernant les traits de personnalité, impulsif, et de recherche de sensations, si les deux groupes ont montré des profils dimensionnels parallèles, les scores des TDAH ont tous été significativement supérieurs à ceux des TDA. Même constat pour les niveaux d'altération du fonctionnement, qui bien que comparables au vu de la nature des dimensions altérées, ont tous été supérieurs pour les TDAH (vs TDA).Conclusion : L'impulsivité définit le TDA/H, et les manifestations impulsives inhérentes au trouble, s'apprécient au travers des profils psychiatriques et addictifs, mais également au travers des profils de personnalité. / Introduction: Attention Deficit/Hyperactivity Disorder (ADH/D) still remains controversial in France, leading to a misreading of the disorder, a lack of diagnosis, and treatment, despite the considerable impacts in patients' life, psychological as well as functional. If AD/HD is recognized in children, the lack of studies in adults needed an input of new perspectives, especially in the psychological and psychopathological fields.We focused on the impulsive dimension of AD/HD, by evaluating psychiatric and additive comorbidities, two personality dimensions (Impulsivity and Sensation Seeking), and levels of functioning impairments in several dimensions, among adults, presenting an Attentional Disorder with or without Hyperactivity. Method: 199 respondents aged between 18 and 65 (mean= 34.3 years), coming from psychiatric consultations specialized in adult ¿AD/HD, received diagnosis of AD/HD (ASRS-v1.1; CAARS; WURS-61) and were classified in two groups depending on the form of disorder presented, either ADHD or just AD. The two groups, ADHD (n=116) and AD (n=83) were evaluated for the prevalence of psychiatric and addictive comorbidities, including impulse control disorders (MINI, MIDI), personality dimensions (BIS-11; FIDI; SSS) and functioning impairment level (WFIRS-RS). Our procedure allowed both categorial and dimensional assessments of AD/HD diagnosis. Results: We found as majority psychiatric comorbidities, mood disorders (specifically dysthymia), anxiety disorders (specifically generalized anxiety), and impulse control disorders (pathological buying) among the additive comorbidities. No significant difference was found in terms of prevalence between the two groups. In addition, the personality dimensions (impulsivity and sensation seeking) and the functioning impairment levels (7 dimensions) were all significantly higher for the ADHD group (vs AD group). However, all the respondents displayed identical score profiles in the two groups, concluding that, only the intensity levels of impulsivity, sensation seeking and impairment functioning, discriminate the two groups.Conclusion: Impulsivity is the core manifestation of AD/HD, appearing through high prevalence of psychiatric comorbidities (through mood lability and pathological anxiety) addictive disorders (whether related to psychoactive drugs or behaviors), as well as impulsive personality trait, and some functional impairments (specifically those related to daily life skills). Our procedure shows that a dimensional evaluation of AD/HD diagnosis should always complete a categorial one, in order to evaluate the extent of the impulsive dimension in AD/HD. This study provides first data on psychological and psychopathological profiles of French AD/HD adults and future researches are needed to complete these data.

L'exploration génétique de la déficience intellectuelle (DI) a été révolutionnée par l'amélioration des technologies de séquençage depuis ces dernières années avec la caractérisation du spectre mutationnel des gènes impliqués dans la DI, ainsi que l'identification de nouveaux gènes associés. Dans notre étude, nous avons utilisé la technique d'analyse sur microréseau d'ADN (Hybridation Génomique Comparative ou CGH-array) à haute résolution, puis celle du séquençage haut débit pour rechercher une altération à l'origine de la DI inexpliquée. Le syndrome d'Aicardi est une maladie neurodéveloppementale rare et sporadique, caractérisée par la triade: spasmes infantiles, agénésie du corps calleux, et lacunes choriorétiniennes. Ce syndrome est décrit exclusivement chez les filles avec l'hypothèse la plus probable d'une mutation dominante liée au chromosome X. Nous avons d'abord analysé les ADN de 22 patientes atteintes du syndrome d'Aicardi par CGH-array, à l'aide d'un microréseau d'oligonucléotides haute résolution (1M) spécifique du chromosome X, sans identifier de remaniements ou CNV pouvant être impliqués dans la maladie. Un premier séquençage haut débit de l'exome du chromosome X, a été effectué sur l'ADN d'un trio (patiente et parents) et deux autres patientes présentant des signes typiques du syndrome d'Aicardi. Les résultats ont révélé 59 mutations dans 51 gènes. Il s'agit de 13 variants hérités de la mère, 8 hérités du père, de 36 faux positifs, et 2 SNP. Un deuxième séquençage haut débit, sur l'exome complet, a ensuite été réalisé, à partir de l'ADN de cinq trios (patientes et parents). Nous présentons et commentons les différentes stratégies d'analyses utilisées à la recherche d'un gène candidat. Les résultats obtenus pour les SNP soulignent les difficultés rencontrées en terme de profondeur du séquençage générant de nombreux contrôles et les difficultés d'alignement des séquences ne rendant pas performant l'analyse des indels. Parallèlement, dans notre cohorte de patients du centre de référence maladies rares, la CGH-array a identifié des altérations intragéniques du gène IL1RAPL1 dont deux duplications originales et une délétion. Nous analysons les corrélations génotype - phénotype au regard des données de la littérature avec notamment la variabilité d'expression clinique. Deux délétions intragéniques et une duplication intragénique du gène MBD5, survenue de novo ont été aussi détectées chez des patients atteints de DI. Cette duplication conduit à des transcrits aberrants avec codon stop prématuré. Le gène MBD5 a été séquencé sur une cohorte de 78 patients phénotypiquement sélectionnés révélant une mutation nonsens de novo détecté chez un garçon associé avec un phénotype sévère. Nos travaux témoignent des avantages de ces stratégies d'analyse pangénomiques, dont l'analyse sur microréseau, mais souligne aussi la complexité, les limites en terme d'interprétation des résultats, tout particulièrement pour le séquençage de nouvelle génération / The genetic exploration of intellectual disability (ID) has been revolutionized with the improvement in sequencing technologies during last decade with characterization of mutational spectrum of genes involved in ID as well as to identify new genes associated with it. In this study we used high resolution (comparative genomic hybridization array) CGH-array and high throughput sequencing technique to find the genetic cause in patients with unexplained ID. Aicardi syndrome is a rare sporadic neurodevelopmental syndrome, characterized by classic triad of agenesis of corpus callosum, chorioretinal lacunes and infantile spasms. This syndrome is exclusively present in females with plausible hypothesis of X linked dominant mutation. We first tested DNA of 22 patients diagnosed with Aicardi syndrome by using a high resolution oligonucleotide CGH-array 1M specifically designed for X-chromosome without identifying any pathogenic CNV or deleterious rearrangements involved in the disease. High throughput sequencing for exome of X chromosome was carried out in one trio (patient-parents) and two patients with typical Aicardi syndrome diagnosis. Sequencing results detected 59 mutations in 51 genes. 13 mutations were inherited from mother, 8 inherited from father, 36 false positive and 2 were SNP?s. Second approach was based on High throughput sequencing for complete exome of five trios (patient-parents) DNA. We presented and commented different strategies for data analysis in search of a candidate gene. These results highlighted difficulties in terms of depth and alignment of sequencing reads which generated various false positive SNP?s and indels. In second cohort from reference centre of rare diseases CGH-array has identified two intragenic rearrangements of IL1RAPL1 gene: two unique duplications and one deletion. We analyze genotype-phenotype correlations with cases described in literature which emphasizes the clinical variability of expression in these patients. Two de novo intragenic deletions and a de novo intragenic duplication were detected in MBD5 gene in patients with ID. The de novo duplication of MBD5 resulted in an aberrant transcripts leading to a premature termination codon. A selected cohort of 78 patients were sequenced for MBD5 gene which revealed a de novo nonsense mutation in a male patient associated with a much more damaging phenotype. This study highlighted the advantages of pangenomic analysis by CGH-array and at the same time it identified the complexity and limitations in interpretation of results particularly for High throughput sequencing

De nombreux gènes impliqués dans la déficience intellectuelle (DI) restent encore à découvrir. Une des voies permettant l'identification de ces nouveaux gènes est la caractérisation de micro-réarrangements chromosomiques chez des patients atteints de DI. L'hybridation génomique comparative sur microréseau permet de détecter des déséquilibres génomiques de très petite taille touchant un ou quelques gènes. Les conséquences moléculaires de ces microdélétions ou microduplications sont différentes en fonction de la position du gène par rapport à leurs bornes. Nous avons ainsi montré l'implication du gène MBD5 dans le syndrome microdélétionnel 2q23.1 et la DI grâce à la caractérisation de trois délétions partielles, une duplication partielle et la première mutation non sens décrite dans ce gène. Nous avons également décrit chez des patients avec DI sévère un nouveau syndrome associé aux délétions de la région 4q21 et deux gènes candidats : PRKG2 et RASGEF1B. Ce syndrome est associé à un phénotype clinique reconnaissable, marqué surtout par un retard de croissance majeur et un retard psychomoteur sévère prédominant sur le langage. Par ailleurs nous avons étudié chez des garçons avec DI, deux duplications situées en Xq24q25 affectant le gène GRIA3. La première touche partiellement le gène, la seconde est situé en amont du gène et est responsable d'un effet de position. Pour finir nous avons étudié une famille consanguine dans laquelle ségrége une duplication 8p22 touchant partiellement le gène TUSC3 impliqué dans la DI de transmission autosomique récessive / A lot of intellectual disability (ID) genes have to be discovered. One of the approaches to identify new ID genes is to characterize chromosomal aberrations in affected patients. Array-CGH (Comparative Genomic Hybridization) made it possible to detect small CNV (Copy Number Variations) affecting only one or a few genes. Molecular outcomes of these microdeletions and microduplications are different depending on the position of the gene relative to the breakpoints. We have thus shown the involvement of MBD5 gene in the 2q23.1 microdeletion syndrome and in ID with the characterization of three partial deletions, a partial duplication and the first nonsense mutation described in this gene. We have also described in patients with severe ID a new syndrome associated with 4q21 deletions involving two candidate genes: PRKG2 and RASGEF1B. This syndrome is associated with a recognizable clinical phenotype with marked growth restriction, severe psychomotor delay and absent or severely delayed speech. In addition, we have studied two Xq24q25 duplications affecting GRIA3 gene in boys with ID. The first one affects partially the gene, the second one is located upstream of the gene and is responsible for a position effect. Finally we have studied a consanguineous family with a 8p22 duplication affecting partially TUSC3 gene which is involved in autosomal recessive ID

Les troubles du spectre autistique (TSA) affectent un individu sur 100 et sont caractérisés par des déficits de la communication et des interactions sociales, et par des comportements restreints et répétitifs. Les TSA présentent une forte composante génétique ; les premiers gènes impliqués ont été identifiés au laboratoire et codent des protéines d’adhérence ou d’échafaudage localisées à la synapse : les neuroligines (NLGN) et SHANK. Nous nous sommes intéressés à l’implication dans les TSA des contactines (CNTN), un groupe de six molécules d’adhérence neurales de la superfamille des immunoglobulines. Ces protéines sont ancrées à la membrane plasmique par un groupement glycosyl phosphatidylinositol (GPI) et peuvent être sécrétées par clivage du GPI. Elles interviennent dans des processus variés du développement neuronal comme la croissance neuritique, le guidage et la fasciculation des axones ou la myélinisation. Des études génétiques ont suggéré l’implication des contactines 4 à 6 dans les TSA, mais aucune étude fonctionnelle n’a confirmé cette hypothèse. Ce travail de thèse associe une analyse génétique, une analyse fonctionnelle sur des cultures de neurones primaires de rat et une analyse structurale par modélisation moléculaire. Nous avons identifié plusieurs "Copy-Number Variants" (CNV) dans les gènes CNTN (essentiellement des délétions affectant CNTN5 et CNTN6) et observé une tendance à l’enrichissement chez les patients par rapport aux individus témoins. Le séquençage des exons codants de CNTN5 et CNTN6 chez plus de 200 patients et 200 témoins nous a ensuite permis d’identifier des variants ponctuels non synonymes. Les variants privés (présents chez un seul individu ou dans une seule famille) sont plus fréquents chez les patients que chez les témoins. Les CNV et les variants ponctuels sont hérités, de parents pour la plupart non atteints, ce qui suggère que les altérations des contactines constituent des facteurs de vulnérabilité aux TSA plutôt que des facteurs causaux. Afin de déterminer l’effet fonctionnel des variants ponctuels rares, nous avons comparé l’effet sur la neuritogenèse des CNTN mutées à celui des CNTN sauvages. Nous avons ainsi analysé, sur plusieurs centaines de neurones par condition, la longueur et la ramification des neurites dans un système de co-culture avec des cellules HEK surexprimant la CNTN. La plupart des protéines CNTN5 et CNTN6 mutées présentent des effets différents de ceux des protéines sauvages (inhibition ou augmentation des effets positifs de celles-ci). Le dernier objectif de cette étude consistait à évaluer l’influence de certains de ces variants sur l’interaction des CNTN, via les domaines immunoglobuline (Ig) 2 et 3, avec l’un de leurs ligands, le récepteur à activité tyrosine phosphatase PTPRG. Par homologie avec la structure cristallographique déjà résolue pour les quatre premiers domaines Ig de CNTN4 de souris, nous avons modélisé cette région pour les CNTN5 et 6 humaines, sauvages et mutées. Nous avons ainsi pu prédire que certains variants étaient susceptibles de modifier les liaisons ioniques ou l’encombrement stérique dans cette région d’interaction. L’ensemble de nos résultats démontre l’existence d’effets fonctionnels délétères de plusieurs variants rares des contactines retrouvés chez les patients atteints de TSA. La présence de ces variants rares chez des apparentés non atteints indique que les altérations des CNTN s’inscrivent dans un modèle de "multiple hit", qui propose que l’autisme puisse résulter de la combinaison de plusieurs atteintes génétiques, chacune représentant un facteur de risque à effet modéré et n’entraînant pas, à elle seule, le développement du trouble. Le séquençage d’exomes et de génomes entiers, en cours au laboratoire, permettra une meilleure compréhension de ces atteintes génétiques multiples. / Autism Spectrum Disorders (ASDs) affect one individual out of 100 and are characterised by deficits in communication and social interactions, and by restricted and repetitive behaviours. ASDs display a strong genetic component ; the first genes involved were identified in our laboratory and encode for cell-adhesion or scaffolding proteins localised at the synapse : neuroligins (NLGNs) and SHANKs. We were interested in the implication, in the ASDs, of contactins (CNTNs), a group of six neural cell-adhesion molecules of the immunoglobulin superfamily. These proteins are anchored to the plasma membrane by a glycosyl phosphatidylinositol (GPI) and can be secreted by cleavage of this anchor. They participate in various processes of neuronal development such as neurite outgrowth, axon guidance and fasciculation, and myelination. Genetic studies have suggested the involvement of contactins 4, 5 and 6 in the ASDs, but no functional study has confirmed this hypothesis. The present work combines a genetic analysis, a functional analysis on cultured primary rat cortical neurons and a structural analysis by molecular modelling. We identified several "Copy-Number Variants" (CNVs) in CNTN genes (mainly deletions affecting CNTN5 and CNTN6) and observed a trend of enrichment in patients compared to control individuals. Subsequent sequencing of CNTN5 and CNTN6 coding exons in more than 200 patients and 200 controls allowed us to identify non synonymous single-nucleotide variants (SNVs). Private variants (present only in one individual or one family) are enriched in patients compared to controls. CNVs and SNVs are inherited, mainly from unaffected parents, which suggests that impairments in contactins represent susceptibility factors for ASDs, rather than causal factors. In order to determine the functional effects of rare SNVs, we compared the effect on neuritogenesis of mutant CNTNs to that of WT CNTNs. We therefore analysed, on several hundreds of neurons per condition, the length and branching of neurites in a co-culture system with HEK cells overexpressing a CNTN protein. Most of CNTN5 and CNTN6 mutant proteins either inhibited or increased the positive effects of WT proteins. The last aim of the present study consisted in evaluating the influence of some of these variants on the interaction of CNTNs, via their immunoglobulin (Ig) domains 2 and 3, with one of their ligands, the protein tyrosine phosphatase receptor PTPRG. Using homology with the crystal structure that had already been solved for the first four Ig domains Ig of mouse CNTN4, we modelled this region for human CNTN5 and CNTN6, WT and mutated. We have thus been able to predict that some variants were likely to alter ionic bonds or steric constraints in this interaction module. Taken as a whole, our results demonstrate that several rare CNTN variants found in patients with ASD have deleterious functional effects. The presence of these rare variants in unaffected relatives indicates that CNTN impairments fit into a "multiple hit" model, according to which autism may result from the combination of several genetic defects, each being a risk factor with moderate effect but not triggering, in itself, the development of the disorder. Sequencing of exomes and whole genomes, ongoing in the laboratory, will allow better understanding of those multiple genetic impairments.