No description available.

La recherche sur le VHC a longtemps été freinée par l'absence de modèle d'étude permettant l'amplification de ce virus en culture cellulaire. Dans cette étude, nous avons émis l'hypothèse que la difficulté à mettre en culture les isolats cliniques du VHC pouvait être due à la présence de facteurs de restriction dans le sérum des patients. En utilisant des sérums séronégatifs pour le VHC, nous avons confirmé l'existence de facteurs sériques inhibiteurs. En combinant des étapes de précipitation au polyéthylène glycol, de gradient d'iodixanol et de chromatographie d'exclusion stérique, nous avons obtenu une fraction purifiée enrichie en facteurs inhibiteurs, à partir des sérums séronégatifs pour le VHC. L'analyse en spectrométrie de masse a permis d’identifier l'apolipoprotéine(a) (apo(a)) comme un inhibiteur potentiel de l'entrée du VHC. En utilisant un virus recombinant dérivé de la souche JFH1, nous avons confirmé que la lipoprotéine(a) plasmatique et recombinante étaient capables d'inhiber spécifiquement le VHC en interagissant avec les particules infectieuses. En utilisant la lectine WGA, qui est connue pour interagir spécifiquement avec la Lp(a), nous avons montré qu’il était possible de réduire l'effet inhibiteur de l'apo(a) et de rétablir l'infection par le VHC. De façon intéressante, nous avons aussi observé que la protéine apo(a) seule, sous forme recombinante purifiée, était suffisante pour inhiber le VHC. Nos résultats suggèrent également que les isoformes courtes sont moins inhibitrices que les longues. Au final, nos résultats mettent en évidence que l'apo(a) est un nouveau composant du métabolisme lipidique capable de moduler l'infection par le VHC / HCV is not an easy virus to work with and it has been necessary to overcome significant hurdles to establish HCV cell culture models. In this study we hypothesized that this hindrance could be due to the presence of restriction factors in patient serum. Thus, using HCV seronegative sera, we confirmed our hypothesis. Combining polyethylene glycol precipitation, iodixanol gradient and size-exclusion chromatography, we obtained a purified fraction enriched in inhibitory factors from HCV seronegative sera. Mass spectrometry analysis identified apolipoprotein(a) (apo(a)) as a potential inhibitor of HCV entry. Using a recombinant virus derived from the JFH1 strain we confirmed that plasma-derived and recombinant lipoprotein(a) as well as purified recombinant apo(a) variants were able to specifically inhibit HCV by interacting with infectious particles. Using wheat germ agglutinin (WGA) lectin, that is well known to specifically interact with Lp(a), it was possible to reverse the apo(a) inhibitory effect and restore the HCV infection. Our results also suggest that small isoforms are less inhibitory than the large ones. Altogether, our results identify apo(a) as an additional component of the lipid metabolism modulating HCV infection

Le virus HTLV-1 est le seul rétrovirus humain oncogène découvert à ce jour à l’origine d’une lymphoprolifération maligne à cellules T, la leucémie aiguë de l’adulte (ATL). L’oncoprotéine Tax du virus HTLV-1 joue un rôle majeur dans l’établissement de la leucémie mais aussi dans la réplication du virus. Tax régule la transcription du promoteur viral situé au sein du LTR 5’ du virus, gouvernant ainsi sa propre production. Pour ce faire, Tax recrute des dimères du facteur de transcription cellulaire CREB, sous forme phosphorylée, au niveau d’éléments de réponse à l’AMP cyclique (vCRE) situés dans la partie U3 du LTR. La phosphorylation de CREB est un processus crucial pour la transactivation du promoteur viral. CREB est aussi ciblé et régulé par OGlcNAcylation, modification post traductionnelle impliquée dans de nombreuses pathologies comme le cancer, dont la régulation dépend de deux enzymes, l’OGA et l’OGT, formant le complexe OGlcNAzyme. Du fait que Tax dérégule de nombreuses machineries de modifications post traductionnelles et que la OGlcNAcylation régule avec la phosphorylation la stabilité et l‘activité de facteurs de transcriptions, nous avons évalué pour la première fois le statut de la OGlcNAcylation de CREB dans le cadre de l’infection par HTLV-1 et son implication sur la régulation du promoteur viral. Nous avons pu montrer que dans le cadre de l’infection par HTLV-1, la protéine Tax dérégulait la machinerie de OGlcNAcylation en inhibant l’activité de l’OGA. Pour ce faire, Tax interagit avec le complexe OGlcNAzyme entrainant une augmentation de la OGlcNAcylation de CREB favorisant ainsi la transcription du LTR 5’. Ainsi nous avons pu établir pour la première fois une relation entre Tax et la OGlcNAcylation permettant de proposer un nouveau modèle de régulation du LTR viral. / HTLV-1 virus is the only oncogenic human retrovirus discovered to date. It is responsible for a T cell malignant lymphoproliferation named Adult T cell Leukemia. HTLV-1 Tax oncoprotein plays a major role in the development of the leukemia and also in the viral replication. Tax regulates the transcription from the viral promoter located in the virus 5’LTR, favoring its own transcription. In order to do this, Tax recrutes dimers of the phosphorylated cellular transcription factor CREB to viral cyclic AMP response elements (vCRE) situated in the U3 part of the LTR. CREB phosphorylation is a crucial process to allow the transactivation of the viral promoter. CREB is also targeted and regulated by OGlcNAcylation which is a post-translational modification implicated in many pathologies such as cancer. Its regulation depends on two enzymes, OGA and OGT forming the OGlcNAzyme complex. As Tax deregulates many post-translational modification machineries and as OGlcNAcylation regulates the stability and activity of transcriptional factors together with phosphorylation, we have evaluated for the first time the OGlcNAcylation status of CREB in the context of HTLV-1 infection and its implication in the regulation of the viral promoter. We have shown that in the context of HTLV-1 infection, Tax protein was deregulating the OGlcNAcylation machinery leading to an increase in CREB OGlcNAcylation which favors the transcription from the 5’LTR. Thus we have established for the first time a relationship between Tax and OGlcNAcylation allowing us to propose a new model of regulation of the viral LTR.

La mycobactérie à croissance rapide Mycobacterium abscessus est un pathogène opportuniste de l’homme, particulièrement des poumons, capable de se multiplier au sein de macrophages (MФ) mais aussi d’amibes environnementales. Nous avons pu montrer que l’environnement amibien est propice à l’adaptation de M. abscessus à cette survie intramacrophagique. Par des analyses transcriptomiques comparant les adaptations de M. abscessus au sein d’amibes ou de MФ, nous observons des enrichissements de voies biologiques démontrant des adaptations au stress oxydatif et des adaptations métaboliques telle que la béta-oxydation des lipides et l’assimilation des sulfates. Ces adaptations ont également été observées chez Mycobacterium tuberculosis, mycobactérie pathogène pulmonaire stricte de l’homme responsable de la tuberculose. Parmi les gènes induits par M. abscessus au sein des amibes figurent des gènes impliqués dans le transport de polyamines, la biosynthèse du MoCo (molybdopterin cofactor) ainsi que l’assemblage des centres fer-soufre (Fe-S). L’induction de tels gènes, décrits comme des facteurs de virulence chez certaines bactéries intracellulaires, contribuerait à la virulence de M. abscessus en permettant sa survie intramacrophagique. Quarante-cinq gènes ont été identifiés comme fortement induits en amibes chez M. abscessus. Mycobacterium chelonae, appartenant au même complexe génomique que M. abscessus et responsable exclusivement d’infections cutanées, ne présente pas de telles inductions après analyse de son transcriptome intracellulaire, ce qui pourrait expliquer son absence de survie en MФ. Cinq opérons recouvrant 10 gènes ont été délétés au sein du génome de M. abscessus par recombinaison homologue. Ces gènes sont requis pour la survie de M. abscessus en amibes et en MФ. La surexpression chez M. chelonae de deux de ces gènes, MAB_1517c et MAB_2649, codant respectivement une protéine TcmP (tetracenomycin polyketide synthesis O-methyltransferase) et une MmpS (mycobacterial membrane protein small), a conféré une survie intra-macrophagique à M. chelonae, suggérant que l’induction de ces gènes en amibes favorise la survie intracellulaire de M. abscessus en MФ. Enfin, l’analyse du transcriptome de M. abscessus en MФ révèle des adaptations propres à la vie intramacrophagique. Différents gènes particulièrement induits sont impliqués dans le métabolisme de la proline, la sécrétion de protéine par le système de sécrétion de type II ou appartiennent la voie MEP (méthylérythritol phosphate), des voies biologiques contribuant à la virulence de pathogènes. De plus, parmi les gènes induits, certains correspondent à des activités de N-acétylation, d’oxydoréduction, de liaison à l’oxygène ou de détoxification de l’oxyde nitrique par des dioxygénases qui sont enrichies. Comparé à 5 autres opérons délétés, sélectionnés selon leur niveau d’induction et leur activité biologique, le gène eis2 (MAB_4532c), codant une N-acétyltransférase, est essentiel à la survie de M. abscessus en MФ.L’utilisation d’une approche complémentaire, le criblage d’une banque de mutants par transposition chez M. abscessus en amibes, a révélé le rôle essentiel du gène mmpl8 (mycobacterial membrane protein large 8) parmi la famille de protéines MmpL, impliquées dans le transport et/ou la synthèse de lipides mycobactériens. Chez M. abscessus, l’absence de production de cette protéine est corrélée à un défaut d’export d’un nouveau glycolipide (GDND, glycosyl diacetylated nonadecyl diol) et à un phénotype délétère pour la bactérie en MФ.En conclusion, notre travail a montré le rôle fondamental de l’amibe dans l’apprêtement de M. abscessus à la survie intramacrophagique. Trois gènes ayant fait l’objet d’études approfondies, mmpL8, eis2 ainsi que le gène eccB4 (MAB_3759c) mis en évidence par le crible amibien de la banque de mutants de transposition, participent à ce phénotype, confirmant le caractère pathogène de M. abscessus. / Mycobacterium abscessus is a rapidly growing mycobacterium, causing opportunistic infections in humans, and notably pulmonary infections. M. abscessus is able to multiply inside macrophages (MФ) and environmental amoebae. Here we demonstrate that M. abscessus undergoes adaptations in amoebae allowing its survival in MФ. Intracellular adaptations of M. abscessus to amoebae and MФ were assessed by RNAseq. We observed a significant enrichment of biological pathways reflecting adaptations to oxidative stress and metabolic adaptations illustrated by the consumption of fatty acids and activation of the sulfate assimilation pathway. These adaptations have been described in intramacrophagic Mycobacterium tuberculosis, a strictly pathogenic mycobacteria infecting the lung of humans and causing tuberculosis. Among the set of genes induced by M. abscessus during the amoebal co-culture are genes implicated in polyamine transport, MoCo (molybdopterin cofactor) biosynthesis and iron-sulfur (Fe-S) cluster assembly. The induction of such genes, described as virulence factors from intracellular bacteria, might enhance M. abscessus virulence and thus allow its survival in MФ. Forty-five genes are highly induced along the amoebal co-culture. In comparison, the amoebal co-culture with Mycobacterium chelonae, a mycobacterium that belongs to the same genomic complex as M. abscessus and causing solely extrapulmonary infections, does not elicit the same adaptations; potentially explaining M. chelonae inability to persist in macrophages. Five operons, representing a total of 10 genes, were deleted from M. abscessus genome by homologous recombineering. These genes are required for both M. abscessus survival in amoebae and MФ. Overexpression of two of these genes in M. chelonae, MAB_1517c and MAB_2649, encoding a TcmP (tetracenomycin polyketide synthesis O-methyltransferase) protein and an MmpS (mycobacterial membrane protein small) protein respectively, enhances M. chelonae survival in MФ, suggesting that the induction of these genes favors M. abscessus survival in MФ. Analyses of M. abscessus transcriptome in MФ also shed light on adaptations specific to the bacterium intramacrophagic life. Several genes highly induced in macrophages are implicated in biological pathways known to contribute to bacteria virulence, including proline metabolism, protein secretion by the type II secretion system and the MEP (methylerythritol phosphate) pathway. Among the set of induced genes selected according to their level of induction and their biological activity, N-acetylation and redox activities, bounding to oxygen and detoxification from nitric oxide by dioxygenases are significantly enriched. Among operons from this set of genes, it appears that M. abscessus eis2 gene (MAB_4542c), encoding a N-acetyltransferase, is essential for M. abscessus survival in MФ.In addition, a complementary approach to RNAseq, the screening of a transposon (Tn) mutant library of M. abscessus inside amoebae, revealed important roles of the mmpL8 gene encoding a mycobacterial membrane protein large belonging to a family of proteins implicated in lipid biosynthesis and export to the cell surface. When this protein was no longer produced by M. abscessus, a lower amount of a new glycolipd family (GDND, glycosyl diacetylated nonadecyl diol) was observed as well as a deleterious phenotype in MФ.To conclude, our work has shown a fundamental role of amoebae in triggering the virulence of M. abscessus, further allowing its survival in macrophages. Besides, three genes that have been studied more extensively – mmpL8, eis2 and eccB4 (revealed by the Tn library screening) – are required for M. abscessus survival in macrophages and confirmed its pathogenic behavior.

Le virus respiratoire syncytial (VRS) est le principal agent responsable desbronchopneumonies du jeune veau et des bronchiolites du nourrisson. Il n’existe pas devaccin ni d’antiviraux spécifiques pour l’homme. La réplication du génome et la transcriptiondes gènes viraux sont assurées par un ensemble de protéines virales constituant le complexeARN polymérase ARN-dépendant : la nucléoprotéine N, la phosphoprotéine P, le facteur detranscription M2-1 et la grosse sous-unité L. L’objectif principal de ma thèse était d’obtenirde nouvelles données structurales et fonctionnelles sur le complexe ARN-polymérase ARNdépendante(RdRp) du VRS, en particulier sur le couple P-L. Pour ceci j’ai tout d’aborddéveloppé un protocole de production et purification de la protéine L sous formerecombinante en cellules d’insecte. Ceci m’a permis ensuite de cartographier le sited’interaction de P avec L. J’ai ainsi mis en évidence que la protéine L interagit avec la partieC-terminale de la protéine P, au-niveau des résidus 216 à 239. Les données obtenuessuggèrent que ce domaine peut former un nouvel élément de reconnaissance moléculaire(« MoRE ») se structurant en hélice alpha lors de l’interaction avec la protéine L. De plus, lacartographie de ce domaine d’interaction m’a permis d’identifier entre les résidus 164 et 205de P une nouvelle région impliquée dans le recrutement de la protéine L aux corpsd’inclusions viraux. Ces nouvelles données ouvrent la voie à de nouvelles études structuralesde l’ARN-polymérase du VRS et nous permettent d’envisager de nouvelles stratégiesantivirales ciblant ce complexe. / Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading cause of calves bronchopneumonia andinfants bronchiolitis. Neither vaccine nor antiviral treatments are currently available for use inhumans. Viral genome is replicated and transcribed by a set of viral proteins constituting theviral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) complex: the nucleoprotein (N), thephosphoprotein (P), the transcription factor (M2-1) and the large subunit (L). This workaimed to unveil new structural and functional data regarding the viral RdRp, especially the PLcouple. With this aim in view, I have first conceived a protocol to produce and purifyrecombinant L and P proteins expressed in insect cells. This tool enabled the fine mappingand characterization of the L binding domain of the RSV phosphoprotein. This highlightedthe interaction between the L protein and the C-terminal region of the P protein, especiallyresidues 216 to 239. Further data suggests that this area constitutes an alpha helix formingmolecular recognition element (« MoRE ») during P-L interaction. Furthermore, this studyunveiled a new region of the P protein encompassing residues 164 to 205, involved in therecruitment of L protein to viral inclusion bodies. These new results open the way toupcoming structural studies of RSV RdRp and allow us to define a new target for thedevelopment of antiviral drugs against RSV.

Le syndrome d'immunodéficience acquise (SIDA) est une maladie provoquée chez l'homme par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), un lentivirus à ARN monocaténaire qui infecte les cellules humaines qui expriment les CD4 à leur surface. Depuis son apparition en 1982 chez l’homme, il y a eu environ 80 millions d'individus infectés dans le monde et près de la moitié d'entre eux sont déjà décédés. Aucun vaccin n'existe actuellement mais l'espérance de vie d’un grand nombre de patients est maintenant prolongée grâce au développement et la disponibilité d'un traitement antirétroviral hautement actif (HAART en anglais). En raison de la complexité des interactions hôte/pathogène liées à l'infection par le VIH-1 chez l'homme et les modèles primates non-humains actuels, le développement d’un modèle plus simple est nécessaire pour étudier et mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'augmentation de la pathogenèse du VIH-1 chez l’humain. Dans ce but, un virus chimérique CAL-HIV-R1 a été construit dans notre laboratoire en échangeant les longues séquences répétées terminales (LTR) du VIH par celles du CAEV, un lentivirus caprin. Parce que ces LTR de CAEV ont un promoteur constitutif qui est indépendant du trans-activateur de la transcription, ce virus chimérique ne devrait pas subir de latence dans les cellules T CD4+ mémoire. Pour rendre son efficacité réplicative plus performante, cette chimère a subi plusieurs passages successifs sur des cellules humaines en culture. En plus de la présence de son récepteur primaire, la protéine CD4, le VIH doit interagir avec une seconde molécule co-réceptrice pour entrer dans la cellule hôte. Des clones moléculaires infectieux contenant des génomes proviraux complets de plusieurs isolats de VIH-1 ont été reçus de la banque de produits "NIH AIDS Reagent Program Repository". Trois d'entre eux, à savoir pNL4-3, p89.6 et WARO, ont été utilisés pour produire des stocks de virus après transfection des cellules de la lignée humaine HEK-293T et utilisés pour infecter d’autres lignées cellulaires telles que : 1) des cellules GHOST, utilisées pour examiner le tropisme des virus en fonction de leur utilisation des co-récepteurs et qui sont respectivement X4, X4/R5 et R5; 2) la lignée cellulaire M8166, utilisée comme cellules indicatrices du fait de ses propriétés fusogéniques, et qui sert à examiner les capacités de réplication et enfin, 3) la lignée cellulaire TZM-bl utilisée pour évaluer le titre infectieux des virus. Par ailleurs, un vaccin basé sur un vecteur ADN lentiviral chimérique, le CAL-SHIV-IN-, a été développé au laboratoire et testé chez des macaques. Dans le cadre de cette étude, un test de séro-neutralisation a été réalisé sur des échantillons de sérum des macaques vaccinés avec ce vecteur, et des animaux témoins, pour examiner la présence d'anticorps pouvant neutraliser le virus. Bien que des anticorps furent présents aucune capacité neutralisante n'a pu être détectée. / Acquired Immuno-Deficiency Syndrome (AIDS) is a disease caused by immunodeficiency viruses in human (HIV-1) and some animal species. The virus is a small enveloped particle that has a single-strand RNA genome and belongs to the lentivirus genus that belongs to the Retroviridae family. In human the virus infects and replicates mainly in cells that express the CD4 on their surface. Since its apparition in human in 1982 the virus has infected around 80 million individuals worldwide and caused the death of nearly half of them. No vaccine exists but life expectancy of near half of HIV-1-infected individuals has been now prolonged due to extensive highly active antiretroviral therapy (HAART). Because of the complexity of the host/pathogen interactions that are associated with HIV-1 infection in human and non-human primate models, a simple model system is strongly needed to ease the studies aiming at better understanding the underlying mechanisms of increased pathogenesis of HIV-1 in human. A chimeric virus CAL-HIV-R1 was created in our laboratory by exchanging the long terminal repeats (LTRs) of HIV with those of CAEV, a caprine lentivirus. Because these CAEV LTRs have a constitutive promoter, which is independent of the trans-activator of transcription, we expect that this chimeric virus should not undergo latency in memory CD4+ T cells. To increase the potency of this chimera, serial passages on cultured human cells were performed. Besides its primary receptor, CD4, HIV needs to interact with another molecule as a co-receptor. Several infectious molecular clones of HIV-1 isolates pDNAs containing the complete proviral genomes were received from the NIH AIDS Reagent Program Repository. Three of these, namely pNL4-3, p89.6 and WARO, were used to produce virus stocks following transfection in the human HEK-293T cell line and used to infect a variety of cell lines such as: 1) GHOST cells that were used to examine the tropism for the co-receptor that were X4, X4/R5 and R5 respectively; 2) M8166 a fusogenic indicator cell line to evaluate the replication competency, 3) TZM-bl to determine the infectivity titers of the viruses by scoring the blue cells enabled by infections. A vaccine based on a chimeric DNA vector, CAL-SHIV-IN-, has been developed in our laboratory and tested in macaques. A sero-neutralization assay was performed on sera of macaques, which had been vaccinated with this vector and challenged in parallel with control animals with a pathogenic virus. This assay was used to verify the presence of neutralizing antibodies, but, unfortunately none could be detected.

Les cellules infectées de façon latente constituent de sérieux obstacles à l'éradication du VIH et à la guérison complète des patients. Nous avons précédemment rapporté que le facteur cellulaire CTIP2 joue un rôle clé dans l'établissement et dans la persistance de la latence du VIH dans les cellules de la microglie, principaux réservoirs du virus dans le cerveau. En recrutant des complexes enzymatiques au niveau du promoteur viral, CTIP2 inhibe l'expression des gènes en favorisant la compaction de la chromatine et défavorise la réactivation des réservoirs viraux grâce à son activité inhibitrice de l’activité kinase du complexe d’élongation pTEFb. Cependant, nous ne savons pas comment le VIH-1 contrecarre les effets répresseurs de CTIP2 dans des cellules permissives à son expression. Manipuler la machinerie cellulaire d'ubiquitination afin de cibler les protéines hôtes indésirables est une stratégie commune utilisée par les rétrovirus. Ici, nous postulons que la protéine auxiliaire Vpr pourrait favoriser la dégradation de CTIP2 via le complexe CUL4-DDB1-DCAF1 pour contrer ses effets sur la réplication du VIH-1. Nos précédents résultats ont montré que CTIP2 contribuait à la réponse antivirale cellulaire grâce à son activité répressive sur la transcription du VIH. Nous avons montré que l'expression de CTIP2 était induite par un traitement à l'interféron-α suggérant que ce facteur fait partie de la réponse cellulaire à des infections virales. Nous avons observé que la réplication du wt- mais pas du mutant délété pour vpr diminue l'expression de CTIP2 dans des cellules infectées de manières productives. L'expression de Vpr a été corrélée avec une dégradation de CTIP2 et une augmentation de la transcription des gènes du VIH-1. De plus, nous avons montré par des expériences d’immunoprécipitation et de FRET/FLIM que la protéine CTIP2 interagit avec DDB1, DCAF1 et Vpr afin d'induire la dégradation de CTIP2 par la voie du protéasome. Enfin, nous démontrons que DCAF1 est nécessaire à la dégradation de CTIP2 par Vpr dans les noyaux des cellules infectées. Nos résultats suggèrent ainsi que la protéine virale Vpr détourne la machinerie cellulaire et plus spécifiquement la voie de dégradation du protéasome afin d'induire la dégradation de CTIP2. En dégradant CTIP2, le VIH-1 contrecarre une réponse cellulaire anti-virale et favorise ainsi sa réplication. Notre travail a permis de mieux comprendre la nature des mécanismes mis en jeu par le VIH-1 afin de favoriser sa réplication dans les cellules microgliales. / Latently infected cells constitute major blocks to HIV-1 eradication and a functional cure of the patients. We have previously reported that the cellular co-factor CTIP2 plays a key role in the establishment and persistence of HIV latency in microglial cells, the main reservoirs of the virus in the brain. By recruiting large enzymatic complexes at the viral promoter, CTIP2 silences HIV-1 gene transcription and disfavors the viral reactivation from the reservoirs. However, nothing is known on how HIV-1 can counteract the effects of CTIP2 in permissively infected cells. Usurping the host ubiquitination machinery to target undesirable host proteins is a common strategy utilized by retroviruses. Here, we tend to postulate that HIV-1 Vpr may target CTIP2 by Cul4A-DDB1-DCAF1 complex to counteract its effects on HIV-1 replication. Our results showed that CTIP2 contributes to the cellular anti-viral response. We demonstrated that interferon treatments induce expression of CTIP2 suggesting that this factor may be part of the cellular response to viral infections. We observed that replication of wt- but not Vpr-deleted HIV-1 reduced CTIP2 expression in productively infected cells. Vpr expression was correlated with low levels of CTIP2 and increased levels HIV-1 gene transcription. In addition, we showed that CTIP2 interacts with DDB1, DCAF1 and HIV-1 Vpr in order to induce the degradation of CTIP2 via proteasome by coimmunoprecipitation and FRET experiments. Finally, the abrogation of Vpr binding to the DCAF1-CUL4-DDB1 complex prevented CTIP2 degradation. Our results suggest that Vpr engages the ubiquitination machinery to induce CTIP2 degradation. By degrading CTIP2, HIV-1 counteracts CTIP2-mediated silencing of its expression and thus favors viral replication. Our work has helped to understand the nature of the mechanisms involved in HIV-1 to foster its replication in microglial cells. These results allow us to consider new strategies toward a cure of the patients.

Le VIH-1, via sa protéine Vif, contrecarre l’activité des facteurs de restriction A3G et A3F de plusieurs manières dont l’inhibition traductionnelle. Nous avons démontré que cette répression traductionnelle d’A3G par Vif est spécifique de la région 5’UTR. De plus, une séquence uORF contenue dans cette région est essentielle pour la régulation de la traduction ainsi que pour la répression par Vif. Nous avons montré qu’A3G et A3F sont traduits par leaky-scanning et ré-initiation et que la distance entre l’uORF et l’ORF principal est importante pour l’inhibition traductionnelle d’A3G et d’A3F. Ensuite, nous avons montré que ce mécanisme est très conservé à travers différents sous-types de Vif et que les acides aminés de Vif en position 39, 48 et 127 sont impliqués dans cette répression. Enfin, nous avons observé que l’interaction entre Vif et A3G est nécessaire pour la régulation traductionnelle. Des expériences de transfections des différents mutants d’A3G et d’A3F dans un système infectieux tel que le clone pNL4.3 sont envisagées. Celles-ci permettront de voir l’effet de l’uORF sur l’infectivité virale mais aussi sur l’assemblage, la maturation et la libération des nouvelles particules virales. / The HIV-1, through its Vif protein, counteracts the restriction factors A3G and A3F activity in several ways including translational inhibition. We demonstrated that this translational repression of A3G by Vif is specific of the 5’UTR. Moreover, an uORF sequence contained in this region is essential for both the translational regulation and the repression by Vif. We showed that A3G and A3F are translated by leaky-scanning and re-initiation mechanisms and that the distance between the two ORFs is important for the translational inhibition. Then, we showed that this mechanism is conserved among several Vif subtypes and that the Vif amino acids 39, 48 and 127 are implicated in this repression. Finally, we observed that the Vif-A3G interaction is necessary for the translational inhibition. A3G and A3F mutants transfections experiments into an infectious system like the pNL4.3 clone are considered. It will permit to observe the uORF effect on the viral infectivity but also on the assembly, the maturation and the release of the viral particles.

Dans les organismes multicellulaires, la régulation de l’expression des gènes par les microARNs est un mécanisme essentiel pour le développement cellulaire et l’homéostasie. De plus, le rôle des microARNs a été démontré dans de nombreux processus immunitaires, tels que l’inflammation. Les virus évoluant conjointement avec leurs hôtes, ils ont appris à détourner la machinerie cellulaire pour leur propre bénéfice. Ainsi, des microARNs codés par certains génomes viraux ont été mis en évidence, mais leurs fonctions, ainsi que leurs cibles, restent encore largement inconnues. En utilisant une lignée de souris présentant une mutation hypomorphe pour le gène dicer, caractérisée par une diminution de la production des microARNs, et son hôte naturel, le cytomégalovirus murin, un virus membre de la famille des β-Herpesvirus, nous avons étudié le rôle potentiel des microARNs d’origine cellulaire et virale dans la pathogénèse de ce virus. Lors de l’infection aigüe, nos résultats montrent un rôle dominant et protecteur des microARNs cellulaires, comparé à celui des microARNs viraux, prédits pour être des facteurs de pathogénicité. / In multicellular organisms, gene expression regulation by microRNAs is an essential mechanism for cell development and homeostasis. Moreover, several immune-related processes, such as inflammation, have been demonstrated to require specific microRNAs. As viruses have coevolved with their host, they have learned to hijack the cellular defenses for their own benefit. Thus microRNAs-encoding genes were also recently discovered in the genome of Herpesviruses, but up to now, the function and the targets of most microRNAs of viral origin are still largely unknown. Using a hypomorphic mouse mutant line, characterized by a diminished production of microRNAs, and the Mouse Cytomegalovirus, a natural pathogen of mice which belongs to the family of β-Herpesviruses, we investigated the potential roles of microRNAs of both cellular and viral origin in the pathogenesis of this virus. Our results point toward a dominant role of cellular microRNAs as protective factors compared to virally-derived microRNAs which are usually predicted to carry pathogenic functions in acute infections.

Le virus de l'hépatite C (HCV) est responsable de maladies chroniques du foie et l'une des principales causes de développement du carcinome hépatocellulaire (HCC). Cependant, les mécanismes moléculaires qui permettent le développement d’un HCC suite à une infection chronique par le HCV restent incompris. Les microARN (miR), de petits ARNs non codants qui régulent l'expression des gènes au niveau post-transcriptionnel, sont connus pour jouer un rôle important dans l'homéostasie cellulaire du foie. De plus en plus d’études suggèrent que l'infection par le HCV induit la modification de réseaux intracellulaires impliquant les miRs hépatiques contribuant au développement des lésions du foie, y compris le HCC. En utilisant des techniques d'analyse systématiques, nous avons identifié des miRs qui modulent le cycle viral du HCV mais également des miRs modulés lors de l'infection par le HCV. Cette analyse globale des interactions entre les miRs de l'hôte et le HCV améliore les connaissances actuelles sur les interactions entre le HCV et l’hôte qui contribuent vraisemblablement à la tumorigenèse dans le foie, et ouvre des perspectives pour de potentielles nouvelles approches pour prévenir et/ou traiter le HCC chez les patients infectés par le HCV. / Hepatitis C virus (HCV)-induced chronic liver disease is one of the leading causes of hepatocellular carcinoma (HCC). However, the molecular mechanisms that enable HCC development following chronic HCV infection remain poorly understood. MicroRNAs (miRs), small non coding RNAs that regulate gene expression at a post-transcriptional level have been reported to play an important role in cellular homeostasis within the liver. Increasing evidence suggests that HCV infection induces alteration of intrahepatic miR networks and that deregulation of miRs contributes to liver disease including HCC. Using high-throughput screening and RNA sequencing, we identified miRs that modulate the HCV life cycle and miRs that are modulated upon HCV infection. This comprehensive analysis of the HCV-host miR network improves the current knowledge of the HCV-host interactions that likely contribute to tumorigenesis in the liver and opens perspectives for novel potential approaches to prevent and/or treat HCC in HCV-infected patients.