La carn de pollastre és una de les carns més consumides a tot el món. Per tal d’ampliar els canals de distribució de la carn fresca i els seus derivats, la indústria alimentària ha desenvolupat mètodes de conservació per tal d’allargar-ne la seva vida útil i que permetin mantenir les propietats i la qualitat del producte original. L’envasament en atmosfera modificada (EAM), juntament amb les temperatures de refrigeració, s'ha convertit en el mètode d'envasament més utilitzat per conservar la carn d'aus de corral. Consisteix en envasar l’aliment i modificar-ne l'atmosfera que l'envolta per un altre gas tal com el nitrogen (N2), l’oxigen (O2), el diòxid de carboni (CO2) o una mescla entre ells. El seu èxit recau essencialment sobre la concentració de CO2 present en l'atmosfera. El CO2 té la propietat de dissoldre’s en l'aigua i en el greix dels aliments. Quan això succeeix, tenen lloc una sèrie d’alteracions a nivell intracel·lular que afecten el metabolisme d'alguns dels microorganismes alteradors més comuns, disminuint-ne el seu desenvolupament, i també l'acció d'alguns enzims responsables de les reaccions de degradació més habituals en aliments. No obstant això, l'ús d'altes concentracions de CO2 s'ha vist limitat degut al col·lapse dels envasos que produeix. Aquesta tesi s’ha enfocat per a millorar la tècnica d’EAM tradicional. La primera fase del treball ha consistit a provar l'ús d'altes concentracions de CO2 per a conservar la carn de pollastre fresca, saturant prèviament la carn amb CO2 pur. Amb aquest pretractament es pretenia reduir o fins i tot evitar el col·lapse de l'envàs, esdevenint una oportunitat per a reduir el volums dels envasos i millorar, per tant, l'eficiència en el procés d’envasament i de transport dels productes. La segona etapa del projecte ha consistit en combinar l’EAM amb l’alta pressió hidrostàtica (APH). L’APH és una de les tecnologies més prometedores per a reemplaçar els tractaments tèrmics com la pasteurització o fins i tot l'esterilització. No obstant això, els elevats nivells de pressió necessaris per aconseguir la total inactivació de microorganismes ha limitat el seu ús i aplicació en la indústria alimentària. L'objectiu principal de la combinació de l’EAM i la APH ha estat reduir la pressió del tractament sense comprometre la inactivació microbiana. Diversos experiments s'han dut a terme per tal d’avaluar l'efecte sinèrgic entre les dues tecnologies i per a determinar la concentració òptima de CO2 i la pressió necessària per aconseguir una major inactivació de microorganismes patògens i alteradors de la carn d’au. Els resultats obtinguts van demostrar que quan la carn fresca de pollastre va ser envasada amb CO2 pur abans del seu envasat definitiu amb atmosfera modificada, el col·lapse dels envasos es va reduir significativament en comparació amb les mostres directament envasades amb atmosfera modificada. La seva vida útil també va augmentar degut a que una major quantitat de CO2 disponible a l’espai de cap ofereix millor protecció de l’aliment i un efecte bacteriostàtic més durador. Quan es van dur a terme els pretractaments de saturació, els envasos es van poder omplir amb més producte sense comprometre la seguretat de l’aliment ni el col·lapse de l’envàs. Pel que fa a la combinació d'atmosferes de CO2 amb APH, es va poder demostrar l’existència de l’efecte sinèrgic d'aquesta combinació en la reducció i la inactivació d'alguns dels microorganismes alteradors i patògens més habituals en els productes càrnics avícoles. Un cop es van desenvolupar els models de predicció de la reducció microbiana produïda per la combinació de CO2 i d'alta pressió, l’atmosfera de 50% CO2 equilibrada amb N2 i la pressió de 250 MPa durant 10 min a temperatura ambient va ser considerat el més òptim, tenint en compte condicions menys extremes i reducció microbiana produïda. Aquest tractament es va aplicar a pit de pollastre frescs i es va comparar amb mostres envasades en aire i pressuritzades i mostres no pressuritzat. La vida útil del pit de pollastre envasat amb atmosfera modificada i tractat amb pressió va ser de 26 dies, mentre que les mostres tractades amb aire i pressió només van arribar a 15 dies sota condicions microbianes acceptables. Encara que es van detectar algunes alteracions fisicoquímiques de la carn pressuritzada pel que fa al seu color superficial i a la capacitat de retenció d'aigua, un cop aquesta va ser cuita no es van trobar diferències sensorials entre els tractaments comparats. La dissolució forçada del gas provocada per l'alta pressió també es va estudiar mitjançant la quantificació de l'embòlia gasosa produïda en salsitxes de carn d'au. Els resultats suggereixen que quan s'apliquen pressions més altes, el gas que envolta l'aliment penetra a l'interior de la cèl·lula en un nivell més profund i per això la seva extracció durant el procés de descompressió és més complicat, mantenint-se dissolt en l’aliment. Addicionalment, al reduir la velocitat de descompressió, una major quantitat del gas es va mantenir dissolt en el producte, oferint una millor preservació del l’aliment quan es tractava de CO2. Els resultats experimentals obtinguts han demostrat que la conservació de la carn d'au es pot millorar mitjançant l'ús d'atmosferes riques amb CO2 aplicades individualment com un tractament de saturació previ al envasat convencional amb atmosfera modificada, o en combinació amb l’APH. Els treballs exposats en aquesta Tesi demostren noves maneres de conservar els productes càrnics avícoles donant noves perspectives en aquest camp d’investigació que donen l’oportunitat de produir productes càrnics frescos més segurs i duradors. / La carne de pollo es una de las carnes más consumidas en todo el mundo. Para ampliar los canales de distribución de la carne fresca y sus derivados, la industria alimentaria ha desarrollado métodos de conservación para alargar su vida útil y que permitan mantener las propiedades y la calidad del producto original. El envasado en atmósfera modificada (EAM), junto con las temperaturas de refrigeración, se ha convertido en el método de envasado más utilizado para conservar la carne de aves de corral. Consiste en envasar el alimento y modificar la atmósfera que lo rodea por otro gas tal como el nitrógeno (N2), el oxígeno (O2), el dióxido de carbono (CO2) o una mezcla entre ellos. Su éxito recae esencialmente sobre la concentración de CO2 presente en la atmósfera. El CO2 tiene la propiedad de disolverse en el agua y en la grasa de los alimentos. Cuando esto sucede, tienen lugar una serie de alteraciones a nivel intracelular que afectan el metabolismo de algunos de los microorganismos alteradores más comunes, disminuyendo su desarrollo, y también la acción de algunas enzimas responsables de las reacciones de degradación más habituales en alimentos. Sin embargo, el uso de altas concentraciones de CO2 se ha visto limitado debido al colapso de los envases que produce. Esta tesis se ha enfocado para mejorar la técnica de EAM tradicional. La primera fase del trabajo ha consistido en probar el uso de altas concentraciones de CO2 para conservar la carne de pollo fresca, saturando previamente la carne con CO2 puro. Con este pretratamiento se pretendía reducir o incluso evitar el colapso del envase, convirtiéndose en una oportunidad para reducir el volúmenes de los envases y mejorar, por lo tanto, la eficiencia en el proceso de envasado y de transporte de los productos. La segunda etapa del proyecto ha consistido en combinar la EAM con la alta presión hidrostática (APH). La APH es una de las tecnologías más prometedoras para reemplazar los tratamientos térmicos como la pasteurización o incluso la esterilización. Sin embargo, los elevados niveles de presión necesarios para conseguir la total inactivación de microorganismos han limitado su uso y aplicación en la industria alimentaria. El objetivo principal de la combinación de la EAM y la APH ha sido reducir la presión del tratamiento sin comprometer la inactivación microbiana. Varios experimentos se han llevado a cabo para evaluar el efecto sinérgico entre las dos tecnologías y para determinar la concentración óptima de CO2 y la presión necesaria para conseguir una mayor inactivación de microorganismos patógenos y alteradores de la carne de ave. Los resultados obtenidos demostraron que cuando la carne fresca de pollo fue envasada con CO2 puro antes de su envasado definitivo con atmósfera modificada, el colapso de los envases se redujo significativamente en comparación con las muestras directamente envasadas con atmósfera modificada. Su vida útil también aumentó, debido a que una mayor cantidad de CO2 disponible en el espacio de cabeza ofrece mejor protección del alimento y un efecto bacteriostático más duradero. Cuando se llevaron a cabo los pretratamientos de saturación, los envases se pudieron llenar con más producto sin comprometer la seguridad del alimento ni el colapso del envase. En cuanto a la combinación de atmósferas de CO2 con APH, se pudo demostrar la existencia del efecto sinérgico de esta combinación en la reducción y la inactivación de algunos de los microorganismos alteradores y patógenos más habituales en los productos cárnicos avícolas. Una vez se desarrollaron los modelos de predicción de la reducción microbiana producida por la combinación de CO2 y de alta presión, la atmósfera de 50% CO2 equilibrada con N2 y la presión de 250 MPa durante 10 min a temperatura ambiente fue considerado el más óptimo, teniendo en cuenta condiciones menos extremas y reducción microbiana producida. Este tratamiento se aplicó a pechuga de pollo fresca y se comparó con muestras envasadas en aire y presurizadas y muestras no presurizadas. La vida útil de la pechuga de pollo envasada con atmósfera modificada y tratada con presión fue de 26 días, mientras que las muestras tratadas con aire y presión sólo llegaron a 15 días bajo condiciones microbianas aceptables. Aunque se detectaron algunas alteraciones fisicoquímicas de la carne presurizada en cuanto a su color superficial y a la capacidad de retención de agua, una vez ésta fue cocinada no se encontraron diferencias sensoriales entre los tratamientos comparados. La disolución forzada del gas provocada por la alta presión también se estudió mediante la cuantificación de la embolia gaseosa producida en salchichas de carne de ave. Los resultados sugieren que cuando se aplican presiones más altas, el gas que rodea el alimento penetra en el interior de la célula a niveles más profundos y por ello su extracción durante el proceso de descompresión es más complicada, manteniéndose disuelto en el alimento. Adicionalmente, al reducir la velocidad de descompresión, una mayor cantidad del gas se mantuvo disuelto en el producto, ofreciendo una mejor preservación del alimento cuando se trataba de CO2. Los resultados experimentales obtenidos han demostrado que la conservación de la carne de ave se puede mejorar mediante el uso de atmósferas ricas con CO2 aplicadas individualmente como un tratamiento de saturación previo al envasado convencional con atmósfera modificada, o en combinación con la APH. Los trabajos expuestos en esta Tesis demuestran nuevas maneras de conservar los productos cárnicos avícolas dando nuevas perspectivas en este campo de investigación que dan la oportunidad de producir productos cárnicos frescos más seguros y duraderos. / Chicken meat is one of the most consumed meats in all over the world. In order to extend fresh poultry meat and meat products distribution, the food industry has developed preservation methods in order to prolong their shelf-life while the quality properties of the original product remain undamaged. Modified atmosphere packaging (MAP) together with refrigeration temperatures has become the most used packaging method to preserve poultry meat. It consists of packaging a food product and modifies the atmosphere that surrounds it for other gas such as nitrogen (N2), oxygen (O2), carbon dioxide (CO2) or a mixture among them. Its success remains basically on the concentration of CO2 used in the atmosphere. CO2 has the property to dissolve in the water and fat of the product. When that happens, some intracellular alterations take place, affecting the metabolism of some of the most common spoilage microorganisms, reducing their growth, and also the action of some enzymes responsible of food degradation reactions. However, the use of high concentrations of CO2 has been limited due to package collapse that it produces. This Thesis was focused to improve the traditional MAP technique. The first stage of the work consisted in testing the use of high CO2 concentrations to preserve fresh chicken meat, previously saturating the meat with pure CO2. With this pre-treatment we expected to reduce or even avoid package collapse, presenting a chance to reduce package volumes and therefore improve package and transport efficiency. The second stage of the project was to combine MAP with high hydrostatic pressure (HHP). HHP is one of the most promising technologies to replace heat treatments like pasteurization or even sterilization. However, high pressure levels required to achieve microbial inactivation has limited its use and implementation in food industries. The main objective of combining both technologies MAP and HHP was to reduce the pressure of the treatment without compromising microbial inactivation. Several experiments were carried, assessing the synergistic effect between both technologies and determining the optimal concentration of CO2 and pressure level to achieve a greater inactivation of the most common spoilage and pathogenic microorganisms of poultry meat. When fresh chicken meat was packaged with pure CO2 before its final package with modified atmosphere, the collapse of the packages was significantly decreased in comparison with the samples directly packaged with modified atmosphere. Also, its shelf-life was increased, as a greater amount of CO2 offered a longer bacteriostatic effect over microbial population. When saturation pre-treatments were carried out, package-productfilling volumes were successfully increased without compromising the safety of the product and the packaging collapse. Related to the combination of CO2 atmospheres with HHP, the synergistic effect of this combination on the reduction and inactivation of some of the most common spoilage and pathogenic bacteria of poultry products was demonstrated. After developing predictive models of the microbial reduction produced by the combination of CO2 atmosphere concentrations and high pressure treatments, an optimal treatment of 50% CO2 balanced with N2 and a pressure of 250 MPa during 10 min at room temperature was suggested for its attractive and non-extreme conditions. This was applied to fresh chicken breasts and was compared to air-pressurized and non-pressurized samples. A shelf-life of 26 days was achieved on MAP and HHP treated samples, while air-pressurized samples only achieved 15 days under acceptable microbial conditions. Although some physicochemical differences were detected in pressurized meat with respect to surface color and water holding capacity, once the meat was cooked no sensory differences were found among treatments. The forced dissolution of the gas produced by high pressure was also studied by quantifying the gaseous embolism produced by pressurizing poultry sausages. Results suggested that when higher pressures were applied, the gas surrounding the food penetrates inside the cell at a deeper levels and its extraction with pressure release was harder, keeping it dissolved. By slowing down the pressure release speed, a greater amount of the gas remained dissolved into the product, offering a better preservation of the food when this gas was CO2. The experimental results obtained have demonstrated that poultry meat preservation can be improved by the use of high-concentration CO2 atmospheres applied alone as a previous saturation treatment or in combination with high hydrostatic pressure. The work exposed on this Thesis demonstrates new ways to preserve poultry meat products, giving new prospects on meat science researc

La llengua blava (LB) és una malaltia transmesa per vectors Culicoides de declaració obligatòria causada pel virus de la llengua blava (VLB) i considerada emergent i re-emergent a Europa. Aquesta malaltia afecta principalment a remugants domèstics i salvatges i també camèlids, causant importants pèrdues econòmiques en el sector ramader. La implicació de diferents hostes i vectors en el cicle de transmissió del VLB dificulta el control de la malaltia. El cicle de transmissió del virus està condicionat per factors externs, com són el canvi climàtic i l’alteració dels ecosistemes, els quals han afavorit l’expansió dels vectors en les últimes dècades. Entre les mesures de control, destaquen la vacunació, la restricció de moviment d’animals susceptibles en zones de risc i els programes de vigilància epidemiològica, tant d’animals domèstics com de vectors. Tot i que les vacunes comercials actuals han demostrat ser efectives en remugants domèstics, l’elevat nombre de serotipus del VLB presents (fins a 26 descrits actualment), fa que sigui complicat desenvolupar una vacuna universal que ofereixi protecció creuada. Totes aquestes variables han fet impossible fins al moment l’eradicació d’aquesta malaltia. La majoria d’espècies de remugants salvatges presents a Europa, si no tots, són susceptibles a la infecció pel VLB, que és majoritàriament asimptomàtica. Aquest fet fa que tinguin importància com a possibles reservoris i transmissors del virus, tant entre animals salvatges com de salvatges a domèstics. La informació relativa a la seva implicació en el cicle de transmissió del virus entre animals salvatges i domèstics és encara escassa. Això, juntament amb el fet que els programes de vacunacions massives s’apliquin exclusivament a remugants domèstics, posa de manifest la necessitat de portar a terme estudis addicionals a fi de determinar el paper dels remugants salvatges en l’epidemiologia de la LB. La present tesi s’ha centrat en l’estudi de la LB en els remugants salvatges presents a la Península Ibèrica. El seu contingut segueix l’estructura típica d’un treball científic. Comença amb una Introducció, en la qual es realitza una breu revisió actual sobre la LB i el VLB, seguit d’un apartat amb els Objectius que seran tractats en cada capítol. A continuació es presenten dues Seccions estructurades en cinc Capítols, que corresponen a articles científics en diferent estat de publicació (tres publicats i dos enviats). A l’apartat de Discussió general es pretén donar una breu visió del conjunt de capítols i, finalment, s’ennumeren totes les Conclusions obtingudes d’aquesta tesi doctoral. En la primera secció de la tesi (Epidemiologia) s’han realitzat estudis serològics i virològics retrospectius per tal d’aportar més informació de l’evolució de la LB en les espècies de remugants salvatges presents a la Península Ibèrica. Aquests estudis indiquen que aquestes espècies estan implicades en el manteniment del VLB i que poden actuar com a reservoris del virus a la Península Ibèrica. En la segona secció (Vacunació i infecció experimental) s’ha demostrat la susceptibilitat a la infecció amb els serotipus 1 i 8 del VLB del cérvol (Cervus elaphus) i la cabra salvatge (Capra pyrenaica). A més, s’ha avaluat la protecció induïda per una dosi (en cabra salvatge) o dues dosis (en cérvol) vacunals enfront la inoculació experimental amb soques homòlogues del virus. Finalment, s’ha realitzat un estudi longitudinal del desenvolupament d’anticossos neutralitzants fins a 18 mesos després de la immunització a la cabra salvatge. / La Lengua azul (LA) es una enfermedad de declaración obligatoria causada por el virus de la lengua azul (VLA) y considerada emergente y reemergente en Europa. Esta enfermedad afecta especialmente a rumiantes domésticos y salvajes y también camélidos, causando importantes pérdidas económicas en el sector ganadero. La implicación de diferentes hospedadores y vectores en el ciclo de transmisión del VLA dificulta el control de la enfermedad. Dicho ciclo está condicionado por factores externos como son el cambio climático y la alteración de ecosistemas, los cuales han favorecido la expansión de los vectores en las últimas décadas. Entre las estrategias de control destacan la vacunación, la restricción del movimiento de animales susceptibles en zonas de riesgo y los programas de vigilancia epidemiológica tanto de animales domésticos como de vectores. Aunque las vacunas comerciales actuales han demostrado ser efectivas en rumiantes domésticos, el elevado número de serotipos del VLA presentes (hasta 26 descritos actualmente), hace que sea complicado desarrollar una vacuna universal que ofrezca protección cruzada. Todas estas variables han hecho imposible hasta el momento la erradicación de la enfermedad. La mayoría de especies de rumiantes salvajes presentes en Europa, si no todos, son susceptibles a la infección por el VLA, que es mayoritariamente asintomática. Esto los hace importantes como posibles reservorios y transmisores del virus, tanto entre animales salvajes como de salvajes a domésticos. La información relativa al estudio de su implicación en el ciclo de transmisión entre salvajes y domésticos es todavía escasa. Ésto, unido al hecho de que los programas de vacunaciones masivas se apliquen exclusivamente a rumiantes domésticos, pone de manifiesto la necesidad de llevar a cabo estudios adicionales con el fin de determinar el papel de los rumiantes salvajes en la epidemiología de la LA. La presente tesis se ha centrado en el estudio de la LA en rumiantes salvajes presentes en la Península Ibérica. Su contenido se organiza siguiendo el orden habitual de un trabajo científico. Comienza con un apartado de Introducción, en el que se realiza una breve revisión actual sobre la LA y el VLA, seguido de un apartado de los Objetivos que se abordarán en cada capítulo. A continuación se presentan dos Secciones estructuradas en cinco Capítulos, que corresponden a artículos científicos en diferente estado de publicación (tres aceptados y dos enviados). En el apartado de Discusión general se pretende dar una breve visión del conjunto de capítulos y, para finalizar, se enumeran todas las Conclusiones obtenidas en la tesis doctoral. En la primera sección de la tesis (Epidemiología) se han realizado dos estudios serológicos y virológicos retrospectivos con el fin de aportar más información sobre la evolución de la LA en las especies de rumiantes salvajes presentes en la Península Ibérica. Estos estudios indican que estas especies están implicadas en el mantenimiento del VLA y que pueden actuar como reservorios del virus en la Península Ibérica. En la segunda sección (Vacunación e infección experimental) se ha demostrado la susceptibilidad a la infección con los serotipos 1 y 8 del VLA en el ciervo (Cervus elaphus) y la cabra montés (Capra pyrenaica). En estos experimentos, se ha evaluado la protección inducida por una dosis (en cabra montés) o dos dosis (en ciervo) vacunales frente a la inoculación experimental con cepas homólogas del virus. Finalmente, se ha realizado un estudio longitudinal del desarrollo de anticuerpos neutralizantes hasta 18 meses después de la inmunización en la cabra montés. / Bluetongue (BT) is a reportable disease caused by bluetongue virus (BTV) considered emerging and reemerging in Europe. BT affects especially domestic and wild ruminants and also camelids, causing important economic losses in the animal industry. The implication of different hosts and vectors in the transmission cycle of BTV makes difficult to control the disease. The transmission cycle is affected by external factors, as climate change and ecosystems’ alteration, which have favored vector expansion in the last decades. Among the control measures, vaccination, restricted movement of susceptible hosts during risk periods and epidemiologic surveillance programs including livestock and vectors are the most implemented. Although available commercial vaccines have proven to be effective in domestic ruminants, the high number of BTV serotypes (up to now, 26 described) makes difficult the development of a universal vaccine able to confer cross-protection. All these factors have made impossible the eradication of this disease. Most, if not all, wild ruminant species present in Europe are susceptible to BTV infection, although it is mainly asymptomatic. This fact makes wild species important as potential reservoirs and transmitters among wildlife or from wild to domestic ruminants. Data related to the implication of wild ruminants in the BTV transmission cycle between domestics and wildlife is still limited. This point, and also the fact that mass vaccination campaigns are applied exclusively to domestic ruminants highlights the need to carry out additional studies with the aim of determining the role of wild ruminants in the epidemiology of BT. The present thesis is focused in the study of BT in wild ruminants present in the Iberian Peninsula. The structure is the typical of a scientific paper. It starts with an Introduction, which contains a brief review of BT and BTV, followed by the Objectives that will be developed in each chapter. Afterwards, there are two Sections structured in five Chapters. All the studies are published or submitted to publish in international peer-reviewed journals. In the General discussion section is given a summary of the main findings and, finally, all the Conclusions obtained are listed at the end of the thesis. In the first section of the thesis (Epidemiology) two retrospective serological and virological studies have been carried out in order to provide new information regarding the evolution of BT in wild ruminant species present in the Iberian Peninsula. These studies indicate that wild ruminants are implicated in maintaining BTV, and they may play a relevant role as BTV reservoirs in the Iberian Peninsula. In the second section (Vaccination and experimental infection), the susceptibility to BTV-1 and BTV-8 infection has been demonstrated in red deer (Cervus elaphus) and Spanish ibex (Capra pyrenaica). Moreover, the efficacy of two commercial vaccines has been evaluated by means of specific neutralising antibodies and absence of viraemia in both species, vaccinated and experimentally inoculated with homologous strains. Finally, it has been carried out a longitudinal study of the development of neutralising antibodies until 18 months postimmunization in Spanish ibex.

La presente Tesis se orientó a la caracterización molecular de la infección causada por PCV2 utilizando la tecnología de los microarrays. Este virus es el agente infeccioso esencial de la enfermedad sistémica (ES) por PCV2, una enfermedad de carácter multifactorial que afecta principalmente a cerdos en las fases de transición y engorde, y es una de las enfermedades porcinas más importantes económicamente a nivel mundial. La tecnología de los microarrays permite la determinación simultánea de los niveles de ARNm de miles de genes y ha sido utilizada en los últimos años para investigar los perfiles de expresión génica de tejidos y líneas celulares, ayudando a descifrar las interacciones huésped-patógeno que son relevantes para la patogénesis de varias enfermedades. Es por ello que esta Tesis se orientó a identificar genes y procesos biológicos implicados en la respuesta inmune de cerdos subclinicamente infectados por el PCV2 y también de animales naturalmente afectados por la ES-PCV2. La primera parte de esta Tesis consistió en un trabajo exploratorio dirigido a evaluar la utilidad de la plataforma Affymetrix Porcine GeneChip® para estudiar el perfil global del transcriptoma de lechones de la raza Duroc, derivados por cesárea y privados de calostro (DCPC), experimentalmente infectados por PCV2. A partir del análisis de los datos de los microarrays, se seleccionaron 25 y 33 genes que resultaron diferencialmente expresados (DE) entre los grupos control e inoculados con PCV2 en linfonodos mesentéricos y pulmones, respectivamente. La gran mayoría de los genes sobre-expresados en el grupo inoculado con PCV2 estaba relacionada a la respuesta inmune. Desde el punto de vista del transcriptoma, los animales inoculados con PCV2 fueron capaces de activar la respuesta mediada por células y desarrollar anticuerpos específicos para PCV2, hechos que se asocian a la generación de una infección subclínica. Los resultados de este trabajo indicaron que la técnica de los microarrays es una herramienta útil para el estudio de la patogénesis de la infección por el PCV2. El segundo estudio fue dirigido a caracterizar los mecanismos moleculares de la respuesta inmune que tienen lugar en las fases temprana y tardía de la infección subclínica por PCV2. Los genes sub-expresados en las muestras de linfonodo mediastínico (LM) se relacionaron principalmente a la adhesión celular y migración, lo que sugiere la participación de esos genes en los procesos inflamatorios observados en la infección por PCV2. La inmunidad innata se desarrolló en la primera semana p.i. y se demostró por la sobre-expresión de varios genes estimulados por interferón (ISGs) entre las muestras de LM y de sangre total (ST) de los animales inoculados con PCV2. También se detectó un aumento en la expresión de genes relacionados con la activación linfocitaria en la primera semana p.i. en las muestras de LM de los cerdos infectados, lo que indica la activación temprana de la respuesta adaptativa. Se obtuvieron resultados similares en las fases tardías de la infección, dada la sobre-expresión de los genes que codifican para el interferón (IFN)-γ y para la inmunoglobulina (Ig)-G en el día 29 p.i en las muestras de LM. El tercer estudio consistió en investigar los cambios globales en el transcriptoma de animales naturalmente afectados por ES-PCV2 y congéneres sanos. Tras los análisis de datos, se encontraron 366 tránscritos con significativa abundancia diferencial en el grupo de animales afectados por ES-PCV2 en relación al grupo control. Los resultados de este estudio identificaron mecanismos (daño mediado por el complemento e inmunosupresión) potencialmente involucrados en la inflamación y depleción linfocitaria en tejidos linfoides, características histopatológicas claves de la ES-PCV2. / This PhD Thesis aimed to characterize the molecular mechanisms underlying the porcine circovirus type 2 (PCV2) infection using the microarray technology. This virus is the essential infectious agent of PCV2- systemic disease (SD), a multifactorial condition that mainly affects nursery and growing pigs, and is considered one of the most economically important pig diseases worldwide. Microarray technology allows simultaneous measurement of the mRNA levels of thousands of genes and have been used during recent years to examine gene expression profiles of tissues or cell lines subjected to infection, helping to unravel host–pathogen interactions relevant to pathogenesis of a variety of diseases. Therefore, this Thesis aimed to identify genes and biological processes implicated in the immune response of pigs subclinically infected by PCV2 and also of animals naturally affected by PCV2-SD. In the study of this Thesis, an exploratory work was conducted to evaluate the technical feasibility of utilizing the Affymetrix Porcine GeneChip® platform to study the global transcriptional profile of caesarean-derived, colostrum-deprived (CDCD) Duroc piglets experimentally infected with PCV2. The microarray analysis detected 25 and 33 significantly differentially expressed (DE) between control and PCV2 groups for mesenteric lymph node and lung, respectively. Most up-regulated genes in PCV2 group were closely related to the immune response. From a transcriptional point of view, PCV2-inoculated pigs were able to activate a cell-mediated response and develop PCV2-specific antibodies, which probably led to a subclinical infection. The results from this study also indicate that a microarray-based approach is a helpful tool to better understand the pathogenesis of PCV2 infection. The second study was aimed to characterize the early and late molecular events underlying the immune response taking place during a subclinical PCV2 infection. Down-regulated genes from mediatinal lymph nodes (MLN) samples were mainly related to cell adhesion and migration, suggesting the participation of these genes in the inflammatory processes (granulomatous infiltration) observed in the PCV2 infection. Innate immunity developed within the first week post-infection (p.i.) and it was demonstrated by the up-regulation of several interferon-stimulated genes (ISGs) both in MLN and whole blood (LWB) samples from PCV2-infected pigs. An increased expression of genes related to lymphocyte activation was also detected during the first week p.i. in LWB samples of infected animals, indicating an early activation of adaptive responses. Similar results were obtained at late stages of infection by the up-regulation of genes coding for interferon (IFN)-γ and the immunoglobulin (Ig)-G at 29 days p.i. in MLN samples. The aim of the third study was to investigate the global transcriptional profile of MLNs from pigs naturally affected by PCV2-SD, as well as healthy counterparts. The microarray data analysis detected 366 transcripts with significant differential abundance in the PCV2-SD group of pigs relative to healthy animals. Results from this study identified potential mechanisms (complement mediated damage and immunosuppression) underlying the inflammation and lymphocyte depletion in lymphoid tissues, which are key features of PCV2-SD.

El término diferencias individuales se refiere a las diferencias en respuestas conductuales que son consistentes a lo largo del tiempo y entre contextos. Su estudio intenta identificar estas diferencias y explicar los factores que predisponen a los individuos de una determinada especie a responder de una manera determinada. El presente trabajo tuvo como objetivos principales: caracterizar las diferencias individuales en conducta agresiva del perro mediante el cuestionario C-BARQ®; valorar el efecto de la manipulación neonatal, la edad y la camada sobre diferencias individuales en la respuesta fisiológica de estrés en cachorros; identificar diferencias individuales en la respuesta conductual de estrés en cachorros y valorar el efecto de la manipulación neonatal sobre esas diferencias y, por último, evaluar las características de la agresividad del perro hacia personas de la familia y los factores causales que podrían contribuir a las diferencias individuales en la expresión de dicha conducta. Para lograr el primer objetivo, se analizaron las correlaciones entre la conducta agresiva y otros factores del CBARQ®. Así, se sugiriere una posible relación entre la conducta agresiva hacia los propietarios y la ansiedad. Por otro lado, la conducta agresiva hacia personas desconocidas se encontró relacionada con el miedo. Además, se observó una correlación entre la conducta depredadora y la agresividad hacia personas y perros desconocidos. Para lograr el segundo y tercer objetivo, diferentes camadas de cachorros fueron sometidas a un tratamiento de manipulación durante la vida neonatal. Para evaluar posibles diferencias entre cachorros manipulados y no manipulados, se evaluó la respuesta de estrés de los cachorros mediante un test de Open Field. No se observaron diferencias entre cachorros manipulados y no manipulados en las variables fisiológicas cortisol, temperatura rectal y serotonina ni en las diferencias individuales en conducta. Sí se observaron diferencias significativas entre camadas. Además, se observó una declinación de concentración de serotonina sérica con la edad. El cuarto objetivo se logró mediante la comparación de casos clínicos de perros con agresividad hacia personas de la familia y casos control. Se observó que los perros adoptados después de las 12 semanas de vida eran menos agresivos hacia personas de la familia que los perros adoptados antes de esa edad. También se encontró que los perros cuyos dueños compartían comida de la mesa eran más agresivos. Además, se comprobó que los procesos patológicos que causan dolor no solo aumentan el riesgo de que el perro muestre comportamiento agresivo hacia sus propietarios, sino que también aumentan el riesgo de que el animal reduzca o elimine las señales de aviso antes del episodio de agresividad. / The term individual differences refers to the differences in behavioral responses that are consistent over time and between contexts. Its study attempts to identify these differences and explain the factors that predisposed the individuals of a particular species to respond in a specific way. The aims of the present work were: to identify behavioral characteristics related to aggression through a correlation analysis of the C-BARQ’s factors; to evaluate the effect of neonatal handling, the age and litter on the individual differences in the physiological response to stress in puppies; to identify individual differences in the behavioral response to stress in puppies and to evaluate and investigate the main features of cases of canine aggression towards family members in a referral practice and to determine the causal factors related to this problem. In order to reach the first objective we analyzed the correlations between the behavioural characteristics related to aggression and other C-BARQ’s factors. A possible relation between canine aggression towards the family members and anxiety was suggested. Also, aggression towards unknown people was found to be correlated to fear. In addition, we observed a correlation between predatory behavior and aggression towards unknown people and dogs. To attain the second and third objectives, we used different litters of puppies. Each puppy was randomly assigned to one of three experimental groups: control group (non-handled), handled once a day and handled three times a day. Handling was performed from the 3rd until the 21st day of life. To evaluate the possible differences between handled and non handled animals, we evaluate the stress response by means of an Open Field Test. No differences were found between handled and non handled puppies neither in the physiological variables cortisol, rectal temperature and serum serotonin nor in the behavioral variables. We did find differences between litters in the physiological variables and individual differences in behavior. Also, serum serotonin was found to decline with age. The fourth objective was achieved by comparing clinical cases of dogs presenting aggression towards family members with control cases. We found that dogs adopted after 12 weeks of age presented a lower risk of being aggressive towards household members. Being fed from the table was also considered as a potential causal factor of dogs showing aggression towards family members. In addition, we observed that dogs presenting an underlying painful condition had a higher risk of being aggressive towards family members and were more likely to be impulsive during the aggressive events.

The research developed in this thesis has been motivated by two datasets, which are introduced in Chapter 2, one concerning the mortality of calves from birth to weaning while the other refers to survival of patients diagnosed with melanoma. In both cases the percentage of censoring is high, it is very likely to have immune individuals and proper analysis accounting for the possibility of a not negligible proportion of cured individuals has to be performed. Cure models are introduced in Chapter 3 together with the available software to perform the analysis, such as SAS, R and STATA, among others. We investigate the effect that heavy censoring could have on the estimation of the regression coefficients in the Cox model via a simulation study which considers several scenarios given by different sample sizes and censoring levels, results presented in Chapter 4. An application of a mixture cure model, which includes a Cox model for the survival part and a logistic model for the cure part of patients with melanoma, is described in Chapter 5. In addition, discussions about test for sufficient follow-up and censoring levels are also presented for this data. The data analysis is carried out using the macro in SAS: PSPMCM. The results show that patients with Sentinel Lymph Node (SLN): negative status to biopsy, Clark's level of invasion I-III, Histopathological of Malignant Melanoma subtype: Superficial Spreading Melanoma (SSM), younger than 46 years, and female, are more likely to be cured, whereas patients with melanoma in head and neck, Breslow's micrometric depth = 4mm and ulceration presents, are patients with increased risk of relapse. In particular, patients with Breslow's micrometric depth = 4mm are at higher risk for death. Furthermore, since mixture cure models do not have the property of proportional hazards for the entire population, they can be extended to non-mixture cure models by means of nonlinear transformation models as defined in Tsodikov (2003). An application of the extended hazard models is presented for the mortality of calves in Chapter 6. The methodology allows to get estimates for the cure rate as well as for genetic and environmental effects for each herd. A relevant feature of the non-mixture cure models is that they model, separately, factors which could affect survival from those affecting the cure model, making the interpretation of these models relatively easy. Results are shown in section 6.3.1, and were obtained using the library NLTM of the statistical package R. The short (mortality) and long term (survivors) effects are determined for each factors, as well as its statistical significance in each herd. For example in the herd 1, we find that calving month and difficulty at birth is the set of statistically significant factors for the nonsusceptible (long-term survivors) proportion. Calves born in the period march-august have lower probability of survive than those born in September-February; and the probability of survive is much lower for those that have difficulties at calving for herd 1. For herd 7 the effect of difficulty at calving is different as for herd 1, here only is significative the category strongly assisted. Calves that born from strongly assisted calving have lower probability of survive that calves from without assistance calving. Regarding short-term (mortality) effects, we only find statistically significant predictors in herd 7 where the risk of death of calves born from older mothers, hence with a longer reproductive life, is twice the risk of death of calves born from younger mothers. The obtained results have been compared with those coming from standard survival models. It is also included, a discussion about the likely erroneous conclusions that may yield from standard models, without taking into account the cure. / La investigación desarrollada en esta tesis ha sido motivada por dos conjuntos de datos, introducidos en el capítulo 2, uno relacionado con la mortalidad de terneros desde el nacimiento hasta el destete, el otro con la supervivencia de los pacientes diagnosticados con melanoma. En ambos el porcentaje de censura es alto, la presencia de individuos inmunes es probable y un modelo que tome en cuenta esta proporción no despreciable de individuos inmunes será el más apropiado para su análisis. Los modelos de cura combinados se introducen en el capítulo 3 junto con el software disponible para realizar el análisis, tales como SAS, R y STATA, entre otros. Investigamos el efecto que una alta censura podría tener en la estimación de los coeficientes de regresión en el modelo de Cox, vía estudios de simulación para varios escenarios dado por diferentes tamaños de muestra y niveles de censura. Los resultados son presentados en el capítulo 4. La aplicación de un modelo de cura combinado, que incluye un modelo de Cox para la parte de supervivencia y un modelo logístico para la parte de cura de los pacientes con melanoma, se describe en el capítulo 5. Se presentan discusiones acerca de la prueba para el seguimiento suficiente y niveles de censura. El análisis se realiza mediante la macro de SAS: PSPMCM. Los resultados muestran que los pacientes con ganglios linfáticos Centinela (SLN): con biopsia negativa, nivel de Clark de invasión I-III, subtipo histopatológica de Melanoma maligno: con extensión superficial (SSM), menores de 46 años y mujer, tienen más probabilidades de ser curados, mientras que pacientes con melanoma en cabeza o cuello, Breslow micrométrico mayor o igual a 4mm de profundidad y ulceración presente, son pacientes con mayor riesgo de recaída. En particular, pacientes con Breslow micrométrico mayor o igual 4mm de profundidad están en riesgo de muerte. Por otra parte, como los modelos de cura combinados no tienen la propiedad de riesgos proporcionales para la población, estos pueden ser extendidos a modelos de cura no combinados via modelos de transformación no lineal definidos en Tsodikov (2003). Se presenta aplicación de los modelos de riesgo extendido para los datos de mortalidad de terneros en el capítulo 6. La metodología permite obtener estimaciones de la proporción de cura, así como los efectos de los factores genéticos y ambientales para cada rebaño. Una característica relevante de los modelos de cura no combinados es que modelan por separado, los factores que podrían afectar la supervivencia de aquellos que afectan el modelo de cura, y la interpretación es relativamente fácil. Los resultados se muestran en la sección 6.3.1 y se obtuvieron utilizando la librería NLTM del paquete estadístico R. Los efectos a corto plazo (mortalidad) y a largo plazo (sobrevivientes) son determinados para cada factor, así como su significación estadística en cada rebaño. Por ejemplo en el rebaño 1, encontramos que el mes del parto y la dificultad al nacer son estadísticamente significativos para la proporción no susceptible (sobrevivientes a largo plazo). Terneros nacidos en el periodo Marzo-Agosto tienen baja probabilidad de sobrevivir que aquellos nacidos en septiembre y febrero; y la probabilidad de sobrevivir es mucho menor para aquellos que tienen dificultades en el parto. Para el rebaño 7 el efecto de la dificultad al parto es diferente al rebaño 1, sólo es significativa la categoría fuertemente asistida. Los terneros de partos fuertemente asistidos tienen menor probabilidad de sobrevivir que aquellos sin asistencia. Respecto a los efectos a corto plazo (mortalidad), sólo encontramos predictores estadísticamente significativos en el rebaño 7 donde el riesgo de muerte de los nacidos de madres con una larga vida reproductiva, están al doble del riesgo de muerte que los nacidos de madres más jóvenes. Se incluye una discusión sobre las conclusiones erróneas que pueden obtenerse de los modelos estándar sino se toma en cuenta la cura.

La febre Q és una zoonosis re-emergent endèmica mundialment, causada per Coxiella burnetii, un bacil Gram negatiu intracel.lular. Els remugants domèstics són el reservori principal per als humans. La infecció és principalment asimtomàtica en boví, però se l’ha relacionat amb desordres reproductius. L’objectiu d’aquesta tesis ha estat proporcionar informació per millorar el seu control a les explotacions bovines. S’han estudiat la serologia, els patrons d’excreció de C. burnetii i la seua relació amb el rendiment reproductiu de les vaques lleteres. A més, s’ha evaluat la bioseguretat d’una vacuna inactivada contra C. burnetii fase I aplicada en vaques gestants i la seua capacitat per millorar el rendiment reproductiu. Les conclusions són que no s’han detectat anticossos precalostrals en vedells de mares infectades, l’excreció i la seropositivitat no es relacionen negativament amb el rendiment reproductiu i que la vacunació de vaques en gestació avançada no redueix l’excreció però millora el rendiment reproductiu. / La fiebre Q es una zoonosis re-emergente endémica mundialmente, causada por Coxiella burnetii, un bacilo Gram negativo intracelular. Los rumiantes domésticos son el reservorio principal para los humanos. La infección es principalmente asintomática en bovino, pero se la ha relacionado con desórdenes reproductivos. El objetivo de esta tesis fue proporcionar información para mejorar su control en las explotaciones bovinas. Se estudiaron la serología, los patrones de excreción de C. burnetii y su relación con el rendimiento reproductivo de las vacas lecheras. Además, se evaluó la bioseguridad de una vacuna inactivada contra C. burnetii fase I aplicada en vacas gestantes y su capacidad para mejorar el rendimiento reproductivo. Las conclusiones son que no se detectaron anticuerpos precalostrales en terneros de madres infectadas, excreción y seropositividad no se relacionaron negativamente con el rendimiento reproductivo y que la vacunación de vacas en gestación avanzada no reduce la excreción pero mejora el rendimiento reproductivo. / Q fever is a worldwide re-emerging zoonosis caused by an intracellular Gram negative bacillus, Coxiella burnetti. Domestic ruminants are the main reservoir to humans. Despite the infection is mainly asymptomatic in cattle, is has been linked with reproductive disorders. Therefore, the aim of this thesis was to provide information about C. burnetii infection to improve its control in dairy herds. A study of serological profiles, shedding patterns and its relationship with reproductive performance has been performed. In addition, a C. burnetii inactivated phase I vaccine has been tested evaluating the biosafety for use in pregnant cows and in assessing its ability to improve reproductive performance in dairy herds. The results indicate no detectable precolostral antibody response in calves born from infected dams, seropositivity and shedding are not related to reproductive disorders and vaccination of advanced pregnant cows was not able to reduce bacterial shedding but improves reproductive performance.

El burro catalán es una raza en peligro de extinción. Las biotecnologías reproductivas son una herramienta estratégica para la conservación de recursos genéticos de especies amenazadas, pero el éxito de su aplicación ha sido limitado por la falta de estudios básicos sobre los aspectos reproductivos y la ausencia de protocolos estandarizados para estas especies. La fertilidad del semen congelado tras la inseminacion artificial en burros es muy escasa, aún cuando las características de calidad del semen a la descongelación han demostrado ser adecuadas. Esta tesis doctoral tuvo como objetivo evaluar la respuesta inflamatoria del endometrio de la burra tras la IA con semen congelado/descongelado. En el primer trabajo se determinaron las características del endometrio de la burra en celo, post-IA con semen congelado/descongelado y se evaluó el efecto del ketoprofen como tratamiento anti-inflamatorio durante el protocolo de inseminación. Se encontraron diferencias histológicas del endometrio de la burra con respecto a la yegua, como la presencia de eosinófilos en todos los grupos experimentales sin relación con otros cambios inflamatorios o degenerativos; concluyendo que estas células parecen ser una característica normal del endometrio de la burra sana. El ketoprofen presentó una eliminación rápida y escasa distribución aparente. Su mecanismo de acción sobre endometrio inflamado de la burra fue la inhibición de la expresión de ciclooxigenasa-2 (COX-2) principalmente en el estrato compacto, sin influir sobre la cantidad de neutrófilos polimorfonucleares (PMN) producidos tras la IA. En el segundo estudio se evaluó el efecto in Vitro del plasma seminal (PS) sobre los espermatozoides y los PMN endometriales. Se incubaron secreciones uterinas obtenidas a las 6 h de IA con semen congelado; con muestras de semen fresco, fresco diluido y congelado durante 4 h. La presencia de PS en el semen fresco y diluido moduló la respuesta inflamatoria, observando una menor cantidad de complejos PMN-espermatozoides, con liberación de algunos espermatozoides atrapados y además se mantuvieron por un mayor tiempo las características iniciales de motilidad del semen comparado con el semen congelado. Finalmente, se determinó el efecto in Vivo del PS sobre el endometrio de la burra post-IA con semen congelado/descongelado. La administración intrauterina de PS autólogo inmediatamente después de la IA, inhibió significativamente la expresión de COX-2 tanto en la capa luminal como en el estrato compacto hasta el punto en que no se encontraron diferencias con las muestras del endometrio no inflamado en estro (control). El PS no influyó sobre el número de PMN producidos por la inseminación artificial pero la expresión de COX-2 se correlacionó con el número de PMN de citologías y biopsias, por tanto, la quimiotáxis de PMN pudo haber sido reducida por esta vía. En conclusión, la burra sana parece ser más susceptible que la yegua a desarrollar endometritis tras la inseminación con semen congelado, posiblemente debido a las diferencias tanto histológicas como anatómicas de su tracto reproductivo. También existen diferencias en la disposición farmacológica del ketoprofen en el burro. Estos aspectos, así como el papel modulador tanto in Vitro como in Vivo del PS observado en las interacciones PMN-espermatozoides en el burro catalán, deben seguir siendo investigados para la optimización del protocolo de IA con semen congelado en burros, con el fin de mejorar los resultados de fertilidad de esta tecnología reproductiva. / The Catalan donkey is an endangered breed. Reproductive technologies constitute a strategic tool for the conservation and maintenance of the genetic resources of endangered populations but their successful application has been limited by scarcity of basic studies in reproduction and absence of standardized protocols. Fertility rates achieved by artificial insemination (AI) with frozen semen in donkeys are disappointingly low, despite the apparently adequate quality of the thawed semen. Nevertheless, fertility is not only dependent on the male, but also on the female reproductive physiology. Hence, the aim of this doctoral thesis was to evaluate the endometrial inflammatory response after insemination with frozen/thawed semen in the Jenny, with a view to help enhance fertility rates with frozen semen in donkeys. In the first study, the endometrial characteristics of the Jenny were evaluated in estrous (control), both after-AI with frozen/thawed semen and after-AI with ketoprofen administered as anti-inflammatory treatment. In contrast to mare, the presence of eosinophils in all experimental groups without any relation to other inflammatory or degenerative changes indicated that they could be a normal feature of a healthy Jenny endometrium. On the other hand, ketoprofen was rapidly eliminated of blood and had a poor apparent tissular distribution. Its mechanism of action in the inflamed endometrium was cyclooxigenase-2 (COX-2) inhibition, which was observed mainly in the stratum compactum, and had no effect on the number of polimorphonuclear neutrophils (PMN) produced after-AI. In the second study, the in Vitro effect of seminal plasma (SP) over sperm and endometrial PMN was determined. Uterine secretions obtained 6 h after-AI were incubated with samples of fresh pure, fresh diluted and frozen/thawed donkey semen during 4 h. Frozen semen showed a major lost of progressive motility and more number of PMN-sperm aggregates than fresh pure and fresh diluted semen where SP was present. Thus, a modulating effect of SP on endometrial inflammation over PMN and sperm was observed in Vitro. Finally, the in Vivo effect of SP in the Jenny endometrium after-AI with frozen/thawed semen was determined. Intrauterine administration of pre-warmed autologous SP immediately after-AI, inhibited COX-2 expression both in the luminal epithelium and stratum compactum at 6 h of insemination, to the point that there were no differences with the non-inflamed endometrium in estrous (control). The number of PMN produced 6 h after-AI was not affected by SP but COX-2 expression was correlated with PMN observed both in cytology and biopsies, so, PMN chemotaxis might actually have been reduced by this via. In conclusion, it seems that healthy Jenny is more susceptible than healthy mare to develop endometritis by AI with frozen semen, ostensibly, due to histological, physiological and anatomical differences in the reproductive tract. There are also pharmacologic differences on drug disposition (ketoprofen) in donkeys. These aspects, as well as the in Vitro and in Vivo modulator effects of SP over the PMN-sperm interactions observed in the Catalan donkey, should be further studied to optimize the insemination protocol with frozen semen in donkeys and improve the fertility rates of this reproductive technology.

Es tracten per alta pressió isostàtica carn recuperada mecànicament d'aviram i salsitxes que contenen aquesta carn, per millorar-ne la qualitat microbiològica i, així, poder-ne augmentar la seguretat i allargar la vida útil en refrigeració.S'apliquen diverses combinacions de pressió (de 300 a 500 MPa), temps (de 5 a 45 min, de manera continua i cíclica) i temperatura (de 2 a 80 ºC), procurant que les condicions de tractament produeixin uns canvis fisicoquímics i sensorials adequats. En alguns experiments, també s'aplica un tractament convencional per calor per poder establir comparacions.La combinació de pressió a 2 ºC amb nisina té un efecte bactericida sinèrgic en la carn recuperada mecànicament d'aviram, sobretot si aquesta s'acidifica lleugerament amb glucono-delta-lactona: es redueixen de manera considerable els recomptes de mesòfils i psicròtrofs i es prolonga la vida útil en refrigeració d'aquesta carn envasada al buit.El tractament per alta pressió és molt efectiu per inactivar recomptes alts de Listeria inoculada en carn recuperada mecànicament d'aviram i mantenir baixos els de cèl·lules supervivents durant l'emmagatzematge al buit en refrigeració.No s'observa un efecte baroprotector del greix sobre la microbiota de la carn recuperada mecànicament d'aviram. La inactivació bacteriana per pressió sembla que es veu més influïda per l'estructura alimentària globalment que no pas pel contingut en alguns components de l'aliment en particular.L'alta pressió aplicada a temperatures de 50 a 75 ºC permet obtenir salsitxes cuites de carn recuperada mecànicament d'aviram amb millor textura i aspecte que els de les cuites de manera convencional. La incorporació de certa quantitat de carn picada de porc també millora aquestes propietats.En salsitxes cuites envasades al buit, el dany subletal provocat per pressió a 65 ºC sobre les cèl·lules bacterianes dura menys que el causat per calor. Així, si en el cas de les salsitxes tractades per alta pressió es trenca la cadena del fred, la càrrega microbiana pot augmentar considerablement.L'efecte bactericida assolit en aquestes salsitxes amb els tractaments per pressió i per calor és similar: s'inactiven importants poblacions de bacteris patògens i causants de deteriorament (mesòfils, psicròtrofs, acidolàctics, enterobacteris, microbiota Baird-Parker i Listeria), la qual cosa dóna lloc a un producte segur i de llarga conservació en refrigeració.Les aplicacions més profitoses de l'alta pressió a les indústries càrnia i avícola són a temperatura moderada: d'una banda, l'elaboració de productes cuits i, de l'altra, el tractament de productes prèviament cuits que han estat manipulats (i, per tant, recontaminats) abans del seu envasament al buit. D'aquesta manera, s'obté un aliment que en refrigeració presenta una qualitat microbiològica òptima.

El potencial de desarrollo de los embriones producidos in vitro es afectado negativamente por un lado, a defectos en las cualidades intrínsecas de los ovocitos y por el otro, a las condiciones del medio de maduración in vitro. Así, el éxito de la maduración in vitro depende de la integridad de los factores intrínsecos en la maduración y la vitalidad nuclear y citoplasmática de los ovocitos, también a la adecuada combinación de los componentes empleados en el medio de maduración. En este sentido, el objetivo de esta tesis consistió en analizar la influencia de distintos componentes añadidos durante la maduración in vitro sobre la calidad del ovocito y el potencial de desarrollo del embrión, con la finalidad de mejorar el rendimiento en la producción in vitro de embriones de terneras prepúberes. En el primer trabajo, se evaluó los efectos de la adición del complejo Insulina-Transferrina-Selenio y Ácido ascórbico al medio de maduración in vitro de ovocitos de ternera prepúberes, ya que tienen un papel muy importante frente al estrés oxidativo producido en condiciones in vitro. Los resultados demostraron una mejora del potencial de desarrollo de aquellos ovocitos que fueron madurados solamente las primeras 12 horas en presencia de ITS y Ácido Ascórbico y las 12 horas restantes en un medio convencional, donde además se reveló una relación positiva entre el incremento del nivel de expresión de la ciclina B1, la distribución de los gránulos corticales hacia la periferia y la mayor tasa de blastocistos. En el segundo trabajo se analizó si la adición de leptina en distintas concentraciones incrementaba la tasa de blastocistos, porcentaje de apoptosis de las células del cúmulus y el nivel de transcripción de genes involucrados con la apoptosis y la competencia del ovocito. Los resultados indicaron que la adición de la leptina en los medios de maduración in vitro no incrementó el potencial de desarrollo embrionario, ni disminuyó los niveles de apoptosis en las células del cúmulus, existiendo un incremento en los niveles de apoptosis a mayor dosis de leptina. Por otro lado, las distintas concentraciones de leptina durante la maduración in vitro ocasionaron un bloqueo en la transcripción del receptor de la leptina (LEPR). En el tercer trabajo se propuso analizar durante la maduración in vitro la inhibición de una cisteína proteasa lisosomal, utilizando E-64 que es un inhibidor de la Catepsina B. Los resultados demostraron que la inhibición de la Catepsina B no incrementó el potencial de desarrollo embrionario, ni la calidad del embrión, incrementó los niveles de apoptosis en las células del cúmulus y la expresión de la proteína Catepsina B. Finalmente, la diferentes concentraciones de E-64 durante la maduración in vitro no produjo un efecto inhibitorio de la Catepsina B, probablemente relacionados a una degradación por aumento del estrés y el efecto tóxico de las altas concentraciones. En conclusión, nuestros estudios indican que la adición de moléculas como la leptina o E-64 durante la maduración in vitro de ovocitos de ternera prepúberes no mejora su capacidad intrínseca para el desarrollo embrionario. En cambio, los resultados obtenidos indican que es posible incrementar el porcentaje de blastocistos obtenido mediante la adición del complejo Insulina-Transferrina-Selenio y ácido ascórbico al medio durante las 12 primeras horas de maduración. / The development potential of embryos produced in vitro is adversely affected by one hand, defects in the intrinsic qualities of the oocyte and the other to the conditions of in vitro maturation medium. Thus, the success of in vitro maturation depends on the integrity and vitality of the intrinsic factors in the maturation nuclear and cytoplasmic of oocytes, also the right combination of components used in the maturation medium. In this sense, the objective of this thesis was to analyze the influence of different components added during in vitro maturation on oocyte quality and potential of embryo development, in order to improve performance in the in vitro production of embryos prepubertal calves. In the first study, we evaluated the effects of adding Insulin-Transferrin-Selenium and ascorbic acid in vitro maturation medium of oocytes from prepubertal calf, as they have an important role against oxidative stress in vitro. The results showed an improvement of the development potential of those oocytes that were matured only the first 12 hours in the presence of ITS and ascorbic acid and the remaining 12 hours in a conventional medium, where they also found a positive relationship between increased expression level of cyclin B1, the distribution of cortical granules to the periphery and the highest rate of blastocyst. In the second paper examined whether the addition of leptin at different concentrations increased the blastocyst rate, percentage of apoptotic cumulus cells and the level of transcription of genes involved with apoptosis and competence of the oocyte. The results indicated that the addition of leptin in vitro maturation media did not increase the potential of embryonic development, or decreased levels of apoptosis in cumulus cells, there an increase in levels of apoptosis at higher doses of leptin. On the other hand, different concentrations of leptin during maturation in vitro caused a blockage in the transcription of the leptin receptor (LEPR). In the third study was undertaken to analyze during maturation in vitro inhibition of a cysteine protease lysosomal using E-64 is an inhibitor of cathepsin B. The results showed that inhibition of cathepsin B did not increase the potential of embryonic development or embryo quality, increased levels of apoptosis in cumulus cells and the expression of cathepsin B protein. Finally, different concentrations of E-64 during in vitro maturation produced no inhibitory effect on cathepsin B, probably related to degradation by increased stress and the toxic effect of high concentrations. In conclusion, our studies indicate that the addition of molecules such as leptin or E-64 during in vitro maturation of oocytes from prepubertal calf does not improve its intrinsic ability to embryonic development. Instead, the results indicate that it is possible to increase the percentage of blastocysts obtained by adding the complex insulin-transferrin-selenium and ascorbic acid to the medium during the first 12 hours of maturation.

Para los programas de mejora genética en el sector ovino, resulta imprescindible definir y evaluar los caracteres biológicos con relevancia económica en la producción. La raza ovina Ripollesa es autóctona de España y se localiza principalmente en el nordeste de Cataluña, explotada bajo sistemas semi-extensivos de producción y actualmente destinada a producción de carne. La caracterización morfológica de la raza Ripollesa se realizó a partir del estudio de 8 rebaños. Se diferenciaron 4 subpoblaciones con implicaciones relevantes a ser tomadas en cuenta en el programa de conservación de la raza. Las diferencias observadas pueden atribuirse a la localización geográfica, historia selectiva, manejo del rebaño, y genética. Los índices zoométricos clasifican a la raza de tamaño medio y longilínea, con orientación a la producción de carne y clara adaptación al ambiente. En los rebaños ovinos, la correcta identificación de los progenitores presenta a menudo problemas debidos a la presencia de varios candidatos posibles tanto por vía paterna como materna. Este fenómeno conlleva a un porcentaje moderado a bajo de corderos con pedigrí incompleto, con la subsecuente pérdida de información. Para identificar la madre del cordero abandonado, se adaptó un modelo Bayesiano integrando fuentes de información tanto genéticas como medioambientales sobre los datos fenotípicos, modelando a la oveja desconocida como un parámetro adicional. Se evaluó el rendimiento del modelo utilizando datos de simulación y asumiendo siete escenarios diferentes en donde de uno a cuatro corderos abandonados eran asignados a dos ovejas candidatas. La media general de la probabilidad de asignación materna correcta fue 0,59. Cualquier inferencia en maternidades desconocidas podría reducir los costes económicos de genotipado, permitiendo centrarse en aquellos corderos con mayor probabilidad de ser descendientes de ovejas de elite. La preocupación e importancia que ha tomado la composición de los alimentos y su relación con la salud humana durante las últimas décadas ha sido un punto clave para la industria ovina actual. Las técnicas de ultrasonido a tiempo real resultan de gran utilidad para predecir las características de la canal en el animal vivo de manera no invasiva. Con el objetivo de evaluar la precisión de las medidas de ultrasonido para predecir las características de la canal, se tomaron imágenes de ultrasonido en corderos pascuales, transversal y longitudinalmente a la columna vertebral, y a nivel torácico y lumbar. Las medidas de ultrasonido transversales en ambos niveles pueden ser una herramienta útil para predecir las características de la canal en corderos ligeros, dotando información relevante para productores de corderos ligeros a nivel mundial, y sobre todo en la zona del Mediterráneo en donde este tipo de sistemas de producción contribuyen con un porcentaje importante a la industria ovina. La carne de cordero es una fuente importante de diferentes ácidos grasos con numerosos beneficios a la salud para el consumidor. Con el objetivo de caracterizar caracteres de la canal y de la carne en corderos pascuales de raza Lacaune, Ripollesa y Lacaune×Ripollesa, se utilizaron medidas de ultrasonido y directamente sobre la canal y análisis de laboratorio de las muestras de carne. Las medias de las medidas de ultrasonidos y canal no difirieron significativamente entre razas y los coeficientes de correlación fueron significativos. El rendimiento a la canal fue mejor en Lacaune seguido de la Ripollesa. Los ácidos grasos (FA) mayormente representados fueron: oléico, palmítico y esteárico. Diferencias entre razas para los porcentajes de FA saturados (SFA), monoinsaturados y poliinsaturados (PUFA) fueron encontradas. En cuanto a la proporciones de valores nutricionales, solo se encontraron diferencias para la proporción PUFA/SFA. Toda esta información es esencial para productores de cordero ligero, un producto ganadero que tiene una alta demanda en el mercado Mediterráneo. / To be able to implement genetic selection programs in meat-producing sheep breeds, is essential define and evaluate biological traits with economic importance in the production. The Ripollesa sheep breed is an important Spanish local breed mainly located in the Mediterranean mountains and cultivated plains of Catalonia, exploited under semi-extensive production systems and currently intended for meat production. The morphologic characterization of the Ripollesa breed was carried out from the study of 8 flocks representative of different subpopulations. They were differentiated four subpopulations with relevant implications to be taken into account for the breed conservation program. The observed differences could be attributable to geographic location, selective history, flock management, and genetics. The estimated zootechnical indexes classified the Ripollesa sheep breed as a medium-sized and long-shaped body frame, with a marked orientation to meat production and with signs of adaptation to the environment. In sheep flocks, lamb’s parents can be misidentified or confounded due to the plausibility of two or more potential sires or dams. This phenomenon leads to a moderate-to-low percentage of lambs with missing pedigrees, with the subsequent loss of information for the corresponding animal breeding programs and selection schemes. To ascertain the dam of abandoned lambs we adapted a Bayesian model by integrating both genetic and environmental sources of information from phenotypic data and modeling the uncertain dam as an additional unknown parameter. The model performance was evaluated by using simulation data and by assuming seven different scenarios where one to four abandoned lambs had to be assigned to two candidate ewes. The overall average probability of assignment to the right dam was 0.59. Any inference on uncertain dams would reduce further economic costs by allowing to focus genotyping efforts on those lambs with higher probabilities to be offspring from elite ewes. Concern about meat composition and its relationship with human health has increased during the last few decades has been a key point for the actual sheep farming industry. Real-time ultrasound techniques are of great utility to predict carcass characteristics in the live animal in a non-invasive way. With the aim to assess the accuracy of the ultrasound measurements for predicting carcass traits, ultrasound images were taken in ‘pascual’-type lambs, transversal and longitudinal to the vertebral column, and at thoracic and lumbar locations. transversal ultrasound measurements at both thoracic and lumbar levels could be a useful tool for predicting carcass traits in light lambs, contributing with relevant information for light lamb producers worldwide, with a special emphasis in the Mediterranean basin where this kind of production system accounts for an outstanding percentage of the sheep industry. Lamb meat is an important source of different fatty acids with numerous health benefits for the consumer. With the aim of characterize carcass and meat traits in Lacaune, Ripollesa and Lacaune×Ripollesa ‘pascual’-type lambs ultrasound and direct measurements on carcasses were used and laboratory analyses on meat samples. They were not found significant differences between breeds for ultrasound and carcass measures. Carcass yield was better for Lacaune followed by Ripollesa. The meat fatty acid (FA) mostly represented in muscular tissue under examination were: oleic, palmitic and stearic. Differences between breeds for saturated (SFA), monounsaturated and polyunsaturated FA (PUFA) proportions were found. Differences for nutritional ratios were only found for PUFA/SFA ratio. All of this information becomes essential for light lamb producers, a livestock product that has high market demand in the Mediterranean basin.