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Insights into the diversity of exoplanet atmospheres in the Era of JWST

Radica, Michael 07 1900 (has links)
De la religion à la science, la quête de compréhension de notre place dans l’univers est l’un des moteurs fondamentaux du progrès humain. Depuis la découverte de la première exoplanète autour d’une étoile de la séquence principale au milieu des années 1990, le nombre de systèmes exoplanétaires a explosé pour atteindre plusieurs milliers. Nous avons même réalisé des études approfondies des atmosphères de nombreux mondes lointains, ce qui nous a permis de découvrir la diversité, jusqu’alors insondable, des planètes qui existent dans la galaxie. Pour comprendre la place de notre propre système solaire dans le contexte de la population plus large des exoplanètes, il est d’abord essentiel de comprendre la diversité des exoplanètes elles- mêmes. La spectroscopie spatiale à basse résolution a toujours été l’outil de choix pour sonder les atmosphères des exoplanètes et comprendre la physique et la chimie qui régissent leur formation et leur évolution. Au cours des deux ans et demi qui ont suivi son lancement, j’ai contribué aux études des atmosphères d’exoplanètes avec JWST couvrant tout l’espace des paramètres de la population des exoplanètes. Cette thèse contient quatre de ces études, y compris certaines des toutes premières observations d’exoplanètes avec le «Near Infrared Imager and Slitless Spectrograph» (NIRISS) du JWST. Dans le premier travail, j’ai conçu et testé une méthode pour estimer la «fonction d’étalement de point» (PSF) bidimensionnelle d’une observation avec le mode SOSS (Single Object Slitless Spectroscopy) du NIRISS, qui est l’un des principaux modes d’observation des exoplanètes du JWST. Ces PSFs sont une donée critique pour une méthode d’extraction spectrale spécialisée conçue pour traiter les défis techniques spécifiques posés par les observations SOSS. Nous démontrons ensuite que ces PSF empiriques permettent d’obtenir des spectres d’atmosphère plus fidèles que les modèles par défaut. Dans le second projet, nous présentons l’une des toutes premières observations d’exoplanètes avec JWST NIRISS/SOSS. Ces observations du transit de l’exoplanète WASP-96 b, qui est une Saturne-chaude, montrent des signatures claires de l’absorption de H2O et de K à des abondances à peu près solaires. De plus, nous détectons une pente vers les longueurs d’onde les plus bleues de notre spectre, qui pourrait s’expliquer soit par la diffusion Rayleigh de petites particules d’aérosols, soit par les ailes élargies par la pression de l’élément Na. La possibilité de la diffusion d’aérosols est particulièrement intrigante car les observations précédentes avec Hubble, entre autres, ont conclu v que la haute atmosphère de WASP-96 b n’avait pas d’aérosols, malgré les travaux théoriques indiquant qu’elle devrait être uniformément nuageuse. Le troisième travail présente un spectre de transmission JWST NIRISS/SOSS de l’unique planète ultra-chaude LTT 9779 b; la seule planète connue dans le désert de Neptunes chaudes à avoir conservé une atmosphère primordiale. Notre spectre présente des caractéristiques atténuées qui, combinées à la structure intérieure et aux modèles de synthèse de population, nous permettent de conclure que la planète possède une atmosphère au terminateur qui est nuageuse et de haute métallicité. Un scénario de haute métallicité est cohérent avec les tendances générales dans la population des exoplanètes, ainsi que dans le système solaire. De plus, s’ils sont advectés sur le côté jour, les nuages du terminateur que nous trouvons fournissent une explication naturelle à l’albédo élevé précédemment déduit pour cette planète. Nous supposons que ces nuages peuvent faire partie d’une boucle de rétroaction positive qui sert à diminuer l’efficacité de la perte d’atmosphère sous le rayonnement intense de son étoile hôte, et à aider la survie de LTT 9779 b dans le désert de Neptunes chaudes. Enfin, nous revenons à LTT 9779 b avec l’étude d’un spectre d’éclipse qui s’étend de l’ultraviolet à l’infrarouge. En combinant les éclipses de NIRISS/SOSS avec des données d’archives ainsi que des observations inédites utilisant les capacités ultraviolettes de Hubble, nous concluons que l’albédo élevé de LTT 9779 b est probablement dû à la réflexion des nuages de MgSiO3 et confirmons que sa structure de température du côté jour n’est pas inversée. Nous entreprenons ensuite une analyse comparative de LTT 9779 b dans le contexte plus large des Jupiters ultra-chaudes, qui ont des températures comparables à LTT 9779 b mais des côtés jours systématiquement dépourvus de nuages et des structures de température inversées. De cette manière nous faisons les premiers pas pour réconcilier cette planète inhabituelle avec la population plus large des mondes ultra-chauds. Ces travaux, ainsi que les ∼20 autres auxquels j’ai contribué au cours de mon doctorat, dé- montrent les capacités inégalées du JWST pour la caractérisation des atmosphères des exoplanètes. Chaque nouvelle observation nous rapproche un peu plus de la découverte des origines de la di- versité de la population des exoplanètes, ainsi que des différences et similitudes fondamentales entre les différentes «classes» de planètes. Cette thèse met en lumière les contributions que j’ai apportées à cette entreprise au cours de mon doctorat. Le JWST a sans aucun doute fait passer de nombreuses régions de la population des exoplanètes du statut de frontières ambitieuses à celui de véritables cibles d’observation et, par conséquent, la prochaine décennie sera certainement l’une des plus transformatrices de l’histoire de la science exoplanétaire. / From religion to science, the quest to understand our place in the universe is one of the fundamental drivers of human progress. Since the discovery of the first exoplanet around a main sequence star in the mid-1990s, our current count of exoplanetary systems has exploded to several thousands. We have even performed in-depth studies of the atmospheres of many distant worlds, yielding insights into the previously unfathomable diversity of planets that exist in the galaxy. In order to understand our own solar system’s place in the context of the wider population of exoplanets, it is first essential to understand the diversity of exoplanets themselves. Low-resolution spectroscopy from space has historically been the tool of choice to probe exoplanet atmospheres and gain insights into the physics and chemistry that govern their formation and evolution. In the nearly two and a half years since its launch, I have contributed to JWST atmosphere studies spanning the full parameter space of the exoplanet population. This thesis contains four of these studies, including some of the very first exoplanet observations with JWST’s Near Infrared Imager and Slitless Spectrograph (NIRISS). In the first work, I designed and tested a method to estimate the two-dimensional point spread function (PSF) of an observation with NIRISS’s Single Object Slitless Spectroscopy (SOSS) mode, which is one of the key observing modes for JWST exoplanet observations. These PSFs are a critical input to a specialized spectral extraction method designed to deal with specific technical challenges posed by SOSS observations. We then demonstrate that these empirical PSFs result in higher-fidelity atmosphere spectra than default models. The second project presents one of the first-ever exoplanet observations with JWST NIRISS/SOSS. These transit observations of the hot-Saturn exoplanet WASP-96 b show clear signatures due to absorption of H2O and K at roughly solar abundances. Moreover, we detect a slope towards the bluest wavelengths of our spectrum, which could either be explained by Rayleigh scattering from small aerosol particles or the pressure-broadened wings of a Na feature. The aerosol scattering possibility is particularly intriguing as previous observations with Hubble and ground-based facilities have concluded WASP-96 b’s upper atmosphere to be aerosol free, despite theoretical work indicating that it should be uniformly cloudy. The third work presents a JWST NIRISS/SOSS transmission spectrum of the unique ultra-hot- Neptune LTT 9779 b; the only known planet within the hot-Neptune desert to have retained a primordial atmosphere. Our spectrum displays muted features which, when combined with interior vii structure and population synthesis models, allows us to conclude that the planet has a cloudy and high-metallicity terminator atmosphere. A high-metallicity scenario is consistent with broader trends in the exoplanet population, as well as in the solar system. Moreover, if advected onto the dayside, the terminator clouds that we find provide a natural explanation for the high albedo previously inferred for this planet. We posit that these clouds may be part of a positive feedback loop which serves to decrease the efficiency of atmosphere loss under the intense radiation of its host star, and aid LTT 9779 b’s survival in the hot-Neptune desert. Finally, we return to LTT 9779 b with the study of an ultraviolet-to-infrared eclipse spectrum. Combining eclipses from NIRISS/SOSS with archival data as well as previously unpublished observations leveraging Hubble’s ultraviolet capabilities, we conclude that the high albedo of LTT 9779 b is likely caused by reflection from MgSiO3 clouds and confirm that its dayside temperature structure is non-inverted. We then undertake a comparative analysis of LTT 9779 b within the broader context of ultra-hot-Jupiters; which have comparable temperatures to LTT 9779 b but systematically cloud-free daysides and inverted temperature structures — thereby taking the first steps to reconcile this unusual planet with the broader population of ultra-hot worlds. These works, as well as the ∼20 others to which I have contributed over the course of my PhD, demonstrate the unparalleled capabilities of JWST for the characterization of exoplanet atmospheres. Every new observation brings us one step closer to uncovering the origins of the diversity of the exoplanet population, as well as the fundamental differences and similarities between different “classes” of planets. This thesis highlights the contributions I have made to this endeavour during my PhD. JWST has undoubtedly moved many regions of the exoplanet population from aspirational frontiers to genuine observational targets, and as a result, the next decade will surely be one of the most transformative in the history of exoplanetary science.
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(Se) représenter les barrages : (a)ménagement, concessions et controverses / Representations of dams : infrastructures, concessions and controversies

Flaminio, Silvia 30 November 2018 (has links)
Cette thèse a pour objectif d’étudier les représentations et les récits liés aux aménagements controversés que peuvent être les barrages hydrauliques. Si la fonction symbolique des barrages a souvent été soulignée par la littérature scientifique, peu de travaux sont réellement consacrés à leurs représentations et à leurs trajectoires spatiales et temporelles. En s’inspirant d'études issues de la géographie sociale et culturelle sur les représentations et de la political ecology sur les discours, la thèse confronte différentes sources (presse, entretiens et archives), terrains (France et Australie) et approches méthodologiques (quantitatives et qualitatives) pour retracer l’évolution discursive des infrastructures hydrauliques. Les points de vue de différents acteurs sont aussi considérés: les habitants, les ingénieurs et les institutions hydrauliques, les opposants aux barrages, les administrations en charge de la protection de la nature ou encore les scientifiques qui produisent des connaissances sur l’environnement. D'un point de vue méthodologique, la thèse révèle les biais de certains matériaux et souligne l'intérêt de poursuivre leur croisement. Les résultats montrent l’évolution de waterscapes, d’espaces et de cycles hydrosociaux, par exemple les concessions progressives faites aux environnementalistes aux dépens des hydrocraties ; ils mettent aussi en avant, plus généralement, la production et la circulation de discours, notamment à l’occasion de conflits et de controverses, qui conduisent au délitement du discours prométhéen sur la nature et à la diffusion de représentations concurrentes de l'environnement. / The aim of this PhD thesis is to study representations and narratives on dams, which are often controversial infrastructures. If the symbolic role of dams has been underlined in the literature, few studies actually focus on the perception of dams and their spatial and temporal trajectories. Building on the literature of social and cultural geography on representation, and the writings of political ecology on discourse, this thesis confronts different sources (newspapers, interviews and archives), study areas (in France and Australia) and methodological approaches (quantitative and qualitative) in order to follow the discursive evolution of hydraulic infrastructure. The points of view of various stakeholders are also considered: inhabitants, engineers and hydraulic institutions, opponents to dams, administrations in charge of nature protection and scientists who produce environmental knowledge. From a methodologicial perspective, the dissertation highlights the limits of certain material and illustrates the necessity to consider different sources in parallel. The results show the evolution of waterscapes, hydrosocial spaces and cycles---the gradual concessions made to environmentalists at the expense of hydraulic bureaucracies---but they also illustrate, on a broader perspective, the production and the flow of discourses on the environment---the disaggregation of a Promethean discourse on nature and the multiplication of different and sometimes opposing representations of the environment---particularly during conflicts and controversies.
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Analyse des données et étude systématique de la réponse des détecteurs dans le cadre du projet PICASSO

Giroux, Guillaume January 2008 (has links)
Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.
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Nouvelles limites sur la détection directe de la matière sombre avec l’expérience PICASSO

Piro, Marie-Cécile 06 1900 (has links)
Les observations astronomiques et cosmologiques suggèrent fortement la présence d’une matière exotique, non-relativiste et non-baryonique qui représenterait 26% du contenu de masse-énergie de l’Univers actuel. Cette matière dite sombre et froide serait compo- sée de particules neutres, massives et interagissant faiblement avec la matière ordinaire (WIMP : Weakly Interactive Massive Particles). Le projet PICASSO (Projet d’Identification des CAndidats Supersymétriques de la matière SOmbre) est une des expériences installées dans le site souterrain de SNOLAB à Sudbury en Ontario, qui tente de détecter directement un des candidats de la matière sombre, proposé dans le cadre des extensions supersymétriques du modèle standard : le neutralino. Pour cela, PICASSO utilise des détecteurs à gouttelettes surchauffées de C4F10, basés sur le principe de la chambre à bulles. Les transitions de phase dans les liquides surchauffés peuvent être déclenchées par le recul du 19 F, causé par une collision élastique avec les neutralinos. La nucléation de la gouttelette génère une onde sonore enregistrée par des senseurs piézo-électriques. Cette thèse présentera les récents progrès de l’expérience PICASSO qui ont conduit à une augmentation substantielle de sa sensibilité dans la recherche du neutralino. En effet, de nouvelles procédures de fabrication et de purification ont permis de réduire à un facteur de 10, la contamination majeure des détecteurs, causée par les émetteurs alpha. L’étude de cette contamination dans les détecteurs a permis de localiser la source de ces émetteurs. Les efforts effectués dans le cadre de l’analyse des données, ont permis d’améliorer l’effet de discrimination entre des évènements engendrés par les particules alpha et par les reculs nucléaires. De nouveaux outils d’analyse ont également été implémentés dans le but de discriminer les évènements générés par des particules de ceux générés par des bruits de fond électroniques ou acoustiques. De plus, un mécanisme important de suppression de bruit de fond indésirable à haute température, a permis à l’expérience PICASSO d’être maintenant sensible aux WIMPs de faibles masses. / Astronomical and cosmological observations strongly suggest the presence of an exotic form of non-relativistic, non-baryonic matter that would represent 26% of the actual energy-matter content of the Universe. This so-called cold dark matter would be composed of Weakly Interactive Massive Particles (WIMP). PICASSO (Project In CAnada to Search for Supersymmetric Objects) aims to detect directly one of the dark matter candidates proposed in the framework of supersymmetric extensions of the standard model : the neutralino. The experiment is installed in the SNOLAB underground laboratory at Sudbury (Ontario) and uses superheated C4F10 droplets detectors, a variant of bubble chamber technique. Phase transitions in the superheated liquids are triggered by 19 F recoils caused by the elastic collision with neutralinos and create an acoustic signal which is recorded by piezoelectric sensors. This thesis presents recent progress in PICASSO leading to a substantially increased sensitivity in the search of neutralinos. New fabrication and purification procedures allowed a background reduction of about a factor 10 of the major detectors contamination caused by alpha emitters. Detailed studies allowed to localize these emitters in the detectors. In addition, data analysis efforts were able to improve substantially the discrimination between alpha particle induced events and those created by nuclear recoils. New analysis tools were also developed in order to discriminate between particle induced and non-particle induced events, such as electronic backgrounds and acoustic noise signals. An important new background suppression mechanism at higher temperatures led to the present improved sensitivity of PICASSO at low WIMP masses.
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Méthodes socio-statistiques pour l’aide à la décision en milieu industriel : Application à la gestion des capacités d’un système d’information en industrie micro-électronique / Industrial decision-aid socio-statistical methods : Applied to the capacity management of an IS in the microelectronics industry

Lutz, Michel 14 May 2013 (has links)
Les données industrielles offrent un matériau pour la prise de décision. Les travaux présentés concernent la transformation de données brutes en connaissances, pour contribuer au système de connaissances d’une organisation et améliorer son système décisionnel. Un processus d’aide à la décision est proposé. Il implique les acteurs de l’organisation et l’emploi de méthodes formelles. D’abord, il analyse et formalise les problématiques décisionnelles. Ensuite, il construit une aide la décision quantitative. Cette méthodologie est appliquée à un problème particulier : la gestion des capacités des TI d’une usine de STMicroelectronics. En effet, les managers doivent assurer un équilibre entre le coût de l’infrastructure TI et le niveau de service offert. Notre processus offre une aide pertinente. Il permet de surmonter deux enjeux, fréquents lors de la gestion des capacités : la complexité des systèmes IT et la prise en compte de l’activité métier. Situant ces travaux dans le cadre du référentiel ITIL, l’application du processus permet de constituer des modèles prédictifs, mettant en relation l’activité des serveurs informatiques et l’activité industrielle. Cette application permet aussi de contrôler dynamiquement la validité des modèles, ainsi que l’activité quotidienne du SI. Nos travaux formalisent quantitativement des connaissances, en favorisent l’utilisation dans les processus décisionnels, et en assurent l’évolution dans le temps. Nos recherches posent des fondations pour un plus large recours plus à l’exploitation des données issues des systèmes de production, dans le cadre du développement de systèmes de support à la décision et de perspectives Big Data. / A proper analysis of industrial data can provide material for decision making. The research work presented deals with the question: how can one convert raw data into useable information, to contribute to the knowledge management of an organization and improve its dynamic decision making? A decision-aid process is proposed. It implies actors of the organization and use of formal methods. Firstly, it analyses and formalizes decisional problems. Then, it develops an appropriate decision-aid on the basis of statistics. Our methodology is applied to a specific issue: capacity management of IT of a STMicroelectronics plant. This application raises a decision issue: managers have to ensure the right balance between infrastructure cost and service level offered. We demonstrate that the process may provide relevant support. This negates two managerial dilemmas, usually encountered when managing capacity: complexity of IT systems and incorporation of the business activity. Our application has been developed in the scope of the ITIL framework. It will be shown how the process builds predictive models, which link the activity of hardware servers to the industrial activity. Methods are also proposed, to monitor daily the quality of these models, as well as the overall activity of the IS. This work helps at formalizing quantitatively organizational knowledge, facilitating its use in decisional processes, but also ensuring its positive change over time. We hope this research is laying some foundations for a broader exploitation of the data stored in modern manufacturing systems, through future development of decision-support systems and Big Data initiatives.
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Gestion du risque climatique par l'utilisation des produits dérivés d'assurance / Weather risk management using insurance derivatives

Mraoua, Mohammed 25 June 2013 (has links)
Cette thèse s’intéresse à la gestion du risque climatique par l’utilisation des produits dérivés climatiques. Les travaux réalisés dans le cadre de cette thèse sont une contribution aux aspects statistiques, économétriques et financiers de la modélisation et de l'évaluation des produits dérivés climatiques. Un intérêt particulier a été accordé au contexte marocain aussi bien au niveau du volet qualitatif que quantitatif. En plus des développements théoriques que nous avons apportés (tests statistiques pour vérifier l’impact du climat sur l’économie, amélioration d’un modèle de prévision de la température moyenne quotidienne, confirmation du choix de la température moyenne, au lieu des températures extrêmes, comme sous-jacent pour les contrats basés sur la température, etc.), nous avons proposé des cas de gestion entre opérateurs économiques marocains exerçant des activités sensibles à l’aléa climatique avec des profils de risque différents en leur apportant des solutions de couverture basées sur l’utilisation de produits dérivés climatiques. / This thesis focuses on the weather risk management by using weather derivatives. The work done in this thesis is a contribution to statistics, econometric and financial aspects of the modeling and the evaluation of weather derivatives. Particular attention was paid to the Moroccan context both in a qualitative point of view. In additionto theoretical developments that we have made (statistical tests to verify the impact of weather conditions on the economy, improvement of a model to forecast daily average temperatures, confirming the choice of the average temperature instead of extreme temperatures as the preferred under lying for contracts based on temperature, etc.), we also proposed case studies with Moroccan economic actors carrying out their weather sensitive activities and having different risk profiles and we provide them hedging solutions based on the use of weather derivatives.
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Analyse des comportements et expérience utilisateurs d'une plateforme de visioconférence pour l'enseignement des langues : Le cas de la phase 1.0 de VISU / User behaviour analysis and user experience in a videoconferencing platform : VISU, phase 1.0

Codreanu, Tatiana 30 June 2014 (has links)
Cette recherche a pour objet l’étude des comportements des utilisateurs d’une plateforme de visioconférence poste à poste. Les utilisateurs de la plateforme sont deux groupes de tuteurs et leurs étudiantes ; le groupe de tuteurs est constitué de tuteurs en formation (de futurs enseignants en formation universitaire professionnalisante) et d’enseignants de FLE utilisant les outils du web 2.0. Cette recherche a pour cadre l’enseignement du FLE à destination d’un groupe d'étudiantes américaines de l’université de Californie Berkeley donné de janvier à mars 2010 sur une plateforme d’apprentissage vidéographique synchrone. La plateforme VISU, a été développé suivant une démarche originale, la conception d’une plateforme destinée a l’enseignement/apprentissage des langues. La particularité de ce projet réside dans le fait qu’un équipe de chercheurs et de développeurs ont accompagné les tuteurs et les étudiantes lors de cette expérimentation afin d’améliorer l’utilisabilté de VISU d’une séance sur l’autre. À travers une analyse de deux tâches dans les configurations qui placent un tuteur devant deux étudiantes, deux tuteurs devant deux étudiantes et un tuteur devant une étudiante, et d’une micro-analyse portant sur la transmission des consignes, nous tentons d’observer le discours et la mimo-gestualité témoignant de leur expérience utilisateur au contact de la technologie utilisée. Nous étudions également l’utilisation qu’ils font des différents outils textuels de communication, des ressources présentes sur la plateforme, ainsi que celle de la caméra. Nous discutons les résultats qualitatifs en vue de mettre au jour leurs comportements d’utilisateurs d’une plateforme en cours de construction. La méthode s’appuie sur la triangulation des données. Aux échanges en ligne du corpus multimodal est appliquée une analyse de la mimo-gestualité, ainsi qu’analyse de discours et des interactions. Des entretiens, des questionnaires et les perceptions des étudiantes et des tuteurs viennent éclairer l’analyse de leur vécu et de leur ressenti. Ce travail de recherche tente donc à travers la description de la communication pédagogique synchrone de mieux comprendre les différentes pratiques, principalement discursives et mimo-gestuelles, des tuteurs et des étudiantes engagés dans une formation en ligne. / This research studies the behavior of users of a desktop videoconferencing platform VISU (designed to deliver online courses), through the multimodal pedagogical communication of two groups of teachers: trainee tutors and experienced teachers based in different locations who taught French as a Foreign Language to a group of students from UC Berkeley in 2010. A team of researchers and developers worked together with the tutors in this experiment to improve the usability of the platform, which was under construction during the course of the study. In understanding the experience of users while using the tool, due to the performance limitations of the tool under construction, a new method of analysing data was devised in which user behavior was studied through discourse analysis, mimogestuality and the usage of tools including chat and webcam. Specifically, we analysed the usage of different tools (text based tools) as well as the webcam’s effects on user behavior. Then, through a micro analysis of the pedagogical instruction, we identified the role of these different communication tools used by the tutors in conveying the meaning of the task to be carried out. Interviews, questionnaires and perceptions of students and tutors were gathered to inform the analysis of their experiences and their feelings. This research therefore attempts, through the description of the synchronous teaching communication, to better understand the different practices, mainly discursive and mimo-gestural, of tutors and students engaged in the multimodal learning. In addition, a key significance of this study is that it demonstrates the value of considering user experience (UX) in studies involving language learning through technology. At the same time, it also indicates the value of including discourse analysis and mimogestuality in user experience research involving interactive pedagogical tools.
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Prise en compte des connaissances du domaine dans l'analyse transcriptomique : Similarité sémantique, classification fonctionnelle et profils flous : application au cancer colorectal / Using domain knowledge in the Transcriptomic analysis : Semantic similarity, functional classification and fuzzy profiles. Application to colorectal cancer

Benabderrahmane, Sidahmed 15 December 2011 (has links)
L'analyse bioinformatique des données de transcriptomique a pour but d'identifier les gènes qui présentent des variations d'expression entre différentes situations, par exemple entre des échantillons de tissu sain et de tissu malade et de caractériser ces gènes à partir de leurs annotations fonctionnelles. Dans ce travail de thèse, je propose quatre contributions pour la prise en compte des connaissances du domaine dans ces méthodes. Tout d'abord je définis une nouvelle mesure de similarité sémantique et fonctionnelle (IntelliGO) entre les gènes, qui exploite au mieux les annotations fonctionnelles issues de l'ontologie GO ('Gene Ontology'). Je montre ensuite, grâce à une méthodologie d'évaluation rigoureuse, que la mesure IntelliGO est performante pour la classification fonctionnelle des gènes. En troisième contribution je propose une approche différentielle avec affectation floue pour la construction de profils d'expression différentielle (PED). Je définis alors un algorithme d'analyse de recouvrement entre classes fonctionnelles et ensemble des références, ici les PEDs, pour mettre en évidence des gènes ayant à la fois les mêmes variations d'expression et des annotations fonctionnelles similaires. Cette méthode est appliquée à des données expérimentales produites à partir d'échantillons de tissus sains, de tumeur colo-rectale et de lignée cellulaire cancéreuse. Finalement, la mesure de similarité IntelliGO est généralisée à d'autres vocabulaires structurés en graphe acyclique dirigé et enraciné (rDAG) comme l'est l'ontologie GO, avec un exemple d'application concernant la réduction sémantique d'attributs avant la fouille. / Bioinformatic analyses of transcriptomic data aims to identify genes with variations in their expression level in different tissue samples, for example tissues from healthy versus seek patients, and to characterize these genes on the basis of their functional annotation. In this thesis, I present four contributions for taking into account domain knowledge in these methods. Firstly, I define a new semantic and functional similarity measure which optimally exploits functional annotations from Gene Ontology (GO). Then, I show, thanks to a rigorous evaluation method, that this measure is efficient for the functional classification of genes. In the third contribution, I propose a differential approach with fuzzy assignment for building differential expression profiles (DEPs). I define an algorithm for analyzing overlaps between functional clusters and reference sets such as DEPs here, in order to point out genes that have both similar functional annotation and similar variations in expression. This method is applied to experimental data produced from samples of healthy tissue, colorectal tumor and cancerous cultured cell line. Finally the similarity measure IntelliGO is generalized to another structured vocabulary organized as GO as a rooted directed acyclic graph, with an application concerning the semantic reduction of attributes before mining.
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Modeling and Recognizing Network Scanning Activities with Finite Mixture Models and Hidden Markov Models / Modélisation et reconnaissance des activités de balayage du réseau à l'aide de modèles à mélange fini et de modèles de Markov cachés

De Santis, Giulia 20 December 2018 (has links)
Le travail accompli dans cette thèse a consisté à construire des modèles stochastiques de deux scanners de l'Internet qui sont ZMap et Shodan. Les paquets provenant de chacun des deux scanners ont été collectés par le Laboratoire de Haute Sécurité (LHS) hébergé à Inria Nancy Grand Est, et ont été utilisés pour construire par apprentissage des chaînes de Markov cachées (HMMs). La première partie du travail consistait à modéliser l'intensité des deux scanners considérés. Nous avons cherché à savoir si l'intensité de ZMap varie en fonction du service ciblé et si les intensités des deux scanners sont comparables. Les résultats ont montré que la réponse à la première question est positive (c'est-à-dire que l'intensité de ZMap varie en fonction des ports ciblés), alors que la réponse à la deuxième question est négative. En d'autres termes, nous avons obtenu un modèle pour chaque ensemble de logs. La partie suivante du travail consistait à étudier deux autres caractéristiques des mêmes scanners : leurs mouvements spatiotemporels. Nous avons créé des ensembles d'échantillons de logs avec chacune d'elle contient une seule exécution de ZMap et Shodan. Ensuite, nous avons calculé les différences d'adresses IP ciblées consécutivement par le même scanner (c.-à-d. dans chaque échantillon), et les timestamps correspondants. Les premiers ont été utilisés pour modéliser les mouvements spatiaux, tandis que les seconds pour les mouvements temporels. Une fois que les modèles de chaînes de Markov cachées sont construites, ils ont été appliqués pour identifier les scanners d'autres ensembles de logs. Dans les deux cas, nos modèles ne sont pas capables de détecter le service ciblé, mais ils détectent correctement le scanner qui génère de nouveaux logs, avec une précision de 95% en utilisant les mouvements spatiaux et de 98% pour les mouvements temporels / The work accomplished in this PhD consisted in building stochastic models of ZMap and Shodan, respectively, two Internet-wide scanners. More in detail, packets originated by each of the two considered scanners have been collected by the High Security Lab hosted in Inria, and have been used to learn Hidden Markov Models (HMMs). The rst part of the work consisted in modeling intensity of the two considered scanners. We investigated if the intensity of ZMap varies with respect to the targeted service, and if the intensities of the two scanners are comparable. Results showed that the answer to the first question is positive (i.e., intensity of ZMap varied with respect to the targeted ports), whereas the answer to the second question is negative. In other words, we obtained a model for each set of logs. The following part of the work consisted in investigating other two features of the same scanners: their spatial and temporal movements, respectively. More in detail, we created datasets containing logs of one single execution of ZMap and Shodan, respectively. Then, we computed di erences of IP addresses consecutively targeted by the same scanner (i.e., in each sample), and of the corresponding timestamps. The former have been used to model spatial movements, whereas the latter temporal ones. Once the Hidden Markov Models are available, they have been applied to detect scanners from other sets of logs. In both cases, our models are not able to detect the targeted service, but they correctly detect the scanner that originates new logs, with an accuracy of 95% when exploiting spatial movements, and of 98% when using temporal movements
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Modélisation flexible du risque d’événements iatrogènes radio-induits / Flexible modeling of radiation-induced adverse events risk

Benadjaoud, Mohamed Amine 27 March 2015 (has links)
La radiothérapie occupe une place majeure dans l’arsenal thérapeutique des cancers.Malgré des progrès technologiques importants depuis près de vingt ans, des tissus sains au voisinage ou à distance de la tumeur cible continuent à être inévitablement irradiés à des niveaux de doses très différents. Ces doses sont à l’origine d’effets secondaires précoces (Œdème, radionécrose, Dysphagie, Cystite) ou tardifs (rectorragies, télangiectasie, effets carcinogènes, les pathologie cérébrovasculaires).Il est donc primordial de quantifier et de prévenir ces effets secondaires afin d'améliorer la qualité de vie des patients pendant et après leur traitement.La modélisation du risque d'événements iatrogènes radio-induits repose sur la connaissance précise de la distribution de doses au tissu sain d'intérêt ainsi que sur un modèle de risque capable d'intégrer un maximum d'informations sur le profil d'irradiation et des autres facteurs de risques non dosimétriques. L'objectif de ce travail de thèse a été de développer des méthodes de modélisation capables de répondre à des questions spécifiques aux deux aspects, dosimétriques et statistiques, intervenant dans la modélisation du risque de survenue d'événements iatrogènes radio-induits.Nous nous sommes intéressé dans un premier temps au développement d'un modèle de calcul permettant de déterminer avec précision la dose à distance due au rayonnements de diffusion et de fuite lors d'un traitement par radiothérapie externe et ce, pour différentes tailles des champs et à différentes distances de l'axe du faisceau. Ensuite, nous avons utilisé des méthodes d'analyse de données fonctionnelles pour développer un modèle de risque de toxicité rectales après irradiation de la loge prostatique. Le modèle proposé a montré des performances supérieures aux modèles de risque existants particulièrement pour décrire le risque de toxicités rectales de grade 3. Dans le contexte d'une régression de Cox flexible sur données réelles, nous avons proposé une application originale des méthodes de statistique fonctionnelle permettant d'améliorer les performances d'une modélisation via fonctions B-splines de la relation dose-effet entre la dose de radiation à la thyroïde.Nous avons également proposé dans le domaine de la radiobiologie une méthodes basée sur l’analyse en composantes principales multiniveau pour quantifier la part de la variabilité expérimentale dans la variabilité des courbes de fluorescence mesurées. / Radiotherapy plays a major role in the therapeutic arsenal against cancer. Despite significant advances in technology for nearly twenty years, healthy tissues near or away from the target tumor remain inevitably irradiated at very different levels of doses. These doses are at the origin of early side effects (edema, radiation necrosis, dysphagia, cystitis) or late (rectal bleeding, telangiectasia, carcinogenic, cerebrovascular diseases). It is therefore essential to quantify and prevent these side effects to improve the patient quality of life after their cancer treatment.The objective of this thesis was to propose modelling methods able to answer specific questions asked in both aspects, dosimetry and statistics, involved in the modeling risk of developing radiation-induced iatrogenic pathologies.Our purpose was firstly to assess the out-of-field dose component related to head scatter radiation in high-energy photon therapy beams and then derive a multisource model for this dose component. For measured doses under out-of-field conditions, the average local difference between the calculated and measured photon dose is 10%, including doses as low as 0.01% of the maximum dose on the beam axis. We secondly described a novel method to explore radiation dose-volume effects. Functional data analysis is used to investigate the information contained in differential dose-volume histograms. The method is applied to the normal tissue complication probability modeling of rectal bleeding for In the flexible Cox model context, we proposed a new dimension reduction technique based on a functional principal component analysis to estimate a dose-response relationship. A two-stage knots selection scheme was performed: a potential set of knots is chosen based on information from the rotated functional principal components and the final knots selection is then based on statistical model selection. Finally, a multilevel functional principal component analysis was applied to radiobiological data in order to quantify the experimental Variability for replicate measurements of fluorescence signals of telomere length.

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