A colibacilose é uma enfermidade causada pela bactéria Escherichia coli. Algumas cepas podem ser potencialmente patogênicas, favorecendo doenças localizadas e/ou sistêmicas, acarretando consideráveis prejuízos econômicos para avicultura brasileira. Com o objetivo de determinar a resistência frente a antimicrobianos por (E. coli) foram analisadas 115 amostras isoladas de aves de produção, provenientes de três diferentes origens: cama de aviários (34 amostras), lesões de celulite (48 amostras) e lesões de aves com sintomatologia respiratória (33 amostras). Os padrões dos antibiogramas realizados seguiram as normativas disponíveis no National Commitee of Laboratory Standards (NCCLS, 2003). Entre os isolados de aves com sintomatologia respiratória, não foi observado resistência aos antimicrobianos: amoxicilina/ácido clavulâmico; cefuroxima, ceftiofur e amicacina, ou seja, três β- lactâmicos e ao aminoglicosídeo testado. Na análise estatística constatou-se diferença significativa entre as amostras de E.coli. de cama, celulite e aves com sintomatologia respiratórias, para as drogas norfloxacina e ciprofloxacina. As análises não apresentaram diferenças significativas para as demais drogas testadas. Os testes não apresentaram diferenças significativas entre as resistências e cada origem, nos seguintes casos: ampicilina, enrofloxacina, ciprofloxacina, ofloxacina, sulfametoxazole/trimetoprim e tetraciclina. Contudo, houve significância para os antimicrobianos: norfloxacina e ciprofloxacina. Os percentuais de resistência para os antimicrobianos avaliados foram: ampicilina (35,7%); amoxicilina/ácido clavulânico (0,9%); cefalexina (8,7%); cefuroxime (2,6%); ceftiofur (4,3%); clindamicina (98,3%); enrofloxacina (18,3%); ciprofloxacina (22,6%); norfloxacina (20%); ofloxacina (18,3%); sulfametoxazol/trimetoprim (47,8%); amicacina (3,5%); gentamicina (25,2%); tetraciclina (59,1%). A múltipla resistência para dois, ou mais agentes antimicrobianos, em cama, celulite e para amostras de sintomatologia respiratória, foi de (35,2%), (31,2%) e (66,6%), respectivamente. Não houve diferença significativa nas proporções de resistência entre as origens e as estações do ano. / Colibacilosis is a disease caused by the bacterium Escherichia coli. Some strains can be potentially pathogenic, favoring illnesses located and/or systemic, causing considerable economic damages for Brazilian poultry production. With the objective to determine the resistance front the antimicrobials for (E. coli) had been analyzed 115 isolated samples of poultry production, proceeding from three different origins: litter of poultry houses (34 samples), injuries of celulitis (48 samples) and injuries of poultry with respiratory signals (33 samples). The standards of the carried through antibiograms had followed normative available in the National Commitee of Laboratory Standards (NCCLS, 2003). It enters the isolated ones of birds with respiratory signals, was not observed resistance to antimicrobials: amoxicillin/ clavuanic acid; cefuroxime, ceftiofur and amikacyn, that is, three β- lactams and to the tested aminoglycosides. In the analysis statistics significant difference was evidenced enters the respiratory samples of E.coli of litter, celulitis and poultry with signals, for the drugs norfloxacin and ciprofloxacin. The analyses had not represented significant differences for the too much tested drugs. The tests had not presented significant differences between the resistances and each origin, in the following cases: ampicilin, enrofloxacin, ciprofloxacin, ofloxacin, sulfamethoxazole/trimethoprim and tetracyclin. However, it had significance for antimicrobials: norfloxacin and ciprofloxacin. The percentages of resistance for evaluated antimicrobials had been: ampicilin (35.7%); amoxicillin/ clavulanic acid (0.9%); cefalexin (8.7%); cefuroxime (2.6%); ceftiofur (4.3%); clindamycin (98.3%); enrofloxacin (18.3%); ciprofloxacin (22.6%); norfloxacin (20%); ofloxacin (18.3%); sulfamethoxazole/trimethoprim (47.8%); amikacyna (3.5%); gentamycin (25.2%); tetracyclin (59.1%). The multiple resistance for two or more agents antimicrobials, in litter, celulitis and for samples of respiratory signals, was of (35,2%), (31,2%) e (66,6%), respectively. It did not have significant difference in the ratios of resistance between the origins and the stations of the year.

Foram avaliados 528 isolados clínicos de Pseudomonas aeruginosa de 131 pacientes fibrocísticos atendidos em um centro de referência em fibrose cística (FC) durante o período de 2005 a 2008. 135 isolados clínicos (25,6%) apresentaram subpopulação hipermutante (isolados com altas taxas de mutações) utilizando teste modificado de suscetibilidade aos antimicrobianos. Destes, 9 isolados (6,7%) de 7 pacientes foram classificados como hipermutantes (HPM) segundo estimativa da freqüência de mutação. Após seqüenciamento do gene mutS e análise de mutações relacionadas à inativação do sistema de reparo de erros no pareamento do DNA (Mismatch Repair System - MRS), foi possível observar este tipo de mutação em 5 isolados HPM de 4 pacientes. Avaliamos a formação de biofilme em 45 isolados NHPM, 9 HPM e suas respectivas subpopulações por duas metodologias. Segundo o primeiro método, 24 (53,3%) e 3 (21,4%) isolados NHPM e HPM, respectivamente, foram classificados como não-formadores de biofilme. Pelo segundo método, apenas 4 (8,9%) isolados NHPM e nenhum isolado HPM foram classificados nessa categoria. Os percentuais de resistência aos antibióticos ceftazidima, ciprofloxacino e tobramicina em condições de biofilme foram mais elevados que aqueles obtidos em crescimento plantônico e, em ambas as condições, foi possível evidenciar forte associação entre hipermutabilidade e aumento de resistência antibiótica. A associação dos macrolídeos azitromicina e claritromicina, em concentrações sub-inibidoras, com os antibióticos anti-pseudomonas, demonstrou ação inibitória sobre isolados clínicos de P. aeruginosa em condições de biofilme, o que sugere sua indicação no tratamento de infecções por P. aeruginosa pela sua ação anti-biofilme. / We evaluated 528 clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa in 131 CF patients attended at a referral center for cystic fibrosis (CF) during the period of 2005 to 2008. 135 clinical isolates (25.6%) presented hypermutable subpopulation (isolates with high mutation rates) using a modified antimicrobial susceptibility method. Of these, 9 isolates (6.7%) of 7 patients were classified as hypermutable (HPM) according to the estimate of mutation frequency. After gene sequencing and analysis of mutS mutations related to inactivation of the repair system errors in DNA pairing (Mismatch Repair System - MRS), we observed this type of mutation in 5 HPM isolates of 4 patients. We evaluated the biofilm formation in 45 isolates NHPM, 9 HPM and their subpopulations by two methods. According the first method, 24 (53.3%) and 3 (21.4%) isolates NHPM and HPM, respectively, were classified as non-biofilm formers. According the second method, only 4 (8.9%) isolates NHPM and none HPM were classified in this category. The percentages of resistance to antibiotics ceftazidime, ciprofloxacin and tobramycin in conditions of biofilm were higher than those obtained in planktonic growth, and in both conditions, it was observed a strong association between hypermutability and increased antibiotic resistance. The association of macrolides azithromycin and clarithromycin, in sub-inhibitory concentrations, with anti-pseudomonas antibiotics, has shown inhibitory activity on clinical isolates of P. aeruginosa in biofilm conditions, which should be recommended for treatment of CF P. aeruginosa infections due to its anti-biofilm action.

A Salmonella sp permanece com um dos mais importantes patógenos transmissores de enfermidades veiculadas através dos alimentos em todo mundo. A carne de aves está entre as principais causadoras das toxinfecções alimentares quando contaminadas pelo gênero Salmonella. Neste estudo foram isolados 280 sorovares de Salmonella das carcaças de frango e peru através do Programa de Redução de Patógenos (PRP-MAPA) na região sul do país. A maior prevalência ocorreu para a Salmonella Enteritidis (55,7%). Nas carcaças de frango, a S. Enteritidis alcançou 63,3% dos isolados, porém nas carcaças de peru este sorovar não passou dos 14,0%. Entre os estados do sul (PR, SC e RS), não houve diferenças nos isolados de S.Enteritidis. Foram 25 os sorovares de Salmonella sp isolados das carcaças de aves. Destes apenas 14 em perus e 23 nos frangos. A S. Tennessee e Salmonella enterica subespecie enterica (O: 4,5), foram isoladas somente em carcaças de perus e a S. Hadar foi a mais prevalente, 18,6%. Nos testes de difusão em placas, foram desafiadas 178 cepas frente a 24 antimicrobianos. Todas as cepas de Salmonella sp foram resistentes a bacitracina e a penicilina e 78,2% apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano quando excluídas as drogas anteriormente citadas, sendo que todas as amostras foram sensíveis a amoxicilina + ácido clavulânico, polimixina B, ciprofloxacina e norfloxacina. A maior taxa de resistência das amostras foi observada frente ao ácido nalidíxico de 52,2%, seguido da nitrofurantoína (28,8%), neomicina (14,6), tetraciclina (12,4%) e canamicina (10,1%). Nas amostras isoladas de perus estes índices foram maiores para o ácido nalidíxico (62,8%), tetraciclina (34,9%) e neomicina (30,2%), havendo diferenças significativas para os dois últimos quando comparados aos isolados de frango. Embora o índice de resistência a enrofloxacina de 2,2% no segmento aves seja baixo, chama atenção que, por tratar-se de um antimicrobiano quimicamente modificado a taxa de resistência nas amostras de perus tenha sido de 9,3%.O sorovar S. Enteritidis apresentou a maior taxa de resistência ao ácido nalidíxico (72,0%) e menor para tetraciclina (1,1%). Por outro lado, foi comprovada a presença de cepas multiresistentes em 46,1% dos isolados das carcaças de aves, principalmente nas amostras de perus nos sorovares S. Hadar e S. Saintpaul, que foram resistentes no mínimo a quatro e no máximo onze antimicrobianos. Este estudo demonstrou qual a prevalência e o perfil de resistência aos antimicrobianos dos sorovares de Salmonella sp isoladas das carcaças de aves na região Sul do Brasil e devido a sua importância em saúde animal e saúde pública, pode sugerir a criação de um Programa Nacional de Monitoramento da Resistência Bacteriana aos Antimicrobianos. / Salmonella sp remains as one of the most important foodborne pathogens worldwide. Poultry meat is among the most frequently involved foods regarding human food poisoning cases. In this study, two hundred and eighty Salmonella isolates were detected from broiler and turkey carcasses submitted to the Brazilian Ministry of Agriculture, Livestock and Supply (MAPA)´s Pathogens Reduction Program (PRPMAPA) in Southern Brazil. Twenty five Salmonella serovars were isolated in the poultry carcasses, being 14 in turkey and 23 in broilers. The most prevalent serovar was Salmonella Enteritidis (57,7%). In broiler carcasses, S. Enteritidis reached a 63,3% prevalence, while in turkeys carcasses this serovar presented a comparatively lower index (14,0%). Among the Brazilian Southern States (PR, SC and RS) there were no significative differences in the percentage of isolated S. Enteritidis. S. Tennessee and Salmonella enterica subspecies enterica (O: 4,5) were isolated in turkeys, but not in broiler carcasses. S. Hadar was most prevailing in turkeys (18,6%). Regarding the diffusion test applied to 178 isolates, they were challenged against 24 antimicrobials. As expected, all isolates were resistant to bacitracin and penicillin, while 78,2% presented resistance to at least one antimicrobial drug when the ones above were excluded. All samples were sensitive to amoxicillin + clavulanic acid, polymixin B, cyprofloxacin and norfloxacin. The highest resistance rate was observed against nalidixic acid (52,2%), followed by nitrofurantoin (28,8%), neomycin (14,6%), tetracycline (12,4%) and canamycin (10,1%). In turkeys the rates were higher to nalidixic acid (62,8%), tetracycline (34,9%) and neomycin (30,2%) showing significant differences for the latter two when compared to the ones isolated in broilers. S. Enteriditis isolates showed a higher resistance to nalidixic acid (72,0%) and lower to tetracycline (1,1%). Presence of multiresistant isolates was proven in 46,1% of the isolated poultry carcasses, mainly in the turkey samples related to the presence of S. Hadar and S. Saintpaul serovars, which were resistant to at least four to a maximum of eleven antimicrobials. This study was able to demonstrate the prevalence and the antimicrobial resistance profile of Salmonella serovars isolated from poultry carcasses in Southern Brazil. These findings reinforce the need for the creation of a National Antimicrobial Resistance Monitoring Programme in Brazil, which will be able to contribute to an overdue controlled use of these drugs in food producing animals.

O meio ambiente aquático vem recebendo grande carga de poluição fecal, sendo este um dos fatores que contribuem para sua degradação. O objetivo deste trabalho foi identificar bactérias do gênero Enterococcus em oito pontos ao longo da Lagoa dos Patos – RS, com diferentes níveis de degradação ambiental e verificar a resistência a antimicrobianos nestes isolados. Foi observado que nos pontos situados no Parque Itapuã e na praia do Cassino as contagens de Enterococcus sp. foram baixas. Os pontos situados em Tapes e São Lourenço do Sul apresentaram níveis elevados de contagens de Enterococcus sp no verão e na primavera e os pontos na região estuariana de Rio Grande apresentaram valores elevados no outono e inverno. Dentre os antimicrobianos testados a resistência a tetraciclina e a doxaciclina foram verificadas em todos os pontos de coleta, sendo que as maiores percentagens de isolados resistentes foram na região estuarina de Rio Grande. Os Enterococcus spp também apresentaram suscetibilidade diminuída para ampicilina, gentamicina (120μg/ml) e estreptomicina (300 μg/ml) e nenhuma para vancomicina. Entre os isolados resistentes a tetraciclina, as duas espécies mas frequentemente identificadas foram E. faecalis e E. faecium. O nível de resistência à tetraciclina, verificada através da Concentração Inibitória Mínima (CIM), variou de 16μg/ml a 256μg/ml nas duas espécies. Isolados de E. faecalis foram encontrados mais em Tapes e São Lourenço do Sul e E. faecium na região estuarina de Rio Grande, os últimos apresentaram os maiores níveis de resistência a tetraciclina e gentamicina. Os resultados do presente estudo indicam que a contaminação fecal pode estar relacionada ao descarte de dejetos humanos e de animais nestes locais. / The aquatic environment has been receiving a great amount of fecal pollution and this is one of the factors that contribute to its degradation. The aim of the present study was to identify Enterococcus sp in eight collection points with different levels of environmental degradation at Lagoa dos Patos/RS and to verify the antimicrobial resistance among these isolates. We verified low numbers of Enterococcus sp in Parque Itapuã e Praia do Cassino collection points. In Tapes and São Lourenço do Sul, higher counting of Enterococcus were observed during summer and spring seasons and at the estuarine area of Rio Grande, higher numbers were observed during autumn and winter. Among the antimicrobial drugs tested, the resistance to tetracycline and doxycycline was detected in all collection sites and the highest percentages of resistant isolates were in the estuarine area of Rio Grande. The Enterococcus spp have also presented diminished susceptibility to ampicillin, gentamicin (120μg/ml) and streptomycin (300 μg/ml) and none to vancomycin. Among the isolates resistant to tetracycline, E. faecalis e E. faecium were the most identified species. The resistance level to tetracycline, verified by MIC analysis, varied from 16μg/ml to 256μg/ml in both species. E. faecalis isolates were found mostly in Tapes and São Lourenço and E. faecium, in the estuarine area of Rio Grande and among these, the higher level of resistance to tetracycline and gentamycin was verified. The results from the present study indicate that the fecal contamination from this sampling points can be related to the discharge of human and animal waste.

Doctor of Philosophy / Department of Diagnostic Medicine/Pathobiology / H. Morgan Scott / Copper, as copper sulfate, is often used as an alternative to in-feed antibiotics for growth promotion in both swine and cattle diets. Gut bacteria exposed to copper can acquire resistance, which among enterococci is conferred by a plasmid-borne transferable copper resistance gene (tcrB). The plasmid also carries tetracycline [tet(M)] and macrolide [erm(B)] resistance genes. Because of the genetic link between acquired copper (tcrB) and antibiotic resistance in Enterococcus spp., we hypothesized that copper supplementation may exert selection pressure for enterococci to become resistant to macrolides and tetracyclines, and possibly to other antibiotics. We conducted studies in cattle and swine to investigate the relationship between copper supplementation and the fecal prevalence of tcrB-positive enterococci, as well as its potential co-selection for macrolide and tetracycline resistance. The prevalence was higher in animals fed diets supplemented with elevated level of copper compared to normal level (P < 0.05). The tcrB-positive isolates belonged to either E. faecium or E. faecalis; the majority was E. faecium. All tcrB-positive isolates also contained both erm(B) and tet(M) genes; however, none of them harbored the vanA gene. Median minimum inhibitory concentrations (MIC) of copper for tcrB-positive and tcrB-negative enterococci were 22 mM and 4 mM, respectively (P < 0.0001). The overall prevalence of erm(B) and tet(M) genes among enterococcal isolates of cattle were 46.8 % and 57.5%, respectively; in contrast,100% of the swine isolates were positive for both erm(B) and tet(M) genes. The transferability of the tcrB gene was demonstrated by filter mating assay. Multi-locus variable number tandem repeat analysis revealed a genetically diverse population of enterococci. The finding of a strong association between the copper resistance gene and other antibiotic (tetracycline and tylosin) resistance determinants is significant because enterococci are potential pathogens and have the propensity to transfer resistance genes to other bacteria in the gut. The occurrence of vancomycin resistant enterococci in swine in the US is very rare. Strains of E. faecium positive for vanA, that confers resistance to vancomycin, were isolated and characterized from swine feces. The swine strains belonged to clonal complex 17, a well-adapted hospital clone throughout the world.

Doctor of Philosophy / Diagnostic Medicine/Pathobiology / Michael D. Apley / Bovine respiratory disease (BRD) remains a major disease in beef production systems. The administration of antimicrobials for both the control and treatment of acute BRD is common. According to most published accounts, antimicrobial resistance among BRD pathogens is increasing; therefore, judicious antimicrobial usage is vital for continued efficacy. The introduction of a novel antimicrobial class has not occurred for well over a decade, therefore it is paramount to maximize efficacy of the antimicrobials currently available. The challenge is targeting the perfect scenario: maximizing clinical efficacy while minimizing antimicrobial resistance. The host-pathogen-drug interaction is very complex and despite current sophisticated technology, this interaction is still not well understood for many infectious diseases. This dissertation work sought to investigate the effects of the administration of a macrolide for both control and treatment of acute BRD on the prevalence of resistance among isolated Mannheimia haemolytica, Pasteurella multocida, and Histophilus somni. Whole genome sequencing of M. haemolytica was utilized to investigate the presence/absence of macrolide resistance genes and their relationship to the observed minimum inhibitory concentration. Cattle were sampled (plasma and pulmonary epithelial lining fluid) after administration of gamithromycin for drug concentration analysis. A non-linear mixed effects approach was used to fit a compartmental model to the resulting sparse pharmacokinetic data so that a complete time concentration curve could be simulated. From these curves, the CMAX and AUC were measured and used to calculate standard PKPD indices using the MIC values of the isolated bacteria. Clear associations between the use of gamithromycin for control and treatment of BRD and a statistically significantly increased likelihood of macrolide resistance were not found, possibly due to sample size limitations. The calculation of pharmacokinetic-pharmacodynamic indices found that a longer drug exposure was more closely associated with a successful treatment outcome, but there was not a statistically significant correlation. However, there were few clinical failures in this study giving further credence to the complexity of the in vivo system. There are many factors beyond pharmacokinetics/pharmacodynamics and MICs that contribute to the success of a treatment regimen for cattle suffering from BRD.

Submitted by ISAMERY AUXILIADORA MACHADO DE SARMIENTO null (isamerymachado@yahoo.com) on 2016-08-24T00:16:43Z No. of bitstreams: 1 Archivo combinado tese completa con link Isa.pdf: 3685365 bytes, checksum: 2df7162dfd0eb21c6e675c7966fce592 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-08-25T20:40:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 machadodesarmiento_ia_dr_bot.pdf: 3685365 bytes, checksum: 2df7162dfd0eb21c6e675c7966fce592 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-25T20:40:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 machadodesarmiento_ia_dr_bot.pdf: 3685365 bytes, checksum: 2df7162dfd0eb21c6e675c7966fce592 (MD5) Previous issue date: 2016-06-30 / As doenças de transmissão alimentar (DTA) por bactérias constituem um problema de saúde pública no mundo. O objetivo do trabalho foi identificar por métodos microbiológicos e moleculares a presença de Campylobacter spp., Salmonella spp. e Escherichia coli em frangos de Botucatu-SP, Brasil. Sessenta (60) amostras de frangos resfriados de diferentes marcas foram coletadas aleatoriamente em diferentes estabelecimentos localizados tanto na periferia, quanto no centro da cidade de Botucatu, SP, no período de julho a outubro de 2015. Posteriormente, Campylobacter spp, Salmonella spp e E. coli foram isolados através de métodos microbiológicos convencionais. A confirmação das bactérias isoladas se realizou por provas bioquímicas e PCR. Além disso, as provas para determinar a resistência antimicrobiana e a existência de gene integron classe 1 foram realizadas. Os resultados demostraram a presença de três das principais bactérias que causam doenças de origem alimentar em carcaças de frango provenientes de supermercados e casas de carne de Botucatu. A prevalência de Campylobacter, Salmonella, e E. coli foi 38,3%, 13,3% e 60%, respectivamente. A resistência antimicrobiana dos isolados foi elevada e presença do gene íntegron classe 1 foi identificada em alguns agentes patogénicos. / The transmission of Foodborne Diseases (FBD) by bacteria constitutes a public health problem in the world. The objective of this study was to identify by microbiological and molecular methods the presence of Campylobacter spp., Salmonella spp. and Escherichia coli in broiler chickens at Botucatu, SP, Brazil. Sixty samples of chilled chickens of different brands were randomly collected from supermarkets and meat houses located in both the periphery and the center of the city, in the period from July to October 2015. Later, Campylobacter spp., Salmonella spp., and E. coli were isolated by conventional microbiological methods. Confirmation of the isolated bacteria was performed by biochemical and PCR tests. In addition, proofs to determine antimicrobial resistance and the existence of class 1 integron gene were carried out. Results confirmed the presence of the three assessed bacteria in poultry carcasses from selected establishments. The prevalence was 38.3%, 13.3% and 60% to Campylobacter, Salmonella and E. coli, respectively. Antimicrobial resistance of the isolates was high and the presence of integron class 1 gene has been identified in some pathogens.

Foram estudadas 162 amostras de P. aeruginosa isoladas de pacientes atendidos em quatro hospitais localizados na cidade de Niterói, Rio de Janeiro; dois públicos: o Hospital Azevedo Lima e o Hospital Universitário Antônio Pedro, e dois privados, o Hospital Santa Cruz e a Casa de Saúde e Maternidade Santa Marta, no período de julho de 2002 até dezembro de 2003. As amostras foram isoladas a partir de diferentes espécimens clínicos: secreções (52,5%), urina (22,8%), sangue (8,6), ponta de cateter (6,2%), líquidos de punção (1,9%) e outras fontes (8%). Todas as amostras foram sensíveis a polimixina e mais da metade resistentes a cefotaxima (69,1%), ceftriaxona (65,5%), ciprofloxacina (54,9%), gentamicina (51,9%) e ticarcilina-ácido clavulânico (50,6%) e em menor proporção a imipenem (35,8 %), cefepima (33%), amicacina (32,1%), ceftazidima (30,9%), aztreonam (27,8%) e piperacilina-tazobactam (27,8%). A produção de metalo â-lactamase (M-bla) foi detectada em 9 (5,6%) amostras isoladas em três dos quatro hospitais avaliados. O estudo da diversidade genética foi efetuado analisando os perfis de fragmentação do DNA cromossômico, após tratamento com a enzima SpeI e eletroforese em campo pulsado (PFGE). De 19 amostras selecionadas, as 10 não produtoras de M-bla que apresentaram diferentes graus de multirresistência aos antimicrobianos, revelaram grande diversidade genética. Entretanto, as 9 amostras produtoras de M-bla, mostraram pertencer a um único clone, o mesmo detectado em amostras de P. aeruginosa com a mesma característica de resistência, isoladas nas cidades de Rio de Janeiro e São Paulo, sugerindo a disseminação interhospitalar do microorganismo, tanto no âmbito local como regional. / A total of 162 P. aeruginosa strains was studied. They were isolated from patients attended in four hospitals located in Niterói city, Rio de Janeiro state, two of them supported by public health system: Hospital Azevedo Lima and Hospital Universitário Antônio Pedro, and the others from privative service: Hospital Santa Cruz and Casa de Saúde Santa Marta, between July 2002 and December 2003. The isolates were recovered from different clinical sources, including: urine (22.8%); secretions (52.5%); catheter tips (6.2%); blood specimens (8.6%); fluids (1.9%) and others (8%). All strains were susceptible to polimixin B. More than half of them showed resistance to cefotaxime (69.1%); ceftriaxone (65.5%); ciprofloxacin (54.9%); gentamicin (51.9%) and ticarcillin-clavulanic acid (50.6%), and in lower percentages to imipenem (35.8%); cefepime (33%); amikacin (32.1%); ceftazidime (30.9%); aztreonam (27.8%)and piperacillin-tazobactam (27.8%). Metallo-â-lactamase (M-âla) production was detected in 9 (5.6%) strains recovered from three of the four hospitals evaluated. The genetic diversity study was performed by chromosomal DNA fragmentation, after SpeI enzymatic treatment using Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Among 19 strains selected from the study, 10 non M-âla producer multidrug-resistant strains showed a large variety of genetics profiles. However, the 9 M-âla producers were allocated in a single clonal group, the same genetic profile detected among P. aeruginosa M-âla producing strains, recovered in São Paulo city and Rio de Janeiro city, suggesting interhospital spread of strains at a local and regional level

Orientador: Noeme Sousa Rocha / Resumo: As doenças de transmissão alimentar (DTA) por bactérias constituem um problema de saúde pública no mundo. O objetivo do trabalho foi identificar por métodos microbiológicos e moleculares a presença de Campylobacter spp., Salmonella spp. e Escherichia coli em frangos de Botucatu-SP, Brasil. Sessenta (60) amostras de frangos resfriados de diferentes marcas foram coletadas aleatoriamente em diferentes estabelecimentos localizados tanto na periferia, quanto no centro da cidade de Botucatu, SP, no período de julho a outubro de 2015. Posteriormente, Campylobacter spp, Salmonella spp e E. coli foram isolados através de métodos microbiológicos convencionais. A confirmação das bactérias isoladas se realizou por provas bioquímicas e PCR. Além disso, as provas para determinar a resistência antimicrobiana e a existência de gene integron classe 1 foram realizadas. Os resultados demostraram a presença de três das principais bactérias que causam doenças de origem alimentar em carcaças de frango provenientes de supermercados e casas de carne de Botucatu. A prevalência de Campylobacter, Salmonella, e E. coli foi 38,3%, 13,3% e 60%, respectivamente. A resistência antimicrobiana dos isolados foi elevada e presença do gene íntegron classe 1 foi identificada em alguns agentes patogénicos. / Abstract: The transmission of Foodborne Diseases (FBD) by bacteria constitutes a public health problem in the world. The objective of this study was to identify by microbiological and molecular methods the presence of Campylobacter spp., Salmonella spp. and Escherichia coli in broiler chickens at Botucatu, SP, Brazil. Sixty samples of chilled chickens of different brands were randomly collected from supermarkets and meat houses located in both the periphery and the center of the city, in the period from July to October 2015. Later, Campylobacter spp., Salmonella spp., and E. coli were isolated by conventional microbiological methods. Confirmation of the isolated bacteria was performed by biochemical and PCR tests. In addition, proofs to determine antimicrobial resistance and the existence of class 1 integron gene were carried out. Results confirmed the presence of the three assessed bacteria in poultry carcasses from selected establishments. The prevalence was 38.3%, 13.3% and 60% to Campylobacter, Salmonella and E. coli, respectively. Antimicrobial resistance of the isolates was high and the presence of integron class 1 gene has been identified in some pathogens. / Doutor

Pseudomonas aeruginosa is a gram negative bacillus with cosmopolitan distribution. Considered opportunistic pathogen, rarely causes disease in healthy persons. Has naturals and acquireds mechanisms of resistance, doing the clinical handling to be hard. The resistance of multiple drugs have been related in several studies becoming a problem in the hospitals. The proposal of this study was to know the epidemiology of occurrence and antimicrobial resistance of clinical samples of Pseudomonas aeruginosa at a teaching hospital in the countryside of Brazil.Treated from the retrospective analytic observation study, with cases series, P.aeruginosas were studied from the several sites from patients hospitalized in the Clinical Hospital from the Uberlandia`s University Federal (HC-UFU) between 01 April 2010 and March 2011. Positive cultures and patients related to them were identified by searching records of the Clinical Analysis Laboratory of the Hospital de Clinicas, Federal University of Uberlândia. Patient data were obtained from medical records and from the hospital system, \"Hospital Information Service\". It was considered only the first strain from the each patient. The last strain from the patients who isolated more than one strain was used to evaluate the resistance development, even in different sites. Used to statistical analysis the X squared test, calculated in Epi Info program version 3.5.2 and was considered p value of less than 0.05 like statistically significant. 251 patients were assessed. Mean age was 40 years old, male sex prevailed (67.7%). The most common sites were respiratory tract (70; 27.7%), blood/vascular catheter (55; 22.0%) and urine (54; 21.5%). One hundred and twenty (47.8%) patients died, 128 (51.0%) were discharged, two (0.8%) were transferred to another hospital and one (0.4%) was chronically hospitalized until the end of study. Eighty-one (32.2%) patients had more than one positive culture. Except for colistin (sensitivity 100.0%), amikacin was the antibiotic with a higher sensitivity percentage (86.1%).Pseudomonas aeruginosa is a bacterium mainly isolated in the airway, blood/vascular catheter and urine, especially in patients hospitalized for a long time. Almost half of the patients progressed to death. In the hospital studied, there was no colistin-resistant strain, but there were strains exclusively sensitive to this antimicrobial. Other strains were mainly sensitive to amikacin. / Pseudomonas aeruginosa é um bacilo gram negativo de distribuição cosmopolita. Considerado patógeno oportunista, raramente causa infecções em indivíduos saudáveis. Possui mecanismos naturais e adquiridos de resistência, que tornam o manejo clínico difícil. A resistência a múltiplas drogas tem sido relatada em vários estudos, tornando-se um problema nos hospitais. Este estudo teve como objetivo o conhecimento da epidemiologia da ocorrência e a resistência de P.aeruginosa aos antimicrobianos em um hospital de ensino do interior do Brasil. Tratou-se de um estudo retrospectivo, observacional analítico do tipo série de casos, no qual foram avaliadas P. aeruginosas de diversos sítios de pacientes internados no Hospital de Clínicas da Universidade Federal de Uberlândia (HC-UFU) entre 01 de abril de 2010 a 31 de março de 2011. As culturas positivas e os pacientes a elas relacionados foram identificados por busca nos registros do Laboratório de Análise Clínicas do HC-UFU. Os dados dos pacientes foram obtidos dos prontuários e do sistema Serviço de Informação Hospitalar do referido hospital. Considerou-se apenas a primeira amostra de cada paciente. A última amostra daqueles dos quais se isolou mais de uma amostra foi utilizada para avaliar o desenvolvimento de resistência, mesmo de diferentes sítios. Utilizou-se para análise estatística teste Chi-quadrado, efetuado no programa Epi Info versão 3.5.2 e considerou o valor de p<0,05 como indicação de significância estatística. Foram avaliados 251 pacientes. A média de idade foi de 40 anos, predominaram aqueles do sexo masculino (67,7%). Os sítios mais comuns foram: trato respiratório (70; 27,7%), sangue/cateter vascular (55; 22,0%) e urina (54; 21,5%). Cento e vinte (47,8%) pacientes faleceram, 128 (51,0%) receberam alta, 2 (0,8%) foram transferidos para outro hospital e 1 (0,4%) cronicamente hospitalizado assim permaneceu até o final do estudo. Oitenta e um (32,2%) pacientes tiveram mais de uma cultura positiva. Exceção a colistina (sensibilidade de 100,0%), amicacina foi o antibiótico com o maior percentual de sensibilidade (86,1%). Pseudomonas aeruginosa é uma bactéria isolada principalmente das vias aéreas, sangue/cateter vascular e urina, sobretudo de pacientes hospitalizados por longo tempo. Quase a metade evolui para o óbito. No hospital estudado não existe cepa resistente à colistina, mas sim sensíveis apenas a este antimicrobiano. Entre os demais, a maior sensibilidade é à amicacina. / Mestre em Ciências da Saúde