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Identificação de Enterococcus sp. e resistência a antimicrobianos em amostras de regiões costeiras da Lagoa dos Patos / Identication of Enterococcus sp and antimicrobial resistance in samples of coastal regions of Lagoa dos Patos in the south of Brazil

Henkes, Waldir Emilio January 2010 (has links)
O meio ambiente aquático vem recebendo grande carga de poluição fecal, sendo este um dos fatores que contribuem para sua degradação. O objetivo deste trabalho foi identificar bactérias do gênero Enterococcus em oito pontos ao longo da Lagoa dos Patos – RS, com diferentes níveis de degradação ambiental e verificar a resistência a antimicrobianos nestes isolados. Foi observado que nos pontos situados no Parque Itapuã e na praia do Cassino as contagens de Enterococcus sp. foram baixas. Os pontos situados em Tapes e São Lourenço do Sul apresentaram níveis elevados de contagens de Enterococcus sp no verão e na primavera e os pontos na região estuariana de Rio Grande apresentaram valores elevados no outono e inverno. Dentre os antimicrobianos testados a resistência a tetraciclina e a doxaciclina foram verificadas em todos os pontos de coleta, sendo que as maiores percentagens de isolados resistentes foram na região estuarina de Rio Grande. Os Enterococcus spp também apresentaram suscetibilidade diminuída para ampicilina, gentamicina (120μg/ml) e estreptomicina (300 μg/ml) e nenhuma para vancomicina. Entre os isolados resistentes a tetraciclina, as duas espécies mas frequentemente identificadas foram E. faecalis e E. faecium. O nível de resistência à tetraciclina, verificada através da Concentração Inibitória Mínima (CIM), variou de 16μg/ml a 256μg/ml nas duas espécies. Isolados de E. faecalis foram encontrados mais em Tapes e São Lourenço do Sul e E. faecium na região estuarina de Rio Grande, os últimos apresentaram os maiores níveis de resistência a tetraciclina e gentamicina. Os resultados do presente estudo indicam que a contaminação fecal pode estar relacionada ao descarte de dejetos humanos e de animais nestes locais. / The aquatic environment has been receiving a great amount of fecal pollution and this is one of the factors that contribute to its degradation. The aim of the present study was to identify Enterococcus sp in eight collection points with different levels of environmental degradation at Lagoa dos Patos/RS and to verify the antimicrobial resistance among these isolates. We verified low numbers of Enterococcus sp in Parque Itapuã e Praia do Cassino collection points. In Tapes and São Lourenço do Sul, higher counting of Enterococcus were observed during summer and spring seasons and at the estuarine area of Rio Grande, higher numbers were observed during autumn and winter. Among the antimicrobial drugs tested, the resistance to tetracycline and doxycycline was detected in all collection sites and the highest percentages of resistant isolates were in the estuarine area of Rio Grande. The Enterococcus spp have also presented diminished susceptibility to ampicillin, gentamicin (120μg/ml) and streptomycin (300 μg/ml) and none to vancomycin. Among the isolates resistant to tetracycline, E. faecalis e E. faecium were the most identified species. The resistance level to tetracycline, verified by MIC analysis, varied from 16μg/ml to 256μg/ml in both species. E. faecalis isolates were found mostly in Tapes and São Lourenço and E. faecium, in the estuarine area of Rio Grande and among these, the higher level of resistance to tetracycline and gentamycin was verified. The results from the present study indicate that the fecal contamination from this sampling points can be related to the discharge of human and animal waste.
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Detecção de betalactamases de espectro expandido (ESBL) em cepas de coliformes isoladas de carne de frango comercializada na cidade de Fortaleza, Ceará. / Detention of betalactamases of specter expanded (ESBL) in cepas of isolated coliformes of poultry meat commercialized in the city Fortaleza, Ceará.

Souza, Germana Conrado de January 2007 (has links)
SOUZA, Germana Conrado de. Detecção de betalactamases de espectro expandido (ESBL) em cepas de coliformes isoladas de carne de frango comercializada na cidade de Fortaleza, Ceará. 2007. 118 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Departamento de Tecnologia de Alimentos, Curso de Mestrado em Tecnologia de Alimentos, Fortaleza-CE, 2007 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-06-08T12:16:01Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_gcsouza.pdf: 591918 bytes, checksum: d21477fb14b177c756c5c364cea58315 (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-06-08T12:16:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_gcsouza.pdf: 591918 bytes, checksum: d21477fb14b177c756c5c364cea58315 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-08T12:16:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_gcsouza.pdf: 591918 bytes, checksum: d21477fb14b177c756c5c364cea58315 (MD5) Previous issue date: 2007 / The poultry processing industry depends on the biosafety and quality of the products offered to the population, and is the cheapest and more affordable source of proteins. The intensive production process of poultry products requires constant microbiological controls. This study was aimed to assess the microbiological conditions of this product and to perform an antimicrobial susceptibility test and the screening of ESBL-producing bacteria on the strains isolated from the collected samples. Between April and November 2006, 80 samples of fresh and freezed poultry meat marketed in the city of Fortaleza were collected. The microbiological protocol included an aerobic mesophile bacterial count, and the determination of the coliform MPN at 35oC and 45oC, according to the ANVISA (National Sanitary Surveillance Agency) resolution RDC 12 of January 02, 2001. The susceptibility test was carried out according to the disk diffusion technique (KIRBY-BAUER), and the screening for ESBL-producing strains was performed by CLSI. The used antibiotics were amikacine (30µg), ampicillin (10µg), ciprofloxacin (5µg), ceftazidime (30µg), streptomycin (10µg), doxycycline (30µg), gentamicin (10µg), imipenem (10µg), sulphonamide (300µg) and sulfamethoxazol/trimetroprim (25µg). The mesophile bacterial count in the 80 tested strains ranged from <1.0 x 10 CFU/g to 6.3 x 10 CFU/g. 34 (43%) of the samples were positive for coliforms at 35oC and 17 (21%) for coliforms at 45oC. In the 11 E. coli strains, the highest resistance was found against doxycycline (91%), while 27% of the strains were 100% sensitive to amikacin, gentamicin and imipenem. Within the 22 Klebsiella pneumonia isolated strains, the highest resistance was against ampicillin (94.5%), with the highest sensitivity to gentamicin, sulfamethoxazol/trimetroprim and amikacin (94.5%, 94.5%, and 90%, respectively). Of the 19 Enterobacter aerogenes strains, 90.1% were resistant to ampicillin and 95.4% showed to be sensitive to ciprofloxacin. Of the 11 strains of Escherichia coli, 22 of Klebsiella pneumoniae and 19 of Enterobacter aerogenes, only 4, 9 and 5 strains, respectively, showed to have an ESBL-producing phenotype, and only 3 (33%) of the K. pneumoniae strains and 3 (60%) of the E. aerogenes strains were confirmed as being ESBL producers. We verified the poultry meat to be microbiologically flawed, as shown by the high number of mesophile aerobic bacteria and coliforms grown at 35oC and at 45oC, being a warning sign for the occurrence of DTA, even by microorganisms resistant to multipleantibiotics and ESBL producers. The implementation of a Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP) system involving all the processing stages can be an effective measure in order to improve the quality and safety of this product. / A cadeia produtiva do frango de corte depende da biossegurança e da qualidade dos produtos que são ofertados à população, visto ser essa a fonte de proteína mais acessível e barata. O intenso processamento de produtos avícolas necessita de constantes averiguações a respeito da sua qualidade microbiológica. Diante do exposto, este trabalho teve como objetivo avaliar as condições microbiológicas e de realizar o teste de susceptibilidade antimicrobiana e detecção de bactérias produtoras de ESBL das cepas de microrganismos isoladas das amostras coletadas. No período de abril a novembro de 2006 foram coletadas 80 amostras de carne de frango resfriada e congelada comercializada na cidade de Fortaleza, Ceará. O protocolo microbiológico incluiu a contagem de bactérias aeróbias mesófilas, determinação do NMP de coliformes a 35°C e a 45°C, de acordo com a RDC n° 12 de 02 de janeiro de 2001 da ANVISA. Para o teste de susceptibilidade a antimicrobianos foi utilizada a técnica de difusão em placas segundo KIRBY-BAUER e CLSI, para detecção de cepas produtoras de ESBL. Os antibióticos usados foram: amicacina (30µg), ampicilina (10µg), ciprofloxacina (05µg), ceftazidima (30µg), estreptomicina (10µg), doxiciclina (30µg), gentamicina (10µg), imipenem (10µg), sulfonamida (300µg) e sulfametoxazol/trimetroprim (25µg). Das 80 amostras analisadas, a contagem de mesófilos variou de <1,0 x 10 UFC/g a 6,3 x 105 UFC/g, 34 (43%) das amostras foram positivas para coliformes a 35°C e 17 (21%) para coliformes a 45°C. Quanto ao teste de susceptibilidade antimicrobiana, o maior percentual de resistência encontrado nas 11 cepas de Escherichia coli foi à doxiciclina (91%); 27% das cepas foram 100% sensíveis a amicacina, gentamicina e imipenem. Das 22 cepas de Klebsiella pneumoniae isoladas, a maior resistência foi à ampicilina (94,5%); maior sensibilidade a gentamicina, sulfametoxazol/trimetroprim e amicacina, 94,5%, 94,5% e 90%, respectivamente. Das 19 cepas de Enterobacter aerogenes, 90,1% foram resistentes a ampicilina e 95,4% apresentaram sensibilidade a ciprofloxacina. Das 11 cepas de Escherichia coli, 22 de Klebsiella pneumoniae e 19 de Enterobacter aerogenes, apenas 4, 9 e 5 cepas apresentaram o fenótipo produtor de ESBL, respectivamente, e destas somente 3 (33%) das cepas de Klebsiella pneumoniae e 3 (60%) das cepas de Enterobacter aerogenes foram confirmadas como produtoras de ESBL. Foi possível constatar que a carne de frango apresentaram falhas em relação a qualidade microbiológica, como demonstrado pela presença de elevado número de bactérias aeróbias mesófilas, coliformes a 35°C e coliformes a 45°C, sinalizando para o risco potencial de ocorrência de DTA, inclusive por microrganismos multi-resistentes à antimicrobianos e produtores de ESBL. A implementação de um sistema de Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle (APPCC), envolvendo todas as etapas do processamento, pode constituir uma medida eficaz para a melhoria da qualidade e segurança do produto
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Influência do uso de antimicrobianos na ração de suínos criados com diferentes níveis de medicação sobre resistência de Escherichia coli e perfil da microbiota intestinal / Influence of antimicrobial administration in feed of pigs raised with different medication levels on the Escherichia coli resistance and on the gut microbiota profile

Pissetti, Caroline January 2016 (has links)
Bactérias resistentes aos antimicrobianos representam um risco, não apenas para a saúde animal, como também para a saúde pública. As bactérias comensais, como Escherichia coli, são consideradas um bom indicador do padrão de resistência de uma população microbiana, uma vez que, por residirem no intestino, estão submetidas à constante pressão de seleção resultante da administração de antimicrobianos, podendo sobreviver ao processo de abate de suínos e chegar aos consumidores. Neste sentido, os objetivos deste estudo foram: i. avaliar a frequência de resistência antimicrobiana fenotípica e a presença de grupos clonais em E. coli isoladas de fezes e carcaças suínas; ii. determinar o perfil fenotípico e genotípico de resistência aos antimicrobianos em isolados multirresistentes de E. coli provenientes de carcaças de suínos e identificar grupos clonais presentes em carcaças suínas; iii. comparar o perfil fenotípico de resistência antimicrobiana em isolados de E. coli de fezes de suínos submetidos a diferentes protocolos de administração de antimicrobianos via ração; iv. descrever o perfil da microbiota intestinal de suínos submetidos a diferentes protocolos de uso de antimicrobianos via ração. Para isto, três etapas distintas foram realizadas. Na etapa 1, dois ciclos de amostragem foram conduzidos em três matadouros-frigoríficos (A, B, C) de suínos, sendo coletado fezes depositadas no piso da pocilga de espera e suabes de superfície de carcaças na etapa de pré-resfriamento. Escherichia coli foi isolada dessas duas origens e avaliada quanto à resistência aos antimicrobianos. Além disso, 92 isolados de ambas as origens apresentando perfil de multirresistência foram submetidos à análise por Pulsed-field gel eletrophoresis (PFGE). Para a etapa 2, os isolados multirresistentes provenientes de carcaças foram submetidos a novos testes de sensibilidade antimicrobiana e de acordo com o perfil fenotípico foram pesquisados quanto aos genes de resistências e submetidos à técnica de PFGE. Em relação a etapa 3, quatro grupos de suínos que utilizavam protocolos distintos de uso de antimicrobianos via ração foram acompanhados em todas as fases zootécnicas e avaliados quanto a frequência de resistência antimicrobiana de E. coli e perfil bacteriano da microbiota intestinal através do sequenciamento de duas regiões do gene 16S rRNA. Entre os 674 isolados de E. coli da etapa 1 apenas 7,4% foram susceptíveis a todos os antimicrobianos testados. As maiores frequências de resistência foram identificadas frente à tetraciclina (85,9%), ampicilina (73,0%), sulfonamida (70,0%), florfenicol (65,0%) e ácido nalidíxico (58,9%). Do total de isolados de E. coli, 79,5% (536/674) foram classificados como multirresistentes. A análise de macro restrição (PFGE), conduzida em isolados apresentando perfis de multirresistência mais prevalentes, demonstrou que isolados de fezes e carcaças eram na maioria dos casos relacionados (similaridade ≥70%) nos três matadouros-frigoríficos. Dos isolados multirresistentes provenientes das carcaças, dez novos antimicrobianos foram testados; em relação a esses, as maiores frequências de resistências foram à cloranfenicol (86,4%), estreptomicina (65,8%) e trimetoprima (57%). Cada matadouro-frigorífico apresentou um perfil distinto de multirresistência predominante. Nos isolados submetidos à pesquisa de genes de resistência, foram detectados por ordem de frequência: strA (83,3%); aac(3)IVa (70%); tetB (70%); sul2 (60%); floR (56,6%); tetA (50%); aph(3)Ia (43,3%); sul3 (26,6%) e blaTEM (10%); três grupos de isolados relacionados (similaridade ≥ 70%) foram encontrados na análise por PFGE. Em relação à etapa 3, os grupos com diferentes protocolos de uso antimicrobianos via ração não apresentaram alteração significativa no perfil de microbiota intestinal e contagem de E. coli; entretanto, os perfis fenotípicos de resistência antimicrobiana foram distintos entre os grupos. O grupo que recebia protocolo com uso alternado de antimicrobianos de seis classes distintas apresentou maior frequência de resistência e multirresistência. De acordo com os resultados encontrados protocolos de uso continuado de antimicrobianos na criação de suínos gera uma pressão seletiva, resultando em cepas multirresistentes que podem sofrer propagação no ambiente e na cadeia de produção de alimentos. Considerando os perfis de resistência encontrados em E. coli originada de carcaças suínas e fezes, em todas as etapas deste trabalho, observou-se que essas cepas são selecionadas na granja pelo uso de antimicrobianos, chegaram ao pré-abate, disseminaram-se na linha de abate e contaminar a carcaça. O uso prudente de antimicrobianos é amplamente citado em toda a literatura científica veterinária e, conforme nossos resultados demonstraram, deve ser incluído entre as metas da suinocultura brasileira. / Bacteria resistant to antimicrobials present a hazard not only for animal health but public health too. Commensal bacteria, such as Escherichia coli, are considered a good indicator of microbial population resistance, because they live in gut and are subjected to constant pressure resulting selection of the administration of antibiotics, may survive in slaughtering process and get consumers. In this sense, the aims of this study were: i. to evaluate the frequency of antimicrobial phenotype resistance and presence of clonal groups for E. coli isolated from feces and pig carcasses; ii. to determine phenotypic profile and antimicrobial genotypic resistance in multiresistant E. coli isolated from pig carcasses and identify clonal groups present in pig carcasses; iii. to compare phenotypic profile of antimicrobial resistance in E. coli from swine feces submitted to different antimicrobial in-feed protocols; iv. to describe gut microbiota profile in pigs submitted to different antimicrobial in-feed protocols. For this, three steps were performed. In step 1, two sampling cycles were conducted in three slaughterhouses (A, B, C) of pigs being collected feces deposited in pen floor and pre-chill carcasses. Escherichia coli was isolated from these two sources and evaluated for antimicrobial resistance. In addition, 92 isolates with multidrug resistance profile were analyzed by pulsed-field gel eletrophoresis (PFGE). In step 2, isolated from carcasses and multiresistant underwent new antimicrobial susceptibility testing and in accordance with the phenotypic profile were screened for the resistance gene and PFGE. In step 3, four groups of pigs used different antimicrobial in-feed protocols were followed in all phases and evaluated frequency of antimicrobial resistance and gut bacterial profile by sequencing two regions of 16S rRNA. Among the 674 E. coli isolates from step 1 just 7.4% were susceptible to all antibiotics. The highest frequencies of resistance were: tetracycline (85.9%), ampicillin (73.0%), sulfonamide (70.0%), florfenicol (65.0%) and nalidixic acid (58.9%). Of total E. coli isolates, 79.5% (536/674) were multidrug. Macrorestriction analysis (PFGE), conducted in isolates with profiles more prevalent multidrug resistance showed that isolated from feces and carcasses were in most cases related (≥70% similarity) in the three slaughterhouses. The multiresistant isolates from carcasses, ten new antibiotics were tested, with greatest frequency in add antimicrobial resistance were: chloramphenicol (86.4%), streptomycin (65.8%) and trimethoprim (57%). Each slaughterhouse showed a distinct profile of resistance and number of resistance markers. Isolates submitted to research genes were detected in order of frequency: strA (83.3%); aac(3)IV (70%); tetB (70%); sul2 (60%); floR (56.6%); tetA (50%); aph(3)Ia (43.3%); sul3 (26.6%) and blaTEM (10%); and three related groups (similarity ≥ 70%) were formed in PFGE. For step 3, groups with different antimicrobial in-feed had no significant change in gut microbiota profile and E. coli counts; however the phenotypic profiles of antimicrobial resistance were different between the groups. The group receiving protocol with alternate use of antimicrobials six different classes showed higher frequency of resistance and multidrug resistance. According to the results, different protocols of antimicrobial in pig farming creates a selective pressure, resulting in multi-drug resistant strains that may contribute to spread environment and in food production chain. Considering the resistance profiles found in E. coli originated from swine carcasses and feces, in all stages of this work, it was observed that these strains were selected for in farm by use of antimicrobials, reached the pre-slaughter, spread in the slaughterhouse and carcasses. The concept of prudent use of antimicrobials is widely quoted in all the veterinary scientific literature and, as our results showed, it should be included among the goals of the Brazilian pig farming.
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Resistência antimicrobiana de Enterococcus sp. isolados de carcaças suínas na etapa de pré-resfriamento / Antimicrobial resistance of Enterococcus spp. isolated from swine carcasses at the pre-chill stage

Campos, Thais de January 2013 (has links)
A presença de bactérias resistentes a antimicrobianos vem sendo monitorada de forma cada vez mais frequente em produtos de origem animal, com o intuito de evitar a disseminação dessas cepas para humanos via cadeia alimentar. O gênero Enterococcus encontra-se entre os patógenos mais relevantes nas infecções hospitalares em humanos e tem capacidade de adquirir resistência a diversos antimicrobianos. No presente estudo foi avaliada a frequência de isolamento e a resistência antimicrobiana de Enterococcus sp. de carcaças suínas na etapa de pré-resfriamento, em três matadouros-frigoríficos localizados no estado de Santa Catariana. Dois ciclos de amostragem foram conduzidos em cada estabelecimento resultando em 252 suabes de carcaças. A partir dessas amostras, foram obtidos 240 isolados de Enterococcus sp. identificados por testes fenotípicos e pela detecção do gene tuf e ddlE.faecalis pela técnica de reação em cadeia da polimerase. Todos os isolados de Enterococcus sp. foram testados quanto à resistência a antimicrobianos pela técnica de difusão em ágar. A espécie mais prevalente foi Enterococcus faecalis (E. faecalis), presente em 90,83% das amostras de carcaça. Foi observada resistência à tetraciclina (42,5%), eritromicina (26,7%), estreptomicina (20,4%), ciprofloxacina (13,8%), cloranfenicol (12,1%) e a gentamicina (10,4%). Não foram encontrados isolados resistentes à vancomicina, teicoplanina e ampicilina. Os isolados que apresentaram perfil intermediário e resistente aos antimicrobianos ciprofloxacina e eritromicina, no teste de disco-difusão, foram submetidos à determinação da concentração inibitória mínima (CIM). Em relação à ciprofloxacina, das 25 cepas com resistência intermediária no teste de disco-difusão, todas apresentaram CIM na concentração limítrofe (1,56 μg/mL), entre a sensibilidade e resistência, enquanto nas 74 cepas intermediárias frente à eritromicina, apenas duas apresentaram valor limítrofe máximo (4 μg/mL). Conclui-se que o gênero Enterococcus está presente em carcaças suínas na etapa de pré-resfriamento, sendo a espécie E. faecalis a mais encontrada. Apesar de existirem isolados resistentes a antimicrobianos usados na terapêutica humana, os resultados indicam que isolados resistentes a vancomicina, teicoplanina e ampicilina não estão presentes em carcaças suínas nos abatedouros estudados. / The presence of antimicrobial-resistant bacteria has been increasingly monitored in animal products in order to prevent the spread of these strains to humans through the food chain. The genus Enterococcus is among the most important pathogens in hospital infections in humans and is able to acquire resistance to several antibiotics. In the current study, the frequency of isolation and antimicrobial resistance of Enterococcus sp. from swine carcasses at the pre-chill stage in three slaughterhouses located in the state of Santa Catarina were evaluated. Two sampling cycles were performed at each establishment and 252 carcass swabs were taken. A total of 240 strains of Enterococcus sp. were identified by phenotypic testing and by PCR detection of tuf and ddI genes. All Enterococcus isolates were tested for resistance against antimicrobials by the agar diffusion technique. The most prevalent species was Enterococcus faecalis (E. faecalis), present in 90.83% of the carcass samples. Tetracycline (42.5%), erythromycin (26.7%), streptomycin (20.4%), ciprofloxacin (13.8%), chloramphenicol (12.1%) and gentamicin (10.4%) resistance was observed. No isolates were found resistant to vancomycin, teicoplanin and ampicillin. The isolates with intermediate and resistant profile to antimicrobials ciprofloxacin and erythromycin were further subjected to minimum inhibitory concentration (MIC) determination. Regarding ciprofloxacin, all the 25 strains with intermediary resistance profile in the disk diffusion test presented MIC at the limit concentration (1.56μg/mL) between sensitivity and resistance, while from 74 intermediary resistant strains against erythromycin only two presented MIC at the limit concentration (4 μg/mL). It is concluded that the genus Enterococcus is present in swine carcasses during the pre-chill stage and the species E. faecalis is the most prevalent. Although resistance against antimicrobials used for the human treatment has been found, the results indicate that isolates resistant to vancomycin, teicoplanin and ampicillin are not present on pig carcasses from those abattoirs.
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Identificação de grupos clonais, resistência aos antimicrobianos e presença de genes associados à formação de biofilmes (icaA e icaD) em Staphylococcus aureus isolados de propriedades produtoras de leite bovino

Girardini, Lilian Kolling January 2013 (has links)
Staphylococcus aureus destaca-se como principal micro-organismo associado à mastite bovina contagiosa, sendo que as infecções crônicas podem ser causadas pelo crescimento bacteriano na forma de biofilmes, o que pode estar associado à persistência desta bactéria na glândula mamária e à resistência a diversos antimicrobianos. Estudos epidemiológicos empregando técnicas como a macrorestrição seguida de eletroforese em campo pulsado (PFGE) têm sido realizados, com a finalidade de identificar clones e caracterizar as infecções por S. aureus. Os objetivos deste estudo foram: avaliar a frequência de isolamento de S. aureus em amostras de leite colhidas periodicamente em um grupo de propriedades leiteiras do Vale do Taquari, RS; avaliar o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos dos isolados de S. aureus identificados; classificar esses isolados em grupos clonais; avaliar a distribuição e a permanência dos grupos clonais nas propriedades leiteiras ao longo do tempo, além de verificar a presença de genes relacionados à formação de biofilmes (icaA e icaD). Foram colhidas amostras de leite de todas as vacas em lactação de 21 propriedades, amostradas semestralmente durante dois anos, totalizando 1060 amostras. A presença de S. aureus nas amostras foi detectada por isolamento e a identificação foi realizada de acordo com o National Mastitis Council. Isolados confirmados foram testados, pela técnica de disco difusão em ágar, quanto à suscetibilidade frente a treze antimicrobianos. Os isolados também foram submetidos à macrorrestrição do DNA total – PFGE e posteriormente testados pela PCR para detecção dos genes icaA e icaD. Das 1060 amostras avaliadas, 395 não apresentaram crescimento bacteriano. Staphylococcus sp. coagulase negativa foram identificados em 262 amostras, seguido de 136 amostras em que identificou-se S. aureus. A frequência de isolamento de S. aureus variou de 3,45% a 70,59% nas 17 propriedades em que este agente estava presente. No teste de suscetibilidade aos antimicrobianos, a maioria (75,7%) dos 132 isolados testados apresentaram perfil de sensibilidade, sendo a resistência mais frequente à penicilina (18,2%) e ampicilina (14,4%). Em apenas 27,3% dos isolados detectou-se os genes associados à formação de biofilmes pesquisados, sendo o gene icaD o mais prevalente, seguido da presença de ambos os genes. Os 122 isolados clivados pela enzima SmaI e submetidos à PFGE foram classificados em 38 grupos clonais. Observaram-se poucos grupos clonais persistentes, pois somente seis foram descritos consecutivamente em pelo menos duas coletas. O grupo clonal 16 foi o mais prevantente, apresentando isolados em uma mesma propriedade ao longo de dois anos. Conclui-se que Staphylococcus aureus está presente na glândula mamária de bovinos em lactação em pequenas propriedades da região. Esses isolados apresentam baixa frequência de resistência aos antimicrobianos. Há uma grande variabilidade de pulsotipos entre os isolados presentes nessas propriedades, porém poucos grupos clonais persistem nas propriedades amostradas. Não foi possível associar a permanência dos grupos clonais nos rebanhos à presença dos genes icaA e icaD ou ao perfil de resistência a antimicrobianos. / Staphylococcus aureus stands out as the main microorganism associated with bovine contagious mastitis, whereas chronic infections can be caused by bacterial growth in the form of biofilms, which can be associated with the persistence of the bacteria in the mammary gland and resistance to various antibiotics. Epidemiological studies employing techniques such as macrorestriction followed by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) have been carried out, aiming to identify clones and characterize S. aureus infections. The objectives of this study were: to assess the frequency of S. aureus isolation in milk samples collected periodically in a group of dairy farms from Taquari Valley, RS; evaluate the profile of antimicrobial susceptibility of S. aureus identified isolates; classify these isolates in clonal groups; assess the distribution and retention of clonal groups in dairy herds over time and to verify the presence of genes related to biofilm formation (icaA and icaD). Milk samples were collected from all lactating cows from 21 properties that were sampled every six months for two years, totaling 1060 samples. The presence of S. aureus in the samples was detected by isolation and the identification was performed according to National Mastitis Council. Confirmed isolates were tested for susceptibility to thirteen antimicrobial by disk diffusion technique in agar. The isolates also underwent macro-restriction of total DNA - PFGE and were subsequently tested by PCR for detection of genes icaA and icaD. Of the 1060 samples tested, 395 showed no bacterial growth. Staphylococcus sp. coagulase-negative samples were identified at 262, followed by 136 samples in which S. aureus was identified. The frequency of isolation of S. aureus ranged from 3.45% to 70.59% in 17 properties wherein this agent was present. In antimicrobial susceptibility testing, the majority (75.7%) of the 132 isolates tested showed sensitivity profile, being most frequent resistance to penicillin (18.2%) and ampicillin (14.4%). In only 27.3% of the isolates were detected genes associated with biofilm formation surveyed and icaD was the most prevalent, followed by the presence of both genes. The 122 isolates cleaved by SmaI and submitted for PFGE were classified into 38 clonal groups. There were few persistent clonal groups, because only six groups were described consecutively in at least two collections. The clonal group 16 was the most prevalent, presenting isolates at the same property over two years. Is conclusive that Staphylococcus aureus is present in the mammary gland of lactating cattle on small farms in the region. These isolates have low frequency of antimicrobial resistance. There is great variability of pulsotypes among isolates in those properties, but few clonal groups persist in the sampled properties. It was not possible to associate the permanence of clonal groups in herds to the presence of icaA and icaD or to the profile of antimicrobial resistance.
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Atividade antimicrobiana do óleo essencial de plantas condimentares/medicinais frente a diferentes sorovares de Salmonella enterica / Antimicrobial activity of the essential oil of medicinal plants against serovars of Salmonella enterica

Majolo, Cláudia January 2013 (has links)
O estudo objetivou avaliar a atividade antibacteriana, in vitro, dos óleos essenciais de erva cidreira (Lippia alba (Mill) NEBr), hortelã-pimenta (Mentha x piperita L.), alfavaca-cravo (Ocimum gratissimum L.), açafrão (Curcuma longa L.) e gengibre (Zingiber officinale Roscoe) cultivados nas condições de Manaus/AM frente a 20 amostras de Salmonella enterica isoladas de frango resfriado, carne mecanicamente separada de frango, farinha de vísceras e farinha de carne e ossos. A concentração inibitória mínima (CIM) e concentração bactericida mínima (CBM) foram determinadas empregando-se o método de microdiluição. Os óleos foram analisados quanto a composição química através de cromatógrafo à gás acoplado ao espectrômetro de massa (CG-EM). Além da atividade dos óleos essenciais a resistência a antimicrobianos fármacos também foi avaliada através da técnica de disco-difusão. Os compostos majoritários foram: para o óleo de Lippia alba (Mill) NEBr) (carvona 61,7% e limoneno 17,5%), Mentha x piperita L. (mentol 27,5%, mentofurano 22,5%, pulegona 12,8%, acetato de metila 12,5% e mentona 11%), Ocimum gratissimum L. (eugenol 43,3% e 1,8-cineol 28,2%), Curcuma longa L. (ar-tumerona 17,9%, alfa-tumerona 14,6% e 1,8- cineol 14,2%) e para Zingiber officinale Roscoe (geranial 23,9%, neral 17,2%, 1,8- cineol 16,0% e canfeno 11,4%). Os resultados deste estudo permitiram evidenciar a superioridade da atividade dos óleos de Lippia alba (Mill) NEBr, Ocimum gratissimum L. e Zingiber officinale Roscoe (média das CIM´s de 4821 a 5750 μg/mL e média das CBM´s de 6190,5 a 6500,1 μg/mL) frente às salmonelas isoladas, em comparação aos óleos de Mentha x piperita L. e Curcuma longa L., demonstrando o potencial como agente antibacteriano natural destas três espécies frente a diferentes sorovares do patógeno avaliado. Todos os isolados apresentaram resistência a pelo menos dois agentes antimicrobianos. Os isolados foram frequentemente resistentes à estreptomicina (95%), ácido nalidixico (75%) e gentamicina (70%) e sensíveis à norfloxacina (45%), ciprofloxacina (20%) e cloranfenicol (20%). Entre as 20 amostras de Salmonella enterica foram identificados oito sorovares diferentes com predomínio da Salmonella Mbandaka, Salmonella Enteritidis, Salmonella Agona e Salmonella Schwarzengrund, sendo que os sorovares Mbandaka e Enteritidis foram os que apresentaram maior resistência aos fármacos antimicrobianos. A resistência antimicrobiana significativa verificada em diferentes sorovares de Salmonella enterica indica que estratégias de prevenção devem ser adotadas, como estudos epidemiológicos e uso consciente de antimicrobianos tanto na alimentação animal, quanto no tratamento de pacientes, visando minimizar o aparecimento de sorovares ainda mais resistentes ou resistentes a princípios ativos atualmente eficazes. Neste sentido, os óleos essenciais de Ocimum gratissimum L., Lippia alba (Mill) NEBr e Zingiber officinale Roscoe, representam uma alternativa para o controle de Salmonella enterica, entretanto, demais estudos abordando o sinergismo com carne de frango e farinhas de origem animal são indicados. / The study aimed to evaluate the antibacterial activity in vitro of the essential oils of cidreira (Lippia alba (Mil) NEBr), peppermint (Mentha x piperita L.), alfavaca-cravo (Ocimum gratissimum L.), turmeric (Curcuma longa L.) and ginger (Zingiber officinale Roscoe) grown under conditions of Manaus / AM front of 20 samples of Salmonella enterica isolates from chilled poultry, mechanically separated chicken meat, meat and bone meal and poultry viscera meal. Minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) were determined employing a microdilution method. The oils were analyzed for chemical composition by gas chromatography coupled with mass spectrometry (GC-MS). Besides the activity of essential oils, the resistance to antimicrobial drugs was also assessed by disk diffusion technique. The major compounds were: for Lippia alba (Mil) NEBr oil (carvone 61,7% and limonene 17,5%), Mentha x piperita L. (menthol 27,5%, menthofuran 22,5 %, pulegone 12,8 %, methyl acetate 12,5% and menthone 11%) Ocimum gratissimum L. (eugenol 43,3% and 1,8-cineole 28,2%), Curcuma longa L. (ar tumerona 17,9%, alphatumerona 14,6% and 1,8-cineole 14,2%) and Zingiber officinale Roscoe (geranial 23,9%, neral 17,2%, 1,8-cineole 16,0% and camphene 11,4%). The results of this study showed the superiority activity of Lippia alba (Mil) NEBr, Ocimum gratissimum L. and Zingiber officinale Roscoe oil (CIM's average from 4821 to 5750 and CBM's average from 6190.5 to 6500.1 μg/mL) against Salmonella isolated compared to Mentha x piperita L. and Curcuma longa L. oils, demonstrating the potential as natural antibacterial agent of these three species against different serovars of the pathogen evaluated. All isolates were resistant to at least two antimicrobial agents. The isolates were often resistant to streptomycin (95%), nalidixic acid (75%) and gentamicin (70%) and sensitive to norfloxacin (45%), ciprofloxacin (20%) and chloramphenicol (20%). Among the 20 strains of Salmonella enterica serovars were identified eight different with a predominance of Salmonella Mbandaka, Salmonella Enteritidis, Salmonella Agona and Salmonella Schwarzengrund, and the Enteritidis and Mbandaka serovars showed the highest antimicrobial resistance. The significant antimicrobial resistance occurs in different serovars of Salmonella enterica indicates that prevention strategies should be adopted, such as epidemiological studies and conscious use of antimicrobials both in animal feed, as in the treatment of patients in order to minimize the emergence of even more resistant serovars or resistant tho currently effective active principles. In this sense, the essential oil of Ocimum gratissimum L., Lippia Alba (Mill) NEBr and Zingiber officinale Roscoe represent an alternative for the control of Salmonella enterica, however, other studies addressing the synergism with chicken meat and animal meal are indicated.
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Caracterização da frequência de resistência antimicrobiana de Campylobacter jejuni isolados de frangos de corte

Paravisi, Mariana January 2017 (has links)
O uso de antimicrobianos de forma terapêutica, preventiva e promotora de crescimento trouxe inúmeras vantagens para a avicultura mundial, entretanto a utilização excessiva dos antimicrobianos e de maneira indevida tem estimulado um aumento no número de micro-organismos resistentes. Entre eles, destaca-se o Campylobacter jejuni, bactéria frequentemente associada a enterites em humanos, sendo o frango a principal reservatório e fonte de transmissão deste patógeno para o homem. A transmissão de bactérias resistentes entre animais e seres humanos pode resultar em infecções multirresistentes e insucesso no tratamento terapêutico, sendo a exposição continua destes micro-organismos a esses medicamentos o fator mais importante na origem da resistência. Diante desse cenário, objetivou-se nesse trabalho investigar e caracterizar, através de métodos fenotípico e genotípico, a susceptibilidade antimicrobiana de 54 isolados de C. jejuni coletados em diferentes etapas do processamento da carne de frango de matadouro-frigoríficos da região do Rio Grande do Sul. Para a determinação do MIC, os isolados foram testados frente aos seguintes antimicrobianos: ácido nalidíxico, ciprofloxacina, cloranfenicol, eritromicina, gentamicina e tetraciclina. Dos 54 isolados de C. jejuni, 94,4% foram resistentes a ciprofloxacina, 83,3% ao ácido nalidíxico, 51,8% a tetraciclina e 48% a eritromicina. Todos os isolados foram sensíveis a gentamicina e ao cloranfenicol. Doze isolados foram resistentes a três classes diferentes de antibióticos, sendo assim considerados multi-resistentes. Para verificar a presença da mutação gênica da Região Determinante de Resistência à Quinolona (RDRQ) no gene gyrA, foi realizado sequenciamento gênico de 31 isolados considerados resistentes por métodos fenotípicos. Todos os isolados possuíam a mutação Tre-86-Ile na RDRQ do gene gyrA, que confere resistência às fluoroquinolonas, confirmando a predominância dessa mutação em Campylobacter spp. resistentes a esses antimicrobianos. A ocorrência do gene de resistência à tetraciclina foi verificada por PCR. Dos 28 isolados considerados resistentes por métodos fenotípicos, 42,8% possuíam o gene tet(O), que confere resistência as tetraciclinas. Os resultados mostram um alto nível de resistência antimicrobiana em C. jejuni evidenciando a necessidade da implementação de políticas de uso prudente de antimicrobianos na medicina veterinária. / The use of antimicrobials in a therapeutic, preventive and growth promoting way has brought numerous advantages to the world poultry industry; however, the excessive and undue use of antimicrobials has stimulated an increase in the number of resistant microorganisms. Among them, we highlight Campylobacter jejuni, a bacterium frequently associated with enteritis in humans, with chicken being the main reservoir and source of transmission of this pathogen to man. The transmission of resistant bacteria between animals and humans can result in multi resistant infections and failure in therapeutic treatment, and the continued exposure of these microorganisms to these drugs is the most important factor in the source of resistance. Therefore, the aim of this study was to investigate and characterize, through phenotypic and genotypic methods, the antimicrobial susceptibility of 54 C. jejuni isolates collected at different stages of the processing of chicken meat from slaughterhouse in Rio Grande do Sul. For MIC determination, strains were tested against the following antimicrobials: nalidixic acid, ciprofloxacin, chloramphenicol, erythromycin, gentamicin and tetracycline. Of the 54 isolates of C. jejuni, 94.4% were resistant to ciprofloxacin, 83.3% to nalidixic acid, 51.8% to tetracycline and 48% to erythromycin. All isolates were sensitive to gentamicin and chloramphenicol. Twelve strains were resistant to three different classes of antibiotics, thus being considered multi resistant. To verify the presence of the gene mutation of the Quinolone Resistance Determinant Region (QRDR) in the gene gyrA, gene sequencing of 31 strains considered resistant by phenotypic methods was performed. All strains had the Tre-86-Ile mutation in the QRDR of the gyrA gene, which confers resistance to fluoroquinolones, confirming the predominance of this mutation in Campylobacter spp. resistant to these antimicrobials. The occurrence of tetracycline resistance gene was verified by PCR. Of the 28 strains considered resistant by phenotypic methods, 42.8% had the tet(O) gene. The results show a high level of antimicrobial resistance in C. jejuni that evidences the need for implementation of policies in the prudent use of antimicrobials in veterinary medicine.
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Enterococcus sp. isolados de fezes de macaco-prego (Sapajus nigritus) (Goldfuss, 1809) coletadas em remanescentes de mata atlântica e cativeiro, no estado do Rio Grande do Sul, Brasil / Enterococcus sp. isolates of fezes of black monkey capuchin (Sapajus nigritus) (Goldfuss, 1809) collected in remanescents of atlantic forest and captivity, in the state of Rio Grande do Sul, Brasil

Grassotti, Tiela Trapp January 2018 (has links)
Enterococcus são associados à microbiota intestinal de mamíferos e aves. Além dos primatas apresentarem estreita relação evolutiva com seres humanos, é pouco conhecido o impacto da resistência antimicrobiana associada às bactérias comensais, como os enterococos. O trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar enterococos isolados de amostras fecais de macacos-prego (Sapajus nigritus) em relação a determinantes de resistência e virulência. As amostras foram coletadas de animais vivendo em cativeiro no Zoológico de Sapucaia do Sul (ZOO) e selvagens, nas cidades de São Sebastião do Caí (SSC) e Santa Cruz do Sul (SCS). As espécies isoladas foram identificadas utilizando a técnica de MALDI-TOF. Estas foram testadas frente a 12 antimicrobianos através do método disco difusão. Genes que conferem resistência à tetraciclina (tetM, tetL e tetS), fluoroquinolonas (gyrA), eritromicina (msrC e ermB) e virulência (agg, esp, cylA, ace e gelE) foram detectados por PCR. Foram identificados 296 isolados de Enterococcus sp. oriundos de 24 amostras fecais de macacos-prego. Destes, 137 eram oriundos de amostras de SSC, 86 de SCS e 73 do ZOO. A espécie mais encontrada foi E. faecalis (42,6 %), seguida de E. hirae (29,4 %) e E. faecium (15,5 %). Cento e noventa e nove amostras (67,2 %) apresentaram suscetibilidade reduzida a antimicrobianos. As amostras apresentaram menos suscetíveis para rifampicina (46,3 %), tetraciclina (26,0 %) e eritromicina (22,3 %). Entre os isolados, E. faecalis (69,0 %) apresentou as maiores frequências de suscetibilidade reduzida. Em relação ao local de coleta, 69,3 % dos isolados das amostras SSC apresentaram suscetibilidade reduzida a antimicrobianos, 69,7 % dos isolados das amostras SCS e 60,2 % dos isolados das amostras do ZOO, sendo atribuído perfil de múltipla resistência a 29 isolados de SSC, 6 isolados SCS e 8 de ZOO. As amostras ZOO apresentaram maiores índices para os genes de resistência msrC (81,8 %), gyrA (60,7 %) e tetL (44,4 %). Para o gene tetM os isolados de SCS apresentaram maior frequência (100 %). As amostras SSC e SCS apresentaram as maiores porcentagens para o gene gelE (100 %). Para esp (3,5 %), ace (93,0 %) e agg (10,5 %), as amostras SCS apresentaram as maiores porcentagens. As presenças de determinantes de resistência e virulência nas amostras foram atribuídas tanto à ação antropogênica encontrada no habitat dos macacos como através do próprio resistoma ambiental. Ainda, a proximidade dos animais com o ser humano demonstrou ser uma das principais fontes de disseminação de resistência bacteriana. / Enterococcus is associated with the intestinal microbiota of mammals and birds. In addition to primates having a close evolutionary relationship with humans, the impact of antimicrobial resistance associated with commensal bacteria, such as enterococci, is little known. The objective of this work was to identify and characterize isolates of enterococci from faecal samples of black capuchin monkey (Sapajus nigritus) in relation to determinants of resistance and virulence. The samples were collected from animals living in the Sapucaia do Sul Zoo (ZOO) and wild, in the cities São Sebastião do Caí (SSC) and Santa Cruz do Sul (SCS). The isolated species were identified using the MALDI-TOF technique. These were tested against 12 antimicrobials using the disc diffusion method. Genes that confer resistance to tetracycline (tetM, tetL and tetS), fluoroquinolones (gyrA), erythromycin (mrsC and ermB) and virulence (agg, esp, cylA, ace and gelE) were detected by PCR. It were identified 296 isolates of Enterococcus sp. from 24 faecal samples of S. nigritus. Of these, 137 were from SSC samples, 86 from SCS and 73 from ZOO. The most common species was E. faecalis (42.6 %), followed by E. hirae (29.4 %) and E. faecium (15.5 %). One hundred and ninety-nine samples (67.2%) presented reduced antimicrobial susceptibility. The samples were less susceptible to rifampicin (46.3%), tetracycline (26.0%) and erythromycin (22.0%). Among the isolates, E. faecalis (69.0%) had the highest frequencies of reduced susceptibility. Regarding the collection site, 69.3% of the SSC isolates presented reduced susceptibility to antimicrobials, 69.7% of the isolates from the SCS samples and 60.2% from the isolates from the ZOO samples, with a multiple resistance profile 29 SSC isolates, 6 SCS isolates and 8 ZOO isolates. The ZOO samples presented higher indices for the resistance genes msrC (81.8%), gyrA (60.7%) and tetL (44.4%). For the tetM gene the SCS isolates showed a higher frequency (100%). The SSC and SCS samples showed the highest percentages for the gelE gene (100%). For esp (3.5%), ace (93.0%) and agg (10.5%), the SCS samples presented the highest percentages. The presences of resistance and virulence determinants in the samples were attributed both to the anthropogenic action found in the monkey habitat and through the environmental resistance itself. Furthermore, the proximity of animals to humans has been shown to be one of the main sources of dissemination of bacterial resistance.
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Caracterização fenotípica e molecular de amostras de Enterococcus isoladas em hospitais da cidade do Natal/ RN / Phenotypic and molecular characterization of strains of Enterococcus isolated in hospitals in the city of Natal / RN

Mizia Karla de Carvalho Martins Costa 29 March 2014 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O gênero Enterococcus tem emergindo como um dos mais importantes patógenos em infecções relacionadas à assistência à saúde no mundo. Estes microrganismos apresentam habilidade de adquirir genes de resistência a vários antimicrobianos, incluíndo à vancomicina, além de possuir diversos fatores associados à virulência, que contribuem sobremaneira para a sua permanência no hospedeiro, facilitando sua disseminação, particularmente, no ambiente hospitalar. Os objetivos deste estudo foram caracterizar, por testes fenotípicos e genotípicos, amostras de Enterococcus isoladas de quadros infecciosos em pacientes atendidos em quatro instituições de saúde localizadas na cidade do Natal, RN, no período de setembro de 2010 a junho de 2011. As espécies de Enterococcus foram caracterizadas por testes fisiológicos convencionais e por reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex, utilizando oligonucleotídeos específicos para caracterização do gênero e espécies. O perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos foi avaliado por testes de difusão em ágar. Os valores de concentração inibitória mínima (CIM) para vancomicina, teicoplanina e linezolida foram determinados pelo emprego do teste E; e o genótipo de resistência à vancomicina foi analisado por PCR. Genes associados à virulência (asa1, cylA, esp, gelE e hyl) foram detectados por ensaios de PCR multiplex. O polimorfismo genético das amostras bacterianas foi avaliado por metodologia de eletroforese em campo pulsado (PFGE), com a utilização da enzima SmaI. Foram obtidas 117 amostras, a partir de quadros infecciosos em 116 pacientes. Os resultados revelaram que a espécie E. faecalis foi a prevalente (91,4%). Os testes de susceptibilidade revelaram que as taxas de resistência mais elevadas estiveram associadas à tetraciclina (58,2%) e a níveis elevados de estreptomicina (36,7%). A resistência à vancomicina foi detectada em uma amostra de E. faecium, portadora do genótipo vanA, correspondendo ao primeiro isolamento de amostra com essa característica de resistência no RN. Esta amostra foi isolada em um caso de co-infecção com E. faecalis sensível à vancomicina. Adicionalmente, susceptibilidade intermediária a linezolida foi identificada em três amostras de E. faecalis. Dentre os determinantes de virulência identificados, gelE foi o prevalente (83,8%). De acordo com as espécies E. faecalis o perfil mais detectado foi gelE + esp (31,6%), na espécie E. faecium foi o perfil esp (28,6%) e a única amostra de E. gallinarum apresentou dois determinantes de virulência (asa1 + cylA). O gene hyl não foi identificado em nenhuma das amostras. A análise do polimorfismo genético das amostras por PFGE evidenciou uma elevada policlonalidade. Diante das características de resistência e de virulência observadas e da sinalização da emergência de mecanismos de resistência importantes no Estado do RN, este estudo chama atenção para a necessidade de rastreamento, particularmente entre portadores sadios, e estabelecimento de políticas de controle da disseminação dessas amostras nas instituições de saúde, mesmo em regiões onde tais características ainda sejam pouco frequentes. / Enterococcus has emerged worldwide as one of the most important pathogens related to health care. They have ability to acquire resistance genes, including vancomycin, and have several virulence-associated factors, which contribute greatly to their permanence in the host, facilitating its dissemination, particularly in the hospital environment. The aim of this study was to characterize, by phenotypic and genotypic tests, strains of Enterococcus isolated from infections occurred in patients enrolled in four health-care institutions located in the city of Natal, in the period September 2010 to June 2011. Enterococcus species were characterized by conventional physiological tests and polymerase chain reaction (PCR) multiplex, using specific primers for the characterization at genus and species level. The antimicrobial susceptibility profiles were evaluated by agar diffusion testing. MIC values for vancomycin, teicoplanin and linezolid were determined by E-test, and the vancomycin resistance genotype was analyzed by PCR. Virulence (asa1, cylA, esp, gelE and hyl) were detected by multiplex PCR assays. The genetic polymorphism was evaluated by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) using the SmaI. 117 samples were obtained from 116 patients. The results revealed that the species E. faecalis was prevalent (91.4%). The susceptibility testing revealed that the highest resistance rates were associated with tetracycline (58.2%) and high-levels of streptomycin (36.7%). The resistance to vancomycin was detected in one isolate of E. faecium carrying the vanA genotype, corresponding to the first detection of this resistance trait in RN State. This sample was isolated from a case of co-infection with E. faecalis susceptible to vancomycin. Additionally, intermediate resistance to linezolid was found in three isolates of E. faecalis. Among the virulence encoding genes, gelE was the prevalent (83.8%). According to the species, the prevalent genotype among E. faecalis isolates was the concomitant presence of esp and gelE (31.6%). While in E. faecium isolates the presence of esp (28.6%) was prevalent. E. gallinarum isolate harbored both asa1 and cylA. The hyl gene was not detected. Analysis of genetic polymorphism of the strains by PFGE showed a high polyclonality. Given the characteristics of resistance and virulence observed in this study and the emergence of vancomycin-resistance, this study calls the attention to the need for screening, particularly among healthy carriers, and establishing policies to control the spread of these strains in health institutions, even in areas where such features are still uncommon.
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Acinetobacter spp.: resistência a antimicrobianos, genotipagem e dinâmica da colonização em CTI de um Hospital Universitário um ano de estudo / Acinetobacter spp.: Antimicrobial resistance, genotyping and dynamic colonization in ICU of a University Hospital - a year of study

Beathriz Godoy Vilela Barbosa 24 March 2012 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As espécies do gênero Acinetobacter são freqüentes no ambiente, mas nas últimas décadas vêm se destacando como patógenos hospitalares, especialmente Acinetobacter baumannii e as genoespécies 3 e 13TU, que formam o Complexo A. baumannii e cuja diferenciação só é possível pela utilização de metodologias moleculares. São associadas a diferentes apresentações clínicas, principalmente em pacientes internados em unidades de tratamento intensivo. Freqüentemente apresentam resistência a uma ampla variedade de antimicrobianos, incluindo os carbapenêmicos. Nestes casos as opções de tratamento podem, algumas vezes, limitar-se à polimixina. Esse trabalho objetivou avaliar a susceptibilidade a antimicrobianos, a diversidade genética e a dinâmica de colonização de Acinetobacter spp. isolados de pacientes internados no Centro de Tratamento Intensivo do Hospital Universitário Pedro Ernesto em um ano de estudo. Durante o ano de 2009 foram estudadas 76 amostras de Acinetobacter spp. isoladas de 34 pacientes, sendo a maioria obtida do trato respiratório (42,1 %), seguido de sangue (19,7%). Do total, 96,1% (73) foram identificadas como A. baumannii através da detecção do gene intrínseco blaOXA-51-like. Todas as amostras de A. baumannii foram produtoras da carbapenemase OXA-23 e apresentaram perfil de multirresistência, enquanto as três espécies não-baumannii foram sensíveis a todos os antimicrobianos testados. Não houve produto de amplificação para os genes blaOXA-24-like, blaOXA-58-like e blaOXA-143 pela técnica de PCR multiplex. As amostras apresentaram taxa de resistência maior que 70% para oito dos onze antimicrobianos testados: piperacilina-tazobactam, ceftazidima, cefotaxima, cefepime, amicacina, ciprofloxacina, imipenem e meropenem. A droga com melhor atividade in vitro foi a polimixina B. Quatro amostras foram resistentes com CIM determinada pelo E-test variando de 6 g/mL a 32 g/mL. Observou-se uma grande diversidade genética dentre as amostras, com dez grupos clonais identificados pelo PFGE. O grupo clonal B foi prevalente e persistente na unidade, representado por 32 (42,1%) amostras. Esse foi o mesmo clone descrito como o mais freqüente no Rio de Janeiro em estudo prévio. O clone associado a um surto ocorrido na mesma instituição entre 2007 e 2008 esteve presente em apenas sete (9,2%) amostras, tendo sido substituído pelo genótipo B. A análise prospectiva dos pacientes que permaneceram internados por pelo menos um mês mostrou casos de substituição clonal após terapia antimicrobiana, indicando a existência de reservatório ambiental dos genótipos circulantes. A colonização do trato respiratório por A. baumannii foi bastante comum, mas também foram observados casos de substituição de uma espécie não-baumannii por A. baumannii, além de infecção de corrente sanguínea por um genótipo diferente daquele responsável pela colonização. A presença de cepas resistentes à polimixina é preocupante, pois representa uma ameaça à terapia com a droga. A existência de um clone multirresistente disseminado no Rio de Janeiro, possivelmente pela transferência de pacientes e por profissionais que trabalham em mais de um hospital, aponta a necessidade de se adotar medidas de controle de infecção mais eficazes a fim de reduzir as taxas de morbidade e mortalidade. Além disso, a identificação de focos ambientais de dispersão das cepas epidêmicas parece essencial para garantir a eficácia das demais medidas de contenção de surtos / The species of the genus Acinetobacter are common in the environment, but in recent decades have gained prominence as nosocomial pathogens, especially Acinetobacter baumannii and genospecies 3 and 13TU, which form the A. baumannii Complex and whose differentiation is only possible by the use of molecular methodologies. They are associated with different clinical presentations, mainly in patients hospitalized in intensive care units. Often exhibit resistance to a wide range of antimicrobials, including carbapenems. In these cases, treatment options may sometimes be restricted to polymyxin. This study aimed to evaluate the antimicrobial susceptibility, genetic diversity and colonization dynamics of Acinetobacter spp. isolated from patients hospitalized in the Intensive Care Unit of Hospital Universitário Pedro Ernesto in a year of study. During 2009, 76 strains of Acinetobacter spp. isolated from 34 patients were studied, most of them obtained from the respiratory tract (42.1%), followed by blood (19.7%). Of the total, 96.1% (73) were identified as A. baumannii by detection of the intrinsic gene blaOXA-51-like. All strains of A. baumannii were OXA-23 carbapenemase producers and showed a multiresistant profile, whereas the three non-baumannii species were susceptible to all antimicrobials tested. There were no amplification products for the genes blaOXA-24-like, blaOXA-58-like and blaOXA-143 by multiplex PCR. The islates showed resistance rates greater than 70% for eight of eleven antimicrobials: piperacillin-tazobactam, ceftazidime, cefotaxime, cefepime, amikacin, ciprofloxacin, imipenem and meropenem. The drug with the highest activity in vitro was polymyxin B. Four strains were resistant with MICs determined by E-test ranging from 6 &#61549;g/mL to 32 &#61549;g/mL. A great genetic diversity was observed among the isolates, with ten clonal groups identified by PFGE. The clonal group B was prevalent and persistent in the unit, represented by 32 (42.1%) isolates. This was the same clone described as the most frequent in Rio de Janeiro in a previous study. The clone associated with an outbreak in the same institution between 2007 and 2008 was found in only seven (9.2%) isolates, having been replaced by genotype B. A prospective analysis of patients who were admitted for at least one month showed cases of clonal substitution after antimicrobial therapy, indicating the existence of environmental reservoir of circulating genotypes. Respiratory tract colonization by A. baumannii was quite common, but there were also cases of replacement of a non-baumannii species by A.baumannii, and bloodstream infection by a genotype different from that responsible for colonization. The presence of polymyxin-resistant strains is worrisome as it represents a threat to the therapy with this drug. The existence of a multiresistant clone widespread in Rio de Janeiro, possibly due to the transfer of patients and to sharing of common healthcare staff, points out the need to adopt more effective infection control measures in order to reduce the morbidity and mortality. In addition, the identification of epidemic strains environmental dispersion sources seems essential to ensure the efficiency of other outbreaks contention measures

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