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Identificação de grupos clonais, resistência aos antimicrobianos e presença de genes associados à formação de biofilmes (icaA e icaD) em Staphylococcus aureus isolados de propriedades produtoras de leite bovino

Girardini, Lilian Kolling January 2013 (has links)
Staphylococcus aureus destaca-se como principal micro-organismo associado à mastite bovina contagiosa, sendo que as infecções crônicas podem ser causadas pelo crescimento bacteriano na forma de biofilmes, o que pode estar associado à persistência desta bactéria na glândula mamária e à resistência a diversos antimicrobianos. Estudos epidemiológicos empregando técnicas como a macrorestrição seguida de eletroforese em campo pulsado (PFGE) têm sido realizados, com a finalidade de identificar clones e caracterizar as infecções por S. aureus. Os objetivos deste estudo foram: avaliar a frequência de isolamento de S. aureus em amostras de leite colhidas periodicamente em um grupo de propriedades leiteiras do Vale do Taquari, RS; avaliar o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos dos isolados de S. aureus identificados; classificar esses isolados em grupos clonais; avaliar a distribuição e a permanência dos grupos clonais nas propriedades leiteiras ao longo do tempo, além de verificar a presença de genes relacionados à formação de biofilmes (icaA e icaD). Foram colhidas amostras de leite de todas as vacas em lactação de 21 propriedades, amostradas semestralmente durante dois anos, totalizando 1060 amostras. A presença de S. aureus nas amostras foi detectada por isolamento e a identificação foi realizada de acordo com o National Mastitis Council. Isolados confirmados foram testados, pela técnica de disco difusão em ágar, quanto à suscetibilidade frente a treze antimicrobianos. Os isolados também foram submetidos à macrorrestrição do DNA total – PFGE e posteriormente testados pela PCR para detecção dos genes icaA e icaD. Das 1060 amostras avaliadas, 395 não apresentaram crescimento bacteriano. Staphylococcus sp. coagulase negativa foram identificados em 262 amostras, seguido de 136 amostras em que identificou-se S. aureus. A frequência de isolamento de S. aureus variou de 3,45% a 70,59% nas 17 propriedades em que este agente estava presente. No teste de suscetibilidade aos antimicrobianos, a maioria (75,7%) dos 132 isolados testados apresentaram perfil de sensibilidade, sendo a resistência mais frequente à penicilina (18,2%) e ampicilina (14,4%). Em apenas 27,3% dos isolados detectou-se os genes associados à formação de biofilmes pesquisados, sendo o gene icaD o mais prevalente, seguido da presença de ambos os genes. Os 122 isolados clivados pela enzima SmaI e submetidos à PFGE foram classificados em 38 grupos clonais. Observaram-se poucos grupos clonais persistentes, pois somente seis foram descritos consecutivamente em pelo menos duas coletas. O grupo clonal 16 foi o mais prevantente, apresentando isolados em uma mesma propriedade ao longo de dois anos. Conclui-se que Staphylococcus aureus está presente na glândula mamária de bovinos em lactação em pequenas propriedades da região. Esses isolados apresentam baixa frequência de resistência aos antimicrobianos. Há uma grande variabilidade de pulsotipos entre os isolados presentes nessas propriedades, porém poucos grupos clonais persistem nas propriedades amostradas. Não foi possível associar a permanência dos grupos clonais nos rebanhos à presença dos genes icaA e icaD ou ao perfil de resistência a antimicrobianos. / Staphylococcus aureus stands out as the main microorganism associated with bovine contagious mastitis, whereas chronic infections can be caused by bacterial growth in the form of biofilms, which can be associated with the persistence of the bacteria in the mammary gland and resistance to various antibiotics. Epidemiological studies employing techniques such as macrorestriction followed by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) have been carried out, aiming to identify clones and characterize S. aureus infections. The objectives of this study were: to assess the frequency of S. aureus isolation in milk samples collected periodically in a group of dairy farms from Taquari Valley, RS; evaluate the profile of antimicrobial susceptibility of S. aureus identified isolates; classify these isolates in clonal groups; assess the distribution and retention of clonal groups in dairy herds over time and to verify the presence of genes related to biofilm formation (icaA and icaD). Milk samples were collected from all lactating cows from 21 properties that were sampled every six months for two years, totaling 1060 samples. The presence of S. aureus in the samples was detected by isolation and the identification was performed according to National Mastitis Council. Confirmed isolates were tested for susceptibility to thirteen antimicrobial by disk diffusion technique in agar. The isolates also underwent macro-restriction of total DNA - PFGE and were subsequently tested by PCR for detection of genes icaA and icaD. Of the 1060 samples tested, 395 showed no bacterial growth. Staphylococcus sp. coagulase-negative samples were identified at 262, followed by 136 samples in which S. aureus was identified. The frequency of isolation of S. aureus ranged from 3.45% to 70.59% in 17 properties wherein this agent was present. In antimicrobial susceptibility testing, the majority (75.7%) of the 132 isolates tested showed sensitivity profile, being most frequent resistance to penicillin (18.2%) and ampicillin (14.4%). In only 27.3% of the isolates were detected genes associated with biofilm formation surveyed and icaD was the most prevalent, followed by the presence of both genes. The 122 isolates cleaved by SmaI and submitted for PFGE were classified into 38 clonal groups. There were few persistent clonal groups, because only six groups were described consecutively in at least two collections. The clonal group 16 was the most prevalent, presenting isolates at the same property over two years. Is conclusive that Staphylococcus aureus is present in the mammary gland of lactating cattle on small farms in the region. These isolates have low frequency of antimicrobial resistance. There is great variability of pulsotypes among isolates in those properties, but few clonal groups persist in the sampled properties. It was not possible to associate the permanence of clonal groups in herds to the presence of icaA and icaD or to the profile of antimicrobial resistance.
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Atividade antimicrobiana do óleo essencial de plantas condimentares/medicinais frente a diferentes sorovares de Salmonella enterica / Antimicrobial activity of the essential oil of medicinal plants against serovars of Salmonella enterica

Majolo, Cláudia January 2013 (has links)
O estudo objetivou avaliar a atividade antibacteriana, in vitro, dos óleos essenciais de erva cidreira (Lippia alba (Mill) NEBr), hortelã-pimenta (Mentha x piperita L.), alfavaca-cravo (Ocimum gratissimum L.), açafrão (Curcuma longa L.) e gengibre (Zingiber officinale Roscoe) cultivados nas condições de Manaus/AM frente a 20 amostras de Salmonella enterica isoladas de frango resfriado, carne mecanicamente separada de frango, farinha de vísceras e farinha de carne e ossos. A concentração inibitória mínima (CIM) e concentração bactericida mínima (CBM) foram determinadas empregando-se o método de microdiluição. Os óleos foram analisados quanto a composição química através de cromatógrafo à gás acoplado ao espectrômetro de massa (CG-EM). Além da atividade dos óleos essenciais a resistência a antimicrobianos fármacos também foi avaliada através da técnica de disco-difusão. Os compostos majoritários foram: para o óleo de Lippia alba (Mill) NEBr) (carvona 61,7% e limoneno 17,5%), Mentha x piperita L. (mentol 27,5%, mentofurano 22,5%, pulegona 12,8%, acetato de metila 12,5% e mentona 11%), Ocimum gratissimum L. (eugenol 43,3% e 1,8-cineol 28,2%), Curcuma longa L. (ar-tumerona 17,9%, alfa-tumerona 14,6% e 1,8- cineol 14,2%) e para Zingiber officinale Roscoe (geranial 23,9%, neral 17,2%, 1,8- cineol 16,0% e canfeno 11,4%). Os resultados deste estudo permitiram evidenciar a superioridade da atividade dos óleos de Lippia alba (Mill) NEBr, Ocimum gratissimum L. e Zingiber officinale Roscoe (média das CIM´s de 4821 a 5750 μg/mL e média das CBM´s de 6190,5 a 6500,1 μg/mL) frente às salmonelas isoladas, em comparação aos óleos de Mentha x piperita L. e Curcuma longa L., demonstrando o potencial como agente antibacteriano natural destas três espécies frente a diferentes sorovares do patógeno avaliado. Todos os isolados apresentaram resistência a pelo menos dois agentes antimicrobianos. Os isolados foram frequentemente resistentes à estreptomicina (95%), ácido nalidixico (75%) e gentamicina (70%) e sensíveis à norfloxacina (45%), ciprofloxacina (20%) e cloranfenicol (20%). Entre as 20 amostras de Salmonella enterica foram identificados oito sorovares diferentes com predomínio da Salmonella Mbandaka, Salmonella Enteritidis, Salmonella Agona e Salmonella Schwarzengrund, sendo que os sorovares Mbandaka e Enteritidis foram os que apresentaram maior resistência aos fármacos antimicrobianos. A resistência antimicrobiana significativa verificada em diferentes sorovares de Salmonella enterica indica que estratégias de prevenção devem ser adotadas, como estudos epidemiológicos e uso consciente de antimicrobianos tanto na alimentação animal, quanto no tratamento de pacientes, visando minimizar o aparecimento de sorovares ainda mais resistentes ou resistentes a princípios ativos atualmente eficazes. Neste sentido, os óleos essenciais de Ocimum gratissimum L., Lippia alba (Mill) NEBr e Zingiber officinale Roscoe, representam uma alternativa para o controle de Salmonella enterica, entretanto, demais estudos abordando o sinergismo com carne de frango e farinhas de origem animal são indicados. / The study aimed to evaluate the antibacterial activity in vitro of the essential oils of cidreira (Lippia alba (Mil) NEBr), peppermint (Mentha x piperita L.), alfavaca-cravo (Ocimum gratissimum L.), turmeric (Curcuma longa L.) and ginger (Zingiber officinale Roscoe) grown under conditions of Manaus / AM front of 20 samples of Salmonella enterica isolates from chilled poultry, mechanically separated chicken meat, meat and bone meal and poultry viscera meal. Minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) were determined employing a microdilution method. The oils were analyzed for chemical composition by gas chromatography coupled with mass spectrometry (GC-MS). Besides the activity of essential oils, the resistance to antimicrobial drugs was also assessed by disk diffusion technique. The major compounds were: for Lippia alba (Mil) NEBr oil (carvone 61,7% and limonene 17,5%), Mentha x piperita L. (menthol 27,5%, menthofuran 22,5 %, pulegone 12,8 %, methyl acetate 12,5% and menthone 11%) Ocimum gratissimum L. (eugenol 43,3% and 1,8-cineole 28,2%), Curcuma longa L. (ar tumerona 17,9%, alphatumerona 14,6% and 1,8-cineole 14,2%) and Zingiber officinale Roscoe (geranial 23,9%, neral 17,2%, 1,8-cineole 16,0% and camphene 11,4%). The results of this study showed the superiority activity of Lippia alba (Mil) NEBr, Ocimum gratissimum L. and Zingiber officinale Roscoe oil (CIM's average from 4821 to 5750 and CBM's average from 6190.5 to 6500.1 μg/mL) against Salmonella isolated compared to Mentha x piperita L. and Curcuma longa L. oils, demonstrating the potential as natural antibacterial agent of these three species against different serovars of the pathogen evaluated. All isolates were resistant to at least two antimicrobial agents. The isolates were often resistant to streptomycin (95%), nalidixic acid (75%) and gentamicin (70%) and sensitive to norfloxacin (45%), ciprofloxacin (20%) and chloramphenicol (20%). Among the 20 strains of Salmonella enterica serovars were identified eight different with a predominance of Salmonella Mbandaka, Salmonella Enteritidis, Salmonella Agona and Salmonella Schwarzengrund, and the Enteritidis and Mbandaka serovars showed the highest antimicrobial resistance. The significant antimicrobial resistance occurs in different serovars of Salmonella enterica indicates that prevention strategies should be adopted, such as epidemiological studies and conscious use of antimicrobials both in animal feed, as in the treatment of patients in order to minimize the emergence of even more resistant serovars or resistant tho currently effective active principles. In this sense, the essential oil of Ocimum gratissimum L., Lippia Alba (Mill) NEBr and Zingiber officinale Roscoe represent an alternative for the control of Salmonella enterica, however, other studies addressing the synergism with chicken meat and animal meal are indicated.
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Estudo comparativo de métodos fenotípicos e biomoleculares para determinação de resistência a antibióticos em cepas de Salmonella spp isoladas de couro e carcaça de bovinos e produtos cárneos / Comparative study of phenotypic and biomolecular methods for determination of the antimicrobial resistance in Salmonella spp strains isolated from hides and carcasses of cattle and meat products

Verena Sant\' Anna Cabral Capuano 13 November 2012 (has links)
Esse estudo comparou diferentes métodos fenotípicos e biomoleculares para avaliação da resistência antimicrobiana de 107 cepas de Salmonella spp. Isoladas de carcaças e couro de bovinos e de produtos cárneos. Os antimicrobianos testados foram ampicilina, cefotaxima, cloranfenicol, ciprofloxacina, gentamicina, imipenem, tetraciclina e trimetoprima. Os testes fenotípicos empregados foram: difusão do disco em ágar, utilizando discos produzidos por duas empresas diferentes e determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM), realizada em placas de microtitulação e empregando tiras comerciais de antibióticos. O método biomolecular (PCR) objetivou a pesquisa de genes de resistência a antimicrobianos (blaTEM, blaOXA-1, blaPSE-1, cat1, cat2, floR, cmlA, cmlB, aac(3)IVa, aadB, aadD, aphA1, tetA, tetB, tetC, tetD, tetE, tetG e dhfrI) , localizados no cromossomo, plasmídeos e integrons classe 1, e foi aplicado para as cepas que apresentaram resistência a pelo menos um dos antibióticos testados por algum dos testes fenotípicos e para as cepas que apresentaram resultados contraditórios nos testes fenotípicos. Todos os métodos foram executados de acordo com as normas do ClinicaI and Laboratory Standards Institute. Foi detectada resistência a pelo menos um antibiótico em 26 cepas (24%), sendo que 20 (77%) dessas foram multirresistentes. A correlação de resultados obtidos pelo método de difusão de discos empregando os discos de duas marcas diferentes foi de 99,7%, enquanto a correlação dos resultados obtidos pelos dois métodos de determinação da CIM foi de 98,6%. Para os resultados obtidos pelos métodos de difusão de discos e determinação da CIM a correlação foi de 98,4%. Não foi observada uma boa correlação entre a presença dos genes detectados e o resultado apresentado pelos métodos fenotípicos. / This study compared different phenotypic and molecular methods for the evaluation of antimicrobial resistance of 107 strains of Salmonella spp. isolated from hides and carcasses of cattle and meat products. The antimicrobials tested were ampicillin, cefotaxime, chloramphenicol, ciprofloxacin, gentamicin, imipenem, tetracycline and trimethoprim. Phenotypic tests included agar disk diffusion, using disks produced by two different companies and determination of the Minimum Inhibitory Concentration (MIC) conducted in microtiter plates and commercial antibiotic strips. The biomolecular method (PCR) focused antimicrobial resistance genes (blaTEM, blaOXA-1, blaPSE-1, cat1, cat2, floR, cmlA, cmlB, aac(3)IVa, aadB, aadD, aphA1, tetA, tetB, tetC, tetD, tetE, tetG e dhfrI) located on chromosomes, plasmids and class 1 integrons, and was applied to the strains that were resistant to at least one of the antibiotics tested as detected by the phenotypic tests and to strains that showed contradictory results in the phenotypic tests. All methods were performed according to the standards of the Clinical and Laboratory Standards Institute. Resistance to at least one antibiotic was detected in 26 strains (24%), and 20 (77%) of these were multidrug-resistant. The correlation between results obtained by disk diffusion method using discs of two different brands was 99.7%, while the correlation of the results obtained by the two methods of determining the MIC was 98.6 %. For the results of the methods of disc diffusion and MIC determination the correlation was 98.4%. There was no good correlation between the presence of genes detected and the result presented by phenotypic methods.
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DetecÃÃo de betalactamases de espectro expandido (ESBL) em cepas de coliformes isoladas de carne de frango comercializada na cidade de Fortaleza, CearÃ. / Detention of betalactamases of specter expanded (ESBL) in cepas of isolated coliformes of poultry meat commercialized in the city Fortaleza, CearÃ.

Germana Conrado de Souza 24 August 2007 (has links)
FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / A cadeia produtiva do frango de corte depende da biosseguranÃa e da qualidade dos produtos que sÃo ofertados à populaÃÃo, visto ser essa a fonte de proteÃna mais acessÃvel e barata. O intenso processamento de produtos avÃcolas necessita de constantes averiguaÃÃes a respeito da sua qualidade microbiolÃgica. Diante do exposto, este trabalho teve como objetivo avaliar as condiÃÃes microbiolÃgicas e de realizar o teste de susceptibilidade antimicrobiana e detecÃÃo de bactÃrias produtoras de ESBL das cepas de microrganismos isoladas das amostras coletadas. No perÃodo de abril a novembro de 2006 foram coletadas 80 amostras de carne de frango resfriada e congelada comercializada na cidade de Fortaleza, CearÃ. O protocolo microbiolÃgico incluiu a contagem de bactÃrias aerÃbias mesÃfilas, determinaÃÃo do NMP de coliformes a 35ÂC e a 45ÂC, de acordo com a RDC n 12 de 02 de janeiro de 2001 da ANVISA. Para o teste de susceptibilidade a antimicrobianos foi utilizada a tÃcnica de difusÃo em placas segundo KIRBY-BAUER e CLSI, para detecÃÃo de cepas produtoras de ESBL. Os antibiÃticos usados foram: amicacina (30Âg), ampicilina (10Âg), ciprofloxacina (05Âg), ceftazidima (30Âg), estreptomicina (10Âg), doxiciclina (30Âg), gentamicina (10Âg), imipenem (10Âg), sulfonamida (300Âg) e sulfametoxazol/trimetroprim (25Âg). Das 80 amostras analisadas, a contagem de mesÃfilos variou de <1,0 x 10 UFC/g a 6,3 x 105 UFC/g, 34 (43%) das amostras foram positivas para coliformes a 35ÂC e 17 (21%) para coliformes a 45ÂC. Quanto ao teste de susceptibilidade antimicrobiana, o maior percentual de resistÃncia encontrado nas 11 cepas de Escherichia coli foi à doxiciclina (91%); 27% das cepas foram 100% sensÃveis a amicacina, gentamicina e imipenem. Das 22 cepas de Klebsiella pneumoniae isoladas, a maior resistÃncia foi à ampicilina (94,5%); maior sensibilidade a gentamicina, sulfametoxazol/trimetroprim e amicacina, 94,5%, 94,5% e 90%, respectivamente. Das 19 cepas de Enterobacter aerogenes, 90,1% foram resistentes a ampicilina e 95,4% apresentaram sensibilidade a ciprofloxacina. Das 11 cepas de Escherichia coli, 22 de Klebsiella pneumoniae e 19 de Enterobacter aerogenes, apenas 4, 9 e 5 cepas apresentaram o fenÃtipo produtor de ESBL, respectivamente, e destas somente 3 (33%) das cepas de Klebsiella pneumoniae e 3 (60%) das cepas de Enterobacter aerogenes foram confirmadas como produtoras de ESBL. Foi possÃvel constatar que a carne de frango apresentaram falhas em relaÃÃo a qualidade microbiolÃgica, como demonstrado pela presenÃa de elevado nÃmero de bactÃrias aerÃbias mesÃfilas, coliformes a 35ÂC e coliformes a 45ÂC, sinalizando para o risco potencial de ocorrÃncia de DTA, inclusive por microrganismos multi-resistentes à antimicrobianos e produtores de ESBL. A implementaÃÃo de um sistema de AnÃlise de Perigos e Pontos CrÃticos de Controle (APPCC), envolvendo todas as etapas do processamento, pode constituir uma medida eficaz para a melhoria da qualidade e seguranÃa do produto / The poultry processing industry depends on the biosafety and quality of the products offered to the population, and is the cheapest and more affordable source of proteins. The intensive production process of poultry products requires constant microbiological controls. This study was aimed to assess the microbiological conditions of this product and to perform an antimicrobial susceptibility test and the screening of ESBL-producing bacteria on the strains isolated from the collected samples. Between April and November 2006, 80 samples of fresh and freezed poultry meat marketed in the city of Fortaleza were collected. The microbiological protocol included an aerobic mesophile bacterial count, and the determination of the coliform MPN at 35oC and 45oC, according to the ANVISA (National Sanitary Surveillance Agency) resolution RDC 12 of January 02, 2001. The susceptibility test was carried out according to the disk diffusion technique (KIRBY-BAUER), and the screening for ESBL-producing strains was performed by CLSI. The used antibiotics were amikacine (30Âg), ampicillin (10Âg), ciprofloxacin (5Âg), ceftazidime (30Âg), streptomycin (10Âg), doxycycline (30Âg), gentamicin (10Âg), imipenem (10Âg), sulphonamide (300Âg) and sulfamethoxazol/trimetroprim (25Âg). The mesophile bacterial count in the 80 tested strains ranged from <1.0 x 10 CFU/g to 6.3 x 10 CFU/g. 34 (43%) of the samples were positive for coliforms at 35oC and 17 (21%) for coliforms at 45oC. In the 11 E. coli strains, the highest resistance was found against doxycycline (91%), while 27% of the strains were 100% sensitive to amikacin, gentamicin and imipenem. Within the 22 Klebsiella pneumonia isolated strains, the highest resistance was against ampicillin (94.5%), with the highest sensitivity to gentamicin, sulfamethoxazol/trimetroprim and amikacin (94.5%, 94.5%, and 90%, respectively). Of the 19 Enterobacter aerogenes strains, 90.1% were resistant to ampicillin and 95.4% showed to be sensitive to ciprofloxacin. Of the 11 strains of Escherichia coli, 22 of Klebsiella pneumoniae and 19 of Enterobacter aerogenes, only 4, 9 and 5 strains, respectively, showed to have an ESBL-producing phenotype, and only 3 (33%) of the K. pneumoniae strains and 3 (60%) of the E. aerogenes strains were confirmed as being ESBL producers. We verified the poultry meat to be microbiologically flawed, as shown by the high number of mesophile aerobic bacteria and coliforms grown at 35oC and at 45oC, being a warning sign for the occurrence of DTA, even by microorganisms resistant to multipleantibiotics and ESBL producers. The implementation of a Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP) system involving all the processing stages can be an effective measure in order to improve the quality and safety of this product.
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Aspectos relevantes concernentes à salmonelose humana e canina / Relevant aspects concerning human and canine salmonellosis

Sheyla Aki Watanabe 13 September 2012 (has links)
Salmonella é uma bactéria Gram-negativa, que compreende cerca de 2.500 sorotipos, muitos dos quais relevantes para humanos e animais; contamina alimentos e água, apresentando-se como um grande problema de saúde pública em todo o mundo. Causa infecção acompanhada de diferentes manifestações clínicas, mais comumente gastroenterite, e pode progredir, embora menos frequentemente, para septicemia e morte, especialmente em indivíduos jovens. Também é responsável pela febre entérica, caracterizada pela disseminação da bactéria pelo sistema reticuloendotelial via macrófagos para linfonodos, fígado e baço. O presente trabalho realizou um levantamento bibliográfico com vistas a averiguar os principais aspectos relativos à Salmonella discutidos na última década. Constatou-se que, no geral, os sorotipos mais prevalentes são S. Enteritidis, seguida de S. Typhimurium e, em regiões em desenvolvimento, há alta prevalência de S. Typhi e ,em menor proporção, de S. Paratyphi A. Em publicações que relatam surtos provocados por salmonelas, S. Typhimurium é o sorotipo mais prevalente, seguido de S. Enteritidis. Os fatores de virulência mais referidos são hil, spv, sop, sif, sse e inv. A resistência a antimicrobianos utilizados no tratamento de salmonelose é bastante discutida e são apontadas altas taxas de resistência e, inclusive, multirresistência principalmente à ampicilina, cloranfenicol e tetraciclina. Os antimicrobianos mais indicados atualmente para tratamento de salmonelose são ciprofloxacina e ceftriaxona, ainda que estudos apontem para o desenvolvimento de resistência a estes fármacos. Outros antimicrobianos indicados são cefixima, ceftazidima e imipenem, embora recomendados apenas em casos de falha no tratamento com fluoroquinonas e cefalosporinas de terceira geração, devido a fatores como alto custo e maior propensão ao desenvolvimento de efeitos colaterais. Os genes que intermediam a resistência a antimicrobianos estão normalmente contidos em plasmídios ou integrons, especialmente integron classe 1, os quais podem também estar abrigados em plasmídios ou no cromossomo da bactéria, especialmente em uma região chamada de ilha genômica 1 de Salmonella (SGI1). Os principais genes que conferem resistência a antimicrobianos mencionados são: drf, aad, tet, str, sul e flo. A resistência a antimicrobianos também é conferida por enzimas beta-lactamases de amplo espectro, cujos principais genes responsáveis por sua codificação são blaCTM-X, blaTEM e blaPSE. Na epidemiologia da salmonelose, os vetores mais relevantes para a contaminação pela bactéria são ovos, principalmente, além de carne bovina e leite, frutas, vegetais especialmente o tomate , carne aviária e suína. Como medidas profiláticas, são indicadas práticas de higienização de alimentos e utensílios utilizados em seu preparo e a lavagem das mãos após a manipulação de comida, assim como boas práticas de fabricação na cadeia de produção de alimentos. Em regiões em que a febre entérica é prevalente, recomenda-se o consumo de água engarrafada ou após fervimento e cuidado com a água utilizada para lavagem de frutas e verduras a serem ingeridas. Com relação à salmonelose em cães, há poucas publicações a respeito; dentre estas, há dois temas preferencialmente discutidos: a associação da contaminação de Salmonella pelo homem via cão de estimação ou contato com ração ou guloseimas caninas; e a resistência a antimicrobianos de salmonelas isoladas em cães. / Salmonella is a Gram-negative bacteria comprising around 2.500 serotypes, many of these relevant to human and animals; the pathogen contaminates food and water, posing as a major public health concern worldwide. It causes an infection with variable clinical manifestations, most commonly gastroenteritis. Although less frequently, the disease can progress, to septicemia and death, especially in young individuals. It is also responsible for enteric fever, characterized by the spread of the bacteria by the reticuloendothelial system via macrophages to lymph nodes, liver and spleen. The present work constitutes a literature review and intent to inquire the main aspects related to Salmonella discussed in the last decade. It was verified that, generally, the most prevalent serotypes are S. Enteritidis, followed by S. Typhimurium; in developing regions, S. Typhi and, in a lesser proportion, S. Paratyphi A are highly prevalent. In Salmonella´s outbreaks reports, S. Typhimurium is the most prevalent serotype mentioned, followed by S. Enteritidis. The virulence factors most pointed are hil, spv, sop, sif, sse and inv. Salmonellosis treatment failures caused by antimicrobial resistance are very discussed and high rates of resistance are pointed, including multidrug resistance, mainly to ampicillin, chloramphenicol and tetracycline. Currently, the drugs most indicated to treat salmonellosis are ciprofloxacin and ceftriaxone, even though studies point to the development of resistance to these drugs. Others antimicrobials indicated are cefixime, ceftazidime and imipenem, although they are recommended only in cases of fluoroquinonas and thirdgeneration cephalosporins treatment failure, due to cost and greater propensity to the development of side effects, etc. Antimicrobial resistance genes are normally harbored in plasmids and integrons, especially class 1 integron, which can also be housed in plasmids or within the chromosome, particularly in a region called Salmonella genomic island 1 (SGI1). The main antimicrobial resistance genes mencioned are: drf, aad, tet, str, sul and flo. The antimicrobial resistance is also conferred by extended-spectrum beta-lactamase enzymes, and the major genes involved in their prodution are blaCTM-XN, blaTEM and blaPSE. According to salmonellosis epidemiology, the most relevant vectors for the bacteria´s contamination are eggs, mainly, and also beef and milk, fruits, vegetables especially tomatoes , chicken and swine meat. As prophylaxis measures, it is recommended efficient hygiene practices in the preparation of food and washing hands and utensils properly after handling food, as well as good manufacturing practices in food production chain. In regions where enteric fever is prevalent, it is recommended the ingestion of bottled or boiling water and attention to the water used to clean fruits and vegetables. There are few studies about the subject. Among these, there were two mainly discussed themes: the association between man´s contamination by Salmonella through direct contact with dogs or dry dog food and dog treats; and the investigation of antimicrobial resistance among Salmonella isolated in dogs.
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Parâmetros fisiológicos e moleculares da resposta de Bacteroides fragilis a concentrações subinibitórias de antimicrobianos e avaliação de aspectos da interação bactéria-hospedeiro após infecção experimental

Freitas, Michele Cristine Ribeiro de 14 May 2010 (has links)
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-06-21T17:57:41Z No. of bitstreams: 1 michelecristineribeirodefreitas.pdf: 1495355 bytes, checksum: 2dcd69bdf9054b1d66175c1f6955b8bd (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-07T19:18:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 michelecristineribeirodefreitas.pdf: 1495355 bytes, checksum: 2dcd69bdf9054b1d66175c1f6955b8bd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-07T19:18:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 michelecristineribeirodefreitas.pdf: 1495355 bytes, checksum: 2dcd69bdf9054b1d66175c1f6955b8bd (MD5) Previous issue date: 2010-05-14 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A espécie Bacteroides fragilis é um anaeróbio Gram negativo membro da microbiota indígena do trato gastrintestinal, e é comumente isolado de infecções clínicas. À medida que as drogas antimicrobianas são introduzidas no ambiente, os microrganismos respondem, tornando-se resistentes, podendo gerar alterações na fisiologia celular, e que podem interferir na relação bactéria-hospedeiro. Nosso objetivo foi investigar alterações em B . fragilis após exposição a concentrações subinibitórias de ampicilina (AMP), ampicilina/sulbactam (AMS), clindamicina (CLI) e cloranfenicol (CLO); e investigar aspectos da relação droga-bactéria-hospedeiro, após desafio experimental em camundongos. Foram obtidas 4 linhagens bacterianas: BfAMP, BfAMS, BFCLI e BfCLO. Alterações na morfologia, padrões de crescimento, habilidades bioquímicas e fisiológicas, perfis de expressão protéica e semelhança genética foram avaliadas comparativamente entre as linhagens obtidas e a linhagem Bf parental ATCC 25285. Infecção experimental foi realizada em camundongos convencionais, desafiados intraperitonealmente. Histologia de baço e fígado, além de dosagem das citocinas TNF-α, IL-6, IL-10, IL-17 e IFN-γ no intestino, foram realizadas. Ampicilina e ampicilina/sulbactam induziram alterações morfológicas significativas nas células bacterianas na primeira exposição. Foi verificada diminuição da sensibilidade aos antimicrobianos em todas as linhagens selecionadas. Além disso, a exposição aos antimicrobianos foi capaz de induzir alterações nos padrões bioquímico-fisiológicos bacterianos, se comparado com a amostra parental. Em relação à capacidade de formação de biofilme, observou-se alteração em todas as linhagens, quando comparadas à parental, sendo que as linhagens selecionadas pela exposição aos antimicrobianos tiveram capacidade de aderência diminuída. A identidade genética das linhagens bacterianas obtidas foi confirmada e não foram detectados fragmentos de DNA polimórfico. Variações nos perfis de citocinas foram verificadas nos animais desafiados com a linhagem BfAMS. Alterações histopatológicas também foram observadas no baço e fígado dos animais desafiados com as linhagens de B . fragilis selecionadas por exposição aos antimicrobianos. Nossos resultados permitem sugerir fenômenos relacionados à regulação da expressão gênica como uma resposta momentânea ou evolutiva dos microrganismos. Estes resultados podem ainda sugerir que essas drogas tem diferentes interações com a célula bacteriana, que podem ser prejudiciais para a interação bactéria-hospedeiro. Assim, nossos resultados chamam a atenção para o risco de terapia antimicrobiana inadequada, mesmo com baixas concentrações de fármacos, que poderiam alterar os níveis de expressão gênica de uma bactéria e modular sua patogenicidade. / Bacteroides fragilis is an anaerobic Gram negative rod member of resident gut microbiota, isolated from clinical infections due in part to its potent virulence factors. As antimicrobial drugs are introduced into the environment, microorganisms respond by becoming resistant and may cause changes in cell physiology. These changes can interfere with the bacterium-host relationship. The aim of this study was to investigate changes in B . fragilis after exposure to ampicillin (AMP), ampicillin/sulbactam (AMS), clindamycin (CLI) and chloramphenicol (CLO); and to investigate changes in host-bacteria relationships after experimental challenge in mice. Four bacterial strains were obtained: BfAMP, BfAMS, BFCLI e BfCLO. Morphological changes, growth patterns, biochemical and physiological abilities, protein expression profile and genetic relationships were comparatively evaluated among the drug-selected strains and Bf parent ATCC 25285. Experimental infection was performed intraperitoneally in conventional mice. Liver and spleen histology, besides cytokines determinations were performed in the intestines. Ampicillin and ampicillin/sulbactam induced the highest significant morphological alterations in the bacterial cells after the initial drug exposure. Decreased sensitivity to all antimicrobials was observed for all drug-selected bacteria strains. Furthermore, drug-exposure was able to induce changes in biochemical pathways and bacterial physiology, if compared with the Bf parent strain. Regarding the ability of biofilm formation, alterations in adherence properties were observed for all drug-selected bacteria, being this characteristic down regulated. The genetic identities were confirmed for the selected strains and no DNA polymorphisms were detected. The cytokine patterns in the intestines from mice challenged with drug-selected bacteria were highly altered, mainly considering the BfAMS strain, as well as the histological aspect concerning the liver and the spleen excised from the experimentally challenged animals. Our results may suggest phenomena related to the gene expression regulation, as a microbial momentary or evolutionary response to the selective pressure of the antimicrobial drugs. These results may also suggest that these drugs have different interactions with the bacterial cell which can be harmful to the host-bacteria relationships. In this way, the data ask for attention regarding the risks of inappropriate chemotherapy, even with low concentrations of the antimicrobial drugs, which might the bacteria genetic expression levels and modulate their pathogenicity
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Caracterização fenotípica e genotípica de betalactamases do tipo AmpC plasmidial em Escherichia coli / Phenotypic and genotypic characterization of plasmidial AmpC beta-lactamases in Escherichia coli

Darlan Augusto da Costa Rocha 22 April 2014 (has links)
Introdução: As enzimas do grupo AmpC degradam cefalosporinas e cefamicinas e não são inibidas pelo ácido clavulânico, sulbactam ou tazobactam. Podem ser codificadas por genes de localização plasmidial ou cromossômica. A sua detecção tem importância epidemiológica, pois a expressão concomitante à perda de porinas em Enterobactérias pode levar à resistência aos carbapenêmicos, fármacos amplamente utilizados no tratamento de infecções graves. Os relatos de detecção de AmpC plasmidial no Brasil são escassos, mas a análise do perfil de sensibilidade de Escherichia coli isoladas de casos de infecções urinárias de pacientes atendidos em um laboratório privado da cidade de São Paulo, no período de 2006 à 2010, evidenciou um aumento considerável de resistência à cefoxitina, um marcador para expressão de AmpC plasmidial. Em 2006 a frequência era de 0,03% e em 2011 foi de 0,65%. Uma das hipóteses para esse aumento é a disseminação de clones ou de genes que codificam AmpC, transferidos em plasmídeos. Objetivo: Caracterizar os determinantes genéticos em E. coli com fenótipo compatível com produção de AmpC plasmidial. Material e métodos: Foram estudadas todas as E. coli isoladas de cultura de urina, não sensíveis à cefoxitina, detectadas no Fleury Medicina e Saúde em São Paulo, no período de 02 de janeiro a 01 de fevereiro de 2012. Os isolados foram avaliados fenotipicamente quanto à pureza, identificação da espécie e bloqueio enzimático com discos de cefoxitina e ceftazidima adicionados de ácido fenilborônico. A presença de genes que codificam AmpCs plasmidiais foi avaliada utilizando-se dois métodos distintos de PCR. Foi realizado o sequenciamento dos genes detectados. O desempenho do bloqueio enzimático com ácido fenilborônico foi determinado utilizando-se a PCR como padrão ouro. O perfil plasmidial e a clonalidade foram avaliados respectivamente por lise alcalina e ERIC-PCR. Resultados e conclusões: De um total de 2.494 E. coli 12 albergavam genes de AmpC plasmidial; a frequência de AmpC plasmidial foi portanto de 1,8% em pacientes hospitalizados 0,46% em pacientes ambulatoriais. O sequenciamento dos genes que codificam AmpCs plasmidiais evidenciou tratarem-se de 11 blaCMY-2 e uma blaCMY-4. O melhor desempenho do teste fenotípico com cefoxitina, ceftazidima e ácido fenilborônico foi obtido quando utilizados um mínimo de 5 mm de diferença entre o halo de inibição com o disco adicionado de ácido fenilborônico e puro para cefoxitina e ceftazidima. Com esses parâmetros a sensibilidade foi de 100,0%, a especificidade de 100%, o valor preditivo positivo 100 % e valor preditivo negativo 100%. Foi observada a presença e disseminação de três grupos clonais de E. coli produtoras de CMY entre hospitais na cidade de São Paulo. / Introduction: AmpC enzymes can degrade cephalosporins and cephamycins and are not inhibited by clavulanic acid, sulbactam or tazobactam. They can be encoded by genes of plasmid or chromosomal location. Detecting these enzymes is epidemiologically important because their expression and concomitant porins loss in Enterobacteriaceae can lead to resistance to carbapenems, antimicrobials widely used to treat serious infections. Reports of detection of plasmidial AmpCs in Brazil are scarce, but the analysis of the susceptibility profile of Escherichia coli isolated from cases of urinary tract infection in patients attended in a private laboratory, located at the city of São Paulo, from 2006 to 2010 indicated a considerable increase in cefoxitin resistance, a marker for plasmidial AmpC expression. In 2006 the rate was 0.03% and in 2011 it was 0.65%. One hypothesis for this increase was the spread of clones or genes encoding AmpC transferred into plasmids. Objective: To characterize the genetic determinants in E. coli presenting a phenotype consistent with plasmidial AmpC production. Material and Methods: We studied all E. coli not susceptible to cefoxitin isolated in urine cultures at Fleury Medicine and Health, in São Paulo, during the period from January 2nd to February 1st 2012. The isolates were phenotypically evaluated for purity, species identification and enzymatic blockage with cefoxitin and ceftazidime disks with added phenylboronic acid. The presence of genes encoding plasmidial AmpCs was evaluated using two different PCR methods. Sequencing of the genes detected was obtained. The performance of the enzymatic blockage with phenylboronic acid was determined using PCR as a gold standard. The plasmid profile and clonality were evaluated respectively by alkaline lysis and ERIC-PCR. Results and conclusions: Among 2,494 E. coli isolates, 12 had genes encoding for plasmidial AmpC; consequently the frequency of plasmidial AmpC in E. coli was 1.8% in inpatients and 0.46% in outpatients. Sequencing of the genes encoding plasmidial AmpCs showed them to be blaCMY-2 and just one blaCMY-4. The better performance of the phenotypic test was obtained when at least 5 mm inhibition zone difference was observed between the disc of cefoxitin and ceftazidime with added phenylboronic acid. With these parameters the sensitivity was 100%, specificity 100%, positive predictive value 100% and negative predictive value 100%. The presence and the dissemination of three clonal groups of CMY producing E. coli was observed among hospitals located at the city of São Paulo
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Infecção urinária por Escherichia coli resistente a ciprofloxacino em pacientes com câncer ginecológico

Araujo, Fernanda Miranda de 03 April 2017 (has links)
Submitted by Biblioteca da Faculdade de Farmácia (bff@ndc.uff.br) on 2017-04-03T17:52:51Z No. of bitstreams: 1 Araujo, Fernanda Miranda de [Dissertação, 2011].pdf: 1770084 bytes, checksum: 02dc9fe25e679414ba90c97935473f41 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-03T17:52:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Araujo, Fernanda Miranda de [Dissertação, 2011].pdf: 1770084 bytes, checksum: 02dc9fe25e679414ba90c97935473f41 (MD5) / Objetivo. Descrever a prevalência de resistência a ciprofloxacino e analisar as variáveis potencialmente associadas a esta resistência em amostras de Escherichia coli isoladas de pacientes com câncer ginecológico e infecção do trato urinário (ITU). Métodos. Trata-se de uma série de casos de pacientes com ITU por E. coli assistidas no Hospital do Câncer II do Instituto Nacional do Câncer (INCA/HCII) de março de 2009 a fevereiro de 2010. Os casos foram detectados através de vigilância microbiológica no laboratório de bacteriologia clínica do INCA/HCII. As análises microbiológicas foram realizadas conforme recomendado pelo Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Os dados clínicos e epidemiológicos foram coletados através de revisão de prontuários. Para a avaliação das variáveis potencialmente associadas à resistência a ciprofloxacino foi feita análise multivariada por regressão logística. Resultados. Entre os 275 casos de ITU por E. coli em pacientes com câncer ginecológico incluídas no estudo, a prevalência de resistência das amostras a ciprofloxacino foi 31%. A prevalência de resistência das amostras a outros antimicrobianos como cefazolina, ceftazidima, fosfomicina, gentamicina e nitrofurantoína aumentou significativamente (p≤0,05) ao longo do período. Não foi detectada resistência a amicacina e carbapenemas. Duas amostras foram produtoras de b-lactamases de espectro ampliado (ESBL). As variáveis independentemente associadas à resistência a ciprofloxacino entre as amostras de E. coli foram: presença de nefrostomia (OR: 4,83; IC95%: 1,15-20,23; p: 0,031), internação (OR: 4,00; IC95%: 1,35-11,85; p: 0,012) e uso de fluoroquinolona (OR: 3,02; IC95%: 1,28-7,91; p: 0,015) nos 3 meses anteriores ao episódio de ITU. Conclusão. A resistência ao ciprofloxacino foi elevada. Os fatores de risco para esta resistência foram aqueles relacionados à manipulação de vias urinárias, sugerindo a possibilidade de transmissão cruzada de amostras resistentes a ciprofloxacino, e o uso prévio de fluoroquinolonas / Objective. To describe the prevalence of resistance to ciprofloxacin and analyze variables potentially associated with this resistance in samples of Escherichia coli isolated from patients with gynecological cancer and urinary tract infection (UTI). Methods. A case-series was conducted between March 2009 and February 2010 at the Cancer Hospital II part of the National Cancer Institute (INCA/HCII) with patients aged over 18 years with gynecological cancer presenting UTI caused by E. coli. Cases were detected through microbiological surveillance in the laboratory of clinical bacteriology in INCA/HCII. Microbiological analyses were performed as recommended by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Clinical and epidemiological data were collected through charts review. For the evaluation of variables potentially associated with resistance to ciprofloxacin the multivariate analysis were performed by logistic regression. Results. Among 275 cases of UTI caused by E. coli in patients with gynecological cancer included in the study, the prevalence of samples resistant to ciprofloxacin was 31%. The prevalence of samples resistant to other antimicrobials such as cefazolin, ceftazidima, fosfomycin, gentamicin and nitrofurantoína increased significantly (p≤0,05) during the period. It was not detected resistance to amikacin and carbapenems. Two samples were producers of extended spectrum b-lactamase (ESBL). The variables independently associated with resistance to ciprofloxacin between samples of E. coli were: undergone nephrostomy (OR: 4.83; IC95%: 1.15-20.23; p: 0.031), hospitalization (OR: 4.00; IC95%: 1.35-11.85; p: 0.012) and use of fluoroquinolone (OR: 3.02; IC95%: 1.28- 7.91; p: 0.015) in the 3 months preceding the episode of UTI. Conclusion. Resistance to ciprofloxacin was high. Risk factors for this resistance were those related to urinary tract manipulation suggesting the possibility of cross transmission of samples resistant to ciprofloxacin, and previous use of fluoroquinolones
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Análise da resistência a antimicrobianos em microrganismos isolados de hemoculturas em hospitais de Niterói

Fleming, Maria Emília de Castro Kling 18 April 2017 (has links)
Submitted by Biblioteca da Faculdade de Farmácia (bff@ndc.uff.br) on 2017-04-18T16:42:00Z No. of bitstreams: 1 Fleming, Maria Emília de Castro Kling [Dissertação, 2011].pdf: 3850457 bytes, checksum: 76e7a64373d2898f956190ecd2aa26c3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T16:42:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fleming, Maria Emília de Castro Kling [Dissertação, 2011].pdf: 3850457 bytes, checksum: 76e7a64373d2898f956190ecd2aa26c3 (MD5) / Introdução: As infecções de corrente sanguínea estão entre as mais graves infecções, principalmente se causadas por microrganismos resistentes a antimicrobianos. O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência e o perfil de resistência de microrganismos isolados em hemoculturas em um hospital público e outro privado localizados em Niterói, Rio de Janeiro, Brasil. MÉTODOS: O estudo foi conduzido em um hospital geral de natureza pública com 227 leitos e um hospital geral, privado contendo 123 leitos, entre Agosto de 2009 a Agosto de 2010. Todas as amostras provenientes de pacientes maiores de 18 anos foram consecutivamente coletadas após identificação por métodos de rotina de cada laboratório de microbiologia. As cepas de E. coli, K. pneumoniae, K. oxytoca e P. mirabilis foram testadas quanto a produção de ESBL (Extended Spectrum Betalactamase) de acordo com as recomendações do CLSI. As enterobactérias foram testadas quanto a produção de carbapenemases pelo teste modificado de Hodge (CLSI). As amostras de P. aeruginosa foram testadas para a produção de MBLs pelo teste fenotípico de disco combinado. A reação em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada para a detecção dos genes (blaIMP, blaVIM, blaSPM), relacionados com a produção de metalo-beta-lactamases (MBLs). A similaridade genética entre as cepas de P. aeruginosa foi avaliada pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). RESULTADOS: Foram coletadas 195 amostras de microrganismos isolados em hemoculturas no hospital público e 123 amostras no hospital privado. Os nãofermentadores foram a maior causa de bacteremias na unidade de terapia intensiva (UTI) da instituição pública. As enterobactérias foram os microrganismos mais prevalentes nas enfermarias da unidade privada. No hospital público foram detectadas amostras produtoras de ESBL, enquanto no hospital privado foram identificadas cepas produtoras de carbapenemases. Dentre as cepas de P. aeruginosa, 40 amostras foram testadas para a produção de MBLs. Treze cepas (32,5%) foram positivas no teste fenotípico e no PCR, todas positivas para o gene blaSPM-1, sendo que apenas uma foi proveniente da instituição pública e 12 do hospital particular. Nenhuma amostra carreadora dos genes blaIMP-1 e blaVIM-2 foram detectadas. Os resultados de PFGE mostraram que todas as cepas carreadoras do gene blaSPM-1, isoladas no hospital privado, foram geneticamente relacionadas (Pulsotipo A), o que pode indicar uma transmissão cruzada entre os pacientes e profissionais de saúde. CONCLUSÕES: As características dos microrganismos isolados em hemoculturas variou entre as unidades de internação e entre os hospitais, demonstrando que os dados locais podem orientar a terapia antimicrobiana e as medidas de controle e prevenção das infecções. Devido ao impacto das infecções de corrente sanguínea e a presença de microrganismos resistentes no ambiente hospitalar, estudos adicionais e medidas de vigilância são necessárias / Introduction: Bloodstream infections are one of the most serious bacterial infections, especially if caused by resistant microorganisms. The purpose of this study was to assess the prevalence and resistance profile of pathogens isolated from blood cultures in a public and a private hospital of Niterói, Rio de Janeiro, Brazil. METHODS: A case-series of patients with blood stream infection was conducted at a 227-bed public general hospital and at a 123-bed private general hospital from August 2009 to August 2010. All isolates were consecutively detected from patients minimum age of 18 years and identified by the routine methodology used at each laboratory. Every E. coli, K. pneumoniae, K. oxytoca and P. mirabilis isolates were tested for ESBL (Extended Spectrum Beta-lactamase) production using the CLSI guidelines. The Enterobacteriaceae was tested for carbapenemase production using the Modified Hodge test (CLSI). Every P. aeruginosa were tested for metallo-betalactamases (MBLs) producing by the phenotypic method of combined disk. The polymerase chain reaction (PCR) was used to detect the MβLs genes (blaIMP, blaVIM, blaSPM). The genetic similarity between the strains was evaluated in samples which were positive for MBLs using the pulsed field gel electrophoresis technique (PFGE). RESULTS: Were collected 195 samples of microorganisms isolated in blood cultures in the public hospital and 123 samples in the private hospital. The non-fermentatives were the major cause of bacteremia in the ICU of public hospital. The Enterobacteriaceae were the most prevalent in the the wards of private hospital. In the public hospital, we found strains producing ESBL and in the private hospital, strains producing carbapenemase. Forty samples of P. aeruginosa were tested for MBL producing. Thirteen strains (32,5%) were positive in phenotypic test and in PCR, every sample were positive for blaSPM-1, and only one was from the public institution and 12 of the particular hospital. No blaIMP-1 and blaVIM gene were detected. The PFGE analysis showed that all blaSPM-1 gene-carrying strains isolated in private hospital were genetically related (Pulsetype A), suggesting a cross transmission between patients and health professionals. CONCLUSIONS: The characteristics of the microorganisms isolated from blood culture varied from hospital to hospital and between inpatient units, showing that local data can help with therapeutic choices and with the prevention and control of infection. Due to the impact of bloodstream infections and the presence of resistant microorganisms in the hospitals, additional studies and monitoring measures are necessary
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Evaluation of antibiotic use in a Lebanese hospital

Ibrahim, Mohamad January 2016 (has links)
Antimicrobial resistance is a significant global health problem. Misuse of antibiotics is associated with antimicrobial resistance which presents clinicians with treatment challenges and increases the complexity of the decision making process related to the selection of appropriate antibiotic therapy. Antibiotic resistant organisms can often lead to nosocomial infections (NIs) and undoubtedly causes patient harm and increases healthcare costs. According to the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), at least 70% of the nosocomial infections are caused by antibiotic-resistant organisms. In addition to the problem of inappropriate prescribing, the decreased production of antimicrobial agents over the past 25 years has restricted the arsenal of available antimicrobial agents. The combination of inappropriate antibiotic prescribing practices and reduced research and development of new antimicrobial agents have promoted concerns that society may soon return to a pre-antibiotic era. Addressing the attitudes and behaviours that contribute to inappropriate antibiotic prescribing is a potentially effective and immediate solution to the growing antimicrobial resistance problem. Modifying clinicians' prescribing behaviour with antibiotic decision guidelines and highlighting the problematic side of this issue can promote judicious antibiotic prescribing practices. Representing the existing data regarding the use and misuse of antimicrobials in a Lebanese hospital can support and encourage initiating and complying with antibiotic stewardship programs and prescription guidelines. Purpose: The objectives of this study were to determine current levels and trends in prescribing antibiotics to patients in a Lebanese hospital, (2) to identify the factors that physicians considered when deciding to start antibiotics, (3) to explore whether antimicrobial use (empiric, prophylactic, targeted) will change when physicians fill out a form to document why they prescribed antibiotics, (4) to explore whether an increase in bacterial resistance occurs when antimicrobial consumption increases, (5) to explore the clinicians' perception towards antimicrobial use and antimicrobial stewardship program pre- and post- implementation of an antibiotic assessment form, (6) to explore the effect of the implemented antimicrobial stewardship intervention combined with hand hygiene (HH) on healthcare associated infection rate (HAIs) in the hospital. One-year retrospective study in a Lebanese hospital was conducted to determine the percentage of patients who received antimicrobial treatment and to identify the inappropriateness of their use in different hospital departments. A 12-months intervention was then implemented during which all attending physicians were asked to fill an antimicrobial assessment form (AAF) to document their rationale for starting antimicrobial therapy. In addition, this AAF was used to identify factors physicians considered when deciding to prescribe antimicrobials. Data from the AAFs suggested that physicians in the hospital often considered elevated C-reactive protein, elevated white blood cell counts, and elevated temperatures when deciding to start antimicrobial therapy. Data showed that antibiotic consumption and the median duration of empiric and targeted therapies decreased significantly during the intervention period when compared to the pre-intervention period. Antibiotic appropriateness was also increased significantly after the intervention was conducted. In addition, a better understanding of antimicrobial stewardship strategies was also noted by physicians after the implementation of the intervention. On the basis of these results, AAF filling was a successful intervention to reduce antibiotic use and to urge physicians to refer to antibiotic guidelines when initiating an antimicrobial agent. However, additional measures such as automatic stop orders and computer decision support may be easier and useful for reducing the duration of therapy in hospitals.

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