Thèses (M.Sc.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2000. / Titre de l'écran-titre (visionné le 20 juin 2006). Publié aussi en version papier.

Les travaux présentés dans cette thèse s'inscrivent dans le cadre de l'analyse de phénomènes biologiques par des moyens informatiques, c'est-à-dire la bio-informatique. Nous nous intéressons plus particulièrement à l'analyse de séquences nucléiques. Dans ce cadre, nos travaux se décomposent en deux parties: l'identification de séquences codantes et l'identification de séquences non-codantes partageant une structure conservée telles que des ARN non-codants. L'originalité des méthodes proposées, PROTEA et CARNAC, réside dans le traitement d'ensembles de séquences nucléiques faiblement conservées sans avoir recours à leur alignement au préalable. Ces méthodes s'appuient sur un même schéma global d'analyse comparative pour identifier des traces laissées par les mécanismes de sélection durant l'évolution, traces globalement cohérentes entre toutes les séquences. Nous avons évalué PROTEA et CARNAC sur des données de référence pour la communauté et obtenu plusieurs résultats significatifs. Dans le cadre de travaux collaboratifs, nous présentons également deux exemples intégrations de ces logiciels. MAGNOLIA est un logiciel qui construit un alignement multiple de séquences nucléiques respectueux de leur fonction commune prédites par PROTEA et/ou CARNAC. PROTEA et CARNAC sont également intégrés dans une plate-forme d'annotation automatique par génomique comparative. / The work described in this thesis is part of the analysis of biological phenomena using computers, id est bioinformatics. More precisely, We are interested in nucleic sequence analysis. ln this context, our work is splitted in two parts: identification of coding sequences and identification of non-coding sequences that share a common structure such as non-coding RNAs. The main feature of our methods, PROTEA and CARNAC, is to deal with poorly conserved sequences without the need to align them. Our methods rely on the same comparative analysis scheme to detect evolutionary patterns that are globally coherent between all sequences. PROTEA and CARNAC have been submitted on several reference benchmarks and have reached significative results. We also present two collaborative projects that involve PROTEA and CARNAC. MAGNOLIA is multiple alignement software designed to align nucleic sequences according to their conserved function predicted by PROTEA and/or CARNAC. The second collaborative project is a software pipeline to automatically annotate genomes by comparative genomics.

Le développement embryonnaire est un processus complexe finement régulé spatio-temporellement par de nombreux acteurs, qu’ils soient ADN, ARN ou protéines. De récents résultats suggèrent un rôle clef dans le développement et les maladies pour une sous-catégorie des ARNs impliqués dans ces mécanismes, les longs ARNs non-codants (lncRNAs). Caractérisés par leur incapacité à produire des protéines, ils sont difficiles à étudier par leur manque de conservation en séquence et leur expression tissu-spécifique. Ici, nous étudions un lncRNA conservé, Tuna (Tcl1 Upstream Neuron-Associated lncRNA), nécessaire au maintien de l’état pluripotent des cellules souches et essentiel à leur différenciation en neurones. Toutefois, les mécanismes dans lesquels cet ARN est impliqué restent inconnus. Pour y répondre, nous avons analysé des données de séquençage d’ARN de différenciation neuronale d’ESCs murines. Nous avons identifié deux nouvelles isoformes spécifiquement exprimées dans les ESCs, sht.Tuna et alt.Tuna. Cette dernière est le résultat de l’épissage alternatif de l’exon 1 de Tuna. Cet épissage alternatif est également observé chez l’humain, démontrant une conservation du traitement de l’ARN entre la souris et l’Homme. Ces deux isoformes sont plus courtes d’environ 1,5kb à l’extrémité 3’ que le transcrit prédit de Tuna (full.Tuna). En effet, l’isoforme full. Tuna n’a pas pu être détectée dans les ESCs, et la surexpression de sht.Tuna a permis d’améliorer la reprogrammation vers l’état pluripotent. Ceci suggère que le rôle de Tuna est mécanistiquement différent dans les ESCs et les neurones. D’autre part, Tuna présente une région hautement conservée (~200bp) contenant un potentiel cadre de lecture pour un peptide de 48 acides aminés, détectable par surexpression de constructions tagguées FLAG. La mutation du codon AUG de cette séquence codante a abrogé l’effet de l’ARN sur la reprogrammation. Ceci implique un rôle du peptide dans l’acquisition de la pluripotence. Par ailleurs, Tuna a été détecté dans les fractions poly-ribosomales et cytoplasmiques d’ARN, supportant son éventuel potentiel codant. Ensemble, ces résultats démontrent que l’épissage alternatif et le potentiel codant d’un locus propre à un lncRNA est complexe et que cet ARN pourrait avoir de multiples fonctions dépendantes de l’état cellulaire / Embryonic development is a complex process finely regulated in time and place by numerous actors such as DNA, RNA, and proteins. Emerging evidence suggests a key role in development and disease for a subcategory of RNAs implicated in those mechanisms, the long non-coding RNAs (lncRNAs). Characterized by their incapacity to produce proteins, they have proven to be challenging to study due to the lack of sequence conservation and their tissue-specific expression. Here, we focus on a conserved lncRNA, Tuna (Tcl1 Upstream Neuron-Associated lncRNA), that is required for maintaining embryonic stem cells (ESCs) in an undifferentiated state but is also essential for their differentiation towards a neuronal cell fate. However, the mechanism behind this dual role remains largely unknown. To address this, we analyzed available RNA-seq data on mouse ESC differentiation towards neurons. We identified two novel isoforms specifically expressed in ESCs, sht.Tuna and alt.Tuna. The latter isoform was the result of alternative splicing of the exon 1 of Tuna. This alternative splicing was also observed in human ESCs demonstrating a conserved processing of the RNA between mouse and human cells. Both new isoforms were ~1.5kb shorter at the 3'-end than the predicted full transcript of Tuna (full.Tuna). In fact, we failed to detect the full.Tuna isoform in ESCs, and overexpression of sht.Tuna isoform enhanced reprogramming to a pluripotent stem cell state. This suggests that the role of Tuna is mechanistically different in ESCs than in neurons. Besides, Tuna also contains a highly conserved region (~200bp) harboring a predicted 48-amino-acids coding sequence that is detectable upon overexpression if FLAG-tagged. Mutating the start codon of this peptide's coding sequence abrogated the enhanced reprogramming effect. This infers a role for the peptide in the acquisition of a pluripotent state. Moreover, Tuna was detected in poly-ribosomal and cytoplasmic RNA fractions further supporting a peptide coding potential. Taken together, our results demonstrate that alternative splicing and coding potential of a particular lncRNA locus is complex and that a lncRNA may have multiple functionality depending on cell state.

Les protéines d'interférence par l'ARN (RNAi) chez S. pombe sont responsables de la formation dliétérochromatine aux centromeres durant la mitose via le complexe RTTS -spChpl spTas3 spAgol-. De façon intéressante, la mutation d'une des protéines de RNAi, soit spAgol, spDcrl ou spRdpl, conduit à des aberrations de ségrégation chromosomique en méiose. Bien que ce phénotype puisse être dû à un défaut des centromeres, nous nous sommes intéressés à identifier une possible implication des protéines du RNAi dans un autre mécanisme primordial en méiose : la recombinaison homologue. Nous avons étudié les interactions potentielles entre les protéines de RNAi et les protéines de recombinaison homologue. Nous avons inclus également spArbl, spArb2, spChpl et spTas3, quatre protéines impliquées dans la formation dliétérochromatine aux centromeres via le RNAi. Nous avons ainsi démontré par double-hybride la présence d'interaction entre la protéine méiotique spRecl5 et spRdpl, spArbl et spChpl d'une part, et spRec7 avec spTas3 d'autre part. La deletion de ces gènes conduit à de graves défauts dans la formation des spores, soulignant leur importance dans le processus méiotique. spRec7 et spRecl5 sont deux protéines peu connues, impliquées dans les étapes précoces de la formation des cassures double brin par Spol 1 (spRecl2) à l'origine de la recombinaison homologue. Nous avons analysé par immunoprecipitations de chromatine et par immunofluorescence l'effet des mutations de spChpl et spTas3 sur les étapes précoces de recombinaison homologue, et les résultats préliminaires obtenus à ce jour semblent supporter une forte implication de ces protéines dans la recombinaison homologue méiotique.

NEAT2 est un long ARN non-codant surexprimé dans plusieurs cancers. Toutefois, les études actuelles ne sont qu’associatives et ne permettent pas d’établir de lien direct de cause à effet ainsi que son mécanisme d’action dans la carcinogenèse. Dans cette étude, nous avons déterminé le rôle de NEAT2 et de ses domaines fonctionnels dans la prolifération et le métabolisme énergétique des hépatocytes. La prolifération était diminuée significativement (14-35%) lorsque l’expression de NEAT2 a été rendue génétiquement faible ou inexistante dans les modèles d’hépatocytes humains et de fibroblastes embryonnaires de souris. À l’opposé, la prolifération cellulaire était significativement augmentée (27-33%) dans les hépatocytes murins surexprimant les segments NEAT2 et mascRNA. Le domaine mascRNA entraîne également une augmentation significative de l’entrée de glucose dans la cellule. En somme, ces résultats démontrent l’importance de mascRNA dans la prolifération cellulaire et le métabolisme du glucose des hépatocytes. / NEAT2 is a long ncRNA overexpressed in a various type of cancer. However, whether NEAT2 directly impacts on carcinogenesis remains poorly investigated. Here, we report the role of NEAT2 and its functional domains on proliferation and energy metabolism of hepatocytes. In this study, we show a significant decrease in proliferation (14-35%) after knocked-down or knockout of NEAT2 expression in both human hepatocytes and mouse embryonic fibroblasts. On the other hand, we observed a significant increase in proliferation (27-33%) in mice hepatocytes overexpressing NEAT2 and the mascRNA domain. The overexpression of the mascRNA domain also resulted in a significant increase in cellular glucose uptake, suggesting a role in glucose utilization. Our study highlights the significance of NEAT2 and its mascRNA domain in cellular proliferation and glucose metabolism. These data suggest an important role for the mascRNA domain in the regulation of hepatocyte proliferation by NEAT2.

Leishmania est un pathogène important pour la santé humaine avec plus de 350 millions de personnes à risque dans le monde. Leishmania présente des caractéristiques uniques en termes de régulation génique constituant ainsi un excellent modèle pour l’étude des mécanismes de régulation génique. Chez Leishmania ainsi que les autres Trypanosomatidae, il n’y a pas de controle au niveau de l’initiation de la transcriptin et la regulation se fait pas presque exclusivement au niveau post-transcriptionnel. Les éléments régulateurs en cis situés dans les régions 3' non-traduites (3'UTRs) des ARN messagers chez Leishmania (ARNms) sont essentiels pour la régulation de la stabilité ou la traduction des transcrits. Malgré les efforts considérables déployés pour l’identification de ces éléments régulateurs, uniquement quelques centaines ont été caractérisées chez les eucaryotes. Nous avons identifiés une nouvelle classe de rétroéléments agissant en cis, appelés SIDERs (Short Interspersed DEgenerate Retroposons) qui sont largement distribués dans le génome du parasite (>2000 copies de SIDER1 et SIDER2), situés pour la plupart dans la région 3ʹUTR. Les transcrits contenant SIDER2 le région 3ʹUTR sont dégradés par un mécanisme indépendant de la déadénylation initié par un clivage endonucléolytique au sein de la séquence signature II (SII) qui est conservée parmi SIDER2. Mon travail a consisté à déterminer les séquences nécessaires pour le clivage endonucléolytique et à identifier les trans-régulateurs jouant un rôle dans la dégradation des ARNm dépendante de SIDER2. Nous avons adopté une approche de purification d'affinité d'ARN étiquetés MS2 permettant de capturer les facteurs trans-régulateurs. Parmi ces éléments liant spécifiquement SIDER2, la Pumilio protéine PUF6 est responsable de la dégradation du transcrit rapporteur possédant la séquence SIDER2 en 3ʹUTR. De plus, l’inactivation du gène PUF6 se manifeste par une augmentation de stabilité des transcrits, suggérant un rôle de PUF6 dans la dégradation des ARNm médiée par SIDER2. Des études de mutations au sein de la séquence conservée, signature II, responsable de la régulation de la dégradation, ont permis de souligner l’importance de sites de clivages putatifs, précédemment identifiés au niveau de SIDER2. De plus, deux régions additionnelles proches de l’extrémité terminale de la séquence SIDER2 se sont révélées de jouer aussi un rôle au niveau de la déstabilisation de l’ARNm. Enfin, nous avons investigué le rôle de la traduction au niveau de la dégradation des ARNm médiée par SIDER2 et nous avons montré que la dégradation des transcrits SIDER2 est liée à une traduction active, soulignant ainsi l’importance de la machinerie de la traduction au niveau de la régulation globale des transcrits contenants des éléments SIDER2 dans le 3’UTR.. / Leishmania spp. are important human pathogens which put lives of over 350 million people at risk, worldwide. Apart from being an important human pathogen, Leishmania has unique features in terms of gene regulation, rendering it an excellent model organism to study gene regulation mechanisms. Notably, Leishmania and other trypanosomatids lack control at the level of transcription initiation and therefore most of the regulation of gene expression takes place post-transcriptionally. Cis-acting elements in 3ʹ-untranslated regions (3ʹUTRs) of Leishmania messenger RNAs (mRNAs) are central to the regulation of mRNA decay or translation efficiency. We have identified a novel class of cis-acting retroposons, termed SIDERs (Short Interspersed DEgenerate Retroposons) that are widely distributed in the parasite genome (>2000 copies of SIDER1 and SIDER2), mostly within 3ʹUTRs. Transcripts bearing SIDER2 in their 3ʹUTR are degraded via a deadenylation-independent pathway involving endonucleolytic cleavage within the conserved signature II (SII) sequence of SIDER2 elements. My research project aimed at determining the sequence requirements for endonucleolytic cleavage and identifying the trans-acting factor(s) contributing to SIDER2-mediated mRNA decay. We employed a tethering approach using the MS2 system to capture the trans-acting proteins in vivo. Amongst the proteins specifically tethered to SIDER2, the Pumilio protein PUF6 was shown to downregulate the SIDER2-harboring reporter transcript. Furthermore, inactivation of the PUF6 gene resulted in upregulation and increased transcript stability, indicating that PUF6 contributes to SIDER2-mediated decay. Mutational analysis within the conserved SII region, known to regulate decay, highlighted the importance of the previously mapped putative cleavage sites in mediating degradation of SIDER2-containing transcripts. Furthermore, two additional regions closer to the end of the SIDER2 sequence were found to contribute to mRNA destabilization. Finally, we addressed the requirement of translation for SIDER2 mediated decay and showed that degradation of SIDER2 transcripts is linked to ongoing translation, underscoring significance of the translation apparatus in global regulation of SIDER2-containing transcripts.

Les espèces de *Leishmania* sont des importants pathogènes humains qui affectent la santé de millions de personness à travers le monde. De plus, ces parasites présentent des caractéristiques uniques en matière de régulation de l'expression génique, ce qui en fait un excellent modèle pour étudier les mécanismes de régulation posttranscriptionnelle. Le génome de *Leishmania* abrite des « Short Interspersed DEgenerated Retroposons » (SIDERs), anciennement actifs, représentant la plus grande famille d'éléments répétitifs chez les trypanosomatides. Leur expansion substantielle est un fort indicateur de fonctions biologiques importantes. Cette étude intègre des analyses génomiques, bioinformatiques et transcriptomiques à haut débit pour dévoiler les divers rôles des rétroposons SIDER2 dans l'évolution du génome de *Leishmania* et la régulation d'expression de ses gènes. Nous montrons que les rétroposons du type SIDER2 sont organisés en clusters divergents et sont particulièrement localisés dans des régions non-codantes en 3' des transcrits (3'UTRs), altérant ainsi environ 13 % du transcriptome de *Leishmania*. Les séquences SIDER2 les plus homologues sont généralement positionnées très proche sur le même chromosome. Cette organisation génomique intrigante souligne l'importance de la proximité des SIDER2 dans la structure et dynamique chromosomique ainsi que la co-régulation. Il est intéressant de noter que les transcrits appartenant au même cluster SIDER2 peuvent afficher des niveaux d'expression similaires. Les études de profilage de l'expression à l'échelle du génome soulignent l'association générale des SIDER2 avec une faible expression de l'ARNm. Le lien remarquable entre les rétroposons SIDER2 et la régulation à la baisse de l'expression des gènes soutient leur rôle comme régulateurs majeurs de l'abondance de l'ARNm. Les séquences SIDER2 contribuent également à la diversification du répertoire d'expression des gènes de *Leishmania* car 35 % des transcrits contenant des SIDER2 sont exprimés de manière différentielle au cours du développement du parasite et plusieurs d'entre eux codent pour des facteurs de virulence. Nous avons également identifié des facteurs *trans* s'associant avec certaines séquences SIDER2 et impliqués dans la dégradation des ARNs les contenant. Un de ces facteurs est la protéine Pumilio (PUF) 6. En utilisant le séquençage d'ARN à partir d'une souche génétiquement inactivée pour PUF6 (PUF6 KO) et celui immunoprécipité avec la protéine PUF6 (PUF6 RIP-Seq) par la méthode d'Illumina, nous avons montré que la déplétion de PUF6 conduit à l'accumulation d'environ 10% de transcrits ayant SIDER2 dans leur 3'UTR, soulignant l'importance de cette protéine dans la dégradation de ces ARNm vis son interaction avec d'autres protéines des complexes de dégradation de l'ARN. PUF6 régule également l'expression de plusieurs transcrits exprimés spécifiquement au stade promastigote du parasite, par un mécanisme distinct de celui utilisant les séquences SIDER2, soulignant ainsi son importante contribution dans la régulation post-transcriptionnelle chez *Leishmania*. Enfin, en utilisant la technologie Nanopore pour séquencer directement l'ARN à partir de stades promastigote et amastigote, nous avons pu révèler des événements étendus d'épissage en trans (*trans*-splicing) et de polyadénylation alternative dans le transcriptome du parasite. Cette technologie a également fourni des données transcriptomiques de haute résolution identifiant 1,825 ARN longs non codants (lncRNAs), dont une petite fraction seulement était annotée auparavant. Un nombre significatif de ces lncRNAs est régulé de façon stade-spécifique, soulignant le paysage post-transcriptionnel complexe de *Leishmania*. Ensemble, ces résultats améliorent notre compréhension de la complexité du transcriptome de *Leishmania* au cours de son développement, mettant l'emphase sur le rôle central des rétroposons SIDER2 et de leurs partenaires protéiques dans la régulation de l'abondance de transcrits chez *Leishmania* selon son stade développemental, et fournissant de nouvelles perspectives sur la dynamique transcriptomique de ce parasite. / *Leishmania* species are important human pathogens that affect the health of more than a billion people worldwide. Additionally, these parasites exhibit unique characteristics in the way they regulate gene expression, mostly posttranscriptionally, making them an excellent model for studying mechanisms of posttranscriptional regulation. The *Leishmania* genome harbors formerly active **S**hort **I**nterspersed **DE**generated **R**etroposons (SIDERs), representing the largest family of repetitive elements among trypanosomatids. Their substantial expansion is a strong indicator of important biological functions. This study integrates high-throughput genomic, bioinformatics and transcriptomic analyzes to unveil the diverse roles of SIDER2 retroposons in the evolution of the *Leishmania* genome and the regulation of gene expression. We show that SIDER2 type retroposons are organized in highly divergent clusters and are particularly localized in the 3' non-coding regions of transcripts (3'UTRs), thus altering ~13% of the *Leishmania* transcriptome. The most homologous SIDER2 sequences are generally positioned very close on the same chromosome. This intriguing genomic organization highlights the importance of SIDER2 proximity in chromosomal structure and dynamics, as well as in co-regulation. Interestingly, transcripts belonging to the same SIDER2 cluster can display similar expression levels. Genome-wide expression profiling studies highlight the general association of SIDER2s with low mRNA expression. The remarkable link between SIDER2 retroposons and downregulation of gene expression supports their role as major regulators of mRNA abundance. SIDER2 sequences also contribute to the diversification of the *Leishmania* gene expression repertoire because 35% of SIDER2-containing transcripts are differentially expressed during the parasite development and several of them encode virulence factors. We also identified *trans*-acting factors associating with certain SIDER2 sequences and involved in the degradation of the RNAs containing them. One of these factors is Pumilio protein (PUF) 6. Using sequencing of total RNA from *Leishmania* genetically depleted for PUF6 (PUF6 KO) and PUF6 RNA-immunoprecipitations sequencing using the Illumina technology, we showed that PUF6 depletion leads to the accumulation of approximately 10% of SIDER2-containing transcripts, highlighting the importance of this protein in the degradation of these mRNAs through interactions with other proteins of the RNA degradation machinery. PUF6 also regulates the expression of several transcripts expressed specifically at the promastigote stage of the parasite, by a mechanism distinct from that using SIDER2 sequences, thus highlighting its important contribution in post-transcriptional regulation in *Leishmania*. Finally, using the Nanopore technology to directly sequence RNA from promastigote and amastigote life stages, we showed extensive *trans*-splicing and alternative polyadenylation events in the parasite transcriptome. This technology also provided high-resolution transcriptomic data identifying 1,825 long non-coding RNAs (lncRNAs), only a small fraction of which were previously annotated. A significant number of these lncRNAs are regulated in a stage-specific manner, highlighting the complex post- transcriptional landscape of *Leishmania*. Together, these results improved our understanding of the complexity of *Leishmania* transcriptome during its development, emphasizing the central role of SIDER2 retroposons and their protein partners in regulating transcript abundance depending on the parasite stage, and provide new insights into the transcriptomic dynamics of this parasite.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les riborégulateurs sont un sujet de grand intérêt pour une partie de la communauté scientifique depuis leur découverte en 2002. Toutefois, comme ces structures retrouvées dans des ARNm ayant la capacité de réguler l'expression génétique en réponse à la liaison d'un petit métabolite sont présentées comme une cible antibiotique très prometteuse, les riborégulateurs intéressent maintenant les médias ainsi que la population en général. Malgré ce fort potentiel de cible antibiotique, il reste encore beaucoup d'interrogations à élucider avant de commercialiser des molécules ciblant les riborégulateurs afin de contrer une infection bactérienne chez un animal ou un humain. De cette manière, la recherche visant à mieux caractériser les riborégulateurs est d'une grande importance. L'étude présentée dans ce mémoire a donc comme objectif général de mieux caractériser le riborégulateur SAM-I d'un point de vue structural et fonctionnel. Grâce à des techniques de transcription in vitro à cycle unique (single-round in vitro transcription), d'acylation sélective du 2'-hydroxyle analysée par extension d'amorce (SHAPE) et de transfert d'énergie par résonnance de fluorescence (FRET), il a été possible de mieux caractériser deux éléments structuraux importants pour le repliement et la fonction du riborégulateur SAM-I. En effet, il a été démontré que l'appariement du coeur ainsi que l'identité des nucléotides de la jonction 1/4, sont essentiels au bon fonctionnement du riborégulateur. De plus, des essais d'électrophorèse comparative sur gel (CGE) ont permis de caractériser la phase ondulatoire de la rotation de la tige P1 du riborégulateur SAM-I ainsi que confirmer sa présence dans le cas d'un aptamère à 3 voies, c'est-à-dire qui ne possède pas de tige P4.

Chez les organismes procaryotes, l’adaptation rapide aux changements de l’environnement est synonyme de survie. Un des moyens utilisés pour s’adapter rapidement est un contrôle strict et efficace de l’expression génétique. Par exemple, un changement rapide de pH entraînera l’arrêt de synthèse de certains canaux dans le but de conserver un pH cellulaire interne stable se situant entre 7,2 et 7,8 chez la bactérie Escherichia coli.(Slonczewski et al. 1981) Alors, quand ces changements de l’environnement surviennent, la bactérie se doit de posséder des détecteurs efficaces qui peuvent réguler l’expression des gènes rapidement. Un des nombreux moyens utilisés chez les procaryotes pour détecter et contrôler l’expression génétique est l’utilisation des riborégulateurs. Ces ARN structurés sont localisés dans le 5’ non codant de certains gènes bactériens et permettent une régulation efficace de l’opéron avec lequel ils sont associés. Les riborégulateurs lient directement un métabolite, appelé ligand, ce qui entraîne un changement dans la structure d’ARN et permet une régulation du (des) gène (s) en aval du riborégulateur. Pour accomplir ces deux étapes, soit la détection et la régulation, les riborégulateurs se doivent d’être très structurés pour effectuer une reconnaissance spécifique du ligand et pour réguler l’expression génétique. Un des riborégulateurs les plus structurés est le riborégulateur btuB chez la bactérie E. coli. En effet, ce riborégulateur lie l’adénosylcobalamine (AdoCbl) et est constitué de quatorze tiges boucles ainsi que d’une structure particulière nommée pseudonoeud. Cette structure a été montrée par le passé comme étant importante pour la réponse au ligand dans un contexte in vivo.(Nahvi et al. 2002) Par contre, son rôle dans le changement de structure lors de la liaison du ligand est encore méconnu. Le but ce projet de maîtrise était de déterminer le rôle de ce pseudonoeud dans le changement de structure du riborégulateur lors de la liaison de l’AdoCbl à ce dernier. Les résultats de cette étude ont non seulement permis de déterminer que le pseudonoeud est important pour la communication de la liaison du ligand, mais qu’il est aussi important pour la liaison. De plus, nous avons aussi confirmé que le contexte transcriptionnel est essentiel pour que le pseudonoeud puisse être formé, comme suggéré par les précédents travaux de Perdrizet et al, (2012).