Ce projet de maîtrise a comme objectif d'évaluer, dans une cohorte de patients avec polyarthrite inflammatoire débutante, l'existence de différents sous-groupes de patients classifiables selon leurs caractéristiques cliniques lors de l'inclusion dans l'étude. Les patients sont recrutés au Centre hospitalier universitaire de Sherbrooke (CHUS). Ils doivent être âgés de plus de 18 ans, se présenter avec au moins 3 articulations atteintes d'inflammation articulaire, et ce depuis plus d'un mois et moins de 12 mois. Les patients exclus de l'étude sont ceux atteints d'arthrite microcristalline (ex: Goutte), de collagénose (maladie du tissu conjonctif), ou d'arthrite septique, ainsi que les patients inaptes à consentir. De plus, les patients sont suivis sur une période de 5 ans et réévalués tous les ans. Nous sommes donc en présence d'un dispositif d'observation avec cohorte prospective longitudinale. Chacun des patients est traité selon les traitements disponibles cliniquement et adaptés à sa situation clinique. Une classification hiérarchique a été effectuée chez les 211 premiers patients consécutifs pour lesquels l'information clinique à l'inclusion et à 30 mois était complète. Les variables de l'inclusion qui ont été incorporées dans l'analyse statistique sont: les données démographiques (âge, sexe), certains autoanticorps, le décompte d'articulations gonflées, les paramètres d'inflammation systémique, les paramètres sanguins, si les patients remplissent au moins 4 des 7 critères de classification de la polyarthrite rhumatoïde (PR) selon l'American College of Rheumatology (ACR), la présence de traitements lors de l'inclusion et les dommages articulaires (érosions osseuses et pincements articulaires) sur les radiographies des mains et des pieds. L'analyse statistique a permis l'identification de 5 sous-groupes de patients: 2 avec une meilleure issue clinique (Groupes 1 et 4), 2 avec une issue intermédiaire (Groupes 2 et 3) et 1 avec une très mauvaise issue radiologique et clinique (Groupe 5). Les patients des groupes 1 et 4 ont très peu d'anticorps ou d'érosions, peu d'inflammation systémique, et sont plus jeunes (63% et 47%, âge [< ou =] 50 ans respectivement). Aucun des patients du groupe 4 ne remplit les critères de la classification de la PR, contrairement au groupe 1 (0% vs 100% respectivement). Les patients des groupes 2 et 3 ont généralement des dommages radiographiques à l'inclusion et leur nombre d'érosions osseuses augmente à 30 mois. Les patients du groupe 2 se distinguent par un très faible taux d'anticorps (entre 0% et 17%), tout en présentant fréquemment une inflammation très importante et de l'anémie. Le groupe 3 quant à lui a modérément d'anticorps (entre 40 à 50%), un taux élevé de globules blancs circulants et les patients sont généralement traités très tôt dans le développement de la maladie. Finalement, le groupe 5 est le groupe avec un nombre très important d'anticorps, beaucoup de dommages radiographiques à l'inclusion et à 30 mois, les critères de l'ACR sont généralement remplis et il y a présence d'inflammation systémique. Comme les résultats le suggèrent, cette analyse semble compatible avec d'autres observations qui suggèrent que l'arthrite débutante représente plus d'une maladie. Le groupe 3 ressemble au groupe 5 pour les caractéristiques de l'inclusion. Ceci pourrait indiquer que de traiter très tôt peut, dans certains cas, modifier l'expression des anticorps et l'évolution de la maladie. D'autres analyses plus approfondies seront nécessaires pour améliorer la classification des divers sous-groupes. Éventuellement, un modèle de régression multivarié pourra être utilisé pour prédire l'évolution de la maladie chez de nouveaux patients à partir de leurs caractéristiques initiales. Un tel modèle pourrait alors être très utile en clinique pour établir le bon traitement à administrer aux patients en considérant leurs caractéristiques cliniques lors de leur première visite avec le rhumatologue.

La catégorisation auditive est un processus essentiel pour faire face aux nombreux sons qui nous entourent dans le monde réel. Toutefois ces capacités sont altérées par l'utilisation d'un Implant Cochléaire (IC). Bien les utilisateurs d'IC montrent de très bonnes capacités à percevoir la parole, leur capacité à percevoir d'autres types de sons est altérée en comparaison avec des Entendants Normaux (EN). Dans le projet présenté ici nous utiliserons une nouvelle approche en étudiant la perception des sons à un niveau catégoriel plutôt qu'individuel. Dans une première étude les utilisateurs d'IC et des EN ont été testé afin de mesuré avec quel précision ils pouvaient catégoriser des sons vocaux, environnementaux et musicaux. Les résultats montrent que les utilisateurs d'IC étant appareillés depuis le plus longtemps, et ayant donc une plus grande expérience d'audition avec l'appareil, atteignent des performances plus similaires aux EN que des personnes ayant eu moins d'expérience avec l'IC. Une deuxième étude n'utilisant que des sons vocaux a montré que les informations liées aux émotions et à l'âge du locuteur étaient utilisées afin de catégoriser les différents locuteurs et que le geme était peu perçu par les sujets. Enfin, une troisième étude s'est quant à elle intéressée comment différents sons environnementaux étaient catégorisés et si le contexte auditif (i.e. la localisation) pouvait aider la catégorisation et l'identification de sons vocodés. Bien que nous n'ayons pas observé d'effet de facilitation du contexte les résultats montrent la robustesse de certaines informations pour la perception des sons comme la perception de l'action et la matière les produisant, même lorsque les sujets ne pouvaient les identifier. Le domaine de recherche sur la catégorisation auditive n'est pas aussi développé que celui de la catégorisation visuelle et ce projet apporte de précieuse informations pour mieux comprendre comment la catégorisation dans le domaine auditif est effectuée et quelles catégories sont communément utilisées par les auditeurs. Nous avons pu par exemple mettre en évidence une catégorie regroupant les sons produits par des actions ou des matériaux ou encore des catégories de sons correspondant aux voix et actions humaines, à la nature, aux sons mécaniques et aux sons musicaux, ce qui est en accord avec les résultats obtenus dans des études menées précédemment. Concernant les résultats des utilisateurs d'IC il apparaît que les auditeurs ayant une longue expérience d'utilisation de l'appareil ont moins de difficultés à catégoriser les sons qu'à identifier des sons individuels. Ceci constitue la première étude à tester les utilisateurs d'IC dans une tâche de classification libre et s'ajoute aux quelques études ayant utilisés des tâches de catégorisation auditive avec des utilisateurs d'IC qui suggèrent que la perception catégorielle pourrait être une façon appropriée et efficace de tester et rééduquer les utilisateurs d'IC à percevoir différentes catégories de sons. / Auditory categorisation is a process essential for coping with the large amount of sounds encountered in the real world. However it is affected by the use of a cochlear implant (CI) deviee. Whilst CI users may attain high levels of speech performance,ad their ability to perceive other kinds of sounds is impaired in comparison to Normal Hearing Listeners (NHL). The current project therefore proposes a new approach, looking at the perception of sounds at the leve!of categories rather than individual sounds. In the first study CI users and NHL were tested to see how accurately they categorised a series of vocal, environmental and musical sounds. Results showed that CI users with the longest duration of implantation and therefore of listening experience demonstrated results more similar to those ofNHL. A second study involving oniy vocal sounds showed that information pertaining to the emotion and age of a speaker was used to categorise different speakers and that gender was not strongly perceived. A third study looked at how different environmental sounds were categorised and whether or not the auditory context (i.e. location) was helpful to the categorisation and identification of vocoded sounds. Although context information did not appear to aid listeners the results showed the robustness of certain information regarding the perception of the sound producing action and material, even when listeners could not identify sounds. The research domain of auditory categorisation is not as large as that for the visual domain and subsequent!y this project is important for the further understanding of how sounds are categorised and what categories are commoniy used by listeners. For example the perception of the sound producing action and material as weil as results that show categories of sounds corresponding to hnman vocalisations, hnman actions, nature, mechanical and musical sounds, which agrees with previously conducted studies Concerning the results of CI users it appears that experienced listeners may have fewer problems perceiving auditory categories as compared to identifying individual sounds. This is the first study to test CI users in a free-sorting task and in addition to the few studies that have also tested CI users auditory categorisation suggests that categorical perception may be a useful way in which to test and rehabilitate CI users to different kinds of sounds.

Plus de 150 millions de personnes souffrent de troubles dépressifs à travers le monde. Malgré le nombre croissant d’études s’intéressant à la physiopathologie de ce trouble, aucune amélioration majeure concernant ses traitements ou la compréhension des mécanismes biologiques sous-jacents n’a été faite. Bien qu’une prédisposition génétique et des évènements stressants aient été proposés comme facteurs de risque, ni les gènes impliqués ni le fonctionnement des interactions gène x environnement ne sont encore connus. Cela peut s’expliquer par le manque de modèles animaux satisfaisants et par le fossé existant entre les connaissances / méthodes de diagnostic appliquées en recherche clinique et celles disponibles en recherche fondamentale. Des manipulations pharmacologiques, lésionnelles, génétiques ou de l’environnement sont quasi exclusivement utilisées chez le rongeur. Certains primates non-humains (PNH), plus proches de nous sur les plans comportementaux et phylogénétiques, montrent pourtant, comme l’Homme, des modifications comportementales et physiologiques atypiques et spontanées en réponse à des conditions de vie stressantes. Malgré les travaux pionniers et prometteurs d’Harlow et de ses collaborateurs dans les années 60, rares sont les équipes qui étudient la dépression chez le macaque aujourd’hui. Nous avons émis l’hypothèse que parmi des grandes populations de PNH captifs, une petite proportion d’individus exprime des comportements atypiques pouvant s’apparenter à des symptômes dépressifs. Mon projet de thèse a eu pour but de proposer une approche novatrice et non invasive d’identification de ces profils « depressive-like » chez le macaque, en combinant les compétences et connaissances de l’éthologie, de la psychiatrie et des neurosciences. L’impact des expériences de vie précoces et de l’espèce a également été abordé. Les comportements, les postures et orientations du corps, les localisations spatiales, les regards et/ou les distances inter-individuelles ont été relevés chez plus de 200 macaques rhésus et cynomolgus d’élevage, nés en captivité ou dans la nature. Des sous-groupes d’individus ont été identifiés à l’aide d’analyses multifactorielles. Dans chaque population observée, un profil « depressive-like » a été mis en évidence par comparaison avec les symptômes décrits dans le Manuel Diagnostique et Statistiques des Troubles Mentaux et avec les modèles animaux existants dans la littérature. La prévalence de ces profils étant supérieure chez les macaques rhésus et chez les animaux nés en captivité, nos résultats concordent avec le rôle suggéré du stress dans l’expression des troubles dépressifs. En plus d’exprimer ce profil comportemental atypique dans leur environnement habituel, les singes « depressive-like » présentaient une réactivité émotionnelle altérée au cours 2 tests comportementaux, associée à des taux élevés de cortisol plasmatique et noradrénaline cérébro-spinale. Pris dans leur ensemble, ces résultats prometteurs confèrent une bonne validité de représentation à notre modèle macaque de symptômes dépressifs. Une caractérisation plus complète de ce modèle est bien sûr nécessaire et pourrait ouvrir de nouvelles perspectives quant à la compréhension de l’étiologie et de la physiopathologie des troubles dépressifs. / More than 150 million people worldwide suffer from major depressive disorder (MDD). Although investigations of its pathophysiology have dramatically increased in the last decade, no substantial improvement has been made concerning the treatments and the understanding of its underlying mechanisms. A genetic predisposition and stressful experiences have been acknowledged as risk factors involved in MDD. However, no specific genes have been identified so far and little is known about the gene x environment interactions. This is likely due to the lack of bona fide animal models of depressive-like symptoms. Indeed, there is a huge gap between the knowledge / diagnostic methodology of clinical research and the animal models used in fundamental research, mainly focusing on environmental, pharmacological, lesional or genetic manipulations. Phylogenetically and behaviourally closer to Humans compared to rodents, non-human primates (NHPs) can show spontaneous behavioural and physiological modifications in response to stressful life events. Although promising results had been reported in the 1960’s by the pioneering studies of Harlow and colleagues, the investigation of depressive-like symptoms in macaques are scarce in the current literature. We hypothesize that, among large captive NHP populations, a few individuals will display atypical behaviours that could mimic depressive symptoms. Combining the skills and knowledge of ethology, psychiatry and neurosciences, my PhD project aimed at proposing an innovative non-invasive detection method of such depressive-like profiles. The impact of birth origin and species was questioned as well. Behaviours, body postures, body orientations, spatial location, gaze direction and/or inter-peer distances were collected among more than 200 rhesus and cynomolgus captive- or wild-born farm-bred macaques. Using multifactorial analyses, clusters of individuals displaying distinct behavioural profiles were identified. In each population, a common depressive-like profile was characterised by its similarities with symptoms described in the Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorder and with other animal models of depression. The prevalence of such profiles was increased in the rhesus populations and by captive early life experience, corroborating the role of stress in the development of MDD. In addition to expressing depressive-like features in their home cage, these animals displayed higher levels of plasmatic cortisol and cerebrospinal noradrenaline which correlated with a passive emotional reactivity in 2 behavioural paradigms. Altogether these promising results conferred good face validity to our NHP model of depressive-like symptoms. Further characterization of this model is required and might bring new insights to the understanding of MDD pathophysiology and etiology.

Les répertoires iconographiques rupestres du Sahara central ont pâti du contexte historique et humain de leur découverte, puis de leur gestion tant scientifique que patrimoniale. Leur profusion et les difficultés du terrain saharien ont été et sont toujours des facteurs pénalisants, mais la méconnaissance dont souffrent encore ces productions des cultures préhistoriques, plus d’un siècle et demi après leur révélation, incombe clairement aux acteurs passés et présents de leur étude. Même si nous admirons ces images pour leurs qualités esthétiques, ce sont des vestiges archéologiques à part entière, devant être étudiés comme tels. De nos jours, les outils numériques et informatiques permettent, d’une part, d’améliorer quantitativement et qualitativement leur documentation grâce aux logiciels d’amélioration d’image utilisés pour l’enregistrement et le relevé ; d’autre part, d’interroger plus objectivement ces œuvres par le biais d’autres outils et de méthodes performantes d’analyse des données, au travers desquels leur différenciation stylistique peut être mise en évidence. L’application des démarches développées dans cette recherche à quelques parois ornées du site de Séfar, lieu emblématique de la Tasīli-n-Ăjjer (Algérie), montre que l’usage de ces outils, sous-tendu par des bases théoriques et méthodologiques rigoureuses, permet de proposer une nouvelle approche de ces images rupestres, plus conforme à leur nature de données scientifiques. / The rock images of the central Sahara have suffered from the historical and human context of their discovery and then from both their scientific management and their heritage management. Their abundance and the difficulties of the Saharan field have been and are still negative factors, but the lack of knowledge from which these productions of prehistoric cultures are still suffering more than a century and a half after their discovery, clearly falls to those studying them in the past and present. Even if we admire these images for their aesthetic qualities, these form an integral part of the archaeological remains and should be studied as such. Nowadays, the digital and computerised tools enable us, firstly, to quantitatively and qualitatively improve their documentation thanks to image enhancement software used for the recording and the tracing; secondly, to more objectively investigate these artefacts by using other effective data-analysis tools and methods thanks to which their stylistic differences can be highlighted. The application of the processes developed in this research to several adorned walls at the Sefar site, an emblematic area of the Tasīli-n-Ăjjer (Algeria), shows that the use of these tools, supported by rigorous theoretical and methodological basis, allows us to offer a new approach to these rock images, more appropriate to their characteristic of being scientific data.

Quelle relation lie un élu à son parti ? Cette thèse se propose d’analyser le phénomène de dépendance au parti des députés en comparant le PS et l’UMP durant la XIIIe et la XIVe législature. La relation de dépendance au parti influence, avec une intensité variable, le comportement du député, dans de nombreuses sphères d’action du mandat et tout au long de sa carrière politique. La thèse d’un cycle de la dépendance est ainsi confrontée empiriquement, en croisant méthodes qualitatives et quantitatives. Plusieurs profils de dépendance au parti chez les députés ont été dégagés : l’utilitariste, le fataliste, le fidèle, et l’éléphant du parti. Ceux-ci sont déterminés par l’appartenance à un des deux partis, ainsi que par un effet fort de la carrière. Une analyse séquentielle de la carrière du député permet ensuite de souligner la multidimensionnalité du phénomène qui varie à la fois selon les temps de la carrière (conquérir, exercer et conserver son mandat) et les caractéristiques du député. / What kind of relationship binds an elected official to his party ? This study aims to analyse French Deputies' Party dependency by comparing the Socialist Party and the Union for a Popular Movement during the XIIIth and the XIVth legislature. The party dependency affects MPs behaviour with a varying intensity over time and space. The thesis of a party dependency cycle is tested empirically, by using both qualitative and quantitative methods. Different types of party dependency among MPs has been found : the utilitarian, the fatalistic, the believer and the grandee. These profiles are determined by party membership and political longevity. A sequential study of MPs’ careers underlines the multidimensionality of party dependency in relation to career-stage (whether it be conquering, exercising, or keeping one’s mandate) as well as MP’s individual characteristics.

Cette thèse est centrée sur le développement de nouvelles méthodes d'imputation multiples, basées sur des techniques d'analyse factorielle. L'étude des méthodes factorielles, ici en tant que méthodes d'imputation, offre de grandes perspectives en termes de diversité du type de données imputées d'une part, et en termes de dimensions de jeux de données imputés d'autre part. Leur propriété de réduction de la dimension limite en effet le nombre de paramètres estimés.Dans un premier temps, une méthode d'imputation simple par analyse factorielle de données mixtes est détaillée. Ses propriétés sont étudiées, en particulier sa capacité à gérer la diversité des liaisons mises en jeu et à prendre en compte les modalités rares. Sa qualité de prédiction est éprouvée en la comparant à l'imputation par forêts aléatoires.Ensuite, une méthode d'imputation multiple pour des données quantitatives basée sur une approche Bayésienne du modèle d'analyse en composantes principales est proposée. Elle permet d'inférer en présence de données manquantes y compris quand le nombre d'individus est petit devant le nombre de variables, ou quand les corrélations entre variables sont fortes.Enfin, une méthode d'imputation multiple pour des données qualitatives par analyse des correspondances multiples (ACM) est proposée. La variabilité de prédiction des données manquantes est reflétée via un bootstrap non-paramétrique. L'imputation multiple par ACM offre une réponse au problème de l'explosion combinatoire limitant les méthodes concurrentes dès lors que le nombre de variables ou de modalités est élev / This thesis proposes new multiple imputation methods that are based on principal component methods, which were initially used for exploratory analysis and visualisation of continuous, categorical and mixed multidimensional data. The study of principal component methods for imputation, never previously attempted, offers the possibility to deal with many types and sizes of data. This is because the number of estimated parameters is limited due to dimensionality reduction.First, we describe a single imputation method based on factor analysis of mixed data. We study its properties and focus on its ability to handle complex relationships between variables, as well as infrequent categories. Its high prediction quality is highlighted with respect to the state-of-the-art single imputation method based on random forests.Next, a multiple imputation method for continuous data using principal component analysis (PCA) is presented. This is based on a Bayesian treatment of the PCA model. Unlike standard methods based on Gaussian models, it can still be used when the number of variables is larger than the number of individuals and when correlations between variables are strong.Finally, a multiple imputation method for categorical data using multiple correspondence analysis (MCA) is proposed. The variability of prediction of missing values is introduced via a non-parametric bootstrap approach. This helps to tackle the combinatorial issues which arise from the large number of categories and variables. We show that multiple imputation using MCA outperforms the best current methods.