Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: Maria Eugenia Zerlotti Mercadante / Banca: Marcílio Dias Silveira da Mota / Banca: Luiz Artur Loyola Chardulo / Resumo: Foram utilizados dados de 116406 bovinos da raça Nelore, participantes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), nascidos entre 1995 e 2005, com o objetivo de estimar parâmetros genéticos para os pesos padronizados aos 120(P120), 210(P210), 365(P365), 450(P450) e 730(P730) dias de idade e para os ganhos em peso do nascimento aos 120(GP120), dos 120 aos 210 (GP210), dos 210 aos 365(GP365), dos 365 aos 450(GP450) e dos 450 aos 730(G730), além de avaliar a tendência genética das características citadas, tanto para efeito direto como materno. Os componentes de variância foram estimados pelo método de máxima verossimilhança restrita utilizando o programa AIREMLF90, sob modelo animal, o qual incluiu como efeitos fixos, os grupos de contemporâneos e idade da vaca ao parto e como aleatórios, efeito genético aditivo direto para todas as características estudadas e efeito genético materno para P120, P210, P365, GP120, GP210 e GP365. As estimativas de herdabilidade direta foram 0,21, 0,22, 0,22, 0,34, 0,28, para cada peso, respectivamente, e 0,19, 0,20, 0,18, 0,18 e 0,20, para os respectivos ganhos em peso. As herdabilidades maternas foram 0,26, 0,25 e 0,12, para P120, P210 e P365 e 0,23, 0,17, 0,12 para GP120, GP210 e GP365. As correlações direto-maternas foram todas negativas, exceto para P365 (0,06). As tendências genéticas diretas foram todas positivas. As tendências maternas foram quase nulas para todas as características. As estimativas de herdabilidade para os pesos padronizados e para os ganhos em peso indicam que a seleção pode promover mudanças genéticas. As herdabilidades maternas para P120, P210, P365 e GP365 indicam que a seleção nestas características pode contribuir para melhorar a habilidade materna do rebanho. Os ganhos genéticos diretos observados, para todas as características estão aquém dos ganhos potenciais da raça Nelore... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Data of 116406 bovines of the Nellore beef cattle, participants of the Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), been born between 1995 and 2005 were used with the objective to estimate genetic parameters for the 120-days weight (P120), 210-days weight (P210), 365-days weight (P365), 450-days weight (P450) and 730-days weight (P730) and for the weight gain from birth to 120(GP120), from 120 to 210(GP210), from 210 to 365(GP365), from 365 to 450(GP450) and from 450 to 730 days weight(GP730), besides evaluating the genetic trends of the traits, so much for the direct effect as for the maternal. The variance components were estimated by the restricted maximum likelihood method using the program AIREMLF90. The animal model included fixed effects for contemporary groups and age of the dam at calving, and also included random effects for genetic direct effects for all the studied traits and genetic maternal effect for P120, P210, P365, GP120, GP210 and GP365. The estimative of direct heritability were 0,21, 0,22, 0,22, 0,34, 0,28, for each weight, respectively and 0,19, 0,20, 0,18, 0,18 and 0,20, for the respective weight gains. The maternal heritability were 0,26, 0,25 and 0,12, for P120, P210 and P365 and 0,23, 0,17, 0,12 for GP120, GP210 and GP365. The direct-maternal correlations were all negatives except for P365 (0,06). The direct genetic trends were all positive ones. The maternal trends were almost null for all the traits. The estimative of heritability for the adjusted weights and for the weight gains indicated that the selection could promote genetic changes. The maternal heritability for P120, P210, P365 and GP365 indicated that the selection in these traits could contribute to improve the maternal ability of the herd. The direct genetic gain observed, for all the traits were on this side of the potential gain of the Nellore beef cattle... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Vânia Cardoso / Resumo: Não disponível / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic parameters between scrotal circumference obtained at 18 months of age (SC) and reproductive traits measured directly in Nellore females, such as number of calvings at 53 months (NC53), heifers rebreeding (HR) and stayability (STAY) in order to investigate the possibility of using traits measured directly in females as a selection criteria in cattle breeding programs, besides, studying and evaluating if number of calvings at 53 months could be used as an alternative way for measuring longevity in cattle herds. Two methods were applied for estimating variance components in order to predict breeding values: restricted maximum likelihood (REML) and Bayesian inference. The average estimates of heritability by bivariate model using REML were equal to 0.013 ± 0.003, 0.057 ± 0.007, 0.039 ± 0.007 and 0.530 ± 0.013 for NC53, STAY, HR and SC, respectively. Using the Bayesian method, the estimates were 0.22 ± 0.009, 0.19 ± 0.025, 0.15 ± 0.021 and 0.52 ± 0.019 for NC53, STAY, HR and SC, respectively. Based on the correlations between reproductive traits measured in females, the selection of animals for NC53 will cause anticipation on genetic evaluation of bulls for longevity, based on the performance of their daughters, from 76 to 53 months / Mestre

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Haroldo Henrique de Rezende Neves / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Idalmo Garcia Pereira / Resumo: O objetivo deste estudo foi estimar os componentes de variância para a característica aprumo em bovinos da raça Nelore, e realizar estudos de associação genômica ampla para identificar possíveis regiões genômicas relacionadas com sua expressão. Os registros de aprumo foram obtidos pela atribuição de escores visuais em dois momentos diferentes: FL1) característica binária medida ao sobreano, com o objetivo de identificar se o animal apresenta (FL1=1) ou não (FL1=0) defeito de aprumo; FL2) escores de aprumo variando de 1 (menos desejável) a 5 (mais desejável), foram designados aos animais top 20% para o índice de seleção adotado pelo programa de melhoramento genético de bovinos de corte PAINT (CRV Lagoa), e foram medidos em torno de 2 a 5 meses após a avaliação de sobreano. As características FL1 e FL2 foram avaliadas em conjunto com peso ao sobreano (YW). Os componentes de variância e covariância e os valores genéticos foram estimados por inferência Bayesiana, por meio de modelo animal bi-característica (três análises: FL1-FL2, YW-FL1 e YW-FL2). O estudo de associação genômica ampla (GWAS) para FL1 e FL2 foi realizado utilizando o método weighted single-step GBLUP, a partir do qual foram estimados os efeitos dos SNPs. As janelas top 10 de 1 Mb que explicam a maior proporção da variância genética foram observadas para cada característica. As médias (erros padrão) a posteriori das estimativas de herdabilidade foram iguais a 0,18 (0,04) e 0,39 (0,07), para FL1 e FL2, respectivamente. A estimativa de correlação genética entre FL1 e FL2 (-0,47) foi de moderada magnitude e negativa, conforme esperado, considerando que o escore de classificação que favorece cada característica corresponde a valores numéricos atribuídos em sentidos opostos. A correlação genética estimada entre FL2 e YW (0,39) sugere que a média do peso ao sobreano da população em estudo não é alta a ponto de causar... / Abstract: The aim of this study was to estimate variance components of two traits associated to feet and legs in Nelore cattle and identify putative genomic regions underlying the expression of these traits through genome-wide association (GWA) analyses. Feet and legs was evaluated by the assignment of visual scores at two different moments: FL1) binary trait measured at yearling (about 550 days of age), aimed to identify whether an animal had defects related to feet and legs (FL1=1) or not (FL1=0); FL2) feet and legs score ranging from 1 (less desirable) to 5 (more desirable) was assigned to the top 20% animals for the selection index adopted by the beef cattle breeding program PAINT (CRV Lagoa), which were measured around 2-5 months after the evaluation of yearling. The FL1 and FL2 traits were evaluated together with yearling weight (YW). The components of variance and covariance and breeding values were estimated by Bayesian inference, using two-trait animal models (three analyses: FL1-FL2, YW-FL1 and YW-FL2). The genome-wide association (GWA) analyses for FL1 and FL2 was performed using the weighted single-step GBLUP method, from which were estimated the SNP effects. Functional annotation was focused on the ten 1Mb windows explaining the largest fraction of the genetic variance for each trait. Posterior means (standard errors) of heritability estimates were equal to 0.18 (0.04) and 0.39 (0.07), for FL1 and FL2, respectively. The estimate of genetic correlation between FL1 and FL2 (-0.47) was of moderate magnitude and negative, as expected considering that the classification score that favors each trait represents numerical values assigned in opposite directions. The genetic correlation estimated between FL2 and YW (0.39) suggests that the average yearling weight of the studied population is currently not high enough to cause a negative association with feet and legs problems. The genetic trends estimated for FL1 and FL2 (-0.043 and ... / Mestre

Orientador: Maurício Mello de Alencar / Coorientador: Danísio Prado Munari / Banca: João Ademir / Banca: Arthur dos Santos Mascioli / Resumo: Em razão da necessidade de produzir carne com qualidade, características de carcaça como a área de olho de lombo e a espessura de gordura subcutânea têm sido utilizadas como critérios de seleção de bovinos de corte. Ainda são poucos os estudos sobre essas características e suas associações com as características reprodutivas e de crescimento. O objetivo neste estudo foi estimar parâmetros genéticos para pesos ao nascer (PN), ao desmame (PD) e ao sobreano (PS), perímetros escrotais ao desmame (CED) e ao sobreano (CES), idade ao primeiro parto (IPP), área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EG), em bovinos Canchim. Foram utilizadas 14.513 observações de animais da raça Canchim (5/8 Charolês + 3/8 Zebu) e do grupo genético MA (progênie de touro Charolês e vaca ½ Canchim + ½ Zebu) nascidos entre os anos de 1992 e 2012. As análises uni e bicaracterísticas foram realizadas utilizando inferência Bayesiana sob modelo animal que considerou como efeitos fixos o grupo de contemporâneos (sexo, fazenda, regime alimentar, grupo genético, estação e ano nascimento) e as covariáveis classe de idade da vaca ao parto e idade do animal na data da mensuração e como aleatórios, os efeitos genético aditivo direto e residual, sendo que para PN, PD e CED foi considerado, também, o efeito genético aditivo materno. As médias das estimativas de herdabilidade, obtidas pelas análises uni e bicaracterísticas, foram de 0,28; 0,30; 0,28; 0,33; 0,43; 0,15; 0,37 e 0,22 para PN, PD, PS, CED, CES, IPP, AOL e EG, respectivamente. As estimativas de herdabilidade sugerem que as características de crescimento e de carcaça, CED e CES devem responder a seleção direta. Correlações genéticas medianas e negativas sugerem que ganhos genéticos para redução de IPP podem ser obtidos ao selecionar animais para PS, CES e EG. Progressos genéticos podem ser alcançados nas ... / Abstract: Due to the demand for high quality meat, carcass traits such as loin eye area and backfat thickness have been used as criteria for beef cattle selection. Nevertheless, there is a lack of studies on these traits and on their association with the reproductive and growth traits commonly used in animal breeding program. The objective of this study was to estimate genetic parameters for birth (PN), weaning (PD) and long-yearling (PS) weights, scrotal circumference at weaning (CED) and long-yearling (CES), age at first calving (IPP), loin eye area (AOL) and backfat thickness (EG) in Canchim cattle. Data on 14,513 observations of Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) and MA (offspring of Charolais bulls and ½ Canchim + ½ Zebu cows) animals, born between 1992 and 2012 were used. The analyses were carried out using Bayesian inference under an animal model that included the fixed effects of contemporary group (sex, farm, feeding regime, genetic group, season and year of birth) and covariates cow age class at calving and animal age at the measurement, besides the random, additive direct genetic and residual effects. For PN, PD and CED the maternal addictive effect was also considered in the model. The means of the heritability estimates obtained in one and two-trait analyses were 0.28, 0.30, 0.28, 0.33, 0.43, 0.15, 0.37 and 0.22 for PN, PD, PS, CED, CES, IPP, AOL and EG, respectively. The heritability estimates suggest that growth traits, carcass traits, and scrotal circumference at weaning and long-yearling should respond to direct selection. Moderate and negative genetic correlations suggest that reduction in IPP can be obtained by selecting animals for PS, CES and EG. Genetic progress can be achieved on carcass traits without causing losses to the reproductive and growth traits / Mestre

Orientador: Fausto Foresti / Banca: Evoy Zaniboni Filho / Banca: José Augusto Senhorini / Banca: Luis Henrique Garcia Pereira / Banca: Iracilda Sampaio / Resumo: A fauna de água doce no Brasil é particularmente diversa e muitas das espécies de peixes que a compõem não são encontradas naturalmente fora da América do Sul. Essa diversidade abrange um número elevado de estoques naturais, os quais vêm sofrendo sensível redução nos cursos d'água como resultado da exploração desordenada dos recursos. A piracanjuba (Brycon orbignyanus) é uma espécie do gênero Brycon de grande interesse econômico, seja pela apreciação de sua carne pelo mercado consumidor ou pelo seu comportamento agressivo quando capturado em pesca esportiva, o que lhe garante um alto valor comercial. Esta espécie está distribuída na bacia do rio Paraná, realiza migrações periódicas para reprodução e alimentação e está ameaçada de extinção, sendo que na última lista das espécies da fauna brasileira ameaçada de extinção, a piracanjuba foi classificada como criticamente em perigo. A variação genética dentro de uma espécie é um conceito fundamental para a genética aplicada à ecologia e diversos autores sugerem pelo menos três razões biológicas para a preservação da variabilidade genética das populações naturais como objetivos da biologia da conservação: a perda da variabilidade pode aumentar a probabilidade de extinção através de um declínio na fecundidade e viabilidade; populações com baixos níveis de variação genética, sobre as quais a seleção natural pode operar, podem ter oportunidades reduzidas para futuras adaptações frente a mudanças evolutivas; e a preservação da variabilidade genética pode ter papel chave na identificação de unidades evolutivas significativas para a formulação de programas de conservação. É neste contexto que este estudo realizou o estudo populacional da espécie Brycon orbignyanus, com a utilização de marcadores moleculares microssatélites e marcadores mitocondriais D-Loop, em exemplares capturados ... / Abstract: Not available / Doutor

Orientador: Lilian Castiglioni / Banca: Débora Aparecida Pires de Campos Zuccari / Banca: Juliana Giantomassi Machado / Resumo: Toxoplasma gondii é um parasito intracelular obrigatório, causador da toxoplasmose, que pode afetar tanto humanos, quanto um vasto número de espécies animais de sangue quente. Nos animais silvestres a infecção por T. gondii é bastante comum e vários estudos da literatura têm demonstrado sua ocorrência em diferentes organismos. Contudo, o conhecimento da história natural da maioria das zoonoses parasitárias na América do Sul ainda é pouco compreendido tanto nos humanos quanto nos animais. Particularmente, nos animais, a dificuldade na obtenção de amostras e o conhecimento insuficiente da biologia, ecologia e comportamento limitam estas pesquisas. Assim, o presente estudo objetivou isolar e caracterizar geneticamente (PCR-RFLP) o parasito T. gondii em amostras de tamanduá- bandeira (Myrmecophaga tridactyla), um importante animal silvestre da nossa região. As amostras biológicas de sangue (e tecidos, apenas dos animais que vieram a óbito) de M. tridactyla foram coletadas no SACCAS/Hospital Veterinário "Dr. Halim Atique", após terem sido vítimas de queimadas ou atropelamentos. As amostras foram analisadas no Laboratório de Imunogenética em parceria com o Laboratório de Virologia, ambos da FAMERP, e também com o Laboratório de Doenças Parasitárias, da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia da USP. O Teste de Aglutinação Modificada (MAT) foi realizado em 23 indivíduos da espécie para a tentativa de detecção de anticorpos anti-T. gondii em suas amostras sorológicas. Para a tentativa de isolamento do T. gondii, amostras teciduais de tamanduá- bandeira foram processadas (digestão péptica) e inoculadas em camundongos da linhagem Balb/c. Entre as 23 amostras sorológicas analisadas, foi constatada a presença de anticorpos anti-T. gondii em amostras de 13 indivíduos (56,52%). O isolamento do parasito foi realizado a partir de amostras... / Abstract: Toxoplasma gondii is an obligate intracellular parasite that causes toxoplasmosis, which can affect both humans and a large number of warm-blooded animal species. In wild animals, T. gondii infection is quite common and many published studies have demonstrated its occurrence in different organisms. However, the knowledge of the natural history of most parasitic zoonoses in South America is poorly understood both in humans and animals. Particularly, in animals, the difficulty in obtaining samples and the insufficient knowledge of the biology, ecology and behavior limit these researches. Thus, this study aimed to isolate and characterize genetically (PCR-RFLP) the T. gondii parasite in giant anteater (Myrmecophaga tridactyla) samples, an important wild animal is our region. Biological samples of M. tridactyla blood (and tissues, only from animals that died) were obtained in SACCAS/Veterinary Hospital "Dr. Halim Atique" after they have been victims of fires or roadkill. The samples were analyzed in Immunogenetics Laboratory in partnership with the Virology Laboratory, both of FAMERP, and also with the Parasitc Diseases Laboratory, Faculty of Veterinary Medicine and Animal Science at USP. The Modified Agglutination Test (MAT) was carried out in 23 individuals of the species to attempt detection of anti-T. gondii in their serum samples. In an attempt to isolate T. gondii, tissue samples of giant anteater were processed (peptic digest) and inoculated into Balb/c lineages mice. Among the 23 serum samples analyzed, it was found the presence of antibodies to anti-T.gondii in samples of 13 individuals (56,52%). The isolation of the parasite was performed from tissues samples from 1 individual, among 7 animals of the species that died (14,28%), and this mouse also presented reagent sorology. The isolation of T. gondii is unprecedented in this animal and has high clinical relevance ... / Mestre

Esse estudo abordou protozoários do gênero Eimeria com dois objetivos gerais: desenvolver ensaios moleculares para a discriminação das onze espécies de Eimeria de coelho e estudar as relações evolutivas Eimeria de hospedeiros mamíferos e aves. Para o primeiro objetivo, seqüenciou-se o ITS1 do rRNA das 11 espécies de Eimeria de coelho e desenhou-se iniciadores espécie-específicos. Não foi observada reatividade cruzada, e o limite de detecção variou entre 500 fg a 1 pg. Para a filogenia, sequenciou-se 4 marcadores moleculares de espécies de Eimeria de galinha e coelho. Foram feitas análises conjuntas com dados públicos de Eimeria de outros hospedeiros, usando-se vários métodos de reconstrução filogenética. Os resultados indicam que as espécies de Eimeria são em geral monofiléticas em relação aos seus hospedeiros, e que múltiplos eventos de invasão de hospedeiros mamíferos e aves teriam ocorrido ao longo da evolução. Assim, ancestrais de roedores, galinhas e Lagomorpha teriam sido invadidos em torno de 14, 11 e 7 milhões de anos atrás, respectivamente. / In this work, we used protozoans of the genus Eimeria for the following approaches: development of discrimination assays for the eleven Eimeria species of rabbits, and phylogenetic analysis of mammal and bird Eimeria. For the former study, we sequenced the ITS1 rRNA of the 11 Eimeria species of domestic rabbit and designed species-specific primers. No cross-reactivity has been observed, and the detection limit varied from 500 fg to 1 pg. For the phylogenetic analysis, we used four molecular markers of Eimeria species from domestic fowl and rabbit. An overall analysis comprising our data and public sequences of Eimeria from other hosts has been performed, and we used several distinct methods for phylogenetic reconstruction. Our results show that most of Eimeria species are monophyletic in regard to their hosts, and that multiple invasion events on mammal and bird hosts may have occurred along the evolutionary process. Thus, Eimeria parasites invaded ancestors of rodents, domestic fowl and Lagomorpha about 14, 11 and 7 million years ago, respectively.

L'espèce canine est la plus ancienne espèce domestiquée, il y a environ 15.000 ans, et se compose aujourd'hui de plus de 350 races issues d'une sélection artificielle drastique et de croisements consanguins pratiqués durant les derniers siècles. Mon travail de thèse a pour objectif l'étude de la période dominée par la sélection naturelle au cours de l'évolution des canidés et la période récente de la création des races par une sélection artificielle intense. Nous avons identifié le catalogue des gènes sous sélection positive dans 10 espèces (chien, Homme, ouistiti, macaque, orang-outan, chimpanzé, souris, rat, cheval et vache) à partir de 10.730 gènes en relation d'orthologie de type 1:1. L'espèce canine présente plus de gènes sous sélection positive en commun avec les Laurasatheria et les rongeurs qu'à l'attendu. Nous avons ensuite identifié le catalogue des régions de différenciation alléliques entre races de chien à partir de données de génotypage de 170.000 SNPs de 456 chiens de 30 races, en collaboration avec l'équipe du Dr Matthew Webster (Université d'Uppsala en Suède) dans le cadre du consortium européen de génétique du chien LUPA. Ces régions sont candidates pour être les cibles de la sélection artificielle. Ce projet se poursuit actuellement afin de comparer les sélections naturelles et artificielles et de déterminer s'il existe des régions du génome qui sont constamment affectés par la sélection ; et de déterminer si l'espèce canine peut-elle être considérée comme une simulation réduite, mais accélérée de la radiation des mammifères.

Le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) est une région génomique complexe des Vertébrés, encore imparfaitement connue chez le poulet, qui présente à certains locus une très grande variabilité génétique et qui joue un rôle central dans l'organisation de la réponse immunitaire d'un animal aux pathologies infectieuses. Le CMH est également une région de choix pour étudier le déterminisme génétique de l'adaptation aux agents pathogènes dans un contexte évolutif. De plus une meilleure connaissance du déterminisme génétique de la réponse immunitaire contre les agents pathogènes est un atout important pour développer une stratégie globale de lutte contre les maladies infectieuses. Nous avons donc entrepris d'utiliser les récents outils de la génomique, notamment des marqueurs génétiques de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) afin de caractériser la région B du CMH du poulet. En premier lieu, la diversité génétique a été évaluée dans plus de 80 races ou populations en utilisant le marqueur LEI0258. Ensuite, afin de couvrir l'ensemble de la région à l'aide de marqueurs SNPs, nous avons choisi d'identifier ces polymorphismes par reséquençage de 11 gènes d'intérêt et par comparaison des séquences obtenues entre elles et avec la séquence du génome et les séquences de référence disponibles dans les bases de données. En parallèle, ces travaux ont également permis d'améliorer la connaissance de certains gènes, notamment trois gènes de classe II non classiques de type DM. Une puce de 96 SNPs dédiée à la région B du CMH du poulet a été produite et devrait rapidement permettre d'exploiter des études d'infections expérimentales réalisées à l'INRA.

La truite arc-en-ciel a un déterminisme du sexe strictement génétique de type XX/XY. Pourtant des femelles génétiques se sont spontanément masculinisées après une gynogénèse endomitotique. Ce phénotype masculinisé à pénétrance incomplète serait dû à une mutation inconnue appelée " mal ". Afin d'identifier le gène causal porteur de cette mutation, une meilleure caractérisation de son phénotype est nécessaire. Pour cela, nous avons procédé à la caractérisation du phénotype gonadique en utilisant à la fois des approches histologiques et moléculaires. Tous les animaux XXmal présentent une différenciation sexuelle très perturbée autant sur le plan histologique que sur le plan de leurs profils d'expression géniques. Parmi ces perturbations, l'inhibition de l'expression du gène de l'aromatase gonadique (cyp19a1a), une enzyme de synthèse des œstrogènes, pourrait être un facteur explicatif de cette masculinisation. De plus des températures d'élevage élevées (18°C) augmentent fortement la masculinisation de ces animaux XXmal. Enfin, la croissance des animaux XXmal est affectée négativement selon le degré de perturbation. En conséquence, la masculinisation de ces animaux serait le résultat d'une dérégulation profonde en amont du gène cyp19a1a, avec comme conséquence une instabilité précoce de la différenciation ovarienne suivie par la masculinisation effective d'une partie des animaux XXmal. Cette instabilité serait amplifiée par des températures élevées qui affecteraient à la fois le développement global des animaux XXmal et la transcription de cyp19a1a. Nos résultats suggèrent fortement que le phénotype "mal" est plus complexe qu'un simple phénotype "femelle masculinisée".