Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-18Bitstream added on 2015-03-03T12:06:20Z : No. of bitstreams: 1 000810894.pdf: 860867 bytes, checksum: 36e288609bb5e15f82609175b82fe944 (MD5) / Recentes avanços tecnológicos em genética permitiram a genotipagem de espécies de interesse zootécnico, como os bovinos. Foram desenvolvidos painéis de genotipagem com diferentes densidades de marcadores do tipo polimorfismos de nucleotídeo único (“single nucleotide polymorphism” - SNP). Painéis de alta densidade permitiram maior cobertura do genoma e possibilitaram sua aplicação em diferentes tipos de estudos, como a identificação de regiões do genoma conservadas devido à seleção. Tais regiões são denominadas assinaturas de seleção (AS). As AS são detectáveis por diferentes metodologias, como a Homozigose do Haplótipo Estendido (“extended haplotype homozygosity” – EHH) e o Escore de Integração dos Haplótipos (“integrated haplotype score” - iHS), sendo esta última derivada da EHH. O objetivo desse trabalho foi identificar regiões de AS em bovinos de corte da raça Canchim, genotipados com painel de alta densidade, visando futuras aplicações no melhoramento genético animal. O pacote rehh do programa R foi utilizado para identificação de AS por meio da metodologia iHS. Foram utilizados registros de 285 animais da raça Canchim, 114 do grupo genético MA e um da raça Charolês. Todos os animais (amostras) foram genotipados com o painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNPs) e provenientes da base de dados da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. O controle de qualidade de genótipos (CQ) foi realizado por meio do pacote snpStats, do R. Após o CQ, restaram 687.655 marcadores SNP e 396 amostras. Foi utilizado o programa BEAGLE para a inferência das fases de ligação e construção dos haplótipos, etapa necessária para utilização da iHS. A estatística iHS para cada um dos marcadores foi transformada em para conveniência da análise dos resultados. Valores de foram observados nos cromossomos BTA (Bos taurus) 5 e 14, com 39 e nove SNPs estatisticamente significativos ... / Genomic selection has been considered as a technique that will allow significant increase in the genetic progress of animal breeding programs. Recent technological advances in genetics have allowed the genotyping of livestock species such as cattle, by means of single nucleotide polymorphism (SNP) chip panels. High-density SNP panels have allowed greater coverage of the genome and its application in different studies, such as the identification of conserved regions of the genome due to selection. Such regions are known as selection signatures (SS). The SS are detectable by various methods, such as the extended haplotype homozygosity (EHH); and the integrated haplotype score (iHS), which is derived from the HHE. The aim of this study was to identify regions of SS in Canchim beef cattle, genotyped with high-density SNP panel, and evaluate its future application in animal breeding. The rehh package of the R software was used for identification of SS through the iHS methodology. Data on 285 Canchim animals, 114 “MA” genetic group (cross between Charolais sires and Canchim-zebu dams), and one Charolais breed individual were used. The database used in this study was provided by Embrapa Cattle Southeast (São Carlos, SP, Brazil), which contains animals (samples) genotyped with the Illumina BovineHD BeadChip panel (786,799 SNPs). The quality control of genotypes (QC) was performed through snpStats package present in R. After the QC, a total of 687,655 SNP markers and 396 samples remained for SS analysis. The BEAGLE software was used to infer the linkage phase and to construct the haplotypes. The iHS statistic for each marker was transformed into piHS for better understanding of the results. On the Bos taurus (BTA) chromosomes 5 and 14 were observed piHS ? 5 (P <0.00001), with 39 and nine statistically significant SNPs, respectively. Windows of one million base pairs each were built to assist in the delimitation of SS regions. Within ...

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-25Bitstream added on 2015-03-03T12:07:08Z : No. of bitstreams: 1 000810919.pdf: 242464 bytes, checksum: 19a88174eeebe13df6bfd5991db2c8f9 (MD5) / As características da carcaça e da carne são muito importantes, pois são elas que determinam o preço e o acesso a novos mercados. Há uma crescente preocupação quanto ao consumo excessivo de gorduras, bem como do tipo de gordura ou perfil de ácidos graxos na carne, e seu impacto sobre a saúde do consumidor. O melhoramento genético para as características de carcaça, carne e perfil de ácidos graxos não vem sendo praticado devido a dificuldades de mensuração e por ser dispendioso. O presente estudo teve como objetivo estudar as associações entre o perfil de ácidos graxos e as características de carcaça e carne em bovinos da raça Nelore. Foram utilizados dados de 1826 machos da raça Nelore terminados em confinamento, provenientes de fazendas que integram três programas de melhoramento genético. O grupo de contemporâneo foi formado por animais nascidos na mesma fazenda e safra, e do mesmo grupo de manejo ao sobreano. Para a determinação do perfil de ácidos graxos foi utilizado para a extração dos lipídeos o método Folch e para a metilação o método Kramer. As características de carcaça e carne foram obtidas através de amostras de 2,54 cm retiradas entre a 12ª e 13ª costelas da meia-carcaça esquerda. O modelo utilizado para a estimação dos componentes de (co)variâncias incluiu o efeito aleatório genético direto, o efeito fixo do GC, e a idade do animal ao abate como covariável (efeito linear). Os componentes de (co)variâncias e parâmetros genéticos foram estimados utilizando inferência Bayesiana, considerando um modelo animal linear em análise multicaracterística com seis características (AOL, EGS, PCQ, SF, Lip e mais um ácido graxo). Os ácidos graxos apresentaram herdabilidades moderadas a alta, variando de 0,32 a 0,82. As estimativas das correlações genéticas entre as caracteríscas de carcaça e carne com os ácidos graxos saturados foram de baixas a moderadas, em sua maioria negativa ... / Carcass and meat traits are very important because they determine the price and access to new markets. There is growing concern about the excessive consumption of fats as well as the type of fat or fatty acid composition in meat, and its impact on consumer health. The genetic improvement for carcass traits, meat and fatty acid composition has not been practiced due to measurement difficulties and be expensive. The present study aimed to investigate the associations between fatty acid composition with carcass and meat traits in Nellore cattle. A total of 1,826 Nelore bulls, finished in feedlot, belong to farms that integrate three breeding programs were used. The contemporary group included animals born on the same farm and year, and the same management group at yearling. To determine the fatty acid composition, it was used the Folch method for lipid extraction and for methylation the Kramer method. The carcass and meat traits were obtained from samples of 2.54 cm withdrawn between the 12th and 13th ribs on the left side carcass. The model used to estimate the (co)variance and genetic parameters included the random direct genetic effect, the fixed effect of the GC, and the animal's age at slaughter as a covariate (linear effect). The (co)variances components and genetic parameters were estimated using Bayesian inference, considering a linear animal model in multi-trait analysis with six characteristics (AOL, EGS, PCQ, SF, Lip and another fatty acid). The fatty acids showed moderate to high heritability, ranging from 0.32 to 0.82. The genetic correlations between carcass and meat traits with saturated fatty acids were low to moderate, most of them negative, ranging from - 0.76 to 0.88, whereas with mono and polyunsaturated fatty acids were low in its most of the cases or close to zero, since the HPD estimate included the zero within the interval, varying from -0.86 to 0.74. Thus, the selection for carcass and meat traits can be used ...

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:26:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:46:01Z : No. of bitstreams: 1 000845557.pdf: 562792 bytes, checksum: 5939b77f940ca9b48b684206bb437215 (MD5) / O Brasil tem papel de destaque no setor da agropecuária mundial, tendo o maior rebanho comercial do mundo, ocupando o posto de maior exportador de carne bovina na atualidade. O rebanho do país é formado majoritariamente por animais de raças zebuínas, sendo em sua maioria da raça Nelore. No entanto, a pecuária de corte nacional, em geral apresenta baixa produtividade e inconstância na qualidade do produto final, a carne. A busca por alternativas que possam melhorar a eficiência e a produtividade do sistema, aumentando a lucratividade e qualidade da carne produzida no país, é um dos desafios da pecuária brasileira. Portanto, avaliar a associação genética existente entre características que tem influência direta na produtividade da pecuária de corte nacional, pode contribuir para a melhoria do setor. Neste contexto, elucidar a associação genética existente entre a precocidade sexual de fêmeas e a deposição de gordura na raça Nelore, disponibilizando ferramentas para identificar animais (touros) que produzam novilhos que são precoces em acabamento de carcaça e novilhas precoces sexualmente, pode contribuir para encurtar o ciclo de produção da bovinocultura de corte e aumentar a lucratividade e produtividade do sistema. Desta forma, objetivou-se com o presente estudo, estimar as correlações genéticas de característica indicadora de precocidade sexual com características de qualidade de carne de bovinos Nelore, visando obter informações que possam ser incorporadas aos programas de melhoramento genético animal com finalidade de aumentar os índices de produtividade e qualidade da carne bovina produzida no país. Os dados utilizados no estudo são oriundo de três programas de melhoramento genético, DeltaGen, Paint e Nelore Qualitas. Para a característica de precocidade sexual, foram utilizados registros de 55.945 fêmeas com pesagem pós desmama, e nascidas no período de 1993 a 2012. Para obter os... / Brazil has a world's prominent role in the agricultural sector, and the largest commercial herd in the world, occupying, nowadays, the position of largest beef exporter. The country's herd is mainly composed of Bos indicus breed, specially Nellore breed. However, it is known that, in general, Bos indicus breeds have low productivity index and produces meat of lower quality then Bos taurus. Seeking for alternatives that may improve the efficiency and productivity of the animals, increasing the profitability and the meat quality produced in the country, is the challenges of the Brazilian livestock. Therefore, assessing the genetic association between traits that have direct influence on the productivity may contribute to the improvement of the sector. Within this context, elucidating the genetic association between sexual precocity of females and fat deposition in Nellore, providing tools to identify animals (bulls) that produce calves that are early in carcass finishing and sexually precocious heifers, may contribute to short the production cycle of beef cattle and increase profitability and productivity of the system. Thus, the aim of the present study is to estimate the genetic correlations between sexual precocity trait and meat quality traits in Nelore cattle, in order to obtain informations that can be incorporated into animal breeding programs. For sexual precocity trait, all records of females that were born from 1993 to 2012 were used. For carcass and meat quality traits were used only males, born from 2008 to 2011, fed for finishing in a period of 90 days. Variance components were estimated by Bayesian inference using bull linear model for the EGS characteristics, MARM and LIP and non-linear sire model (threshold) to PREC. Two-trait analyzes were carried out, involving the PREC feature and one of the three characteristics, EGS, MARM or LIP. The heritability estimates obtained by bi-trait analyzes were 0.06, 0.03 and 0.05, for ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-06-13T18:54:02Z : No. of bitstreams: 1 regatieri_ic_me_jabo.pdf: 347561 bytes, checksum: 0ceedd7351a78c3c74de3d03c22faae1 (MD5) / As características reprodutivas estão relacionadas à eficiência econômica e à produtividade dos sistemas de criação de bovinos. A idade ao primeiro parto (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (OP) são empregadas em sistemas de melhoramento genético com a finalidade de antecipar a vida reprodutiva dos animais. A medida (r²) de desequilíbrio de ligação (LD) é empregada em estudos de associação genômica, para detecção de marcadores genéticos e genes que influenciam características quantitativas (quantitative trait loci: QTL). O objetivo deste estudo foi determinar o grau de desequilíbrio de ligação no genoma de fêmeas da raça Nelore e verificar a existência de associações entre polimorfismos de base única (SNP) e as características IPP e OP, utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizadas 1.182 fêmeas da raça Nelore nascidas em 2007 e 2008, pertencentes à Agropecuária Jacarezinho LTDA. Foram formados 13 grupos de contemporâneas (GC) constituídos por fazenda, estação e ano de nascimento, com média de 90 animais por grupo. Para o estudo de associação genômica, foram excluídos SNPs que apresentaram frequência do alelo menor (MAF) inferior a 0,05 e animais com Call Rate menor que 0,90, totalizando 431.885 SNPs. Para as análises estatísticas, foi utilizado um modelo linear para IPP e um modelo de limiar para OP. Para a estimativa da significância das associações, em ambas as características, o modelo incluiu como efeitos fixos classificatórios, o GC e os SNPs. Para estimativa do efeito de substituição alélica, foi utilizado o mesmo modelo considerando os SNPs como covariável. A correção de Bonferroni foi aplicada para ajustar o limite de significância (1,16x10-7). A média de LD (r²) para todos os autossomos foi de 0,18, a uma distância média de 4,8 kb, e a média da MAF foi de 0,25 ± 0,13... / Reproductive traits are related to economic efficiency and productivity of cattle systems. Age at first calving (AFC) and occurrence of early pregnancy (OP) are used in beef breeding programs in order to anticipate the reproductive life. The measure (r²) of linkage disequilibrium (LD) is used in genome wide association studies to detect genetic markers and genes affecting quantitative traits (QTL). The aim of this study was to determine the extent of LD in the genome of Nellore cattle, and examine associations between single nucleotide polymorphisms (SNP) and AFC and OP, using a panel of high-density SNPs. Data from 1.182 Nellore born in 2007 and 2008, belonging to Agropecuária Jacarezinho were used. A total of 13 contemporary groups (CG) consisting of farm, season and year of birth, with an average of 90 animals per CG were formed. For genomic-wide association, SNPs with minor allele frequency (MAF) below 0.05, and animals with Call Rate below 0.90 were excluded, totaling 431,885 SNPs. For the statistics analyses, a linear model was used for IPP and a threshold model was used for OP. To estimate the significance of the associations, for both traits, the model included the classificatory fixed effects of GC and SNPs (0,1, and 2). To estimate the allelic substitution effect, the same model was used, considering the SNP effects as covariable. The Bonferroni correction was applied to adjust the limit of significance (1.16 x10-7). The average r ² for all autosomes was 0.18 at a distance of 4.8 kb and the average MAF was 0.25 ± 0.13. The LD decreased as the distance between markers increased: 0.35 (1 kb) to 0.12 (100 kb). Eleven significant associations were detected in seven different chromosomes (BTA1, BTA4, BTA6, BTA11, BTA17, BTA21, and BTA22). Among these, seven SNPs were associated with AFC and four were linked to the OP. Three SNPs were significant for both traits... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-18Bitstream added on 2014-06-13T20:33:48Z : No. of bitstreams: 1 000736264.pdf: 1121541 bytes, checksum: 010c2d99d683decfb45fc13975d70d2b (MD5) / O crescente mercado de carne bovina brasileiro tem sinalizado a busca de rebanhos mais produtivos e com maiores proporções de animais precoces ao abate, de grande importância a seleção para precocidade sexual. Existem evidências que o perímetro escrotal está correlacionado, negativa e favoravelmente, com a idade ao primeiro parto de fêmeas. Portanto, a seleção para aumentar o perímetro escrotal, em longo prazo, deve levar a um aumento na precocidade sexual das fêmeas. No Brasil a pressuposição comumente assumida é a ausência de interação genótipo-ambiente (IGA) nas características de interesse econômico para a raça Nelore. Ainda são escassos os estudos de IGA para características de precocidade sexual, como o perímetro escrotal. O objetivo do presente trabalho foi quantificar a magnitude da IGA sobre o perímetro escrotal ao sobreano em machos da raça Nelore utilizando normas de reação. Foram utilizadas 31.370 medidas de machos da raça Nelore de propriedades localizadas no Sul, Centro-Oeste e Sudeste do Brasil. Os diferentes grupos ou descritores ambientais foram definidos conforme a informação de ano e estação de nascimento, fazenda de origem dos dados e grupo de manejo alimentar (nascimento, desmama e sobreano). Para a estimação dos parâmetros genéticos foi aplicado um modelo animal utilizando análises de regressão aleatória, em análises uni-característica, utilizando polinômios de Legendre como funções base. Para perímetro escrotal foram considerados a idade do animal no momento da avaliação como consequência aleatória foi considerado o efeito genético aditivo do animal. Polinômios de Legendre (de primeiro grau) regredidos sobre os grupos ambientais foram utilizados para modelar o efeito genético aditivo do animal e as (co)variâncias entre a característica estudada nos diferentes ambientes. Foram consideradas classes heterogêneas e homogêneas... / The increasing search on growing market for Brazilian Beef are related to herds more productive and availability of animals for slaughter, as consequence more significant importance for sexual precocity selection. The use of indicator's characteristics to sexual precocity in indirect selection can result in improving of reproductive efficiency of females. There is significant evidence that scrotal circumference is correlated, negatively and positively, with age at first calving females. Therefore, the selection for increasing scrotal circumference in long-term should lead to an increase of sexual precocity in females. Nowadays, several Brazilian summaries for Nellore bulls are published with amount of characteristics with focus in economically important traits, including all large data sets of animals distributed in some regions of the country. These genetics evaluations have the assumption, commonly assumed, of absence the genotype-environment interaction (GxE). Although there are few studies of GxE related to indicator's characteristics to sexual precocity, such as scrotal circumference.The objectives of this study was to verify the occurrence of genotype-environment interaction on the scrotal circumference, as well as studying genetic association between this trait in different environments, in animals of Nellore breed using the approach of reaction norms. We used information from 31,370 male Nellore property located in the south-central and southeastern Brazil. The different groups or environmental descriptors were defined according to information year and season of birth, home farm and data feed management group (birth weaning and yearling). For the estimation of genetic parameters was applied an animal model using random regression analyzes in single-trait analyzes, using Legendre polynomials as basis functions. For scrotal circumference were considered the age of the animal at the ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-31Bitstream added on 2014-06-13T20:54:05Z : No. of bitstreams: 1 dias_mm_me_jabo.pdf: 239619 bytes, checksum: ee4aed090bb4bcb9b2c2c94e1149087d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente estudo foi desenvolvido a fim de detectar associações entre polimorfismos conhecidos nos genes relacionados com o tecido adiposo e a precocidade sexual em bovinos da raça Nelore. Foram analisadas 1.085 novilhas precoces e não precoces provenientes de fazendas participantes do programa de melhoramento genética da Conexão Delta G. Foram utilizados SNPs do painel de 777.000 SNPs do High Density Bovine SNP BeadChip, localizados dentro da região dos genes candidatos e com uma distância de até 5 Kb, pois sabe-se que com essa distância há desequilíbrio de ligação (LD). Apenas 445 novilhas, precoces e não precoces, foram genotipadas, nas outras 640 foi utilizado o número médio de cópias de cada alelo na população genotipada. Para a análise estatística foram utilizados modelos lineares. Os programas fastPHASE e GenomeStudio foram utilizados para a reconstrução dos haplótipos e análise do LD a partir da estatística r². Foram analisados 54 genes candidatos e um total de 443 SNPs, dentre esses 370 eram formadores de 83 haplótipos e o restante dos SNPs foram estudados isoladamente. As análises estatísticas revelaram que apenas dois haplótipos formados por dois e quatro SNPs localizados no gene FABP4 e PPP3CA e um SNP isolado no gene PPP3CA, tiveram efeito significativo ao nível de p<0,05 para a precocidade sexual. Com isso, pode-se concluir que os genes FABP4 e PPP3CA influenciam a precocidade sexual e, podem desse modo serem considerados em programas de seleção que visem melhorias na precocidade sexual de animais da raça Nelore / The aim of this study was to evaluate possible associations between known polymorphisms in genes related to adipose tissue and sexual precocity in Nellore cattle. 1,085 precocious and non-precocious heifers belonging to Delta G Connection (Conexão Delta G) breeding program were analyzed. A subset of SNPs from the panel of High Density Bovine SNP BeadChip of 777,000 SNPs was evaluated. This subset of SNPs is located within a region of candidate genes with a distance up to 5 Kb, since it is considered that in this distance there is linkage disequilibrium (LD). Only 445 precocious and non-precocious heifers were genotyped, for the remained 640, the average number of copies of each allele from the genotyped population, was used. The statistical evaluation was made by linear models. To analyze the reconstruction of haplotypes and LD presence, the fastPHASE and GenomeStudio softwares were used, using r2 procedure. In total, 54 candidate genes and 443 SNPs were analyzed. Among these SNPs, 370 formed 83 haplotypes while the remained SNPs were studied separately. The statistical analyses revealed that only two sets of haplotypes, formed by two and four SNPs located on FABP4 and PPP3CA, and one isolated SNP on PPP3CA gene, had significant effect (p<0.05) for the sexual precocity trait. These results indicate that FABP4 and PPP3CA genes have an influence on sexual precocity of the animals and should be considered in selection breeding programs in Nellore cattle to evaluate this trait

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-11Bitstream added on 2014-06-13T19:12:58Z : No. of bitstreams: 1 000736054.pdf: 1405695 bytes, checksum: 73c42f9ce73d73410ad5bdf42be52611 (MD5) / O temperamento bovino é uma característica que influencia o potencial produtivo de rebanhos por estar correlacionada com o desempenho dos animais e ter relação com aspectos facilitadores das atividades de manejo, bem-estar e segurança dos animais e funcionários. Deste modo, é importante a compreensão de fatores ambientais e genéticos que influenciam essa característica, a fim de estabelecer métodos de seleção para animais com temperamento mais adequado. Esse estudo teve o objetivo de estimar parâmetros genéticos para escore de temperamento de bovinos da raça Nelore, entre os quais a correlação genética desta característica com o peso à desmama, utilizando-se diferentes modelos estatísticos. Foram utilizados 285.020 registros de escore de temperamento (TEMP) e peso a desmama (PDES) de animais da raça Nelore controlados pelo Programa de Melhoramento Genético da CRV Lagoa Ltda. Os dados foram analisados utilizando-se 5 modelos estatísticos: análise uni-catacterística de PDES (modelo linear 1), TEMP (modelo linear 2) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-linear 3), pelo método de máxima verossimilhança restrita, análise uni-característica para TEMP (modelo limiar 4) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-limiar 5), por meio de inferência bayesiana. O peso a desmama (PDES) foi considerado na análise bi-característica com temperamento visando investigar eventuais efeitos de seleção sequencial, também possibilitando estimar a correlação genética entre estes dois critérios de seleção. As herdabilidades estimadas de TEMP foram da ordem de 0,21 ± 0,003 (modelos lineares em análises uni e bi-característica) e 0,26 (modelo de limiar e modelo limiar-linear-intervalo de confiança a 95%, IC95%, compreendido entre 0,21 e 0,32). As correlações genéticas estimadas entre TEMP e PDES foram de baixa a moderada magnitude... / Temperament is a trait that influences the production potential of livestock because it is related to performance traits as well as the day by aspects of handling, welfare and of animals and employees safety. So, it is important to understand the environmental and genetic factors that influence temperament in order to establish methods of selection for animals with suitable temperament. The objectives of this study were to estimate genetic parameters for temperament score of Nelore cattle, among them the genetic correlation of temperament and weaning weight, using different statistical models. Records on 285,020 temperament score (TEMP) and weaning weight (PDES) of Nellore cattle controlled by the breeding program of CRV Lagoa Ltda were used. Data were analyzed using 5 statistical models: uni-trait model for PDES (linear model 1) and TEMP (linear model 2), two-trait model considering PDES and TEMP (linear-linear model 3), an uni-trait threshold model for TEMP (threshold model 4) and a bi-trait threshold model for PDES and TEMP (linear- threshold model 5), using Bayesian inference. The characteristic weaning weight (PDES) has been considered in the bi-trait analysis with temperament in order to investigate possible effects of sequential selection, and also to estimate the genetic correlation between these two selection criteria. Heritability estimates of TEMP were approximately 0.21 ± 0.003 (linear models for univariate and bi-trait models) and 0.26 (threshold model and linear-threshold model confidence interval of 95%, comprised between 0.21 and 0.32.) The genetic correlation between TEMP and PDES was low to moderate (-0.33 ± 0.01 (linear-linear model) and 0.34 (95% CI: -0.40, -0.28) (linear threshold model). The temperament is a moderately heritable trait and can respond to selection. The correlations between EBVs of animals obtained based on five models were quite high (> 0.92). The use ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-31Bitstream added on 2014-06-13T20:33:49Z : No. of bitstreams: 1 000736269.pdf: 1514399 bytes, checksum: 7edd04e6622d3b7ac900bfd27ceb3294 (MD5) / O objetivo deste trabalho foi estimar funções de covariância utilizando modelos de regressão aleatória para a análise de medidas repetidas de pesos de bovinos Brahman do Brasil. Parâmetros genéticos foram estimados para 88.788 registros de peso do nascimento aos 744 dias de idade de 17.499 animais provenientes do banco de dados da Associação Brasileira de Criadores de Zebuínos (ABCZ). Os modelos incluíram, como aleatórios, os efeitos genéticos aditivo direto e materno, e ambiente permanente do animal, como fixo o efeito de grupo contemporâneos, e como covariável a idade da vaca ao parto (quadrática) aninhada a classe de idade do animal. As análises de regressão aleatória foram realizadas utilizando polinômio ortogonal de Legendre de quarta ordem para modelar as tendências da média populacional. As variâncias residuais foram modeladas por uma função homogênea e com cinco níveis de classes de idade. Os modelos foram comparados pelos critérios de informação bayesiano de Schwarz (BIC) e Akaike (AIC). O melhor modelo indicado pelos critérios foi o que considerou o efeito genético aditivo direto ajustado por um polinômio quadrático, o efeito genético materno por cúbico, e o efeito de ambiente permanente do animal por cúbico, e a heterogeneidade de variâncias residuais (5 níveis) . As estimativas de herdabilidade para o efeito direto foram maiores ao início e ao final do período estudado, com valores de 0,47 ao nascimento, 0,38 aos 60 e 120 dias, 0,53 aos 205 dias, 0,70 aos 365 dias, 0,76 aos 550 e 0,52 aos 744 dias de idade. As estimativas de herdabilidade materna foram máximas ao nascimento (0,16). As correlações genéticas de maneira geral, exceto para pesos ao nascimento, variaram de moderadas a altas diminuindo conforme o aumento da distância entre as idades. Maior eficiência na seleção para peso pode ser obtida considerando os pesos próximos à desmama... / The objective of this study was to estimate covariance functions using random regression models for repeated measures analysis of weights of Brahman cattle in Brazil. Genetic parameters were estimated for 88,788 records from birth to 744 days of age of 17,499 animals from the database of the Brazilian Association of Zebu Breeders (ABCZ). The models included the random additive direct genetic effects and maternal permanent environment and the animal, as the fixed effect of contemporary group and the covariate age at calving (quadratic) nested class of the animal's age. Regression analyzes were performed using random orthogonal Legendre polynomials of fourth order to model trends in population mean. The residual variances were modeled by a homogeneous function with five levels and age classes. The models were compared by the information criteria Schwarz Bayesian (BIC) and Akaike (AIC). The best model indicated by what criteria was considered the direct genetic effect adjusted by a quadratic polynomial, the maternal genetic effect for cubic and permanent environmental effect of the animal by Cubic, and heterogeneity of residual variances (5 levels). Heritability estimates for direct effect were higher at the beginning and end of the study period, with values of 0.47 at birth, 0.38 at 60 and 120 days to 205 days 0.53, 0.70 at 365 days, 0.76 and 0.52 at 550 to 744 days of age. The maternal heritability estimates were maximal at birth (0.16). Genetic correlations in general, except for birth weights ranged from moderate to high decreases as the distance increases between the ages. Efficiency of selection for weight can be obtained by considering the weights near weaning period in which the estimates of genetic variance and heritability were growing

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-30Bitstream added on 2014-06-13T20:54:04Z : No. of bitstreams: 1 somavilla_al_me_jabo.pdf: 545406 bytes, checksum: a12083fa77d75610e2248fc87155781a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Um maneira de identificar regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é por meio de genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). Essas assinaturas de seleção podem ser identificadas principalmente pelas frequências alélicas, altas e não usuais, dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs, por meio do software AlphaPhase. A reconstrução dos haplótipos e a detecção de assinaturas de seleção recentes foram realizadas por meio do software Sweep v1.1, que faz uso da aplicação da metodologia da homozigose do haplótipo estendido (EHH). A identificação dos genes foi realizada pela localização das regiões de assinaturas de seleção por meio da plataforma Gbrowse UMD 3.1 e a anotação funcional foi conduzida com o auxílio da ferramenta de classificação funcional de genes, disponível no programa DAVID. Foram detectadas mais de 2000 regiões de possíveis assinaturas de seleção recente e 545 genes posicionais. Vários genes foram relacionados com crescimento, metabolismo muscular e adiposo, características reprodutivas e sistema imunológico. Os resultados encontrados podem auxiliar o avança das pesquisas na raça Nelore, como o estudo de associação ampla do genoma das regiões significativas com os fenótipos das características de interesse / One way to identify genomic regions controlling complex traits under selection is by genotyping on high density platforms of single nucleotide polymorphisms (SNPs). Selection signatures can be identified mainly by allele frequencies, unusual high, of adjacent loci to favorable mutations. With the purpose to detect evidence of recent selection signatures in Nellore cattle genome, 796 individuals were genotyped with the Illumina BovineHD BeadChip, which has more than 777,000 SNPs and, after that, phase of SNPs were inferred by AlphaPhase 1.1. Haplotypes reconstruction and detection of recent selection signatures were realized using Sweep v1.1, applying Extended Haplotype Homozygosity methodology (EHH). Gene identification was performed by the location of selection signatures regions through the Gbrowse UMD 3.1 platform and the functional annotation was made using the tool of the functional classification of genes, available in the software DAVID. We detected more than 2,000 possible regions of recent selection signatures and 545 positional genes. Several genes were related to growth, muscle and fat metabolism, immune and reproductive characteristics. These results may help the progress of research in Nellore cattle, as the study of genome-wide association of significant regions with the phenotypes of interest

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-27Bitstream added on 2014-06-13T18:29:28Z : No. of bitstreams: 1 cardoso_df_me_jabo.pdf: 596419 bytes, checksum: 9928ce1965f58c352748e68876550558 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os marcadores genéticos podem auxiliar na seleção em características de importância econômica com a definição de regiões no DNA que expliquem proporções de sua variação. Este estudo teve como objetivo verificar a existência dos polimorfismos GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C e GHR g.257A>G em bovinos Nelore pertencentes ao programa de seleção da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho-SP, avaliar a influência da seleção para peso sobre estes polimorfismos, além de, analisar suas associações com o peso corporal em diferentes idades, altura na garupa ao ano e ao sobreano, espessura de gordura na carcaça e área de olho de lombo. Foram genotipados 645 animais por PCR-RFLP. As análises de associação foram realizadas com a técnica dos modelos mistos, considerando o efeito de dois marcadores e a interação entre os mesmos. Apenas os marcadores GH1 g.1047T>C e GHR g.229T>C foram polimórficos, no entanto não estão sobre efeito da seleção aplicada ao rebanho. Foi observada associação do marcador GHR g.229T>C com a área de olho de lombo (p<0,03) e efeito da interação entre os marcadores sobre o peso corporal de fêmeas aos 550 dias de idade (p<0,04). Assim, o marcador GHR g.229T>C caracteriza um potencial instrumento de auxílio para a seleção nesse rebanho e o efeito de interação deve ser considerado em situações em que seja conhecida a interatividade entre dois genes / The genetic markers can assist the selection of economic important traits with the definition of DNA regions that explain part of the trait variation. This work has the aim to verify the presence of polymorphisms GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C and GHR g.257A>G in Nellore cattle from the selection program of Animal Science Experimental Station, Sertãozinho-SP, evaluate the influence of the growth selection in these polymorphisms and analyze their association with body weight at different ages, hump height at 378 days and 550 days, carcass fat thickness and rib eye area. 645 animals were genotyped by PCR-RFLP. The association analyses were performed using the mixed model considering the two markers effect and the interaction among markers. Only the markers GH1 g.1047T>C and GHR g.229T>C were polymorphic, however they were no under effect of the selection. It was observed association between the marker GHR g.229T>C and the trait rib eye area (p<0,03) and effect the interaction among the two markers with the dam body weight at 550 days of age (p<0,04). Therefore, the marker GHR g.229T>C can be a potential tool to assist selection of females in this herd. The interaction effect may be considered in the cases that the interaction between the genes is known