Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-06-25Bitstream added on 2014-06-13T19:13:02Z : No. of bitstreams: 1 silva_apa_me_jabo.pdf: 256292 bytes, checksum: 5f82f47ef051ce42986f4cb47b346a8b (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O trabalho objetivou estimar a herdabilidade (h2) da característica rentabilidade monetária (RM) de cavalos de corrida da raça Quarto de Milha, a fim de verificar a viabilidade de sua inclusão em programas de melhoramento genético da raça. Foram utilizados registros de 22.958 corridas de 5.233 cavalos, disponibilizados pelo Hipódromo de Sorocaba-SP, Brasil, no período de 1978-2009. Todos os ancestrais dos cavalos registrados foram incluídos no arquivo de pedigree até a quinta geração. A característica RM sofreu transformação logarítmica (L) e foi analisada para animais de 2, 3 e 4 anos de idade e para a carreira destes. As estimativas de h2 foram obtidas utilizando modelo multi-característica e amostragem de Gibbs usando os efeitos de sexo e ano da corrida, animal e resíduo para todas as análises. Foram realizadas cinco análises, uma na qual RM foi dividida pelo número de premiações (LRM/NP), outra na qual RM foi dividida pelo número de largadas (LRM/NL) e outras três, acrescentando o número de premiações (LRM_cNP), número de largadas (LRM_cNL) e ambas (LRM_cNPL) como covariáveis afetando a característica RM. As análises foram realizadas considerando a inclusão ou exclusão do efeito materno. As estimativas de h2 sugerem a inclusão desta característica em programas de seleção que visem melhorar o desempenho em corridas de cavalos Quarto de Milha / The aim of the present study was to estimate the heritability (h2) of the trait Earnings (RM) in Quarter Horses racing in order to verify its viability in breeding programs of that breed. Data comprised records of 22.958 races and 5.233 horses provided by Jockey Club of Sorocaba, state of São Paulo, Brazil, on the period of 1978 – 2009. The ancestors of the recorded animals were included in the pedigree file until the fifth generation. The earnings (log transformed - L) were analyzed for 2, 3 and 4 years old horses and also for the animal career. The heritabilities were estimated by a multi-trait model based on Gibbs sampling algorithm considering the effects of animal, sex, year of the race and residual. It was considered five different analyses, first the RM was divided by the total of prizes of the animal on each studied age (LRM/NP), second the RM was divided by the total of starts of the animal (LRM/NL), and the other three adding number of prizes (LM_cNP), number of starts (LRM_cNL) and both (LRM_cNPL) as covariates affecting the trait RM. The analyses were made considering and not the maternal effect. The heritability estimates suggests the inclusion of this trait in breeding programs that aim to improve the performance of Quarter Horses races

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-01-22Bitstream added on 2014-06-13T19:42:43Z : No. of bitstreams: 1 gonzalezherrera_lg_dr_jabo.pdf: 1332870 bytes, checksum: 3ed1635fd3223cd54e07fd6270135e04 (MD5) / Parâmetros genéticos para produção de leite acumulada até 305 dias (P305) e para produções no dia do controle (PLDC) de varias lactações da raça Gir Leiteiro foram estimados utilizando modelos de regressão aleatória (MRA).Primeiramente, as P305 em várias idades foram analisadas por meio de um modelo de repetibilidade (REP) e de MRA. Com base nos critérios de comparação, o modelo contendo 3, 3 e 4 ordens de ajuste, respectivamente, para os efeitos aleatórios genético aditivo e de ambiente permanente, com quatro classes de variâncias residuais, foi o que promoveu o melhor ajuste aos dados de produção de leite ao longo da vida produtiva. Altas correlações de ordem entre os valores genéticos, associadas às coincidências na classificação dos 5% de touros com maior valor genético para P305 nas diferentes idades estimados pelos MRA e pelo REP, indicaram haver pouca variação na classificação dos touros independente do modelo adotado. As produções de leite em diferentes idades podem ser analisadas como a mesma característica. Em um segundo estudo foram analisadas as PLDC das duas primeiras lactações por meio de MRA bi-características, cujos efeitos genético aditivo e de ambiente permanente foram modelados por polinômios ortogonais de Legendre de quarta ordem, considerando uma estrutura de cinco classes de variâncias residuais. As estimativas médias de heredabilidade (h2) para as PLDC variaram de 0,24 a 0,38 e de 0,29 a 0,41 na primeira e segunda lactação, respectivamente. As estimativas das correlações genéticas entre as PLDC 1, 5 e 10 da primeira lactação com todos os controles das duas lactações foram positivas, sendo maiores com os controles adjacentes dentro da primeira lactação e entre controles de ordem equivalente entre lactações. A seleção com base nas PLDC do meio da primeira lactação aparece como uma estratégia de seleção... / This study estimates the genetic parameters for 305-day cumulative yield (305d) and test day yield (TD) of several lactations of Gyr dairy cattle using random regression models (RRM). Firstly, 305d at various ages were analyzed using repeatability (REP) and random regression (RRM) models. Based on the comparison criteria, the 3rd, 3rd and 4th order models fitted best the milk yield data along cattle productive life for the random additive genetic and permanent environmental effects, with four classes of residual variances, respectively. High order correlations between genetic values associated with coincidences in the ranking of 5% of bulls with high genetic value for 305d at different ages estimated by REP and RRM, indicate that there is little variation in bull rankings regardless of the adopted model. Milk yield should be considered as same trait at any age. In a second study, TD of the first two lactations were analyzed using two-trait RRM whose additive genetic and permanent environmental effects were fitted by a fourth order Legendre orthogonal polynomials, considering a five-class residual variance structure. The mean heritability estimates (h2) for the TD varied from 0.24 to 0.38 and 0.29 to 0.41 for the first and second lactation, respectively. Estimates of genetic correlations between TD1, 5 and 10 of the first lactation and all controls of the two lactations were positive and higher with the adjacent controls within the first lactation and between controls of same order between lactations. The selection based on TD of the middle of the first lactation appears as an important selection strategy in order to change lactation curve shape for the first and second lactation. In the final study, the genetic parameters for 305d and two persistence measurements (PS1 and PS2) were estimated using a two-trait RRM. The estimates for h2 were 0.19, 0.12 and 0.41... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-05-27Bitstream added on 2014-06-13T18:43:22Z : No. of bitstreams: 1 ragognetti_bnn_dr_jabo.pdf: 796948 bytes, checksum: c0ebdafdfe9927b8a9e6af334fce175c (MD5) / Neste estudo os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e mapear loci associados a características ósseas e peso vivo aos 42 dias de idade (PV42) em Gallus gallus. Estas aves foram oriundas de uma população F2 resultante do cruzamento de uma linhagem de corte e outra de postura, mantidas pela Embrapa Suínos e Aves. Foram estimados parâmetros genéticos e identificados QTLs (loci de características quantitativas) para comprimento, largura e peso da tíbia e PV42, visando a melhor compreensão da arquitetura genética das características estudadas. Os componentes de variância foram estimados pelo método da Máxima Verossimilhança Restrita sob modelo animal multicaracterística. O modelo geral incluiu os efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual e o efeito fixo da interação sexo (2 níveis) e incubação (17 níveis), totalizando 34 grupos sexo-incubação. As estimativas de herdabilidade para comprimento, largura e peso da tíbia e PV42, foram, respectivamente, 0,23 ± 0,08, 0,34 ± 0,09, 0,24 ± 0,08 e 0,15 ± 0,05. As correlações genéticas foram positivas e variaram de 0,56 ± 0,18 (entre comprimento da tíbia e PV42) a 0,89 ± 0,06 (entre largura e peso da tíbia). Quando PV42 foi incluído no modelo como covariável para as características ósseas, as estimativas de correlação genética entre as características da tíbia diminuíram e variaram de 0,28 ± 0,23 (entre comprimento e largura da tíbia) a 0,80 ± 0,11 (entre largura e peso da tíbia). Concluiu-se que a seleção favorecendo o aumento no PV42 poderia aumentar também as medidas de comprimento, largura e peso da tíbia. No entanto, como a associação genética entre PV42 e as características estudadas não é máxima, isto poderia em parte justificar os problemas ósseos encontrados em linhagens de frangos de corte, cujo principal critério de seleção é o peso corporal. Para o mapeamento... / The objectives of this study were to estimate genetic parameters and to map loci associated with tibia characteristics and body weight at 42 days of age (BW42) in Gallus gallus. An F2 chicken population was developed by crossing a broiler sire line and a layer line maintained by Embrapa Swine and Poultry. To better understand the genetic architecture of tibia length, width and weight and BW42, genetic parameters were estimated and QTL (Quantitative Trait Loci) for these traits were evaluated. Variance components were estimated by Restricted Maximum Likelihood under multi-trait animal model. The general model included the random additive genetic and residual fixed effect of the interaction and sex (2 levels) and incubation (17 levels), totaling 34 groups sex-incubation. Heritability estimates for length, width and weight of the tibia and BW42 were, respectively, 0.23 ± 0.08, 0.34 ± 0.09, 0.24 ± 0.08 and 0.15 ± 0.05. Genetic correlations were positive and ranged from 0.56 ± 0.18 (between tibia length and PV42) to 0.89 ± 0.06 (between width and weight of the tibia). When BW42 was included as a covariate in the model for bone characteristics, estimates of genetic correlations between traits of the tibia decreased and ranged from 0.28 ± 0.23 (between tibia length and tibia width) to 0.80 ± 0.11 (between tibia width and tibia weight). The genetic correlation between tibia traits and PV42 are not maximum, this could in part explain the bone problems found in strains of broilers. QTLs were mapped using 127 microsatellite markers, which covered 2630.30 cM of chromosomes 1-15, 18, 19, 23, 24 and 26-28. The analysis model mapping included the fixed effect of incubation (17 levels), sex (2 levels) and family of mothers, who ranged in different chromosomes. Seventeen QTL were found on chromosomes 1, 2, 3, 4, 6, 10, 13 and 24. QTLs for width and weight of the tibia and BW42 were mapped... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-30Bitstream added on 2014-06-13T20:43:06Z : No. of bitstreams: 1 venturini_gc_dr_jabo.pdf: 246849 bytes, checksum: 411f4a27ffacb189be9c2883de84cb21 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Em linhagens de frangos de corte, pesquisas têm sido realizadas para identificar marcadores moleculares responsáveis pela variação fenotípica de características de interesse econômico para auxiliar os procedimentos de seleção. Neste trabalho, o objetivo foi estudar a associação do gene ALFA ACTINA1 com 68 características de desempenho, carcaça e órgãos e estimar parâmetros genéticos para peso corporal aos 42 dias de idade (PV42), órgãos e partes da carcaça para fornecer subsídios ao programa de melhoramento genético de uma linhagem paterna de frangos de corte, selecionada principalmente para PV42. Os dados utilizados foram provenientes da Embrapa Suínos e Aves, Concórdia, SC. As análises de associação genética entre as características estudadas e a ALFA ACTINA1 foram conduzidas pelo método de máxima verossimilhança, considerando quatro modelos de análise. A análise de validação foi realizada por meio de um modelo misto que incluiu o efeito aleatório de animal (poligenes), os efeitos fixos de sexo (2 níveis), incubação (5 níveis) e do SNP (3 níveis), além do erro aleatório. A estimação de parâmetros genéticos foi realizada pelo método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal multicaracterística para PV42 com características que foram significativamente (p<0,05) associadas com o marcador molecular e com um segundo conjunto de dados que incluiu pesos de carcaça resfriada, de fígado, de coração, de moela e os pesos da asa, das carnes da coxa, da sobrecoxa e do peito, peso do dorso e do filé do peito. O modelo geral utilizado para estimar os parâmetros genéticos incluiu o efeito fixo de grupo incubação-sexo e efeitos aleatórios aditivo e residual. Efeitos aditivos verificados pela substituição alélica do gene ALFA ACTINA1 estão associados com rendimentos da carne do peito (RCPT), do... / In broilers strains, research has been conducted to identify molecular markers responsible for phenotypic variation in traits of economic interest to help the selection procedures. In this work, the aim was to study the association of ALPHA ACTIN1 gene with 68 traits of performance, carcass and organs and to estimate genetic parameters for body weight at 42 days of age (BW42), organs and parts of the carcass to provide tools for the poultry breeding program of a paternal broiler strain and it has been selected mainly for BW42. The data used were from Embrapa Swine and Poultry, Concordia, SC. The analysis of genetic association between traits studied and ALPHA ACTIN1 were conducted by the method of maximum likelihood, considering four models of analysis. The validation analysis was performed using a mixed model that includes the random effect of animal (polygenes), fixed effects of sex (2 levels), incubation (5 levels) and SNP (3 levels) in addition to random errors. The estimation of genetic parameters was obtained by the method of restricted maximum likelihood under animal model multitrait for BW42 with traits significant affected (p<0.05) by the genetic marker and with a second dataset that included cold carcass weight (CW), live (LW), heart (HW), gizzard (GW) and wing (WW), thigh meat (TMW), drumstick (DW) and meat breast muscle (BMW), back (BW) and breast fillet (BFW) weights. The general model used for genetic parameters estimation included the fixed effect of group sex-incubation and effects random additive and residual. Additive effects verified by allelic replacement of ALPHA ACTIN1 gene associated with breast meat yield (BMY), liver yield (LY) and weights at 35 days of age (BW35), skin of drumstick (SDW), DW and BMW. Heritability estimates for these traits beyond BW42 ranged from 0.24 ± 0.06 (LY) to 0.45 ± 0.08... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-17Bitstream added on 2014-06-13T20:43:06Z : No. of bitstreams: 1 santanna_ac_dr_jabo.pdf: 1379300 bytes, checksum: 3939f980c34d836db11bb454b0a906e6 (MD5) / O objetivo deste estudo foi identificar, dentre diferentes medidas de temperamento, a mais adequada para avaliação do temperamento de bovinos de corte, tendo em conta a praticidade de sua aplicação e possibilidade de utilização em programas de melhoramento genético. Como objetivos específicos buscamos: 1) avaliar a associação entre as escalas qualitativas de classificação do temperamento com quatro métodos tradicionalmente utilizados e, avaliar a possibilidade de uso deste método como indicador do temperamento de bovinos; 2) estimar parâmetros genéticos para diferentes indicadores do temperamento e avaliar a possibilidade de aplicação destes como critérios de seleção; 3) estimar a associação genética entre temperamento e características de crescimento na raça Nelore. O temperamento foi avaliado para 23.420 animais machos e fêmeas ao sobreano, em idade próxima aos 550 dias, nascidos entre 2002 e 2009 com uso de um escore de temperamento (TS), baseado em uma escala de 1 a 5 que considera a reação do animal, após sair do tronco de contenção. Além disso, 9.150 indivíduos nascidos em 2008 e 2009 foram avaliados para as seguintes características: escore de movimentação (MOV), em escala de 1 a 5 de acordo com a sua movimentação no tronco de contenção; escore de tronco (CS), em que são atribuídas notas de 1 a 4 para a reatividade geral do animal dentro do tronco de contenção; e velocidade de fuga (VF), que é um registro da velocidade (em m/s) com que os animais saem do tronco de contenção após a pesagem. As características de crescimento avaliadas foram peso à desmama (PD) e ganho de peso médio diário pós-desmama (GMD). Foi utilizada Inferência Bayesiana com Amostragem de Gibbs para estimar os componentes de (co) variância e valores genéticos dos animais. As estimativas de herdabilidade para VF, TS, CS e MOV foram... / The aim of this study was to identify, among several indicators, the most adequate method to assess beef cattle temperament on farms, considering its feasibility and possibility of use in breeding programs. The specific objectives were: 1) to access the relationship of observer temperament ratings, the qualitative behavior assessment methos (QBA) with four others traditional methods, and to evaluate the possibility of using QBA as an indicator of cattle temperament; 2) to estimate genetic parameters of four temperament indicator traits for Nellore cattle, and to evaluate the possibility of using such traits as selection criteria in breeding programs; and 3) to estimate the genetic association between four temperament indicators and growth traits in Nellore cattle. Temperament was assessed for 23,420 male and female animals at yearling age, approximately 550 days, which were born between 2002 and 2009. A temperament score (TS) was used, which is based on a scale from 1 to 5 and considers the animal’s reaction after exiting the crush. Moreover, 9,150 individuals born between 2008 and 2009 were measured for the following traits: Movement Score (MOV), where animals were scored from 1 to 5 according to their movement inside the crush; Crush Score (CS), which assigns scores from 1 to 4 for an animal’s general reactivity inside the crush; and Flight Speed (FS), which is a recording of the speed (in m/s) at which the animals exit the crush after being weighed. The growth traits evaluated were weaning weight (WW) and post weaning average daily gain (ADG), for male and female animals born between 1990 and 2009. Bayesian Inference using Gibbs Sampling was applied to estimate (co)variance components and breeding values of the animals. Heritability estimates for FS, TS, CS, and MOV were 0.35, 0.15, 0.19, and 0.18, respectively. The genetic correlation estimates of FS with TS (0.85), CS (0.85)... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-11Bitstream added on 2014-06-13T18:43:23Z : No. of bitstreams: 1 solardiaz_ip_dr_jabo.pdf: 765126 bytes, checksum: 0390672f4eda7238d21586fdb8398c90 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Foi avaliado o efeito da seleção para crescimento, usando como critério o peso em diferentes idades, ganhos de pesos e índices de seleção, sobre o consumo de energia de animais Nelore, usando um procedimento determinístico. Para o cálculo da resposta à seleção direta e correlacionada, foram estimados parâmetros genéticos por meio de modelos de regressão aleatória. O arquivo de dados, provenientes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), continha registros de peso dos 120 dias até a idade adulta (seis anos de idade) dos animais. A exigência de energia foi calculada por meio de um procedimento determinístico, antes e após a seleção, utilizando os pesos e ganhos de pesos dos animais em equações modificadas do NRC. O efeito da seleção foi avaliado para todos os pesos padrões e ganhos de pesos usualmente utilizados, assim como para 10 tipos de índices de seleção (IND1 a IND10), os quais diferiram entre si pela ponderação dada nos pesos até o abate (positivos) e no peso adulto (PA) (negativos). Adicionalmente, utilizando como parâmetros os índices reprodutivos e de mortalidade para a raça Nelore e, utilizando os dados médios de peso por idade dos animais dos rebanhos estudados como base, foram criados rebanhos simulados, numericamente estáveis. Utilizando-se desses dados, foi possível comparar a quantidade de energia total exigida com o total de quilogramas de carne produzidos para três sistemas de produção: cria, recria e engorda para diferentes categorias animais, antes e após a seleção. O cálculo foi realizado para machos em sistema de produção de cria e completo; fêmeas na fase reprodutiva e para todos os animais em um sistema de cria, recria e engorda. O modelo de regressão aleatória definido como o mais adequado, foi o que considerou os efeitos genéticos aditivos diretos e maternos e... / The selection effect for growth on energy requirement of Nelore animals was evaluated using a deterministic process. The evaluation was made considering weights at different ages and also different selection indices. To calculate direct and correlated response of selection, the genetic parameters were obtained by random regression models. The complete data, from Nelore Cattle Breeding Program (NCBP) had ages from 120 days to mature weight of animals (six years old). The energy requirement was calculated by a deterministic process, before and after selection using weights and weights gains of animals in modified NRC equations. The selection effect was assessed considering all the weights and weights gains usually used in a breeding program and using ten different selection indices (IND1 to IND10) as well, which were different from each other by the sign of the weight, positive for weights until slaughtering and negative for mature weight (MW). Besides, a stable herd was calculated considering reproductive and mortality values of Nellore cattle, and also using the average weight in each age of all the animals. With this information a comparison was possible among the total energy consumption and kilos of meet produced, in three systems of production: cow-calf; growth and slaughtering considering different animals category before and after selection. The evaluation was done for males in a complete and cow-calf system of production; females in a reproduction stage and for all the animals in a complete system of production. The regression model that was considered the most appropriate, was defined as direct and maternal genetic effects, animal and maternal permanent environmental effects adjusted by an order of quadratic, quadratic, quartic and quadratic polynomials, respectively, and modeled by 5 classes of residual... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-09-23Bitstream added on 2014-06-13T21:03:51Z : No. of bitstreams: 1 000736390.pdf: 1232128 bytes, checksum: 1d7a4c38c12471f91313482fa6fb43ce (MD5) / As características reprodutivas são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois impõem limites à intensidade de seleção, determinam o intervalo entre gerações e estão diretamente relacionadas com a economia do sistema. Com relação às fêmeas, um desafio é a identificação de características facilmente mensuráveis que sejam geneticamente relacionadas com a fertilidade. Objetivou-se com este estudo detectar polimorfismos de DNA associados a características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore, bem como a avaliação de modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos. Para tanto, foram genotipadas 1853 fêmeas nascidas entre 2007 e 2009, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), e após a o controle de qualidade, foram utilizados 305.348 SNPs. No Capítulo 2, aplicou-se o modelo BAYESCπ para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características dias para o primeiro parto (DPP) e reconcepção de fêmeas primíparas (REC). Foram encontrados 42 SNPs significativos associados à REC e 13 para DPP. Esses SNPs explicam 11,32% da variância fenotípica da característica reconcepção de fêmeas primíparas e 3,48% da variância fenotípica da característica dias para o primeiro parto. Esses resultados permitirão montar painéis de baixa densidade específicos para a raça Nelore. No Capítulo 3, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores (para as características reconcepção de fêmeas primíparas, dias para o primeiro parto, idade ao primeiro parto e ocorrência de prenhez precoce): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). As definições de variável dependente foram: a medida direta do fenótipo; fenótipo corrigido, valor genético e valor... / Reproductive traits are fundamental to genetic improvement of beef cattle as they impose limits on the selection intensity, determine the generation interval and are directly related to the economy of the system. With respect to the females, a challenge is to identify traits that are easily measurable and are genetically related to fertility. The objective of this study was to detect DNA polymorphisms associated with reproductive traits in Nellore females, as well as to evaluate models to predict breeding values from genomic data. So, 1853 females born between 2007 and 2009 were genotyped, using high-density SNP Illumina Bovine HD assay ( Illumina , San Diego , CA , USA ), and after quality control , 305,348 SNPs were used. In Chapter 2, BAYESCπ was applied to estimate the marker effects and associate them to the traits days to first calving (DFC), and heifers rebreeding (HR). 42 significant SNPs were associated with HRC and 13 to DFCD. These SNPs explain 11.32 % of the phenotypic variance of the trait HR and 3.48 % of the phenotypic variance of the trait DFC. These results will enable to create lowdensity panels specific to Nellore breed. In Chapter 3 , three models were used to estimate the effects of markers ( for traits heifers rebreeding, days to first calving, age at first calving, and occurrence of early pregnancy) : best linear unbiased estimator (GBLUP) BAYESCπ and Improved Bayesian least absolute shrinkage and selection operator ( IBLASSO ) . The definitions of the dependent variable were the direct measurement of the phenotype; corrected phenotype, breeding value and deregressed breeding value. BAYESCπ was most appropriate for estimation of the effects of SNPs and genomic values for all traits. The estimation of genomic values using the direct measurement of the dependent variable phenotype led to more accurate estimates of the genomic values

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-10-02Bitstream added on 2014-06-13T19:02:45Z : No. of bitstreams: 1 000736370.pdf: 4790865 bytes, checksum: 809ff4894ab6c213aa0b928951bca1be (MD5) / Os objetivos deste trabalho foram estimar parâmetros genéticos para a produção de leite utilizando modelos de regressão aleatória, comparar o ganho genético esperado da produção de leite utilizando diferentes índices de seleção, utilizar análise de agrupamento e discriminante para explorar o perfil genético dos animais para a produção de leite, visando identificar os animais mais indicados para a seleção e investigar quais informações devem ser utilizadas em redes neurais artificiais para que fossem capazes de predizer os valores genéticos dos animais para produção de leite total até 305 dias em lactação. As estimativas de herdabilidade dos controles mensais da produção de leite variaram de 0,12 ± 0,04 a 0,31 ± 0,04. As estimativas de correlação genética e de ambiente permanente apresentaram valores próximos à unidade em controles leiteiros adjacentes, com tendência de diminuição das correlações à medida que o tempo entre os controles leiteiros aumentou. As magnitudes das estimativas de herdabilidade para as classes dos controles leiteiros mensais indicam que a produção de leite deve responder ao processo de seleção dos animais e a fase entre 121 a 240 dias em lactação teria melhor resposta à seleção devido as maiores estimativas de herdabilidade nesse período. A seleção dos animais baseada na produção de leite entre 121 a 150 dias em lactação é recomendada devido à alta herdabilidade para a característica nesta fase e pelas altas correlações genéticas da característica neste período com os demais da lactação. A indicação de qual índice de seleção deve ser utilizado dependerá, entre outros fatores, dos objetivos de seleção estabelecidos pelo programa de melhoramento genético. Se o objetivo de seleção for melhorar a produção de leite e a persistência da lactação, seria mais indicado utilizar índices de seleção baseado... / The objectives of this study were to estimate genetic parameters for milk yield using random regression models, to compare the expected genetic gain of this trait using different selection indexes, to use cluster and discriminant analyses to explore the genetic pattern of milk production of the animals to identify those ones most suitable for selection, and to investigate which information should be used in artificial neural networks to predict the breeding values for milk yield to 305 days in milks. The estimates of heritability for monthly milk production classes ranged from 0.12 ± 0.04 to 0.31 ± 0.04. The estimates of genetic correlation and permanent environment had values close to one in adjacent dairy controls, and decreased as the time between the controls had increased. The magnitudes of heritabilities between 121 to 240 days indicated that the milk yield could better response to selection in this phase due to the highest estimates. The selection based on milk production between 121 to 150 days in milk is recommended due to the high heritability for the trait at this phase and due to the high genetic correlations with milk yield in the other periods of the lactation. The use of a particular selection index will depend on the selection goals of the breeding program. The selection indexes based on eigenvectors of additive genetic matrix with greater selection emphasis for persistence is recommended if the selection goal of the breeding program is to improve milk production and persistence simultaneously. But, if the selection goal is to improve only the milk production, the selection index based on breeding values for milk production up to 305 days in milk would be the most appropriate, because it presented the greatest expected genetic gain for this trait. The breeding values of milk yield on every 30 days were used as grouping variables of the animals. It was found that the population ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-04Bitstream added on 2014-06-13T18:43:26Z : No. of bitstreams: 1 araujoneto_fr_dr_jabo.pdf: 483862 bytes, checksum: 621ba6341f8e63b31e3db9bb69db36d2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Em programas de melhoramento animal, diversas características utilizadas como critérios de seleção representam medidas repetidas do mesmo animal, sendo importante o estudo de metodologias que considere esta estrutura longitudinal. Assim, o objetivo deste trabalho foi implementar a metodologia de antedependência utilizando de inferência bayesiana, na estimação de componentes de variância para avaliação genética de características longitudinais. Foram realizados dois estudos de simulação a fim de verificar as propriedades da aplicação da metodologia. Para o primeiro estudo foram considerados apenas os efeitos fixos, o genético e resíduo, sendo empregado duas estruturas de (co)variância: uma de antedependência e outra de regressão aleatória. O segundo estudo apresenta adicionalmente o efeito de ambiente permanente, sendo utilizado para ambos os efeitos aleatórios. Os resultados demonstraram que a metodologia proposta apresentou capacidade de estimar valores próximos aos simulados, entretanto alguns parâmetros dos modelos apresentaram algumas dificuldades de convergência. Verificou-se por meio do estudo realizado, que a implementação da metodologia de antedependência utilizando de inferência bayesiana e amostrador de Gibbs em um modelo animal, possibilitou a obtenção de estimativas próximas aos valores simulados. Além disso, pode-se constatar algumas dificuldades inerentes a convergência dos parâmetros do modelo, sendo necessário a realização de novos estudos visando utilizar novas funções para a modelagem dos coeficientes autorregressivos e das variâncias das inovações, assim como outras estratégias de amostragem / In animal breeding programs, several traits used as selection criteria represent repeated measurements of the same animal, thus the study of methodologies that consider this longitudinal structure. The objective of this study was to implement a antedependence model using Bayesian inference, in the estimation of variance components for genetic evaluation of longitudinal characteristics. Two studies were conducted simulation in order to verify the properties of application of the methodology. For the first study included only fixed effects, genetic and residual, being employed two structures (co)variance: one antedependence and other random regression. The second study further shows the effect of permanent environment, and is used for both random effects. The results demonstrated that the proposed methodology showed ability to estimate values close to those simulated, however, some parameters of the models presented convergence difficulties. It was found through the study, the implementation of the methodology antedependence using Bayesian inference and Gibbs sampling in an animal model, makes possible to get estimates close to the simulated values. Moreover, one can observe some convergence difficulties of the model parameters, it is necessary to conduct new studies to use new functions for modeling the autoregressive coefficients and variances of the innovations, as well as other sampling strategies

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-25. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:48:56Z : No. of bitstreams: 1 000845569.pdf: 527744 bytes, checksum: bc830cf10269bbbd3e93e1f704884651 (MD5) / O perfil de ácidos graxos (AG) intramuscular da carne é importante para a saúde humana, além de ser responsável pelo sabor e suculência da carne. A quantidade total de AGs no Longissimus thoracis é um preditor de palatabilidade e o principal determinante do valor da carcaça de acordo com os padrões internacionais de qualidade da carne. Sabe-se que o tipo de AG tem um impacto maior sobre questões de saúde quando comparado com a quantidade total. Há uma falta de estimativas de parâmetros genéticos para perfil de ácidos graxos da carne em Bos indicus, uma vez que as raças zebuínas são a fonte predominante de carne bovina em regiões tropicais e sub-tropicais. Portanto, os resultados obtidos no presente estudo deve apoiar os agricultores e pesquisadores, a fim de definir critérios de seleção para melhorar a composição de ácidos graxos da carne de gado zebu. Objetivou-se com este estudo estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para composição de AG na carne de 937 touros Nelore terminados em confinamento por um período de 90 dias, com idade média de 24 meses e peso de abate entre 500-550kg. Os AG foram analisados no Longissimus thoracis e quantificados por cromatografia gasosa. Os grupos contemporâneos foram organizados de acordo com fazenda de nascimento, safra, e grupo de manejo ao sobreano. Os 14 ácidos graxos seguintes foram quantificados: palmítico (C16:0), esteárico (C18:0), oleico (C18:1 cis-9), linoleico (C18:2 cis-6), CLA (C18:2 cis-9 trans-11), CLA (C18:2 trans-10 cis-12), linolênico (C18:3 n3), miristico (C14:0), miristoleico (C14:1), elaidico (C18:1 n9t), vacênico (18:1 t11), eicosatrienoico (C20:3 n6 cis-8,11,14), eicosatrienoico (C20:3 n3 cis-11,14,17) e araquidônico (C20:4). As proporções dos AG saturados (AGS), monoinsaturados (AGMI), poli-insaturados (AGPI), n-9, n-6 e n-3 foram calculados usando as concentrações dos AG individuais. O modelo utilizado para a estimação... / The intramuscular fatty acid (FA) profile in beef is important for human health, as well as being responsible for meat flavor and juiciness. The total quantity of FAs in the Longissimus thoracis predicts palatability and is the main determinant of carcass value by international standards of meat quality. It has been known that the type of FA has a larger impact on health issues when compared to the total quantity of such. There is a lack of genetic parameter estimates for beef fatty acid profile in Bos indicus, since the zebu breeds are the predominant source of beef in tropical and sub-tropical regions. Therefore, the results obtained in the present study should support farmers and researchers in order to define selection criteria to improve the beef fatty acid composition in zebu cattle. The objective of this study is to estimate (co)variance components and genetic parameters for beef FA composition in 937 Nellore bulls, previously kept in feedlot for a 90 day period with an average of 24 months of age and 500-550kg of slaughter weight. The FA profile was analyzed in Longissimus thoracis samples using a gas chromatography. The contemporary groups were organized based on farm and year of birth, and management group at yearling. The following 14 fatty acids were quantified: palmitic (C16:0), stearic (C18:0), oleic (C18:1 cis-9), linoleic (C18:2 cis-6), CLA (C18:2 cis-9 trans-11), CLA (C18:2 trans-10 cis-12), α-linolenic (C18:3 n3), myristic (C14:0), myristoleic (C14:1), elaidic (C18:1 n9t), vaccenic (18:1 t11), eicosatrienoic (C20:3 n6 cis-8,11,14), eicosatrienoic (C20:3 n3 cis-11,14,17) and arachidonic (C20:4). The proportion of saturated (SFA), monounsaturated (MUFA), polyunsaturated (PUFA), n-9, n-6 and n-3 were calculated using the individual fatty acid concentration. The model used for the (co) variance estimation included direct random genetic effect, the fixed effect of the CG, and the animal's slaughter age as a covariable ...