Orientador: Fábio Erminio Mingatto / Banca: Ricardo Velludo Gomes de Soutello / Banca: Andrea Sanchez / Resumo: O gossipol é uma substância tóxica presente na semente de algodão (Gossypium sp). Para a análise dos mecanismos envolvidos na infertilidade causada em ratos pelo gossipol foram avaliados os seus efeitos sobre o sistema antioxidante e a bioenergética mitocondrial de testículos, além da atividade protetora da vitamina E. Testes de fertilidade foram realizados, analisando a produção de espermatozoides epididimais e o número e peso de filhotes após cruzamentos. No homogenato de testículos foram avaliadas a atividade das enzimas glutationa peroxidase (GPx) e glutationa redutase (GR), concentração de glutationa reduzida (GSH) e oxidada (GSSG), estado oxidativo dos nucleotídeos de piridina (NAD(P)H) e grupos tióis de proteínas, além da peroxidação dos lipídios de membrana. Nas mitocôndrias isoladas dos testículos foram realizadas as análises de respiração mitocondrial, potencial de membrana e síntese de ATP. O tratamento com gossipol diminuiu significativamente o número de espermatozoides e o número de fetos e a vitamina E apresentou efeito protetor sobre estes parâmetros. O gossipol provocou um aumento significativo na atividade das enzimas GPx e GR, porém a vitamina E não reduziu a atividade enzimática. A concentração de GSH e o estado oxidativo do NAD(P)H no homogenato de testículo foram significativamente reduzidos pelo gossipol e essa redução foi acompanhada pelo aumento da concentração de GSSG. A vitamina E apresentou efeito protetor sobre as alterações destas substâncias. Não foi observado efeito do gossipol sobre os grupos tióis de proteína. O gossipol aumentou significativamente a concentração de malondialdeído, indicador de lipoperoxidação, enquanto que o tratamento com a vitamina E inibiu a ação do gossipol. O gossipol atuou como desacoplador da cadeia respiratória e a fosforilação oxidativa, dissipou o potencial de membrana e diminuiu os níveis ... / Abstract: Gossypol is a toxic substance present in cottonseed (Gossypium sp.) To analyze the mechanisms involved in infertility caused by gossypol in rats were evaluated its effects on the antioxidant system and mitochondrial bioenergetics of testicles, beyond the protective activity of vitamin E. Fertility tests were performed, analyzing the production of epididymal sperm and number and weight of the offspring after breeding. In the testis homogenate were evaluated the activity of the enzymes glutathione peroxidase (GPx) and glutathione reductase (GR), the concentration of reduced (GSH) and oxidized (GSSG) glutathione, oxidative state of pyridine nucleotides (NAD(P)H) and thiol groups of proteins, and membrane lipid peroxidation. In mitochondria isolated from testes analyzes of mitochondrial respiration, membrane potential and ATP synthesis were performed. Treatment with gossypol significantly decreased sperm count and the number of offspring and vitamin E showed a protective effect on these parameters. Gossypol caused a significant increase in the activity of GPx and GR enzymes, but vitamin E did not reduced the enzyme activity. The concentration of GSH and oxidative state of NAD(P)H in the testis homogenate were significantly reduced by gossypol and this reduction was accompanied by an increase in the concentration of GSSG. Vitamin E showed a protective effect on the changes of these substances. No effect of gossypol was observed on the thiol groups of protein. Gossypol significantly increased the malondialdehyde, an indicator of lipid peroxidation, whereas treatment with vitamin E inhibited the action of the gossypol. Gossypol uncoupled the respiratory chain and oxidative phosphorylation, dissipated the membrane potential and decreased the mitochondrial ATP levels. The results suggest that infertility caused by gossypol in rats may be related to oxidative stress and mitochondrial bioenergetics damage and ... / Mestre

Orientador: Ricardo da Fonseca / Banca: Sirlei Aparecida Maesta / Banca: Sandra Maria Simonelli / Resumo: O objetivo geral do trabalho foi estimar parâmetros genéticos para características de habilidade materna: relação de desmame (REL), peso total das crias ao nascer e ao desmame (PTCN e PTCD) e reprodutivas: intervalo entre partos (IEP), idade ao primeiro parto (IPP), número de cordeiros por parto (NCP) para uma população de ovinos Santa Inês do Nordeste do Brasil e propor estratégias para seleção de reprodutores e fêmeas na raça baseado nos parâmetros genéticos estimados para as características em estudo. Foram utilizados dados pertencentes à Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO) da raça Santa Inês. Os registros foram coletados entre 2003 e 2011 e continham informações de 4792 matrizes e 11575 nascimentos de 45 propriedades. Com o auxílio do software R foram realizadas as análises de consistência dos dados e foram testados os efeitos de ambiente para verificar seus efeitos nas características avaliadas com o objetivo de fornecer subsídio à formação dos grupos de contemporâneos. A idade da matriz ao parto foi considerada como covariável e ambos os efeitos (grupos contemporâneos e a covariável) foram considerados como efeitos fixos nos modelos de avaliação genética. Os efeitos aleatórios considerados foram: os efeitos genéticos aditivo direto (a), genético materno (m) e de ambiente permanente do animal (p). As estimativas de (co)variância para as características foram obtidas por máxima verossimilhança restrita e para a estimação foi usado o software WOMBAT e o algoritmo escolhido foi o PXEM para as análises multicaracterísticas que foram realizadas sob o modelo animal. As herdabilidades genéticas aditivas estimadas para as características reprodutivas e de habilidade materna foram de baixa magnitude IEP (0,02), NCP (0,10), REL(0,18), PTCN(0,10), com exceção de IPP (0,24) e PTCD (0,30), que apresentaram herdabilidade de magnitude ... / Abstract: The objectives of this study are to estimate genetic parameters for traits of maternal ability: weaning rate (REL), total weight of the offspring at birth and at weaning (PTCN and PTCD, respectively); and reproductive traits: calving interval (IEP), age at first calving (IPP), number of lambs per birth (NCP) for a population of Santa Inês sheep in Northeastern Brazil; and propose strategies for breed selection of sires and dams. The dataset of Santa Inês breed was obtained from Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO). Data were collected between 2003 and 2011 and contained information of 4792 dams and 11575 births of 45 properties. The software R was used for data consistency and for testing the effects of environment on the characteristics just described to establish criteria to form contemporary groups. The dam age at birth was included as covariate, and both effects (contemporary group and covariate) were considered as fixed effects in the models for genetic evaluation. Moreover, the model included random effects, such as: direct- genetic additive (a), direct-maternal genetic (m), and common environment (p). Estimates of (co) variance for the traits were obtained by restricted maximum likelihood by using WOMBAT software, and the chosen algorithm was the PXEM for multi-trait animal model. The estimated genetic-additive heritability presented low magnitude for characteristics, such as: IEP (0,02), NCP (0,10), REL(0,18), and PTCN(0,10), with the exception of IPP (0,24) and PTCD (0,30) that showed heritability of moderate magnitude. The heritability for the maternal effect was low for all characteristics evaluated: PTCN (0,08), PTCD(0,5), REL (0,05) e NCP (0,14). High favorable genetic correlations were observed for PTCD and PTCN (0,96), and PTCD and NCP (0,69), whereas high unfavorable genetic correlations were observed between NCP and IPP (0,96). After evaluating ... / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Roberto Hiroshi Higa / Coorientador: Marcos Eli Buzanskas / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Banca: Fabiana Barichello Mokry / Resumo: Recentes avanços tecnológicos em genética permitiram a genotipagem de espécies de interesse zootécnico, como os bovinos. Foram desenvolvidos painéis de genotipagem com diferentes densidades de marcadores do tipo polimorfismos de nucleotídeo único ("single nucleotide polymorphism" - SNP). Painéis de alta densidade permitiram maior cobertura do genoma e possibilitaram sua aplicação em diferentes tipos de estudos, como a identificação de regiões do genoma conservadas devido à seleção. Tais regiões são denominadas assinaturas de seleção (AS). As AS são detectáveis por diferentes metodologias, como a Homozigose do Haplótipo Estendido ("extended haplotype homozygosity" - EHH) e o Escore de Integração dos Haplótipos ("integrated haplotype score" - iHS), sendo esta última derivada da EHH. O objetivo desse trabalho foi identificar regiões de AS em bovinos de corte da raça Canchim, genotipados com painel de alta densidade, visando futuras aplicações no melhoramento genético animal. O pacote rehh do programa R foi utilizado para identificação de AS por meio da metodologia iHS. Foram utilizados registros de 285 animais da raça Canchim, 114 do grupo genético MA e um da raça Charolês. Todos os animais (amostras) foram genotipados com o painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNPs) e provenientes da base de dados da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. O controle de qualidade de genótipos (CQ) foi realizado por meio do pacote snpStats, do R. Após o CQ, restaram 687.655 marcadores SNP e 396 amostras. Foi utilizado o programa BEAGLE para a inferência das fases de ligação e construção dos haplótipos, etapa necessária para utilização da iHS. A estatística iHS para cada um dos marcadores foi transformada em para conveniência da análise dos resultados. Valores de foram observados nos cromossomos BTA (Bos taurus) 5 e 14, com 39 e nove SNPs estatisticamente significativos ... / Abstract: Genomic selection has been considered as a technique that will allow significant increase in the genetic progress of animal breeding programs. Recent technological advances in genetics have allowed the genotyping of livestock species such as cattle, by means of single nucleotide polymorphism (SNP) chip panels. High-density SNP panels have allowed greater coverage of the genome and its application in different studies, such as the identification of conserved regions of the genome due to selection. Such regions are known as selection signatures (SS). The SS are detectable by various methods, such as the extended haplotype homozygosity (EHH); and the integrated haplotype score (iHS), which is derived from the HHE. The aim of this study was to identify regions of SS in Canchim beef cattle, genotyped with high-density SNP panel, and evaluate its future application in animal breeding. The rehh package of the R software was used for identification of SS through the iHS methodology. Data on 285 Canchim animals, 114 "MA" genetic group (cross between Charolais sires and Canchim-zebu dams), and one Charolais breed individual were used. The database used in this study was provided by Embrapa Cattle Southeast (São Carlos, SP, Brazil), which contains animals (samples) genotyped with the Illumina BovineHD BeadChip panel (786,799 SNPs). The quality control of genotypes (QC) was performed through snpStats package present in R. After the QC, a total of 687,655 SNP markers and 396 samples remained for SS analysis. The BEAGLE software was used to infer the linkage phase and to construct the haplotypes. The iHS statistic for each marker was transformed into piHS for better understanding of the results. On the Bos taurus (BTA) chromosomes 5 and 14 were observed piHS ≥ 5 (P <0.00001), with 39 and nine statistically significant SNPs, respectively. Windows of one million base pairs each were built to assist in the delimitation of SS regions. Within ... / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Daniela do Amaral Grossi / Coorientador: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: Cintia Righetti Marcondes / Resumo: A raça de bovinos de corte Tabapuã possui características desejáveis para as condições tropicais de produção como rusticidade e adaptabilidade. No entanto, é uma raça de formação recente e existem poucos estudos da estrutura populacional, variabilidade genética, endogamia e estimativas de parâmetros genéticos para características de interesse econômico. Este trabalho teve dois objetivos principais. O primeiro foi avaliar e descrever a estrutura populacional da raça Tabapuã e a relação linear de classes de coeficiente de endogamia com as médias dos valores fenotípicos de peso ao desmame ajustado para 210 dias de idade (P210), idade ao primeiro parto (IPP), intervalo de partos médio (IPM), primeiro intervalo de partos (IP1), segundo intervalo de partos (IP2) e produtividade acumulada (PAC). O segundo objetivo foi estimar parâmetros genéticos, tendências genéticas e eficiência relativa de seleção para P210, IPP, IPM, IP1 e PAC em uma população de bovinos Tabapuã. Foram utilizados registros fenotípicos de 7.340 vacas da raça Tabapuã, pertencentes ao Programa de Melhoramento Genético da Raça Tabapuã (PMGRT) mantido pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). O arquivo de pedigree continha 15.241 animais. A análise de estrutura populacional foi realizada por meio do programa ENDOG. As estimativas dos parâmetros genéticos foram obtidas pelo método de máxima verossimilhança restrita, utilizando modelo animal multicaracterística. O teste de razão de verossimilhança foi utilizado para definir os efeitos aleatórios para análise de P210. O modelo animal de P210 incluiu os efeitos aleatórios genético aditivo materno e de ambiente permanente, além do efeito genético aditivo direto e do efeito residual e efeitos fixos. Para IPP, IPM, IP1 e PAC consideraram-se apenas o efeito aleatório genético aditivo direto, efeito aleatório residual e efeitos fixos. As tendências genéticas ... / Abstract: Tabapuã is a rustic beef cattle breed that is highly adapted to tropical environmental conditions. Due Tabapuã recent origin, there are only a few studies about population structure and genetic parameters. Thus, this study had two main objectives. The first was to evaluate the population structure and relationship of inbreeding coefficient and the phenotype of weaning weight adjusted at 210 days of age (W210), age at first calving (AFC), average of calving interval (ACI), first calving interval (CI1), second calving interval (CI2), and accumulated productivity (ACP). The second was to estimate genetic parameters, genetic trends and relative efficiency of selection for W210, AFC, ACI, CI1, and ACP in Tabapuã beef cattle. We used pedigree information of 15,241 animals and phenotypic information of 7,340 Tabapuã cows included in the Brazilian Tabapuã Breeding Program. Analysis of population structure was performed using ENDOG software. Estimates of genetic parameters were obtained by restricted maximum likelihood method, fitting a multiple-trait animal model. The likelihood ratio test was used to define the random effects for W210 analysis. For W210 the maternal genetic, permanent environmental, additive genetic, and residual effects were included in model; while only the additive genetic and residual effects were included for AFC, ACI, CI1, and ACP. Genetic trends were calculated from a linear regression of predicted breeding value on birth year. Average pedigree completeness was 47.99% for 6 last generations. Complete, maximum and equivalent generations were 5, 16 and 6.66, respectively. Effective number of founders and ancestors was equal to 124 and 110, respectively, and the ratio between both was 1.13. The average inbreeding coefficient was equal to 0.0072.The average inbreeding coefficient as well as the average relatedness and the percentage of number of inbred animals increased across generation. However, it was observed ... / Mestre

Orientadora: Marielle Cristina Schneider / Banca: Ana Cristina Prado Veiga Menoncello / Banca: Mara Cristina de Almeida / Banca: Rita de Cássia de Moura / Banca: Edson Lourenço da Silva / Resumo: Os besouros da subfamília Cassidinae s.l. são popularmente conhecidos como "tortoise beetles" devido ao formado peculiar dos élitros que se assemelham ao casco de tartaruga. Esta subfamília inclui mais de 6000 espécies descritas taxonomicamente, das quais menos de 2% foram estudadas sob o ponto de vista citogenético, e evidenciaram número diploide variando entre 2n=16 a 2n=51 e sistemas cromossômicos sexuais dos tipos Xyp, X0, Xy, Xyc, Xyr, neoXY, Xyyp, XpneoXneoYp, entre outros sistemas múltiplos. No entanto, cerca de 85% das espécies apresentaram predominância do cariótipo 2n=16+Xyp, e esta característica cariotípica pode estar relacionada ao baixo número de espécies examinadas, a predominância de análises em espécies pertencentes a um mesmo gênero e/ou tribo, bem como a escassez ou até mesmo a inexistência de estudos que utilizaram marcação de regiões cromossômicas específicas. O objetivo deste trabalho é discutir sobre os mecanismos de evolução cromossômica em espécies de Cassidinae. As análises cromossômicas foram realizadas em 19 espécies de cassidíneos da fauna brasileira, através de coloração convencional, bandeamento C e hibridação in situ fluorescente (FISH) com sondas dos genes ribossomais 28S, 5S, dos clusters teloméricos (TTAGG)n e (TCAGG)n, e do pequeno RNA nuclear (snRNA) U2. O estudo citogenético de 19 espécies de Cassidinae revelou uma grande diversidade em relação ao número diploide - Cassidini: 2n=38+Xyp em Agroiconota inedita, 2n=20+Xyp em Charidotella immaculata, Charidotella sexpunctata e Microctenochira stigmatica, 2n=16+Xyp em Deloyala cruciata, Microctenochira aciculata, Microctenochira optata e Microctenochira quadrata, 2n=18 em Microctenochira gnata; Goniocheniini: 2n=16+Xyp em Chlamydocassis cribripennis; Ischyrosonychini: 2n=16+Xyp em Cistudinella obducta; Mesomphaliini: ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The beetles of the subfamily Cassidinae s.l. are commonly known as tortoise beetles, due to the peculiar shape of the elytra. This subfamily possesses more than 6000 taxonomically described species, of which less than 2% were cytogenetically studied. The cassidines showed diploid number ranged from 2n=16 to 2n=51, and sex chromosome systems of the Xyp, X0, Xy, Xyc, Xyr, neoXY, Xyyp, XpneoXneoYp types, in addition to other multiple systems. Despite the occurrence of this karyotype diversity, about 85% of the species presented the karyotype 2n=16+Xyp. However, this karyotype homogeneity may be related to the low number of species examined, the analyses with species included in the same genus and/or tribe, as well as the scarcity or lack of studies with techniques that identify specific chromosomal regions. The aim of this work is to discuss about the mechanism of chromosome evolution in species of Cassidinae. The chromosomal analysis were performed in 19 species of Cassidinae from Brazilian fauna, using standard staining, C-banding and fluorescent in situ hybridization (FISH) with probes of 28S rDNA, 5S rDNA, (TTAGG)n and (TCAGG)n telomeric clusters, and U2 small nuclear RNA (snRNA). The cytogenetic studies in 19 cassidine beetles revealed a high diversity of diploid number - Cassidini: 2n=38+Xyp in Agroiconota inedita, 2n=20+Xyp in Charidotella immaculata, Charidotella sexpunctata and Microctenochira stigmatica, 2n=16+Xyp in Deloyala cruciata, Microctenochira aciculata, Microctenochira optata and Microctenochira quadrata, 2n=18 in Microctenochira gnata; Goniocheniini: 2n=16+Xyp in Chlamydocassis cribripennis; Ischyrosonychini: 2n=16+Xyp in Cistudinella obducta; Mesomphaliini: 2n=34+Xyp in Botanochara tesselata, 2n=20+Xyp/Xyr in Chelymorpha cribraria, 2n=20+Xyp in Chelymorpha inflata, 2n=20 in Cteisella magica, 2n=38+Xyp in ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientadora: Patrícia Pasquali Parise Maltempi / Coorientadora: Sandra Mariotto / Banca: Luciana Bolsoni Lourenço Morandini / Banca: Diogo Cavalcanti Cabral de Mello / Resumo: A família Loricariidae é uma das mais diversificadas da ordem Siluriformes, com espécies distribuídas entre sete subfamílias: Hypoptopomatinae, Loricariinae, Hypostominae, Neoplecostominae, Lithogeninae, Delturinae e Ancistrinae. As espécies do gênero Ancistrus Kner, 1854, pertencem à subfamília Ancistrinae, têm mostrado grande variação cariotípica, além de características interessantes do ponto de vista citogenético como a presença de cromossomos sexuais e polimorfismos cromossômicos. Desta forma o objetivo do presente trabalho foi caracterizar os cromossomos de quatro espécies do gênero Ancistrus (Ancistrus sp. 1 "cupim", Ancistrus sp. 2 "cupim", Ancistrus sp. "mutuca" e Ancistrus sp. "soberbo") pertencentes à bacia do Paraguai utilizando técnicas de citogenética clássica e molecular para melhor compreensão da evolução cariotípica dessas espécies. As espécies estudadas apresentaram número diploide variando de 2n=42 a 2n=54, NOR localizadas em regiões pericentroméricas e terminais, além de heteromorfismo de tamanho dessas regiões (NOR) em um dos homólogos nas quatro espécies estudadas. O bandamento C mostrou presença de pouca heterocromatina com exceção das espécies Ancistrus sp. 2 "cupim" e Ancistrus sp. "soberbo" que apresentaram dois blocos grandes de heterocromatina em um par de cromossomos, tanto nos machos quanto nas fêmeas. Um exemplar fêmea da espécie Ancistrus sp. 1 "cupim" também apresentou um bloco grande de heterocromatina em um dos homólogos do par 7, sendo esses resultados indicativos de provável relação entre esses blocos de heterocromatina e a diferenciação de cromossomos sexuais. Os resultados obtidos pela técnica de FISH utilizando sondas de DNAr 18S e 5S mostraram que o DNAr 18S está localizado na mesma região da NOR, o DNAr 5S ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico) / Abstract: The Loricariidae family is one of the most diversified of the Siluriformes order, with species distributed in seven subfamilies: Hypoptopomatinae, Loricariinae, Hypostominae, Neoplecostominae, Lithogeninae, Delturinae and Ancistrinae. The species of the genus Ancistrus Kner, 1854, belong to the subfamily Ancistrinae, have shown great karyotype variation, and interesting features of the cytogenetic point of view as the presence of sex chromosomes and chromosome polymorphisms. Thus the aim of this study was to characterize the chromosomes of four species of Ancistrus genus (Ancistrus sp. 1 "cupim", Ancistrus sp. 2 "cupim", Ancistrus sp. "mutuca" and Ancistrus sp. "soberbo") belonging to Paraguay basin using techniques of classical and molecular cytogenetics to better understand the karyotype evolution of these species. The species showed diploid number ranging from 2n = 42 to 2n = 54, NOR located in pericentomeric and terminal regions, and these regions size heteromorphism (NOR) in one of the homologous in the four species. The C-banding showed the presence of few heterochromatin with the exception of species Ancistrus sp. 2 "cupim" and Ancistrus sp. "soberbo" that had two large blocks of heterochromatin in a pair of chromosomes in both males and females. An exemplary female of the species Ancistrus sp. 1 "cupim" also presented a large block of heterochromatin in one of the pair of 7 homologous, and these results indicating probable relationship between these heterochromatin blocks and differentiation of sex chromosomes. The results obtained by FISH technique using probes 18S rDNA and 5S showed that the 18S rDNA is located in the same region of NOR, the 5S rDNA is distributed in four and five chromosome pairs and double FISH showed colocalization of these genes. However of Ancistrus species sp. 2 "cupim" and Ancistrus sp. ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Coorientador: Henner Simianer / Banca: Fábio Ricardo pablos de Souza / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Marcos Eli Buzanskas / Resumo: Análises de assinaturas de seleção são ferramentas úteis para identificação de padrões genômicos estabelecidos devido às interações humanas com animais domésticos. Em algumas situações, a estratificação dentro de uma raça permite a comparações genômicas entre subpopulações para elucidar assinaturas de seleção. O presente estudo teve o objetivo de analisar a estratificação existente em uma população experimental de bovinos da raça Nelore com três linhas de seleção e revelar assinaturas de seleção pertinentes à seleção direcional para aumento no peso ao sobreano. Para estes fins, foram utilizados animais genotipados com o painel de alta densidade de SNPs (Illumina® BovineHD beadchip - 777K), sendo 674 animais pertencentes à duas linhas mantidas sob seleção direcional para aumento do peso ao sobreano e 89 animais pertencentes a uma linha mantida sob seleção estabilizadora, baseada na mesma característica. A estratificação populacional foi avaliada pela análise de escalonamento multidimensional da matriz de distâncias genômicas e também pela análise da ancestralidade individual estimada a partir da matriz de marcadores. As assinaturas de seleção foram avaliadas com três métodos complementares, o índice de fixação de Wright (FST), a homozigose do haplótipo estendido entre populações (XP-EHH) e o escore de integração dos haplótipos (iHS). As diferentes abordagens utilizadas na avaliação da estrutura de populações apresentaram elevada consistência, revelando separação da população e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Analyses of selection signatures are valuable tools to identify genomic patterns formed by the interaction between humans and domestic animals. In some situations, the within-breed stratification enables genomic comparisons between groups of the same breed in order to study genetic mechanisms underlying given phenotypes under selection. The current study aimed to analyze the genomic stratification in an experimental population of Nellore cattle that keeps three selection lines, and highlight selection signatures pertinent to the practiced directional selection. To this end, was used a sample of animals genotyped with high density SNPs panel (Illumina® BovineHD beadchip - 777K), being 674 animals from two lines kept under directional selection for higher yearling body weight and 89 animals from one line kept under stabilizing selection based on the same trait. The population structure was assessed with multidimensional analysis based on the genomic distances matrix and with Admixture analyses based on genotype matrix. Selection signatures scans were based on three complementary methods the Wright's fixation index (FST), Cross Population Extended Haplotype Homozygosity (XP-EHH) and the integrated Haplotype score (iHS). The different approaches used in order to assess the population structure were largely consistent, revealing the population separation in three clusters equivalent to the three selection lines. The line under stabilizing selection was represented by an isolated c... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Coorientador: Susana González / Banca: Alexandre Reis Percequillo / Banca: Renata Alonso Miotto / Banca: Eduardo Andrade Botelho de Almeida / Banca: Jesus Aparecido Ferro / Resumo: Considerada a espécie de cervídeo brasileira mais ameaçada de extinção, Mazama bororo, foi recentemente descrita em 1996. Devido a isso, aspectos básicos de sua biologia ainda são desconhecidos. Dessa maneira, o presente trabalho teve como objetivo utilizar DNA extraído de espécimes recentes e de museus para descrever a sua distribuição histórica, investigar a existência de padrões filogeográficos, avaliar a taxonomia da espécie e os erros de identificação no material analisado pertencente aos acervos científicos de museus. Para tanto, foi realizada a extração de DNA de 200 amostras de ossos turbinais obtidos em museus de história natural e 78 destes espécimes foram identificados a partir de iniciadores do gene citocromo b (224bp). O total de 22 espécimes identificados como pertencentes à espécie Mazama bororo permitiu conhecer áreas inéditas da distribuição histórica e, possivelmente atuais, da espécie, como os estados de Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Goiás, Espírito Santo e Bahia. Além disso, a comparação entre o DNA dos holótipos de Mazama bororo e de Mazama americana jucunda indica que a espécie M. bororo corresponde à subespécie M. americana jucunda, descrita em 1913, demonstrando a necessidade de elevar essa subespécie à categoria de espécie. Análises filogeográficas da espécie demonstram que M. bororo não apresenta uma estruturação populacional histórica e que diversidade genética é baixa quando comparada a outras espécies, um indicativo de que políticas de manutenç... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Mazama bororo was recently described in 1996 and is considered the most threatened species of Brazilian deer. Due to this, basic aspects of its biology are still unknown. Thus, this research project aims to use DNA extracted from recent specimens and from natural history collections to review the taxonomy, to describe historical distribution and to investigate the existence of phylogeographic patterns on M. bororo. For this purpose, we extracted DNA from 200 samples of turbinate bones obtained from natural history collections and 78 of these were identified from cytochrome b initiator (224bp). We obtained a total of 22 specimens identified as M. bororo. This result allowed identify unpublished areas on historical and perhaps current distribution of M. bororo in states such as Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Goiás, Espírito Santo and Bahia. Moreover, the comparison among the DNA from holotype of M. bororo and Mazama americana jucunda indicates that M. bororo corresponds to the subspecies M. americana jucunda, described in 1913, highlighting the need to raise this subspecies to full species status. Our results also demonstrates that M. bororo did not show a genetic structuration of their populations and that their genetic diversity is lower than other species, highlighting the need to increase conservation and environment policy efforts to maintenance of this species. Finally, when we compare the morphological identification available on natural history collections with the identification obtained from molecular markers we found that the error rate resulting from the classification based on morphological characters was 26%. Nevertheless, we expect with the help of DNA from natural history collections will be possible to select non-convergent morphological characters for this group, allowing thus correct morphological identifications ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Banca: Elias Alberto Gutierrez Carnelossi / Banca: Estevam Guilherme Lux Hoppe / Resumo: A espécie Mazama americana (veado-mateiro) é conhecida como a maior espécie pertencente ao gênero Mazama, e também um dos cervídeos mais abundantes e amplamente distribuídos na floresta Neotropical. A espécie já passou por diferentes classificações taxonômicas ao longo do tempo devido a potencial existência de diversas espécies dentro do que hoje é conhecido como M. americana. É considerada um complexo de espécies crípticas, pois apresenta alta taxa de paralelismo morfológico entre indivíduos com uma variação cromossômica coerente em termos geográficos, sugerindo a existência de unidades evolutivamente distintas. Assim, o objetivo do trabalho foi propor um neótipo para M. americana a partir da caracterização morfológica, citogenética e molecular de um topótipo, no sentido de fazer uma descrição emendada da espécie a partir de uma visão integrativa, permitindo assim a comparação com outros padrões já descritos na literatura considerados M. americana. Para tanto, um indivíduo foi coletado na localidade tipo da espécie (Guiana Francesa), e caracterizado por técnicas de morfologia tradicional (medidas cranianas, coloração da pele, biometria corporal) e morfometria geométrica, assim como por análises citogenéticas (banda C, banda G, coloração Ag-NOR, coloração convencional de Giemsa) e moleculares (análises filogenéticas de genes mitocondriais e nucleares). Os resultados corroboram evidências da existência de um complexo de espécies dentro do que hoje se considera M. americana, já... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / The red brocket deer species, Mazama americana, is known as the largest species of the genus Mazama, and also one of the most abundant deer and widely distributed in Neotropical forests. This species has undergone different taxonomic classifications over time due to the potential existence of several species within what is currently known as M. americana, which is considered as a complex of cryptic species. Individuals included in this species show a high morphological convergence between them with a consistent chromosomal variation in geographical terms, suggesting the existence of different evolutionary units. The objective of this study, therefore, was to obtain the morphological, cytogenetic and molecular profile of a M. americana topotype to gain an exact description of the species and be able to compare them with other standards already described in the literature for M. americana. For this purpose, an individual was collected at the type locality of this species (French Guiana) and characterized by traditional morphological techniques (cranial measurements, skin color, body biometrics), geometric morphometry, cytogenetic analysis (Band C, Band G Ag-NOR staining, conventional Giemsa staining) as well as molecular analysis (phylogenetic analyzes of mitochondrial and nuclear genes). Among highlights of the results, cytogenetic analysis showed a pattern that does not fit into any of the Mazama americana variants until now known. Similarly, the molecular analysis revealed the existence of, at least, two different species within this taxon, being clear the morphological similarity in all variants, proving once again that the red brocket variants are impossible to differentiate only by morphological characters. All these results, therefore, corroborate the existence of several species within M. americana species, contributing largely to ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Lenira El Faro Zadra / Coorientador: Mário Luiz Santana Júnior / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Resumo: A realização do presente estudo teve como objetivo estimar as associações genéticas entre produção de leite acumulada até os 305 dias (P305), escore de células somáticas (ECS), habilidade de permanência aos 60 meses de idade (Stay60) e características lineares de úbere e pernas e pés. Foram utilizadas 14.864 avaliações de Stay60, 17.200 classificações lineares, 24.147 registros de P305 e 14.307 de ECS da primeira lactação de fêmeas que pariram entre 19 e 36 meses de idade. Foram realizadas três análises multicaracterísticas contendo as características P305, ECS, Stay60, além das características de classificação linear. Os componentes de (co)variância foram estimados por meio de abordagem Bayesiana, empregando o programa THRGIBBS2F90. Para todas as características foram considerados como efeitos aleatórios no modelo, o genético aditivo e o residual. Como efeitos fixos, o grupo de contemporâneas foi incluído para todas as características, a idade da vaca ao parto como covariável (efeito linear) para P305 e ECS, e idade da vaca na classificação (efeito linear) para as de tipo. Para a Stay60 não foi incluída a covariável idade. As estimativas de herdabilidade obtidas nas análises foram de 0,24±0,02, 0,08±0,02 e 0,09±0,03 para P305, ECS e Stay60, respectivamente. As herdabilidades para as características lineares de úbere variaram de 0,16 a 0,39, e as de pernas e pés, de 0,13 a 0,21. As correlações genéticas estimadas foram de 0,08±0,09 entre P305 e ECS, -0,25±0,12 entre P305 e St... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic associations between milk production truncated to 305 days (P305), somatic cell score (ECS), stayability at 60 months of age (Stay60) and type traits of udder and feet and legs.Were used 14,864 evaluations for Stay60, 17,200 type classifications, 24,147 records of P305 and 14,307 of ECS of first lactation belonging to Holstein females that calved between 19 and 36 months old. Three standard multi-trait analyses were carried out, containing P305, ECS, Stay60 and the type traits. The (co)variance components were estimated using Bayesian approach, using the THRGIBBS2F90 program. For all traits were considered as random effects the genetic additive and residual. As fixed effects, the contemporary group was included for all traits, the covariate age of cow at calving (linear effect) for P305 and ECS, and age of cow at classification (linear effect) for type traits. For Stay60 the covariate age of cow was not included in the model. Posterior means of heritability estimates were 0.24±0.02, 0.08±0.02 and 0.09±0.03 for P305, ECS and Stay60, respectively. The udder traits heritabilities ranged from 0.16 to 0.39, and feet and legs, from 0.13 to 0.21 The genetic correlations estimates were 0.08±0.09 between P305 and ECS, 0.25±0.12 between P305 and Stay60, and -0.11±0.20 between ECS and Stay60. The higher correlations magnitudes with the type traits were between P305 and rear udder width, and udder depth (0.34 and -0.40), and between ECS and udder depth and rear legs-rear view (- 0.39 and 0.39), and between Stay60 and fore teat placement and rear legs-side view (-0.33 and 0.47). The negative correlation between P305 and Stay60 suggests that cows with very high milk production tend to remain less time in the herd. The trait rear legs-side view presented a high correlated response in Stay60 ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre