O estudo acompanha a rotina de um ensaio clínico de vacinas experimentais anti-HIV/AIDS desenvolvido no Projeto Praça Onze, da UFRJ, em colaboração com a rede mundial de pesquisas de vacinas anti-HIV/AIDS, HVTN (HIV Vaccine Trials Network) e apoio financeiro dos NIH (National Institutes of Health), dos EUA. Focaliza os processos de recrutamento, seleção e seguimento dos voluntários, articulando os aspectos mais gerais às particularidades e demandas locais deste estudo realizado no Rio de Janeiro, Brasil. Do ponto de vista teórico-conceitual utiliza recursos oriundos das ciências sociais - história, sociologia da ciência e da corrente interacionista da sociologia. O estudo mostra que, como todo ensaio clínico, o experimento do Projeto Praça Onze é uma atividade coletiva, sustentada sobre múltiplos atores e instâncias, com diversas racionalidades, o que gera uma permanente tensão. Estuda a tensão que se coloca, principalmente entre a expectativa dos profissionais envolvidos (aconselhadores, recrutadores, médicos, enfermeiros, farmacêuticos, gerentes e coordenadores de estudos) e a experiência vivenciada pelos voluntários, assim como as possíveis negociações propostas durante o desenvolvimento do protocolo, a partir do contexto sociopolítico onde o mesmo está inserido. Os profissionais, apesar de suas especificidades, articulam-se para incorporar do universo dos colegas suas linguagens e seus modos de agir, num processo de hibridização dos conhecimentos e práticas. Os voluntários do ensaio, por sua vez, submetem-se, por um lado a uma rotina de disciplina e compromisso, que implica na entrega de seu corpo à medicina, implícita nesse papel. Por outro, apropriam-se da lógica do ensaio clínico para, em sua ótica, transformar-se em um coadjuvante no descobrimento de uma nova biotecnologia, que neste caso, se coloca como uma questão de vida ou morte, para ele e para uma ampla comunidade de infectados pelo HIV. Para o voluntário a entrega do corpo à ciência faz parte da construção de uma bioidentidade e de uma biopolítica contemporânea, onde não se pode desconsiderar a constante inter-relação entre ciência, sociedade, técnica e política. / Study follows routine of a clinical trial on experimental anti-HIV/AIDS vaccines performed at the Praça Onze Project of UFRJ (Rio de Janeiro Federal University), in collaboration with the HIV Vaccine Trials Network and supported by NIHs (National Institutes of Health) in the USA. It focuses on the process of recruting, selecting and doing the follow-up of trial volunteers and on the articulation of more general aspects to local demands and particularities of a study when carried out in Rio de Janeiro, Brazil. From the theoreticalconceptual standpoint, it uses resources originated from Social Sciences such as History and Sociology of Science, as well as from the interactionist current of Sociology. Study shows how, as in any clinical trial, the Praça Onze Project experiment is a collective activity sustained by multiple actors and diverse rationales which give rise to tension. The study focus mostly the tension between professionals (counselors, recruters, physicians, nurses, study managers and coordinators) expectation and the experiences undergone by volunteers, as the negotiations occurred during the protocol development phase. Professionals, in spite of their specificities, articulate themselves so as to incorporate the vocabulary and behavior found in the universe shared with their peers, this being a process of knowledge and practice hybridization. From the volunteers standpoint, on one side, there is a submission to the discipline and commitment routine such process requires, offering their bodies to Medical Science. On the other side, there is an appropriation of the logic behind a clinical trial, with a self-perception of becoming someone playing a supporting role in the discovery of a new form of biotechnology; in this case, a life and death issue for them and for a collective of HIV infected people. For the volunteers, giving their bodies to science is part of the construction of a contemporary bioidentity and biopolitic, where science, society, technology and politics are interrelated.

O estudo acompanha a rotina de um ensaio clínico de vacinas experimentais anti-HIV/AIDS desenvolvido no Projeto Praça Onze, da UFRJ, em colaboração com a rede mundial de pesquisas de vacinas anti-HIV/AIDS, HVTN (HIV Vaccine Trials Network) e apoio financeiro dos NIH (National Institutes of Health), dos EUA. Focaliza os processos de recrutamento, seleção e seguimento dos voluntários, articulando os aspectos mais gerais às particularidades e demandas locais deste estudo realizado no Rio de Janeiro, Brasil. Do ponto de vista teórico-conceitual utiliza recursos oriundos das ciências sociais - história, sociologia da ciência e da corrente interacionista da sociologia. O estudo mostra que, como todo ensaio clínico, o experimento do Projeto Praça Onze é uma atividade coletiva, sustentada sobre múltiplos atores e instâncias, com diversas racionalidades, o que gera uma permanente tensão. Estuda a tensão que se coloca, principalmente entre a expectativa dos profissionais envolvidos (aconselhadores, recrutadores, médicos, enfermeiros, farmacêuticos, gerentes e coordenadores de estudos) e a experiência vivenciada pelos voluntários, assim como as possíveis negociações propostas durante o desenvolvimento do protocolo, a partir do contexto sociopolítico onde o mesmo está inserido. Os profissionais, apesar de suas especificidades, articulam-se para incorporar do universo dos colegas suas linguagens e seus modos de agir, num processo de hibridização dos conhecimentos e práticas. Os voluntários do ensaio, por sua vez, submetem-se, por um lado a uma rotina de disciplina e compromisso, que implica na entrega de seu corpo à medicina, implícita nesse papel. Por outro, apropriam-se da lógica do ensaio clínico para, em sua ótica, transformar-se em um coadjuvante no descobrimento de uma nova biotecnologia, que neste caso, se coloca como uma questão de vida ou morte, para ele e para uma ampla comunidade de infectados pelo HIV. Para o voluntário a entrega do corpo à ciência faz parte da construção de uma bioidentidade e de uma biopolítica contemporânea, onde não se pode desconsiderar a constante inter-relação entre ciência, sociedade, técnica e política. / Study follows routine of a clinical trial on experimental anti-HIV/AIDS vaccines performed at the Praça Onze Project of UFRJ (Rio de Janeiro Federal University), in collaboration with the HIV Vaccine Trials Network and supported by NIHs (National Institutes of Health) in the USA. It focuses on the process of recruting, selecting and doing the follow-up of trial volunteers and on the articulation of more general aspects to local demands and particularities of a study when carried out in Rio de Janeiro, Brazil. From the theoreticalconceptual standpoint, it uses resources originated from Social Sciences such as History and Sociology of Science, as well as from the interactionist current of Sociology. Study shows how, as in any clinical trial, the Praça Onze Project experiment is a collective activity sustained by multiple actors and diverse rationales which give rise to tension. The study focus mostly the tension between professionals (counselors, recruters, physicians, nurses, study managers and coordinators) expectation and the experiences undergone by volunteers, as the negotiations occurred during the protocol development phase. Professionals, in spite of their specificities, articulate themselves so as to incorporate the vocabulary and behavior found in the universe shared with their peers, this being a process of knowledge and practice hybridization. From the volunteers standpoint, on one side, there is a submission to the discipline and commitment routine such process requires, offering their bodies to Medical Science. On the other side, there is an appropriation of the logic behind a clinical trial, with a self-perception of becoming someone playing a supporting role in the discovery of a new form of biotechnology; in this case, a life and death issue for them and for a collective of HIV infected people. For the volunteers, giving their bodies to science is part of the construction of a contemporary bioidentity and biopolitic, where science, society, technology and politics are interrelated.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-09-28 / A seleção de mutações de resistência aos medicamentos antirretrovirais pós-falha terapêutica representam um grande desafio para a tomada de decisão de novos esquemas de tratamento na pandemia global. A elevada variabilidade genética do HIV-1 e a seleção de mutações de resistência transmitida a pacientes infectados cronicamente, sem que tenham participado de qualquer esquema terapêutico, tem sido objeto de vários estudos no mundo. Os padrões de resistência são estudados principalmente em países da Europa e Estados Unidos, que apresentam prevalência majoritária do subtipo B. Contudo, estudos que direcionam a seleção de mutações transmitidas aos medicamentos antirretrovirais e em subtipos não-B, assim como em suas formas recombinantes, tem aumentado significativamente em várias regiões do mundo. No Brasil, esses estudos são realizados esporadicamente e em regiões distintas do país e, principalmente, em pacientes recém-infectados. A alta variabilidade genética do HIV-1 no nosso país é representada de forma diversificada, com a presença do subtipo B, seguida do F, e especificamente na região Sul a importante prevalência do subtipo C. O objetivo principal deste estudo está embasado nas características de mutações de resistência transmitida aos medicamentos antirretrovirais pelo HIV-1 no gene pol, frações da transcriptase reversa e protease, com análise do perfil mutacional por grupos populacionais de pacientes cronicamente infectados pelo HIV-1 e não tratados, porém com indicação de início imediato de tratamento. Foram avaliados os pacientes representados nas regiões demográficas do Brasil. A prevalência nacional, resultou em 12,1% de mutações de resistência transmitida aos antirretrovirais pelo HIV-1 (grau intermediário de 5 a 15%) e 70,8% de subtipo B; 15,5% C; 6,4% F; 4,0% BF e 3,0% BC na classificação dos subtipos do HIV-1. Além disso, foram classificadas as prevalências de mutações transmitidas, dos subtipos do HIV-1 e características sociodemográficas, laboratoriais e os dados comportamentais na população HIV positiva pré-terapia por cidade nas cinco regiões brasileiras. / The selection of resistance mutations to antiretroviral drugs after failure of antiretroviral therapy represents a major challenge for decision-making of new therapeutic regimens in the global pandemic. The high genetic variability of HIV- 1and the selection of resistance mutations trasmitted to patients chronically infected without having participated in the regimen has been the subject of several studies in the world. Resistance patterns are studied mainly in European countries and the United States, wich have majority prevalence of subtype B. However, studies that guide the selection of transmitted mutants to antiretroviral drugs and non-B subtypes, and in their recombinant forms, has increased significantly in the several regions of the world. In Brazil, these studies are conducted sporadically and in different regions of the country and specially in newly infected patients. The high genetic variability of HIV-1 is represented in our country so diverse, with the presence of subtype B, followed by F, and specifically in the South region, the prevalence of subtype C. In addition, coexist the prevalence of recombinant forms, where the principal is the subtype BF, followed by BC. The main objective of this study estimate the characteristics of transmitted resistance mutations to antiretroviral drugs in HIV-1 ol gene, fractions of reverse transcriptase and protease, with mutational analysis of the profile by a population patients chronically infected with HIV-1 and not treated, but with indication of immediate initiation of treatment. We evaluated the patients represented in the demographic regions of Brazil. The national prevalence resulted in 12.1% of transmitted resistance mutations to antiretroviral (intermediate grade 5% to 15%) and 70.8%, 15.5% C, 6.4% F, 4.0% BF and 3.0% BC in the classification of subtypes of HIV-1. In addition, the prevalence of transmitted mutations, the subtypes of HIV-1 and sociodemographic characteristics, laboratory parameters and behavior data in population HIV-1 positive pre-treatment were classified by the cities in five Brazilian regions. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

The HIV-1 pandemic affects millions of people worldwide with approximately 70% of those affected residing in sub-Saharan Africa (SSA) relying on traditional medicines for treatment. The key aim of the study was to isolate and characterise an active phyto-pharmaceutical ingredient (API) from L. trigonus for use as a vaginal microbicide. The aerial parts of L. trigonus were oven-dried at 80°C, ground and then extracted with boiling water for 30 minutes. Aqueous extracts were screened using an HIV-1 neutralization assay in TZM bl cells. Chromatographic and spectroscopic techniques were used to purify, isolate and identify the API. The API (BP36-117-26464C) was identified as a polymeric macromolecule with IC50 = 0.04 μg/ml against HIV-1 HXB 2 subtype B. This activity is comparable to the ARV drug, enfuvirtide (IC50 = 0.02 μg/ml). The API consists of galacturonic acid polymer and a mixture of seven compounds. Its mode of action may involve inhibiting virus attachment. The activity of this precipitate (BP36-117-26464C) tested against HIV-1 subtype C pseudovirions and shown to compare favorably with that of enfuvirtide (T20). The water-soluble nature of this API and its mode of action identified it as a potential microbicide. In the current form, the precipitate (API) would be difficult to develop as an oral treatment for HIV, as high-molecular weight agents often have poor bioavailability following oral administration. However, large molecules with potent anti-HIV activity are ideal for topical use and potent development as a microbicide. / Life & Consumer Sciences / M.Sc (Life Sciences)

Introdução - O aconselhamento é a estratégia escolhida pela Organização Mundial da Saúde para o combate à epidemia de aids por ser um método de ajuda, apoio e prevenção. Objetivo - Analisar as características das interações aconselhador-cliente no processo da revelação do diagnóstico positivo para HIV em dois Centros de Testagem e Aconselhamento em DST e Aids do Município de São Paulo, com base na versão dos clientes e tomando por referência suas repercussões sobre os procedimentos e resultados da atividade. Métodos - Como técnica de coleta para o levantamento de dados, foi utilizada a entrevista em momento posterior ao aconselhamento pós-teste. No total, foram realizadas 20 entrevistas, sendo 14 os sujeitos de pesquisa. Todos os entrevistados eram do sexo masculino. Os critérios escolhidos para inclusão no estudo foram: ter 18 anos ou mais; ter resultado positivo no teste anti-HIV; e ter participado do processo de revelação do diagnóstico de infecção pelo HIV nos serviços pesquisados. Para organizar os dados, a autora utilizou a técnica de análise de conteúdo por entrevista e por tema, construindo categorias analíticas segundo os objetivos do estudo. Os dados foram analisados e interpretados por meio da utilização de conceitos da teoria psicanalítica de D.W.Winnicott. Resultados - Com base nos relatos, considera-se que os profissionais seguem bem o protocolo do aconselhamento, atingindo seus objetivos de: a) lidar com os sentimentos provocados pelo diagnóstico positivo para o HIV; b) dar ao cliente a oportunidade de expressar seu sofrimento e angústia; c) sustentar as dificuldades de compartilhar a notícia com familiares e parceiros; e d) tirar dúvidas sobre prevenção de DST/HIV e sobre a terapia antiretroviral. Os contextos de aconselhamento investigados caracterizaram-se pelas interações de ajuda e suporte para a maioria dos entrevistados, funcionando como realidade compartilhada e dando sustentação para seus sentimentos e preocupações. Entretanto, alguns clientes sentiram falta de espaço para discussão e de mais tempo para abordarem questões pessoais, além daquelas relacionadas à sua nova condição de portadores do HIV. Conclusões - Na versão dos clientes, os aconselhadores os acolhem, informam e apóiam em suas necessidades. A análise revelou os processos psicológicos que operaram no momento do aconselhamento pós-teste entre o sujeito de pesquisa e o aconselhador. A escuta do cliente é a condição primordial para que o ambiente de compartilhamento se instale. O estudo fornece subsídios para melhorar a qualidade deste serviço prestado à população. / Introduction - Counseling is the strategy chosen by the World Health Organization against the aids epidemic since it is a method for help, support and prevention. Objective - To analyze the characteristics of counselor-subject interactions within the process of disclosing the positive diagnosis for HIV in two STD and Aids Counseling and Testing Centers in the city of São Paulo, according to the subjects’ version and based on their repercussions of the activity's procedures and results. Methods - The technique used to gather data was the interview, performed after the counseling moment when test result was communicated. In total, 20 interviews were carried with 14 research subjects. All interviewed were men. The criteria chosen to include a subject in the research were: greater than 18 years of age; positive for HIV; and having received the positive diagnosis for HIV at the researched CTC. In order to organize the data, the author used the technique of analysis of content by interview and by theme, elaborating analytical categories based on the study objectives. The data was interpreted using the concepts of the psychoanalytical theory of D. W. Winnicott. Results - Based on the subjects’ reports, it is considered that professionals follow the protocol for counseling, reaching its objectives, which are: a) dealing with feelings caused by the diagnosis; b) providing the opportunity to the subjects to express their suffering and anxiety; c) surpassing difficulties sharing the diagnosis with their family and partners; and d) clarifying questions about STD/HIV prevention and therapy. In the investigated counseling the interactions were characterized by the support and assistance for most of the subjects, acting as a shared reality and providing support to their feelings and concerns. However, some subjects felt the need for more time to discuss their feelings and personal issues, besides the ones related to their new HIV carrier condition. Conclusions - In the subjects’ version, the counselors welcome them, provide information and support for their needs. The study revealed the psychological processes occurred during the post-test counseling between the subject and the counselor. Listening to the subject is the primary condition to establish a sharing environment. The study provides data to improve the service currently available to the population.

p. 1-178 / Submitted by Santiago Fabio (fabio.ssantiago@hotmail.com) on 2013-05-06T18:09:24Z No. of bitstreams: 1 44444444444.pdf: 1267573 bytes, checksum: d19f36de8ef7dc34eafc3b727f404c33 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Creuza Silva(mariakreuza@yahoo.com.br) on 2013-05-13T13:48:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 44444444444.pdf: 1267573 bytes, checksum: d19f36de8ef7dc34eafc3b727f404c33 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-13T13:48:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 44444444444.pdf: 1267573 bytes, checksum: d19f36de8ef7dc34eafc3b727f404c33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Embora o trabalho de parto não seja o momento adequado para a realização do teste anti-HIV, o Ministério da Saúde considera indispensável disponibilizar o exame e tratamento quimoprofilático para mãe e bebê visando impedir a transmissão do HIV durante a gestação e parto. Assim, está preconizado que o teste rápido anti-HIV seja ofertado mediante aconselhamento em situações consideradas especiais, como em maternidades. Este trabalho teve por objetivo analisar a ação de aconselhamento em DST/AIDS para as parturientes e puérperas que são submetidas ao teste anti- HIV, na admissão para o parto, em Salvador-BA. Foi realizado um estudo qualitativo em uma maternidade com observação participante e entrevistas semi-estruturadas com 20 informantes, sendo 13 puérperas sem diagnóstico prévio para o HIV e 07 profissionais de saúde. Observou-se que a Unidade de saúde pesquisada não desenvolve ações específicas de aconselhamento para a oferta e comunicação do resultado do teste anti-HIV no trabalho de parto, limitando-se a solicitar o exame de forma compulsória e a informar o diagnóstico no pós-teste somente às usuárias, cujos resultados foram positivos para o HIV. A experiência das mulheres na passagem por maternidade de Salvador revela que não há diálogo entre profissional e paciente na triagem pelo teste anti-HIV na admissão para o parto. Muitas nem percebem que foram submetidas a esse tipo de testagem. A significação que permeia um diagnóstico positivo ou negativo para o HIV e o entendimento dos valores e sentidos dados por essas mulheres, principalmente quando se descobrem positivas para o HIV não são abordados pelos profissionais de saúde. Para estes, na dinâmica do hospital não há espaço para a escuta qualificada. Há dificuldade na capacitação desses profissionais para lidar com esse tipo de abordagem no seu cotidiano em que as atitudes e práticas hegemônicas pautada na biomedicina mecanicista e centrada na doença, muitas vezes, se contrapõem as experiências e necessidades dessas mulheres. / Salvador

The HIV-1 pandemic affects millions of people worldwide with approximately 70% of those affected residing in sub-Saharan Africa (SSA) relying on traditional medicines for treatment. The key aim of the study was to isolate and characterise an active phyto-pharmaceutical ingredient (API) from L. trigonus for use as a vaginal microbicide. The aerial parts of L. trigonus were oven-dried at 80°C, ground and then extracted with boiling water for 30 minutes. Aqueous extracts were screened using an HIV-1 neutralization assay in TZM bl cells. Chromatographic and spectroscopic techniques were used to purify, isolate and identify the API. The API (BP36-117-26464C) was identified as a polymeric macromolecule with IC50 = 0.04 μg/ml against HIV-1 HXB 2 subtype B. This activity is comparable to the ARV drug, enfuvirtide (IC50 = 0.02 μg/ml). The API consists of galacturonic acid polymer and a mixture of seven compounds. Its mode of action may involve inhibiting virus attachment. The activity of this precipitate (BP36-117-26464C) tested against HIV-1 subtype C pseudovirions and shown to compare favorably with that of enfuvirtide (T20). The water-soluble nature of this API and its mode of action identified it as a potential microbicide. In the current form, the precipitate (API) would be difficult to develop as an oral treatment for HIV, as high-molecular weight agents often have poor bioavailability following oral administration. However, large molecules with potent anti-HIV activity are ideal for topical use and potent development as a microbicide. / Life and Consumer Sciences / M.Sc (Life Sciences)

Introdução - O aconselhamento é a estratégia escolhida pela Organização Mundial da Saúde para o combate à epidemia de aids por ser um método de ajuda, apoio e prevenção. Objetivo - Analisar as características das interações aconselhador-cliente no processo da revelação do diagnóstico positivo para HIV em dois Centros de Testagem e Aconselhamento em DST e Aids do Município de São Paulo, com base na versão dos clientes e tomando por referência suas repercussões sobre os procedimentos e resultados da atividade. Métodos - Como técnica de coleta para o levantamento de dados, foi utilizada a entrevista em momento posterior ao aconselhamento pós-teste. No total, foram realizadas 20 entrevistas, sendo 14 os sujeitos de pesquisa. Todos os entrevistados eram do sexo masculino. Os critérios escolhidos para inclusão no estudo foram: ter 18 anos ou mais; ter resultado positivo no teste anti-HIV; e ter participado do processo de revelação do diagnóstico de infecção pelo HIV nos serviços pesquisados. Para organizar os dados, a autora utilizou a técnica de análise de conteúdo por entrevista e por tema, construindo categorias analíticas segundo os objetivos do estudo. Os dados foram analisados e interpretados por meio da utilização de conceitos da teoria psicanalítica de D.W.Winnicott. Resultados - Com base nos relatos, considera-se que os profissionais seguem bem o protocolo do aconselhamento, atingindo seus objetivos de: a) lidar com os sentimentos provocados pelo diagnóstico positivo para o HIV; b) dar ao cliente a oportunidade de expressar seu sofrimento e angústia; c) sustentar as dificuldades de compartilhar a notícia com familiares e parceiros; e d) tirar dúvidas sobre prevenção de DST/HIV e sobre a terapia antiretroviral. Os contextos de aconselhamento investigados caracterizaram-se pelas interações de ajuda e suporte para a maioria dos entrevistados, funcionando como realidade compartilhada e dando sustentação para seus sentimentos e preocupações. Entretanto, alguns clientes sentiram falta de espaço para discussão e de mais tempo para abordarem questões pessoais, além daquelas relacionadas à sua nova condição de portadores do HIV. Conclusões - Na versão dos clientes, os aconselhadores os acolhem, informam e apóiam em suas necessidades. A análise revelou os processos psicológicos que operaram no momento do aconselhamento pós-teste entre o sujeito de pesquisa e o aconselhador. A escuta do cliente é a condição primordial para que o ambiente de compartilhamento se instale. O estudo fornece subsídios para melhorar a qualidade deste serviço prestado à população. / Introduction - Counseling is the strategy chosen by the World Health Organization against the aids epidemic since it is a method for help, support and prevention. Objective - To analyze the characteristics of counselor-subject interactions within the process of disclosing the positive diagnosis for HIV in two STD and Aids Counseling and Testing Centers in the city of São Paulo, according to the subjects’ version and based on their repercussions of the activity's procedures and results. Methods - The technique used to gather data was the interview, performed after the counseling moment when test result was communicated. In total, 20 interviews were carried with 14 research subjects. All interviewed were men. The criteria chosen to include a subject in the research were: greater than 18 years of age; positive for HIV; and having received the positive diagnosis for HIV at the researched CTC. In order to organize the data, the author used the technique of analysis of content by interview and by theme, elaborating analytical categories based on the study objectives. The data was interpreted using the concepts of the psychoanalytical theory of D. W. Winnicott. Results - Based on the subjects’ reports, it is considered that professionals follow the protocol for counseling, reaching its objectives, which are: a) dealing with feelings caused by the diagnosis; b) providing the opportunity to the subjects to express their suffering and anxiety; c) surpassing difficulties sharing the diagnosis with their family and partners; and d) clarifying questions about STD/HIV prevention and therapy. In the investigated counseling the interactions were characterized by the support and assistance for most of the subjects, acting as a shared reality and providing support to their feelings and concerns. However, some subjects felt the need for more time to discuss their feelings and personal issues, besides the ones related to their new HIV carrier condition. Conclusions - In the subjects’ version, the counselors welcome them, provide information and support for their needs. The study revealed the psychological processes occurred during the post-test counseling between the subject and the counselor. Listening to the subject is the primary condition to establish a sharing environment. The study provides data to improve the service currently available to the population.

Magister Scientiae (Medical Bioscience) - MSc(MBS) / Background: Despite the effort of scientific research on HIV therapies and to reduce the rate of HIV infection, AIDS remains one of the major causes of death in the world and mostly in sub-Saharan Africa. To date, neither a cure nor an HIV vaccine had been found and the disease can only be managed by using High Active Antiretroviral Therapy (HAART) if detected early. The need for an effective early diagnostic and non-toxic treatment has brought about the necessity for the discovery of additional HIV diagnostic methods and treatment regimens to lower mortality rates. Antimicrobial Peptides (AMPs) are components of the first line of defense of prokaryotes and eukaryotes and have been proven to be promising therapeutic agents against HIV. Methods: With the utility of computational biology, this work proposes the use of profile search methods combined with structural modeling to identify putative AMPs with diagnostic and anti-HIV activity. Firstly, experimentally validated anti-HIV AMPs were retrieved from various publicly available AMP databases, APD, CAMP, Bactibase and UniProtKB and classified according to super-families. Hidden Markov Model (HMMER) and Gap Local Alignment of Motifs (GLAM2) profiles were built for each super-family of anti- HIV AMPs. Putative anti-HIV AMPs were identified after scanning genome sequence databases using the trained models, retrieved AMPs, and ranked based on their E-values. The 3-D structures of the 10 peptides that were ranked highest were predicted using 1-TASSER. These peptides were docked against various HIV proteins using PatchDock and putative AMPs showing the highest affinity and having the correct orientation to the HIV -1 proteins gp120 and p24 were selected for future work to establish their function in HIV therapy and diagnosis. Results: The results of the in silica analysis showed that the constructed models using the HMMER algorithm had better performances compare to that of the models built by the GLAM2 algorithm. Furthermore, the former tool has a better statistical and probability explanation compared to the latter tool. Thus only the HMMER scanning results were considered for further study. Out of 1059 species scanned by the HMMER models, 30 putative anti-HIV AMPs were identified from genome scans with the family-specific profile models after the elimination of duplicate peptides. Docking analysis of putative AMPs against HIV proteins showed that from the 10 best performing anti-HIV AMPs with the highest E-scores, molecules 1,3, 8, and 10 firmly bind the gp120 binding pocket at the VIN2 domain and the point of interaction between gp120 and T cells, with the 1st and 3rd highest scoring anti-HIV AMPs having the highest binding affinities. However, all 10 putative anti-HIV AMPs bind to the N-terminal domain of p24 with large surface interaction, rather than the C-terminal. Conclusion: The in silica approach has made it possible to construct computational models having high performances, and which enabled the identification of putative anti-HIV peptides from genome sequence scans. The in silica validation of these putative peptides through docking studies has shown that some of these AMPs may be involved in HIV/AIDS therapeutics and diagnostics. The molecular validation of these findings will be the way forward for the development of an early diagnostic tool and as a consequence initiate early treatment. This will prevent the invasion of the immune system by blocking the VIN2 domain and thus designing of a successful vaccine with broad neutralizing activity against this domain.

PhD (Microbiology) / Department of Microbiology / See the attached abstract below