En développant des outils pour étudier les chaînes de Markov réversibles ainsi qu’une classification des arbres par leur constante de branchement, on pourra traiter du problème du retour à l’origine d’une marche aléatoire sur un arbre. Ces mêmes outils nous permettront d’étudier la percolation sur les arbres. En particulier, il sera possible de relier explicitement la constante de branchement d’un arbre à la valeur critique pour la marche aléatoire biaisée et à la valeur critique de percolation. Par la suite, on détaille comment en arriver à des bornes intéressantes pour deux valeurs critiques du processus de contact sur l’arbre homogène, un résultat de Pemantle. On généralise aussi un résultat de Schinazi qui nous permet de trouver une borne inférieure pour la valeur critique de survie du processus de contact sur le recouvrement universel d’un graphe fini.

De nombreuses applications de classification binaire, telles que la prédiction de fraude et la prédiction de rétention, impliquent des ensembles de données déséquilibrées. Bien que les méthodes d'ensemble soient les mieux adaptées à ces contraintes, les règles de décision produites sont difficiles à interpréter en tant que groupe en raison de leur nombre et de leurs redondances sous-jacentes. Il est donc intéressant de simplifier les méthodes d'ensemble apprises en un petit ensemble équivalent de conditions sans sacrifier la performance à la simplicité. En interprétant simplement un arbre de décision comme un empilement de fonctions indicatrices binaires et un modèle linéaire, nous proposons une méthode qui apprend le sous-ensemble efficace d'indicateurs qui relie les données à un espace de représentation de faible dimension où elles deviennent linéairement séparables. Ces fonctions binaires permettent à un large éventail d'algorithmes d'apprentissage automatique simples d'être efficaces et sont également plus faciles à analyser, à étudier ou à valider par les experts du domaine que les branches initiales de l'arbre dans l'ensemble appris. / Many binary classification applications, such as churn prediction and fraud detection, involve unbalanced large datasets. While ensemble trees are the most suited algorithms given these constraints, the decision rules produced are hard to interpret as a group due to their number and their underlying redundancies. It is then of interest to simplify the learned ensemble trees into a small equivalent set of conditions without trading performance for simplicity. By simply interpreting a decision tree as a stack of binary indicator functions and a linear model, we propose a method that learns the effective subset of indicators that map the data to a low dimension feature space where it becomes linearly separable. These binary functions enable a wide range of simple machine learning algorithms to be efficient and are also easier to analyze, investigate or validate by domain experts than the initial tree branches in the learned ensemble.

Pour une bonne modélisation mathématique de l'occurrence de phénomènes aléatoires, part fondamentale de la discipline actuarielle, il est nécessaire d'employer des distributions multivariées permettant de capturer adéquatement les relations de dépendance présentes entre les phénomènes. Celles qu'offrent les champs aléatoires markoviens, une famille de modèle probabilistes graphiques, répondent à ce besoin, les relations de dépendance qu'elles introduisent se calquant à un arbre ou à un graphe. Les champs aléatoires markoviens misent ainsi sur les riches possibilités de topologies d'arbres et de graphes pour offrir cette même richesse en termes de dépendance. Une nouvelle famille de champs aléatoires markoviens arborescents, c'est-à-dire se basant sur des arbres, est proposée. Les membres de cette famille se distinguent par le fait qu'ils ont des distributions marginales fixes de Poisson, « fixes » dans le sens que la dépendance introduite n'a pas d'impact sur elles. Des distribution marginales fixes sont inhabituelles pour un champ aléatoire markovien, bien que généralement désirables pour fins de modélisation. Cette caractéristique est possible par l'encapsulation, dans les arêtes de l'arbre, de la dynamique de propagation induite par l'opérateur d'amincissement binomial. Cela mène également à une représentation stochastique intuitive des champs aléatoires markoviens de la famille, à des méthodes simples de simulation et à des expressions analytiques pour leur fonction de masses de probabilités conjointe et leur fonction génératrice de probabilités conjointe, notamment. Quantités importantes dans un contexte actuariel, la somme des composantes du champ aléatoire markovien, interprétable comme le nombre total d'événement s'étant produits, et les contributions individuelles de ces composantes sont étudiées en profondeur. Cette analyse passe notamment par l'établissement d'ordres stochastiques. À cet effet, un nouvel ensemble partiellement ordonné est défini pour comparer des arbres aux topologies différentes selon la distribution qu'ils induisent pour la somme, ce qui est, à notre connaissance, novateur dans le contexte de modèles pobabilistes graphiques. Est offerte une comparaison de cet ensemble partiellement ordonné avec quelques autres en lien avec la théorie spectrale des graphes. / For adequate mathematical modeling of random phenomena's occurrences, it is necessary to employ multivariate distributions that appropriately capture the existing dependence relations between those phenomena. The multivariate distributions granted by Markov random fields, a family of probabilistic graphical models, answer to this need, by encrypting the dependence scheme they introduce on a tree or a graph. Markov random fields thus leverage on the rich possibilities of tree shapes and graph shapes to provide these possibilities in terms of dependence schemes. We propose a new family of tree-based Markov random fields, characterized by their Poisson marginal distributions. The marginal distributions are also fixed, meaning they are not affected by the introduced dependence. This fixedness is uncommon for Markov random fields, while being desirable for modeling purposes. It is obtained from the encapsulation, in the edges of the tree, of the propagation dynamic induced by the binomial thinning operator. This leads to an intuitive stochastic representation of Markov random fields from the proposed family, simple methods of simulation, and analytic expressions for their joint probability mass function and their joint probability generating function, notably. Important quantities in an actuarial context are the sum of the components of the Markov random field, interpreted as the total number of occurring phenomena, and the individual contributions of these components. They are thoroughly studied, notably via the use of stochastic order relations. We incidently design a new partially ordered set (poset) of trees, in order to compare trees of different shapes based on the distribution of the sum they respectively convey. To our knowledge, this approach is innovative in the context of probabilistic graphical models. We provide comparisons of the newly defined poset with some other posets of trees fetched from spectral graph theory.

Dans les pays en voie de développement, les agriculteurs sont très dépendants des arbres pour offrir une grande diversité de produits tels que des outils, de la nourriture, des médicaments, du bois de chauffage et de construction. Les arbres offrent ainsi un grand potentiel socioéconomique et environnemental pour les paysans. Par contre, malgré leurs usages multiples, les arbres fruitiers semblent être une des cultures ayant le moins d'incidence dans le revenu familial depuis la crise du café des années 1980, dans les Hauts-Plateaux de l'Ouest du Cameroun. Nous nous sommes demandé quelles étaient les principales contraintes et opportunités des paysans pour l'intégration et l'entretien des arbres fruitiers dans leurs systèmes de culture afin de connaître les aspects à favoriser pour augmenter le revenu des paysans à l'aide des arbres fruitiers en systèmes agroforestiers. Pour ce faire, nous avons entrepris une méthodologie participative. Un premier groupe de discussion avec les délégués d'arrondissement, des chefs de poste et quelques paysans clés nous a permis d'identifier les dix villages où la recherche a eu lieu afin d'obtenir une vision globale de l'état des arbres fruitiers dans le département de la Menoua. Dans chaque village, un groupe de discussion ainsi que des enquêtes auprès des agriculteurs étaient planifiés, pour connaître les caractéristiques de l'exploitation agricole et du ménage. Les résultats nous permettent de décrire les caractéristiques des systèmes agrisylvicoles dans la Menoua, les produits et services fournis par les arbres et leurs apports socioéconomiques. Les arbres fruitiers les plus importants économiquement parlant dans la Menoua sont l'avocatier, le colatier et le safoutier. Les arbres fruitiers sont utiles aux paysans, comme nourriture dans les champs ainsi que dans la pharmacopée traditionnelle et ils peuvent combler jusqu'à 20% du revenu des ménages de la Menoua. Les fruitiers pourraient donc être une option favorable à la diversification des revenus des paysans pour le développement socio-économique de la région de l'Ouest du Cameroun.

Le développement temporel de la plupart des peuplements forestiers est caractérisé par une période de croissance rapide jusqu’à la fermeture de la canopée, laquelle est généralement suivie d’une baisse de croissance dont les mécanismes sous-jacents restent encore mal expliqués. L’objectif général de cette thèse était ainsi d’explorer certains mécanismes qui pouvaient partiellement expliquer ce déclin en croissance des forêts lié à l’âge dans la zone boréale du nord-est du Canada. Le premier chapitre visait à tester l’hypothèse que la proportion des ressources allouées aux racines augmente avec le temps en réaction à une diminution de la disponibilité des nutriments du sol causée par une accumulation de matière organique, diminuant ainsi la croissance aérienne des arbres. Les résultats basés sur des mesures de respiration du sol et de croissance annuelle des arbres supportaient partiellement l’hypothèse, suggérant que d’autres mécanismes étaient impliqués dans le déclin en croissance des vieilles forêts. Le second chapitre a permis d’améliorer la compréhension de la dynamique temporelle de croissance des arbres selon leur classe sociale et de son effet sur la croissance globale du peuplement. Des composantes fonctionnelles du taux de croissance relatif des arbres et la dominance de croissance des peuplements (une mesure de la contribution relative des arbres selon leur taille à la croissance globale du peuplement) ont été quantifiées le long des stades de développement des peuplements. Les résultats ont montré que d’une manière générale, le déclin de la dominance de croissance observé avec le temps était principalement causé par une diminution de l’acquisition et d’utilisation des ressources des arbres dominants plutôt que par une augmentation des conditions de croissance des arbres non-dominants. Le dernier chapitre a permis d’affiner ce résultat en testant l’hypothèse de limitation hydraulique qui stipule qu’une augmentation des contraintes hydrauliques liée à la taille des arbres explique leur diminution en croissance. Des mesures de flux de sève dans les troncs et de composition en isotopes de carbone et d’oxygène dans les aiguilles de l’année courante ont mis en évidence une augmentation des contraintes hydrauliques chez les arbres dominants au cours du temps, expliquant ainsi en partie leur baisse de croissance et celle des peuplements liés à l’âge. Ces trois chapitres ont ainsi permis d’identifier certains mécanismes impliqués dans les changements temporels de croissance de la forêt boréale du nord-est du Canada, information capitale pour une gestion durable des forêts. / The development over time of most forests is characterised by an early fast growing period until canopy closure, which is generally followed by a decreasing growth rate whose underlying mechanisms remain unclear. The general objective of this thesis was thus to explore some mechanisms that could partially explain the observed age-related productivity decline of northeastern boreal Canadian forest stands. The first chapter aimed to test the hypothesis that the proportion of resources that are allocated to roots increases with stand age as a response to a decrease in nutrient availability related to the long-term accumulation of organic matter, thus decreasing stem growth. Results based on soil respiration and annual tree growth measurements partly supported the hypothesis, suggesting that other mechanisms were involved in the growth decline of old-growth forest stands. The second chapter improved our understanding of the temporal tree growth dynamics based on their social class and its effect on total stand growth. Some functional components of the relative growth rate of trees and stand growth dominance (a measure of the relative contribution of different sized trees to total stand growth) were quantified along development stages. Results showed that overall, the observed decrease in stand growth dominance with increasing age was explained mainly by declining resource acquisition and utilization in dominant trees rather than through improved growth conditions of non-dominant trees. The last chapter refined these results by testing the hydraulic limitation hypothesis, which states that an increase of hydraulic constrains in tall trees is related to their decreasing growth with time. Tree-level sap flow and foliar C and O isotope abundance measurements highlighted an increasing hydraulic constrains in dominant trees over time, thus partly explaining their declining growth and the aged-related stand growth decline. These three chapters allowed us to identify some of the mechanisms involved in the temporal growth changes of the northeastern boreal forest, a crucial information for a sustainable forest management.

Dans la présente thèse nous étudions l'extraction d'arbres dans des graphes arêtes-coloriés.Nous nous concentrons sur la recherche d'arbres couvrants proprement arête-coloriés et faiblement arête-coloriés, notée PST et WST. Nous montrons que les versions d'optimisation de ces problèmes sont NP-Complete dans le cas général des graphes arêtes-coloriés, et nous proposons des algorithmes pour trouver ces arbres dans le cas des graphes arêtes-coloriés sans cycles proprement arêtes-coloriés.Nous donnons également quelques limites de nonapproximabilité. Nous proposons des conditions suffisantes pour l'existence de la PST dans des graphes arêtes-coloriés (pas forcément propre), en fonction de différents paramètres de graphes, tels que : nombre total de couleurs, la connectivité et le nombre d'arêtes incidentes dedifférentes couleurs pour un sommet. Nous nous intéressons aux chemins hamiltoniens proprement arêtes-coloriés dans le casdes multigraphes arêtes-coloriés. Ils présentent de l'intérêt pour notre étude, car ce sontégalement des arbres couvrants proprement arêtes-coloriés. Nous établissons des conditions suffisantes pour qu'un multigraphe contienne un chemin hamiltonien proprement arêtes-coloriés, en fonction de plusieurs paramètres tels que le nombre d'arêtes, le degré d'arêtes, etc. Puisque l'une des conditions suffisantes pour l'existence des arbres couvrants proprement arêtes-coloriés est la connectivité, nous prouvons plusieurs bornes supérieures pour le plus petit nombre de couleurs nécessaires pour la k-connectivité-propre. Nous énonçons plusieurs conjectures pour les graphes généraux et bipartis, et on arrive à les prouver pour k = 1.

L'entrée à l'école correspond parfois à l'entrée dans l'échec scolaire. Les études sur le développement de l'enfant nous apportent différents éclairages sur un processus complexe. Développements moteur, cognitif et affectif concourent ensemble à la croissance de l'enfant. Les modes d'apprentissage sont multiples. Parfois les difficultés rencontrées se pérennisent et se transforment en échec. Les aides proposées sont généralement conçues par rapport aux problèmes rencontrés. Nous proposons une approche différente prenant en compte l'enfant dans sa globalité. Nous postulons qu'il est doté de ressources. Il peut les mettre en œuvre à partir de son expérience vécue. Le dispositif avec l’Épreuve des Trois Arbres (ETA) et le Cahier de l'Arbre (CA) opérationnalise cette approche. Nous faisons l'hypothèse que l'enfant soumis à ce dispositif construit un nouveau rapport aux apprentissages et progresse. L'étude porte d'une part sur l'analyse quantitative des scores obtenus par vingt quatre enfants de CE2 à une épreuve scolaire et au WISC IV avant et après l'utilisation du dispositif. Les résultats sont comparés à ceux de groupes contrôle. D'autre part l'analyse qualitative porte sur les protocoles de l'ETA et les CA des trente enfants suivis. Elle permet d'observer le cheminement de leur pensée. Cette recherche montre qu'une approche globale centrée sur l'enfant afin de favoriser son expression à l'aide du support analogique de l'arbre lui permet de progresser et de modifier son rapport aux apprentissages. Il est amené à transformer ses représentations de lui-même et du monde, à n'être plus en échec mais en marche vers un avenir choisi. / Starting school sometimes means the beginning of academic failure. Studies on child development highlight different factors in a complicated process. Motor, cognitive and emotional developments compete during the development of a child. There are many learning methods. Sometimes difficulties encountered perpetuate andbecome failure. The help offered is generally devised in relation with the problem. We suggest an alternative approach which takes into account the child as a whole. We assume that he has many resources. He can apply them based on his life experience. The Epreuve des Trois Arbres (ETA) and the Cahier de l’Arbre (CA) method operationalize this approach. We make the hypothesis that the child subject to this method will create a newrelationship with learning and progress. The study is based in part on the quantitative analysis of results achieved by twenty four children in CE2 (8-9 years) in a school test and at WISC IV before and after the use ofthe method. The results are compared with those of the control groups. Furthermore, the qualitative analysis is based on the protocols of the ETA and the CA of the thirty children monitored. It allows us to observe their thought process. This research shows that a global approach centred on the child in order to stimulate hisexpression with the tree analogical support allows him to progress and to modify his relationship to learning. The child is invited to transform his self representations and those of the world, to no longer be a failure but to be awalker towards a chosen future.

Doctorat en philosophie et lettres / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Doctorat en philosophie et lettres / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les essences Julbernardia bifoliolata (Cesalpiniaceae), Desbordesia glaucescens (Irvingiaceae) et Scyphocephalium ochocoa (Myristicaceae) de diamètres exploitables sont abondantes dans les peuplements résiduels et abandonnés à cause de la présence de caries. L’étude des champignons de carie du bois est utile compte tenu de leurs rôles dans la dégradation des composés des parois des cellules vivantes du bois et de la matière organique. L’objectif de cette thèse était d’utiliser les techniques moléculaires pour identifier et étudier les champignons associés aux caries des arbres vivants et du bois mort chez ces trois essences forestières. L’identification des champignons polypores associés à la carie des arbres, aux coursons de bois (bois mort), l’évaluation de leurs capacités à dégrader le bois, ainsi que la comparaison de la diversité fongique endophytique des arbres cariés ont été réalisées dans les concessions forestières appartenant à trois sociétés forestières dans la province de l’Ogooué-Lolo au Gabon. Le nombre de polypores responsables des caries n’était pas exhaustif. Les séquences d’ADN correspondant aux espèces de champignons polypores appartenant aux ordres des Hymenochaetales et Polyporales ont été associées aux polypores responsables de la carie des arbres sur pied. Ceux identifiés à l’espèce étaient représentés par Amauroderma subresinosum, Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete murina, Phellinus noxius, Rigidoporus ulmarius et Tinctoporellus epimiltinus. Les espèces Perenniporia sp. et Inonotus sp., ont été identifiées au niveau du genre. Ces champignons ont été pour la plupart déjà identifiés au Gabon, mais sont nouvellement identifiés chez les essences de notre étude. Les espèces Hymenochaete murina et une nouvelle espèce d’Inonotus sp., font l’objet d’une première mention au Gabon. Par contre, vingt-huit (28) OTUs ont été obtenues sur le bois mort en utilisant les amorces spécifiques aux Basidiomycètes (ITS1F – ITS4B) à partir des basidiomes. Les polypores obtenus sur les coursons de bois étaient répartis au sein de treize (13) familles, appartenant aux ordres des Corticiales, Hymenochaetales, Polyporales, Russulales et Trechisporales. Quatorze sont de nouvelles espèces rapportées et les genres sont connus pour 9 d’entre elles. Parmi les 28 espèces, seules 4 sont connues au Gabon. La diversité en champignons sur les coursons de bois était plus élevée sur les essences de Béli suivi du Sorro et sur les coursons du site de la SEEF suivi de SBL. Les polypores A. subresinosum et F. gilva étaient communs aux arbres debout et aux coursons de bois des trois essences. Le champignon de carie brune P. noxius suivi de A. subresinosum champignon de carie blanche (tous deux de croissance mycélienne rapide) étaient les plus aptes à dégrader le bois tandis que le Sorro (S. ochocoa) était plus résistant face aux champignons lignivores. Les données obtenues avec l’utilisation des carottes de bois couplées à l’utilisation d’amorces universelles pour les champignons (ITS1F–ITS4) lors de l’amplification en chaine par polymérase (PCR), ont montré l’existence d’une diversité relativement élevée en champignons endophytes dans l’aubier sain des arbres cariés et correspondants à 62 Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTUs). Les genres Penicillium et Pestalotiopsis étaient les plus abondants et communs aux trois essences. Le Sorro contenait la plus grande diversité en champignons endophytes, tandis que le site de CEB avait la plus grande diversité. Nos recherches ont montré les différentes communautés fongiques associées aux caries des arbres et du bois mort de ces essences forestières dans les forêts du Sud-est du Gabon ainsi que la capacité des champignons lignivores à dégrader le bois. / The tree species Julbernardia bifoliolata (Cesalpiniaceae), Desbordesia glaucescens (Irvingiaceae) and Scyphocephalium ochocoa (Myristicaceae) with logging diameters are abundant in residual and abandoned stands because of presence of wood rot. The study of wood decay fungi is useful because of their roles in living wood cells and organic matter decomposition. The aim of this thesis was to use molecular techniques to identify and study fungi associated with decay of living trees and dead wood in these three forest species. Identification of polypore fungi associated with tree decay, logs, assessment of wood degradation capacities, and comparison of endophytic fungal diversity were carried out in forest concessions belonging to three forestry companies of Ogooué-Lolo province in Gabon. Polypores fungi responsible of wood decay were not exhaustive. DNA sequences corresponding to polypore fungal species belonging to Hymenochaetales and Polyporales orders were associated to polypores responsible for decay of trees. Those identified at species level were represented by Amauroderma subresinosum, Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete murina, Phellinus noxius, Rigidoporus ulmarius and Tinctoporellus epimiltinus. Perenniporia sp. and Inonotus sp. have been identified at the genus level. Most of these fungi have already been identified in Gabon but are newly identified in the tree species of our study. The species Hymenochaete murina and a new species of Inonotus sp. are first mentioned in Gabon. On the other hand, twenty-eight (28) OTUs were obtained from dead wood using primers specific to Basidiomycetes (ITS1F - ITS4B) from basidiocarps. The polypores obtained from logs were distributed within thirteen (13) families, belonging to the orders of Corticiales, Hymenochaetales, Polyporales, Russulales and Trechisporales. Fourteen are new species reported and 9 of them are known at the genus level. Among the 28 species, only 4 are known in Gabon. The diversity of fungi on logs was higher on Béli species followed by Sorro and on logs from the SEEF site followed by SBL. The polypores A. subresinosum and Fuscoporia gilvawere common in standing trees and tree species logs. The brown rot fungus Phellinus noxius followed by the white rot fungus Amauroderma subresinosum (both of rapid mycelial growth) were the most agressive to degrade wood while Sorro (S. ochocoa) was more resistant to wood decay fungi. Data obtained from wood cores coupled with the use of fungal universal primers (ITS1F-ITS4) during polymerase chain reaction (PCR) showed a relatively high diversity in endophytic fungi in the healthy sapwood of decayed trees and matched to 62 Operational Taxonomic Units (OTUs). The genera Penicillium and Pestalotiopsis were the most abundant and common to the three species. Sorro exhibited the greatest diversity in endophytic fungi, while the CEB site had the greatest diversity. Research has shown the different fungal communities associated with tree and wood decay of these species in the forests of south-eastern Gabon as well as the ability of wood decay fungi to degrade the wood.