Cette thèse traite de l'apprentissage supervisé de transformations d'arbres XML. Le langage XML permet de décrire des données sous forme d'arbres dont la structure est définie par un schéma. Il est par conséquent devenu le standard en termes d'échanges de données, que ce soit sur le Web ou entre plusieurs applications. Toutefois, les documents XML peuvent avoir des structures très variables. La grande variété de ces structures nécessite alors d'être capable de transformer de tels arbres. Nous proposons d'effectuer de telles transformations d'arbres XML en annotant les arbres d'entrée, c'est-à-dire en associant un label à chacun de ses noeuds, la sémantique associée aux labels permettant de transformer l'arbre.<br />Afin d'apprendre à effectuer ces transformations, nous adaptons donc dans un premier temps au cas des arbres XML le modèle des champs aléatoires conditionnels ou Conditional Random Fields (CRF). Les CRFs sont un modèle graphique non dirigé conditionnel pour l'annotation : ils modélisent la probabilité conditionnelle d'une annotation sachant une observation. Ils ont, jusqu'à présent, été essentiellement utilisés dans le cadre de tâches d'annotation de séquences, à la fois dans le domaine de l'extraction d'informations ou en traitement automatiques des langues naturelles. Notre adaptation des CRFs au cas de l'annotation d'arbres XML porte à la fois sur le modèle de dépendances et sur les algorithmes d'inférence exacte (recherche de la meilleure annotation) et d'apprentissage.<br />De plus, nous proposons deux méthodes d'amélioration de la complexité de ces algorithmes afin de permettre l'utilisation des champs aléatoires conditionnels dans le cadre d'applications à grande échelle. Ces méthodes s'appuient toutes deux sur l'utilisation des connaissances du domaine. La première consiste en l'intégration de contraintes sur l'annotation. Celles-ci viennent restreindre l'espace des annotations possibles d'un arbre en interdisant des configurations de labels. La seconde technique d'amélioration de la complexité que nous proposons consiste en l'approximation d'un CRF par la composition de plusieurs CRFs de complexité moindre, définis sur des sous-parties de l'alphabet des labels.<br />Ces travaux ont été validés par diverses expériences sur des données artificielles et réelles, montrant ainsi non seulement la qualité des transformations effectuées à l'aide de nos méthodes, mais aussi leur intérêt dans des tâches réelles. Ces bons résultats nous ont conduit à réaliser une application de génération automatique de flux RSS à partir de pages Web. Celle-ci permet à son utilisateur d'apprendre un générateur de flux RSS en annotant une ou plusieurs pages d'un site Web. Ce générateur consiste en un CRF qui annote les pages Web de ce site de façon à transformer l'arbre XHTML en un arbre XML au format RSS. Il permet alors de créer automatiquement des flux RSS pour toute autre page du même site. Cette application est disponible à l'adresse suivante : http://r2s2.futurs.inria.fr/

L'estudi del polimorfisme dels isoenzims en 9 progenies d'avellaner (Corylusavellana L.), utilitzant extractes de fulla i de pol·len, ha permès establir la genèticade sis sistemes enzimàtics en aquesta espècie: aconitasa (AGO), 6-fosfogluconatdeshidrogenasa (6PGD), fosfoglucoisomerasa (PGI), fosfoglucomutasa (PGM),glutamat oxalacetat transaminasa (GOT) i malat deshidrogenasa (MDH).La variació observada s'ha pogut explicar per l'existència de 10 gens d'herènciaMendeliana: Aco-1 (4 al·lels), Aco-2 (3 al·lels), 6Pgd-2 (3 al·lels), Pgi-2 (2 al·lels),Pgi-3 (3 al·lels), Pgm-1 (2 al·lels), Pgm-2 (2 al·lels), Pgm-3 (5 al·lels), Got-2 (2al·lels) i Mdh-1 (2 al·lels). En dos d'aquests gens (Pgm-1 i Pgm-3), s'ha detectatla presència d'un al·lel nul. La cosegregació no independent de set gens harevelat l'existència de 4 grups de lligament: Aco-2-Pgm-2, 6Pgd-2-Pgm-2, Pgm-1 -Pgm-3 i Mdh-1-Pgi-2, el que ha permès elaborar el primer mapa de lligament enl'avellaner.La gran variabilitat mostrada per aquests sis sistemes enzimàtics en l'avellaner,ha fet possible la identificació de 74 varietats amb un genotip únic de les 119estudiades. Els resultats obtinguts han confirmat sinonímies, i han permès lapossible identificació d'algunes altres de noves.Els paràmetres poblacionals analitzats situen l'avellaner amb uns nivells devariabilitat pròxims als d'altres espècies al·lògames. Els valors calculats de laidentitat genètica, suggereixen que totes les varietats cultivades d'avellanerpertanyen a una sola espècie.

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L'effet de la rétention variable du peuplier faux-tremble (Populus tremuloides Michx) sur la croissance de l'épinette noire (Picea mariana (Mill.) BSP) ainsi que sur le recouvrement, la composition et la diversité des espèces de la strate de sous-bois est évalué dans ce mémoire. Les bénéfices en termes de transmission de la lumière et d'enrichissement de la litière qu'entraîne la présence de peuplier faux-tremble dans un peuplement pourraient influencer positivement la croissance de l'épinette noire. Par contre, la croissance rapide du peuplier limite celle d'autres espèces d'arbres à ses côtés, en particulier les essences à croissance plus lente comme l'épinette noire. Pour les sylviculteurs il est donc important de trouver quelle densité de peupliers doit être maintenue dans le parterre de coupe pour contrecarrer les impacts négatifs du conifère sur le cycle des éléments nutritifs et la productivité du peuplement. Une quantité adéquate de feuillus constituerait un équilibre entre les effets positifs sur le sol favorisant la croissance de l'épinette et les effets négatifs découlant de la possibilité de compétition pour les ressources entre les deux espèces. Un dispositif expérimental a été mis en place en Abitibi-Témiscamingue où les mesures dendrométriques prises sur les épinettes ont permis d'évaluer les variations de croissance rencontrées chez les jeunes conifères (environ 20 ans) selon un gradient naturel de présence de peuplier faux-tremble dans le milieu. Ensuite, par l'emploi d'une éclaircie précommerciale, un gradient de rétention du peuplier a été produit dans les parcelles expérimentales (n = 45) afin d'évaluer selon quelles proportions la présence du feuillu peut être bénéfique pour la croissance du résineux. Ainsi, quatre densités résiduelles différentes de tiges de peuplier par hectare ont été créées: 0, 65, 130 et 195 tiges/hectare. Les résultats d'études antérieures proposent qu'à l'échelle du peuplement, le volume marchand total des épinettes matures est augmenté par la présence de peupliers dans des proportions plus basses que 41 % de la surface terrière totale. Qu'en est-il pour des jeunes peuplements? L'effet positif du peuplier faux-tremble peut-il déjà se faire ressentir après une vingtaine d'années? Il semble que le peuplier aurait un effet facilitant sur les composantes du sol affectant ainsi positivement la croissance de l'épinette noire. Par contre, l'absence de compétition entre les arbres avant l'application de l'éclaircie précommerciale n'a pu mettre en évidence un impact du gradient de rétention du feuillu sur la croissance du conifère. L'épinette noire n'est probablement pas la seule espèce à pouvoir profiter des effets positifs de la présence de peupliers dans le peuplement. Ainsi, le deuxième volet de l'étude porte sur l'effet de la densité variable du peuplier sur la composition, le recouvrement et la diversité de la strate de sous-bois. Des relevés de pourcentage de recouvrement (8 quadrats de 1m x 1m/ parcelle) des espèces bryophytes et vasculaires (incluant toutes celles mesurant moins de 1m de hauteur) ont été effectués dans les parcelles expérimentales (n = 45). Il est donc possible de déterminer si les espèces du sous-bois ont été influencées par la plus grande quantité de lumière qualité et la quantité de litière au sol. Étant donné la récupération du milieu face aux activités forestières antérieures, à court terme, la strate inférieure n'a démontré aucune réaction en termes de composition, de recouvrement ou de diversité face au changement de présence de peuplier faux-tremble dans le milieu. À long terme, les effets positifs ou négatifs de la coexistence entre différentes quantités de peupliers faux-tremble, l'épinette noire et les espèces de sous-bois pourront être observés grâce au dispositif expérimental mis en place. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Épinette noire, Peuplier faux-tremble, Croissance, Sous-bois.

Dans le but de développer un outil permettant de déterminer les sites à haut potentiel de croissance, les relations entre l'IQS du peuplier faux-tremble de 178 placettes-échantillons et des variables biophysiques disponibles sur l'ensemble d'un territoire de la Haute-Mauricie furent étudiées. Les attributs topographiques, climatiques, écoforestiers, géochimiques et physiques du sol ont été analysés. Des analyses de régressions simples et multiples démontrent un faible pouvoir de prédiction de l'IQS. La méthode de l'arbre de régression basée sur les mêmes variables ne permet pas non plus de bien discriminer les variables influençant positivement la croissance du peuplier car la moyenne de mauvaise classification s'élève à 39,78%. L'IQS varie faiblement en fonction du calcium et du drainage. Ces deux variables, dans les analyses de régressions simples et multiples, prédisent à 8% la variabilité de l'IQS mais la force des différents modèles ne démontre pas une robustesse pouvant être appliquée à l'échelle du territoire étudié, un territoire qui présente des caractéristiques homogènes au niveau de la géologie, des dépôts de surface et du drainage. Toutefois, il ressort que la croissance du peuplier faux-tremble est favorisée lorsque le drainage est adéquat (modéré à imparfait) et que la concentration de calcium est suffisante. Une analyse détaillée de la variation spatiale du drainage et du calcium serait une avenue intéressante à exploiter. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Peuplier faux-tremble, Potentiel de croissance, Arbre de classification, DTREG, Unité d'aménagement forestier.

L'installation des zones de sylviculture intensives vise à établir un équilibre entre les objectifs de conservation et de production de fibre ligneuse. En Abitibi-Témiscamingue le reboisement des friches agricoles constitue un élément de l'aménagement forestier durable des régions périphériques. Le milieu agricole offre t-il une productivité comparable au milieu forestier, compte tenu du compactage causé par l'utilisation des machines et le labourage plus accentué? Les objectifs de l'étude étaient de comparer la croissance du pin gris (Pinus banksiana Lamb.) et de l'épinette blanche (Picea glauca (Moench) Voss) en plantations établies sur sols agricoles et forestiers, d'évaluer les indices de qualité du sol et la productivité des espèces. L'échantillonnage comprenait 20 plantations de pin gris et 20 plantations d'épinette blanche en milieu agricole et forestier dans la région écologique de la sapinière à bouleau blanc de l'ouest du Québec. Les paramètres de croissance des arbres mesurés étaient la hauteur totale, le diamètre et la longueur des cinq derniers verticilles. Les indices de qualité du sol évalués comprenaient les propriétés physiques et chimiques du sol. La comparaison des propriétés des sols entre les deux milieux a révélé que les sols agricoles sont modifiés par l'effet du compactage. Les macroporosités étaient plus élevées de 3 et 4% en milieu forestier. La capacité au champ était de 3 et 5% plus élevée en milieu agricole et les points de flétrissement de 6 et 5% supérieurs à ceux des sols forestiers. L'épinette blanche augmentait la masse volumique du sol au fil du temps, le pin gris favorisait une macroporosité plus élevée des sols. Les sols forestiers avaient un taux de minéralisation de l'azote plus élevé et une meilleure qualité de la matière organique. L'augmentation de la capacité au champ en milieu agricole favorisait la croissance en hauteur du pin gris, l'azote minéralisé favorisait la croissance de l'épinette blanche. La croissance des deux essences n'a pas été pour autant différente d'un milieu à l'autre. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Pin gris, Épinette blanche, Plantations, Croissance, Compactage du sol, Propriétés physiques et chimiques du sol, Région écologique de la sapinière à bouleau blanc du Québec (5a).

La présente étude avait pour objectif principal d'examiner la validité des tables de rendement dans la prédiction de l'évolution de la hauteur dominante des peuplements mixtes situés dans la région du Lac Duparquet (Abitibi-Témiscaminque, Québec). Plus précisément, nous avons d'abord mesuré la hauteur de la canopée pour la période 1945 à 2003 à partir de modèles numériques de surface (MNS) et de modèle numérique de terrain (MNT) photo-lidar pour ensuite les comparer avec les valeurs prédites par les modèles de Pothier et Savard (1998). Notre étude envisageait également une analyse des facteurs environnementaux qui pourraient affecter le développement des peuplements mixtes et en conséquence, engendrer un biais dans la prédiction de la croissance de la hauteur de ceux-ci. Nous avons réussi à reproduire avec succès les procédures de télédétection, puisque nous avons observé une précision sub-métrique pour les mesures altimétriques des MNS de 1965 et 1983 (0.67 m et 0.60 m respectivement) et une précision d'environ 1.65 m pour 1945. L'erreur quadratique de la hauteur dominante calibrée varie entre 57 cm et 2.12 m et le biais moyen absolu est entre 36 cm à 1.8 m. À partir de l'analyse des changements de la hauteur dominante entre 1945 et 2003, nous avons constaté que les modèles proposés dans Pothier et Savard (1998) prédisent la hauteur dominante avec une grande acuité pour l'ensemble des peuplements étudiés, à l'exception des peuplements mixtes dominés par les résineux. Les erreurs de prédictions étaient en dessous de 10 % pour les peuplements purs (PF : biais = 1.32% (0.27 m), RMSE = 6.61 % (1.36 m); PR : biais = 3.08 % (0,37 m), RMSE : 5.17 % (0.62 m)), et ce, pour les peuplements de dominance feuillue ou résineuse. Pour les peuplements mixtes, cependant, nous avons observé que le modèle a tendance à sous-estimer la hauteur dominante, notamment pour les résineux (MF : biais = -4.67 % (-0.86 m), RMSE = 1l.38 % (2.11 m); MR : biais: -11.92 % (-1.74 m), RMSE: 20.77 % (3.03 m)). Lorsque nous avons analysé le biais de prédiction en utilisant les variables environnementales, nous avons constaté que trois variables ont contribué de manière significative à la prédiction de l'erreur : le nombre d'essences dans la placette, la tolérance à l'ombre de l'essence dominante, ainsi que le temps depuis la dernière perturbation. Ainsi, le problème dans l'estimation de l'évolution de peuplements mixtes résineux semble être lié à de nombreux facteurs qui vont du trait fonctionnel de l'essence dominante (le sapin baumier est tolérant à l'ombre), à la dynamique du peuplement (âge, nombre d'essences, stabilité de la cohorte dominante, effet de la TBE). ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : forêt boréale mixte, modèles de croissance, hauteur dominante, photogrammétrie, altimétrie laser

Dans un contexte de restriction d'accès à la matière ligneuse et une augmentation de la demande pour le bois et les fibres de bois, les pratiques d'intensification de l'aménagement forestier gagnent en popularité. Il est bien documenté que l'éclaircie commerciale et la fertilisation améliorent la croissance et la productivité des territoires forestiers. Cependant, les effets de ces traitements sur les attributs de la qualité du bois sont très peu documentés. Le but de ce travail de recherche est d'étudier les effets de l'éclaircie commerciale et de la fertilisation sur la croissance radiale, la masse volumique du bois et la morphologie des trachéides du pin gris (Pinus Banksiana lamb.) à l'échelle des arbres. Le matériel expérimental inclut 60 arbres échantillonnés dans cinq pinèdes grises pures (>80% de la surface terrière en pin gris) et matures de la région de l'Abitibi-Témiscamingue. Les pinèdes avaient été soumises à deux traitements d'éclaircie cinq ans auparavant (modérée forte et un témoin) et un traitement de fertilisations (le fertilisé avec un taux de 200kg/ha d'azote et le non fertilisé). Les effets de traitements ont été comparés à des témoins. Les propriétés du bois, à savoir la croissance radiale, la masse volumique du bois, la proportion du bois final, la longueur des trachéides et leurs diamètres ont été mesurés à différentes hauteurs sur la tige et pour plusieurs années avant et après l'application des traitements. Comparativement aux témoins, les différents traitements d'éclaircie commerciale et la fertilisation ont amélioré la croissance radiale, diminué la masse volumique du bois, augmenté le diamètre des trachéides et diminué leurs longueurs. Toutefois, la variation des propriétés du bois aussi bien inter qu'intra site est très large. Les résultats montrent que la diminution de la masse volumique du bois et le changement de la morphologie des trachéides sont faibles comparativement à l'augmentation de la croissance des arbres. Ces changements des propriétés physiques et anatomiques de l'arbre n'ont eu qu'un faible impact sur la qualité marchande du bois et n'ont pas d'implications pratiques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : densité du bois, croissance, trachéides, éclaircie commerciale, fertilisation.

L'aménagement forestier tente de concilier rentabilité économique, usages multiples et fonctions des écosystèmes. Afin de limiter les impacts des régimes d'aménagement forestier par coupe totale, plusieurs intervenants ont proposé l'application de diverses formes de coupes partielles qui permettent une rétention d'une partie du couvert végétal et d'un capital forestier sur pied favorisant la régénération. À l'échelle internationale, plusieurs auteurs se sont intéressés aux régimes d'aménagements partiels inéquiens ou irréguliers (DeLiocourt 1898, Arbogast 1957, Majcen et al. 1994). Au Québec, ces recherches ont résulté sur la généralisation de l'application du jardinage par pied d'arbres (CJ) dans l'ensemble des peuplements feuillus mixtes du sud de la province. Cependant, les rendements de la CJ en croissance et en qualité ne sont pas atteints en forêts publiques et l'application du traitement est complexe et très coûteuse pour l'industrie, résultant en une disparité de conditions post-traitement, nécessitant un contrôle plus important de la part de l'état. De plus, dans le contexte des récentes crises économiques et forestières, la rentabilité de la CJ est minée par un capital forestier dégradé. Parmi les alternatives proposées à la CJ, peu d'études ont évalué les effets réels des coupes à diamètre limite (CDL). Plus simple d'application, donc moins coûteuse, elle favoriserait aussi la croissance et la qualité d'essence compagnes intolérantes à l'ombre de forte valeur. Nous proposons de comparer les effets moyen terme (20-30 ans) de 3 coupes partielles, soit une CDL sélective (1980), une CDL non-sélective (1990), et une CJ (1990) sur la croissance et la qualité des tiges ainsi que sur la structure et le bois mort des peuplements résiduels. Nous avons échantillonné 15 érablières à bouleau jaune du Témiscamingue traitées par coupe partielle (5/traitement) en 4 placettes. Nous avons mesuré la qualité des tiges (défauts externes) et du bois (coloration) et la croissance de tiges d'érable à sucre et de bouleau jaune selon deux classes de tailles (10.0-30.0 cm, 30.1-60.0 cm). Nous avons mesuré les caractéristiques du bois mort (volume, décomposition, taille) selon le type (total, débris, chicots) et la structure verticale du recouvrement foliaire. Nos résultats démontrent une croissance plus forte suite aux CDLs qu'en CJ, mais une qualité des tiges moindre suite aux CDL non-sélectives. La qualité du bois était semblable entre les traitements, mais positivement reliée à la croissance. Pour un volume de bois mort semblable, on observe une très faible proportion de chicots suite aux coupes partielles comparativement aux forêts naturelles. Nos résultats suggèrent une raréfaction graduelle du bois mort en CDL alors que la CJ en conserve une plus grande diversité. Cependant, nous relevons beaucoup d'incertitudes concernant les processus de recrutement et de transformation du bois mort au sein des peuplements traités par coupe partielle. La structure verticale en CDL est irrégulière tronquée. La structure verticale en CJ est plus diversifiée et est répartit plus également entre les différentes strates. En synthèse, les CDL favorisent la croissance et la qualité du bois des tiges, alors que la CJ conserve mieux les caractéristiques écologiques des peuplements. Ces résultats suggèrent une dualité entre production économique et maintien des attributs des écosystèmes entre la CDL et la CJ. Nous recommandons de varier les traitements de coupes et de bien définir les objectifs de l'aménagement afin d'exploiter les avantages de chacune tout en mitigeant leurs effets négatifs dans le but de concilier les objectifs multiples de la foresterie moderne. Nous recommandons de faire un suivi plus poussé de la dynamique de recrutement et de transformation du bois mort au sein des peuplements aménagés afin de découvrir les effets des coupes partiels sur les fonctions écologiques du bois mort. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Aménagement forestier, Coupe partielle, Croissance, Qualité des tiges, Structure des peuplements, Bois mort.