La théorie synthétique de l'évolution a largement diffusé dans tous les domaines de la biologie, notamment grâce aux arbres phylogénétiques. S'ils ont une utilité évidente en génomique comparative, ils n'en sont pas moins utilisés dans de nombreux autres domaines allant de l'étude de la biodiversité à l'épidémiologie en passant par les sciences forensiques. Les arbres phylogénétiques sont non seulement une charactérisation efficace mais aussi un outil puissant pour étudier l'évolution. Cependant, toute utilisation d'arbre dans une étude suppose que l'arbre ait été correctement estimé, tant au niveau de la topologie que des autres paramètres, alors que cette estimation est un problème statistique compliqué et encore très ouvert. On admet généralement qu'on ne peut faire de bonne estimation sans les quatre pré-requis que sont (1) le choix d'un ou plusieurs gènes pertinents pour la question étudiée, (2) une quantité suffisante de données pour s'assurer une bonne précision d'estimation, (3) une méthode de reconstruction efficace qui s'appuie sur une modélisation fine de l'évolution pour minimiser les biais de reconstruction, (4) un bon échantillonnage de taxons. Nous nous intéressons dans cette thèse à quatre thèmes étroitement liés à l'un ou l'autre de ces pré-requis. Dans la première partie, nous utilisons des inégalités de concentration pour étudier le lien entre précision d'estimation et quantité de données. Nous proposons ensuite une méthode basée sur des extensions de Edgeworth pour tester la congruence phylogénétique d'un nouveau gène avec ses prédécesseurs. Dans la deuxième partie, nous proposons deux méthodes, inspirées des analyses de sensibilités, pour détecter les sites et taxons aberrants. Ces points aberrants peuvent nuire à la robustesse des estimateurs et nous montrons sur des exemples comment quelques observations aberrantes seulement suffisent à drastiquement modifier les estimateurs. Nous discutons les implications de ces résultats et montrons comment augmenter la robustesse de l'estimateur de l'arbre en présence d'observations aberrantes.

Cette thèse est consacrée à l'étude de certains processus aléatoires à valeurs dans les arbres continus. Nous définissons d'abord un cadre conceptuel pour cette étude, en construisant une topologie polonaise sur l'espace des R-arbres localement compacts, complets et munis d'une mesure borélienne localement finie. Cette topologie, dite de Gromov-Hausdorff-Prokhorov, permet alors la définition de processus de Markov à valeurs arbre. Nous donnons ensuite une nouvelle construction du processus d'élagage d'Abraham-Delmas-Voisin, qui est un exemple de processus qui prend ses valeurs dans les arbres de Lévy. Notre construction, qui dévoile une nouvelle structure généalogique des arbres de Lévy, est trajectorielle, et permet d'identifier explicitement les transitions du processus d'élagage. Nous appliquons cette description à l'étude de certains temps d'arrêt, comme le premier temps auquel le processus franchit une hauteur donnée. Nous décrivons le processus à cet instant grâce à une nouvelle décomposition de type spinal. Enfin, nous nous intéressons à la fragmentation d'Aldous-Pitman de l'arbre brownien d'Aldous. En particulier, nous étudions, à la suite d'Abraham et Delmas, l'effet de cette fragmentation sur les sous-arbres discrets de l'arbre brownien. Le nombre de coupures nécessaires avant d'isoler la racine, convenablement renormalisé, converge vers une variable aléatoire de Rayleigh ; nous donnons un théorème central limite qui précise les fluctuations autour de cette limite

Dans le contexte des réseaux à grande échelle, la prise en compte des pannes est une nécessité évidente. Ce document s'intéresse à l'approche auto-stabilisante qui vise à concevoir des algorithmes se ''réparant d'eux-même ' en cas de fautes transitoires, c'est-à-dire de pannes impliquant la modification arbitraire de l'état des processus. Il se focalise sur deux contextes différents, couvrant la majeure partie de mes travaux de recherche ces dernières années. La première partie du document est consacrée à l'algorithmique auto-stabilisante pour les réseaux de processus. La seconde partie du document est consacrée quant à elle à l'algorithmique auto-stabilisante pour des entités autonomes (agents logiciels, robots, etc.) se déplaçant dans un réseau.

Cette thèse traite de l'apprentissage supervisé de transformations d'arbres XML. Le langage XML permet de décrire des données sous forme d'arbres dont la structure est définie par un schéma. Il est par conséquent devenu le standard en termes d'échanges de données, que ce soit sur le Web ou entre plusieurs applications. Toutefois, les documents XML peuvent avoir des structures très variables. La grande variété de ces structures nécessite alors d'être capable de transformer de tels arbres. Nous proposons d'effectuer de telles transformations d'arbres XML en annotant les arbres d'entrée, c'est-à-dire en associant un label à chacun de ses noeuds, la sémantique associée aux labels permettant de transformer l'arbre.<br />Afin d'apprendre à effectuer ces transformations, nous adaptons donc dans un premier temps au cas des arbres XML le modèle des champs aléatoires conditionnels ou Conditional Random Fields (CRF). Les CRFs sont un modèle graphique non dirigé conditionnel pour l'annotation : ils modélisent la probabilité conditionnelle d'une annotation sachant une observation. Ils ont, jusqu'à présent, été essentiellement utilisés dans le cadre de tâches d'annotation de séquences, à la fois dans le domaine de l'extraction d'informations ou en traitement automatiques des langues naturelles. Notre adaptation des CRFs au cas de l'annotation d'arbres XML porte à la fois sur le modèle de dépendances et sur les algorithmes d'inférence exacte (recherche de la meilleure annotation) et d'apprentissage.<br />De plus, nous proposons deux méthodes d'amélioration de la complexité de ces algorithmes afin de permettre l'utilisation des champs aléatoires conditionnels dans le cadre d'applications à grande échelle. Ces méthodes s'appuient toutes deux sur l'utilisation des connaissances du domaine. La première consiste en l'intégration de contraintes sur l'annotation. Celles-ci viennent restreindre l'espace des annotations possibles d'un arbre en interdisant des configurations de labels. La seconde technique d'amélioration de la complexité que nous proposons consiste en l'approximation d'un CRF par la composition de plusieurs CRFs de complexité moindre, définis sur des sous-parties de l'alphabet des labels.<br />Ces travaux ont été validés par diverses expériences sur des données artificielles et réelles, montrant ainsi non seulement la qualité des transformations effectuées à l'aide de nos méthodes, mais aussi leur intérêt dans des tâches réelles. Ces bons résultats nous ont conduit à réaliser une application de génération automatique de flux RSS à partir de pages Web. Celle-ci permet à son utilisateur d'apprendre un générateur de flux RSS en annotant une ou plusieurs pages d'un site Web. Ce générateur consiste en un CRF qui annote les pages Web de ce site de façon à transformer l'arbre XHTML en un arbre XML au format RSS. Il permet alors de créer automatiquement des flux RSS pour toute autre page du même site. Cette application est disponible à l'adresse suivante : http://r2s2.futurs.inria.fr/

L'estudi del polimorfisme dels isoenzims en 9 progenies d'avellaner (Corylusavellana L.), utilitzant extractes de fulla i de pol·len, ha permès establir la genèticade sis sistemes enzimàtics en aquesta espècie: aconitasa (AGO), 6-fosfogluconatdeshidrogenasa (6PGD), fosfoglucoisomerasa (PGI), fosfoglucomutasa (PGM),glutamat oxalacetat transaminasa (GOT) i malat deshidrogenasa (MDH).La variació observada s'ha pogut explicar per l'existència de 10 gens d'herènciaMendeliana: Aco-1 (4 al·lels), Aco-2 (3 al·lels), 6Pgd-2 (3 al·lels), Pgi-2 (2 al·lels),Pgi-3 (3 al·lels), Pgm-1 (2 al·lels), Pgm-2 (2 al·lels), Pgm-3 (5 al·lels), Got-2 (2al·lels) i Mdh-1 (2 al·lels). En dos d'aquests gens (Pgm-1 i Pgm-3), s'ha detectatla presència d'un al·lel nul. La cosegregació no independent de set gens harevelat l'existència de 4 grups de lligament: Aco-2-Pgm-2, 6Pgd-2-Pgm-2, Pgm-1 -Pgm-3 i Mdh-1-Pgi-2, el que ha permès elaborar el primer mapa de lligament enl'avellaner.La gran variabilitat mostrada per aquests sis sistemes enzimàtics en l'avellaner,ha fet possible la identificació de 74 varietats amb un genotip únic de les 119estudiades. Els resultats obtinguts han confirmat sinonímies, i han permès lapossible identificació d'algunes altres de noves.Els paràmetres poblacionals analitzats situen l'avellaner amb uns nivells devariabilitat pròxims als d'altres espècies al·lògames. Els valors calculats de laidentitat genètica, suggereixen que totes les varietats cultivades d'avellanerpertanyen a una sola espècie.

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L'effet de la rétention variable du peuplier faux-tremble (Populus tremuloides Michx) sur la croissance de l'épinette noire (Picea mariana (Mill.) BSP) ainsi que sur le recouvrement, la composition et la diversité des espèces de la strate de sous-bois est évalué dans ce mémoire. Les bénéfices en termes de transmission de la lumière et d'enrichissement de la litière qu'entraîne la présence de peuplier faux-tremble dans un peuplement pourraient influencer positivement la croissance de l'épinette noire. Par contre, la croissance rapide du peuplier limite celle d'autres espèces d'arbres à ses côtés, en particulier les essences à croissance plus lente comme l'épinette noire. Pour les sylviculteurs il est donc important de trouver quelle densité de peupliers doit être maintenue dans le parterre de coupe pour contrecarrer les impacts négatifs du conifère sur le cycle des éléments nutritifs et la productivité du peuplement. Une quantité adéquate de feuillus constituerait un équilibre entre les effets positifs sur le sol favorisant la croissance de l'épinette et les effets négatifs découlant de la possibilité de compétition pour les ressources entre les deux espèces. Un dispositif expérimental a été mis en place en Abitibi-Témiscamingue où les mesures dendrométriques prises sur les épinettes ont permis d'évaluer les variations de croissance rencontrées chez les jeunes conifères (environ 20 ans) selon un gradient naturel de présence de peuplier faux-tremble dans le milieu. Ensuite, par l'emploi d'une éclaircie précommerciale, un gradient de rétention du peuplier a été produit dans les parcelles expérimentales (n = 45) afin d'évaluer selon quelles proportions la présence du feuillu peut être bénéfique pour la croissance du résineux. Ainsi, quatre densités résiduelles différentes de tiges de peuplier par hectare ont été créées: 0, 65, 130 et 195 tiges/hectare. Les résultats d'études antérieures proposent qu'à l'échelle du peuplement, le volume marchand total des épinettes matures est augmenté par la présence de peupliers dans des proportions plus basses que 41 % de la surface terrière totale. Qu'en est-il pour des jeunes peuplements? L'effet positif du peuplier faux-tremble peut-il déjà se faire ressentir après une vingtaine d'années? Il semble que le peuplier aurait un effet facilitant sur les composantes du sol affectant ainsi positivement la croissance de l'épinette noire. Par contre, l'absence de compétition entre les arbres avant l'application de l'éclaircie précommerciale n'a pu mettre en évidence un impact du gradient de rétention du feuillu sur la croissance du conifère. L'épinette noire n'est probablement pas la seule espèce à pouvoir profiter des effets positifs de la présence de peupliers dans le peuplement. Ainsi, le deuxième volet de l'étude porte sur l'effet de la densité variable du peuplier sur la composition, le recouvrement et la diversité de la strate de sous-bois. Des relevés de pourcentage de recouvrement (8 quadrats de 1m x 1m/ parcelle) des espèces bryophytes et vasculaires (incluant toutes celles mesurant moins de 1m de hauteur) ont été effectués dans les parcelles expérimentales (n = 45). Il est donc possible de déterminer si les espèces du sous-bois ont été influencées par la plus grande quantité de lumière qualité et la quantité de litière au sol. Étant donné la récupération du milieu face aux activités forestières antérieures, à court terme, la strate inférieure n'a démontré aucune réaction en termes de composition, de recouvrement ou de diversité face au changement de présence de peuplier faux-tremble dans le milieu. À long terme, les effets positifs ou négatifs de la coexistence entre différentes quantités de peupliers faux-tremble, l'épinette noire et les espèces de sous-bois pourront être observés grâce au dispositif expérimental mis en place. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Épinette noire, Peuplier faux-tremble, Croissance, Sous-bois.

Dans le but de développer un outil permettant de déterminer les sites à haut potentiel de croissance, les relations entre l'IQS du peuplier faux-tremble de 178 placettes-échantillons et des variables biophysiques disponibles sur l'ensemble d'un territoire de la Haute-Mauricie furent étudiées. Les attributs topographiques, climatiques, écoforestiers, géochimiques et physiques du sol ont été analysés. Des analyses de régressions simples et multiples démontrent un faible pouvoir de prédiction de l'IQS. La méthode de l'arbre de régression basée sur les mêmes variables ne permet pas non plus de bien discriminer les variables influençant positivement la croissance du peuplier car la moyenne de mauvaise classification s'élève à 39,78%. L'IQS varie faiblement en fonction du calcium et du drainage. Ces deux variables, dans les analyses de régressions simples et multiples, prédisent à 8% la variabilité de l'IQS mais la force des différents modèles ne démontre pas une robustesse pouvant être appliquée à l'échelle du territoire étudié, un territoire qui présente des caractéristiques homogènes au niveau de la géologie, des dépôts de surface et du drainage. Toutefois, il ressort que la croissance du peuplier faux-tremble est favorisée lorsque le drainage est adéquat (modéré à imparfait) et que la concentration de calcium est suffisante. Une analyse détaillée de la variation spatiale du drainage et du calcium serait une avenue intéressante à exploiter. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Peuplier faux-tremble, Potentiel de croissance, Arbre de classification, DTREG, Unité d'aménagement forestier.

L'installation des zones de sylviculture intensives vise à établir un équilibre entre les objectifs de conservation et de production de fibre ligneuse. En Abitibi-Témiscamingue le reboisement des friches agricoles constitue un élément de l'aménagement forestier durable des régions périphériques. Le milieu agricole offre t-il une productivité comparable au milieu forestier, compte tenu du compactage causé par l'utilisation des machines et le labourage plus accentué? Les objectifs de l'étude étaient de comparer la croissance du pin gris (Pinus banksiana Lamb.) et de l'épinette blanche (Picea glauca (Moench) Voss) en plantations établies sur sols agricoles et forestiers, d'évaluer les indices de qualité du sol et la productivité des espèces. L'échantillonnage comprenait 20 plantations de pin gris et 20 plantations d'épinette blanche en milieu agricole et forestier dans la région écologique de la sapinière à bouleau blanc de l'ouest du Québec. Les paramètres de croissance des arbres mesurés étaient la hauteur totale, le diamètre et la longueur des cinq derniers verticilles. Les indices de qualité du sol évalués comprenaient les propriétés physiques et chimiques du sol. La comparaison des propriétés des sols entre les deux milieux a révélé que les sols agricoles sont modifiés par l'effet du compactage. Les macroporosités étaient plus élevées de 3 et 4% en milieu forestier. La capacité au champ était de 3 et 5% plus élevée en milieu agricole et les points de flétrissement de 6 et 5% supérieurs à ceux des sols forestiers. L'épinette blanche augmentait la masse volumique du sol au fil du temps, le pin gris favorisait une macroporosité plus élevée des sols. Les sols forestiers avaient un taux de minéralisation de l'azote plus élevé et une meilleure qualité de la matière organique. L'augmentation de la capacité au champ en milieu agricole favorisait la croissance en hauteur du pin gris, l'azote minéralisé favorisait la croissance de l'épinette blanche. La croissance des deux essences n'a pas été pour autant différente d'un milieu à l'autre. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Pin gris, Épinette blanche, Plantations, Croissance, Compactage du sol, Propriétés physiques et chimiques du sol, Région écologique de la sapinière à bouleau blanc du Québec (5a).