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Sequenciamento do genoma de arroz vermelho (Oryza sativa L.) e análise de genes relacionados ao caráter degrane / Genome seequencing of weedy rice (Oryza sativa L.) and analysis of genes related to seed shattering

Hagemann, Thaís Raquel January 2015 (has links)
Até o momento nenhuma espécie daninha de importância agrícola tinha sido sequenciada no Brasil, dessa forma o arroz vermelho oferece uma oportunidade ímpar para isso, podendo levar a um melhor entendimento do seu genoma e facilitar o desenvolvimento de estratégias mais eficientes de controle destas plantas em condições de campo. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi sequenciar o genoma de dois genótipos de arroz vermelho coletados no estado do Rio Grande do Sul, e que possuem degrane elevado (AV60) intermediário (AV53), bem como realizar uma análise estrutural dos genes relacionados a este caráter. Vários programas montadores foram comparados e o Abbys foi o que gerou o maior número de scaffolds, totalizado um tamanho de genoma de 391,7 e 390,2 megabases, respectivamente para os genótipos AV53 e AV60, o que representa cerca de 90% do genoma referência do arroz. A cobertura do sequenciamento foi de 36.6 X e 32.1 X respectivamente para os mesmos genótipos. A análise estrutural de seis principais genes relacionados ao degrane relevou que a composição gênica é similar entre os genótipos analisados, corroborando com resultados de estudos anteriores. Um grande número de variantes genômicos foi descoberto (SNPs e INDELs). O alinhamento dos genótipos com o genoma de referênciaOryza sativa ssp. indica revelou relativamente menor número de variantes, com frequência de um SNP a cada 264 pb. Por outro lado, o alinhamento contra o genoma referência de Oryza sativa ssp. japonica gerou uma frequência média de 1 SNP a cada 154pb, sendo que a mesma tendência foi observada para os INDELs. A menor frequência de SNPs e INDELs no primeiro alinhamento sugere maior similaridade entre as espécies alinhadas, indicando que o arroz vermelho do sul do Brasil é provavelmente originário da espécieOryza sativa spp indica. / So far no weed species of agricultural importance had been sequenced in Brazil, thus weedy red rice provided a unique opportunity for it, leading to a better understanding of genomic and facilitating the development of more effective strategies to control these plants under field conditions. The objective of this study was sequencing the genome of two weedy red rice genotypes found in the Rio Grande do Sul state, which present high (AV60) and intermediate (AV53) degree of shattering,and perform a structural analysis of the genes related to this trait. Several genome assemblers programs were compared, and Abbys was the one that generated the highest number of scaffolds, totalizing a genome size of 391.7 and 390.2 Mb, respectively for AV53 and AV60 genotypes, which represent about 90% of the rice reference genome. The sequencing coverage was 32.1 and 36.6X respectively for the same genotypes. The structural analysis of 6 key genes related to seed shattering revealed that its genetic composition is similar among the genotypes analyzed, confirming results from previous studies. A large number of genomic variants (SNPs and INDELs) were discovered. The alignment of AV53, and AV60 with the Oryza sativa ssp. indica reference genome showed relatively lower number of variants, with a frequency of 1 SNP every 220 bp, whereas the alignment with the Oryza sativa spp. japonica yielded an average frequency of 1 SNP every 154pb; the same trend was observed for INDELS. The lower frequency of SNPs and INDELS in the first alignment suggests greater similarity between the aligned species, indicating that the origin of weedy red rice in southern Brazil is most likely from the Oryza sativa spp indica.
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Fluxo gênico e variação adaptativa de arroz vermelho (Oryza sativa L.) resistente aos herbicidas imidazolinonas / Gene flow and fitness variation in imidazolinone herbicide-resistant red rice (Oryza sativa L.)

Goulart, Ives Clayton Gomes dos Reis January 2011 (has links)
O arroz vermelho (Oryza sativa L.) é a principal planta daninha da cultura do arroz e o seu controle em lavouras comerciais é difícil. As cultivares de arroz resistentes aos herbicidas imidazolinonas proporcionaram o controle seletivo do arroz vermelho. Porém, nos últimos anos surgiram populações de arroz vermelho resistentes a estes herbicidas. Os objetivos desta pesquisa foram elucidar a importância do fluxo gênico e da seleção independente como processos de origem da resistência de arroz vermelho aos herbicidas imidazolinonas no RS; quantificar o fluxo gênico a partir de plantas de arroz vermelho resistentes para plantas de arroz vermelho suscetíveis em condições de cultivo; avaliar a ocorrência de fluxo gênico entre populações de arroz vermelho no RS; e identificar alterações na adaptação de arroz resistente a estes herbicidas baseado no padrão da germinação de sementes. Foram utilizadas 176 indivíduos de arroz vermelho resistentes e suscetíveis aos herbicidas imidazolinonas coletadas no RS e as cultivares IRGA 417, IRGA 422 CL, Sator CL e Puita INTA CL. A origem da resistência foi avaliada baseada em quatro marcadores moleculares single sequence repeats (SSR) e três single nucleotide polimorfism (SNP). O fluxo gênico entre plantas foi realizado em ensaio à campo e a avaliação foi realizada com marcadores fenotípico resistência a imidazolinonas e molecular SNP. O fluxo gênico entre lavouras foi avaliado em 27 populações através de 24 marcadores SSR. A alteração na adaptação de plantas de arroz resistentes foi realizada com base em parâmetros germinativos relacionados à resistência a imidazolinonas. A resistência devida ao fluxo gênico a partir de cultivares resistentes ou à seleção da mutação pelo uso contínuo destes herbicidas ocorreu em 98,9% e 1,1% dos indivíduos, respectivamente. A taxa média de fluxo gênico entre plantas foi de 0,0243%. O arroz vermelho foi mais receptivo ao pólen (0,0344%) que à cultivar IRGA 417 (0,0142%). Baseado no FST de 0,26 encontrado para as populações estudadas o índice estimado de fluxo gênico Nm foi de 0,7. A estruturação populacional indicou haver fluxo de sementes entre lavouras de arroz. As cultivares resistentes alcançaram 50% de germinação em menos tempo que a cultivar suscetível IRGA 417. Estes resultados sugerem que o manejo do arroz vermelho deve ser baseado na redução da pressão de seleção devida ao uso contínuo de herbicidas imidazolinonas e principalmente na mitigação do fluxo gênico de pólen e sementes. / Red rice (Oryza sativa L.) is the most important weed in the paddy field rice, and its control in large scale fields is difficult. The imidazolinone herbicide resistant rice cultivars provide selective red rice control. However, in recent years have been emerged red rice populations resistant to these herbicides. This study aimed to elucidate the relative importance of the gene flow and independent selection as origin process to the imidazolinone resistance in red rice; to quantify the gene flow among imidazolinone resistant red rice and susceptible red rice plants in paddy field conditions; to evaluate the occurrence of the gene flow among red rice populations in RS state; to identify variations in fitness of the imidazolinone resistant rice plants based on the seed germination pattern. Plant material consisted of 176 red rice individuals resistant and susceptible to the imidazolinone herbicides collected in RS and the rice cultivars IRGA 417, IRGA 422 CL, Sator CL and Puita INTA CL. The origin of the resistance was determinate based on four simple sequence repeats (SSR) and three single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers. The gene flow among red rice plants was studied in a paddy field experiment and the evaluation was based on the imidazolinone resistance trait and three SNP molecular markers. In addition, a gene flow among red rice 27 populations was carried out based on 24 SSR molecular markers. The variation in fitness of the resistant rice plants was based on the germination parameters related to the imidazolinone resistance. The imidazolinone resistance origin due to gene flow from resistant cultivars and from independent mutation selection occurred in 98,9% and 1,1% of the individuals, respectively. The mean gene flow rate among plants was 0,0243%. Red rice was more receptive to pollen (0,0344%) than the susceptible cultivar IRGA 417 (0,0142%). Based on the FST of 0,26, the estimated gene flow index Nm was 0,7. The population structure indicated that there is seed flow among rice paddy fields. All the imidazolinone resistant cultivars reached 50% of germination faster than the susceptible cultivar IRGA 417. These results suggest that the management of the red rice should be based on reduction of the selection pressure due to the continuous use of the imidazolinone herbicides and mainly on the mitigation of the seed and pollen gene flow.
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Sequenciamento do genoma de arroz vermelho (Oryza sativa L.) e análise de genes relacionados ao caráter degrane / Genome seequencing of weedy rice (Oryza sativa L.) and analysis of genes related to seed shattering

Hagemann, Thaís Raquel January 2015 (has links)
Até o momento nenhuma espécie daninha de importância agrícola tinha sido sequenciada no Brasil, dessa forma o arroz vermelho oferece uma oportunidade ímpar para isso, podendo levar a um melhor entendimento do seu genoma e facilitar o desenvolvimento de estratégias mais eficientes de controle destas plantas em condições de campo. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi sequenciar o genoma de dois genótipos de arroz vermelho coletados no estado do Rio Grande do Sul, e que possuem degrane elevado (AV60) intermediário (AV53), bem como realizar uma análise estrutural dos genes relacionados a este caráter. Vários programas montadores foram comparados e o Abbys foi o que gerou o maior número de scaffolds, totalizado um tamanho de genoma de 391,7 e 390,2 megabases, respectivamente para os genótipos AV53 e AV60, o que representa cerca de 90% do genoma referência do arroz. A cobertura do sequenciamento foi de 36.6 X e 32.1 X respectivamente para os mesmos genótipos. A análise estrutural de seis principais genes relacionados ao degrane relevou que a composição gênica é similar entre os genótipos analisados, corroborando com resultados de estudos anteriores. Um grande número de variantes genômicos foi descoberto (SNPs e INDELs). O alinhamento dos genótipos com o genoma de referênciaOryza sativa ssp. indica revelou relativamente menor número de variantes, com frequência de um SNP a cada 264 pb. Por outro lado, o alinhamento contra o genoma referência de Oryza sativa ssp. japonica gerou uma frequência média de 1 SNP a cada 154pb, sendo que a mesma tendência foi observada para os INDELs. A menor frequência de SNPs e INDELs no primeiro alinhamento sugere maior similaridade entre as espécies alinhadas, indicando que o arroz vermelho do sul do Brasil é provavelmente originário da espécieOryza sativa spp indica. / So far no weed species of agricultural importance had been sequenced in Brazil, thus weedy red rice provided a unique opportunity for it, leading to a better understanding of genomic and facilitating the development of more effective strategies to control these plants under field conditions. The objective of this study was sequencing the genome of two weedy red rice genotypes found in the Rio Grande do Sul state, which present high (AV60) and intermediate (AV53) degree of shattering,and perform a structural analysis of the genes related to this trait. Several genome assemblers programs were compared, and Abbys was the one that generated the highest number of scaffolds, totalizing a genome size of 391.7 and 390.2 Mb, respectively for AV53 and AV60 genotypes, which represent about 90% of the rice reference genome. The sequencing coverage was 32.1 and 36.6X respectively for the same genotypes. The structural analysis of 6 key genes related to seed shattering revealed that its genetic composition is similar among the genotypes analyzed, confirming results from previous studies. A large number of genomic variants (SNPs and INDELs) were discovered. The alignment of AV53, and AV60 with the Oryza sativa ssp. indica reference genome showed relatively lower number of variants, with a frequency of 1 SNP every 220 bp, whereas the alignment with the Oryza sativa spp. japonica yielded an average frequency of 1 SNP every 154pb; the same trend was observed for INDELS. The lower frequency of SNPs and INDELS in the first alignment suggests greater similarity between the aligned species, indicating that the origin of weedy red rice in southern Brazil is most likely from the Oryza sativa spp indica.
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Sequenciamento do genoma de arroz vermelho (Oryza sativa L.) e análise de genes relacionados ao caráter degrane / Genome seequencing of weedy rice (Oryza sativa L.) and analysis of genes related to seed shattering

Hagemann, Thaís Raquel January 2015 (has links)
Até o momento nenhuma espécie daninha de importância agrícola tinha sido sequenciada no Brasil, dessa forma o arroz vermelho oferece uma oportunidade ímpar para isso, podendo levar a um melhor entendimento do seu genoma e facilitar o desenvolvimento de estratégias mais eficientes de controle destas plantas em condições de campo. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi sequenciar o genoma de dois genótipos de arroz vermelho coletados no estado do Rio Grande do Sul, e que possuem degrane elevado (AV60) intermediário (AV53), bem como realizar uma análise estrutural dos genes relacionados a este caráter. Vários programas montadores foram comparados e o Abbys foi o que gerou o maior número de scaffolds, totalizado um tamanho de genoma de 391,7 e 390,2 megabases, respectivamente para os genótipos AV53 e AV60, o que representa cerca de 90% do genoma referência do arroz. A cobertura do sequenciamento foi de 36.6 X e 32.1 X respectivamente para os mesmos genótipos. A análise estrutural de seis principais genes relacionados ao degrane relevou que a composição gênica é similar entre os genótipos analisados, corroborando com resultados de estudos anteriores. Um grande número de variantes genômicos foi descoberto (SNPs e INDELs). O alinhamento dos genótipos com o genoma de referênciaOryza sativa ssp. indica revelou relativamente menor número de variantes, com frequência de um SNP a cada 264 pb. Por outro lado, o alinhamento contra o genoma referência de Oryza sativa ssp. japonica gerou uma frequência média de 1 SNP a cada 154pb, sendo que a mesma tendência foi observada para os INDELs. A menor frequência de SNPs e INDELs no primeiro alinhamento sugere maior similaridade entre as espécies alinhadas, indicando que o arroz vermelho do sul do Brasil é provavelmente originário da espécieOryza sativa spp indica. / So far no weed species of agricultural importance had been sequenced in Brazil, thus weedy red rice provided a unique opportunity for it, leading to a better understanding of genomic and facilitating the development of more effective strategies to control these plants under field conditions. The objective of this study was sequencing the genome of two weedy red rice genotypes found in the Rio Grande do Sul state, which present high (AV60) and intermediate (AV53) degree of shattering,and perform a structural analysis of the genes related to this trait. Several genome assemblers programs were compared, and Abbys was the one that generated the highest number of scaffolds, totalizing a genome size of 391.7 and 390.2 Mb, respectively for AV53 and AV60 genotypes, which represent about 90% of the rice reference genome. The sequencing coverage was 32.1 and 36.6X respectively for the same genotypes. The structural analysis of 6 key genes related to seed shattering revealed that its genetic composition is similar among the genotypes analyzed, confirming results from previous studies. A large number of genomic variants (SNPs and INDELs) were discovered. The alignment of AV53, and AV60 with the Oryza sativa ssp. indica reference genome showed relatively lower number of variants, with a frequency of 1 SNP every 220 bp, whereas the alignment with the Oryza sativa spp. japonica yielded an average frequency of 1 SNP every 154pb; the same trend was observed for INDELS. The lower frequency of SNPs and INDELS in the first alignment suggests greater similarity between the aligned species, indicating that the origin of weedy red rice in southern Brazil is most likely from the Oryza sativa spp indica.
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Fluxo gênico e variação adaptativa de arroz vermelho (Oryza sativa L.) resistente aos herbicidas imidazolinonas / Gene flow and fitness variation in imidazolinone herbicide-resistant red rice (Oryza sativa L.)

Goulart, Ives Clayton Gomes dos Reis January 2011 (has links)
O arroz vermelho (Oryza sativa L.) é a principal planta daninha da cultura do arroz e o seu controle em lavouras comerciais é difícil. As cultivares de arroz resistentes aos herbicidas imidazolinonas proporcionaram o controle seletivo do arroz vermelho. Porém, nos últimos anos surgiram populações de arroz vermelho resistentes a estes herbicidas. Os objetivos desta pesquisa foram elucidar a importância do fluxo gênico e da seleção independente como processos de origem da resistência de arroz vermelho aos herbicidas imidazolinonas no RS; quantificar o fluxo gênico a partir de plantas de arroz vermelho resistentes para plantas de arroz vermelho suscetíveis em condições de cultivo; avaliar a ocorrência de fluxo gênico entre populações de arroz vermelho no RS; e identificar alterações na adaptação de arroz resistente a estes herbicidas baseado no padrão da germinação de sementes. Foram utilizadas 176 indivíduos de arroz vermelho resistentes e suscetíveis aos herbicidas imidazolinonas coletadas no RS e as cultivares IRGA 417, IRGA 422 CL, Sator CL e Puita INTA CL. A origem da resistência foi avaliada baseada em quatro marcadores moleculares single sequence repeats (SSR) e três single nucleotide polimorfism (SNP). O fluxo gênico entre plantas foi realizado em ensaio à campo e a avaliação foi realizada com marcadores fenotípico resistência a imidazolinonas e molecular SNP. O fluxo gênico entre lavouras foi avaliado em 27 populações através de 24 marcadores SSR. A alteração na adaptação de plantas de arroz resistentes foi realizada com base em parâmetros germinativos relacionados à resistência a imidazolinonas. A resistência devida ao fluxo gênico a partir de cultivares resistentes ou à seleção da mutação pelo uso contínuo destes herbicidas ocorreu em 98,9% e 1,1% dos indivíduos, respectivamente. A taxa média de fluxo gênico entre plantas foi de 0,0243%. O arroz vermelho foi mais receptivo ao pólen (0,0344%) que à cultivar IRGA 417 (0,0142%). Baseado no FST de 0,26 encontrado para as populações estudadas o índice estimado de fluxo gênico Nm foi de 0,7. A estruturação populacional indicou haver fluxo de sementes entre lavouras de arroz. As cultivares resistentes alcançaram 50% de germinação em menos tempo que a cultivar suscetível IRGA 417. Estes resultados sugerem que o manejo do arroz vermelho deve ser baseado na redução da pressão de seleção devida ao uso contínuo de herbicidas imidazolinonas e principalmente na mitigação do fluxo gênico de pólen e sementes. / Red rice (Oryza sativa L.) is the most important weed in the paddy field rice, and its control in large scale fields is difficult. The imidazolinone herbicide resistant rice cultivars provide selective red rice control. However, in recent years have been emerged red rice populations resistant to these herbicides. This study aimed to elucidate the relative importance of the gene flow and independent selection as origin process to the imidazolinone resistance in red rice; to quantify the gene flow among imidazolinone resistant red rice and susceptible red rice plants in paddy field conditions; to evaluate the occurrence of the gene flow among red rice populations in RS state; to identify variations in fitness of the imidazolinone resistant rice plants based on the seed germination pattern. Plant material consisted of 176 red rice individuals resistant and susceptible to the imidazolinone herbicides collected in RS and the rice cultivars IRGA 417, IRGA 422 CL, Sator CL and Puita INTA CL. The origin of the resistance was determinate based on four simple sequence repeats (SSR) and three single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers. The gene flow among red rice plants was studied in a paddy field experiment and the evaluation was based on the imidazolinone resistance trait and three SNP molecular markers. In addition, a gene flow among red rice 27 populations was carried out based on 24 SSR molecular markers. The variation in fitness of the resistant rice plants was based on the germination parameters related to the imidazolinone resistance. The imidazolinone resistance origin due to gene flow from resistant cultivars and from independent mutation selection occurred in 98,9% and 1,1% of the individuals, respectively. The mean gene flow rate among plants was 0,0243%. Red rice was more receptive to pollen (0,0344%) than the susceptible cultivar IRGA 417 (0,0142%). Based on the FST of 0,26, the estimated gene flow index Nm was 0,7. The population structure indicated that there is seed flow among rice paddy fields. All the imidazolinone resistant cultivars reached 50% of germination faster than the susceptible cultivar IRGA 417. These results suggest that the management of the red rice should be based on reduction of the selection pressure due to the continuous use of the imidazolinone herbicides and mainly on the mitigation of the seed and pollen gene flow.
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Fluxo gênico e variação adaptativa de arroz vermelho (Oryza sativa L.) resistente aos herbicidas imidazolinonas / Gene flow and fitness variation in imidazolinone herbicide-resistant red rice (Oryza sativa L.)

Goulart, Ives Clayton Gomes dos Reis January 2011 (has links)
O arroz vermelho (Oryza sativa L.) é a principal planta daninha da cultura do arroz e o seu controle em lavouras comerciais é difícil. As cultivares de arroz resistentes aos herbicidas imidazolinonas proporcionaram o controle seletivo do arroz vermelho. Porém, nos últimos anos surgiram populações de arroz vermelho resistentes a estes herbicidas. Os objetivos desta pesquisa foram elucidar a importância do fluxo gênico e da seleção independente como processos de origem da resistência de arroz vermelho aos herbicidas imidazolinonas no RS; quantificar o fluxo gênico a partir de plantas de arroz vermelho resistentes para plantas de arroz vermelho suscetíveis em condições de cultivo; avaliar a ocorrência de fluxo gênico entre populações de arroz vermelho no RS; e identificar alterações na adaptação de arroz resistente a estes herbicidas baseado no padrão da germinação de sementes. Foram utilizadas 176 indivíduos de arroz vermelho resistentes e suscetíveis aos herbicidas imidazolinonas coletadas no RS e as cultivares IRGA 417, IRGA 422 CL, Sator CL e Puita INTA CL. A origem da resistência foi avaliada baseada em quatro marcadores moleculares single sequence repeats (SSR) e três single nucleotide polimorfism (SNP). O fluxo gênico entre plantas foi realizado em ensaio à campo e a avaliação foi realizada com marcadores fenotípico resistência a imidazolinonas e molecular SNP. O fluxo gênico entre lavouras foi avaliado em 27 populações através de 24 marcadores SSR. A alteração na adaptação de plantas de arroz resistentes foi realizada com base em parâmetros germinativos relacionados à resistência a imidazolinonas. A resistência devida ao fluxo gênico a partir de cultivares resistentes ou à seleção da mutação pelo uso contínuo destes herbicidas ocorreu em 98,9% e 1,1% dos indivíduos, respectivamente. A taxa média de fluxo gênico entre plantas foi de 0,0243%. O arroz vermelho foi mais receptivo ao pólen (0,0344%) que à cultivar IRGA 417 (0,0142%). Baseado no FST de 0,26 encontrado para as populações estudadas o índice estimado de fluxo gênico Nm foi de 0,7. A estruturação populacional indicou haver fluxo de sementes entre lavouras de arroz. As cultivares resistentes alcançaram 50% de germinação em menos tempo que a cultivar suscetível IRGA 417. Estes resultados sugerem que o manejo do arroz vermelho deve ser baseado na redução da pressão de seleção devida ao uso contínuo de herbicidas imidazolinonas e principalmente na mitigação do fluxo gênico de pólen e sementes. / Red rice (Oryza sativa L.) is the most important weed in the paddy field rice, and its control in large scale fields is difficult. The imidazolinone herbicide resistant rice cultivars provide selective red rice control. However, in recent years have been emerged red rice populations resistant to these herbicides. This study aimed to elucidate the relative importance of the gene flow and independent selection as origin process to the imidazolinone resistance in red rice; to quantify the gene flow among imidazolinone resistant red rice and susceptible red rice plants in paddy field conditions; to evaluate the occurrence of the gene flow among red rice populations in RS state; to identify variations in fitness of the imidazolinone resistant rice plants based on the seed germination pattern. Plant material consisted of 176 red rice individuals resistant and susceptible to the imidazolinone herbicides collected in RS and the rice cultivars IRGA 417, IRGA 422 CL, Sator CL and Puita INTA CL. The origin of the resistance was determinate based on four simple sequence repeats (SSR) and three single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers. The gene flow among red rice plants was studied in a paddy field experiment and the evaluation was based on the imidazolinone resistance trait and three SNP molecular markers. In addition, a gene flow among red rice 27 populations was carried out based on 24 SSR molecular markers. The variation in fitness of the resistant rice plants was based on the germination parameters related to the imidazolinone resistance. The imidazolinone resistance origin due to gene flow from resistant cultivars and from independent mutation selection occurred in 98,9% and 1,1% of the individuals, respectively. The mean gene flow rate among plants was 0,0243%. Red rice was more receptive to pollen (0,0344%) than the susceptible cultivar IRGA 417 (0,0142%). Based on the FST of 0,26, the estimated gene flow index Nm was 0,7. The population structure indicated that there is seed flow among rice paddy fields. All the imidazolinone resistant cultivars reached 50% of germination faster than the susceptible cultivar IRGA 417. These results suggest that the management of the red rice should be based on reduction of the selection pressure due to the continuous use of the imidazolinone herbicides and mainly on the mitigation of the seed and pollen gene flow.
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Características químicas, tecnológicas e sensoriais de extrusados expandidos a partir de arroz pigmentado / Chemical, technological and sensory characteristics of extrudates from pigmented rice.

Meza, Silvia Leticia Rivero 21 October 2015 (has links)
O arroz integral pigmentado (vermelho ou preto) (Oryza sativa, L.) é saudável. Ambos são nutritivos, possuem elevado teor de compostos bioativos, e apresentam características sensoriais diferenciadas ao arroz integral branco. O grande destaque sob o ponto de vista de composição química é o seu elevado teor de compostos fenólicos, associado à alta capacidade antioxidante. A demanda por arroz pigmentado ainda é reduzida, porém, existe uma tendência e o interesse em agregar valor a esses grãos, produzindo alimentos alternativos como flocos de arroz, cereais matinais e snacks. O objetivo deste estudo foi desenvolver produtos extrusados expandidos a partir de duas novas cultivares comerciais de arroz integral preto (SCS 120 ÔNIX) e vermelho (SCS 119 RUBI), provenientes da Epagri/SC. Na otimização do processo considerou-se as melhores propriedades tecnológicas e a retenção de compostos bioativos. Foi investigado o efeito do processo de extrusão nos fitoquímicos e sua atividade antioxidante, antes e após a extrusão. Além disso, a aceitabilidade de dois produtos finais foi realizada com 150 consumidores. O arroz preto apresentou teores significativamente maiores de macronutrientes (proteínas, fibras e minerais) do que o arroz vermelho. O teor de compostos fenólicos totais (CFT) e flavonoides no arroz preto foi de 25% (569,3 mg eq. ác. ferúlico/100g) e 44% (496,9 mg eq. catequina/100 g), respectivamente, superior ao do arroz vermelho. Os flavonoides são representados principalmente por antocianinas no arroz preto e por proantocianidinas no arroz vermelho. O arroz preto apresentou maior atividade antioxidante. A partir do delineamento composto central rotacional as condições ótimas de extrusão foram de 15,5 e 16% de umidade e de 159 e 150ºC de temperatura, para o arroz preto e vermelho, respectivamente. O processo de extrusão resultou em perdas drásticas de TPC, flavonoides, proantocianidinas e o conteúdo remanescente não foi maior que 14% no arroz vermelho e a atividade antioxidante residual também foi baixa. O arroz preto também foi afetado significativamente pela extrusão mas em menores proporções. A concentração após a extrusão foi de 32 % (TPC), 22% (flavonoides), 11% (antocianinas) e a atividade antioxidante remanescente de 40% e 30% pelos métodos de ORAC e DPPH, respectivamente. Quanto à análise sensorial, os extrusados obtidos de arroz preto e vermelho não tiveram diferença significativa na aceitação (p≤0,05). As notas médias atribuídas por 150 provadores para todos os atributos avaliados ficaram situadas no intervalo de 4,8 a 7,7 (correspondente as categorias \"nem gostei/nem desgostei\" a \"gostei muito\") da escala hedônica de 9 pontos. Altos valores de aceitabilidade (maiores que 70%) foram observados para formato, tamanho, cor e crocância no cereal seco e consistência no cereal com leite. A menor aceitabilidade (60%) foi notada no sabor. Isto pode ser explicado pela ausência de aromatizante e/ou edulcorante na formulação. Ainda, foi observado que 26% dos provadores certamente comprariam ambos os extrusados. A farinha de arroz pigmentado é uma alternativa para a elaboração de cereais matinais extrusados na qual apresentam coloração própria, boas características nutricionais e sensoriais, além de ser um produto isento de glúten. / Whole pigmented rice (black and red) (Oryza sativa, L.) is a healthy food. Both types present are nutritious and present high contents of bioactive components, and show distinguishing sensorial properties, unlike those found in whole white rice. However, the most noticeable difference regarding the chemical composition of black and red rice is their high content of phenolic compounds, associated to a high antioxidant activity. Consumption of pigmented rice is still low, but there is an increasing trend and interest in adding value to pigmented grains, producing alternative food products such as rice flakes, breakfast cereals and snacks. Then, the objective of this study was to produce extruded rice from whole grain of black (SCS 120 ÔNIX) and red rice (SCS 119 RUBI). Rice cultivars were grown at experimental fields of Epagri/SC. The conditions of the extrusion process were optimized to achieve the best technological properties and to attain the retention of bioactivties. The phytochemical composition antioxidant activity and technological properties of the pigmented rice flour were investigated before and after extrusion. In addition, the acceptability of the two selected final products was assessed by 150 consumers. The black rice showed significantly higher contents of macronutrients (protein, fiber and minerals) than red rice. The total phenolic compounds (TPC) and total flavonoids in black rice were also 25% (569.3 mg eq. ac. ferulic/100 g) and 44%, (496.9 mg eq. catechin/100 g) respectively, higher than in red rice. In black rice flavonoids were represented mainly by anthocyanins, while in red rice the main flavonoids were proanthocyanidins. Black rice showed the highest antioxidant activity. The predicted optimum extrusion conditions were settled down at 15.5 and 16 % of moisture and 159 and 150ºC of temperature for black and red rice, respectively. The extrusion process induced a drastic loss of TPC, flavonoids and proanthocyanidins and remaining contents were not higher than 14% in red rice and residual antioxidant activity was also very low. Black rice was also significantly affected by the extrusionm but in a lesser degree. The concentration after extrusion was 32% (TPC), 22 % (flavonoids), 11% (anthocyanins) and a remaining 40 % and 30 % antioxidant activity by ORAC and DPPH methods, respectively. Consumer acceptability of extrudates was similar and the average scores awarded were located between 4.8 to 7.7 (corresponding to the categories \"not liked/disliked to \"liked so much\") for all attributes evaluated in the 9-point hedonic scale. High acceptability scores (higher than 70 %) were observed for shape, size, color and texture hardness in dry extrudates and consistency in extrudates with milk. The lowest acceptability (60 %) was noted for flavor. It could be explained because of the extrudates were not flavoured. Furthermore, it was shown that 26 % of consumers certainly would buy both extrudates. The pigmented rice flour demonstrated to be a good alternative to produce extruded breakfast cereals which had his own color, showed good nutritional and sensory properties, besides being a gluten-free product.
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Assistência de ar e volumes de pulverização na deposição de gotas e controle do arroz vermelho (Oryza sativa L.) /

Viganó, Leopoldo Luís de Souza, 1981- January 2006 (has links)
Orientador: Carlos Gilberto Raetano / Banca: Dagoberto Martins / Banca: Marcelo da Costa Ferreira / Resumo: O presente trabalho teve como objetivo avaliar o efeito da assistência de ar junto à barra de pulverização e três volumes de aplicação na dessecação e deposição da calda em arroz vermelho sob cultivo de nabo forrageiro em recuperação de áreas de várzeas, pulverizado com herbicida paraquat e corante azul brilhante, respectivamente. Os volumes de calda de pulverização foram 100, 200 e 300 L ha-1, da solução contendo corante alimentício (0,15%, p/v). Tanto na presença do ar junto à barra quanto na sua ausência foram utilizadas pontas de pulverização de jato plano tipo AXI 110015 a pressão de 117,3 kPa, AXI 11002 e AXI 11003 a pressão de 276 kPa. A avaliação da deposição da pulverização deu-se em folhas de plantas de arroz vermelho. Verificou-se nos resultados que houve diferença na deposição entre diferentes técnicas e volumes de calda testados nas plantas de arroz vermelho. Maior deposição foi alcançada pelo maior volume aplicado (300 L ha-1) com a assistência de ar junto à barra pulverizadora. Não se constatou diferença na deposição quando aplicados os volumes de 100, 200 e 300 L ha-1 sem assistência de ar e 200 e 300 L ha-1 com assistência de ar. As maiores porcentagens de dessecação de arroz vermelho foram constatadas com a aplicação de 300 L ha-1, tanto na presença quanto na ausência de assistência de ar junto à barra pulverizadora. / Abstract: The aim of this research was to evaluate the effect of air-assistance on spraying at three volumes in the dessecation and deposition on red rice under fodder radish cultivation. To evaluate the dessecation and spray deposition were used paraquat herbicide and a Brilliant Blue dye, respectively. The three volumes of spray were 100, 200 and 300 L ha-1, using a tracer dye at 0,15% (w/v). Both solution used flat fan nozzles AXI 110015 at 117.3 kPa, AXI 11002 and AXI 11003 at 276 kPa. The evaluation of deposition was made on red rice leaves. We observed no significant different deposition between spray techniques and application volumes on red rice plants. Higher deposition was obtained by 300 L ha-1 application with air assistance in the spray boom. No difference it was observed on spray deposition at 100, 200 and 300 L ha-1 volumes without air assistance and at 200 as well as 300 L ha-1 with air assistance. The highest percentages of red rice dessecation were observed with 300 L ha-1 application with or without air assistance at the sleeve boom sprayer. / Mestre
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Globalização e território nas tendencias de desenvolvimento para o setor agroalimentar e suas implicações para a agricultura familiar: análise de caso da Indicação Geográfica do arroz vermelho do Vale do Piancó – PB

Ervolino, Mônica Laura Caroli 29 April 2015 (has links)
Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2016-07-12T14:56:35Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2913144 bytes, checksum: 3e746bed102ff547a9cf6a10ab1251c2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-12T14:56:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2913144 bytes, checksum: 3e746bed102ff547a9cf6a10ab1251c2 (MD5) Previous issue date: 2015-04-29 / não possui abstract. / países da América Latina ajustam seus sistemas agroalimentares às pressões dos organismos financeiros internacionais, alinhando-se às exigências da Organização Mundial do Comércio (OMC) e adotando estratégias de crescimento por via das exportações. A Indicação Geográfica (IG) surge no Brasil neste contexto, é um instrumento que vincula o produto a seu território de origem, para diferenciação e valorização de produtos no mercado, que potencialmente repercute no desenvolvimento territorial, no sentido de valorizar as particularidades de produtos de diferentes regiões, valorizando então, estes territórios, fomentada no campo pelo Ministério da Agricultura (MAPA). O arroz vermelho produzido no Vale do Piancó, na Paraíba, esteve em processo de obtenção de IG, apoiado tecnicamente pelo Projeto Arroz Vermelho (Faepa/Senar) de 2008 a 2011, sendo um caso expressivo pelo caráter tradicional do arroz vermelho, constituindo no Vale do Piancó um refúgio do cultivo dessa variedade por cerca de 2.200 agricultores familiares locais. Identificamos que a abordagem das IGs pode ser orientada em duas vertentes: para a preservação das tradições e do patrimônio, valorizando os territórios e resignificando a agricultura familiar; e por outro lado, utilizado somente como instrumento de competitividade no mercado, como marketing territorial, reestruturando os espaços rurais e a dinâmica da agricultura familiar segundo a lógica capitalista. Portanto torna-se necessário verificar o funcionamento deste instrumento, no contexto da agricultura familiar brasileira, e no caso do Vale do Piancó, uma agricultura nordestina, praticada em uma região semiárida, para isso realizamos a análise do processo de registro de IG realizado pelo Projeto Arroz Vermelho Faepa/Senar. Tal projeto, atuou no território durante 4 anos e não interviu nas necessidades básicas que dificultam a produção, pouco envolveu os agricultores no processo de IG, e tão pouco considerou a realidade destes, impulsionando na prática um modelo de desenvolvimento empresarial no campo que exclui os agricultores tradicionais, sendo portanto, no processo de IG um modelo de desenvolvimento incentivado.
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Abordagem metagenômica para isolamento de uma nova celulase em restos culturais de arroz vermelho / Metagenomic approach for isolation of a novel cellulase from red rice crop residues

Silva, Bruna Regina dos Santos 03 February 2017 (has links)
Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2017-02-16T18:12:51Z No. of bitstreams: 1 PDF - Bruna Regina dos Santos Silva.pdf: 4083927 bytes, checksum: f31770fedd1b2c616664828556da3d87 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2017-03-07T16:47:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Bruna Regina dos Santos Silva.pdf: 4083927 bytes, checksum: f31770fedd1b2c616664828556da3d87 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-07T16:47:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Bruna Regina dos Santos Silva.pdf: 4083927 bytes, checksum: f31770fedd1b2c616664828556da3d87 (MD5) Previous issue date: 2017-02-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Red rice is practically unknown by most Brazilians, but in Paraíba as in other Northeastern states, it is highly cultivated and has great socioeconomic importance, cultivated mainly by small farmers. In agricultural activity, large quantities of cellulolytic materials are generated. This material is degraded by cellulolytic microorganisms, which hydrolyze and metabolise cellulose efficiently. There is a great commitment to the development of renewable alternatives to fossil fuels and one of these alternatives is second generation ethanol production, using enzymatic hydrolysis in vegetable biomass derivatives and subsequent fermentation. Microorganisms exhibit immense genetic diversity and play a variety of roles in maintaining ecosystems. One of these functions is the production of extracellular enzymes, which help in the degradation of organic matter. Cellulase is an enzyme that hydrolyzes cellulose by breaking the β-1,4 linkage. In the search for new non- cultured microorganisms, metagenomics appears as a tool that isolates DNA from environmental sources to identify enzymes with biotechnological potential. In this work, a gene encoding an endoglucanase was cloned from red rice culture residues using the metagenomic strategy. The amino acid identity between this gene and its nearest published congeners is less than 70%. The gene found has potential for use in the production of ethanol from cellulosic biomass (second generation ethanol). / O arroz vermelho é praticamente desconhecido pela maioria dos brasileiros, mas na Paraíba assim como em outros estados do Nordeste, é bastante cultivado por pequenos agricultores, apresentando uma grande importância socioeconômica. Na atividade agrícola, grandes quantidades de materiais celulolíticos são gerados. Esse material é degradado por microrganismos celulolíticos, que hidrolisam e metabolizam a celulose de forma eficiente. Existe um grande empenho para o desenvolvimento de alternativas renováveis aos combustíveis fósseis e uma dessas alternativas é a produção etanol de segunda geração, utilizando a hidrólise enzimática em derivados de biomassa vegetal e sua posterior fermentação. Os microrganismos apresentam uma imensa diversidade genética e desempenham vária funções na manutenção de ecossistemas. Uma dessas funções é a produção de enzimas extracelulares, que ajudam na degradação da matéria orgânica. A celulase é uma enzima que hidrolisa a celulose por meio da quebra da ligação β-1,4. Na busca por novos microrganismos não-cultivados, a metagenômica surge como uma ferramenta que isola o DNA a partir de fontes ambientais para identificar enzimas com potencial biotecnológico. Neste trabalho, um gene que codifica uma endoglucanase foi clonado a partir de resíduos de cultura do arroz vermelho utilizando a estratégia metagenômica. A identidade de aminoácidos entre este gene e os seus congêneres mais próximos publicado é inferior a 70%. O gene encontrado possui potencial para uso na produção de etanol a partir de biomassa celulósica (segunda etanol geração).

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