Typ 1 diabetes (T1D) är en kronisk autoimmun sjukdom där insulinproduktionen försämrats på grund av selektiv destruktion av de insulinproducerande β-cellerna i pankreas. Etiologin är komplicerad, incidensen är högre vintertid vilket tyder på inblandning av miljöfaktorer, men genetisk predisposition har en betydande roll. De gener som främst associerats med ökad risk finns på kromosom 6 i HLA-regionen och är viktiga för det adaptiva immunförsvaret. Ytterligare triggers hos genetiskt mottagliga individer är troligen virus. Autoimmunitet är ett misslyckande av kroppens immunförsvar när det gäller att tolerera egna antigen, möjliga mekanismer för virusinducerad autoimmunitet är bystander-aktivering och molekylär imitation. Coxsackievirus B (CVB), undergrupp till enterovirus (EV), antas vara förknippat med diabetes, då viruset selektivt förstör β-cellerna, ofta medierat av inflammation. Autoantikroppar (AAb) används som markörer för att tidigt upptäcka ökad risk för T1D. Många forskningsprojekt pågår, framför allt i Skandinavien, som driver kunskapsläget framåt. Syftet med detta arbete var att undersöka om EV-infektioner påverkar immunförsvaret till att angripa β-cellerna och om EV har betydelse för utvecklandet av AAb och T1D. Sökningar utfördes på Pubmed med sökord: ”enterovirus”, ”diabetes” och ”infection”. Fem artiklar valdes som visade EV-infektioners variation när det gäller delaktighet i T1D-progressionen. Resultatet visar att kronisk EV-infektion i mukosa kan spridas till pankreas och leda till inflammation med AAb-utveckling som följd och att EV-RNA förekommer i både endokrin och exokrin vävnad. Utöver det visades att CVB påverkar AAb-utveckling negativt och att långvariga låg-gradiga CVB-infektioner triggar förändringar på transkriptionsnivå som leder till autoimmunitet. Ett vaccin mot CVB skulle eventuellt kunna förhindra dessa förändringar och studier på NOD-möss visar möjligheter. T1D är en mycket heterogen sjukdom vilket är en utmaning för hela forskarkåren. Frågorna är fortfarande många, detta arbete har endast skrapat på ytan av det enorma fält som diabetesforskningen berör. Slutsatsen är att EV fungerar som en accelerator vid T1D-utveckling, men om T1D-utvecklingen underlättas i en inflammatorisk miljö, eller om EV orsakar inflammationen som leder till destruktion av β-celler gav detta arbete inte svar på. / Introduction: Type 1 diabetes (T1D) is a chronic autoimmune disease in which insulin production is completely or partially eliminated due to selective destruction of the insulin-producing β-cells in the pancreas. In Sweden, about 50,000 individuals live with T1D, of which 7,000 are children. There is a higher incidence during the winter, which suggests an involvement of environmental factors. The etiology is complicated, genetic predisposition has a decisive role, and genes that are mainly associated with increased risk are located on chromosome 6 in the HLA region which are important for the adaptive immune system. Other putative environmental factors have been studied with different results. Particular focus has been given to viruses, mainly enteroviruses (EVs), which are triggers of T1D in genetically susceptible individuals. The selective β-cell destruction is mostly mediated by inflammation and insulitis occurs close to T1D diagnosis (<1 year). Autoantibodies (AAb) are used as biomarkers for early detection of T1D. Autoimmunity is a failure of the immune system tolerance to self-antigens. Potential mechanisms for virus-induced autoimmunity are bystander activation and molecular mimicry. EV is a single-stranded RNA virus that has a specific tropism for pancreatic β cells: is cytolytic and kills the host cell. Coxsackievirus B (CVB) is a subgroup of EV that is considered to have association with diabetes. Many research projects are ongoing, especially in Scandinavia, possibly because a high T1D prevalence has created an interest that has driven research and the state of knowledge forward. Aim: This work investigates whether EV infections affects the immune system to attack β cells and what role this has for AAb and T1D development. Method: Literature search was performed in Pubmed with keywords: "enterovirus", "diabetes" and "infection". Five articles were selected that were relevant and showed variations of EV infections in terms of participation in T1D progression. Results: In summary, the studies show that chronic EV infection present in the mucosa can spread and lead to inflammation of the pancreas with AAb development as a result. One study showed that EV-RNA is not only found in endocrine tissue but also exocrine tissue. In addition, it was shown that CVB negatively affects AAb development and that persistent low-grade CVB infections trigger changes in the level of transcription that lead to autoimmunity. A vaccine against CVB might be able to prevent these changes as demonstrated by studies on NOD mice. T1D is a heterogeneous disease, which is a challenge for the entire research community. The questions remain and this work has only scratched the surface of the huge field of diabetes research. Conclusion: EV acts as an accelerator in T1D development, but the question whether T1D development is facilitated in an inflammatory environment, or whether EV itself causes the inflammation that leads to the destruction of β-cells, remains to be answered.

Crohns sjukdom är en kronisk inflammatorisk sjukdom som påverkar hela gastrointestinala kanalen, från mun ner till ändtarmen. Sjukdomen är progressiv och innefattar olika skov av symptom, som till exempel diarré, magont, rektalblödning, viktminskning, feber och trötthet. Den exakta patofysiologiska orsaken är ej klargjord, men tros bero på olika faktorer som till exempel genetiska faktorer, miljöfaktorer samt immunologiska faktorer. Det är känt att individer med inflammatorisk tarmsjukdom (IBD) uttrycker en större population av mastceller och eosinofiler i tarmsubmukosa, och kan orsaka diverse symptom. Histamin-4 receptorer är G-proteinkopplade receptorer som har en nyckelroll i att förmedla inflammatoriska svar, och spelar en roll i immuncellsmigration till inflammerade vävnader. Syftet med projektet är att studera uttrycket av histaminreceptorn H4 på eosinofiler och mastceller i inflammerad tarmvävnad från patienter med Crohns sjukdom. Det medverkade 16 patienter, varav 8 hade Crohns sjukdom, och 8 var friska kontrollpatienter som opererats för tarmcancer. Uttrycket av eosinofiler, mastceller och Histamin-4 receptorer studerades med hjälp av immunohistokemisk metod. Resultatet visar statistisk signifikanta skillnader mellan patient och kontrollgruppen när det kommer till eosinofiler och mastceller, med ett p-värde <0,05. Det uppvisades ingen signifikant skillnad mellan grupperna när det kom till icke inmärkta celler som uttrycker histamin-4 receptorer, eosinofiler som uttrycker receptorn samt mastceller som uttrycker receptorn. Sammanfattningsvis finns det ett behov att studera detta område igen, med större urval, och möjligtvis förbättrade metoder för att komma fram till säkerställda slutsatser. / Crohn's disease (CD) is a chronic inflammatory disease that affects the entire gastrointestinal tract, from the mouth down to the rectum. The disease is progressive and involves flare-ups of symptoms such as diarrhea, abdominal pain, rectal bleeding, weight loss, fever, and fatigue. The exact pathophysiological cause is unclear but is believed to be related to various factors, including genetic, environmental, and immunological factors. It is known that individuals with inflammatory bowel disease (IBD) express a higher population of mast cells and eosinophils in the intestinal submucosa, which can cause diverse symptoms. Histamine-4 receptors are G-protein-coupled receptors that play a key role in mediating inflammatory responses and are involved in immune cell migration to inflamed tissues. The aim of the project is to study the expression of the histamine receptor H4 on eosinophil granulocytes and mast cells in inflamed intestinal tissue from patients with CD. Sixteen patients participated, including 8 with CD and 8 control patients who underwent surgery for colon cancer. The expression of eosinophils, mast cells, and histamine-4 receptors was studied using immunohistochemical methods. The results show statistically significant differences between the patient and control groups in terms of the number of eosinophils and mast cells, with a p-value <0.05. There was no significant difference between the groups in terms of un-stained cells expressing histamine-4 receptors, eosinophils and/or mast cells expressing the receptor. In conclusion, there is a need to further study this area with larger sample sizes and possibly improved methods to arrive at conclusive findings.

Systemisk skleros (SSc) är en autoimmun rheumatisk sjukdom som kännetecknas av fibros i huden och/eller de interna organen, vaskulopati och en autoimmun reaktion från immunförsvaret, med eller utan specifika autoantikroppsprofiler. Diagnostisering och sjukdomsbehandling försvåras av sjukdomens heterogena natur. Det finns därför ett behov av pålitliga autoantikroppsbiomarkörer som kan bistå vid diagnostisering av patienter. Autoantikroppar som förekommer i serum kan avslöja sjukdomstillståndet hos patienter samt indikera en prognos om de korreleras till ett specifikt klinisk symtom. Syftet med denna studie var att identifiera autoantikroppar som kanditater till nya biomarkörer inom systemisk skleros i hopp om att dessa ska kunna förbättra stratifiering av patienter, samt att addera kunskap om autoantikroppsreaktivitet inom sjukdomen. Autoantikroppsprofilerna i 107 serumprover, där 55 tillhörde SSc-patienter och 52 tillhörde inflammatoriska kontroller, analyserades i två faser med en planar antigen array för en initial objektiv identifiering av möjliga autoantikroppskandidater, som sedan verifierades i en suspension bead array. Resultaten konfirmerar reaktivitet mot kända autoantigen, så som centromer protein B (CENPB) och DNA topoisomeras I (TOP1), samt identifierar fosfatidylinositol-5-fosfat 4-kinas typ 2 beta (PIP4K2B) som en ny, potentiellt specifik, autoantikroppskandidat för sjukdomen. Tripartite motif containing 21 (TRIM21) som är ett känt autoantigen hos flera systemiska autoimmuna sjukdomar visar potential för att kunna stratifiera sjukdomen. Resultaten i denna studie adderar ny information till kontexten inom autoantikroppsreaktivitet hos patienter med systemisk skleros som efter en mer omfattande dataanalys förhoppningsvis kommer att vara användbar inom diagnostisering av patienter samt för att skräddarsy behandling av sjukdomen. / Systemic sclerosis (SSc) is a highly heterogeneous rheumatic autoimmune disease that is characterized by fibrosis of the skin and/or visceral organs, vasculopathy, and an irregular immune response with or without specific autoantibody profiles. The heterogenic nature of the disease creates a challenge in diagnosis and clinical management of patients. There is thus a need for reliable autoantibody biomarkers that could aid in patient stratification. Serum autoantibodies are indicative of the disease state and may reveal prognosis if correlated to a specific clinical feature. This study aimed to discover novel autoantibody biomarker candidates with the hopes of improving patient stratification and to provide additional knowledge on the autoantibody reactivity in systemic sclerosis. By using a two-phase study design, an autoantibody profiling of 107 serum samples, consisting of 55 SSc samples and 52 inflammatory controls, was performed using the planar antigen array for initial discovery and a suspension bead array for verification. Resulting data confirms reactivity to known targets such as centromere protein B (CENPB) and DNA topoisomerase I (TOP1), while also identifying phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase type 2 beta (PIP4K2B) as a potential novel target that is specific to the disease. Tripartite motif containing 21 (TRIM21), a known target among several systemic autoimmune diseases, show potential as a target for patient stratification. The results of this study add new information to the context of autoantibody reactivity in systemic sclerosis, which after more extensive data analysis, could be useful in improving the stratification of patients and in tailoring treatment.

Antibodies are naturally occurring in humans, with the function to protect the body from pathogens. Occasionally, antibodies towards the body’s own proteins are produced. These so called autoantibodies are present in healthy individuals but are also highly associated with diseases with autoimmune involvement. Research on autoantibodies in healthy individuals as well as in patients is important to gain knowledge and facilitate prognostics, diagnostics and treatment. However, a method for purification of these antibodies has not previously been described. In the present project, an enrichment procedure of circulating autoantibodies found in human plasma is described. Twenty protein fragments previously known to be highly reactive were attached to magnetic microbeads, enabling autoantibodies from eight human plasma sample pools to be captured. The six antigens with highest shown reactivity were chosen for elution procedure. Using pH alterations and heat treatments, a successful elution and enrichment procedure was developed. With analysis of the eluted autoantibodies, it can be established that the enrichment was successful on multiple sample pools. In the scaled-up procedure, autoantibodies could be enriched in all positive antigen-sample combinations. Concentration measurements indicated amounts of up to 0.23 mg antibodies per ml eluate. This implies sufficient concentrations for further applications of the enriched autoantibodies. / Antikroppar förekommer naturligt i människor, med syftet att skydda kroppen från patogen. I vissa fall skapas av misstag antikroppar som angriper kroppens egna proteiner. Dessa autoantikroppar förekommer hos alla människor, såväl friska som sjuka, men de är också starkt förknippade med autoimmuna sjukdomar. Kunskapen om autoantikroppar hos friska personer och hos patienter är idag begränsad, men fortsatt forskning inom området förväntas i framtiden underlätta prognostik, diagnostik och behandling. Hittills har ingen metod för anrikning av autoantikroppar ur blodplasma beskrivits. I detta projekt beskrivs en anrikningsmetod för autoantikroppar ur blodplasma från människa. Tjugo tidigare kända högreaktiva proteinfragment fästes på magnetiska mikrokulor. Dessa antigen-täckta mikrokulor användes för att fånga in autoantikroppar från åtta plasmaprover. De sex proteinfragment som hade högst reaktivitet i dessa prover valdes ut för elueringsförsök. Eluering genomfördes under basiska följt av sura förhållanden, tillsammans med värmebehandling. Denna elueringsmetod fungerade för anrikning av några autoantikroppar från flera av plasmaproverna. I ett utökat experiment kunde autoantikroppar anrikas ur alla kombinationer av antigen och plasmaprov som förväntades ge signal. Koncentrationen av autoantikroppar i eluaten uppskattades till högst 0.23 mg/ml. Denna koncentration är tillräcklig för flera vanliga metoder där antikroppar används.

Diss. (sammanfattning) Linköping : Univ., 2004. / Härtill 6 uppsatser.

Introduktion. Autoimmun tyreoidit (AITD) är en kronisk autoimmun sjukdom där immunförsvarets antikroppar (ab) attackerar tyreoideaproteinerna tyreoideaperoxidas (TPO) och/eller tyreoglobulin (TG). Studier visar att selentillskott hos patienter med AITD kan minska tyreoideaantikroppar, storleken och antalet noduler hos en förstorad tyreoidea. Syftet med detta arbete var att undersöka hur selentillskott påverkar serumnivåer av TPOab, samt tyreoideahormonnivåer vid AITD.   Metod. Arbetet är en litteraturstudie och därför har metoden varit att samla relevant litteratur genom PubMed med sökningar som ”selenium autoimmune thyroiditis”, ”selenium thyroid” och ”autoimmune thyroiditis”. Bland sökresultaten valdes nio artiklar ut baserat på studiekvalitet, publikationsår och relevans. Bland artiklarna granskades och sammanställdes uppmätta nivåer av TPOab samt tyreoideahormonnivåer, vilka valdes som indikation på effekt utav selentillskott. Resultat. Resultaten var inkonsekventa. Majoriteten av studierna (7 av 9) tydde på att oral administrering av selentillskott effektivt minskade serumkoncentrationerna av TPOab hos patienter med AITD i alla åldersgrupper. De studier som resulterade i störst minskning av TPOab pågick i 3-12 månader. Utav de 9 studerade artiklarna var det endast en studie som inte rapporterade någon som helst positiv klinisk effekt hos patienterna. Två av studierna visade att selen förhindrar vidare försämring av tyreoideans ekogenitet, vilket tyder på att selen kan hejda inflammationsprocessen men ej reversera tyreoideaskadorna den orsakat. Majoriteten av studierna (7 av 9) visade att selentillskott ej ger några signifikanta förändringar i tyreoideahormonerna: TSH, fT4 och fT3. Diskussion. Varför AITD-patienter svarar olika på selenadministrering är ännu okänt, men kan misstänkas bero på selenbehandlingens varaktighet, patienternas intratyroidnivåer av selen vid studiens början, förekomst av jodbrist, samt patienternas ålder och sjukdomsprogression. Slutsats. Att ha adekvata fysiologiska nivåer av selen är av stor vikt för att bevara tyreoideans hälsa och förebygga tyreoidearelaterade sjukdomar. Majoriteten utav de granskade studierna visar att tillskott av selen kan minska antalet TPOab. Selentillskott kan även ha immunrelaterade fördelar men verkar inte påverka nivån tyreoideahormonnivåer. Inga negativa effekter påvisades vid intag av selentillskott vilket gör dess administrering säker. Fler studier behöver dock göras för att fastställa effektiviteten av selentillskott vid AITD. / Introduction. Autoimmune thyroiditis (AITD) is a chronic autoimmune disease in which the immune system's antibodies (ab) attack the thyroid proteins thyroid peroxidase (TPO) and/or thyroglobulin (TG). Studies show that selenium supplementation in patients with AITD can reduce thyroid antibodies and the size and number of nodules in an enlarged thyroid. The purpose of this study was to investigate how selenium supplementation affects the serum levels of thyroid peroxidase antibodies (TPOab) and thyroid hormone levels in autoimmune thyroiditis. Method. This is a literature study and therefore the method has been to gather relevant literature through searches on PubMed such as "selenium autoimmune thyroiditis", "selenium thyroid" and "autoimmune thyroiditis". Among the search results, nine articles were selected based on quality, publication year and relevance. Among the articles, measured levels of TPOab and thyroid hormone levels were examined and compiled, and were chosen as an indication of the effect of selenium supplementation. Results. The results were inconsistent. The majority of the studies (7 of 9) suggest that oral administration of selenium supplements effectively reduced serum concentrations of TPOab in patients with AITD in all age groups. The studies that resulted in the largest decrease in TPOab lasted for 3-12 months. Out of the 9 examined studies, only one study did not report any positive clinical effect in patients. Two of the studies showed that the selenium prevents further impairment of thyroid echogenicity, suggesting that selenium can inhibit the inflammatory process but not reverse the pre-existing thyroid damage it’s caused. The majority of studies (7 out of 9) show that selenium supplementation does not produce significant changes in the thyroid hormones: TSH, fT4 and fT3. Discussion. Why AITD-patients respond differently to selenium administration is still unknown, but it may be due to the duration of selenium treatment, the patients' intrathyroid levels of selenium at the onset of the study, the presence of iodine deficiency, as well as the age and disease progression of the patients. Conclusion. Having adequate physiological levels of selenium is of great importance in preserving thyroid health and preventing thyroid-related diseases. The majority of the studies show that selenium supplementation can reduce the number of TPOab. Selenium supplementation may also have immune related benefits but does not appear to affect the thyroid hormone levels. No adverse effects were observed during selenium supplementation, which makes its administration safe. However, more studies are needed to determine the effectiveness of selenium supplementation for AITD.

Bakgrund: Myalgic Encephalomyelitis eller Chronic Fatigue Syndrome (ME/CFS) omfattar ett spektrum av olika symptom som bland annat påverkar de autonoma och neurologiska systemen, kognitiv funktion och ger immunologiska störningar med mera. De karakteristiska symptomen är oförklarlig kronisk trötthet, ansträngningsutlöst fysisk och mental uttröttbarhet Post Exertional Malaise (PEM). Trots forskning inom ett flertal områden är den underliggande molekylära orsaken bakom ME/CFS inte fastställd. Flertalet hypoteser om sjukdomsorsaken finns, varav en är att ME/CFS är en autoimmun sjukdom. Syfte: Syftet med litteraturstudien är att undersöka huruvida det finns autoimmuna aspekter i ME/CFS. Metod: Systematisk litteraturstudie utifrån vetenskapliga artiklar, publicerade 2010—2020 i databasen PubMed. Resultat: Studieresultaten är inte helt entydiga när det kommer till att påvisa autoimmuna aspekter i ME/CFS. Antikroppsstudier riktade mot neuronalt protein hos ME/CFS-patienter och behandlingar riktade mot antikroppar, immunoadsorption och rituximab, gav negativa resultat. Däremot observeras HSP60 (heat shock protein 60) antikroppar för specifika korsreaktiva epitoper i en undergrupp av ME/CFS-patienter, vilket stämmer överens med infektionsutlöst autoimmunitet. Även i de två genstudierna, HLA-association (human leucocyte antigen) och SNP (single nucleotide polymorphism) genotypning i immungener, observeras karakteristiska riskgener för autoimmun sjukdom, tydligast resultat observerades hos de patienter som har en infektionsutlöst ME/CFS. Slutsats: Trots delvis negativa resultat ges visst stöd för hypotesen då dessa indikerar autoimmuna aspekter i en undergrupp av infektionsutlöst ME/CFS. / Background: Myalgic Encephalomyelitis or Chronic Fatigue Syndrome (ME/CFS) is a debilitating disease which is characterized by unexplained and persistent post exertional fatigue (PEM) and a myriad of symptoms related to neurological disturbance, immunological, cognitive and autonomous dysfunction. Despite biomedical research from a disparate field of expertise the pathogenesis and etiology of ME/CFS is not well-understood. Several hypotheses regarding the pathogenesis have been proposed one of which is that ME/CFS is an autoimmune disease. Aim: The purpose of the literature study is to investigate whether there are autoimmune aspects in ME/CFS. Method: A systematic literature study based on scientific articles, published 2010-2020 in the PubMed database. Results: The study results are not entirely consistent when it comes to detecting autoimmune aspects in ME/CFS. Antibody studies targeting neuronal proteins in ME/CFS-patients and antibody treatments, immunoadsorption, and rituximab yielded negative results. In contrast, HSP60 (heat shock protein 60) antibodies for specific cross-reactive epitopes are observed in a subset of ME/CFS patients, which corresponds to infection-triggered autoimmunity. The two gene studies, HLA (human leucocyte antigen) association and genotyping of SNP (single nucleotide polymorphism) in immune genes, observed characteristic risk genes for autoimmune disease. Significant results were observed in ME/CFS- patients with an infection-triggered onset. Conclusion: Despite partially negative results, some support exists for the hypothesis as results indicate autoimmune aspects in ME/CFS with an infection-triggered onset.

Alzheimers sjukdom (AD, eng. Alzheimer’s disease) upptäcktes för 111 år sedan av Alois Alz-heimer. Idag är det den ledande orsaken till demens hos äldre, och incidencen förväntas öka med befolkningens ökande livslängd. År 2050 förutspås antalet patienter med AD nå 10 miljoner personer [1]. Det har gjorts många försök att angripa AD via dess främsta kännetäcken, såsom plack av beta-amyloid (Aβ), Aβ-oligomerer, och ansamlingar av tau-protein, kallat tau-trassel. Trots att forskning om AD bedrivits i flera årtionden är dess orsak alltjämt okänd.På sistone har det funnits ett fokus på de inflammatoriska komponenterna inom AD. Det finns en utbredd aktivering av immunförsvaret i det centrala nervsystemet hos patienter med AD, men varken dess orsak eller dess roll inom AD är känd. Däremot finns det tydliga tecken på att inflammationen är av autoimmun art. Med detta i åtanke är det tydligt att det finns ett stort behov att utröna auto-immunitetens roll inom AD. I denna forskningsstudie användes proteomik-metoder för att bestämma autoantikroppsprofilerna inom plasma och cerebrospinalvätska (CSF, eng. cerebrospinal fluid) hos AD-patienter och en frisk kontrollgrupp.I denna studie användes par av plasma- och CSF-prover från 23 friska individer och 49 patien-ter. Dessutom inkluderades 2 plasmaprover och 18 CSF-prover från patienter. En 380-faldig och en 314-faldig riktad analys gjordes med hjälp utav suspension bead array-teknologi (SBA). Varje SBA bestod av färgkodade, magnetiska mikrosfärer i suspension, med antigen immobiliserade på kulornas yta. Denna analysmetod användes för att undersöka autoantikropssprofilerna i alla prover. Resul-taten visade en ökad respons från autoantikroppar mot antigenen SLC17A6 (Solute Carrier Family 17 Member 6), MAP1A (Microtubule Associated Protein 1A), och MAP2 (Microtubule Associated Protein 2) i patiener gentemot friska individer. Dock har dessa antigen uppvisat en bred reaktivitet i tidigare, opublicerade studier. Därför behövs ytterligare forskning för att fastställa deras roll inom AD.Dessutom användes paren av plasma- och CSF-prover för att undersöka autoantikroppsprofilernas överrensstämmelse inom varje patient. Det visade sig att korrelationen följde en normalfördelning, med starkare korrelation inom antigen med starkare reaktivitet mot den motsvarande autoantikroppen. Denna studie utgör en av de första storskaliga forskningsstudierna av överrensstämmelsen mellan autoantikroppsprofilerna inom plasma och CSF. / Alzheimer’s disease (AD) was discovered 111 years ago by Alois Alzheimer. Today, it is the leading cause of dementia in elderly, and incidence is expected to increase with life expectancy. By 2050, the number of a˙ected individuals is predicted to reach 10 million [1]. There have been numerous attempts to describe AD by its primary hallmarks, including amyloid plaques, amyloid beta (Aβ) oligomers, and tau tangles. However, despite several decades of intense research, the cause of AD remains unknown.Recently, there has been a focus on the inflammatory components of AD. There is an extensive activation of the immune system within the CNS of AD patients, but neither its cause nor its role in AD is known. However, there are strong indications that the inflammation has an autoimmune character. Considering this, there is an imperative need to examine autoimmunity within AD. In the present study, a proteomic approach was used to determine the autoantibody profiles within plasma and cerebrospinal fluid (CSF) within AD patients and healthy controls.Paired plasma and CSF samples from 23 healthy controls and 49 patients were included in the present study. In addition, 2 plasma samples and 18 CSF samples from patients were included (not paired). One 380-plex and one 314-plex targeted suspension bead array (SBA), each consisting of color-coded magnetic microspheres with immobilized antigens, were used to analyze autoantibody profiles in all samples. The resulting data revealed an increased autoantibody response towards anti-gens SLC17A6 (Solute Carrier Family 17 Member 6), MAP1A (Microtubule Associated Protein 1A), and MAP2 (Microtubule Associated Protein 2) in patients compared to healthy controls. However, as these antigens have displayed wide reactivities in previous, unpublished studies, they require further investigation to determine their role in AD.Furthermore, the paired CSF and plasma samples were used to investigate the correlation of autoantibody profiles within patients. The correlation was found to follow a normal distribution, with correlation being higher in antigens displaying stronger autoantibody reactivity. This work represents one of the first large-scale studies on the correlation of autoantibody profiles in plasma and CSF.

The clinical severity of Covid-19 varies greatly between individuals, and all underlying risk factors are not yet well understood. Previous studies have shown Covid patients to be enriched with autoantibodies against type I interferons, suggesting autoimmunity may be an underlying factor of susceptibility to severe disease. In this project, the interplay between severe Covid-19 and autoimmunity was investigated in 114 Swedish patients, sampled in April- May 2020 as well as longitudinal re-samplings 4 and 8 months later, using the infrastructure of the Human Protein Atlas and the SciLife lab autoimmunity and serology profiling unit. First, 16 patients with few comorbidities were analyzed for autoantibodies at a near proteome-wide scale using planar microarrays, after which a custom antigen panel was assembled based on observed reactivities and literature studies. The antigen panel was implemented in a 384-plex suspension bead array which was run for all patient samples and a control group. Among the Covid patients, 23 antigens were called as differentially reactive and 8 of them were proposed as relevant to immunoregulation or Covid pathogenesis. The results partially replicated previous findings of autoimmunity directed to type I interferons and offer a list of candidate autoantigens for further inquiries. / Allvarlighetsgraden av sjukdomen Covid-19 varierar kraftigt mellan individer och alla underliggande riskfaktorer är ännu inte förstådda. Tidigare studier har påvisat Covidpatienter som överrepresenterade med autoantikroppar mot typ I interferoner, vilket förespråkar autoimmunitet som en möjlig underliggande riskfaktor till att utveckla allvarlig Covid. I detta projekt användes infrastrukturen av det mänskliga proteinatlasprojektet och enheten för autoimmunitets- och serologiprofilering på SciLife lab för att undersöka samspelet mellan allvarlig Covid-19 och autoimmunitet i 114 st svenska patienter inlagda under april-maj 2020, samt från uppföljningsprover 4 resp. 8 månader senare. Till en början undersöktes 16 patienter med låg grad av samsjukdom för förekomst av autoan- tikroppar mot proteomet i stort med hjälp av mikroarrayer. En panel av antigen sammanställdes därefter baserat på resultaten och litteraturstudier. Panelen implementerades som en 384-plex kulsuspensionsarray vilken kördes för alla patientprover samt en kontrollgrupp. Ibland Covidpatienterna klassades 23 st antigen som överrepresenterade, varav 8 st avsågs relevanta för immunoreglering eller sjukdomsförlopp. Resultaten visades delvis återskapa tidigare fynd av autoimmunitet riktad mot typ I interferoner och erbjuda en lista av potentiella autoantigen för vidare efterforskningar.