Orientador : Fumio Yokoya / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos e Agricola / Made available in DSpace on 2018-07-14T03:22:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 BonillaSalas_Gonzalo_M.pdf: 1546033 bytes, checksum: 958399a5617b40d9ca3e282914822856 (MD5) Previous issue date: 1976 / Resumo: O presente trabalho consta da obtenção de parâmetros em curvas de crescimento bacteriano e sua utilização para avaliação da sua população em alimentos. Utilizou-se amostras de pescada foguete (Macrodon ancylodon), por ser esta espécie de grande valor para a economia pesqueira do Brasil e também pela informação que se pode obter de trabalhos anteriores neste laboratório. Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital. / Abstract: This work attempts to obtain parameters for bacterial growth curves and to utilize were ¿pescada foguete¿ (Macrodon ancylodon), due to the fact that it is a species of great value in the Brasilian fishing economy and also because of the information that was available from previous work in this laboratory. Note: The complete abstract is available with the full electronic document. / Mestrado / Mestre em Tecnologia de Alimentos

Magíster en Ciencias, Mención Física / Un baño bacteriano consiste en un fluido en el que nadan bacterias. Este nado produce agitaciones en el sistema, induciendo un campo de velocidades en él. En esta tesis, se presenta un estudio hidrodinámico de las fluctuaciones en un baño bacteriano en aproximación diluida, y los efectos de éstas sobre la agitación del sistema y la difusión de trazadores pasivos sumergidos en él. Debido a su tamaño y velocidades típicas de propulsión, las bacterias se encuentran en un régimen de bajo número de Reynolds, por lo que están sometidas a condiciones de fuerza y torque total nulos, y la dinámica del fluido en que se propulsan está descrita por las ecuaciones de Stokes. Así, la perturbación que una bacteria ejerce en el fluido puede aproximarse como un dipolo de fuerza puntual. El campo de velocidades inducido en el fluido por este dipolo da origen a interacciones entre bacterias. Además, éstas experimentan colisiones, las cuales dominan a altas concentraciones, dando origen a una transición hacia una fase de nado colectivo de tipo nemática. El modelo estudiado consiste en la extensión de una teoría cinética previa, a partir de la cual se obtienen ecuaciones hidrodinámicas para los campos de densidad, orientación y tensor dipolar de las bacterias en dos dimensiones, las que se linealizan en fase isotrópica, cerca de la transición nemática. Se calcularon los modos propios del sistema, además de las correlaciones entre los campos en espacio de Fourier. A partir del campo de velocidades inducido por las bacterias en el fluido se obtuvo su energía cinética, de donde pudo extraerse una temperatura activa del sistema, la cual depende de acoplamientos entre las componentes del tensor dipolar. Se encontró que esta temperatura diverge logarítmicamente con el tamaño del sistema por la presencia misma de las bacterias, mientras que las correlaciones entre ellas tienen el mismo comportamiento para tamaños grandes del sistema, y depende de la intensidad de las fluctuaciones. Este resultado fue extendido a tres dimensiones, donde ambas contribuciones resultan convergentes, dependiendo solamente de las escalas microscópicas. Por otro lado, la velocidad cuadrática media corresponde a un caso particular del tensor de correlaciones espaciales de velocidad. Se encontró en este caso que el modelo predice la formación de vórtices en el sistema tanto en dos como en tres dimensiones. Finalmente, se estudió de forma numérica la difusión de una partícula pasiva siendo arrastrada por el campo de velocidades generado por las bacterias en el fluido. Los resultados obtenidos para el coeficiente de difusión inducida indican que éste crece con el cuadrado del tamaño del sistema, lo cual puede explicarse de manera simple considerando la dependencia de los tiempos de correlación de las fluctuaciones con los valores propios del modelo. En función de la cercanía del sistema a la densidad crítica, en cambio, el coeficiente de difusión inducida no tiene una dependencia clara para los tamaños estudiados, pues esta dependencia se hace evidente sólo a tamaños muy grandes.

Doctora en Ciencias de la Ingeniería, Mención Fluidodinámica / En esta tesis se presenta el estudio de suspensiones pasivas de esferas microm ́etri- cas y suspensiones activas de bacterias tipo Escherichia coli sometidas a un cizalle simple en el l ́ımite de bajo nu ́mero de Reynolds. Se estudian, por un lado, la auto- difusio ́n inducida por el cizalle en suspensiones pasivas de esferas, y por otro, en suspensiones mixtas de esferas pasivas y bacterias para distintas concentraciones de bacterias y esferas. Para modelar las bacterias se utilizo ́ un modelo de bacteria tipo cascabel en las suspensiones y para modelar a una bacteria sometida a fluctuaciones se utiliz ́o una bacteria infinitamente elongada. El trabajo desarrollado consiste en un estudio teo ́rico para el modelo de las bacterias y las ecuaciones de la hidrodin ́amica y por otro lado un trabajo num ́erico para realizar las simulaciones necesarias para el desarrollo de la tesis. Los resultados, en el caso de una suspensio ́n de esferas pasivas sometidas a un cizalle simple, muestran un proceso subdifusivo bastante complejo y extenso en donde las esferas experimentan distintas transiciones hasta llegar al r ́egimen difusivo, estas transiciones toman cada vez m ́as tiempo a medida que la concentracio ́n volum ́etrica de part ́ıculas disminuye. La difusividad var ́ıa como el cuadrado de la concentracio ́n lo que es acorde a los resultados encontrados para interacciones repulsivas de corto alcance. Adem ́as encontramos que el comportamiento subdifusivo es perdido cuando se agregan bacterias en la suspensio ́n, lo que permite que el proceso difusivo se logre ma ́s ra ́pido y sea mayor en el caso de una suspensio ́n mixta. La difusividad de las bacterias disminuye a medida que se aumenta la concentracio ́n de esferas y la difusividad de las esferas aumenta a medida que se agregan bacterias en el sistema. Por u ́ltimo, en la u ́ltima seccio ́n se presentan los resultados para el caso en que la suspensio ́n de bacterias es reemplazada como ruido ambiente en una suspensi ́on y se estudia el comportamiento de una bacteria sometida a ruido multiplicativo en presencia de un cizalle simple oscilante. En este caso se observa que la bacteria tiende a desplazarse preferentemente en la direccio ́n de vorticidad del sistema mostrando una variacio ́n en la intensidad de este desplazamiento con la intensidad de ruido aplicado, fen ́omeno conocido como resonancia estocástica.

Orientador : Yoko Bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-17T07:16:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Destefano_SuzeteAparecidaLanza_M.pdf: 4200957 bytes, checksum: d8139299f2330031ae4745a3d7086b85 (MD5) Previous issue date: 1989 / Resumo: A bactéria xanthomonas campestris é uma bactéria fitopatogênica responsável pela podridão negra em crucíferas e produtora da goma xantana. Este trabalho foi realizado com o objetivo de se avaliar diversos mutantes quanto à auxotrofia, fitopatogenicidade e aumento de viscosidade após a introdução do transposon Tn5 em um mutante SmR de Xanthomonas campestris (NRLL B-1459). Os estudos revelaram que nenhum mutante auxotrófico foi detectado. Foram realizados testes de fitopatogenicidade ¿in vivo". Este método permitiu a seleção de mutantes não patogênicos num período de tempo bem menor que o teste ¿in vivo¿. Estes mutantes foram, posteriormente, testados "in vivo¿, para confirmação dos dados. De um total de 581 clones testados, foi detectada uma freqüência de aproximadamente 2% de mutantes não patogênicos. Para o teste de viscosidade, foram testados 90 recombinantes, selecionados apenas pela característica mucóide apresentada por suas colônias. Dentre estes, foram selecionados cinco recombinantes que apresentaram altos valores de viscosidade. Eles foram submetidos a testes de viscosidade. Eles foram submetidos a testes de viscosidade à várias rotações do viscosímetro, de temperatura e pH e comparados com a goma keltrol, utilizada comercialmente. Foi verificado que os recombinantes apresentaram comportamentos diferentes. No teste à várias rotações e em pH 6.5 os recombinantes 228, 526, 501 e o parental SmR não apresentaram diferenças em relação à goma padrão. Já os recombinantes 432 e 434 apresentaram diferenças significativas. No teste de temperatura todos os recombinantes e o parental SmR foram similares ao comportamento da goma Keltrol. No teste de viscosidade em pH 1.0 foi verificado que os valores de viscosidade da goma produzida pelos recombinantes pela SmR sofreram um decréscimo muito grande, em relação ao padrão. Em pH 11.0, os recombinantes 432, 526 e o parental SmR apresentaram comportamentos semelhantes ao padrão, sendo que o mesmo não foi verificado com os recombinantes 228, 434 e 501 / Abstract: Xanthomas campestris is phytopathogenic bacteria which causes the black rot in crucifers and produces the xanthan gum. The purpose of this study was obtain several different mutants in respect with three characteristics auxotrophy phytopathogenicity and viscosity after the introduction of transposon Tn5 in a mutant SmR OF Xanthomonas campestris (NRRL B-1459). No auxotrophic mutant could be detected. Phytopathogenicity tests performed ¿in vitro¿ enabled nonpathogenic mutants selection in a shorter period of time than the usual ¿in vivo¿ tests. These mutants were, then, tested "in vitro¿ to confirm the results obtained. Five hundred eighty-one (581) recombinants were tested and a frequency of 2% lost the phytopathogenicity characteristic was detected. Ninety (90) recombinants, selected by their mucoid characteristic, were tested for the viscosity broth culture. Among them, five recombinants showing the highest values of viscosity broth culture. Among them, five recombinants showing the highest values of viscosity were analysed in different rotation behaviour compared to the Keltrol gum, except for the strain 432 wich showed similarity in most characteristics / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Rahma Nelly Neder / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-18T01:14:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Foresti_Fausto_D.pdf: 4903020 bytes, checksum: 110ac2d6af5e47efbaf63fe89afcdd0c (MD5) Previous issue date: 1972 / Resumo: Mutantes auxotróficos de Xanthomonas compestris foram obtidos através de indução com luz ultravioleta, seguida pelo tratamento com penicilina. Três desses mutantes foram ensaiados ¿in vitro¿ e ¿in vivo¿ em relação a sua patogenicidade em plântulas de repolho. Dentre os resultados obtidos podemos tirar as seguintes conclusões: a) A freqüência de mutação foi de um mutante por 1,4 x ¿10 POT. 2¿ colônias testadas, ou seja 0,7%. b) O requerimento nutricional, determinado por auxonografia, foi específico para cada mutante. c) Foram obtidos 4 mutantes para cisteína, 2 para histidina, 2 para arginina, 1 para fenilalanina e 1 para treonina. d) Na determinação das curvas de crescimento dos mutantes glicina, histidina e arginina, nenhum deles mostrou traços de crescimento em meio mínimo não suplementado; apresentaram, pois, deficiência completa para as substâncias que requeriam. e) Os mutantes entre si, quando suplementados com os respectivos aminoácidos, mostraram uma diferença na rapidez de crescimento, mas de modo geral o crescimento total foi o mesmo, sendo um pouco menor para o mutante histidina. f) Com suplementação de 100,0 mcg/ml do aminoácido requerido, os três mutantes apresentaram crescimento menor que o da linhagem selvagem desenvolvida em meio mínimo com igual suplementação, porém um crescimento maior que a linhagem selvagem desenvolvida sem suplementação... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Auxotrophic mutants of Xanthomonas campestris were induced by ultraviolet irradiation, followed by penicillin treatment. The mutant yield was approximately one mutant per 1,4 x ¿10 POT. 2¿ tested colonies. The nutritional requirements of these mutants were determined auxonographically and were specific in that no other growth factor would support growth. Twelve amino acid requiring mutants were obtained. Three of these mutants were tested for their pathogenicity on cabbage plants in laboratory and green-house experiments. The auxotrophic mutations seemed to have effects on pathogenicity. Mutants showed to be avirulent ¿in vitro¿ even whem their required substances were furnished from a external source to the host. When exogenous required nutrient were supplied ¿in vivo¿, the pathogenicity of glycine requiring mutant was restored; however, the mutant requiring histidine and arginine remained avirulent. No reversion was observed in any of the auxotrophic mutant studied. / Doutorado / Doutor em Ciências Biológicas

Orientador: Yoko Bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-20T04:41:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Baldini_ReginaLucia_M.pdf: 3634244 bytes, checksum: 6fe847493ab49dd47b9c6167f3e5cc3b (MD5) Previous issue date: 1995 / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas

La respuesta estricta (RE) es una respuesta celular conservada frente al estrés ambiental. En la RE, se produce ppGpp y se genera la reducción de los RNA estables (rRNA y tRNA). Estudios in vitro muestran que el ppGpp reduce de la velocidad de transcripción de la RNA polimerasa (RNAP) en los complejos de elongación (CTE) de Escherichia coli. Sin embargo, hasta la fecha, no se conoce el mecanismo básico de su accionar. Los estudios de moléculas individuales muestran que la RNAP polimeriza un RNA (estados dentro de la vía de actividad u on-pathway) interrumpido por pausas (estados fuera de la vía u off-pathway). En el presente estudio se evaluó el efecto del ppGpp en la elongación de los CTE por la microscopía de pinzas ópticas, en tiempo real y a nivel individual. Se observó que el ppGpp duplica la velocidad libre de pausas (11 a 20 nt/s) y mantiene la naturaleza difusiva de las pausas (off-pathway). Además, se deduce una ecuación para calcular la energía media de activación en pausas (ε) y se presenta un esquema general (unificación de una cadena Markov y la cinética de Cleland) para el análisis cinético de cualquier reacción enzimática. Gracias a esto se observó que el ppGpp triplica el factor pre-exponencial de la difusión de la RNAP sobre el DNA (24 a 67 s-1); mantiene el número de estados del on-pathway, el valor de la constante de catálisis (k_cat≈17 s-1) y la energía de activación en pausas (ε ≈ 4 KBT). Este estudio nos muestra el mecanismo básico de acción del ppGpp en la transcripción: aumento de la tasa de difusión de la RNAP sobre el DNA en una dimensión. Ya que la RE es conservada en bacterias, este conocimiento es de gran interés para el entendimiento del mecanismo de virulencia y resistencia de patógenos como Mycobacterium tuberculosis, Staphylococcus aureus, entre otros. / Tesis

Objetivo general: Aislar e identificar los microorganismos responsables de la producción de kefiran a partir de gránulos de kefir y evaluar su efecto prebiótico para su posible aplicación en alimentos funcionales. Para cumplir con el objetivo general se plantearon los siguientes objetivos específicos: Objetivos Específicos: A. Aislar Lactobacillus kefiranofaciens subsp. kefiranofaciens de los gránulos de kefir de la colección CIDCA. B. Seleccionar lactobacilos aislados de kefir capaces de producir exopolisacáridos, caracterizar parcialmente los mismos y compararlos con el kefiran obtenido de gránulo. C. Estudiar in vivo el efecto del kefiran y/o de EPS de microorganismos aislados de kefir sobre la microbiota intestinal para su potencial aplicación como prebiótico.

Aplica la genómica comparativa para hallar las principales diferencias entre un nuevo genoma nativo de At. ferrivorans y At. ferrooxidans, con el fin de descubrir los genes de tolerancia al frío. Para cumplir el objetivo, una cepa de Acidithiobacillus ferrivorans PQ33 se aisló de Cerro de Pasco (4261 msnm) y se cultivó en medio base 9K con sulfuro de cobre 0,5% (w/v) hasta llegar a una densidad de 5x108 células/ml a una temperatura de 5°C. La cinética de crecimiento se analizó en hierro ferroso y en sulfuro cobre a través de recuento en cámara de Petroff-Housser y la cuantificación de cobre (II) liberado se determinó mediante absorción atómica. Por otro lado, se secuenció el genoma de la cepa nativa de At. ferrivorans PQ33 con HiSeq Illumina. Los reads fueron ensamblados con SPAdes y los contigs fueron alineados y extendidos con el genoma de referencia At. ferrivorans SS3 usando los software ABACAS e IMAGEN. La revisión de la calidad final y la anotación del genoma se realizaron con Quast y Prokka respectivamente. La identificación de islas genómicas fue verificada con IslandViewer por la presencia de genes de movilidad y desvío de GC. La cepa se identificó a través de secuenciación de RNA ribosomal 16S y se determinó el 100% de similitud con secuencias de At. ferrivorans SS3 y ACH ya reportadas. Se observó un tiempo de duplicación de 66,6 ± 5,1 h en hierro ferroso a pH 1.6. Por otra parte, después de 30 días de evaluación, la cepa de At. ferrivorans PQ33 mostró un tiempo de duplicación de 63,6 ± 3,9 h en sulfuro de cobre y se cuantificó 1780 ± 32 mg/l de cobre liberado (II). En cuanto al genoma, este presentó 3298172 pb en 101 contigs y 56,5% de GC. La anotación del genoma evidenció 3347 genes que codifican proteínas, 47 de ARNt y 3 ARNr. En contraste con las cepas 23270 y 53993 de At. ferrooxidans, el genoma de At. ferrivorans PQ33 mostró 2 Islas Genómicas (IGs), donde una de ellas mostró proteínas con dominio pilT, y un gen de rusticianina. Por otro lado, la proteína Rus de la IG mostró mayor flexibilidad que la de los operones rus. Adicionalmente, a diferencia del cepas SS3 y CF27 de At. ferrivorans, PQ33 mostró un gen que codifica un sistema ATPasa de salida de protones que ofrecería resistencia adicional al pH ácido. En conclusión, At. ferrivorans PQ33 oxida sulfuro de cobre a baja temperatura y oxida hierro ferroso a pH de 1.6. Además, At. ferrivorans PQ33 mostró plasticidad genómica al presentar dos IGs, donde una contiene un gen adicional rus que elucida posible mejora en el fitness evolutivo psicrotolerante de At. ferrivorans. Estos resultados tienen un significado importante para el desarrollo de la biolixiviación a gran altura, como en los andes peruanos. / Tesis

Pseudomonas aeruginosa es un importante patógeno oportunista del ser humano y tiene amplia versatilidad metabólica por lo que se puede adaptar a vivir en ambientes ubicuos, pudiendo persistir en ciertas superficies como tejidos formando comunidades especializadas llamadas biopelículas, además de elaborar otros factores de virulencia, como el pili tipo IV (T4P) vinculado no sólo a la motilidad llamada “contracción” sino también pareciera estar relacionada con las etapas tempranas en la formación de las biopelículas. La presente tesis tuvo como principal objetivo determinar la presencia de los diferentes genotipos del T4P así como los factores de virulencia asociados en cepas clínicas de diferentes fuentes, encontrando que la distribución de genotipos fue 25,9 % para el Grupo II, 19 % para el Grupo I, 24,1 % para el Grupo III, 10,3 % el Grupo IV y 20,7 % para el Grupo V, de tal manera que en nuestro medio existe distribución homogénea de los diversos genotipos. Palabras clave: Pseudomonas aeruginosa, Genotipos de pilA, Motilidad