Resumo: Herbaspirillum seropedicae é uma bactéria gram-negativa, fixadora de nitrogênio, endofítica, que se associa com plantas de interesse comercial, como milho, cana-de-açúcar e arroz, sem causar danos à planta hospedeira. H. seropedicae produz a auxina ácido indol acético (AIA), através de quatro possíveis vias, sendo que a proteína indol piruvato ferrodoxina oxiredutase (Ior), codificada pelo gene ior, está envolvida na rota indol-3-piruvato. Estudos mostraram que a expressão do gene ior (Hsero_4278) é reprimida por naringenina e AIA. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi estudar a regulação deste gene utilizando a estirpe mutante T1A8 de H. seropedicae que apresenta uma fusão cromossomal ior::lacZ e fusões plasmidiais contendo a sequência promotora de ior e deleções de potenciais segmentos sinalizadores nesta região promotora. A expressão do gene ior na estirpe T1A8 foi monitorada durante 24 horas e observou-se uma alta expressão durante a fase estacionária de crescimento celular. A expressão de ior mostrou ser regulada negativamente por naringenina e AIA de forma dose-dependente. Outros compostos como triptofano, indol, e os flavonóides crisina e quercetina não apresentaram efeito sobre a expressão de ior nas condições testadas. Resultados obtidos com as fusões plasmidiais ior::lacZ também indicaram a expressão tardia do gene ior, sugerindo a participação do fator sigma S. Análises de sequência e deleções na região promotora do gene ior indicaram que a região -10 foi identificada a -315 pb a montante do códon de iniciação do gene ior, reforçando a transcrição dependente de sigma S.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-05-22Bitstream added on 2014-06-13T19:28:40Z : No. of bitstreams: 1 martinati_ja_me_rcla.pdf: 362018 bytes, checksum: 52f2a691f2a1ec67ccf4b3cf6fda2d9e (MD5) / Linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros, incluindo citros, café, pêssego, videira entre outros, foram utilizadas para construir uma relação filogenética a partir da análise de seqüências completas de nucleotídeos do espaço intergênico 16S-23S rDNA. Dadas as dificuldades encontradas frente ao uso dos primers utilizados para o sequenciamento da região genômica em questão, fez-se necessária a construção de novos primers baseada em dados após alinhamento e comparação com as seqüências disponibilizadas pelo NCBI e com as obtidas neste trabalho. Os primers propostos previamente para amplificação da região 16S-23S em Xylella fastidiosa, foram também testados sem muito sucesso uma vez que produzem fragmentos muito extensos e, para a obtenção de seqüências adequadas seria necessário o uso de outras técnicas moleculares mais dispendiosas para obtenção da seqüência completa, o que levaria tempo e custo maiores. Os métodos utilizados tanto para alinhamento de seqüências bem como a construção da árvore filogenética são baseados no princípio cladístico. As seqüências completas do espaço intergênico obtidas, revelaram um nível de variação de bases maior do que a encontrada em seqüências do gene 16S do mesmo organismo (99,0 a 100%), com valores de similaridade que variam em torno de 80 a 100%. A linhagem originada de plantas de pêra, que apresentou uma maior discrepância nos valores, foi tomada como um grupo externo aos dos outros hospedeiros. Baseado no cladograma apresentado, os resultados revelaram que as linhagens de citros e café puderam ser separadas quando se usa o método cladístico de análise, já pela metodologia baseada em princípios fenéticos esta separação não foi possível. Foi possível também agrupar os isolados em três... . / The phylogenetic relationships among Xylella fastidiosa isolates from different hosts were studied, using primers specific for the 16S-23S rDNA intergenic spacer region. Strains isolated from a wide range of host plants were studied - citrus, coffee, grapevine, elm, periwinkle, and others. Current methods for sequencing the 16S-23S spacer regions are laborious because of the large fragment obtained when using the specific primers. Nevertherless, the sequences obtained with this primers did not contribute with significant information, as only partial sequences were obtained. It's necessary other methods to complement in order to obtain a complete sequence of the spacer region. This methods include cloning and the use of internal primers. In order to establish an easier method to sequencing the spacer region, were constructed a new primer pair to facilitated the sequencing and the sequences obtained was complete. The 16S-23S intergenic spacer region analysis showed a higher level of variation than that found in 16S sequences, with similarity values ranging from 80% to 100%. The pear strain, that showed the most variable values, was used as the outgroup. The cladogram constructed by using cladistic methods allowed the grouping of three major clusters: the citrus-coffee-some grapevines- mulberry, the periwinkle-ambrosia, and the others hosts. The citrus and coffee strains could be phylogeneticly separated from this method while by the 16S sequences and the 16S-23S by the phenetic method they couldn't. A phenogram based on similarity data is useful for observing relationships based on share characters. However, its does not necessarily represent the evolutionary histry of the taxa. With the cladistic approach, hypothetical genealogical relationships among Xylella fastidiosa strains... (Complete abstract, click electronic address below).

Resumo: As matérias-primas de origem vegetal podem representar fontes seguras de bactérias ácido láticas com propriedades particulares. Portanto, o objetivo deste estudo foi caracterizar quanto ao potencial probiótico à bactéria ácido lática Pediococcus acidilactici B14, isolada de matéria-prima de origem vegetal, para empregar em cultura associada no desenvolvimento de sobremesa com soja aerada, potencialmente simbiótica. Inicialmente, foram empregadas 10 fontes de matériasprimas vegetais para o isolamento, dos 63 isolados obtidos apenas 13 foram selecionados como bactérias ácido láticas. Somente 4 das culturas selecionadas não foram classificadas presuntivamente como enterococos e não apresentaram atividade hemolítica. Estas cepas foram avaliadas quanto a vários aspectos, de forma a verificar a capacidade de utilização como cultura starter no processamento de alimentos. Estes cultivos foram submetidos à identificação molecular obtendo índice de confirmação de 96,35, 82,4, 93,0% como Pediococcus acidilactici, apenas para uma estirpe a identificação não foi conclusiva quanto à espécie. A espécie de Pediococcus acidilactici que apresentou maior índice de confirmação foi obtida do fruto do baru (Dipteryx alata), esta cepa foi avaliada quanto ao seu potencial probiótico apresentando resultados como tolerância aos antimicrobianos cefalexina, cefotaxima, neomicina, penicilina G e vancomicina e inibição de alguns patógenos. A capacidade de adesão in vitro foi de 64 bactérias/ 100 células HRT-18 de adenocarcinoma humano e ao ser submetida ao trânsito gastrointestinal simulado in vitro, apresentou 65,82 e 97,45% de sobrevivência quando o suco gástrico foi mantido em pH 2,0 e 4,0, respectivamente. Quando associada com o Lactobacillus acidophilus ATCC 4356, com o qual não apresentou antagonismo, obteve taxa máxima de crescimento de 0,513 h-1 em 10 h e 0,416 g.L-1.h-1 de produtividade em ácido lático em 48 h de fermentação, o índice de sobrevivência nas mesmas condições simuladas do trato gastrointestinal foi de 57,28% (pH 2,0) e 92,39% (pH 4,0). Esta cultura associada foi considerada potencialmente probiótica e quando adicionada em sobremesa com soja aerada prebiótica, como matriz alimentar, originou um produto potencialmente simbiótico. A sobremesa foi submetida ao armazenamento refrigerado (4 1°C) por 28 dias, sendo avaliada a cada 7 dias. Durante este período de estocagem apresentou população celular de 9,82 a 9,26 log UFC.120g-1, estando o produto adequado a legislação vigente. A presença da matriz alimentar promoveu um aumento de 10,00 e 5,68% na viabilidade celular da cultura associada, em comparação a sua forma livre, quando submetida ao trânsito gastrointestinal nas condições de pH 2,0 e 4,0, respectivamente. As sobremesas de 1 e 28 dias de armazenamento se apresentaram adequadas, segundo a legislação vigente, quanto ao aspecto sanitário e sem diferença significativa para o atributo acidez, a aceitabilidade e preferência. O custo final de fabricação estimado foi de R$ 2,12 para a porção de 120 g de sobremesa. Embora o setor de alimentos funcionais apresente forte tendência de crescimento, no Brasil e no mundo, o desenvolvimento e a inovação destes produtos estão atrelados a escolha ideal do par linhagem probiótica e matriz alimentar, seleção esta, que demanda tempo e exaustiva investigação.

Resumo: Muitas das questões relacionadas a como Xylella fastidiosa vive num ambiente cuja concentração de nutrientes é baixa, e como e porquê ela forma agregados nos vasos do xilema, devem estar relacionados com seu metabolismo. O seqüenciamento deste organismo forneceu informações para serem aplicadas em estudos genéticos funcionais, visando à elucidação da funcionalidade de vias metabólicas que possam estar intimamente ligadas à etiologia do amarelinho. O presente estudo foi conduzido com o objetivo de verificar a funcionalidade da via Glicolítica de X. fastidiosa através de estudo das isoenzimas fosfoglicose isomerase, aldolase ou gliceraldeído-3-fosfato liase, gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase e piruvato quinase presentes na via Glicolítica e a glicose 6-fosfato desidrogenase presente na Entner-Doudoroff, bem como a clonagem, expressão e a determinação da atividade da enolase. O gene da enolase é uma das 35 ORFs anotadas no cosmídeo 02F10, denominada XF1291. Estes estudos sugerem que a bactéria X. fastidiosa não utiliza a via Glicolítica no metabolismo de carboidratos, inferindo assim no elevado tempo de duplicação deste fitopatógeno. As atividades enzimáticas da enolase recombinante, da enolase nativa e das isoenzimas aldolase e gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase não foram detectadas, sugerindo que a X. fastidiosa utiliza a via Entner-Doudoroff para a formação de piruvato. São apresentadas evidências de que a regulação gênica e a presença de isoformas, com propriedades regulatórias diferentes, podem dificultar a compreensão do metabolismo de carboidratos em X. fastidiosa. / Abstract: Many of the questions related to how Xylella fastidiosa lives in an environmental with low concentration of nutrients, and the reason why she forms aggregates in xylem vessels should be related with its metabolism. However, the sequencing this organism provided information to be applied in functional genetic studies. These studies focus on elucidating the functionality of metabolic pathways that might be intimately involved in "amarelinho" etiology. The objective of this study was to verify the functionality of the Glycolytic pathways by studying the isozymes phosphoglucose isomerase, aldolase or glyceraldehyde-3-phosphato-lyase, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and pyruvate kinase in the Glycolytic pathway and glucose-6-phosphate dehydrogenase in Entner-Doudoroff pathway, as well as the cloning and expression of enolase and determination of its activity. The enolase gene is one of 35 ORFs annoted in 02F10 cosmid and denominated XF 1291. These studies suggested that X. fastidiosa bacterium does not use the Glycolitic pathway in the metabolism of carbohydrates, which might explain the long time of duplication presented by this phytopathogen. The enzymatic activities of recombinant enolase, native enolase and isozymes aldolase and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase have not been detected, suggesting that X. fastidiosa uses the Entner-Doudoroff pathway to produce pyruvate. Evidences are presented that the regulation of genes and the presence of isoforms with different properties of regulation can make it difficult to understand the metabolism of carbohydrates in X. fastidiosa. / Orientadora: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Coorientador: João Martins Pizauro Junior / Banca: Julio Cezar Franco de Oliveira / Banca: Luiz Roberto Furlan / Mestre

Orientadores: Wanderley Dias da Silveira, James B. Kaper / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-21T00:29:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sperandio_Vanessa_D.pdf: 7810386 bytes, checksum: e9215eaf664d34b787185c75f89eeaaf (MD5) Previous issue date: 1995 / Doutorado / Genetica / Doutor em Ciências Biológicas

Titulo Ingeniero en Biotecnología Molecular

La actual problemática energética-medioambiental motiva la búsqueda de nuevas fuentes de energía con menor impacto, así como el diseño de procesos industriales más eficientes en el uso de los recursos. Las celdas de combustible microbiológicas (denominadas biopilas o biobaterías al ser operadas en forma discontinua) son una tecnología capaz de producir electricidad basada en fenómenos bioelectroquímicos, utilizan microorganismos vivos para catalizar reacciones de óxido-reducción logrando la generación de una fuerza electromotriz aprovechable. Mediante este elemento biológico amplían el concepto de combustible a una gran variedad de compuestos orgánicos e inorgánicos, incluyendo materias residuales del sistema productivo, que pueden llegar a ser usados como fuentes de energía. Las celdas de combustible microbiológicas diseñadas para producir electricidad oxidando materia orgánica residual son el principal sistema en estudio hasta hoy. No obstante, muchas alternativas restan por explorar, una de ellas y sobre la cual trata este trabajo, consiste en la generación de electricidad a partir de la energía libre de la oxidación de azufre elemental y sulfuros metálicos, con uso de bacterias oxidantes de azufre y hierro. Esta alternativa invita a pensar especialmente en el diseño de nuevos procesos para la minería, capaces de contribuir a la solución de su demanda energética, tales como biolixiviación anóxica de sulfuros metálicos electrogeneradora, o generación de bioelectricidad con material de botaderos o relaves ricos en compuestos inorgánicos reducidos de azufre. El diseño propuesto fue estudiado experimentalmente acotándolo a un sistema de azufre elemental como combustible y bacterias de la especie Acidithiobacillus ferrooxidans como elemento biocatalizador. Una celda a escala de laboratorio fue construida para dicho propósito, operada en forma discontinua (biopila), de doble cámara anóxica-aeróbica de 135 mL y 35 mL vol. vacío respectivamente, con discos de grafito de 1,6 cm de diámetro como electrodos, y una membrana de intercambio de cationes Nafion como separador, área transversal de 2 cm de diámetro. La celda se operó durante 526 h a 25 °C manteniéndose con una carga (resistencia externa) en circuito cerrado de 1 kΩ entre mediciones. Una serie de voltametrías cíclicas fueron realizadas para caracterizar la evolución en el tiempo de los procesos redox de los electrodos de cada compartimento. Asimismo, se investigó también por voltametría cíclica, la formación y electroactividad de biofilms de At. ferrooxidans en cultivos aeróbicos con azufre elemental sobre electrodos de grafito de 3 mm de diámetro. Los voltagramas arrojaron una serie característica de ondas redox ligadas a la formación de un biofilm, y sugieren propiedades catalizadores, probablemente de intermediarios de azufre solubles producidos por el metabolismo bacteriano en crecimiento con S0. Asimismo, un proceso de aparente adaptación anodofílica (uso de electrodo como aceptor terminal de electrones) se observa en el compartimento anóxico. La obtención de las curvas de polarización y potencia de la celda permiten estimar el potencial desempeño de bioelectrogeneración. Así, se halló un valor de máxima potencia de ~9 Wm-2 a una densidad de corriente de 12,5 mA∙cm-2, magnitudes más de 3 veces superiores a los valores máximos encontrados en sistemas de sustrato orgánico. Las curvas obtenidas presentan un acentuado fenómeno de histéresis que cuestionan la escalabilidad de este desempeño. La eficiencia energética, respecto del cambio de energía libre de Gibbs de la oxidación de S0 con O2, en la operación continua al punto de máxima potencia se estima <15 % con un rendimiento del combustible < 0,64 kWh/kgS0, siendo el máximo teórico 4,31 kWh/kgS0. Dado un valor referencial de 10 USD/tonS0, este tipo de energía resulta de relativo bajo costo alcanzando 15,6 ¢USD/kWh para el desempeño registrado.

Determina la susceptibilidad de Bacilos Negro Pigmentantes (BNP) frente a sustancias antibacterianas producidas por Lactobacillus reuteri. Los BNP son aislados de muestras tomadas de bolsas periodontales de pacientes con enfermedad periodontal atendidas en la Facultad de Odontología de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Obtiene las cepas de Lactobacillus reuteri DSM17938 del producto comercial Lactobacillus reuteri Protectis (BioGaia). Cultiva BNP en agar Schaedler y luego en medio Tioglicolato + Hemina + Menadiona para la prueba de antagonismo. El Lactobacillus es cultivado en medio Man Rogosa Sharpe (MRS) e inoculado en placas Petri de agar MRS y se deja crecer en condiciones de microaerofilia. Utiliza una técnica de recubrimiento de agar líquido (1%) con BNP vertido sobre las placas de MRS de Lactobacillus. Después de una incubación en condiciones de anaerobiosis, se observa que los BNP crecieron a lo largo de la extensión de la placa Petri. Concluye que no existe susceptibilidad de BNP frente a las sustancias antibacterianas producidas por Lactobacillus reuteri. / Tesis

Orientador: Vanderlei Perez Canhos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-24T07:00:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_AndreLuizBispo_M.pdf: 3335424 bytes, checksum: 7d7969eeda0e5f45445e4087e5e9088e (MD5) Previous issue date: 1998 / Resumo: Neste estudo foram testadas 38 linhagens de Lactobacillus fermentum através de metodologia de triagem orientada para probióticos, com ensaios de resistência a sais de bile, a antibióticos comumente utilizados em rações para suínos, a pH ácido e a presença de oxigênio. Para a seleção dos probióticos, foram utilizadas dosagens de inibidores menores do que aquelas definidas em literatura para ensaios de resistência não cinéticos. As dosagens foram padronizadas utilizando-se três linhagens de Lactobacillus fermentum, aleatoriamente escolhidas dentre as 38 testadas, através do método da dose mínima inibitória adaptada a microplacas. A análise das curvas de crescimento das 38 linhagens de Lactobacillus fermentum foi realizada por comparação do crescimento simultâneo das linhagens em meios com e sem o inibidor. Três linhagens de Lactobacillus acidophilus, utilizadas em probióticos disponíve.is no mercado, foram empregadas como controle positivo. Para cada inibidor, foram realizados 82 ensaios cinéticos simultâneos em microplacas, perfazendo um total de 492 curvas de crescimento, analisadas com metodologia baseada no tempo de indução (1-i1t) em comparação à variação da velocidade específica de crescimento (1-J.l%) das linhagens. Os resultados levaram à seleção de quatro linhagens para estudos posteriores por apresentarem resistência simultânea a pelo menos 4 dos 6 inibidores testados (sais de bile, virginiamicina, colistina, bacitracina de Zn, pH 3.0 e presença de oxigênio) / Abstract: in the present study, 38 Lactobacillus fennentum strains were screened applying a methodology designed to identify potentiàl probiotics using trials based on their resistance to bile salts, antibiotics commonly used in porcine feed, low pH and oxygen. Probiotics, were screened at a defined concentration of inhibitor, below the value stated by the literature for non kinetical assays, determined by growing three randomly selected Lactobacillus fennentum strains with a Minimum Inhibitory Dose Method adapted to microplate. The analysis of the 38 Lactobacillus fennentum strains was performed by comparison of their simultaneous growth in a medium with and without the inhibitor. Three commercially available probiotic strains of Lactobacillus acidophilus, were used as positive controls. For each inhibitor, 82 kinetic results were simultaneously obtained from microplates. The four inhibitors tested generated a total of 492 growth curves analysed by two methods, based on the induction time (1-Llt) and growth rate (1-J.l%). The methodology developed allowed the selection of four Lactobacillus fermentum strains with high probiotic potential for future studies, wich presented simultaneous resistance to four of the 6 tested inhibitors (bile salts, virginiamicin, colistin, zinc bacitracin, pH 3.0 and oxygen) / Mestrado / Mestre em Ciência de Alimentos

Orientadores: Antonio Fernando Pestana de Castro, Takao Namekata / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-17T07:39:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Yano_Tomomasa_M.pdf: 2769787 bytes, checksum: 463b8e7ea86c46b1727e8e939577469c (MD5) Previous issue date: 1976 / Resumo: Trinta e uma amostras pertencentes a 15 patotipos de Xanthomonas compestris (Pammel) Dowson, enviadas por outros pesquisadores, foram estudadas quanto às características bioquímicas, sorotipos evidenciados por provas de hemaglutinação passiva, produção de bacteriocinas e sensibilidade a drogas. Em cada um destes itens os seguintes resultados e conclusões puderam ser obtidos: 1. Características bioquímicas. 1.1. Todas as amostras se comportaram como oxidativas na prova de oxidação-fermentação (O-F); produziram oxidase catalase, H2S, gelatinase, caseinase, fenilalaninadeaminase, DNase; utilizaram gluconato e malonato e hidrolisaram o Tween 80. Quanto à produção de nitrito a partir de nitrato, de indol, de uréase, e as provas de VM e VP e utilização de aspargina como única fonte de carbono e nitrogênio, os resultados obtidos foram negativos. Comportamento variável foi observado para as provas de produção de tirosinase, lecitinase, ?pearly layer? e hidrólise do amido. 1.2. Nas provas de atividade oxidativa sobre carboidratos e poliálcoois, os resultados foram constantemente positivos para arabinose, celobiose, galactose, glicose, manose, sacarose e xilose. Não foi demonstrada atividade oxidativa sobre adonitol, a metil D glicose, inositol, inulina, rafinose, salicina e sorbitol. No que respeito ao amido, frutose, glicerol, lactose, maltose, manitol, melebiose, melezitose e trealose, foram observados resultados variáveis. 1.3. A análise dos resultados bioquímicos não permitiu a caracterização segura dos diferentes patotiposestudados... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Not informed. / Mestrado / Mestre em Ciências Biológicas