Acinetobacter sp. apresenta altos níveis de resistência intrínseca a muitos antimicrobianos que pode estar relacionada à perda ou à diminuição da expressão de proteínas de membrana externa (OMPs). O presente trabalho teve como objetivos: identificar as espécies e analisar o perfil fenotípico de OMPs de 19 isolados multirresistentes de Acinetobacter sp. (16 de origem clínica e 3 de efluente hospitalar) e seus revertentes cultivados na presença e ausência de imipenem (IMP) e ceftazidima (CAZ), para verificar possível alteração no perfil das OMPs diante destas condições; detectar fenotipicamente sistema de efluxo e avaliar os dados de outros mecanismos de resistência encontrados em trabalhos anteriores com os isolados em estudo. Os isolados foram identificados através da amplificação por reação em cadeia da polimerase (PCR) e sequenciamento dos genes 16S rRNA e rpoB, para verificar qual é mais discriminatório. Para a detecção de bomba de efluxo foi comparada a concentração inibitória mínima (CIM) de IMP e CAZ na presença e ausência de carbonil-cianeto-m-clorofenilhidrazona (CCCP). A extração de OMPs foi realizada conforme Laemmli (1970), com padronização e posterior análise por eletroforese em gel de poliacrilamida dodecil sulfato de sódio (SDS-PAGE). O gene rpoB demonstrou ser mais discriminatório que o gene 16S rRNA, identificando os isolados com 99 a 100% de similaridade com Acinetobacter baumanni. Foi observada alteração no perfil de OMPs em quatro isolados sendo que em três destes, a perda da expressão de proteínas de 34-35-kDa e 53-kDa pôde ser associada à resistência ao IMP. Maioria dos isolados apresentaram mais de um mecanismo de resistência antimicrobiana. / Acinetobacter sp. shows high levels of intrinsic resistance to many antimicrobials which can be associated with the loss or reduced expression of outer membrane proteins (OMPs). This study aimed to: identify the species and analyze the OMPs profile of 19 multirresistant strains of Acinetobacter sp. (16 of clinical origin and 3 of hospital wastewater) and its revertants grown in the presence and absence of imipenem (IMP) and ceftazidime (CAZ) to verify possible changes in the profile of OMPs on these conditions; phenotypically detect efflux system and evaluate data from other resistance mechanisms found in previous studies with the isolates under study. The isolates were identified through amplification by polymerase chain reaction (PCR) and sequencing of 16S rRNA and rpoB genes to verify which is more discriminatory. For detection of efflux pump was compared the minimal inhibitory concentration (MIC) of IMP and CAZ in the presence and absence of carbonyl-cyanide-m-chlorophenylhydrazone (CCCP). The extraction of OMPs was performed according to Laemmli (1970), with standardization and subsequent analysis by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). The rpoB gene proved to be more discriminating than the 16S rRNA gene, identifying the isolates with 99 to 100% similarity to Acinetobacter baumannii. It was observed changes in OMPs profile in four strains and in three of these, the loss of expression of proteins of 34-35 kDa and 53 kDa, could be associated with resistance to IMP. Most isolates showed more than one mechanism of antimicrobial resistance.

As bactérias Gram-negativas das famílias Enterobacteriaceae e Pseudomonadaceae são os patógenos mais comumente isolados de infecções. Devido ao crescente aparecimento de micro-organismos resistentes aos antimicrobianos disponíveis para terapêutica, a busca de novos compostos tornou-se eminente, principalmente oriundos de fontes naturais cultiváveis. Os actinomicetos são uma das principais fontes de metabólitos secundários com atividade antibacteriana. Este trabalho teve como objetivo avaliar o potencial do actinomiceto endofítico R18(6) em produzir metabólitos ativos contra bactérias Gram-negativas multirresistentes. Para isto, utilizou-se o teste de dupla camada para avaliar a capacidade de produção de metabólitos ativos pelo actinomiceto. As condições de cultivo, como fontes de carbono, temperatura, pH, modo de incubação e tempo de incubação do isolado, sob cultura submersa, foram otimizadas. A atividade antimicrobiana do isolado foi avaliada a cada 24 horas durante 10 dias utilizando a técnica de difusão em poço, na qual foram medidos os halos de inibição. O actinomiceto mostrou melhor atividade contra as bactérias Gram-negativas testadas quando cultivado em meio base contendo glicose como fonte de carbono, pH ajustado para 6.5, incubação a 30ºC sob agitação constante durante 96 horas. No ensaio de concentração inibitória mínima do extrato bruto, esta variou entre 1/32 e 1/256, e mostrou atividade bactericida ou bacteriostática de acordo com o isolado Gram-negativo. O extrato ativo foi avaliado quando à sua estabilidade térmica e enzimática, o qual se apresentou estável a altas temperaturas e instável às enzimas proteolíticas. O extrato bruto foi submetido à extração com solventes e a acetona mostrou-se eficiente como solvente extrator. A micromorfologia do isolado foi observada em microscopia óptica e de varredura, nos quais apresentou características semelhantes ao gênero Streptomyces. O actinomiceto endofítico R18(6) mostrou ser uma nova fonte promissora para a produção de compostos ativos contra bactérias Gram-negativas multirresistentes. / Gram-negative bacteria of the Enterobacteriaceae and Pseudomonadacea family are the most common pathogens isolated from infections. Due to the increase of microorganisms resistant to antimicrobial agents available for treatment, the search for new compounds, mainly from natural and culturable sources, has become an important issue. The actinomycetes are a major source of secondary metabolites with antibacterial activity. The aim of this work was to evaluate the potential production of active metabolites by the endophytic actinomycete R18(6) against Gram-negative bacteria multiresistant. For this, the double layer method was used to assess the ability of production of active metabolites by the isolate. Based on this assay the culture condition growth of the isolate in submerged culture was optimized. For that as carbon source, temperature, pH, incubation way and incubation time were tested looking for a better metabolite production. The antimicrobial activity of the isolate was evaluated every 24 hours for 10 days by the well diffusion assay, where the inhibition halo was measured. The actinomycete showed the best activity against Gram-negative bacteria when cultured in base medium supplemented with glucose, adjusted in pH 6,5, incubation temperature of 30ºC for 96 hours with agitation. In the microdilution assay the concentration of crude extract varied from 1/32 to 1/256, and it showed bactericidal or bacteriostatic activity according to Gram-negative tested isolate. The thermal and enzymatic stability of crude extract were evaluated, where it exhibited thermal stability in high temperature and it was unstable to proteolytic enzymes. The crude extract was subjected to solvent extraction and acetone was efficient as extractor solvent. The isolate showed similar characteristics of the genus Streptomyces when evaluated by optical and scanning microscopy. The endophytic actinomycete R18(6) showed to be a new and a promising source of active metabolites production against Gram-negative bacteria multidrug resistant.

Introdução: A pressão de colonização (PC) representa a estimativa da probabilidade de transmissão cruzada de microrganismos entre pacientes dentro de uma unidade ou hospital. Pouco se sabe sobre a influência das bactérias Gram negativas na pressão de colonização comparativamente às Gram positivas. Ainda assim, alguns estudos realizados com pacientes que adquiriram Acinetobacter baumannii multirresistente (ACMR) em Centros de Terapia Intensiva (CTIs) demonstram a PC como fator de risco associado à aquisição desta bactéria. Além da PC e de outros fatores de risco tradicionais, como presença de comorbidades, procedimentos invasivos e antibioticoterapia prévia, a própria colonização por ACMR representa um fator de risco associado ao desenvolvimento de infecção. A identificação de pacientes portadores de ACMR pode servir tanto como marcador para o desenvolvimento de infecções clínicas subsequentes como para identificar potenciais transmissores desta bactéria a outros pacientes. No entanto, a implantação de estratégias de vigilância sistemática ainda apresenta limitações como a baixa sensibilidade dos métodos de rastreamento e a determinação do melhor sítio anatômico a ser pesquisado. Nosso estudo investigou o papel da PC e outros fatores preditores para aquisição de (ACMR) e também estimou a sensibilidade das culturas de rastreamento e a prevalência de ACMR entre pacientes adultos internados em Centros de Terapia Intensiva (CTI) com baixa endemicidade. Métodos: Estudo realizado com os pacientes internados no CTI adulto de hospital universitário terciário, no período de junho de 2009 a maio de 2012. Para estimar a sensibilidade dos rastreamentos e prevalência de ACMR foi realizado estudo transversal incluindo todos os pacientes adultos consecutivos, admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos, a um rastreamento semanal para ACMR. As amostras foram coletadas através de swabs, de pelo menos três sítios anatômicos: orofaringe, pele e região perianal. No caso de pacientes em ventilação mecânica, o sítio orofaringe era substituído pela aspiração de secreção traqueal e se houvesse ferida operatória e/ou cateter, era coletado um swab de ferida operatória e um swab do sítio de inserção do cateter. Para estimar a sensibilidade foram selecionados os pacientes que, além de submetidos pelo menos a um rastreamento semanal, apresentaram uma cultura positiva para ACMR proveniente de amostra clínica recente, obtida até 10 dias antes ou até 7 dias depois da coleta dos swabs para rastreamento. Para investigar a PC e fatores preditores para aquisição de ACMR foi realizada coorte retrospectiva incluindo-se todos os pacientes adultos, maiores de 18 anos, consecutivamente admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos a uma oportunidade de rastreamento semanal para pesquisa de ACMR durante o período da internação e sem diagnóstico prévio de colonização/infecção por ACMR no momento da admissão. Pacientes em que ACMR foi isolado nas primeiras 48 horas de internação ou com tempo de permanência no CTI igual ou inferior a 48 horas foram excluídos do estudo. Para este delineamento, considerada somente a primeira internação de cada paciente durante o período avaliado. A PC foi estimada em nível individual como a proporção mensal de pacientes-dia identificados como portadores de ACMR no CTI X 100 no mês em que ocorreu a aquisição de ACMR, óbito ou alta da unidade. Além da PC, fatores como a presença de comorbidades, idade, sexo, escore APACHE II, cirurgia, uso de cateter vascular central, sonda vesical de demora, ventilação mecânica, antibioticoterapia com carbapenêmicos e/ou quinolonas e tempo de permanência no CTI foram investigados como preditores durante a hospitalização mediante análise univariável e multivariável. Resultados: Durante o período do estudo, 2561 pacientes foram admitidos no CTI e 1706 (66,6%) foram rastreados para pesquisa de ACMR. Foram realizados 14.638 rastreamentos ao total, dos quais 192 foram positivos (1,3%), identificados em 118 pacientes. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados por ACMR no CTI foi de 9,5% (163/1706 pacientes), considerando isolados obtidos de amostras de rastreamento e amostras clínicas. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados estimada somente por amostras de rastreamento foi de 6,9% (118/1706 pacientes) e a prevalência de pacientes colonizados foi 3,7% (64/1706 pacientes). Os sítios que apresentaram maior sensibilidade foram: aspirado traqueal (41,5%), orofaringe (40%) e ferida operatória (37,5%). A menor sensibilidade constatada foi quanto ao sítio de inserção de cateter (14,5%). A sensibilidade total do método foi de 60%, considerando a abordagem de rastreamento de múltiplos sítios. Entre os 1706 pacientes rastreados para pesquisa de ACMR e incluídos no estudo transversal, 1375 perfizeram os critérios de elegibilidade para o estudo de coorte. Destes, 75 (5,4%) adquiriram ACMR durante a internação no CTI. A densidade de incidência de ACMR no CTI variou entre zero a 10,6 casos/1000 pacientes-dia e os valores mensais da PC entre zero a 26,8%. Manifestações do trato digestivo (RR = 2,13; IC 1,22 – 3,69), diagnóstico de trauma e complicações relacionadas ao mesmo (RR = 2,39; IC 1,01 – 5,66) e a pressão de colonização (RR = 1,08; IC 1,06 – 1,10) foram identificados como fatores de risco independentes para aquisição de ACMR na análise multivariada. Conclusões: Em nosso estudo, o método utilizado para realizar o rastreamento de portadores de ACMR no CTI apresentou baixa sensibilidade, o que deve certamente subestimar a real prevalência desta bactéria. A pressão de colonização por ACMR esteve associada a risco de aquisição da bactéria em pacientes adultos submetidos à terapia intensiva mesmo num contexto de baixos níveis endêmicos, mesmo considerando-se a presença de outros fatores de risco já tradicionalmente conhecidos. / Introduction: Colonization pressure (CP) can represent an estimation of the probability of cross-transmission of a particular organism within a defined hospital unit or hospital. Few studies have assessed the role of gram-negative bacteria risk of acquisition in CP in comparison to the gram-positive. Some of these studies that are performed on patients who acquired Acinetobacter baumannii multiresistant (MRAB) in intensive care units, have showed that CP is associated at risk to acquire this bacteria. Besides CP and others traditional risk factors like comorbidities, invasive procedures and therapy with antibiotic, colonization by MRAB can be a risk factor to develop an infection. Establishing infection control measures to limit the crosstransmission is recommended when a MRAB carriage is identified and thus reduces the risk of development of clinical infections. The implementation of a screening surveillance policy to MRAB has some limitations including the low sensitivity of the method and the best anatomic site to be screened. The aim of this study is to evaluate the role of CP and other risk factors in the acquisition of multiresitant Acinetobacter baumannii (MRAB), estimate the sensitivity of surveillance cultures and estimate the prevalence of MRAB in adult patients admitted at intensive care unit (ICU) with low endemic levels of the bacteria. Methods: This study was conducted in the ICU at a tertiary hospital from June 2009 to May 2012. A cross-sectional study conducted to estimate the sensitivity of surveillance cultures and the prevalence of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU, who had at least 1weekly surveillance cultures performed during their ICU stay. The samples were collected by swabs at least 3 body sites: pharynx, skin and rectum. In case of mechanical ventilation tracheal aspiration was collected instead of pharynx site. If patient had a surgery wound and/or catheter, a swab of surgical wound and insertion catheter site would be collected. Bacterial cultures of clinical specimens were performed by medical criteria. Patients whom MRAB isolated from a clinical specimen in the preceding 10 days or 7 days after performing surveillance cultures were selected to estimate the sensitivity of surveillance cultures. A retrospective cohort study was conducted to evaluate the role of CP and others risk factors in the acquisition of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU without previous diagnosis of MRAB colonization/infection, who had at least 1 weekly surveillance cultures performed during their stay at ICU. Patients who stayed in the ICU for less than 48 hours, as well as those in whom MRAB was detected within the first 48 hours in the unit, were excluded from the cohort. Only the first ICU admission per patient was included in the analysis. CP was estimated individually as a monthly proportion of the number of patient-days positive to MRAB in ICU X100 in the month of MRAB acquisition, death or discharge. Multivariate analysis to determine risk factors for the MRAB acquisition was performed including additional variables such as patients’ demographic data, comorbidities, APACHE II score, performance of surgery, duration of ICU admission, quinolones or carbapenems antibiotic exposure and the use of mechanical ventilation, arterial/central venous catheter and/or urinary catheter. Results: During the study period, 2,561 patients were admitted to ICU and 1706 (66,6%) were screened to MRAB. A total of 14,638 surveillance cultures were performed, 192 were positive (1.3%) of 118 patients. The true prevalence of MRAB colonized or infected patients in ICU was 9.5% (163/1706 patients), while the prevalence estimated by the surveillance cultures was 6.9% (118/1706 patients). The most sensitivity site was tracheal aspirate (41.5%), pharynx (40%) and surgery wound (37.5%). The less sensitivity was obtained by a swab at the catheter insertion site (14.5%). The overall sensitivity of multisite surveillance approach was 60%. Out of the 1706 patients screened to surveillance cultures and included in a crosssectional study, 1375 met inclusion criteria for the cohort study. Of which, 75 (5.45%) acquired MRAB during ICU stay. The incident rates of MRAB ranged from 0 to 10.6 cases/1000 patient-days. CP ranged from 0 to 26.8%. Trauma (RR = 2.39; IC 1.01 – 5.66), gastrointestinal diseases (RR = 2.13; IC 1.22 – 3.69) and the CP (RR = 1.08; IC 1.06 – 1.10) were identified as independent risk factors for acquisition of MRAD at multivariate analysis. Conclusion: In our study, surveillance cultures to screening MRAB carriages showed low sensitivity. Thus, the true prevalence of MRAB in ICU may be underestimated. The CP was associated to the risk of acquisition of MRAB by the patients admitted to ICU despite the low endemic levels and other risk traditional factors included in the multivariate analysis.

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-07Bitstream added on 2015-03-03T12:07:10Z : No. of bitstreams: 1 000807003.pdf: 1969028 bytes, checksum: ffdf99374d166fada9ca950a025cb45d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Brasil lidera o ranking de maior exportador de carne bovina no mundo desde 2008. Garantir a segurança microbiológica desses alimentos tem sido um dos principais focos da indústria processadora de carnes. A aplicação de análises nas diversas etapas do processo industrial tem sido vital para implantar e manter programas de autocontrole como o APPCC. Entre as enfermidades mais frequentes causadas pela ingestão de alimentos contaminados, especialmente os de origem animal, destacam-se as salmoneloses, sendo que sua transmissão se dá primariamente pela via fecal oral. Diante disso, esse trabalho teve como objetivo pesquisar a presença de Salmonella spp. em amostras de conteúdo ruminal coletadas durante o abate de bovinos em uma planta frigorífica localizada na região metropolitana de Curitiba - PR. Duzentos e dois animais distribuídos em oito lotes foram avaliados entre os meses de agosto a dezembro de 2013. Ao final do experimento, 37,5% dos lotes mostraram-se positivos para o agente sendo que 2,97% (6/202) das amostras de conteúdo ruminal isolaram o micro-organismo. A totalidade dos animais positivos recebia como alimento apenas pasto de azevém e aveia. Não foi observada a influência de fatores como o estresse do transporte ou temperatura ambiental sobre o isolamento do patógeno. Entretanto a detecção do mesmo sorovar, Salmonella Schwarzengrund na totalidade dos isolamentos nos permite levantar a hipótese de que a contaminação dos animais tenha se dado na própria indústria, a partir das estruturas físicas, responsáveis por conter os bovinos ou conduzi-los ao box de insensibilização / Brazil leads the world ranking of bovine meat exportation since 2008. To ensure the microbiological safety of these food products has been one of the primary focuses of the meat processing industry. The application of analyses on diverse stages of the industrial process has been vital for deploy and keeping of self-control programs like APPCC. Beyond the most frequent diseases caused by the ingestion of contaminated food, specially animal origin ones, the salmonellosis stand out being transmitted primarily via fecal-oral route. In light of this, the work had the objective to research the presence of Salmonella spp. in rumen fluid samples collected during cattle slaughter at a slaughtering plant localized in Curitiba’s metropolitan area. Two hundred animals distributed over eight lots was evaluated between august and december, 2013. At the end of the experiment, 37.5% of the lots were positive for the agent of which 2.97% (6/202) of samples of rumen contents isolated the micro-organism.The total of the positive animals had been feed with ryegrass pastures and oat. Not the influence of factors like transportation stress or environment temperature over pathogen isolation was observed. However, the detection of the same serovar, Salmonella Schwarzengrund on overall insulation allow us to raise the hypothesis that all animal contamination have been given inside the industry itself, from the infrastructure responsible of holding the cattle or conducting it to the stunning box

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-06-26Bitstream added on 2014-06-13T19:28:47Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_a_me_botib.pdf: 2150093 bytes, checksum: 919f378505685748f61cc9d4768d368e (MD5) / Os estafilococos coagulase-negativa (ECN) estão entre os microrganismos mais envolvidos em infecções nosocomiais, principalmente em recém-nascidos (RN) prematuros e de baixo peso. Entre os fatores de risco para infecções por esses agentes, a produção de um polissacarídeo extracelular e a conseqüente formação do biofilme, permitindo aderência às superfícies plásticas e lisas de cateteres e outros dispositivos médicos desempenham um papel importante. Uma coleção de 100 amostras de ECN, sendo 50 isoladas de pontas de cateteres e 30 de hemoculturas obtidas de RN da Unidade Neonatal do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu, UNESP e 20 obtidas de fossas nasais de portadores saudáveis foi analisada quanto à produção de biofilme pelos métodos do tubo (TM), ágar vermelho congo (CRA) e através do método quantitativo de aderência a placa de poliestireno (TCP). Esses métodos foram comparados com a pesquisa dos genes icaA, icaD e icaC envolvidos na produção de biofilme em ECN. Das 100 amostras de ECN estudadas, 82% foram positivas pela técnica de PCR, 82% pelo método do tubo, 81% pelo método da placa de poliestireno e 76% pelo CRA. O método de aderência ao tubo (TM) foi o teste que mostrou resultados mais confiáveis, com uma sensibilidade e especificidade de 100% e boa concordância quando comparado a técnica de PCR. Com o objetivo de determinar o papel do biofilme como fator de risco na ocorrência de infecções em RN, 130 amostras de estafilococos coagulasenegativa (ECN) isoladas de recém-nascidos (RN) internados na Unidade Neonatal do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu foram identificadas e classificadas em significativas e contaminantes, baseado em dados clínicos e laboratoriais obtidos dos prontuários dos RN. Foram pesquisados fatores perinatais de risco para infecção, evolução clínica dos RN e antibiotico... / Coagulase-negative staphylococci (CNS) are most often associated with nosocomial infections, especially in premature and under weight newborns. The most important pathogenic factor of these microorganisms is the production of extracellular polysaccharide and the consequent formation of biofilm which facilitates their adherence to the surfaces of catheters and other medical devices. A total of 100 clinical isolates of coagulase-negative staphylococci (CNS) isolated from infected medical devices received from the Neonatal Unit, University Hospital, Botucatu Medical Schooll, including 50 isolated from catheter tips, 30 from blood cultures, and 20 collected from the nasal cavity of healthy subjects were investigated in order to evaluate the efficiency of three phenotypic methods of detection of biofilm formation, and also analyze the icaA, icaD and icaC genes, using the PCR method. The clinical isolates were screened by tissue culture plate (TCP), Tube method (TM), and Congo Red Agar (CRA) method. Of the 100 tested isolates, 82% were positive in the PCR method; in the TM, 82%; in the TCP assay, 81%; and 76% in CRA method. The method of adherence to the test tube was shown that more reliable results, with a sensitivity and specificity of 100% and good agreement when compared with the PCR technique. In order to determine the role of biofilm as a risk factor in the occurrence of infections in newborns 130 clinical isolates of CNS were identified and classified as significant and contaminant, based on clinical data obtained from the patients’ reports. Perinatal risk factors for infection, clinical evolution and antibiotic therapy for the newborns were studied, as well as the detection of the genes responsible for the production of biofilm in CNS.Of the 130 clinical isolates of CNS, 66 (50.8%) were classified as clinically significant and 64 (49.2%) as contaminant... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-02Bitstream added on 2014-06-13T18:51:59Z : No. of bitstreams: 1 000749221.pdf: 6598265 bytes, checksum: f3ea8b6c7b5316028539f3dcc741df58 (MD5) / Estudos recentes identificaram comportamento sazonal de alguns microrganismos implicados na etiologia das Infecções Hospitalares ou Relacionadas à Assistência em Saúde (IH/IRAS). A maior parte desses estudos foi conduzida em países de clima temperado. Para identificar a sazonalidade de patógenos hospitalares em uma região tropical, nós conduzimos um estudo ecológico e um caso-controle, envolvendo hemoculturas positivas de presumível origem hospitalar (colhidas após o terceiro dia de internação) do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu no período de 2005 a 2010. O estudo foi realizado em duas fases. No estudo ecológico, foram realizadas: (a) comparações de incidência de bacteremias por microrganimos ou grupos específicos em meses “quentes/úmidos” (outubro-março) e “frios/secos” (abril a setembro); (b) análise de regressão para identificar relação entre temperatura e umidade médias e incidência mensal de bacteremias; (c) análise de séries temporais para identificação de sazonalidade.No “casocontrole”, foram abordados fatores climáticos (temperatura e umidade médias dos sete dias que precederam a coleta de cada hemocultura) para identificar preditores do isolamento de microrganismos e grupos específicos, em modelo de regressão logística. Os resultados demonstraram consistência entre as diversas abordagens, identificando para três grupos (Gram-negativos como um todo, Acinetobacter baumannii e Enterobacter spp) um aumento de incidência nos meses “quentes/úmidos”, relação significante entre temperatura média mensal e incidência e sazonalidade em modelos estocásticos. Neste último teste, também se detectou sazonalidade para estafilococos coagulase-negativa, aparentemente não relacionada a fatores climáticos. No estudo de base individual (“caso-controle”) identificamos correlação entre temperaturas elevadas na semana anterior... / Recent studies identified seasonal behavior of some microorganisms implicated in the etiology of Healthcare-associated Infections (HAIs). Most of these studies were conducted in developed countries with temperate climate. In order to identify the seasonality of nosocomial pathogens in a tropical region, we conducted an ecological study involving positive blood cultures of suspected nosocomial origin (collected after the third day of hospitalization) in the Hospital das Clinicas from Faculdade de Medicina de Botucatu in the period 2005-2010. The study was conducted in two phases. In the first (“ecologic study”) we performed: (a) comparisons of the incidence of bacteremia caused by specific organisms or groups during “warm” (October to March) and cold” (April to September) months; (b) regression analysis, aimed at identifying the association between temperature and humidity and the average monthly incidence of bacteremia, (c) time series analysis. In the second phase, (“casecontrol”), weather factors (temperature and humidity averages of the seven days preceding the collection of each blood cultures) were addressed in order to identify predictors of isolation of specific microorganisms and groups in the logistic regression model. The results showed consistency between the various approaches. Three groups (Gram-negative as a whole, Acinetobacter baumannii and Enterobacter spp) presented increased incidence in “warm” months, significant relation between mean temperature and monthly incidence and seasonality in stochastic models. Those models also detected seasonality for coagulase-negative staphylococci, apparently not related to climatic factors. In individualbased analysis (case-control) we identified correlation between high temperatures in the past week and recovery of Gram-negatives in general, and among these, A. baumannii. The findings are consistent with the literature, showing ...

Orientadores: Angelica Zaninelli Schreiber, Plinio Trabasso / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-08T13:17:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nowakonski_AngelaVon_M.pdf: 1399484 bytes, checksum: ee465090318f9325ffdc02d5497ae055 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Bacteriemias são ocorrências relacionadas a diferentes processos patológicos e em grande parte associadas a infecções hospitalares. Podem ser causadas por diferentes tipos de microrganismos, sendo os Gram negativos, em especial, os bacilos, responsáveis por grande número destas. O diagnóstico laboratorial envolve coleta de hemoculturas, isolamento e identificação do agente e avaliação de sua sensibilidade aos antimicrobianos. Com o aumento da sobrevida de pacientes com doenças de base muito graves e o uso indiscriminado de antimicrobianos de amplo espectro, são crescentes os relatos de desenvolvimento de resistência dos microrganismos aos antimicrobianos em uso. Trata-se este de estudo retrospectivo que buscou avaliar a prevalência e o perfil de resistência dos principais bacilos Gram negativos isolados a partir de hemoculturas de pacientes adultos, internados no HC-UNICAMP frente a antimicrobianos selecionados e correlação da tendência da resistência aos antimicrobianos com a estimativa de utilização destes antibióticos durante o período de 2000 a 2004. Neste período, os bacilos Gram negativos mais prevalentes foram Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter baumanii. Foi possível observar ao longo do período estudado uma alteração no perfil de freqüência dos bacilos Gram negativos encontrados nas hemoculturas, havendo permuta de Enterobacter cloacae por cepas de Klebsiella pneumoniae ao longo do tempo. O consumo aumentado de cefalosporinas de terceira e quarta geração no HC-UNICAMP pôde ser correlacionado de forma significativa a uma maior taxa de resistência de Klebsiella pneumoniae resistente. O aumento no consumo de quinolonas pôde ser correlacionado de forma significativa com aumento de resistência dos bacilos Gram negativos até o ano de 2002, excetuando a Klebsiella pneumoniae que manteve os níveis de resistência até 2004 / Abstract: Bacteriemias are events related to different diseases, mostly hospital infections. They can be caused by many different microorganisms, but the Gram negative bacilli are often responsible for them. The laboratory diagnosis includes blood sampling, isolation and identification of the microorganism, and evaluation of its susceptibility to the available antibiotics. Increases in prevalence of these resistant pathogens in hospitals are frequently related to high selective pressure commonly used in hospitalized patients, almost always represented by older and debilitated individuals. This is a retrospective study of the prevalence and resistance of pathogens isolated from the blood of patients in the Hospital das Clínicas UNICAMP, during the years 2000-2004, and the correlation of the intensive use of some proposed antibiotics. During this period the most commonly isolated microorganisms were: Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumanii. We observed an alteration of this profile during the study, having Klebsiella pneumoniae replaced the Enterobacter cloacae 's score. The increasing utilization of broad expect rum cephalosporin's in HC UNICAMP was related to the highest resistance of Klebsiella pneumoniae to these drugs. The ever increasing use of quinolones could be related in a very considerable way to the increasing resistance of all Gram negative bacilli until the year of 2002, when it declined but not for Klebsiella pneumoniae which was prolonged during all the time of the study / Mestrado / Patologia Clinica / Mestre em Ciências Médicas

Wetlands são sistemas que apresentam custo operacional e de implantação muito reduzidos se comparados à maioria dos sistemas de tratamento de efluentes. As comunidades microbianas presentes nesse sistema promovem a remoção de poluentes, da matéria orgânica e de nutrientes eutrofizantes. Este trabalho teve como objetivo a identificação das comunidades microbianas cultiváveis presentes no efluente e sua alternância ao longo do sistema em comparação aos dados físico-químicos. Amostras de efluente bruto e tratado foram coletadas no verão e no início do inverno de 2015 no sistema de wetlands construídos em um hotel. As amostras foram diluídas em série até a diluição 10-6 e as últimas três foram inoculadas em placas de Petri, em triplicata, contendo quatro meios de cultura. As amostras foram incubadas a temperatura ambiente (20°C ± 2°C) e 28ºC por 24-48 h. Foram obtidos 76 isolados bacterianos, sendo 54 das amostras de verão e 22 de inverno. Do total de isolados bacterianos obteve-se 18 Gram-positivas e 58 Gram-negativas. A média dos valores de nitrogênio total, nitrogênio amoniacal e fósforo demonstrou eficiência moderada de remoção pelo sistema de tratamento. Observou-se aumento de nitrato no efluente tratado nas duas coletas e um percentual de remoção maior no período de inverno para nitrogênio amoniacal e nitrogênio total. Dentre os 19 gêneros bacterianos identificados observou-se prevalência dos gêneros: Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Moraxella e Pseudomonas. As amostras representativas dos principais gêneros identificados bioquimicamente foram selecionadas para sequenciamento de DNA, cujo resultado confirmou os gêneros dos grupos microbianos. / Wetlands are systems that have low implementation and operational costs, when compared to other types of wastewater treatment systems. Microbial communities of wetlands systems promote the removal of pollutants, organic matter and eutrophication nutrients. This study aimed to identify the initial culturable microbial communities of the wetland effluent, as well as their changes throughout the system, and to compare this data with the physicochemical data. Raw and treated effluent samples were collected in the summer and early winter of 2015 in the wetlands system built in the hotel. Samples were serially diluted, up to 10-6 dilution and the last three dilutions were seeded on Petri dishes, in triplicate, into four culture media. After incubation at ambient temperature (20°C ± 2°C) and 28°C for 24-48 h a total of 76 bacterial isolates were obtained, 54 from summer and 22 from winter samples, of which 18 Gram-positive and 58 Gram-negative. The mean values of total nitrogen, ammoniacal nitrogen and phosphorus in the final treated effluent, showed a moderate efficiency of the wetlands system. Nitrate increased in the treated effluent in two samples, although a higher percentage of removal in the winter period for ammoniacal nitrogen and total nitrogen was registered. Among the 19 identified bacterial genera there was a prevalence of Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Pseudomonas and Moraxella. Samples that represented the majority of the genera identified biochemically, after being submitted for DNA sequencing confirmed the genera of the bacterial isolates.

Base teórica: O surgimento de bactérias multirresistentes levou a uma renovação no interesse de antigos antimicrobianos, como a polimixina B, medicamento que foi descartado no passado devido sua toxicidade. Nas últimas duas décadas, esse antimicrobiano tornou-se um dos mais importantes agentes terapêuticos para o tratamento de infecções causadas por bactérias multirresistentes; porém, ainda faltam estudos clínicos que avaliem a segurança da polimixina B, especialmente em altas doses. Objetivo: Avaliar eventos adversos graves relacionados à infusão e a falência renal nos pacientes que receberam altas doses de polimixina B intravenosa. Métodos: Realizamos um estudo de coorte retrospectivo, multicêntrico. Incluímos pacientes que receberam > 3mg/kg/ dia ou uma dose total ≥250mg/dia de polimixina B, no período de janeiro de 2013 a dezembro de 2015. Para a avaliação dos eventos relacionados a infusão, foram incluídos pacientes que receberam ≥ 1 dose de polimixina B e para avaliação de falência renal incluiu apenas os pacientes que receberam ≥ 48 horas de polimixina B. Os desfechos principais avaliados foram os eventos adversos graves relacionados à infusão de acordo com os Critérios de Terminologia Comuns para Eventos Adversos (CTCAE v4.0) e a falência renal, utilizamos os critérios RIFLE (Risk, Injury, Failure, Loss and End stage), para categorizar os diferentes graus de lesão renal aguda. As variáveis incluídas no estudo foram as variáveis demográficas (idade, sexo), as variáveis individuais (peso, comorbidades, escore de Charlson), os fatores de gravidade (internação em UTI, uso de vasopressor, uso de bloqueador neuromuscular), outras fármacos nefrotóxicas, dose de polimixina utilizada (total, média diária e em mg/kg/dia), associação com outros medicamentos, e características da infecção (sítio, isolamento microbiológico) foram avaliadas em análise bivariada. Variáveis com P≤0.2 foram incluídas uma a uma, em ordem crescente, em modelo de regressão de COX. Variáveis com P< 0.1 permaneceram no modelo final. Resultados: Foram incluídos 222 pacientes para análise de eventos graves relacionados à infusão. A dose média de polimixina B foi de 3.61± 0.97 mg/kg /dia (dose total media = 268 mg/kg). Ocorreram eventos adversos graves relacionados à infusão em dois pacientes, determinando uma incidência bruta de 0.9% (intervalo de confiança de 95%, 0.2-3.2): um 7 evento classificado como um risco ameaçador a vida (efeito adverso classe IV) ocorreu em um paciente, homem, de 40 anos, internado no Centro de Terapia Intensiva, com fibrose cística, que recebeu 3,3 mg / kg / dia de PMB e desenvolveu dor torácica súbita, dispnéia e hipoxemia, no quarto dia de tratamento e o outro evento adverso grave (classe III), ocorreu em um paciente, homem, 23 anos, internado na enfermaria, com linfoma, que recebeu 3,6 mg / kg / dia de PMB , que apresentou parestesia perioral, tonturas e dispnéia no primeiro dia de tratamento. A falência renal foi analisada em 115 pacientes que receberam ≥ 48 horas de polimixina B e que não estavam em diálise no início do tratamento com Polimixina B; Falência renal foi encontrada em 25 de 115 (21,7%) pacientes expostos as PMB. Nosso estudo identificou que 54 [47,0%] pacientes desenvolveram algum grau de lesão renal aguda, pelos critérios de RIFLE: risco, 15 (27,8%), injúria, 14 (25,9%) e falência, 25 (46,3%) dentro das categorias do RIFLE. Além disso, droga vasoativa, outros fármacos nefrotóxicos e clearance de creatinina foram fatores de risco independentes para falência renal. Nem a dose diária de polimixina B ajustada para o peso corporal, nem a dose diária total foram associadas a falência renal. A mortalidade intra-hospitalar foi de 60% (134 pacientes): 26% (57 pacientes) morreram durante o tratamento e nenhum óbito foi durante a infusão. Conclusão: Altas doses de polimixina B no tratamento de infecções por bactérias gramnegativo apresentaram incidência baixa de eventos adversos agudos no nosso estudo e incidência de nefrotoxicidade elevadas, mas semelhantes a alguns estudos prévios com doses usuais”. Portanto, doses elevadas podem ser testadas em ensaios clínicos, objetivando melhorar os desfechos dos pacientes gravemente doentes com infecções por bactérias multirresistentes e minimizar o surgimento da resistência a polimixina B. / Background: The emergence of multiresistant bacteria has led to a renewal in the interest of old antimicrobials, such as polymyxin B, a drug that has been discarded in the past due to its toxicity. However, at this time, this antimicrobial has become one of the most important therapeutic agents for the treatment of infections caused by multiresistant bacteria but there is still a lack of clinical studies that evaluate the safety of polymyxin B, especially in relation to the use of high doses. This strategy, high doses, may be necessary in the fight against Gramnegative bacteria with a high minimum inhibitory concentration. Patients and methods: A retrospective, multicenter cohort study; the period evaluated was from January 2013 to December 2015, included patients who received > 3mg/kg/day or a total dose of ≥250mg/day of polymyxin B. The study included the evaluation of infusion-related events, patients who received ≥ 1 dose of polymyxin B and patients who received ≥ 48 hours of PMB were included for evaluation of renal failure. Major outcomes were serious adverse events related to infusion according to the Common Terminology Criteria for Adverse Events (CTCAE v4.0) and categorized renal failure by the RIFLE criteria (Risk, Injury, Failure, Loss, End stage). Factors potentially related to nephrotoxicity or mortality in 30 days were: demographic variables (age, sex), individual variables (weight, comorbidities, Charlson score), severity factors (ICU admission, use of vasopressor, use of Neuromuscular blocker), nephrotoxicity (other nephrotoxic drugs), polymyxin dose (total, daily mean and mg / Kg / day), association of drugs and infection characteristics (site and microbiological isolate) were evaluated in bivariate analysis. Variables with P≤0.2 were included one by one, in ascending order, in a Cox regression model. Variables with P <0.1 remained in the final model. Results: Two of 222 patients presented a severe infusion-related adverse event during PMB infusion, resulting in a crude incidence of 0.9% (95% Confidence Interval [CI], 0.2-3.2); one was classified as life-threatening and one classified as severe (crude incidence of each adverse event, 0.45%; 95% CI, 0.08-2.5). The life-threatening adverse effect occurred in an ICU patient (crude incidence among ICU patients, 0.67%; 95% CI, 0.12-3.7), a 40-years old male with cystic fibrosis who used 3.3 mg/kg/day of PMB and developed sudden thoracic pain, dyspnea and hypoxemia, in the fourth day of treatment. The severe adverse effect occurred in a non-ICU patient (crude incidence among non-ICU patients, 1.3%; 95% CI, 0.2-7.2), a 23- years old male with lymphoma exposed to 3.6 mg/kg/day of PMB, who presented perioral 9 paresthesia, dizziness and dyspnea in the first day of treatment. Renal failure was analysed in 115 patients who received ≥48 hours of PMB and who were not previously in dialysis. A total of 54 [47.0%] patients developed any degree of AKI, categorised as Risk [27.8%]; Injury [25.9%] and Failure [46.3%]) and 25 of 115 (21.7%) patients presented renal failure Vasoactive drug, concomitant nephrotoxic drugs and baseline creatinine clearance were independent risk factors for renal failure. Neither PMB daily dose scaled by body weight nor total daily dose were associated with renal failure. In-hospital mortality was 60% (134 patients): 26% (57 patients) occurred during treatment and none during infusion. Conclusion: Results suggest that high dose regimens have similar safety profile of usual doses and could be further tested in clinical trials assessing strategies to improve patients’ outcomes and minimize the emergence of PMB resistance.

Base teórica: O surgimento de bactérias multirresistentes levou a uma renovação no interesse de antigos antimicrobianos, como a polimixina B, medicamento que foi descartado no passado devido sua toxicidade. Nas últimas duas décadas, esse antimicrobiano tornou-se um dos mais importantes agentes terapêuticos para o tratamento de infecções causadas por bactérias multirresistentes; porém, ainda faltam estudos clínicos que avaliem a segurança da polimixina B, especialmente em altas doses. Objetivo: Avaliar eventos adversos graves relacionados à infusão e a falência renal nos pacientes que receberam altas doses de polimixina B intravenosa. Métodos: Realizamos um estudo de coorte retrospectivo, multicêntrico. Incluímos pacientes que receberam > 3mg/kg/ dia ou uma dose total ≥250mg/dia de polimixina B, no período de janeiro de 2013 a dezembro de 2015. Para a avaliação dos eventos relacionados a infusão, foram incluídos pacientes que receberam ≥ 1 dose de polimixina B e para avaliação de falência renal incluiu apenas os pacientes que receberam ≥ 48 horas de polimixina B. Os desfechos principais avaliados foram os eventos adversos graves relacionados à infusão de acordo com os Critérios de Terminologia Comuns para Eventos Adversos (CTCAE v4.0) e a falência renal, utilizamos os critérios RIFLE (Risk, Injury, Failure, Loss and End stage), para categorizar os diferentes graus de lesão renal aguda. As variáveis incluídas no estudo foram as variáveis demográficas (idade, sexo), as variáveis individuais (peso, comorbidades, escore de Charlson), os fatores de gravidade (internação em UTI, uso de vasopressor, uso de bloqueador neuromuscular), outras fármacos nefrotóxicas, dose de polimixina utilizada (total, média diária e em mg/kg/dia), associação com outros medicamentos, e características da infecção (sítio, isolamento microbiológico) foram avaliadas em análise bivariada. Variáveis com P≤0.2 foram incluídas uma a uma, em ordem crescente, em modelo de regressão de COX. Variáveis com P< 0.1 permaneceram no modelo final. Resultados: Foram incluídos 222 pacientes para análise de eventos graves relacionados à infusão. A dose média de polimixina B foi de 3.61± 0.97 mg/kg /dia (dose total media = 268 mg/kg). Ocorreram eventos adversos graves relacionados à infusão em dois pacientes, determinando uma incidência bruta de 0.9% (intervalo de confiança de 95%, 0.2-3.2): um 7 evento classificado como um risco ameaçador a vida (efeito adverso classe IV) ocorreu em um paciente, homem, de 40 anos, internado no Centro de Terapia Intensiva, com fibrose cística, que recebeu 3,3 mg / kg / dia de PMB e desenvolveu dor torácica súbita, dispnéia e hipoxemia, no quarto dia de tratamento e o outro evento adverso grave (classe III), ocorreu em um paciente, homem, 23 anos, internado na enfermaria, com linfoma, que recebeu 3,6 mg / kg / dia de PMB , que apresentou parestesia perioral, tonturas e dispnéia no primeiro dia de tratamento. A falência renal foi analisada em 115 pacientes que receberam ≥ 48 horas de polimixina B e que não estavam em diálise no início do tratamento com Polimixina B; Falência renal foi encontrada em 25 de 115 (21,7%) pacientes expostos as PMB. Nosso estudo identificou que 54 [47,0%] pacientes desenvolveram algum grau de lesão renal aguda, pelos critérios de RIFLE: risco, 15 (27,8%), injúria, 14 (25,9%) e falência, 25 (46,3%) dentro das categorias do RIFLE. Além disso, droga vasoativa, outros fármacos nefrotóxicos e clearance de creatinina foram fatores de risco independentes para falência renal. Nem a dose diária de polimixina B ajustada para o peso corporal, nem a dose diária total foram associadas a falência renal. A mortalidade intra-hospitalar foi de 60% (134 pacientes): 26% (57 pacientes) morreram durante o tratamento e nenhum óbito foi durante a infusão. Conclusão: Altas doses de polimixina B no tratamento de infecções por bactérias gramnegativo apresentaram incidência baixa de eventos adversos agudos no nosso estudo e incidência de nefrotoxicidade elevadas, mas semelhantes a alguns estudos prévios com doses usuais”. Portanto, doses elevadas podem ser testadas em ensaios clínicos, objetivando melhorar os desfechos dos pacientes gravemente doentes com infecções por bactérias multirresistentes e minimizar o surgimento da resistência a polimixina B. / Background: The emergence of multiresistant bacteria has led to a renewal in the interest of old antimicrobials, such as polymyxin B, a drug that has been discarded in the past due to its toxicity. However, at this time, this antimicrobial has become one of the most important therapeutic agents for the treatment of infections caused by multiresistant bacteria but there is still a lack of clinical studies that evaluate the safety of polymyxin B, especially in relation to the use of high doses. This strategy, high doses, may be necessary in the fight against Gramnegative bacteria with a high minimum inhibitory concentration. Patients and methods: A retrospective, multicenter cohort study; the period evaluated was from January 2013 to December 2015, included patients who received > 3mg/kg/day or a total dose of ≥250mg/day of polymyxin B. The study included the evaluation of infusion-related events, patients who received ≥ 1 dose of polymyxin B and patients who received ≥ 48 hours of PMB were included for evaluation of renal failure. Major outcomes were serious adverse events related to infusion according to the Common Terminology Criteria for Adverse Events (CTCAE v4.0) and categorized renal failure by the RIFLE criteria (Risk, Injury, Failure, Loss, End stage). Factors potentially related to nephrotoxicity or mortality in 30 days were: demographic variables (age, sex), individual variables (weight, comorbidities, Charlson score), severity factors (ICU admission, use of vasopressor, use of Neuromuscular blocker), nephrotoxicity (other nephrotoxic drugs), polymyxin dose (total, daily mean and mg / Kg / day), association of drugs and infection characteristics (site and microbiological isolate) were evaluated in bivariate analysis. Variables with P≤0.2 were included one by one, in ascending order, in a Cox regression model. Variables with P <0.1 remained in the final model. Results: Two of 222 patients presented a severe infusion-related adverse event during PMB infusion, resulting in a crude incidence of 0.9% (95% Confidence Interval [CI], 0.2-3.2); one was classified as life-threatening and one classified as severe (crude incidence of each adverse event, 0.45%; 95% CI, 0.08-2.5). The life-threatening adverse effect occurred in an ICU patient (crude incidence among ICU patients, 0.67%; 95% CI, 0.12-3.7), a 40-years old male with cystic fibrosis who used 3.3 mg/kg/day of PMB and developed sudden thoracic pain, dyspnea and hypoxemia, in the fourth day of treatment. The severe adverse effect occurred in a non-ICU patient (crude incidence among non-ICU patients, 1.3%; 95% CI, 0.2-7.2), a 23- years old male with lymphoma exposed to 3.6 mg/kg/day of PMB, who presented perioral 9 paresthesia, dizziness and dyspnea in the first day of treatment. Renal failure was analysed in 115 patients who received ≥48 hours of PMB and who were not previously in dialysis. A total of 54 [47.0%] patients developed any degree of AKI, categorised as Risk [27.8%]; Injury [25.9%] and Failure [46.3%]) and 25 of 115 (21.7%) patients presented renal failure Vasoactive drug, concomitant nephrotoxic drugs and baseline creatinine clearance were independent risk factors for renal failure. Neither PMB daily dose scaled by body weight nor total daily dose were associated with renal failure. In-hospital mortality was 60% (134 patients): 26% (57 patients) occurred during treatment and none during infusion. Conclusion: Results suggest that high dose regimens have similar safety profile of usual doses and could be further tested in clinical trials assessing strategies to improve patients’ outcomes and minimize the emergence of PMB resistance.