Thirty-three 1,4-dihydropyridine diastereomeric pairs were synthesized and the structure-activity relationship studied in a Plasmodium falciparum in vitro model. Twenty-nine of these derivatives contained a 6-position oxygen, with 2.31, 2.32, 2.52 and 2.53 having single and double digit nanomolar activities. This SAR study revealed some insightful information about the 1,4-dihydropyridine substitution pattern. Substitution at the 7-position other than 3,4-dimethoxy severely reduced the activity. 4-phenyl substitution with 2- or 4- halo or methyl formed active compounds while substitution at the 3-position or with methoxy or conjugated aryl systems resulted in inactive compounds. The 2-position was found to majorly affect the activity, with groups larger than methyl being the most active. The other four derivatives contained a 6-position methylene, with 2.1, 2.59 and 2.60 having single nanomolar activities. Lastly, stereochemistry was revealed to play an important role in the activity of 2.1. One stereoisomer, (+)-trans-2.1, had subnanomolar activity in two assays. Another stereoisomer, (4S,7S)-2.1, had nanomolar activity. The other two stereoisomers were inactive. A series of N2,N4-disubstituted quinazoline-2,4-diamines has been synthesized and tested against Leishmania donovani and Leishmania amazonensis intracellular amastigotes. A structure-activity and structure-property relationship study was conducted in part using the Topliss operational scheme to identify new lead compounds. This study led to the identification of quinazolines with EC50s in the single digit micromolar or high nanomolar range in addition to favorable physicochemical properties. Quinazoline 3.23 also displayed efficacy in a murine model of visceral leishmaniasis, reducing liver parasitemia by 37% when given by the intraperitoneal route at 15 mg/kg/day for five consecutive days. Their antileishmanial efficacy, ease of synthesis, and favorable physicochemical properties make the N2,N4-disubstituted quinazoline-2,4-diamine compound series a suitable platform for future development of antileishmanial agents. A similar series of N2,N4-disubstituted quinazoline-2,4-diamines has been synthesized and tested against methicilin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and multi-drug resistant strains of Acinetobacter baumannii. Quinazolines with MICs in the single digit micromolar or high nanomolar range were identified via SAR. In a murine model of MRSA infection, 1x the MIC for quinazoline 4.47 allowed for the survival of all tested mice at the end of a one week study. An in vivo model of A. baumannii was also undertaken using a Galleria mellonella model of infection. Quinazolines 4.74-4.76 afforded an increased protection of 87.5% when compared to the control experiments, with 70% of the wax worms surviving until day three. The observed potencies of frontrunner compounds in in vivo assays and their ease of synthesis make N2,N4-disubstituted quinazoline-2,4-diamines a suitable platform for the future development of anti-bacterial agents.

Normally present in water, soil and waste water, Acinetobacter baumannii has become an important nosocomial pathogen, as causal agent of pneumonias, septicemias and urinary tract infections, among other complications in compromised patients from hospital’s intensive care units. One of its last acquired abilities is the resistance to colistin (polymixin E), the last therapeutic option for its infections. In this thesis, descriptive and quantitative differential expression proteomics is used in the study of acquired colistin resistance. As result of this research, 1,097 proteins belonging to the Acinetobacter genus have been identified by combined application of bidimensional gel electrophoresis (2DE), differential gel electrophoresis (DIGE), and peptide labeling with stable isobaric isotopes tags (iTRAQ). Analyses have been performed on the global expressed proteome of a reference, colistin-sensible strain (A. baumannii ATCC 19606) and, for comparative purposes, on a derived strain on which colistin resistance has been induced in vitro. The resistant phenotype shows reduced fitness, with significant differences in expression found in outer membrane proteins, membrane active transporters, diverse metabolic enzymes (fatty acids, citrate, phenylacetate, piruvate and nitrogen), proteins involved in stress response and biofilm formation, as well as in protein synthesis and folding pathways. The work has allowed to assess the strengths and weaknesses of the different techniques currently used in this type of proteomic analysis. / Acinetobacter baumannii, normalmente aislado en suelos y aguas (corrientes o residuales), se ha convertido en importante patógeno nosocomial, siendo agente causal de, entre otras complicaciones, neumonías, septicemias e infecciones del tracto urinario de pacientes comprometidos en unidades hospitalarias de cuidados intensivos. La más reciente de sus capacidades adquiridas es la resistencia a colistina (polimixina E), antibiótico peptídico considerado la última opción terapéutica en contextos clínicos. Esta tesis doctoral emplea la proteómica descriptiva y de expresión diferencial cuantitativa para investigar la resistencia adquirida por A. baumannii a dicho antibiótico. Los resultados han supuesto la identificación de 1.097 proteínas de Acinetobacter mediante el empleo combinado de electroforesis bidimensional convencional (2DE), 2DE diferencial (DIGE) y marcaje peptídico mediante isótopos isobáricos estables (iTRAQ). Los análisis se han realizado en el proteoma expresado por una cepa de referencia sensible a colistina (A. baumannii ATCC 19606), así como en una cepa derivada de ésta en la que se ha inducido, a efectos comparativos, resistencia a colistina in vitro. El fenotipo resistente manifestó reducida adaptabilidad biológica, encontrándose las principales diferencias en la estructura de la membrana externa, en la expresión de transportadores activos de membrana, en diversos enzimas metabólicos (ácidos grasos, citrato, fenilacetato, piruvato, nitrógeno) y de respuesta a condiciones de estrés, así como en la expresión de proteínas participantes en la formación de biopelículas y en el proceso de síntesis y plegamiento de proteínas. Además, el trabajo ha permitido evaluar los puntos fuertes y débiles de las técnicas empleadas actualmente en este tipo de análisis proteómicos.

As infecções em cirurgia cardíaca ainda apresentam um cenário importante nas infecções associadas à assistência a saúde (IAAS), favorecendo ao paciente à aquisição de infecções por micro-organimos multirreristentes. Este trabalho teve como objetivo avaliar o perfil de resistência a antimicrobianos, verificar a presença de genes que codificam as enzimas dos tipos oxacilinases e metalo-beta-lactamases e descrever as características demográficas e clínicas dos pacientes colonziados/infectados por Acinetobacter spp. e P.aeruginosa internados no Centro de Terapia Intensiva Cardíaca do HUPE no período de 2005 a 2010. A maioria das 46 amostras de Acinetobacter spp e das 35 de P.aeruginosa foram de origem respiratória seguido de sangue. A maioria das amostras de A. baumannii apresentou altos percentuais de resistência a: ceftazidina, cefepime, piperacilina-sulbactam, ciprofloxacin, ceftriaxona e CIM &#8805;32 &#956;g/mL para os carbapenêmicos. Uma amostra foi resistente a Polimixina B. O gene blaOXA-23 foi detectado em 65% das amostras e uma amostra apresentou o gene blaOXA-24. Não foram detectados os genes blaOXA-58-like e blaOXA-143. Para P. aeruginosa os percentuais de resistência para todos os antimicrobianos foram inferiores a 32%. Quatro amostras apresentaram resistência intermediária a polimixina B e nenhum gene de resistência foi detectado. Os prontuários dos pacientes foram analisados a fim de associar as características clínicas com os processos infecciosos identificados e seu desfecho clínico. Na análise por tipo de micro-organismo associado ao processo infeccioso à idade acima de 70 anos, DM e uso da ventilação mecânica por tempo prolongado foi maior no grupo dos pacientes que apresentaram infecção por P.aeruginosa. O IAM, a ICC em internações anteriores e suas complicações (choque cardiogênico e arritmia) tiveram impacto na mortalidade na série de pacientes (p<0,05). A insuficiência renal entre todas as comorbidades foi à única que teve associação com a mortalidade (OR= 8,3). Não houve associação entre a mortalidade e o micro-organismo que causou a infecção (Acinetobacter spp. p=0,3 e P.aeruginosa p=0,2) ou a resistência a carbapenêmicos (p=0,5). Foram observados dois casos de mediastinte por Acinetobacter spp. e dois por P. aeruginosa sendo um achado inédito no Brasil até o momento. / Infections in cardiac surgery still have an important scenario infections associated with health assistance(IAHA), favoring acquisition of the patients to infection by microrganisms multiresistants. This work aimed to avaluate the profile of the resistance antimicrobial, to verify the presence of genes encoding enzymes of types oxacilinases and metallo-beta-lactamases and describe demographic and clinical caracteristics of inpatients colonized/infected by Acinetobacter spp. and P. aeruginosa in Cardiac Care Center the Pedro Ernesto University Hospital during the period 2005 to 2010. Most of 46 samples of Acinetobacter spp. and 35 the P. aeruginosa were the respiratory origen and and blood. Most sample A.baumannii showed higher percentages of resistance to: ceftazidime, piperacilin-sulbactam, ciprofloxacin, ceftriaxone and CIM &#8805;32 &#956;g/mL for carbapenems. A sample was resistant a polymyxin B. The gene blaOXA-23 was detected in 65% of the samples and a sample showed gene blaOXA-24.The genes blaOXA-58-like e blaOXA-143 not were detected. For P. aeruginosa the percentage of resistance to all antimicrobials was less than 32%. Four samples showed intermediate resistance to polymyxin B and no gene the resistance was detected.The charts of all patients were analyzed in order to associated the clinical caracteristics with infections processes identified and the clinical outcome. The analyses by type of microrganism associated with infections process over the age of 70 years, DM and use mechanical ventilation for prolonged was higer in the patients with infection by P. aeruginosa. The IAM and the ICC of previous hospitalizations and complications (cardiogenic shock and arrhythmia) had an impact on mortality in series of patients (p<0,05). The renal failure among all comorbitidies was the only one that was associated with mortality (OR=8,3). There was no association between mortality and the organism causing the infection (Acinetobacter spp. p=0,3 and P.aeruginosa p=0,2). Two cases of mediastinitis of Acinetobacter spp. and two cases of P. aeruginosa was observed. It was an umprecedented finding in Brazil at that moment.

Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-02T16:11:42Z No. of bitstreams: 1 Tese envio finalizada word CONSIDERAR ESTA.docx: 690043 bytes, checksum: e80e2e36f9594702a4be600cd7c660a0 (MD5) / Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1: o arquivo submetido deve, obrigatoriamente, estar em formato PDF. Seu arquivo está em word. Assim que tiver efetuado essa correção submeta o arquivo, em PDF, novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-04-02T18:10:40Z (GMT) / Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-02T19:59:16Z No. of bitstreams: 1 TESE MONICA Envio corrigida final word.docx: 1700359 bytes, checksum: e76a9ea2129d8977db94071aab2a25d2 (MD5) / Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1: o arquivo submetido deve, obrigatoriamente, estar em formato PDF. Seu arquivo está em word. problema 2: Falta ficha catalográfica A ficha deve ser inserida no arquivo PDF logo após a folha de rosto do seu trabalho. Assim que tiver efetuado essa correção submeta o arquivo, em PDF, novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-04-03T11:31:00Z (GMT) / Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-03T18:37:37Z No. of bitstreams: 1 TESE MONICA Envio corrigida final pdf modificada.pdf: 3684235 bytes, checksum: b11122c43df736efb00a769565e94d26 (MD5) / Rejected by Luciana Pizzani null (luciana@btu.unesp.br), reason: Monica, por favor, colocar a ficha catalográfica após a página de rosto. Obrigada Luciana Pizzani on 2018-04-03T18:47:46Z (GMT) / Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-03T19:30:34Z No. of bitstreams: 1 TESE MONICA Envio corrigida final word modificada ok.pdf: 3526672 bytes, checksum: aa12e249981a8458333be778d0062faf (MD5) / Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-04-03T19:40:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silveira_m_dr_bot.pdf: 3526672 bytes, checksum: aa12e249981a8458333be778d0062faf (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-03T19:40:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silveira_m_dr_bot.pdf: 3526672 bytes, checksum: aa12e249981a8458333be778d0062faf (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 / Estima-se que no Brasil ocorram centenas de milhares de Infecções Relacionadas à Assistência (IRAS) à Saúde todos os anos, e uma proporção significativa desses quadros é causada por Acinetobacter baumannii. Essa bactéria, hiperendêmica em hospitais brasileiros, é geralmente resistente a múltiplas drogas, restando um escasso arsenal terapêutico. Para além dos fatores de risco tradicionais (comorbidades, exposição ao ambiente hospitalar, procedimentos invasivos, uso de antimicrobianos), estudos recentes demonstraram sazonalidade e associação de sua incidência com altas temperaturas ambientais. No entanto, as razões para esses achados permanecem obscuras. Nós conduzimos estudos em três hospitais públicos conveniados do município de Bauru-SP, com o objetivo de colaborar para a compreensão da epidemiologia do A. baumannii, com ênfase nos isolados resistentes a carbapenêmicos (Carbapenem-resistant A. baumannii, CRAB). O primeiro deles, com delineamento ecológico, analisou o comportamento de taxas mensais de incidência de A. baumannii como um todo e em subgrupos (enfermarias versus Unidades de Terapia Intensiva [UTI], amostras clínicas totais versus hemoculturas) no período de 2006 a 2017. Estudamos o impacto de temperatura, umidade e pluviosidade sobre essa incidência. Como resultados, identificamos que temperaturas médias mensais acima do percentil 75 (24,7°C) estavam associadas a maior incidência de A. baumannii como um todo e de CRAB. Curiosamente, esses achados foram mais consistentes nas UTI e para isolados de hemoculturas. No segundo estudo, tipo “caso-controle” analisamos a clonalidade e fatores de risco para infecções da corrente sanguínea causadas por CRAB (CRABBloodstream infections, CRAB-BSI). Foram estudados 38 pacientes com CRABBSI e 76 controles. Fatores de risco significantes (p<0,05) em análise multivariada para aquisição de CRAB-BSI foram a inserção de cateter venoso central e o uso de cefepima ou meropenem. Na genotipagem por Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE), identificamos 12 perfis, sendo que 7 deles agrupavam mais de um isolado. Além disso, identificamos a presença de genes codificadores das enzimas OXA-23 e OXA-51, associadas à resistência aos carbapenêmicos. O terceiro estudo comparou os mesmos 38 casos de CRAB e 76 controles, em delineamento tipo “coorte pareada”, para o desfecho “óbito durante a internação”. Como esperado, os casos foram significantemente associados a maior risco de óbito em modelos de análise de sobrevida. Além disso, quando estudados somente os casos, o uso de Aminoglicosídeos e Polimixina após o diagnóstico se associou a melhor prognóstico. Concluímos que o A. baumannii é um agente potencialmente letal, que se transmite no interior de hospitais e entre diferentes serviços, com incidência aumentada em períodos quentes. / It is estimated that in Brazil hundreds of thousands of Healthcare Associated Infections (HCAI) occur every year, and a significant proportion of these are caused by Acinetobacter baumannii. This bacterium, hyperendemic in Brazilian hospitals, is generally resistant to multiple drugs, leaving behind a scarce therapeutic arsenal. In addition to the traditional risk factors (comorbidities, exposure to the hospital environment, invasive procedures, antimicrobial use), recent studies have demonstrated seasonality and association of A. baumannii incidence with high environmental temperatures. However, the reasons underlying these findings remain obscure. We conducted studies in three public hospitals in the city of Bauru-SP, Brazil, in order to contribute to understanding the epidemiology of A. baumannii, with emphasis on carbapenem resistant isolates (CRAB). The first one, with ecological design, analyzed the behavior of monthly rates of incidence of overall A. baumannii and several subgroups (non-critical wards vs. Intensive Care Units (ICU), overall clinical samples vs. blood cultures) from 2006 to 2017. We studied the impact of temperature, humidity and rainfall on this incidence. As a result, we identified that average monthly temperatures above the 75th percentile (24.7°C) were associated with a higher incidence of overall A. baumannii and CRAB. Interestingly, these findings were more consistent in ICUs and for isolates of blood cultures. In the second study (casecontrol), we analyzed the clonality and risk factors for CRAB bloodstream infections (CRAB-BSI). We studied 38 patients with CRAB-BSI and 76 controls. Significant risk factors (p <0.05) in multivariable analysis for CRAB-BSI acquisition were central venous catheter insertion and use of cefepime or meropenem. In the Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) genotyping, we identified 12 patterns, 7 of which grouped more than one isolate. In addition, we identified the presence of genes encoding the enzymes OXA-23 and OXA-51, associated with resistance to carbapenems. The third study compared the same 38 cases of CRAB and 76 controls, in a "matched cohort" design, for the outcome "in-hospital death”. As expected, the cases were significantly associated with a higher risk of death in survival analysis models. In addition, when only cases were studied, the use of Aminoglycosides and Polimyxyns after diagnosis was associated with a better prognosis. We conclude that A. baumannii is a potentially lethal agent, which is transmitted within hospitals and between different services, with an increased incidence during warm periods.

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: Estima-se que no Brasil ocorram centenas de milhares de Infecções Relacionadas à Assistência (IRAS) à Saúde todos os anos, e uma proporção significativa desses quadros é causada por Acinetobacter baumannii. Essa bactéria, hiperendêmica em hospitais brasileiros, é geralmente resistente a múltiplas drogas, restando um escasso arsenal terapêutico. Para além dos fatores de risco tradicionais (comorbidades, exposição ao ambiente hospitalar, procedimentos invasivos, uso de antimicrobianos), estudos recentes demonstraram sazonalidade e associação de sua incidência com altas temperaturas ambientais. No entanto, as razões para esses achados permanecem obscuras. Nós conduzimos estudos em três hospitais públicos conveniados do município de Bauru-SP, com o objetivo de colaborar para a compreensão da epidemiologia do A. baumannii, com ênfase nos isolados resistentes a carbapenêmicos (Carbapenem-resistant A. baumannii, CRAB). O primeiro deles, com delineamento ecológico, analisou o comportamento de taxas mensais de incidência de A. baumannii como um todo e em subgrupos (enfermarias versus Unidades de Terapia Intensiva [UTI], amostras clínicas totais versus hemoculturas) no período de 2006 a 2017. Estudamos o impacto de temperatura, umidade e pluviosidade sobre essa incidência. Como resultados, identificamos que temperaturas médias mensais acima do percentil 75 (24,7°C) estavam associadas a maior incidência de A. baumannii como um todo e de CRAB. Curiosamente, esses achados foram mais consi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: It is estimated that in Brazil hundreds of thousands of Healthcare Associated Infections (HCAI) occur every year, and a significant proportion of these are caused by Acinetobacter baumannii. This bacterium, hyperendemic in Brazilian hospitals, is generally resistant to multiple drugs, leaving behind a scarce therapeutic arsenal. In addition to the traditional risk factors (comorbidities, exposure to the hospital environment, invasive procedures, antimicrobial use), recent studies have demonstrated seasonality and association of A. baumannii incidence with high environmental temperatures. However, the reasons underlying these findings remain obscure. We conducted studies in three public hospitals in the city of Bauru-SP, Brazil, in order to contribute to understanding the epidemiology of A. baumannii, with emphasis on carbapenem resistant isolates (CRAB). The first one, with ecological design, analyzed the behavior of monthly rates of incidence of overall A. baumannii and several subgroups (non-critical wards vs. Intensive Care Units (ICU), overall clinical samples vs. blood cultures) from 2006 to 2017. We studied the impact of temperature, humidity and rainfall on this incidence. As a result, we identified that average monthly temperatures above the 75th percentile (24.7°C) were associated with a higher incidence of overall A. baumannii and CRAB. Interestingly, these findings were more consistent in ICUs and for isolates of blood cultures. In the second study (casecontrol), w... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista envolvido em um amplo espectro de infecções hospitalares, incluindo bacteremia, meningite secundária e infecção do trato urinário, mas sua maior prevalência é como agente de pneumonia hospitalar, particularmente pneumonia associada à ventilação mecânica em pacientes internados em unidades de terapia intensiva. Os antimicrobianos carbapenêmicos são normalmente os tratamentos de escolha dessas infecções, principalmente a partir do advento da emergência de resistência a outros antimicrobianos -lactâmicos, aminoglicosídeos e fluoroquinolonas. A resistência específica aos carbapenêmicos pode estar relacionada à perda de porinas, mas de forma mais significativa, à produção de -lactamases da classe B (metalo--lactamases- MBL) e da classe D (OXA-carbapenemases) Em Porto Alegre, uma cidade com 1,4 milhões de habitantes e 7223 leitos situados em 25 hospitais, o primeiro caso de A. baumannii resistente aos carbapenêmicos (CRAb) foi identificado somente em 2004. A partir de julho de 2007 o Departamento de Saúde Local instituiu uma notificação obrigatória de casos de infecção/colonização. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar as características epidemiológicas e moleculares dos isolados de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos coletados na cidade de Porto Alegre entre 2007 e 2008. Dezoito hospitais notificaram 1260 casos de colonização/infecção por CRAb entre julho de 2007 e dezembro de 2008, sendo 609 casos considerados como infecção. A maioria (61,8%) dos pacientes era do sexo masculino e tinha mais de 50 anos (66,5%). Foi constatado que 85,2%, 85,3% e 72,4% dos pacientes foram submetidos ao uso de cateter venoso central, sonda vesical e ventilação mecânica, respectivamente. Carbapenemases do tipo MBL e OXA foram pesquisadas em 584 isolados coletados entre julho de 2007 e julho de 2008 de pacientes infectados/colonizados em 5 diferentes hospitais. O gene blaOXA-23 foi identificado em 95% dos isolados e nenhum isolado foi positivo para MBL na reação de PCR com os primers utilizados (IMP-1, VIM-2 e SPM-1). Para avaliar a relação genética entre os isolados de CRAb dos diferentes hospitais, 240 isolados de pacientes admitidos nas UTIs de cinco hospitais entre julho de 2007 e julho de 2008 foram analisados através dos métodos de REP-PCR e PFGE. Oito grupos clonais majoritários foram obtidos e foi constatada a disseminação de 3 grupos clonais distintos em todos os hospitais, evidenciando a disseminação inter-institucional. Além disso, com o uso da técnica de PFGE foi possível constatar a similaridade genética entre isolados recuperados do ambiente, de equipamentos de RX, das mãos de profissionais da saúde e de materiais clínicos de pacientes, evidenciando a importância do ambiente na disseminação de CRAb. / The species of Acinetobacter, particularly Acinetobacter baumannii, are involved in a wide spectrum of infections, including bacteremia, secondary meningitis and urinary tract infection, nevertheless its prevalence is higher as an agent of nosocomial pneumonia, particularly pneumonia associated with mechanical ventilation in hospitalized patients in intensive care units. The carbapenem antibiotics are usually the treatment of choice for Acinetobacter infections, since the advent of the emergence of resistance to other antimicrobials -lactams, aminoglycosides and fluoroquinolones. The resistance to carbapenems may be related to the loss of porins, but more significantly, the production of -lactamases of class B (metallo--lactamase- MBL) and class D (OXA-type carbapenemases). In Porto Alegre, a city with 1,4 million and 7223 beds located in 25 hospitals, the first case of A. baumannii resistant to carbapenems (CRAb) was identified only in 2004. Since July 2007 the Department of Health Local determined that all cases of infection/colonization by CRAb shoud be informed. Thus, the objective of this study was to evaluate the epidemiological and molecular characteristics of isolates of Acinetobacter sp. resistant to carbapenems collected in the city of Porto Alegre in 2007 and 2008. Eighteen hospitals reported 1260 cases of colonization / infection by CRAb between July 2007 and December 2008, with 609 cases considered to infection. Most patients (61.8%) were men and (66.5%) were more 50 years old range. It was showed that 85.2%, 85.3% and 72.4% of patients used central venous catheter, urinary catheter and they were submitted to mechanical ventilation, respectively. MBL and OXA carbapenemases were investigated in 584 isolates from 7 different hospitals collected between July 2007 and July 2008 from patients infected / colonized. The blaOXA-23 gene was identified in 95% of the isolates but none isolate were positive for MBL by PCR with primers used (IMP-1, VIM-2 and SPM-1). To assess the genetic relationship among isolates of CRAb the different hospitals, 240 isolates from patients admitted to ICUs of five hospitals between July 2007 and July 2008 were analyzed using the methods of REP-PCR and PFGE. Eight majority clonal groups were obtained and it was found the spread of 3 clonal groups distinct in all hospitals, showing the spread of inter-institutional. Furthermore, using the technique of PFGE, we determined the genetic similarity among isolates recovered from the environment, equipment RX, the hands of health professionals and clinical materials of patients, indicating the importance of environment in the spread of CRAb.

Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista, geralmente resistente a muitos antimicrobianos, que causa surtos de infecções hospitalares. Assim, a sua habilidade de formar biofilme pode explicar a capacidade de sobreviver no ambiente hospitalar e em utensílios médicos. O objetivo desse estudo foi avaliar a capacidade de duas cepas clínicas de A. baumannii obtido de hospitais de Porto Alegre, Brasil (abC e abH) e uma cepa controle ATCC 19606 (abA) formar biofilme e realizar a análise transcricional dos genes possivelmente envolvidos na produção e manutenção do biofilme: bap, abaI, ompA, bfmRS, csuAB, pgaA, pilZ, wspR, eal, eagg, IscRSU e csdA. A capacidade de formação de biofilme foi avaliada pelo método cristal violeta em superfície plástica a 25°C e 37°C nos meios LB, LB + 1% glicose, urina pura e LB + 10% sangue de carneiro. A análise transcricional foi feita por real time PCR. A cepas AbH, AbC e AbA foram fortes formadoras de biofileme em LB e LB+glicose à 25 e 37°C. Em LB+sangue, as cepas AbH e AbA foram fortes formadoras e AbC foi fraca formadora de biofilme. Em urina, a cepa AbH foi moderadamente formadora, AbC e AbA foram fracas formadoras de biofilme. Os genes wspR, pgaA, ompA, bap, abaI de AbA, csdA de AbH e o operon IscRSU foram superexpressos em biofilme; os genes eagg de AbH, pilZ e csuAB foram inibidos e os genes bfmRS, eal, eagg de AbA, csdA de AbA e abaI de AbH não possuíram uma variação significativa na expressão durante o biofilme. Portantanto, a regulação positiva dos genes wspR, pgaA, ompA, bap, csdA e do operon IscRSU é um indício de sua importância na formação e manutenção do biofilme por esse patógeno. / Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen which causes a wide range of nosocomial infections, being usually multirresistent to drugs. Their ability to form biofilm can explain the feature of surviving inside hospital environment and on medical devices. The aim of the present study was to evaluate the ability of two clinically isolated MDR A. baumannii strain, obtained from a general hospital of Porto Alegre, RS, Brazil (AbH and AbC), and the reference ATCC 19606 strain (AbA), to form biofilm and to analyze the relative expression of genes putatively involved in biofilm formation: bap, abaI, ompA, bfmRS, csuAB, pgaA, pilZ, wspR, eal, eagg, IscRSU e csdA. The biofilm formation capability was evaluated by the crystal-violet staining method on plastic surfaces at 25°C and 37°C using the broth LB, LB + 1% glucose, pure urine and LB + 10% sheep blood. The trancritional profiling of the genes was analyzed through real time PCR methodologies. The strains AbH, AbC e AbA were strong biofilm producers in LB e LB+glucose at 25 and 37°C. In the broth LB+blood, the strains AbH and AbA were strong biofilm producers and AbC was week biofilm producer. In urine, the strain AbH was moderated producer, AbC and AbA were week biofilm producers. The genes wspR, pgaA, ompA, bap, abaI from AbA, csdA from AbH and the operon IscRSU were overexpressed in biofilm; the genes eagg de AbH, pilZ e csuAB were suppressed and the genes bfmRS, eal, eagg from AbA, csdA from AbA e abaI from AbH did not vary their expression significantly during the biofilm condition. In conclusion, the factors wspR, pgaA, ompA, bap, csdA and of the operon IscRSU, that were positively regulated, appear to have an important role during the process of biofilm formation by A. baumannii.

Introdução: O Acinetobacter spp. é um cocobacilo gram-negativo de grande importância nas infecções hospitalares, especialmente em pacientes internados em unidades de terapia intensiva (UTI); podendo levar a um aumento na morbidade e mortalidade desses pacientes. Há evidências sustentando associação entre infecção por Acinetobacter baumannii e aumento das taxas de mortalidade bruta e atribuível. Contudo, o papel desse agente como causa direta de mortalidade ainda não está suficientemente caracterizado. Dentre os fatores relacionados com o aumento da mortalidade estão: gravidade do paciente, infecção relacionada à A. baumannii multirresistente, tratamento com antimicrobiano inadequado, tempo de hospitalização com alta permanência, choque séptico e imunossupressão. Objetivos: Estimar a mortalidade bruta e atribuível às infecções hospitalares causadas pelo Acinetobacter baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos (CRAB) por meio de revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais. Métodos: Foi desenvolvida uma revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais publicados nas bases de dados: MEDLINE/Pubmed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters e LILACS/BVS, para estimar a mortalidade bruta e atribuível à infecção hospitalar causada pela bactéria A. baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos em pacientes adultos e pediátricos internados em unidades de tratamento intensivo e nãointensivo. Os estudos incluídos caracterizaram fatores preditores de mortalidade associada à infecção por CRAB, comparando com pacientes infectados por A. baumannii sensível a carbapenêmicos (CSAB). Primeiramente, foi estimado um modelo de efeitos aleatórios para a medida agregada de mortalidade atribuível não ajustado a fim de avaliar a contribuição direta das infecções na morte. Na sequência, foram avaliados descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais, para a análise dos fatores de risco relacionados a mortalidade atribuível em pacientes infectados por CRAB, por meio de instrumento elaborado conforme recomendações internacionais - ORION, TREND, STROBE e CONSORT. Resultados: Com base nos 29 estudos incluídos na metanálise, observou-se um risco atribuível aumentado na mortalidade bruta em pacientes com infecção por CRAB comparativamente aos pacientes com infecção por CSAB (RA = 0,19 (IC95% = 0,14-0,24) com elevada heterogeneidade (I2 = 66,4%, p-valor < 0,001). Como fontes de heterogeneidade investigou-se o tempo de internação, sítio de infecção, gravidade da doença e uso de terapia inapropriada. Entre os estudos que avaliaram exclusivamente pacientes com bacteremia, o risco de mortalidade atribuível foi maior (RA = 0,27; IC95% = 0,19-0,34). Utilizando-se metarregressão foi observada relação linear positiva entre o risco atribuível de mortalidade e a diferença da média padronizada do escore de APACHE II. Para a investigação da presença de risco de viés e confundimento avaliou-se descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais que identificam os fatores de risco associados com a mortalidade atribuível em pacientes com infecções por CRAB. Observou-se nesta revisão que os estudos estão sujeitos a confundimento, incluindo a forma inadequada do ajuste para fatores de confusão de variáveis importantes (ex.: seleção de grupo controle, exposição prévia aos antimicrobianos, mensuração do tempo em risco e a gravidade), além da grande heterogeneidade entre os estudos, devido aos desenhos, unidades de análise e abordagens na medida de exposição e desfecho, tornando difícil a comparação e a sumarização das informações. Conclusões: Os dados dessa revisão sistemática fornecem evidências que a mortalidade atribuível relacionada à presença de infecção por CRAB é maior que em pacientes com infecção por CSAB. Contudo, a investigação da mortalidade atribuível apresenta muitas limitações e ainda não é conclusiva em razão da adequação do desenho do estudo aos seus objetivos; definições de medidas de exposição e desfecho; métricas utilizadas na aferição dos resultados; seleção de grupo controle e fatores de confusão. A consciência de todos esses elementos para a interpretação epidemiológica é vital na análise da mortalidade bruta e atribuível. / Introduction: Acinetobacter spp. is a gram-negative coccobacillus of great importance in hospital infections, especially in patients in intensive care units (ICUs); may lead to an increase in morbidity and mortality of these patients. There is evidence supporting association between infection by Acinetobacter baumannii and the increase in crude and attributable mortality rates. However, the role of this agent as a direct cause of death is not sufficiently characterized yet. Among the factors related to the increase of mortality are: severity of the patient, infection related to A. baumannii multidrug-resistant, inappropriate antimicrobial treatment, hospital stay with high permanence, septic shock and immunosuppression. Objectives: To estimate the crude and attributable mortality to hospital-acquired infections caused by carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii through systematic review and meta-analysis of observational studies. Methods: A systematic review and metaanalysis of observational studies published in the databases has been developed: MEDLINE/PubMed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters and LILACS/BVS to estimate the crude and attributable mortality to hospital infection caused by the bacterium carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB) in adult and pediatric patients in intensive and non-intensive care units. The studies included characterized predictors of mortality associated to infection with CRAB, compared to patients infected with carbapenem-susceptible A. baumannii (CSAB). First, a random effects model was estimated for the aggregate measure of non-adjusted attributable mortality in order to assess the direct contribution of infections in death. Following were descriptively assessed the main methodological aspects necessary to observational studies for the evaluation of risk factors related to attributable mortality in patients infected with carbapenem-resistant A. baumannii through instrument designed according to international recommendations - ORION, TREND, STROBE and CONSORT. Results: Through the 29 studies included in the meta-analysis, there was an increased attributable risk in the crude mortality in patients with infections by CRAB compared to patients with infections by CSAB (RA = 0.19 (95% CI = 0.14 to 0.24) with high heterogeneity (I2 = 66.4%, p <0.001). As sources of heterogeneity, it was investigated the length of stay, the site of infection, disease severity and use of inappropriate therapy. Among the studies that evaluated only patients with bacteremia, the risk of attributable mortality was higher (RA = 0.27; 95% CI = 0.19 to 0.34). Using meta-regression was observed a positive linear relationship between the attributable mortality risk and the standardized mean difference of APACHE II score. For investigating the presence of bias and confounding risk was evaluated descriptively the main methodological aspects necessary to observational studies evaluating the risk factors associated with attributable mortality in patients with infections caused by carbapenem-resistant A. baumannii. It was observed in this review that these studies are subject to pitfalls, including the inappropriate mode for adjustment for confounding factors of important variables (eg.: control group selection, previous exposure to antimicrobials, measurement of time in risk and gravity); besides the great heterogeneity between studies due the drawings, units of analysis and approaches to the extent of exposure and outcome, making it difficult comparison and summarization of information. Conclusions: The data of this systematic review provide evidence that attributable mortality related to the presence of infection by CRAB is higher than in patients with infection by CSAB. However, the investigation of attributable mortality has many limitations and is not conclusive yet because of the design adequacy of the study to their goals, definitions of exposure and outcome measures, metrics used in measuring results, control group selection and confounding factors. The awareness of all these elements is vital in analyzing the crude and attributable mortality.

Um estudo de coorte prospectivo foi realizado com o objetivo de comparar a eficácia da polimixina B à de outros antibióticos. Foram estudados pacientes com pneumonia ou traqueobronquite associadas à ventilação mecânica causadas por Pseudomonas aeruginosa ou Acinetobacter baumannii. Critérios de inclusão para este estudo foram idade igual ou superior a dezoito anos e uso de terapia antimicrobiana apropriada por período igual ou superior a 48 horas. O desfecho primário avaliado foi mortalidade em 30 dias. Variáveis clínicas foram comparadas entre os pacientes que utilizaram polimixina B e os que utilizaram outras drogas. O modelo de regressão de Cox foi realizado. Um total de 67 episódios ocorridos em 63 pacientes foi analisado: 45(67,2%) foram tratados com polimixina B e 22 (32,8%) com comparadores. A maior parte dos comparadores (72,7%) era de beta-lactâmicos. A maioria dos episódios foi de pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV). As infecções foram causadas por P. aeruginosa em 28 casos (41,8%), por A. baumannii em 35 casos (52,2%) e por ambos em 4 casos (6%). A mortalidade geral em 30 dias foi de 44,8% (30 de 67): 53,3% (24 de 45) no grupo da polimixina B e 27,3% (6 de 22) no grupo dos comparadores (p=0,08). A taxa de mortalidade no grupo da polimixina e comparadores foi de 65,6 e 12,0 por 1000 pacientes-dia, respectivamente (p=0,02). A análise multivariada mostrou que o uso de polimixina B foi fator independente associado à mortalidade em 30 dias (Hazard Ratio ajustada, 4,3; Intervalo de Confiança de 95%, 1,39-13,03), após ajuste para tempo de internação hospitalar antes da infecção e aumento > 100% da creatinina em relação ao valor basal durante o tratamento. O escore APACHE II no inicio da infecção foi mantido no modelo final, embora não tenha atingido significância estatística, para ajuste de possível fator confundidor residual. Não houve diferenças significativas nos desfechos secundários, incluindo tempo de ventilação mecânica após terapia adequada, superinfecção e erradicação bacteriana nas secreções respiratórias. A terapia com polimixina B foi inferior comparada a outras drogas na pneumonia e traqueobronquite associadas à ventilação mecânica causadas por P. aeruginosa e A. baumannii. / To compare the efficacy of polymyxin B with other antimicrobials in the treatment of ventilator-associated pneumonia (VAP) and tracheobronchitis (VAT) by Pseudomonas aeruginosa or Acinetobacter baumannii, a prospective cohort study was performed. Patients who received appropriate therapy for ≥48h were analyzed. The primary outcome was 30-day mortality. A total of 67 episodes were analyzed: 45 (67.2%) treated with polymyxin B and 22 (32.8%) with comparators. Thirty-day mortality was 44.8%: 53.3% (24 of 45) in the polymyxin B group and 27.3% (6 of 22) in the comparator group, P=0.08. The mortality rates in the polymyxin B and comparator group were 65.6 and 12.0 per 1000-patients-day, respectively (P=0.02) Treatment with polymyxin B was independently associated with 30-day mortality in multivariate model, with similar results in the subgroup of patients with VAP, suggesting that this antibiotic may be inferior to other drugs in the treatment of VAP and VAT by these organisms.

A.baumannii é um importante patógeno em infecções nosocomiais principalmente por sua capacidade de se tornar resistente aos antimicrobianos. Surtos de A.baumannii resistente aos carbapenêmicos (ABRC) têm sido descritos em todo mundo. Devido à emergência de resistência aos antimicrobianos e ausência de novas opções de tratamento, as polimixinas reemergiram como opção de terapia contra infecções causadas por A.baumannii. O uso de polimixina é associado a maior mortalidade e menor eficácia comparada a outros antimicrobianos. Alguns estudos in vitro têm avaliado a combinação de polimixina com outros antimicrobianos a fim de aumentar a eficácia dos tratamentos. O objetivo deste estudo foi avaliar o sinergismo entre a polimixina B com outros antimicrobianos em isolados de ABRC, pelo método de Curvas Tempo-Morte bacteriana (Time- Kill Curves). Os isolados foram provenientes de banco de amostras e foram avaliadas as combinações de polimixina B com carbapenêmicos (imipenem e meropenem), tigeciclina, rifampicina, amicacina e ceftazidima. As combinações foram testadas nos tempo 0, 30’, 1,4,12 e 24 h. Sinergismo entre polimixina B foi demonstrado contra todos antimicrobianos para ambos isolados, exceto para ceftazidima e imipenem no isolado 1. Nosso estudo mostrou que tigeciclina, amicacina e rifampicina são agentes mais ativos combinados com polimixina B, sendo assim estes agentes podem apresentar efeito benéfico em combinação com a polimixina no tratamento de ABRC. / A.baumannii is an important pathogen in nosocomial infections primarily for its ability to become resistant to antimicrobials. Outbreaks carbapenem- resistant A.baumannii (CRAB) has been described worldwide. Due to the emergence of antimicrobial resistance and the absence of new treatment options, the polymyxins reemerged as an option therapy against infections caused by A.baumannii. The use of polymyxin is associated with higher mortality and lower effectiveness compared to other antimicrobials. In vitro studies have evaluated the combination of polymyxin with other antimicrobial agents to enhance the effectiveness of the treatments. This study was to evaluate the synergy between polymyxin B with other antimicrobials in isolates from ABRC, by Time-Kill Curves. The isolates were from stool samples and were evaluated combinations of polymyxin B with carbapenems (imipenem and meropenem), tigecycline, rifampin, amikacin and ceftazidime. The combinations were tested at time 0, 30 ', 1,4,12 and 24 h. Synergism between polymyxin B was demonstrated against all antimicrobials for both isolates, except for ceftazidime and imipenem in isolated 2. Our study showed that tigecycline, amikacin and rifampicin more active agents are combined with polymyxin B, and thus these agents may have a beneficial effect in combination with a polymyxin in treating CRAB.