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Model-Based Optimization of Clinical Trial Designs

Vong, Camille January 2014 (has links)
General attrition rates in drug development pipeline have been recognized as a necessity to shift gears towards new methodologies that allow earlier and correct decisions, and the optimal use of all information accrued throughout the process. The quantitative science of pharmacometrics using pharmacokinetic-pharmacodynamic models was identified as one of the strategies core to this renaissance. Coupled with Optimal Design (OD), they constitute together an attractive toolkit to usher more rapidly and successfully new agents to marketing approval. The general aim of this thesis was to investigate how the use of novel pharmacometric methodologies can improve the design and analysis of clinical trials within drug development. The implementation of a Monte-Carlo Mapped power method permitted to rapidly generate multiple hypotheses and to adequately compute the corresponding sample size within 1% of the time usually necessary in more traditional model-based power assessment. Allowing statistical inference across all data available and the integration of mechanistic interpretation of the models, the performance of this new methodology in proof-of-concept and dose-finding trials highlighted the possibility to reduce drastically the number of healthy volunteers and patients exposed to experimental drugs. This thesis furthermore addressed the benefits of OD in planning trials with bio analytical limits and toxicity constraints, through the development of novel optimality criteria that foremost pinpoint information and safety aspects. The use of these methodologies showed better estimation properties and robustness for the ensuing data analysis and reduced the number of patients exposed to severe toxicity by 7-fold.  Finally, predictive tools for maximum tolerated dose selection in Phase I oncology trials were explored for a combination therapy characterized by main dose-limiting hematological toxicity. In this example, Bayesian and model-based approaches provided the incentive to a paradigm change away from the traditional rule-based “3+3” design algorithm. Throughout this thesis several examples have shown the possibility of streamlining clinical trials with more model-based design and analysis supports. Ultimately, efficient use of the data can elevate the probability of a successful trial and increase paramount ethical conduct.
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ESSAY ON ECONOMIC CYCLES IN EMERGING AND ADVANCED COUNTRIES:SYNCHRONIZATION, INTERNATIONAL SPILLOVERS AND THE DECOUPLING HYPOTHESIS

PESCE, ANTONIO 10 June 2014 (has links)
Questo lavoro contribuisce al dibattito sul “decoupling delle Economie emergenti (EE) rispetto alle Economie Avanzate (EA)” rispondendo principalmente alle seguenti domande: “La vulnerabilità delle EE a schock esterni (siano essi reali o del credito) provenienti dalle EA è cambiata nel tempo? E’ cresciuta o si è ridotta, come implica l’ipotesi del decoupling?” Al fine di misurare l’impatto che un eventuale schock esterno avrebbe esercitato sulle EE in diversi periodi degli ultimi decenni, sono stati eseguiti esperimenti di analisi controfattuale utilizzando un modello econometrico Time Varying Panel VAR con coefficienti fattorizzati. Le analisi mostrano che negli ultimi trenta anni le EE sono diventate meno vulnerabili a shock provenienti dalle EA, siano essi di natura reale o shock del credito. Sebbene questo risultato supporti l’idea del decoupling, è importante notare che la resilienza delle EE a shock esterni è evoluta nel tempo in maniera non progressiva ma piuttosto evidenziando fasi di più forte resilienza seguite da fasi di minore resilienza e vice versa; un “sentiero a onde” non ancora pienamente considerato nella letteratura economica. Le EE sono inoltre risultate più vulnerabili a shock del credito rispetto a shock reali; questa maggiore vulnerabilità relativa ha raggiunto il suo picco negli anni più recenti. / This work aims to contribute towards the debate on “decoupling of Emerging Economies (EEs) from the Advanced Economies (AEs)” by addressing the following main questions: “Has the EEs’ vulnerability to external shocks (both real and credit shocks) coming from AEs changed over time? If so, has it grown or decreased, as the decoupling hypothesis claims?” In order to measure the impact that external shocks would have on the EEs’ GDP growth in different periods of last decades, counterfactual experiments were performed using an econometric Time Varying Panel VAR model with factorized coefficients. The analyses show that over the last thirty years EEs have become less vulnerable to shocks spreading from the AEs. Despite this represents evidence in favour of the decoupling hypothesis, it is important to note that EEs’ resilience to external shocks has changed in a non-progressive manner over time, with phases of greater resilience followed by others of lower resilience, and vice versa; this outlines a “wave-like” path whose evidence has yet been fully analyzed in the economic literature. Moreover, the EEs have shown to be more vulnerable to credit shocks than to real ones; this greater relative vulnerability has reached its peak in the most recent years.
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Essay on Bayesian Estimation of DSGE Models

Ferroni, Filippo 25 May 2009 (has links)
Esta tesis presenta tres diferentes experimentos de política utilizando estimaciones Bayesianas de modelos DSGE. En la primera parte, se quiere demostrar que una política fiscal contracíclica es un instrumento importante para la estabilidad macroeconómica. Este resultado es robusto a diferentes controles. En la segunda parte, se demuestra las variaciones de las estimaciones de los parámetros estructurales según la descomposición ciclo-tendencia, si en uno o en dos estadios. Resulta que con un procedimiento a dos estadios la volatilidad del PIB es explicada mayormente por shocks nominales, mientras que con un procedimiento a un estadio por un shock a la inversión. Se argumenta que el procedimiento a un estadio proporciona una estructura probabilística más coherente. La tercera parte de la tesis propone una manera de estimar los parámetros estructurales utilizando la información procedente de distintos filtros. Mientras que con un tipo de estimación con un único filtro el dinero tiene poca influencia en las fluctuaciones de medio plazo, con un sistema de múltiples filtros el dinero tiene un papel importante en la transmisión de los shocks. / This thesis examines three different policy experiments using Bayesian estimates of DSGE models. First, we show that countercyclical fiscal policies are important to smooth fluctuations and that this is true regardless of how we specify the fiscal rule and several details of the model. Second, we show that the sources of output volatility obtained from a cyclical DSGE model crucially depend on whether estimation is done sequentially or jointly. In fact, while with a two step procedure, where the trend is first removed, nominal shocks drive output volatility, investment shocks dominate when structural and trend parameters are estimated jointly. Finally, we examine the role of money for business cycle fluctuations with a single and a multiple filtering approach, where information provided by different filters is jointly used to estimate DSGE parameters. In the former case, money has a marginal role for output and inflation fluctuations, while in the latter case is important to transmit cyclical fluctuations.
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A connectionist approach for incremental function approximation and on-line tasks / Uma abordagem conexionista para a aproximação incremental de funções e tarefas de tempo real

Heinen, Milton Roberto January 2011 (has links)
Este trabalho propõe uma nova abordagem conexionista, chamada de IGMN (do inglês Incremental Gaussian Mixture Network), para aproximação incremental de funções e tarefas de tempo real. Ela é inspirada em recentes teorias do cérebro, especialmente o MPF (do inglês Memory-Prediction Framework) e a Inteligência Artificial Construtivista, que fazem com que o modelo proposto possua características especiais que não estão presentes na maioria dos modelos de redes neurais existentes. Além disso, IGMN é baseado em sólidos princípios estatísticos (modelos de mistura gaussianos) e assintoticamente converge para a superfície de regressão ótima a medida que os dados de treinamento chegam. As principais vantagens do IGMN em relação a outros modelos de redes neurais são: (i) IGMN aprende instantaneamente analisando cada padrão de treinamento apenas uma vez (cada dado pode ser imediatamente utilizado e descartado); (ii) o modelo proposto produz estimativas razoáveis baseado em poucos dados de treinamento; (iii) IGMN aprende de forma contínua e perpétua a medida que novos dados de treinamento chegam (não existem fases separadas de treinamento e utilização); (iv) o modelo proposto resolve o dilema da estabilidade-plasticidade e não sofre de interferência catastrófica; (v) a topologia da rede neural é definida automaticamente e de forma incremental (novas unidades são adicionadas sempre que necessário); (vi) IGMN não é sensível às condições de inicialização (de fato IGMN não utiliza nenhuma decisão e/ou inicialização aleatória); (vii) a mesma rede neural IGMN pode ser utilizada em problemas diretos e inversos (o fluxo de informações é bidirecional) mesmo em regiões onde a função alvo tem múltiplas soluções; e (viii) IGMN fornece o nível de confiança de suas estimativas. Outra contribuição relevante desta tese é o uso do IGMN em importantes tarefas nas áreas de robótica e aprendizado de máquina, como por exemplo a identificação de modelos, a formação incremental de conceitos, o aprendizado por reforço, o mapeamento robótico e previsão de séries temporais. De fato, o poder de representação e a eficiência e do modelo proposto permitem expandir o conjunto de tarefas nas quais as redes neurais podem ser utilizadas, abrindo assim novas direções nos quais importantes contribuições do estado da arte podem ser feitas. Através de diversos experimentos, realizados utilizando o modelo proposto, é demonstrado que o IGMN é bastante robusto ao problema de overfitting, não requer um ajuste fino dos parâmetros de configuração e possui uma boa performance computacional que permite o seu uso em aplicações de controle em tempo real. Portanto pode-se afirmar que o IGMN é uma ferramenta de aprendizado de máquina bastante útil em tarefas de aprendizado incremental de funções e predição em tempo real. / This work proposes IGMN (standing for Incremental Gaussian Mixture Network), a new connectionist approach for incremental function approximation and real time tasks. It is inspired on recent theories about the brain, specially the Memory-Prediction Framework and the Constructivist Artificial Intelligence, which endows it with some unique features that are not present in most ANN models such as MLP, RBF and GRNN. Moreover, IGMN is based on strong statistical principles (Gaussian mixture models) and asymptotically converges to the optimal regression surface as more training data arrive. The main advantages of IGMN over other ANN models are: (i) IGMN learns incrementally using a single scan over the training data (each training pattern can be immediately used and discarded); (ii) it can produce reasonable estimates based on few training data; (iii) the learning process can proceed perpetually as new training data arrive (there is no separate phases for leaning and recalling); (iv) IGMN can handle the stability-plasticity dilemma and does not suffer from catastrophic interference; (v) the neural network topology is defined automatically and incrementally (new units added whenever is necessary); (vi) IGMN is not sensible to initialization conditions (in fact there is no random initialization/ decision in IGMN); (vii) the same neural network can be used to solve both forward and inverse problems (the information flow is bidirectional) even in regions where the target data are multi-valued; and (viii) IGMN can provide the confidence levels of its estimates. Another relevant contribution of this thesis is the use of IGMN in some important state-of-the-art machine learning and robotic tasks such as model identification, incremental concept formation, reinforcement learning, robotic mapping and time series prediction. In fact, the efficiency of IGMN and its representational power expand the set of potential tasks in which the neural networks can be applied, thus opening new research directions in which important contributions can be made. Through several experiments using the proposed model it is demonstrated that IGMN is also robust to overfitting, does not require fine-tunning of its configuration parameters and has a very good computational performance, thus allowing its use in real time control applications. Therefore, IGMN is a very useful machine learning tool for incremental function approximation and on-line prediction.
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P and T wave analysis in ECG signals using Bayesian methods / Analyse des ondes P et T des signaux ECG à l'aide de méthodes Bayésienne

Lin, Chao 02 July 2012 (has links)
Cette thèse a pour objet l’étude de méthodes Bayésiennes pour l’analyse des ondes P et T des signaux ECG. Différents modèles statistiques et des méthodes Bayésiennes associées sont proposés afin de réaliser la détection des ondes P et T et leur caractérisation (détermination du sommet et des limites des ondes ainsi que l’estimation des formes d’onde). Ces modèles prennent en compte des lois a priori pour les paramètres inconnus (les positions des ondes, les amplitudes et les coefficients de ces formes d'onde) associés aux signaux ECG. Ces lois a priori sont ensuite combinées avec la vraisemblance des données observées pour fournir les lois a posteriori des paramètres inconnus. En raison de la complexité des lois a posteriori obtenues, des méthodes de Monte Carlo par Chaînes de Markov sont proposées pour générer des échantillons distribués asymptotiquement suivant les lois d’intérêt. Ces échantillons sont ensuite utilisés pour approcher les estimateurs Bayésiens classiques (MAP ou MMSE). D'autre part, pour profiter de la nature séquentielle du signal ECG, un modèle dynamique est proposé. Une méthode d'inférence Bayésienne similaire à celle développée précédemment et des méthodes de Monte Carlo séquentielles (SMC) sont ensuite étudiées pour ce modèle dynamique. Dans la dernière partie de ce travail, deux modèles Bayésiens introduits dans cette thèse sont adaptés pour répondre à un sujet de recherche clinique spécifique appelé détection de l'alternance des ondes T. Une des approches proposées a servi comme outil d'analyse dans un projet en collaboration avec St. Jude Medical, Inc et l'hôpital de Rangueil à Toulouse, qui vise à évaluer prospectivement la faisabilité de la détection des alternances des ondes T dans les signaux intracardiaques. / This thesis studies Bayesian estimation/detection algorithms for P and T wave analysis in ECG signals. In this work, different statistical models and associated Bayesian methods are proposed to solve simultaneously the P and T wave delineation task (determination of the positions of the peaks and boundaries of the individual waves) and the waveform-estimation problem. These models take into account appropriate prior distributions for the unknown parameters (wave locations and amplitudes, and waveform coefficients). These prior distributions are combined with the likelihood of the observed data to provide the posterior distribution of the unknown parameters. Due to the complexity of the resulting posterior distributions, Markov chain Monte Carlo algorithms are proposed for (sample-based) detection/estimation. On the other hand, to take full advantage of the sequential nature of the ECG, a dynamic model is proposed under a similar Bayesian framework. Sequential Monte Carlo methods (SMC) are also considered for delineation and waveform estimation. In the last part of the thesis, two Bayesian models introduced in this thesis are adapted to address a specific clinical research problem referred to as T wave alternans (TWA) detection. One of the proposed approaches has served as an efficient analysis tool in the Endocardial T wave Alternans Study (ETWAS) project in collaboration with St. Jude Medical, Inc and Toulouse Rangueil Hospital. This project was devoted to prospectively assess the feasibility of TWA detection in repolarisation on EGM stored in ICD memories.
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Modélisation et traitement statistique d'images de microscopie confocale : application en dermatologie / Modeling and statistical treatment of confocal microscopy images : application in dermatology

Halimi, Abdelghafour 04 December 2017 (has links)
Dans cette thèse, nous développons des modèles et des méthodes statistiques pour le traitement d’images de microscopie confocale de la peau dans le but de détecter une maladie de la peau appelée lentigo. Une première contribution consiste à proposer un modèle statistique paramétrique pour représenter la texture dans le domaine des ondelettes. Plus précisément, il s’agit d’une distribution gaussienne généralisée dont on montre que le paramètre d’échelle est caractéristique des tissus sousjacents. La modélisation des données dans le domaine de l’image est un autre sujet traité dans cette thèse. A cette fin, une distribution gamma généralisée est proposée. Notre deuxième contribution consiste alors à développer un estimateur efficace des paramètres de cette loi à l’aide d’une descente de gradient naturel. Finalement, un modèle d’observation de bruit multiplicatif est établi pour expliquer la distribution gamma généralisée des données. Des méthodes d’inférence bayésienne paramétrique sont ensuite développées avec ce modèle pour permettre la classification d’images saines et présentant un lentigo. Les algorithmes développés sont appliqués à des images réelles obtenues d’une étude clinique dermatologique. / In this work, we develop statistical models and processing methods for confocal microscopy images. The first contribution consists of a parametric statistical model to represent textures in the wavelet domain. Precisely, a generalized Gaussian distribution is proposed, whose scale parameter is shown to be discriminant of the underlying tissues. The thesis deals also with modeling data in the image domain using the generalized gamma distribution. The second contribution develops an efficient parameter estimator for this distribution based on a natural gradient approach. The third contribution establishes a multiplicative noise observation model to explain the distribution of the data. Parametric Bayesian inference methods are subsequently developed based on this model to classify healthy and lentigo images. All algorithms developed in this thesis have been applied to real images from a dermatologic clinical study.
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Dissecting heterogeneity in GWAS meta-analysis

Magosi, Lerato Elaine January 2017 (has links)
Statistical heterogeneity refers to differences among results of studies combined in a meta-analysis beyond that expected by chance. On the one hand, excessive heterogeneity can diminish power to discover genetic signals; on the other, moderate heterogeneity can reveal important biological differences among studies. Given its double-edged nature, this thesis dissects heterogeneity in genetic association meta-analyses from three vantage points. First, a novel multi-variant statistic, M is proposed to detect genome-wide (systematic) heterogeneity patterns in genetic association meta-analyses. This was motivated by the limited availability of appropriate methodology to measure the impact of heterogeneity across genetic signals, since traditional metrics (Q, I<sup>2</sup> and T<sup>2</sup>) measure heterogeneity at individual variants. Second, given that meta-analyses comprising small numbers of studies typically report imprecise summary effect estimates; GWAS-derived empirical heterogeneity priors are used to improve precision in estimation of average genetic effects and heterogeneity in smaller meta-analyses (e.g. ≤ 10 studies). Third, a critical evaluation of the Han-Eskin random-effects model shows how it can identify small effect heterogeneous loci overlooked by traditional fixed and random-effects methods. This work draws attention to the existence of genome-wide heterogeneity patterns, to reveal systematic differences among the ascertainment criteria of participating studies in a meta-analysis of coronary disease (CAD) risk. Furthermore, simulation studies with the Han-Eskin random-effects model revealed inflated genetic signals at small effect loci when heterogeneity levels were high. However, it did reveal an additional CAD risk variant overlooked by traditional meta-analysis methods. We therefore recommend a holistic approach to exploring heterogeneity in meta-analyses which assesses heterogeneity of genetic effects both at individual variants with traditional statistics and across multiple genetic signals with the M statistic. Furthermore, it is critically important to review forest plots for small effect loci identified using the Han-Eskin random-effects model amidst moderate-to-high heterogeneity (I<sup>2</sup> ≥ 40%).
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A connectionist approach for incremental function approximation and on-line tasks / Uma abordagem conexionista para a aproximação incremental de funções e tarefas de tempo real

Heinen, Milton Roberto January 2011 (has links)
Este trabalho propõe uma nova abordagem conexionista, chamada de IGMN (do inglês Incremental Gaussian Mixture Network), para aproximação incremental de funções e tarefas de tempo real. Ela é inspirada em recentes teorias do cérebro, especialmente o MPF (do inglês Memory-Prediction Framework) e a Inteligência Artificial Construtivista, que fazem com que o modelo proposto possua características especiais que não estão presentes na maioria dos modelos de redes neurais existentes. Além disso, IGMN é baseado em sólidos princípios estatísticos (modelos de mistura gaussianos) e assintoticamente converge para a superfície de regressão ótima a medida que os dados de treinamento chegam. As principais vantagens do IGMN em relação a outros modelos de redes neurais são: (i) IGMN aprende instantaneamente analisando cada padrão de treinamento apenas uma vez (cada dado pode ser imediatamente utilizado e descartado); (ii) o modelo proposto produz estimativas razoáveis baseado em poucos dados de treinamento; (iii) IGMN aprende de forma contínua e perpétua a medida que novos dados de treinamento chegam (não existem fases separadas de treinamento e utilização); (iv) o modelo proposto resolve o dilema da estabilidade-plasticidade e não sofre de interferência catastrófica; (v) a topologia da rede neural é definida automaticamente e de forma incremental (novas unidades são adicionadas sempre que necessário); (vi) IGMN não é sensível às condições de inicialização (de fato IGMN não utiliza nenhuma decisão e/ou inicialização aleatória); (vii) a mesma rede neural IGMN pode ser utilizada em problemas diretos e inversos (o fluxo de informações é bidirecional) mesmo em regiões onde a função alvo tem múltiplas soluções; e (viii) IGMN fornece o nível de confiança de suas estimativas. Outra contribuição relevante desta tese é o uso do IGMN em importantes tarefas nas áreas de robótica e aprendizado de máquina, como por exemplo a identificação de modelos, a formação incremental de conceitos, o aprendizado por reforço, o mapeamento robótico e previsão de séries temporais. De fato, o poder de representação e a eficiência e do modelo proposto permitem expandir o conjunto de tarefas nas quais as redes neurais podem ser utilizadas, abrindo assim novas direções nos quais importantes contribuições do estado da arte podem ser feitas. Através de diversos experimentos, realizados utilizando o modelo proposto, é demonstrado que o IGMN é bastante robusto ao problema de overfitting, não requer um ajuste fino dos parâmetros de configuração e possui uma boa performance computacional que permite o seu uso em aplicações de controle em tempo real. Portanto pode-se afirmar que o IGMN é uma ferramenta de aprendizado de máquina bastante útil em tarefas de aprendizado incremental de funções e predição em tempo real. / This work proposes IGMN (standing for Incremental Gaussian Mixture Network), a new connectionist approach for incremental function approximation and real time tasks. It is inspired on recent theories about the brain, specially the Memory-Prediction Framework and the Constructivist Artificial Intelligence, which endows it with some unique features that are not present in most ANN models such as MLP, RBF and GRNN. Moreover, IGMN is based on strong statistical principles (Gaussian mixture models) and asymptotically converges to the optimal regression surface as more training data arrive. The main advantages of IGMN over other ANN models are: (i) IGMN learns incrementally using a single scan over the training data (each training pattern can be immediately used and discarded); (ii) it can produce reasonable estimates based on few training data; (iii) the learning process can proceed perpetually as new training data arrive (there is no separate phases for leaning and recalling); (iv) IGMN can handle the stability-plasticity dilemma and does not suffer from catastrophic interference; (v) the neural network topology is defined automatically and incrementally (new units added whenever is necessary); (vi) IGMN is not sensible to initialization conditions (in fact there is no random initialization/ decision in IGMN); (vii) the same neural network can be used to solve both forward and inverse problems (the information flow is bidirectional) even in regions where the target data are multi-valued; and (viii) IGMN can provide the confidence levels of its estimates. Another relevant contribution of this thesis is the use of IGMN in some important state-of-the-art machine learning and robotic tasks such as model identification, incremental concept formation, reinforcement learning, robotic mapping and time series prediction. In fact, the efficiency of IGMN and its representational power expand the set of potential tasks in which the neural networks can be applied, thus opening new research directions in which important contributions can be made. Through several experiments using the proposed model it is demonstrated that IGMN is also robust to overfitting, does not require fine-tunning of its configuration parameters and has a very good computational performance, thus allowing its use in real time control applications. Therefore, IGMN is a very useful machine learning tool for incremental function approximation and on-line prediction.
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Inferência estatística em métodos de análise de ressonância magnética funcional / Statistical Inference in Methods of Analysis of Functional Magnetic Resonance

Brenno Caetano Troca Cabella 11 April 2008 (has links)
No presente trabalho, conceitos de inferência estatística são utilizados para aplicação e comparação de diferentes métodos de análise de sinais de ressonância magnética funcional. A idéia central baseia-se na obtenção da distribuição de probabilidade da variável aleatória de interesse, para cada método estudado e sob diferentes valores da relação sinal-ruído (SNR). Este objetivo é atingido através de simulações numéricas da função resposta hemodinâmica (HRF) acrescida de ruído gaussiano. Tal procedimento nos permite avaliar a sensibilidade e a especificidade dos métodos empregados através da construção das curvas ROC (receiver operating characteristic) para diferentes valores de SNR. Sob específicas condições experimentais, aplicamos métodos clássicos de análise (teste t de Student e correlação), medidas de informação (distância de Kullback-Leibler e sua forma generalizada) e um método Bayesiano (método do pixel independente). Em especial, mostramos que a distância de Kullback-Leibler (D) (ou entropia relativa) e sua forma generalizada são medidas úteis para análise de sinais dentro do cenário de teoria da informação. Estas entropias são usadas como medidas da \"distância\"entre as funções de probabilidade p1 e p2 dos níveis do sinal relacionados a estímulo e repouso. Para prevenir a ocorrência de valores divergentes de D, introduzimos um pequeno parâmetro d nas definições de p1 e p2. Estendemos a análise, apresentando um estudo original da distância de Kullback-Leibler generalizada Dq (q é o parâmetro de Tsallis). Neste caso, a escolha apropriada do intervalo 0 < q < 1 permite assegurar que Dq seja finito. Obtemos as densidades de probabilidade f (D) e f (Dq) das médias amostrais das variáveis D e Dq , respectivamente, calculadas ao longo das N épocas de todo o experimento. Para pequenos valores de N (N < 30), mostramos que f (D) e f (Dq) são muito bem aproximadas por distribuições Gamma (qui^2 < 0,0009). Em seguida, estudamos o método (Bayesiano) do pixel independente, considerando a probabilidade a posteriori como variável aleatória e obtendo sua distribuição para várias SNR\'s e probabilidades a priori. Os resultados das simulações apontam para o fato de que a correlação e o método do pixel independente apresentam melhor desempenho do que os demais métodos empregados (para SNR > -20 dB). Contudo, deve-se ponderar que o teste t e os métodos entrópicos compartilham da vantagem de não se utilizarem de um modelo para HRF na análise de dados reais. Finalmente, para os diferentes métodos, obtemos os mapas funcionais correspondentes a séries de dados reais de um voluntário assintomático submetido a estímulo motor de evento relacionado, os quais demonstram ativação nas áreas cerebrais motoras primária e secundária. Enfatizamos que o procedimento adotado no presente estudo pode, em princípio, ser utilizado em outros métodos e sob diferentes condições experimentais. / In the present work, concepts of statistical inference are used for application and comparison of different methods of signal analysis in functional magnetic resonance imaging. The central idea is based on obtaining the probability distribution of the random variable of interest, for each method studied under different values of signal-to-noise ratio (SNR). This purpose is achieved by means of numerical simulations of the hemodynamic response function (HRF) with gaussian noise. This procedure allows us to assess the sensitivity and specificity of the methods employed by the construction of the ROC curves (receiver operating characteristic) for different values of SNR. Under specific experimental conditions, we apply classical methods of analysis (Student\'s t test and correlation), information measures (distance of Kullback-Leibler and its generalized form) and a Bayesian method (independent pixel method). In particular, we show that the distance of Kullback-Leibler D (or relative entropy) and its generalized form are useful measures for analysis of signals within the information theory scenario. These entropies are used as measures of the \"distance\"between the probability functions p1 and p2 of the signal levels related to stimulus and non-stimulus. In order to avoid undesirable divergences of D, we introduced a small parameter d in the definitions of p1 and p2. We extend such analysis, by presenting an original study of the generalized Kullback-Leibler distance Dq (q is Tsallis parameter). In this case, the appropriate choice of range 0 < q < 1 ensures that Dq is finite. We obtain the probability densities f (D) and f (Dq) of the sample averages of the variables D and Dq, respectively, calculated over the N epochs of the entire experiment. For small values of N (N < 30), we show that f (D) and f (Dq) are well approximated by Gamma distributions (qui^2 < 0.0009). Afterward, we studied the independent pixel bayesian method, considering the probability a posteriori as a random variable, and obtaining its distribution for various SNR\'s and probabilities a priori. The results of simulations point to the fact that the correlation and the independent pixel method have better performance than the other methods used (for SNR> -20 dB). However, one should consider that the Student\'s t test and the entropic methods share the advantage of not using a model for HRF in real data analysis. Finally, we obtain the maps corresponding to real data series from an asymptomatic volunteer submitted to an event-related motor stimulus, which shows brain activation in the primary and secondary motor brain areas. We emphasize that the procedure adopted in this study may, in principle, be used in other methods and under different experimental conditions.
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A connectionist approach for incremental function approximation and on-line tasks / Uma abordagem conexionista para a aproximação incremental de funções e tarefas de tempo real

Heinen, Milton Roberto January 2011 (has links)
Este trabalho propõe uma nova abordagem conexionista, chamada de IGMN (do inglês Incremental Gaussian Mixture Network), para aproximação incremental de funções e tarefas de tempo real. Ela é inspirada em recentes teorias do cérebro, especialmente o MPF (do inglês Memory-Prediction Framework) e a Inteligência Artificial Construtivista, que fazem com que o modelo proposto possua características especiais que não estão presentes na maioria dos modelos de redes neurais existentes. Além disso, IGMN é baseado em sólidos princípios estatísticos (modelos de mistura gaussianos) e assintoticamente converge para a superfície de regressão ótima a medida que os dados de treinamento chegam. As principais vantagens do IGMN em relação a outros modelos de redes neurais são: (i) IGMN aprende instantaneamente analisando cada padrão de treinamento apenas uma vez (cada dado pode ser imediatamente utilizado e descartado); (ii) o modelo proposto produz estimativas razoáveis baseado em poucos dados de treinamento; (iii) IGMN aprende de forma contínua e perpétua a medida que novos dados de treinamento chegam (não existem fases separadas de treinamento e utilização); (iv) o modelo proposto resolve o dilema da estabilidade-plasticidade e não sofre de interferência catastrófica; (v) a topologia da rede neural é definida automaticamente e de forma incremental (novas unidades são adicionadas sempre que necessário); (vi) IGMN não é sensível às condições de inicialização (de fato IGMN não utiliza nenhuma decisão e/ou inicialização aleatória); (vii) a mesma rede neural IGMN pode ser utilizada em problemas diretos e inversos (o fluxo de informações é bidirecional) mesmo em regiões onde a função alvo tem múltiplas soluções; e (viii) IGMN fornece o nível de confiança de suas estimativas. Outra contribuição relevante desta tese é o uso do IGMN em importantes tarefas nas áreas de robótica e aprendizado de máquina, como por exemplo a identificação de modelos, a formação incremental de conceitos, o aprendizado por reforço, o mapeamento robótico e previsão de séries temporais. De fato, o poder de representação e a eficiência e do modelo proposto permitem expandir o conjunto de tarefas nas quais as redes neurais podem ser utilizadas, abrindo assim novas direções nos quais importantes contribuições do estado da arte podem ser feitas. Através de diversos experimentos, realizados utilizando o modelo proposto, é demonstrado que o IGMN é bastante robusto ao problema de overfitting, não requer um ajuste fino dos parâmetros de configuração e possui uma boa performance computacional que permite o seu uso em aplicações de controle em tempo real. Portanto pode-se afirmar que o IGMN é uma ferramenta de aprendizado de máquina bastante útil em tarefas de aprendizado incremental de funções e predição em tempo real. / This work proposes IGMN (standing for Incremental Gaussian Mixture Network), a new connectionist approach for incremental function approximation and real time tasks. It is inspired on recent theories about the brain, specially the Memory-Prediction Framework and the Constructivist Artificial Intelligence, which endows it with some unique features that are not present in most ANN models such as MLP, RBF and GRNN. Moreover, IGMN is based on strong statistical principles (Gaussian mixture models) and asymptotically converges to the optimal regression surface as more training data arrive. The main advantages of IGMN over other ANN models are: (i) IGMN learns incrementally using a single scan over the training data (each training pattern can be immediately used and discarded); (ii) it can produce reasonable estimates based on few training data; (iii) the learning process can proceed perpetually as new training data arrive (there is no separate phases for leaning and recalling); (iv) IGMN can handle the stability-plasticity dilemma and does not suffer from catastrophic interference; (v) the neural network topology is defined automatically and incrementally (new units added whenever is necessary); (vi) IGMN is not sensible to initialization conditions (in fact there is no random initialization/ decision in IGMN); (vii) the same neural network can be used to solve both forward and inverse problems (the information flow is bidirectional) even in regions where the target data are multi-valued; and (viii) IGMN can provide the confidence levels of its estimates. Another relevant contribution of this thesis is the use of IGMN in some important state-of-the-art machine learning and robotic tasks such as model identification, incremental concept formation, reinforcement learning, robotic mapping and time series prediction. In fact, the efficiency of IGMN and its representational power expand the set of potential tasks in which the neural networks can be applied, thus opening new research directions in which important contributions can be made. Through several experiments using the proposed model it is demonstrated that IGMN is also robust to overfitting, does not require fine-tunning of its configuration parameters and has a very good computational performance, thus allowing its use in real time control applications. Therefore, IGMN is a very useful machine learning tool for incremental function approximation and on-line prediction.

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