Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: Foi avaliado o efeito da seleção para crescimento, usando como critério o peso em diferentes idades, ganhos de pesos e índices de seleção, sobre o consumo de energia de animais Nelore, usando um procedimento determinístico. Para o cálculo da resposta à seleção direta e correlacionada, foram estimados parâmetros genéticos por meio de modelos de regressão aleatória. O arquivo de dados, provenientes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), continha registros de peso dos 120 dias até a idade adulta (seis anos de idade) dos animais. A exigência de energia foi calculada por meio de um procedimento determinístico, antes e após a seleção, utilizando os pesos e ganhos de pesos dos animais em equações modificadas do NRC. O efeito da seleção foi avaliado para todos os pesos padrões e ganhos de pesos usualmente utilizados, assim como para 10 tipos de índices de seleção (IND1 a IND10), os quais diferiram entre si pela ponderação dada nos pesos até o abate (positivos) e no peso adulto (PA) (negativos). Adicionalmente, utilizando como parâmetros os índices reprodutivos e de mortalidade para a raça Nelore e, utilizando os dados médios de peso por idade dos animais dos rebanhos estudados como base, foram criados rebanhos simulados, numericamente estáveis. Utilizando-se desses dados, foi possível comparar a quantidade de energia total exigida com o total de quilogramas de carne produzidos para três sistemas de produção: cria, recria e engorda para diferentes categorias animais, antes e após a seleção. O cálculo foi realizado para machos em sistema de produção de cria e completo; fêmeas na fase reprodutiva e para todos os animais em um sistema de cria, recria e engorda. O modelo de regressão aleatória definido como o mais adequado, foi o que considerou os efeitos genéticos aditivos diretos e maternos e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The selection effect for growth on energy requirement of Nelore animals was evaluated using a deterministic process. The evaluation was made considering weights at different ages and also different selection indices. To calculate direct and correlated response of selection, the genetic parameters were obtained by random regression models. The complete data, from Nelore Cattle Breeding Program (NCBP) had ages from 120 days to mature weight of animals (six years old). The energy requirement was calculated by a deterministic process, before and after selection using weights and weights gains of animals in modified NRC equations. The selection effect was assessed considering all the weights and weights gains usually used in a breeding program and using ten different selection indices (IND1 to IND10) as well, which were different from each other by the sign of the weight, positive for weights until slaughtering and negative for mature weight (MW). Besides, a stable herd was calculated considering reproductive and mortality values of Nellore cattle, and also using the average weight in each age of all the animals. With this information a comparison was possible among the total energy consumption and kilos of meet produced, in three systems of production: cow-calf; growth and slaughtering considering different animals category before and after selection. The evaluation was done for males in a complete and cow-calf system of production; females in a reproduction stage and for all the animals in a complete system of production. The regression model that was considered the most appropriate, was defined as direct and maternal genetic effects, animal and maternal permanent environmental effects adjusted by an order of quadratic, quadratic, quartic and quadratic polynomials, respectively, and modeled by 5 classes of residual... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Coorientador: Pedro Braga Arcuri / Banca: Alexandre Berndt / Banca: Paulo Henrique Moura Dian / Banca: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Ricardo Andrade Reis / Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de fontes lipídicas com diferentes perfis de ácidos graxos sobre o consumo de nutrientes, digestibilidade, parâmetros fermentativos, microbiota ruminal, desempenho, emissão de metano entérico e características qualitativas da carcaça e da carne de novilhos Nelore terminados em confinamento. Na avaliação de consumo, desempenho, emissão de metano e características qualitativas da carcaça e da carne foram utilizados 45 novilhos castrados da raça Nelore com peso médio inicial de 419 ± 11 kg e aproximadamente 15 meses de idade, recebendo 60% de volumoso (silagem de milho) e 40% de concentrado. Foram testados 5 tratamentos: um sem adição de lipídios e mais quatro dietas com diferentes fontes lipídicas: óleo de linhaça, óleo de palma, soja grão e um suplemento comercial com gordura protegida (Lactoplus). O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado com cinco tratamentos e nove repetições, e as médias foram comparadas pelo teste de Tukey a 5%. As fontes lipidícas influenciaram (P<0,05) os valores de ganho médio diário (GMD) e ingestões de matéria seca e nutrientes. Animais alimentados com dieta sem adição de lipídios apresentaram maior ingestão de matéria seca e nutrientes quando comparado aos que receberam óleo de palma. A eficiência alimentar teve valor médio de 0,13 kg GMD/kg MS nas dietas sem adição de lipídios, gordura protegida, soja grão e óleo de linhaça, enquanto a dieta com óleo de palma apresentou um valor de 0,08 kg GMD/kg MS. Animais alimentados com óleo de palma apresentaram maior força de cisalhamento (P<0,05) quando comparados aos que receberam a dieta sem adição de lipídios (5,87 vs 4,14 kg/cm²). A deposição de CLA foi maior no tratamento com óleo de linhaça (0,67 no músculo e 1,69 % no gordura subcutânea)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the effect of lipid sources with different fatty acid profiles under the ingestion of nutrients, digestibility, fermentation parameters, rumen microbial, performance, enteric methane emission and qualitative characteristics of the carcass and meat from Nellore steers finished in feedlots. In the evaluation of consumption, performance, methane emission and qualitative characteristics of the carcass and meat were used 45 Nellore steers with an initial average weight of 419 + 11 kg and approximately 15 months of age, receiving 60% roughage (corn silage) and 40% concentrate. Were tested 5 treatments: one without additional fat source and more four diets with different fat sources: linseed oil, palm oil, soybeans grain and a commercial supplement with protected fat (Lactoplus). The experimental design was completely randomized with five treatments and nine replicates, and averages were compared by Tukey test (P<0.05). Lipid sources influenced (P<0.05) values of average daily gain (ADG) and intakes of dry matter and nutrients. Animals fed with the without additional fat source diet presented higher intake of dry matter and nutrients compared to those that received palm oil. Feed efficiency had average value of 0.13 kg ADG/kg DM in the diet control, protected fat, soybeans grain and linseed oil, while palm oil diet showed a value of 0.08 kg ADG / kg DM. Animals fed with palm oil had higher shear force (P <0.05) compared with those who received the without additional fat source diet (5.87 vs 4.14 kg/cm²). The deposition of CLA were higher in treatment with linseed oil (0.67 - muscle and 1.69 - subcutaneous fat). Diets based on linseed oil and soybeans grain present the same feeding efficiency of diets with protected fat and without additional fat source, however produce an average reduction of 57% in methane emissions when compared with these diets... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Banca: Poliana Fernanda Giachetto / Resumo: A pecuária de corte é uma atividade de grande importância social e econômica no Brasil e criar animais mais produtivos e eficientes é fundamental para aumentar a rentabilidade do sistema. Um dos componentes de maior custo envolvido na produção animal é a alimentação. Por isso, muitos índices já foram propostos com o intuito de melhorar a eficiência alimentar. Uma das características que têm sido estudadas, com objetivo de selecionar animais, é o consumo alimentar residual (CAR), que é estimado considerandose a diferença entre o consumo real e a quantidade de alimento que o animal deveria ingerir baseado no seu peso vivo médio, o que permite identificar e selecionar animais mais eficientes, sem que haja seleção para maior peso a idade adulta. A função mitocondrial tem sido apontada como sendo um fator de grande influência no CAR. Com isso, analisar genes envolvidos na função mitocondrial torna-se uma alternativa para identificar marcadores moleculares associados à maior eficiência alimentar. O co-ativador PGC1, pode induzir a biogênese mitocondrial, termogênese e respiração. A proteína TFAM (fator de transcrição mitocondrial A) está envolvida no processo de transcrição do DNA mitocondrial e é um fator-chave para a replicação do DNA mitocondrial. As proteínas desacopladoras (UCPs) localizam-se na membrana interna da mitocôndria, e dentre elas, estão a UCP2 e a UCP3, que atuam no controle da termogênese adaptativa e da produção de espécies reativas de oxigênio na mitocôndria. Nesse trabalho foram analisadas a expressão dos genes PGC1 , TFAM, UCP2 e UCP3 por meio da técnica de PCR quantitativa em tempo real, em tecidos hepático e muscular de dois grupos de bovinos Nelore com valores contrastantes de CAR, visando avaliar as relações destes genes com consumo alimentar residual... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The beef cattle industry is an activity of significative social and economic importance in Brazil and to raise more efficient animals is fundamental to increase the system profitability . One of the most expensive components involved in animal production is the cost of food. Therefore, many indexes have been proposed to improve feed efficiency. One of the traits that have been studied in order to select animals is the residual feed intake (RFI), which is estimated considering the difference between the real consumption and the amount of food the animal should eat based on its live weight, which allows to identify and select more efficient animals, without selecting for higher adult weight. Mitochondrial function has been identified as an influential factor on RFI. Thus, to analyze genes involved in mitochondrial function becomes an alternative to identify molecular markers associated with higher feed efficiency. The co-activator PGC1 can induce mitochondrial biogenesis, thermogenesis and breathing. The protein TFAM (mitochondrial transcription factor A) is involved in mitochondrial DNA transcription and is a key factor for the replication of mitochondrial DNA. The uncoupling proteins (UCPs) are located in the inner mitochondrial membrane, and among them, are UCP2 and UCP3, which act in the control of adaptive thermogenesis and of the production of reactive oxygen species in the mitochondria. In this study the expression of genes PGC1 , TFAM, UCP2 and UCP3 by real-time quantitative PCR in liver and muscle tissues in two groups of Nellore cattle with contrasting values of RFI were analyzed, to evaluate the relationships of these genes with residual feed intake. In liver tissue, the TFAM and UCP2 genes were more expressed in negative RFI animals compared to positive RFI animals. The PGC1 gene expression had no significant difference... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Resumo: A carne produzida no Brasil a partir de raças zebuínas possui características organolépticas que não são bem aceitas nos mercados mais exigentes. As características de carcaça e da carne, como a maciez e a espessura de gordura subcutânea podem garantir qualidade e uniformidade na produção de carne bovina, porém o melhoramento genético para essas características não tem sido praticado. Os objetivos deste estudo foram analisar o desequilíbrio de ligação entre os polimorfismos de base única (SNPs), e estudar a associação destes com a maciez da carne e espessura de gordura subcutânea no genoma de bovinos da raça Nelore utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizados 795 machos da raça Nelore nascidos em 2008 e 2009 e pertencentes a três programas de melhoramento genético. Um total de 117 grupos de contemporâneos foi formado, constituídos por ano de nascimento, fazenda, grupos de manejo ao nascimento, grupos de manejo à desmama e ao sobreano. Os animais foram genotipados utilizando o Illumina High-Density Bovine BeadChip com 777.962 marcadores SNPs. O DNA genômico foi extraído utilizando amostras de cinco gramas de tecido muscular retirados do Longissimus dorsi de cada animal. Foram excluídos SNPs que apresentaram MAF (alelo de menor frequência) inferior a 0,05 e Call Rate menor que 0,93, totalizando 446.986 SNPs. Os fenótipos para maciez da carne foram obtidos utilizando um equipamento de análise de textura equipado com uma sonda Warner Bratzler em amostras de 2,54 cm retiradas entre a 12ª e 13ª costelas da meiacarcaça esquerda. Na mesma amostra foi mensurada a espessura de gordura subcutânea com paquímetro, medindo a camada de gordura localizada a um ângulo de 45º a partir do centro geométrico. As análises de associação foram realizadas considerando apenas um marcador por vez... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The meat produced in Brazil from Zebu breeds has organoleptic characteristics that are not well accepted in the most demanding markets. Carcass and meat traits, like tenderness and fat thickness, can ensure quality and uniformity in beef production, but genetic improvement for these traits has not been practiced. The objective of this study was analyze the linkage disequilibrium between single nucleotide polymorphisms (SNPs), and to study their association with the tenderness of meat and fat thickness in the genome of Nellore cattle using a panel of highdensity SNPs. Data from 795 Nellore cattle born in 2008 and 2009 and belonging to three breeding programs were used. A total of 117 contemporary groups were formed, constituted of year of birth, farm, management groups at birth, management groups at weaning and yearling. The animals were genotyped using Illumina High- Density Bovine BeadChip with 777,962 SNP markers. Genomic DNA was extracted with samples from five grams of tissue taken from the Longissimus dorsi muscle of each animal. SNPs that had MAF less than 0.05 and Call Rate less than 0.93 were excluded, totaling 446,986 SNPs. The phenotypes for meat tenderness were obtained using a texture analysis equipment equipped with a Warner Bratzler probe in samples of 2.54 cm taken between the 12th and 13th ribs of the left half carcass. On the same sample, it was measured the thickness of subcutaneous fat with caliper rule, measuring the fat located at an angle of 45° from the geometric center. The association analysis was performed considering only one marker at a time. The fixed effects in the model were SNP marker, contemporary group, date of slaughter and slaughter age as covariate. To estimate the effect of each SNP over the traits, the SNP marker was included as a covariate (linear effect). The average linkage disequilibrium (r²)... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Luis Artur Loyola Chardulo / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Resumo: O objetivo deste estudo foi estimar as frequências dos polimorfismos nos genes DGAT1 (sequência de 18 nucleotídeos na região promotora - VNTR), ANK1 (novo polimorfismo identificado na região regulatória), TCAP (AY428575.1:g.346G>A) e MYOG (NW_001501985:g.511G>C) e associá-los a características relacionadas à qualidade de carne e carcaça em bovinos Nelore (Bos indicus). Foram utilizados 600 machos, terminados em confinamento com idade inferior a dois anos, com informações de desempenho e genealogia. Os animais foram abatidos em frigoríficos comerciais, onde foram obtidas amostras individuais do músculo Longissimus dorsi para extração do DNA e realização das análises fenotípicas da carne. A genotipagem foi realizada por meio da técnica da PCRRFLP, com exceção do VNTR do gene DGAT1 que foi apenas amplificado pela PCR. Por meio da análise do tamanho dos fragmentos em gel de agarose, foram determinados os genótipos dos indivíduos para o cálculo das frequências alélicas e genotípicas. O estudo de associação com o peso de carcaça quente, área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea, força de cisalhamento, perdas por cocção (perdas), coloração instrumental (L*, a*, b*), porcentagem de gordura intramuscular (GIM) e índice de fragmentação miofibrilar foi realizado por meio do procedimento GLM do SAS®. O alelo B do gene ANK1 foi associado ao aumento da coloração vermelha (a*) da carne (p<0,05). No gene DGAT1, os alelos 5R, 6R e 7R foram associados (p<0,05) ao aumento da GIM, à redução das perdas e ao aumento da AOL, respectivamente. O SNP do gene TCAP não foi polimórfico e os alelos do gene MYOG não foram associados a nenhuma das características testadas. Os resultados obtidos indicam que os genes DGAT1 e ANK1 podem ser utilizados na seleção de animais Nelore para qualidade de carne e carcaça / Abstract: The aim of this study was to estimate the polymorphism frequencies of the genes DGAT1 (sequence of 18 nucleotides at the promoter region - VNTR), ANK1 (new polymorphism identified at the regulatory region), TCAP (AY428575.1:g.346G>A) and MYOG (NW_001501985:g.511G>C) and associate them to carcass and meat quality in Nellore cattle (Bos indicus). It was used 600 males, finished at feedlot under two years old, with performance and genealogy information. Slaughter was carried out in commercial abattoir where individual samples were obtained from Longissimus dorsi for DNA extraction and meat analysis. Genotyping was performed by PCR-RFLP, with exception for the VNTR of gene DGAT1 that was only amplified by PCR. By analyzing the fragment size on the agarose gel, the genotypes of the animals were determined for calculation of allele and genotype frequencies. The associations study with hot carcass weight, ribeye area (REA), back fat thickness, shear force, cooking loss (CL), meat color (L*, a*, b*), percentage of intramuscular fat (IF) and myofibrillar fragmentation index was performed using the GLM procedure of SAS®. The allele B from ANK1 gene was associated to higher redness (a*) of meat (p<0.05). The alleles 5R, 6R and 7R from DGAT1 VNTR gene were associated (p<0.05) to increased IF, reduced CL and increased REA, respectively. The SNP of TCAP gene was not polymorphic and MYOG alleles were not associated to any of the tested characteristics. Results indicate that DGAT1 and ANK1 genes can be used in the selection of Nellore cattle for carcass and meat quality / Mestre

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: Objetivou-se com este trabalho estimar as associações genéticas e fenotípicas entre as características de crescimento e as características da carcaça e carne em animais da raça Nelore. Foram utilizados registros de 241.416, 126.596, 78.687 e 90.720 animais machos e fêmeas, respectivamente para peso à desmama (PD), peso ao sobreano (PS), ganho em peso da desmama ao sobreano (GS), altura da garupa ao sobreano (ALTS) e para as características de carcaça e carne foram utilizados 877 animais machos para peso da carcaça quente e 884 para área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, índice de marmorização e maciez. Os componentes de (co)variância foram estimados pelo método de máxima verossimilhança restrita. Para a estimação dos componentes de (co)variância foram utilizados modelos animal tricaracterísticas, sempre incluindo o PD. Para PD foram incluídos no modelo os efeitos aleatórios genéticos aditivos, direto e materno, ambiente permanente materno e residual, e os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (GC) e idades da vaca ao parto (IVP) e do animal (efeito linear e quadrático), como covariáveis. Para as demais características foram excluídos os efeitos maternos (genéticos e de ambiente permanente) e o efeito idade da vaca ao parto. Os GC para PD foram formados por fazenda, ano de nascimento, grupo de manejo à desmama e sexo. Para PS, GS e ATLS foi acrescentado ao GC o grupo de manejo ao sobreano. Para as características de carcaça e carne os GC foram definidos da mesma forma que para as outras características medidas ao sobreano, excluindo o sexo do animal. Para todas as características foram excluídas observações com medidas de três desvios-padrão acima ou abaixo da média do seu GC. Para as características de crescimento o GC com menos de 10 animais foram excluídos. Para as características de carcaça e carne foram mantidos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was estimate genetic parameters for growth traits and carcass and meat traits in Nellore. Data from 241.416, 126.596, 78.687, 90.720 males and females, respectively, respectively, for weaning weight (WW), yearling weight (YW), gain from weaning to yearling (GWY), yearling hip height (YHH) and, for carcass and meat traits, only males animals, 877 for hot carcass weight (HCW), and 884 for longissimus muscle area (LMA), backfat thickness (BF), marbling (MAR) and shear force (SF) were used. The (co)variance components were estimated by restricted maximum likelihood. For estimation of (co)variance, three-trait animal models were apllied, always including WW in the analyses. For WW, it included in model the random direct and maternal additive genetic effects, maternal permanent environmental and residual effects, fixed effects of contemporany group and age of animal and age of dam at calving (linear and quadratic effect) as covariates. For the others traits, maternal effects (genetic and permanent environmental) and the effect of age of dam at calving were excluded. The contemporany group for WW were formed by farm, year of birth, weaning management group and sex. For YW, GWY, YHH it was added the management group at yearling. For carcass and meat traits the contemporany groups were defined similarly for the traits measured yearling, excluding the sex of the animal. For all traits observations with measurements of three standard deviations above or below the average of the contemporary groups were excluded. For the growth traits, contemporary groups with less than 10 animals were excluded. For carcass traits and meat CG with more than 3 animals were kept. The heritability estimates for growth traits ranged from 0.12 ± 0.009 to 0.44 ± 0.007. For carcass and meat traits, the heritability estimates were 0.10 ± 0.12 to 0.39 ± 0.15... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Arione Augusti Boligon / Banca: Fernando Sebástian Baldi Rey / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Resumo: As características reprodutivas estão relacionadas à eficiência econômica e à produtividade dos sistemas de criação de bovinos. A idade ao primeiro parto (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (OP) são empregadas em sistemas de melhoramento genético com a finalidade de antecipar a vida reprodutiva dos animais. A medida (r²) de desequilíbrio de ligação (LD) é empregada em estudos de associação genômica, para detecção de marcadores genéticos e genes que influenciam características quantitativas (quantitative trait loci: QTL). O objetivo deste estudo foi determinar o grau de desequilíbrio de ligação no genoma de fêmeas da raça Nelore e verificar a existência de associações entre polimorfismos de base única (SNP) e as características IPP e OP, utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizadas 1.182 fêmeas da raça Nelore nascidas em 2007 e 2008, pertencentes à Agropecuária Jacarezinho LTDA. Foram formados 13 grupos de contemporâneas (GC) constituídos por fazenda, estação e ano de nascimento, com média de 90 animais por grupo. Para o estudo de associação genômica, foram excluídos SNPs que apresentaram frequência do alelo menor (MAF) inferior a 0,05 e animais com Call Rate menor que 0,90, totalizando 431.885 SNPs. Para as análises estatísticas, foi utilizado um modelo linear para IPP e um modelo de limiar para OP. Para a estimativa da significância das associações, em ambas as características, o modelo incluiu como efeitos fixos classificatórios, o GC e os SNPs. Para estimativa do efeito de substituição alélica, foi utilizado o mesmo modelo considerando os SNPs como covariável. A correção de Bonferroni foi aplicada para ajustar o limite de significância (1,16x10-7). A média de LD (r²) para todos os autossomos foi de 0,18, a uma distância média de 4,8 kb, e a média da MAF foi de 0,25 ± 0,13... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Reproductive traits are related to economic efficiency and productivity of cattle systems. Age at first calving (AFC) and occurrence of early pregnancy (OP) are used in beef breeding programs in order to anticipate the reproductive life. The measure (r²) of linkage disequilibrium (LD) is used in genome wide association studies to detect genetic markers and genes affecting quantitative traits (QTL). The aim of this study was to determine the extent of LD in the genome of Nellore cattle, and examine associations between single nucleotide polymorphisms (SNP) and AFC and OP, using a panel of high-density SNPs. Data from 1.182 Nellore born in 2007 and 2008, belonging to Agropecuária Jacarezinho were used. A total of 13 contemporary groups (CG) consisting of farm, season and year of birth, with an average of 90 animals per CG were formed. For genomic-wide association, SNPs with minor allele frequency (MAF) below 0.05, and animals with Call Rate below 0.90 were excluded, totaling 431,885 SNPs. For the statistics analyses, a linear model was used for IPP and a threshold model was used for OP. To estimate the significance of the associations, for both traits, the model included the classificatory fixed effects of GC and SNPs (0,1, and 2). To estimate the allelic substitution effect, the same model was used, considering the SNP effects as covariable. The Bonferroni correction was applied to adjust the limit of significance (1.16 x10-7). The average r ² for all autosomes was 0.18 at a distance of 4.8 kb and the average MAF was 0.25 ± 0.13. The LD decreased as the distance between markers increased: 0.35 (1 kb) to 0.12 (100 kb). Eleven significant associations were detected in seven different chromosomes (BTA1, BTA4, BTA6, BTA11, BTA17, BTA21, and BTA22). Among these, seven SNPs were associated with AFC and four were linked to the OP. Three SNPs were significant for both traits... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Fabiano Alvim Barbosa / Resumo: O objetivo geral deste trabalho foi estimar valores econômicos para um sistema de recria e engorda a partir de um Modelo Bioeconômico detalhado de quatro sistemas de produção, utilizando animais da raça Nelore e Cruzados. Os quatro modelos foram compostos da seguinte forma: 1)animais de composição 100% Nelore recriados e terminados a pasto; 2) animais de composição ½ Taurino X ½ Nelore recriados e terminados a pasto; 3) animais de composição 100% Nelore recriados a pasto e terminados em sistema de confinamento; 4) animais de composição ½ Taurino X ½ Nelore recriados a pasto e terminados em sistema de confinamento. Os valores econômicos foram estimados para as seguintes características: Ganho Médio Diário (GMD), Rendimento de Carcaça (RC), Consumo Alimentar (CA) e Energia de Mantença (EM), para cada um dos modelos propostos.Os valores econômicos dos modelos Pasto + Confinamento, baseados em R$/animal/ano foram superiores aos valores econômicos dos modelos Pasto. Isto se deve à maior eficiência dos animais que estão ocupando as áreas de pastejo, ou seja, animais mais leves e jovens possuem um menor custo para ganhar o mesmo peso do que animais mais pesados e adultos. Produzem-se mais arrobas em pastejo durante os modelos Pasto + Confinamento, quando comparado aos modelos Pasto, devido ao confinamento dos animais. As características estudadas possuem um grande impacto econômico nos sistemas de recria e engorda conforme os modelos propostos, com grande vantagem, nestes modelos, para a característica de RC. O GMD foi a segunda característica com maior valor econômico para os sistemas. As características de consumo alimentar e energia de mantença estão diretamente ligadas devido aos cálculos realizados para estimação de consumo. Estas características apresentam importância significativa no ponto de vista econômico, porém são pouco exploradas em programas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The general objective of this work was to estimate economic values for growing and finishing systems from a detailed Bioeconomic Model of four production systems, using Nelore breed and Crossbreed animals. Those four systems were composed by the following way: 1) animals with composition 100% of Nelore blood, growing and finishing period on pasture. 2) animals with composition ½ Taurus X ½ Nelore growing and finishing on pasture. 3) animals with composition 100% Nelore growing on pasture and finishing on feedlot system. 4) animals with composition ½ taurus X ½ Nelore growing on pasture and finishing on feedlot system. The economic values was estimated for the following traits: Average Daily Gain (ADG), Dressing Percentage (DP), Feed Consumption (FC) and Maintenance Energy (ME) for each proposed system. The economic values of Pasture + Feedlot systems based on R$/animal/yearwere in majority traits, higher than the economic values of Pasture models. This is due to the higher efficiency of animals that are occupying the grazing areas, i.e., lighter and young animals have a lower cost for the same weight gain than heavier and adults animals. Produces more arrobas in grazing during the Pasture + Feedlot models when compared the Pasture models, due to confinement of animals. The studied traits have a major economic impact on the growing and finishing systems as the models proposed, with great importance, in these models, for the traits of dressing percentage. Average daily gain was the second trait with greater economic value for the system. The traits of food consumption and maintenance energy are directly linked because of calculations to estimate consumption, and are traits with significant importance in the economic point of view, and explored by genetic evaluations programs in Brazil. Feed consumption and maintenance energy are important traits when evaluating... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Evaldo Antonio Lencioni Titto / Banca: Mauricio Mello de Alencar / Banca: Andrea Roberto Bueno Ribeiro / Resumo: O objetivo deste estudo foi identificar, dentre diferentes medidas de temperamento, a mais adequada para avaliação do temperamento de bovinos de corte, tendo em conta a praticidade de sua aplicação e possibilidade de utilização em programas de melhoramento genético. Como objetivos específicos buscamos: 1) avaliar a associação entre as escalas qualitativas de classificação do temperamento com quatro métodos tradicionalmente utilizados e, avaliar a possibilidade de uso deste método como indicador do temperamento de bovinos; 2) estimar parâmetros genéticos para diferentes indicadores do temperamento e avaliar a possibilidade de aplicação destes como critérios de seleção; 3) estimar a associação genética entre temperamento e características de crescimento na raça Nelore. O temperamento foi avaliado para 23.420 animais machos e fêmeas ao sobreano, em idade próxima aos 550 dias, nascidos entre 2002 e 2009 com uso de um escore de temperamento (TS), baseado em uma escala de 1 a 5 que considera a reação do animal, após sair do tronco de contenção. Além disso, 9.150 indivíduos nascidos em 2008 e 2009 foram avaliados para as seguintes características: escore de movimentação (MOV), em escala de 1 a 5 de acordo com a sua movimentação no tronco de contenção; escore de tronco (CS), em que são atribuídas notas de 1 a 4 para a reatividade geral do animal dentro do tronco de contenção; e velocidade de fuga (VF), que é um registro da velocidade (em m/s) com que os animais saem do tronco de contenção após a pesagem. As características de crescimento avaliadas foram peso à desmama (PD) e ganho de peso médio diário pós-desmama (GMD). Foi utilizada Inferência Bayesiana com Amostragem de Gibbs para estimar os componentes de (co) variância e valores genéticos dos animais. As estimativas de herdabilidade para VF, TS, CS e MOV foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to identify, among several indicators, the most adequate method to assess beef cattle temperament on farms, considering its feasibility and possibility of use in breeding programs. The specific objectives were: 1) to access the relationship of observer temperament ratings, the qualitative behavior assessment methos (QBA) with four others traditional methods, and to evaluate the possibility of using QBA as an indicator of cattle temperament; 2) to estimate genetic parameters of four temperament indicator traits for Nellore cattle, and to evaluate the possibility of using such traits as selection criteria in breeding programs; and 3) to estimate the genetic association between four temperament indicators and growth traits in Nellore cattle. Temperament was assessed for 23,420 male and female animals at yearling age, approximately 550 days, which were born between 2002 and 2009. A temperament score (TS) was used, which is based on a scale from 1 to 5 and considers the animal's reaction after exiting the crush. Moreover, 9,150 individuals born between 2008 and 2009 were measured for the following traits: Movement Score (MOV), where animals were scored from 1 to 5 according to their movement inside the crush; Crush Score (CS), which assigns scores from 1 to 4 for an animal's general reactivity inside the crush; and Flight Speed (FS), which is a recording of the speed (in m/s) at which the animals exit the crush after being weighed. The growth traits evaluated were weaning weight (WW) and post weaning average daily gain (ADG), for male and female animals born between 1990 and 2009. Bayesian Inference using Gibbs Sampling was applied to estimate (co)variance components and breeding values of the animals. Heritability estimates for FS, TS, CS, and MOV were 0.35, 0.15, 0.19, and 0.18, respectively. The genetic correlation estimates of FS with TS (0.85), CS (0.85)... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Patrícia Tholon / Resumo: O temperamento bovino é uma característica que influencia o potencial produtivo de rebanhos por estar correlacionada com o desempenho dos animais e ter relação com aspectos facilitadores das atividades de manejo, bem-estar e segurança dos animais e funcionários. Deste modo, é importante a compreensão de fatores ambientais e genéticos que influenciam essa característica, a fim de estabelecer métodos de seleção para animais com temperamento mais adequado. Esse estudo teve o objetivo de estimar parâmetros genéticos para escore de temperamento de bovinos da raça Nelore, entre os quais a correlação genética desta característica com o peso à desmama, utilizando-se diferentes modelos estatísticos. Foram utilizados 285.020 registros de escore de temperamento (TEMP) e peso a desmama (PDES) de animais da raça Nelore controlados pelo Programa de Melhoramento Genético da CRV Lagoa Ltda. Os dados foram analisados utilizando-se 5 modelos estatísticos: análise uni-catacterística de PDES (modelo linear 1), TEMP (modelo linear 2) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-linear 3), pelo método de máxima verossimilhança restrita, análise uni-característica para TEMP (modelo limiar 4) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-limiar 5), por meio de inferência bayesiana. O peso a desmama (PDES) foi considerado na análise bi-característica com temperamento visando investigar eventuais efeitos de seleção sequencial, também possibilitando estimar a correlação genética entre estes dois critérios de seleção. As herdabilidades estimadas de TEMP foram da ordem de 0,21 ± 0,003 (modelos lineares em análises uni e bi-característica) e 0,26 (modelo de limiar e modelo limiar-linear-intervalo de confiança a 95%, IC95%, compreendido entre 0,21 e 0,32). As correlações genéticas estimadas entre TEMP e PDES foram de baixa a moderada magnitude ... / Abstract: Temperament is a trait that influences the production potential of livestock because it is related to performance traits as well as the day by aspects of handling, welfare and of animals and employees safety. So, it is important to understand the environmental and genetic factors that influence temperament in order to establish methods of selection for animals with suitable temperament. The objectives of this study were to estimate genetic parameters for temperament score of Nelore cattle, among them the genetic correlation of temperament and weaning weight, using different statistical models. Records on 285,020 temperament score (TEMP) and weaning weight (PDES) of Nellore cattle controlled by the breeding program of CRV Lagoa Ltda were used. Data were analyzed using 5 statistical models: uni-trait model for PDES (linear model 1) and TEMP (linear model 2), two-trait model considering PDES and TEMP (linear-linear model 3), an uni-trait threshold model for TEMP (threshold model 4) and a bi-trait threshold model for PDES and TEMP (linear- threshold model 5), using Bayesian inference. The characteristic weaning weight (PDES) has been considered in the bi-trait analysis with temperament in order to investigate possible effects of sequential selection, and also to estimate the genetic correlation between these two selection criteria. Heritability estimates of TEMP were approximately 0.21 ± 0.003 (linear models for univariate and bi-trait models) and 0.26 (threshold model and linear-threshold model confidence interval of 95%, comprised between 0.21 and 0.32.) The genetic correlation between TEMP and PDES was low to moderate (-0.33 ± 0.01 (linear-linear model) and 0.34 (95% CI: -0.40, -0.28) (linear threshold model). The temperament is a moderately heritable trait and can respond to selection. The correlations between EBVs of animals obtained based on five models were quite high (> 0.92). The use ... / Mestre