Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Henrique Nunes Oliveira / Banca: Arthur dos Santos Mascioli / Resumo: O crescente mercado de carne bovina brasileiro tem sinalizado a busca de rebanhos mais produtivos e com maiores proporções de animais precoces ao abate, de grande importância a seleção para precocidade sexual. Existem evidências que o perímetro escrotal está correlacionado, negativa e favoravelmente, com a idade ao primeiro parto de fêmeas. Portanto, a seleção para aumentar o perímetro escrotal, em longo prazo, deve levar a um aumento na precocidade sexual das fêmeas. No Brasil a pressuposição comumente assumida é a ausência de interação genótipo-ambiente (IGA) nas características de interesse econômico para a raça Nelore. Ainda são escassos os estudos de IGA para características de precocidade sexual, como o perímetro escrotal. O objetivo do presente trabalho foi quantificar a magnitude da IGA sobre o perímetro escrotal ao sobreano em machos da raça Nelore utilizando normas de reação. Foram utilizadas 31.370 medidas de machos da raça Nelore de propriedades localizadas no Sul, Centro-Oeste e Sudeste do Brasil. Os diferentes grupos ou descritores ambientais foram definidos conforme a informação de ano e estação de nascimento, fazenda de origem dos dados e grupo de manejo alimentar (nascimento, desmama e sobreano). Para a estimação dos parâmetros genéticos foi aplicado um modelo animal utilizando análises de regressão aleatória, em análises uni-característica, utilizando polinômios de Legendre como funções base. Para perímetro escrotal foram considerados a idade do animal no momento da avaliação como consequência aleatória foi considerado o efeito genético aditivo do animal. Polinômios de Legendre (de primeiro grau) regredidos sobre os grupos ambientais foram utilizados para modelar o efeito genético aditivo do animal e as (co)variâncias entre a característica estudada nos diferentes ambientes. Foram consideradas classes heterogêneas e homogêneas ... / Abstract: The increasing search on growing market for Brazilian Beef are related to herds more productive and availability of animals for slaughter, as consequence more significant importance for sexual precocity selection. The use of indicator's characteristics to sexual precocity in indirect selection can result in improving of reproductive efficiency of females. There is significant evidence that scrotal circumference is correlated, negatively and positively, with age at first calving females. Therefore, the selection for increasing scrotal circumference in long-term should lead to an increase of sexual precocity in females. Nowadays, several Brazilian summaries for Nellore bulls are published with amount of characteristics with focus in economically important traits, including all large data sets of animals distributed in some regions of the country. These genetics evaluations have the assumption, commonly assumed, of absence the genotype-environment interaction (GxE). Although there are few studies of GxE related to indicator's characteristics to sexual precocity, such as scrotal circumference.The objectives of this study was to verify the occurrence of genotype-environment interaction on the scrotal circumference, as well as studying genetic association between this trait in different environments, in animals of Nellore breed using the approach of reaction norms. We used information from 31,370 male Nellore property located in the south-central and southeastern Brazil. The different groups or environmental descriptors were defined according to information year and season of birth, home farm and data feed management group (birth weaning and yearling). For the estimation of genetic parameters was applied an animal model using random regression analyzes in single-trait analyzes, using Legendre polynomials as basis functions. For scrotal circumference were considered the age of the animal at the ... / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Arione Augusti Boligon / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: As características reprodutivas são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois impõem limites à intensidade de seleção, determinam o intervalo entre gerações e estão diretamente relacionadas com a economia do sistema. Com relação às fêmeas, um desafio é a identificação de características facilmente mensuráveis que sejam geneticamente relacionadas com a fertilidade. Objetivou-se com este estudo detectar polimorfismos de DNA associados a características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore, bem como a avaliação de modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos. Para tanto, foram genotipadas 1853 fêmeas nascidas entre 2007 e 2009, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), e após a o controle de qualidade, foram utilizados 305.348 SNPs. No Capítulo 2, aplicou-se o modelo BAYESCπ para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características dias para o primeiro parto (DPP) e reconcepção de fêmeas primíparas (REC). Foram encontrados 42 SNPs significativos associados à REC e 13 para DPP. Esses SNPs explicam 11,32% da variância fenotípica da característica reconcepção de fêmeas primíparas e 3,48% da variância fenotípica da característica dias para o primeiro parto. Esses resultados permitirão montar painéis de baixa densidade específicos para a raça Nelore. No Capítulo 3, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores (para as características reconcepção de fêmeas primíparas, dias para o primeiro parto, idade ao primeiro parto e ocorrência de prenhez precoce): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). As definições de variável dependente foram: a medida direta do fenótipo; fenótipo corrigido, valor genético e valor ... / Abstract: Reproductive traits are fundamental to genetic improvement of beef cattle as they impose limits on the selection intensity, determine the generation interval and are directly related to the economy of the system. With respect to the females, a challenge is to identify traits that are easily measurable and are genetically related to fertility. The objective of this study was to detect DNA polymorphisms associated with reproductive traits in Nellore females, as well as to evaluate models to predict breeding values from genomic data. So, 1853 females born between 2007 and 2009 were genotyped, using high-density SNP Illumina Bovine HD assay ( Illumina , San Diego , CA , USA ), and after quality control , 305,348 SNPs were used. In Chapter 2, BAYESCπ was applied to estimate the marker effects and associate them to the traits days to first calving (DFC), and heifers rebreeding (HR). 42 significant SNPs were associated with HRC and 13 to DFCD. These SNPs explain 11.32 % of the phenotypic variance of the trait HR and 3.48 % of the phenotypic variance of the trait DFC. These results will enable to create lowdensity panels specific to Nellore breed. In Chapter 3 , three models were used to estimate the effects of markers ( for traits heifers rebreeding, days to first calving, age at first calving, and occurrence of early pregnancy) : best linear unbiased estimator (GBLUP) BAYESCπ and Improved Bayesian least absolute shrinkage and selection operator ( IBLASSO ) . The definitions of the dependent variable were the direct measurement of the phenotype; corrected phenotype, breeding value and deregressed breeding value. BAYESCπ was most appropriate for estimation of the effects of SNPs and genomic values for all traits. The estimation of genomic values using the direct measurement of the dependent variable phenotype led to more accurate estimates of the genomic values / Doutor

Orientador: Luis Artur Loyola Chardulo / Coorientador: Pedro de Magalhães Padilha / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Saulo da Luz e Silva / Resumo: O presente trabalho objetivou aprofundar os estudos sobre a qualidade da carne bovina em animais Nelore (Bos indicus). Foram utilizados 718 animais terminados em confinamento por 90 a 100 dias com idade entre 20 a 24 meses provenientes de rebanhos de quatro fazendas que integram os programas de melhoramento genético do grupo Conexão Delta G, PAINT e Nelore Qualitas. O abate dos animais ocorreu em frigoríficos comerciais colaboradores, as carcaças foram identificadas e resfriadas por um período de 24 a 48 horas. Após o resfriamento e estabelecimento pleno do rigor mortis foram colhidas amostras do músculo Longissimus dorsi com osso (espessura aproximada de 2,54 cm) entre a 9ª e 13ª costelas, da meia-carcaça esquerda de cada animal. As amostras coletadas entre a 12ª e 13ª costelas foram utilizadas para realização das análises físicas de qualidade, como a área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), índice de marmorização (IM), perdas por cozimento, coloração instrumental da carne e força de cisalhamento (FC). A partir do restante da carne, foram coletadas alíquotas para a realização das análises de índice de fragmentação miofibrilar (MFI) e lipídeos totais (LT). Após a realização das análises físico-químicas foi realizada a separação dos dados através de um modelo de seleção de dois grupos experimentais: (1) Grupo de carne macia (n=15) e (2) Grupo de carne dura (n=15), de forma a obter-se dois grupos contrastantes quanto à maciez através da FC. Após a separação dos grupos (n = 30) foi realizada a identificação e quantificação das isoformas de cadeia pesada de miosina (MyHC), troponina e desmina utilizando a eletroforese (SDS-PAGE) e fotodocumentação dos géis. O Valor médio encontrado para a AOL foi 72,8 cm2, como esperado para animais Bos indicus, os quais apresentaram FC e MFI médio de 5,7 kg e 32,0 demonstrando ... / Abstract: This study aimed to further study the quality of beef in Nellore cattle (Bos indicus). Were used 718 animals finished in feedlot for 90 to 100 days aged 20 to 24 months of herds of four farms that are part of the breeding programs of the grupo Conexão Delta G, PAINT and Nelore Qualitas. The slaughter of animals occurred in commercial refrigerators employees, carcasses were identified and cooled for a period of 24 to 48 hours. After cooling and full establishment of rigor mortis samples of Longissimus dorsi bone (approximate thickness of 2.54 cm) between the 9th and 13th ribs, the left half carcass of each animal were harvested. Samples collected between the 12th and 13th ribs were used to evaluate the physical quality, as the rib eye area (REA), fat thickness (SFT), an index of marbling (IM), cooking loss, staining instrumental meat and shear force (SF). From the rest of the meat, aliquots for analyzes of myofibrillar fragmentation index (MFI) and total lipids (TL) were collected. After the realization of physicochemical analyzes the separation of the data was performed using a selection model of two experimental groups: (1) Group of tender meat (n = 15) and (2) Group of tough meat (n = 15) so as to obtain two contrasting groups for softness by FC. After separation of the groups (30) the identification and quantification of isoforms of myosin heavy chain (MyHC), troponin and desmin was performed by electrophoresis (SDS -PAGE) gels and photo documentation. The average value found for the REA was 72.8 cm2, as expected for Bos indicus, which showed SF and average MFI of 5.73 kg and 32.03 showing correlation of high magnitude and significant between the two parameters (rp = -0.55; p<0.01). With respect to the Index Optical Density (IOD) measured for troponin and desmin was not found different contrasting results for both groups, contrary to what was observed for MyHC, particularly for isoform ... / Mestre

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: André Luiz Julien Ferraz / Banca: Luciana de Almeida Regitano / Banca: Luis Artur Loyola Chardulo / Banca: Rogério Abdallah Curi / Resumo: O transcriptoma é o conjunto e a quantidade de transcritos de uma célula em um estágio de desenvolvimento específico ou condição fisiológica. Estudar o transcriptoma é essencial para interpretar os elementos funcionais do genoma e revelar os constituintes moleculares de células e tecidos. Levando em consideração a grande importância do mercado da carne de bovinos e a necessidade e dificuldade de melhoria da qualidade da carne, o presente projeto objetivou traçar um panorama completo do transcriptoma do músculo longissimus dorsi (LD) de bovinos da raça Nelore, bem como identificar genes com diferentes perfis de expressão associados ao crescimento muscular por meio da técnica de RNA-seq. Foram utilizadas amostras de 10 animais da raça Nelore com dois diferentes perfis de crescimento muscular provenientes de um rebanho participante do programa de melhoramento genético. Amostras de mRNA do músculo LD foram coletadas para extração, processamento do RNA, sequenciamento e posterior análise do transcriptoma. No total, foram sequenciados aproximadamente 453 milhões de fragmentos e identificados 14.876 genes conhecidos, 45.938 potenciais novos genes e 10.960 potenciais novas isoformas de transcritos. Foi calculado o nível de expressão de 12.082 genes e 110 tiveram valor de expressão diferencial signicativo entre os grupos (p ≤ 0,01). Por meio da análise de relevância de termos ontológicos foram identificados 52 termos relevantes entre os genes diferentemente expressos, dos quais 12 estavam associados ao desenvolvimento muscular. Neste estudo, foi caracterizado o transcriptoma do músculo longissimus dorsi de bovinos da raça Nelore por meio de sequenciamento de nova geração, fornecendo assim, uma valiosa fonte de entendimento do genoma do boi / Abstract: The transcriptome is the set and the amount of transcripts in a cell at a specific developmental stage or physiological condition. Understanding the transcriptome is essential for interpreting the functional elements of the genome and to reveal molecular constituents of cells and tissues. Considering the great importance of the beef market, the need and difficulty of improving meat quality, this research aimed to provide an overview of the complete longissimus dorsi (LD) transcriptome of Nellore cattle and to identify genes with differential expression profiles associated with muscle growth using RNA-seq. Ten mRNA samples of Nellore breed steers with two different muscle growth profiles from a herd participating of a breeding program were used. LD muscle samples were collected for RNA extraction and processing, sequencing and subsequent transcriptome analysis. In total, approximately 453 million fragments were sequenced and 14,876 known genes, 45,938 potential new genes and 10,960 potential new transcripts isoforms were identified. The expression levels of 12,082 genes were calculated and 110 have signicant differential expression values between the groups (p ≤ 0.01). The ontology terms relevance analysis identified 52 relevant terms among the differentially expressed genes, which 12 were associated with muscle development. In this study, we obtained the transcriptome of Nellore cattle longissimus dorsi muscle through next-generation sequencing, providing a valuable source of information about the bovine genome / Doutor

Orientador: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Mauro Dal Secco de Oliveira / Banca: Juliana Duarte Messana / Banca: Márcio Martins Ferreira / Banca: Otávio Rodrigues Machado Neto / Resumo: O objetivo desta pesquisa foi verificar a combinação de glicerina com ureia na dieta de bovinos da raça Nelore, quanto ao desempenho produtivo, características da carne, parâmetros ruminais, digestibilidade e massa microbiana. O estudo foi dividido em dois experimentos. No primeiro experimento, 28 novilhas (raça Nelore, peso corporal inicial = 277kg, 20 meses de idade) foram distribuídas de forma inteiramente casualizada em quatro tratamentos, onde foram testadas as dietas experimentais. C = controle sem glicerina e ureia; U= 1% de ureia na matéria seca; G10= 10% de glicerina matéria seca; GU10= 10% de glicerina e 1% de ureia na matéria seca. Durante 100 dias de confinamento, avaliou-se o consumo de matéria seca, ganho em peso e eficiência alimentar. Após este período houve o abate dos animais, onde foi obtido o rendimento de carcaça quente, espessura de gordura, área de olho de lombo e retiradas amostras de carne. No segundo experimento, foram acrescentadas duas novas dietas: G20= 20% de glicerina na matéria seca e GU20= 20% de glicerina e 1% de ureia na matéria seca. Seis animais da raça Nelore providos de cânulas ruminais foram utilizados para verificar os parâmetros pH, nitrogênio amoniacal, a digestibilidade e a massa microbiana, distribuídos em quadrado latino 6x6. As dietas influenciaram (p<0,05) os parâmetros ruminais estudados. Ocorreu diminuição na digestibilidade da fibra em detergente neutro e da hemicelulose nas dietas com glicerina. A massa microbiana foi alterada com as dietas, sendo observados efeitos de tempo e de tratamentos (p<0,05). O consumo, desempenho e as características da carne não foram influenciados pelas dietas. A glicerina diminui a digestibilidade da fração fibrosa. Há influência de dietas no crescimento dos microrganismos ruminais, no pH e nitrogênio amoniacal ruminal, o que não ocasiona efeito no desempenho e na qualidade da carne / Abstract: The objective of this research was to investigate the combination of glycerol with urea in the diet of Nellore cattle , as the productive performance , meat characteristics , ruminal fermentation , digestibility and microbial mass . The study was divided into two experiments . In the first experiment , 28 heifers ( 20 months Nelore breed, initial body weight = 277kg , ) were distributed so entirely casualisada to four treatments which were tested diets you experience . C = control without glycerin and urea, U = 1 % urea in dry matter ; G10 = 10 % glycerin dry matter ; GU10 = 10 % glycerin and 1 % urea in dry matter . During 100 days of confinement , evaluated the dry matter intake , weight gain and feed efficiency . After this period there was the slaughter of animals , which was obtained by the hot carcass yield , fat thickness , ribeye area and removed meat samples . The second experiment added two new diets : G20 = 20 % glycerin in dry and GU20 = 20 % glycerin and 1 % urea in dry matter. Six animals fitted with rumen cannulas Nellore were used to verify the parameters pH , ammonia nitrogen , digestibility and microbial mass distributed in a 6x6 Latin square . The glycerin decreases the digestibility of the fiber . There influence of diets on the growth of rumen microorganisms in rumen pH and ammonia nitrogen , which does not cause effect on performance and meat quality / Doutor

Orientador: Wignez Henrique / Banca: Américo Garcia da Silva Sobrinho / Banca: Cláudia Cristina Paro de Paz / Banca: Angélica Simone Cravo Pereira / Banca: Gabriela Aferri / Resumo: Objetivou-se avaliar as características físico-químicas, atividade enzimática, relações e índices de qualidade dos ácidos graxos do Longissimus e Triceps brachii de 35 novilhos Nelore alimentados com óleo de linhaça protegido durante 35, 70 ou 105 dias antes do abate, esse óleo na forma in natura ou sem adição de óleo durante 105 dias. O volumoso utilizado foi silagem de milho (40% da MS) e as dietas com adição de óleo eram isoenergéticas (76,0% NDT e 6,1% EE). Os animais foram confinados em baias individuais e abatidos com 522,71 ± 27,99 kg de peso corporal. A adição de óleo de linhaça na dieta determinou maiores (P<0,10) teores de ácidos graxos saturados e hipercolesterolêmicos, índices de trombogenicidade e aterogenicidade e menor atividade das enzimas Δ9 dessaturases na carne do que a dos animais que não receberam óleo. Por outro lado, aumentou a concentração do ácido linoleico conjugado e ω3, e reduziu a relação ω6:ω3 mas o óleo in natura foi mais eficiente do que a forma protegida. O aumento do tempo de fornecimento do óleo protegido reduziu (P<0,10) linearmente o teor de colesterol e a relação ω6:ω3, e aumentou os ácidos ω3 e linoleico conjugado. Quanto à comparação entre os músculos, o Longissimus obteve maior força de cisalhamento, menor porcentagem de perdas no cozimento, teor de colágeno total e oxidação lipídica comparado ao Triceps brachii. Maiores concentrações dos ácidos C14:0, C14:1, C16:0, C18:2 cis 9 trans 11, C18:3 ω6 e C20:0 foram encontradas no Longissimus. Entretanto, o músculo Triceps brachii acumulou maiores teores dos ácidos C17:1, C18:2 ω6, C18:3 ω3, C20:1 ω9, C20:3 ω6, C20:4 ω6, C20:5 ω3, C22:4 ω6, C22:6 ω3 e C24:1 ω9. Portanto, o músculo Triceps brachii apresentou maiores relações entre os ácidos graxos insaturados:saturados e poli-insaturados:saturados, e também foi observada maior atividade da enzima elongase do que no Longissimus. Acrescentar ... / Abstract: The objective was to evaluate the physics and chemical characteristics, enzymatic activity, fatty acids ratio and quality indexes of the Longissimus and the Triceps brachii of 35 Nellore steers fed protected linseed oil for 35 , 70 or 105 days before slaughter, in natura oil or without oil addition for 105 days. The roughage was corn silage (40% DM) and diets with added oil were isocaloric (76.1% TDN and 6.1% EE). The animals were confined in individual pens and slaughtered with 522.71 ± 27.99 kg of body weight. The diet addition of linseed oil resulted in increased (P<0.10) levels of saturated and hypercholesterolemic fatty acids, thrombogenicity and atherogenicity indices, and lower Δ9 desaturases enzymes activity on meat compared to the treatment with no oil; on the other hand, increased the concentration of conjugated linoleic acid and ω3 fatty acids, and the ratio ω6:ω3 reduced, but in natura linseed oil was more efficient than the protected form. Increasing the duration time of protected oil supplementation decreased (P<0.10) linearly the cholesterol content and the fatty acids ratio ω6:ω3, and increased conjugated linoleic acid and ω3. The comparison between muscles showed that the Longissimus had higher shear force, lower percentage of cooking losses, total collagen and lipid oxidation compared to Triceps brachii. Higher concentrations of the acids C14:0, C14:1, C16:0, C18:2 cis 9 trans 11, C18:3 ω6 and C20:0 were found on Longissimus, however, the Triceps brachii accumulated highest levels of C17:1, C18:2 ω6,C18:3 ω3, C20:1 ω9, C20:3 ω6, C20:4 ω6, C20:5 ω3 , C22:4 ω6, C22:6 ω3 and C24:1 ω9 acids, showing greater correlation between unsaturated:saturated and polyunsaturated:saturated fatty acid, and we also observed increased elongase activity on shoulder clod than sirloin. Beef incorporates the beneficial aspects for human health of linseed oil fed to fattening steers, even some quality indices were ... / Doutor

Orientador: Ana Cláudia Ruggieri / Coorientador: Renata Helena Branco / Banca: Roberta Carrilho Canesin / Banca: Ricardo Andrade Reis / Resumo: O estudo foi realizado com o objetivo de determinar o consumo alimentar residual (CAR) e a produção de metano entérico em bovinos Nelore confinados e em pastagem. Os animais foram avaliados em teste de desempenho pós-desmama confinados e em pastagem posteriormente. No confinamento foram coletados dados de consumo de alimentos e peso corporal de 163 animais jovens da raça Nelore, para a classificação quanto ao CAR. Destes, 49 animais (25 baixo e 24 alto CAR) foram submetidos à coleta de metano (CH4) entérico e 73 (49 baixo e alto CAR que participaram da coleta de CH4 e 24 médio CAR) foram avaliados novamente em pastagem. Quando confinados, os animais foram alimentados com dieta à base de silagem de milho e no pasto (Brachiaria brizhanta cv Marandu) foi fornecido suplemento múltiplo. No pasto, a excreção fecal foi estimada através do uso de indicador externo óxido de cromo, o consumo de suplemento, pelo indicador dióxido de titânio e o consumo de matéria seca foi obtido utilizando a FDNi como indicador interno. A mensuração do CH4, em ambos os experimentos, foi realizada através da técnica do SF6 durante 7 dias no confinamento e 6 dias no pasto. Os dados foram analisados utilizando procedimento GLM do SAS e as correlações entre o CAR calculado no confinamento e no pasto bem como as correlações entre as suas variáveis foram obtidas através do procedimento PROC CORR do SAS. Não foram encontradas diferenças (P<0,10) entre as classes de CAR no PC inicial, final e metabólico e no GMD em ambos os sistemas. No confinamento foram encontradas diferenças na excreção fecal (P=0,0008), no consumo de MS (P<0,0001), de FDN (P=0,0050), EB (P=0,0003) e na produção de CH4 (g/dia; P=0,0842) entre as classes de CAR. Na avaliação de CH4 feita em pastagem, não houve diferenças significativas entre as classes em nenhuma das medidas. No confinamento aproximadamente 31,5% dos animais mantiveram a classe de CAR, ao passo que ... / Abstract: The study was conducted in order to determine the residual feed intake (RFI) and enteric methane production in Nelore cattle feedlot or pasture. The animals were evaluated on performance of feedlot post-weaning test and pasture later. In confinement data of food consumption and body weight of 163 young Nellore, for the classification of the CAR were collected. Of these, 49 animals (25 low and 24 high RFI) underwent collection of methane (CH4), enteric and 73 (49 low and high RFI that participated in the collection of CH4 and 24 average CAR) were evaluated again in pasture. When confined, the animals were fed a diet based on corn silage and pasture (Brachiaria brizhanta cv Marandu) was supplied multiple supplements. In the pasture, fecal excretion was estimated through the use of external markers of chromium oxide, supplement intake, the indicator titanium dioxide and dry matter intake was obtained using iNDF as internal indicator. The measurement of CH4, in both experiments, was performed using the technique of SF6 in confinement for 7 days and 6 days in the pasture. Data were analyzed using GLM procedure of SAS and the correlations between the CAR calculated in the feedlot and on pasture as well as the correlations between their variables were obtained from PROC CORR procedure of SAS. No differences (P <0.10) were found between classes of CAR in the initial, final and metabolic PC and GMD in both systems. In confinement differences were found in the fecal excretion (P = 0.0008) in DM intake (P <0.0001), NDF (P = 0.0050), EB (P = 0.0003) and in the production of CH4 (g / day, p = 0.0842) among the classes of CAR. In evaluating CH4 made on pasture, there were no significant differences between the classes in any of the measures. At approximately 31.5% of feedlot animals remained class of CAR, whereas 68.5% class switched on pasture. However, only 5% of the animals changed CAR CAR low to high, ie, efficient became inefficient and 17% were ... / Mestre

Orientador: Hirasilva Borba / Banca: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Cristiana Andrighetto / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar as diferenças entre os parâmetros qualitativos, quantitativos e sensoriais do músculo Longissimus de bovinos e bubalinos. Foram utilizados animais das espécies bovina (Nelore) e bubalina (cruzados Mediterrâneo e Murrah). Os animais foram mantidos em confinamento comercial, por 102 dias, em baias coletivas, de acordo com a espécie, recebendo, no período de acabamento, 8,07% de proteína bruta e 72,10% de nutrientes digestíveis totais. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado com 2 tratamentos (espécie animal) e 40 repetições. As médias foram comparadas pelo teste de Tukey, considerando o nível de significância de 5%, quando o teste F foi significativo. Os bovinos apresentaram melhor rendimento de carcaça (57,16 ± 1,42%), maior área de olho de lombo (59,38 ± 5,72 cm2), maior porcentagem de dianteiro (40,68 ± 1,30%), cortes mais pesados do dianteiro, menor oxidação lipídica (0,155 ± 0,033 mgMDA/kg), maior porcentagem de proteína (21,16 ± 0,97%) e cinzas (1,08 ± 0,06%), enquanto que os bubalinos obtiveram maior espessura de gordura subcutânea (13,85 ± 3,00 mm), menor perda no resfriamento (1,26 ± 0,15%), maior porcentagem de ponta de agulha (14,50 ± 0,57), cortes mais pesados do traseiro, menor porcentagem de perda por cocção (29,42 ± 3,04%), maior porcentagem de umidade (75,13 ± 0,89%), menor porcentagem de colágeno (4,81 ± 0,79%) e maior índice de fragmentação miofibrilar (79,91 ± 17,50). No painel sensorial somente a variável odor apresentou diferença (P<0,05) entre as espécies, sendo a carne bubalina com maior nota (7,30 ± 0,98 pontos). Conclui-se que a carne bovina diferencia da carne bubalina em termos de desempenho, características físicas e químicas. Porém a carne bubalina tem potencial para ... / Abstract: The aim of this study was to evaluate the differences between qualitative, quantitative and sensory parameters of the Longissimus muscle of cattle and buffaloes. Were used cattle of Nellore breed and buffalo of Murrah and Mediterranean crossed. The animals were maintained on a commercial feedlot for 102 days in collective boxes according to species, getting in the finishing period, 8.07% crude protein and 72.10% total digestible nutrients. The experimental design was completely randomized with two treatments (species) and 40 repetitions. Means were compared by Tukey test, considering significance level of 5%, when the F test was significant. The cattle have higher carcass yield (57.16 ± 1.42%), a larger rib eye area (59.38 ± 5.72 cm2), higher percentage of forequarter (40.68 ± 1.30%), heavier cuts forequarter, lower lipid oxidation (0.155 ± 0.033 mgMDA/kg), increased percentage of protein (21.16 ± 0.97%) and ash (1.08 ± 0.06%) , while buffaloes showed greater fat thickness (13.85 ± 3.00 mm), smaller loss in cooling (1.26 ± 0.15%), higher percentage of spare rib (14.50 ± 0.57), heavier cuts of hindquarter, lower percentage cooking loss (29.42 ± 3.04%), higher percentage of moisture (75.13 ± 0.89%), lower percentage of collagen (4.81 ± 0.79%) and higher rate of myofibrillar fragmentation (79.91 ± 17.50). In sensory panel only odor variable showed differences (P < 0.05) between species, with the buffalo meat with highest score (7.30 ± 0.98 points). It is concluded that beef differs from buffalo meat in terms of performance, physical and chemical characteristics. But the buffalo meat has the potential to enter the consumer market / Mestre

Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Coorientador: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Nedenia Bonvinos Stafuzza / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Resumo: O Brasil se consolidou como um dos principais produtores e exportadores mundiais de carne. Entretanto, diversas culturas (animal/vegetal) têm competido com a bovinocultura por espaço e importância na balança comercial brasileira. Assim, o melhoramento genético animal tem tido, no Brasil, papel fundamental na pecuária de corte de forma a manter crescentes os níveis de produção ocupando o mesmo espaço e a baixo custo. A eficiência alimentar é uma característica produtiva de extrema importância, porém não está sendo considerada nos programas de avaliação genética no país, devido ao fato de a mensuração ser onerosa e tardia. Nesse cenário a genética molecular pode contribuir para a implementação da seleção dessa característica em programas de melhoramento por meio da identificação de genes importantes para eficiência alimentar. O presente estudo objetivou comprovar o padrão de expressão de genes diferencialmente expressos previamente identificados por sequenciamento de RNA (RNA-seq) em animais extremos para eficiência alimentar. Nesse contexto foi adotada a metodologia de PCR quantitativo em tempo real (qPCR) a fim de estabelecer uma relação quantitativa entre nível de expressão gênica e a eficiência alimentar em uma população experimental de 83 animais da raça Nelore avaliados para diferentes medidas de eficiência alimentar. Um subgrupo composto por 20 animais extremos para o consumo alimentar residual (CAR) foi avaliado quanto ao padrão de expressão global pela tecnologia de RNA-seq para identificação de genes diferencialmente expressos (DE). A partir dos genes DE identificados foram selecionados seis genes candidatos (PPP1R26, FABP1, FADS2, RGS2, SLC2A5 e UCP2) com base nos valores de "Fold Change" e sua função metabólica para a característica em estudo. As qPCR foram realizadas para identificar associações entre o nível de expressão dos seis genes alvo com as medidas de... / Abstract: Brazil is one of the leading producer and exporter of meat. However, different livestock and plant production have been competing with cattle for space and importance in Brazilian trade balance. Thus, the animal breeding has played a key role in beef cattle to increase production levels occupying the same space at lower costs. Feed efficiency is a productive trait of extreme importance, but it has not been considered in genetic evaluation programs in our country. This is probably due to the fact that the measurement is costly and late. In this scenario molecular genetics may contribute to the implementation of this trait in breeding programs by identifying candidate genes for feed efficiency. The present study aimed to confirm the differential gene expression levels of candidate genes previously identified by RNA sequencing (RNA-seq) in extreme groups of animals evaluated for feed efficiency. We adopted the real time quantitative PCR methodology (qPCR) to verify a quantitative relationship between the level of gene expression and feed efficiency in an experimental population of 83 Nelore cattle evaluated for different feed efficiency traits. A subgroup composed of 20 animals extreme for Residual Feed Intake (RFI) was evaluated for overall standard of expression by RNA-seq technology to identify genes differentially expressed (DE). From the identified DE genes six candidate genes were selected (PPP1R26, FABP1, FADS2, RGS2, SLC2A5 and UCP2) based on fold change values and its metabolic function related to feed efficiency. The qPCR analyses were performed to confirm association between the expression level of the six target genes with measures of feed efficiency. It was observed association between the FABP1 gene with residual feed intake and dry matter intake (P <0.05). Also, the SLC2A5 gene was associated with Kleiber index measurements and relative growth rate (P <0.05). In both cases an increase in the expression level was associated ... / Mestre

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Idalmo Garcia Pereira / Resumo: Esta dissertação foi dividida em três capítulos, o primeiro é uma revisão de literatura sobre o assunto que será discutido nos capítulos seguintes. No segundo capítulo, foi realizado um estudo de associação genômica ampla para a característica idade ao primeiro parto (IPP) em gado Nelore, que objetivou: 1) avaliar se a informação fenotípica adicional dos animais não genotipados afeta o mapeamento de QTLs da IPP; avaliar, por simulação, se esta informação fenotípica adicional contribui para detectar QTLs mais precisamente para uma característica complexa, com poucos genótipos disponíveis. O terceiro capítulo apresenta um estudo de associação para a característica reconcepção de primíparas (RP) em gado Nelore, cujo objetivo foi detectar importantes regiões genômicas (QTLs) associadas com esta característica. No capítulo dois, estudos de associação foram realizados utilizando as metodologias Bayes C e "Weighted single step GBLUP" (WssGBLUP) e as 10 janelas de marcadores (de 1Mb) que explicaram a maior proporção da variância para IPP foram identificadas e exploradas. Dois cenários foram investigados, um incluindo todas as fêmeas com informação fenotípica disponível (cenário SI - 43.482 fêmeas), e outro incluindo apenas as fêmeas com genótipo disponível (cenário SII - 1.813 fêmeas). Três iterações foram realizadas no método WssGBLUP, sendo recomputados os efeitos dos animais e dos SNPs a cada iteração. Foi simulada uma população com parâmetros e estrutura similares aos dos dados reais, com dois diferentes níveis de desequilíbrio de ligação (alto e baixo) entre os marcadores adjacentes. No capítulo três, os dados consistiram de 142.878 registros fenotípicos de RP e 2.923 genótipos. Os estudos de associação foram realizados com o método WssGBLUP usando três diferentes pesos (iterações) para os efeitos dos SNPs. Para cada iteração subsequente a variância genética... / Abstract: This dissertation was divided in three chapters, the first one is a literature review about the subject that will be discussed in subsequent chapters. In the second chapter, a genome wide association study (GWAS) for age at first calving (AFC) in Nelore cattle was performed, using real and simulated data, aiming to 1) assess if additional phenotypic information from non-genotyped animals affect QTL mapping of AFC; 2) evaluate, by simulation, if this additional phenotypic information contributes to detect QTLs more precisely for a low heritable complex trait, and with few available genotypes. The third chapter presents a GWAS for heifer rebreeding (HR) in Nelore cattle. In chapter two, GWA studies were performed using Bayes C and weighted single step GBLUP (WssGBLUP) methods and the top 10 marker windows (1Mb) that explained the larger proportion of variance for AFC were identified and further explored. Two scenarios were investigated, one including all females with available phenotypic information (SI scenario, with 43,482 females), and the other including just the females with available genotype (SII scenario, with 1,813 females). Three iterations were performed in WssGBLUP, recomputing the animals and SNPs effect in each subsequent iteration. It was simulated a population mimicking the parameters and the structure of the real dataset. Two different disequilibrium linkage levels (low and high) between adjacent markers were simulated. In chapter three, the data consisted of 142,878 HR phenotypic records and 2,923 genotypes. The GWAS was performed with WssGBLUP method using three different weightings (iterations) for the SNP effects. Total genetic variances were calculated for the top 10 1Mb SNP-windows, detected by each iteration. On each subsequent iteration, the genetic variance was distributed for a smaller number of SNPs, and the SNP effects were recomputed. Genes possibly associated with HR were searched to reinforce the suggestive ... / Mestre