Neste trabalho resolvemos o problema da classicação dos possíveis esquemas de quebra de simetria que reproduzem as degenerescências do código genético na categoria dos grupos finitos simples, contribuindo assim para a busca de modelos algébricos para a evolução do código genético, iniciada por Hornos & Hornos. / In this work we solve the problem of classifying the possible symmetry breaking schemes based on simple finite groups that reproduce the degeneracies of the genetic code, thus contributing to the search for algebraic models that describe the evolution of the genetic code, initiated by Hornos & Hornos.

Busca aplicar la metodología del Código de Barras utilizando dos regiones del ADN cloroplastídico y una región nuclear para identificar varias especies de los géneros Piper y Cinchona distribuidas a lo largo del territorio peruano. Se trabajó con material fresco y herborizado, que fue colectado y procesado por el Museo de Historia Natural de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Se analizaron 209 muestras de herbario y 118 muestras frescas colectadas en 7 departamentos del Perú. Al usar de manera individual los marcadores rbcL y matK, la distancia genética interespecifica usando el modelo de evolución de Kimura de 2 parámetros (K2p) no fue significativa para ninguno de los dos géneros (distancia de K2p ≤ 0,01), por lo que se procedió a combinar las dos regiones, mejorando ligeramente la variabilidad entre especies para ambos géneros (distancia de K2p ≤ 0,015). La región del genoma nuclear ITS2 fue incluida en el análisis dando como resultado un mayor poder discriminativo entre las especies del género Piper teniendo una distancia genética ≥ 0,05. En contraste, las especies del genero Cinchona siguieron presentando poca variabilidad interespecifica. Nuestros resultados indicarían que el empleo de los marcadores Barcode universales rbcL y matK, serían insuficientes para discriminar entre especies de los géneros Piper y Cinchona, siendo necesario el uso adicional de una o más regiones para tener un mejor valor discriminativo. / Tesis

Orientador: Reginaldo Palazzo Junior / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-12T13:34:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Albuquerque_JulioCesarHolandade_M.pdf: 1364323 bytes, checksum: 01181adde228aa4d914d7edabdde4aca (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A proposta deste trabalho é apresentar uma abordagem aos processos genéticos e moleculares, utilizando a teoria de comunicações e codificação na modelagem do dogma central da biologia molecular. A partir desta modelagem associamos o código genético a um modulador de um sistema de comunicação. Mais especificamente, tal procedimento consiste em construir uma constelação de sinais a partir dos subgrupos de S3 e S4 baseado no código genético. Considerando este método algébrico de construção de sinais, propomos duas possíveis constelações de sinais para o código genético. A representação do código genético em constelações de sinais correlacionadas deu origem à idéia de "constelação de sinais concatenadas", idéia inovadora na teoria de comunicação e codificação. As constelações de sinais concatenadas possui a propriedade de correção de erros, consistindo de novos conceitos úteis para utilização na teoria da comunicação e codificação. Por outro lado, estas representações do código genético não são únicas pois, até o presente momento, desconhecemos uma álgebra que descreva o código genético juntamente com as suas partições geradas pelos aminoácidos. / Abstract: The purpose of this work is to present an approach to the genetic and molecular processes by use of the communication and coding theory in modelling the central dogma of the molecular biology. From this modelling we associate the genetic code to a modulator in the communication system. More specifically, such a procedure consists is in the construction of a signal constellation by use of the S3 and S4 permutation subgroups based on the code genetic. By considering this algebraic method of signal design, we propose two possible signal constellations to the genetic code. The representation of the genetic code as correlated signal constellations provides the idea idea of "concatenated signal constellation", an innovative idea in communication and coding theory. The concatenated signal constellations have the property of error-correction, a new concept being introduced. On the other hand, these representations of the genetic code are not unique for currently, we do not know an algebraic structure capable of describing the genetic code together with the partitioning generated by the amino acids. / Mestrado / Telecomunicações e Telemática / Mestre em Engenharia Elétrica

Orientador: Reginaldo Palazzo Júnior / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-26T03:06:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pereira_DiogoGuilherme_M.pdf: 2278721 bytes, checksum: d52e9ddea8e27d992073c5cf8ba3674f (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: É evidente os benefícios proporcionados pela aplicação da teoria da informação nas análises dos processos de codificação genética. Este trabalho propõe o desenvolvimento de algoritmos, e sua implementação computacional, para a realização de análises em sequências de DNA por meio dos códigos BCH. O primeiro programa irá calcular diversos polinômios geradores que serão utilizados pelos outros programas. O segundo programa se utiliza destes polinômios geradores para realizar análises em sequências de DNA e identificar palavras-código na forma de novas sequências de DNA. Já o terceiro programa, de iniciativa inédita, se utiliza tanto dos polinômios geradores quanto as palavras-código e realiza um processo de decodificação com o intuito de rastrear as mutações passiveis de ocorrer em sequências de DNA / Abstract: The benefits provided by the application of information theory in the analyses of genetic coding processes are evident. In this work the development of algorithms and their computational implementations are proposed, with the aim at performing analyses of DNA sequences by use of BCH codes. The first program calculates several generator polynomials which are used by other programs. The second program uses generator polynomials to perform DNA sequence analyses and to identify the codewords in the form of new DNA sequences. The third program by using both the generator polynomials as well as the codewords to perform a decoding process in order to predict mutations that may occur in DNA sequences / Mestrado / Telecomunicações e Telemática / Mestre em Engenharia Elétrica